STNext 利 ガイド 2018 年 10
* 目次 * 1. STNext の概要 STNext とは... 1 2. 基本操作 2.1 ログイン... 2 2.2 セッション画面... 3 2.3 データベースの選択... 4 2.4 検索式の入力... 5 2.4a オートサジェスト... 5 2.4b CAS Lexicon... 6 2.5 回答表示... 9 2.6 検索履歴の確認...10 2.7 Transcript ( セッション記録 ) のダウンロード... 11 2.8 ログアウト...13 参考 : 設定...14 3. 化学物質検索 3.1 構造検索... 15 3.1a 構造質問式の作成... 15 3.1b 構造質問式のアップロード... 16 3.1c 作図した構造質問式の利用... 17 3.2 配列検索... 18 3.2a REGISTRY BLAST... 18 * DGENE,PCTGEN,USGENE ファイルの配列質問式アップロード機能は今後搭載予定. 4. 便利な機能 4.1 レポート作成... 20 4.2 解析... 22 4.3 コマンドウィンドウ... 24 4.4 アラートウィザード... 26 4.5 特許ファミリーマネージャー... 28 本ガイドでは,STNext の操作方法を紹介します. STN のコマンドや検索方法については Classic STN 講習会テキストをご参照ください.
1 STNext の概要 1. STNext の概要 STNext とは STNext は STN on the Web を改良した,Classic STN の最新インターフェースです. オートサジェストなどの検索補助機能が充実しています..rtf 形式や.xls 形式のレポートを簡単に作成できます. 過去の検索式や構造質問式を保管し再利用できます. Transcript ( セッション記録 ) は自動的にサーバーに保存されます. 構造作図用プラグインのインストールは不要です. STNext では Classic STN のすべてのコマンドとデータベースを利用できます. (2018 年 9 月現在 ) New STN Classic STN インターフェース STN 新プラットフォーム STNext STN on the Web STN Express STN Easy 対象知財 情報検索専門家向きエンドユーザー向き データベース STN の主要ファイル ( 約 30) STN の全ファイル ( 約 130) STN の主要ファイル ( 約 70) 検索方法コマンド形式コマンド形式メニュー形式 キーワード検索特許検索 キーワード検索特許検索 キーワード検索特許検索 機能 検索機能 化学物質検索化学構造検索 化学物質検索化学構造検索反応検索配列検索 化学物質検索 テキスト中の数値検索 解析 アラート ( イントラネット版 ) 利用環境 推奨利用環境 (OS, ブラウザ ) は, 化学情報協会ホームページをご参照ください. https://www.jaici.or.jp/newstn/require.html 1
2. 基本操作 2. 基本操作 2.1 ログイン Web ブラウザで STNext の URL (https://next.stn.org/) にアクセスし,Start Session Now をクリックします. STN の ID とパスワードを入力して Log In をクリックします. Keep me signed in にチェックを入れてログインすると, 次回以降,ID/ パスワードの入力を省略することができます. ただし, セッションの終了方法により異なります. - STNext のセッションをブラウザの ボタンで閉じた場合, 次回アクセス時に上図の ID 入力画面はスキップされます.(ID/ パスワードの入力は不要です ) - LOG Y/H でログアウトした場合や自動タイムアウトをした場合, 次回アクセス時に上図の ID 入力画面が表示されます.( パスワードの入力が必要です ) 2
2. 基本操作 2.2 セッション画面 ログインすると, セッション画面が表示されます. My Files - アラート - Transcript - 構造質問式 - スクリプト 設定変更やログアウト - 設定 - ヘルプ - Log Out (LOG Y) - Logoff Hold (LOG H) JAICI 3 つのタブで切り替え表示 - History - CAS Lexicon - Databases コマンドウィンドウなど コマンド入力欄 コマンドを実行 構造作図画面 スクリプト * STNext は日本語に対応していないため, 日本語ニュースメッセージ, 日本語ヘルプ,CA Lexicon の日本語機能, CAplus/CA ファイルの TIJP ( 日本語標題 ) は利用できません. 3
