mzcloud の使用法 サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社 The world leader in serving science 目次 ウェブサイトとData viewer ライブラリの概要 データの見方 登録スペクトルの表示について Quick searchによる化合物検索 ライブラリに対する検索方法 Spectral Search Tree Search Structure Search Peak Search Managing and Editing Searches スペクトルデータの比較 スペクトルデ タの比較 Breakdown Curves mzcloudのデスクトップアプリのインストール rawファイル以外のマススペクトルの検索 2
ウェブサイトと Data viewer (https//www.mzcloud.org) https//www.mzcloud.org org mzcloudアプリケーションの利用には Microsoft Silverlightのインストールが必要ですルが必要です サポートされているブラウザ : 3 ウェブサイトと Data viewer (https//www.mzcloud.org) ナビゲーションバー クリック ライブラリ 4
ウェブサイトと Data viewer (https//www.mzcloud.org) さまざまな検索 5 Data Viewer をクリックすると mzcloud Library が閲覧できます をクリックしデータベースに入ります 1 初めてライブラリを閲覧する場合 Microsoft Silverlight li plug-in をダウンロードするかポップアップがでます 2 Silverlight がインストールされるとライブラリが開きます 6
ライブラリの概要 現在は Reference ライブラリが使用可能です ライブラリに登録された化合物リスト 左のリストから選択した化合物の情報 7 データの見方 : HCD and CID data, MS 2 and MS n MSn スペクトルツリー (HCD MS2, CID MSn) Collision-Induced Dissociation Higher-energy Collisional Dissociation Low Resolution Spectra High Resolution Spectra Any additional conditions e.g. different isolation width, wide band activation, various solvents, ph 上記のスペクトルツリーから選択したマススペクトル 8
データの見方 : Extensive Metadata Metadata: エントリされている化合物 スペクトルの付加情報 スペクトルツリーや個々のスペクトルは独自の URL が登録 9 データの見方 : Filtered and Recalibrated すべてのスペクトルは生データ (Raw) のシグナルを除去して表示 Filtered: ノイズシグナル除去 Recalibrated: 質量誤差補正 Raw Filtered 10
データの見方 : Optimizing the View クリックすると化合物リストが縮小スペクトルを大きく表示できる それぞれのパネルはドラッグすることでサイズ変更可能 11 登録スペクトルの情報について スペクトルツリー中のクリックしたスペクトルがクしたスペクトルが下に表示されます プルダウン プルダウンあるいは < or > ボタンをクリックすることで 興味のあるマススペクトルを選択できます 12
Quick search による化合物検索 Quick Search を使って化合物名や質量で検索可能 13 Quick search による化合物検索例 検索ワードを入力して Enter 例として Leuc を検索 Meta data の Synonyms も検索するので 化合物名に Leuc が含まれていない Adenineもヒット ヒットした化合物数の表示 14
Spectral Search Search 横の をクリックすると さまざまな検索法が表示される 15 Single Spectrum Search Qual Browser あるいは MassFrontier からスペクトルを Paste Spectrum をクリックク右のWindowが表示 FreeStyle で mzcloud Search をクリックすると Spectrum Search 画面に自動的に Paste されます 注意 : データはセントロイドのフォーマットが対応しております プロファイルのフォーマットの場合 MassFrontierでデータを開いてから スペクトルをPasteしてください 16
Spectral Search: スペクトルのコピーし方 Mass Frontier 7.0 SR3 Qual Browser Chromatogram Processor で Raw ファイルを開き解析したいスペクトルを表示します スペクトル上で右クリック Mass Frontier: Copy Copy MS Spectrum to mzcloud. Qual Browser: Export Clipboard (Exact or Nominal Mass: データに応じて ) 17 Single Spectrum Search スペクトルをコピー後 Paste をクリック mzcloud がペーストしたデータからAccuracyを読み込めなかった場合 mass accuracy toleranceを入力します 推奨値 Accurate Mass Th: 0.0015 to 0.0025. ppm: 5. m/z 100 以下のフラグメントイオンがある場合 ppmのマストレランスは非常にシビアになるので Thの設定を推奨 推奨値 Nominal Mass mmu: 250. Th: 0.25. 250 mmu と同じトレランス 18
Single Spectrum Search Window 設定が終了するとスペクトルが表示 検索結果の絞込みを行いたい場合 プレカーサーイオンの m/z を設定 ( 任意 ) 前ページの Accuracy の設定と同じ ノイズカットの閾値 Num. of highest peaks: 高強度からN 番目までのイオンで検索 Intensity Threshold AutomaticとManualを選択 通常 Automatic を使用 19 Spectral Search: 検索結果 検索条件の設定後 OK をクリックすると結果の表示 MS2 スペクトル検索で L-Tryptphan がヒット 20