2. 基本操作 2.3 データベースの選択 Databases タブをクリックすると, 全データベースが表示されます. 目的のデータベース ( ここでは CAPLUS) にチェックを入れて Enter をクリックすると,FILE コマンドが実行されます. をクリックすると Favorite Database 登録となり, 一番上に表示されます. をクリックするとデータベースの説明が表示されます. 複数のデータベースにチェックを入れて Enter をクリックするとマルチファイル環境に入ります. View Clusters に切り替えると, 全クラスターが表示されます. クラスターとは分野 目的ごとにまとめられたデータベース群です. JAICI Favorite Database は一番上に表示されます チェックを入れます 現在のデータベースは CAPLUS FILE コマンドが自動的に実行されました 4
2. 基本操作 2.4 検索式の入力 2.4a オートサジェスト コマンド入力欄に検索語を入力すると, オートサジェスト機能が働きます. S ELECTROL と入力すると,ELECTROL から始まる語が自動的に 10 個表示されます. これらは CAplus ファイルの統制語シソーラス (CA Lexicon) に含まれている語です. オートサジェスト中の語をクリックすると, コマンド入力欄に自動入力されます. オートサジェスト機能で表示された語 オートサジェスト機能はデフォルトで有効になっています. 不要な場合は Settings 画面で Autosuggest を OFF にしてください. 5
2. 基本操作 オートサジェスト機能は,SEARCH コマンドだけでなく他のコマンドでも働きます. QUERY コマンド,EXPAND コマンドでもオートサジェスト機能が働きます. FILE コマンドでは, データベースやクラスターの候補が表示されます. CA から始まるデータベースやクラスター DISPLAY コマンドでは, 定型表示形式に含まれるフィールドや, フィールドの内容を確認できます. A から始まる表示形式 定型表示形式の場合は含まれるフィールドが表示されます 2.4b CAS Lexicon CAS Lexicon とは CA の統制語シソーラスです. 統制語は, 一つの概念を一つの語で表現するようデータベース中で統制された語です. 統制語を用いると, 的確かつ網羅的なキーワード検索を行えます. STNext では,EXPAND コマンドを入力する代わりに,CAS Lexicon タブで簡単に CA の統制語シソーラスを参照できます. キーワードを入力して, シソーラスを検索できます * ただし, 関係語が非常に多い場合,CAS Lexicon タブではすべての語を表示できません. その場合は EXPAND コマンドを利用してください. 6
2. 基本操作 Lexicon Matches と CAS Lexicon タブ 入力した語 ( ここでは Electroluminescent devices) が CA の統制語シソーラスに含まれている場合は, オレンジ色のポップアップが表示されます. Electroluminescent devices とそのタームの一部 Devices の 2 つが表示されます Electroluminescent devices をクリックすると CAS Lexicon タブが自動的に開き,CA の統制語シソーラスが表示されます. 自動で入力されます 関係コードの入力は不要です 便利 上位語 Electroluminescent devices の階層が展開された状態で表示されます 同義語 関連語 下位語 索引されているレコード件数の多さを表しています 7
2. 基本操作 CA 統制語シソーラスから, 必要な語を検索式に追加します. ここでは同義語と下位語を追加するため,Synonyms の Add All と Narrower Terms の Add All を両方クリックします. JAICI 同義語 (+UF,OLD) と下位語 (+NT) を含めた検索式ができました 検索式が完成した後 Submit をクリックすると, 検索が実行されます. 8
2. 基本操作 2.5 回答表示 STNext では Enhanced View 表示で回答が表示されます ( デフォルト ). Enhanced View では, 各レコードがカードのように明確に区切られて表示されます. 内容を読み取りやすいように, フォントの大きさや表の色も使い分けされています. Enhanced View が不要の場合は Settings 画面で Classic Display を ON にしてください. 各レコードの右上に回答番号 Full Text リンク タイトルは大きなフォント フィールド名は省略形でなく完全表示 レコードの区切りが明確 : 表は一行ごとに色分け * Enhanced View に対応していないデータベースもあります. 9