Tree Search Tree をクリック右の Window が表示 MassFrontier からスペクトルを Paste 21 Tree Search: スペクトルツリーのコピーし方 MassFrontier 7.0 SR2でMSnデータを開き Component detectionを行うことでms n スペクトルツリーを作成可能スペクトル上で右クリック Copy Copy MS Tree to mzcloud 22
Tree Search Window 設定が終了するとスペクトルツリーが表示 未知化合物の検索の場合 部分構造情報が得られる Substructure t Identification が有用 ノイズカットの閾値 Num. of highest peaks: 高強度からN 番目までのイオンで検索 Intensity Threshold スペクトルツリーの検索ではAutomaticを推奨 23 Tree Search Results ワインサンプルをイオントラップで分析した整数質量データの検索結果 Epicatechin がヒット 24
Tree Search Results MS 2 MS 2 vs MS 2 の比較 クエリのスペクトルをクリックすると 最も類似性の高いライブラリのスペクトルが自動で表示 ライブラリに登録されたスペクトル 差スペクトル クエリスペクトル 25 Tree Search Results MS 3 クエリの MS3 をクリック 自動で相同性の高いライブラリ MS3 が表示される 26
Structure Search 構造から検索 Identify: クエリの構造と完全一致した化合物の検索 Substructure: クエリの構造を部分構造として持つ化合物の検索 Structure をクリック右の Window が表示 New: Structural Editorが開く Open:.molファイルを開く Paste:.mol ファイルをペースト Previous Structure: 既に一度検索している場合は呼び出し可能 27 Structure Search: Structure Editor 構造を入力して OK をクリック 28
Structure Search: Substructure 検索結果の例 赤で示す構造がクエリ構造 29 Peak Search m/zおよびシグナル強度を設定し 特徴なフラグメントイオンを持つ化合物の検索 30
Peak Search Window フラグメントイオンの検索は必ずMsnを選択 注意 : Min.intensity と Max. intensity の幅が狭すぎると 化合物がヒットしにくくなるので注意 フラグメントイオンの情報を設定 Thermo ではない他社の装置をお使いの場合 Intensity の幅は広めに設定 Tips: Min. intensity を低く設定 (1-5%) し 複数のイオン (3-6 イオン ) で検索すると 偽陽性は多くなるが 関連化合物を検出できる可能性が高まる 31 Peak Search: 検索例 トリプル四重極測定したテストステロンのプロダクトイオン情報を参考に m/z 97 と 109 を設定 32
Peak Search Results クエリのピークがヒットした化合物を表示 ヒットしたピークを赤く表示 33 Managing and Editing Searches: 検索履歴 2Edit search options をクリックすると検索条件を再設定できます 1 検索履歴は保存されています過去の履歴をクリックすることで検索結果を再表示できます * 注意検索結果はブラウザを開いている間は保存されますが ブラウザを閉じると削除されます 34
Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例 部分構造検索のクエリ構造を編集します 35 Managing and Editing Searches: 検索条件の再設定例 新しい条件に見合う化合物のみがヒットします 36
スペクトルデータの比較 ライブラリに登録されたスペクトル同士の比較 エントリされている化合物 スペクトルの付加情報 比較したいスペクトルを選択 表示させ 右上の Compare をクリック 37 スペクトルデータの比較 Compare selected library spectrum をクリックすると選択していたスペクトルが表示される 38
スペクトルデータの比較 選択していたスペクトルの表示 スペクトル表示後 比較対象をリストから選択 39 スペクトルデータの比較 : Library vs. Library Comparison Quercetin と Epicatechin の HCD MS 2 at 50% NCE の比較結果 異なるスペクトルを比較したい場合 Discard をクリックして Query を削除し再度 スペクトルを選択 40
Breakdown Curve プルダウンから Breakdown curve を選択 41 Breakdown Curve の表示 表示データの選択 Breakdown curve の表示 42
HCD Breakdown Curve スペクトルは CID( イオントラップの MSn) と HCD( コリジョンセルの MS2) シグナル強度は絶対値と相対値を表示できる 同じ化合物の相対表示と絶対表示 43 Breakdown Curve Interactivity Breakdown curveをクリックするとそのエネルギーのマススペクトルも自動表示 ( プロダクトイオンも同色で紐付け ) 44
mzcloud のデスクトップアプリのインストール デスクトップに Browser と独立した mzcloud アプリをインストールできる 45 Desktop Application デスクトップアイコン 注意 : ライブラリをローカルインストールしたわけではないので ネットワークがつながっていないとな使用できません 使い方はブラウザから立ち上げたData viewerと同じです 46
raw ファイル以外のマススペクトルの検索 : 使用できるフォーマット Open をクリック 表示されるファイルフォーマットでMS2スペクトルを保存いただき 読み込むことで検索可能 47 Excel を使った簡易検索 左の行にm/z 右の行にイオン強度を記載した2 行のデータを作成データをCtl+Cでコピーします ( 上記は適当な数値を使ってます ) 48
Excel を使った簡易検索 1 2 mzcloud を開き 1 Search の Spectrum をクリック 2 paste をクリック 49 Excel を使った簡易検索 : マストレランスの設定 ポップアップウィンドウとしてマストレランスの設定が表示プ数値とプルダウンから 単位 を設定 OKをクリック 50
スペクトルの表示 極性 プリカーサーイオンの m/z( 任意 ) Threshold( 任意 ) Excelで示していたスペクトルが表示されます 極性 ( 任意で ) プリカーサーイオンのm/zとThresholdを設定して OK をクリックすると検索できます クすると検索できます 51