2. 基本操作 2.6 検索履歴の確認 History タブには自動的に L 番号の履歴が表示されます. 青色の L 番号はハイパーリンクです. クリックするとセッション画面中の該当 L 番号にジャンプします. 画面をスクロールして L 番号を探す必要がないので, 効率的です. をクリックすると解析画面が表示され, 簡単に解析を行えます. Create an Alert をクリックするとアラートウィザードが表示され, 簡単にアラートを登録できます. Patent Family Manager をクリックすると,FSORT コマンド ( 関連特許ごとにソート ) や CAplus/CA ファイルのダブルベーシック特許の重複除去を自動実行できます. 解析 ハイパーリンク アラート 特許ファミリーマネージャー 長い検索式や全コマンドを表示したい場合は => D HIS FULL コマンドを利用してください. 10
2. 基本操作 2.7 Transcript ( セッション記録 ) のダウンロード STNext ではオンラインセッション内でのみ Transcript のダウンロードが可能です. 検索終了後は Transcript のダウンロードを行ってからログアウト (LOG Y/H) してください. Transcript のダウンロード方法 My Files > Transcript をクリックすると, 現在保存されている Transcript が表示されます. をクリックし, ファイル形式を選択してダウンロードを行います. JAICI セッション画面に戻るときはここをクリック ファイル形式を選択 * ZIP はテキスト (.txt) と画像 (.jpg) の圧縮ファイル 作成日時 Transcript の名前を変更デフォルトの名前は 西暦 _ 通し番号 なので検索テーマなどに変更するとわかりやすい 11
2. 基本操作 アクティブセッションの Transcript Transcript の ON/OFF は画面左上で確認できます. Transcript の名前を変更する際はをクリックします. 画面上方にマウスを近づけると, 下記のメニューが現れます. - をクリックすると Transcript の記録が停止されます. - をクリックしてアクティブセッションの Transcript をダウンロードできます. - をクリックすると, 新しい Transcript が作成されます. マウスを近づけると現れるメニュー Transcript ON/OFF チェックを入れると, セッション開始時からの記録を保存チェックを入れないと, 現時点からの記録を保存 12
2. 基本操作 2.8 ログアウト 画面右上のメニューから Logoff Hold もしくは Log Out をクリックします. Settings > Prompt at Logout/Logoff Hold の設定を ON にしている場合は Download Transcript ( セッション記録 ) のダイアログが出現します.10 秒以内に Yes をクリックするとセッション記録を PC に保存できます. JAICI LOG Y : セッションを完全に切断 LOG H : セッションの中断 10 秒以内に Yes をクリックするとセッション記録を保存できます. オンラインセッションが終了し, ログイン画面が表示されます. JAICI * このダイアログボックスが表示されない場合は Prompt at Logout/Logoff Hold の設定を ON にしてください. 再接続 Logoff Hold (LOG H) 後,120 分以内に再接続をすると, 再接続前のセッション履歴のリロードを選択するダイアログが表示されます. - Yes を選択すると, 以前の履歴をリロードします. - No を選択すると, 履歴をリロードすることなく再接続メッセージが表示されます. * Transcript には Yes/No の選択に関係なく, すべての履歴が自動的に含まれます. 13
2. 基本操作 参考 : 設定 セッション画面右上の Settings から ID 毎の各種設定を行えます. 設定の変更は即座に反映され, 変更された項目に緑色のチェックマークが数秒間表示されます. 設定は PERM ( 恒久 ) 設定となります. Classic STN の設定はインターフェースに依らず, すべて共通です. => D SET で現在の設定を確認できます. JAICI 設定を変更すると, マークが表示される オートサジェスト Enhanced View/Classic Display 切替 構造質問式をコマンドで修正できる形式でアップロード ログアウト時にダウンロード画面を表示 ダウンロードするファイルの形式 略語を自動的に含めて検索 TRANSFER でヒットしなかったターム集合作成 セッション終了時に検索履歴を表示 マルチファイル検索時に各ファイルの回答集合に L 番号を付与 複数形を自動的に含めて検索 英米綴り違いを自動的に含めて検索 表示料金の警告を表示 検索料金の警告を表示 14
3. 化学物質検索 3. 化学物質検索 3.1 構造検索 3.1a 構造質問式の作成 STNext では, 構造作図のインターフェースが新しくなり, 新機能も搭載されました. Lock Atoms : 特定のノードへの置換基の追加を禁止 Lock Rings : 環の縮環を禁止する設定 ( 環の孤立化 ) をする際に使用. 鎖結合が環の一部になることを許容する際にも使用. : CAS 登録番号 (CAS RN ),SMILES,InChI 文字列から構造を呼び出して作図. 構造質問式の作成 構造検索可能なデータベースに入り, 画面右下の Draw ボタンをクリックして構造作図画面を起動し, 作図を行います. 属性パネルでノードや結合の属性を確認できます R グループ (G グループと同等 ) 結合点 Fn (@) 環の作図 以前作図した構造質問式の呼び出し 構造作図についての詳細は STNext 構造作図ガイド 参照. https://www.jaici.or.jp/stnext/nextstr.pdf 15
3. 化学物質検索 3.1b 構造質問式のアップロード 作図が完了したら,Save&Upload をクリックしてアップロードします. Save & Upload デフォルトの名前 西暦_ 通し番号 _Structure が付与され, アップロードされます ( 後で名前を変更できます ) Save As 好きな名前を付けて構造質問式を保存 Save デフォルトの名前 西暦 _ 通し番号 _Structure で構造質問式を保存 ( 上書き保存 ) アップロード 構造図 属性が表示される L 番号付与 構造検索のコマンドについては Classic STN 講習会 化学物質検索基礎 テキスト参照. https://www.jaici.or.jp/stn/pdf/text_chem1.pdf 16
3. 化学物質検索 3.1c 作図した構造質問式の利用 Save または Save & Upload した構造質問式は My Files > Structures に自動的に保存されます. JAICI インポート 削除 フォルダの作成 構造質問式の編集 * アップロード 移動 削除 * 編集時の注意 Edit をクリックして構造質問式を編集した場合は,Save As をクリックし, 元のファイル名とは別の名前を付けて保存してください.Save や Save & Upload をクリックすると上書き保存となります. 17
3. 化学物質検索 3.2 配列検索 3.2a REGISTRY BLAST REGISTRY BLAST ソフトウェアのインストール ( 初回一回のみ ) REGISTRY ファイルでホモロジー検索を行うには,BLAST ソフトウェアのインストールが必要です. 手順は下記の通りです. 1 https://next.stn.org/stn/downloads/blast-download.html へアクセス 2 Download ボタンをクリックし,blast_installer.exe を保存 3 ダウンロードした blast_installer.exe ファイルを実行してインストールすると, C:\Program Files (x86) に BLAST 5.0.16 フォルダが作成されます. BLAST.exe のショートカットを作成しておくと便利です. REGISTRY BLAST ホモロジー検索 1 起動 2 検索 (BLAST.exe) をダブルクリックして起動します. REGISTRY BLAST ホモロジー検索の詳細については,Classic STN 講習会 核酸 タンパク質配列検索 テキスト B 章をご参照ください. https://www.jaici.or.jp/stn/pdf/text_seq.pdf 3 スクリプトの作成 検索結果から必要な回答にチェックを入れ,Get STN Data Script をクリックします. 必要な回答にチェック Get STN Data Script をクリック 18
3. 化学物質検索 STN で行う自動検索のタイプを選択します. - アライメント付き BLAST レポートを作成する場合は,Transfer all alignment data for post processing にチェックを入れます. Save File As ダイアログボックスが表示されるので, ファイル名を付けて保存します.(.scb) - Transfer all alignment data for post processing にチェックを入れた場合は, 続けて表示されるダイアログボックスでアライメントデータを STNext Saved Sequence ファイル形式 (.xss) で保存します. ファイル名を付けて保存 (.scb) ファイル名を付けて保存 (.xss) 4 STNext に接続 STNext に接続し, 画面右下の Scripts > Import から保存したスクリプトを呼び出します. 3 で保存したスクリプト 5 スクリプトの実行 画面右下の Scripts > Run をクリックすると,3 で指定した操作が自動実行されます. : 19
4. 便利な機能 4. 便利な機能 4.1 レポート作成 STNext では,Transcript ( セッション記録 ) を基にしたレポートや表を簡単に作成できます. 必要な情報のみを視覚的にわかりやすくまとめられるので, 報告書を作成する際などに便利です. レポートの作成方法 1 画面上方の My Files > Transcripts へアクセスし, から Report を選択します. - アライメント付き BLAST レポートを作成する場合は,BLAST Alignment Report を選択し, 保存したアライメントデータ (.xss ファイル ) を選択します. 2 レポートの形式を指定します. レポートに含める回答にチェック テンプレートを選択 自分で作成したテンプレート フォーマットを選択.rtf 形式.xls 形式レポートに含める項目を選択したい場合デフォルトの形式のレポートを作成 20
4. 便利な機能 3 (2 で Customize を選択した場合 ) レポートに含める項目を選択します. 必要なものだけ右側へドラッグ不要なものは左側へドラッグ 次回以降も同じレポートを作成したい場合はテンプレート保存すると便利です 4 レポートを作成できました. 21
4. 便利な機能 4.2 解析 STNext の解析画面でフィールドを選択すると, 容易に解析を行うことができます. (ANALYZE コマンドが自動的に実行されます ) 1 フィールドの解析例 : ナノ粒子を利用した化粧品に関する特許の出願人解析 1 History タブのをクリックし, 回答番号とフィールドを指定して Analyze をクリックします. 解析対象の回答番号 ( デフォルトは全回答 ) 著者名 / 発明者名機関名 / 特許出願人発行年統制語特許発行国共通特許分類国際特許分類カスタム解析 2 解析結果が表示されました..csv 形式ダウンロード ソート順を指定 ( アルファベット順 / 頻度順 ) セルをクリックするとセッション画面へ戻り, 自動でレコードが表示されます コマンド : => ANA L4 1-2344 CS * 該当レコード全件をデフォルトの表示形式で表示 22
4. 便利な機能 2 フィールドの解析例 : サントリー株式会社の特許の IPC とベーシック特許発行年の解析 1 History タブのをクリックし, 回答番号とフィールドを指定して Analyze をクリックします. 2 つまでチェックを入れられます 選択肢にないフィールドも入力して指定できます 2 解析結果が表示されました. 昇順 / 降順 縦軸と横軸の入れ替え コマンド : => ANA L1 1-2724 IPC LEN 8 PY.B => TABULATE L2 23
4. 便利な機能 4.3 コマンドウィンドウ コマンドウィンドウのメリット 通常はコマンドラインに一行ずつコマンドを入力しますが, あらかじめ質問式をメモ帳などに保存しておき, コマンドウィンドウにアップロードして一行ずつ ( またはすべての行をまとめて ) 送信することができます. 以前と同じ質問式を利用したい場合や, あらかじめ質問式を熟考して全体像を把握したい場合に便利です. コマンドウィンドウの利用方法 1 メモ帳などにあらかじめ質問式 (.txt,.sc,.scb 形式のいずれか ) を作成します. 2 画面下部のをクリックし,Command Window を選択します. * Command Line をクリックすると, コマンド入力欄に戻ります. 3 をクリックして 1 のファイルをアップロードします. 1 のファイルを指定 24
4. 便利な機能 4 一行送信もしくは全行送信します. 一行送信 全行送信 コマンドウィンドウに質問式がアップロードされました ( コマンドウィンドウに 1 のテキストを直接コピー & ペーストで入力することもできます ) 一行送信の場合, 水色ハイライトの行が送信されます 注意点 質問式中に L 番号を含む場合は, コマンド送信前に, 既存の L 番号を確認してください. 参考 : コマンドウィンドウの内容を保存したい場合 1 をクリックし, 名前を付けて保存します. 名前を付けて保存 2 保存先は My Files > Scripts です. をクリックすると, 保存しておいた検索式を実行することができます. をクリックし,Download をクリックすると.sc ファイルを PC にダウンロードできます. 検索式を実行 25
4. 便利な機能 4.4 アラートウィザード STNext のアラートウィザードから, 容易にアラートの登録, 編集を行うことができます. (SDI コマンドが自動的に実行されます ) アラートの登録 1 History タブのをクリックし Create an Alert をクリックします. 2 アラートウィザードが起動しますので, アラートの設定内容を指定します. タイトルの入力は必須 重複除去 ヒットタームハイライト 終了日 回答 0 件の場合の配信有無 STNmail で送付確認 入手方法と e-mail アドレス コストセンター 表示形式実行頻度更新コード 参考 : Advanced の項目 最大回答数構造検索のタイプ更新情報の表示利用制限を越えてコピーを配布 ソート 利用制限を越えてデータを蓄積 26
4. 便利な機能 アラートウィザードで登録できるアラート単一ファイルアラート, マルチファイルアラート ( 全ファイルで同じ L 番号を質問式に指定 ) アラートウィザードで登録できないアラートマルチファイルアラート ( 各ファイルで別の L 番号を質問式に指定 ) およびパッケージアラート, SMARTracker (REGISTRY ファイルから CAplus/CA ファイルへのクロスオーバーを含むアラート ) * これらのアラートを登録する際は, コマンドをご利用ください. アラートの編集 1 My Files > Alerts にアクセスすると, 現在登録しているアラートの一覧が表示されます. (STN Express/STN on the Web で登録したアラートも含まれます ) 過去の実行状況 (Run #) や配信日などの情報をまとめて表で確認できるので便利です. JAICI タイトル アラートの編集 90 日前までの回答を表示可能 2 をクリックするとアラートの編集を行えます. アラートウィザード ( 登録時と同じ ) が起動するので, 必要箇所を変更し Save をクリックすると編集完了です. * アラートの質問式の編集はアラートウィザードからは行えません. コマンドをご利用ください. 27
4. 便利な機能 4.5 特許ファミリーマネージャー 特許ファミリーマネージャーのメリット 関連特許ファミリーごとの並び替えや CAplus/CA ファイルのダブルベーシック特許の重複除去を自動的に実行できます. 特許ファミリーマネージャーの利用方法 1 History タブのをクリックし Patent Family Manager をクリックします. 2 自動実行したい操作を下記 a) ~ c) から選択します. a) 回答セットを FSORT し, 各特許ファミリーの first member ( 最新の 1 件 ) を抽出します. ( 上限 5,000 件 ) 非特許も抽出したい場合はチェック 28
4. 便利な機能 b) CAplus/CA ファイルの回答セットに同一の化学物質索引を持つダブルベーシック特許のレコードが含まれていた場合, 片方のみを残します.( 上限 5,000 件 ) * ダブルベーシック特許のレコードでも, 化学物質索引が完全に同じでなければ, 除去されません. - Keep National Office Equivalents : 国内公報がベーシック特許のレコードを残す - Keep PCT (WO) Equivalents : PCT (WO) 公報がベーシック特許のレコードを残す - Keep Oldest Aplication Date : ベーシック特許の出願日が古い方を残す - Keep Oldest Publication Date : ベーシック特許の発行日が古い方を残す c) 回答セットの特許ファミリーを FSORT して回答を表示します.( 上限 5,000 件 ) 各特許ファミリーの first member ( 最新 1 件 ) の表示形式 それ以外の member の表示形式 29
4. 便利な機能 ヘルプデスク ご不明な点がありましたら, ヘルプデスクまでお問い合わせください. 機能やコンテンツの追加 改善に関するご要望もお待ちしております. 30