TraceFinder TM 4.1 トレーニングマニュアル GC/MS アンノウンスクリーニング編 PN: 81012806 Revision A 2017 年 5 月
TraceFinder 4.1 トレーニングマニュアル (GCMS アンノウンスクリーニング編 )
TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編目次 1. アンノウンスクリーニングメソッドの概要... 2 差異解析と 4 つのサーチオプションについて... 2 2. 基本設定... 3 3. アンノウンスクリーニング用メソッドの作成... 5 マスターメソッドの新規作成... 5 4. バッチファイルの作成... 14 バッチファイルの新規作成... 14 5. デコンボリューションプラグインの操作... 16 ピークの検出とライブラリサーチ... 16 抽出ピークのフィルタリング... 21 RT のアライメント... 22 6. バッチ処理の実行... 24 7. 解析結果の見方... 26 データレビュー... 26 8. レポートの印刷... 37 Report View... 37 レポート例... 38 1 目次
1. アンノウンスクリーニングメソッドの概要 TraceFinder4.1 のアンノウンスクリーニングメソッドでは未知化合物を自動で検出し複数のサンプルグループ間の差異を比較します また検出化合物について ライブラリサーチによる NIST 形式のスペクトルライブラリとの照合を行います GCMS のデータの解析ではオプション機能であるデコンボリューションプラグインを用いて あらかじめフラグメントイオンをコンポーネント ( 化合物単位 ) にまとめる処理を行ってから アンノウンスクリーニングメソッドを実行して差分解析します 解析できるのは Thermo Fisher Scientific 製質量分析計から得られた Raw ファイル (*.raw) です 差異解析と 4 つのサーチオプションについて 各サンプルデータの積分強度の大きさをヒートマップ形式で表示することができ 差異が顕著に現れている化合物を視覚的に判断することができます またコントロールグループと各サンプルグループ間の積分強度の比をチャート等で表示することができます 未知化合物の同定方法では最大 4 つのサーチオプションが用意されています GCMS のデコンボリューションされた データにはライブラリサーチのみが対応します データベースサーチ Compound Data Base(CDB) に登録した化合物につ いて同定します ライブラリサーチ NIST 形式のスペクトルライブラリと実測のフラグメントパタ ーンの比較を行います 組成演算 実測ピークの m/z について分子組成を求めます 組成式の 候補について同位体パターンのスコアを算出します ケムスパイダーサーチ 英立王立化学会 (RSC) のオンライン化合物データベースで ある ChemSpider にアクセスして検索を行います アンノウンスクリーニングメソッドの概要 2
1. 基本設定 Deconvolution Plugin の設定 TraceFinder Deconvolution Plugin は最初から TraceFinder に含まれておりません 別途 Thermo Flexera ダウンロードサイトからプラグインの ZIP ファイルを入手してください ***Flexera サイトにアクセスするには下記リンクからのアカウントの作成が必要です https://thermo.flexnetoperations.com/control/thmo/registermembertoaccount アカウント作成後 https://thermo.flexnetoperations.com/control/thmo/login よりログインしてください サイトの詳細な利用方法については当社 FAQ サイト ( Software FAQ/Q22 ) をご参照ください http://www.thermosci.jp/gc-gcms/software-faq.html ZIP ファイルを展開すると Xinstall.exe ファイルがありますのでダブルクリックするとインストールするこができます 3 基本設定
インストール後 TraceFinder Administration Console を起動してプラグインの設定を確認してください Plugins の Administration を押して Thermo.Deconvolution にチェックが入っていれば機能が有効です 基本設定 4
2. アンノウンスクリーニング用メソッドの作成 マスターメソッドの新規作成 メソッド開発 > メソッドビューの画面で新規作成ボタンをクリックします メソッド開発の画面で新規作成ボタ ンをクリックします 新規作成ウィザードからアンノウンスクリーニングメソッドのみを選んで OK をクリックします 5 アンノウンスクリーニング用メソッドの作成
[ メソッドビュー ] を [ アンノウンスクリーニング ] > [ 処理 ] に切り替えます メソッドの解析パラメータ設定画面になります 1. Peak Detection Settings ( ピーク検出の設定 ) 3. 1Library Settings 2. Search Options ( 同定方法の設定 ) デコンボリューションでは 設定しません バッチファイルの作成 6
TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 1. Peak Settings の設定を行ないます 必要に応じて解析に必要な範囲を限定します 解析対象のデータファイルの中から データを一つ選択します 1. ピーク設定 ピーク認識設定 ボタンを押すと ピーク検出範囲を規定するリファレンスデータを１つ指定できます データを１つ指定することを リファレンスのデータファイルからピークを検出するための最適なパラメータを読み取 推奨します り Minimum MS Signal Threshold RT Shift に値を自動で入力します イオンを検出するための最低シグナル強度の閾値 Autocalc defaults from raw files 最小 MS シグナルしきい値 を設定するとリファレンスデータから値を自動で調整します デフォルト 10000000.00 イオンを検出するための最大シグナル強度の閾値 Autocalc defaults from raw files 最大 MS シグナルしきい値 を設定するとリファレンスデータから値を自動で調整します デフォルト 1000000000.00 最少ピーク幅 最大ピーク幅 クロマトグラムの最小許容ピーク幅 min. Autocalc defaults from raw files を設定するとリファレンスデータから適切な値を自動で調整します デフォルト 0.5 クロマトグラムの最大許容ピーク幅 Autocalc defaults from raw files を設定するとリファレンスデータから適切な値を自動で調整します デフォルト 1 アンノウンスクリーニング用メソッドの作成 7
1. ピーク設定続き RT シフト ( 分 ) デコンボリューションではこのパラメータは使用しません RT ウィンドウ ( 秒 ) デコンボリューションではこのパラメータは使用しません 解析する時間範囲 クロマトグラムのピークアライメントによるずれの最大許容値 Autocalc defaults from raw files を設定するとリファレンスデータから適切な値を自動で調整します デフォルト :1.0 ピーク検出する際の溶出時間の許容誤差範囲 (±Sec/2) デフォルト値 : 30.00 チェックすると ピーク検出する溶出時間を指定することができます デフォルト : チェックボックスが空欄 ( 無効 ) 質量許容値 質量許容誤差範囲 (ppm/mmu) デフォルト :5ppm (Q Exactive GC は 3ppm ISQ LT TSQ8000 は 500mmu を推奨 ) アライメントとギャップフィリ ング 全てのピーク / トップピーク チェックすると バッチ全体で単一のピークリストを作成します 空欄の場合 それぞれのデータファイルごとに個別のピークリストを作成します ( アライメントを行うにはリファレンスのデータファイルと同じフィルターのセットが他のデータファイルにも含まれている必要があります レビュー画面で Heat Map を表示するにはチェックは必須になります デフォルト : チェックを有効 ( デフォルト推奨 ) 全てのピーク : 全てのピーク検出結果を表示する トップピーク : 強度順に TopN の検出結果を表示する デフォルト : すべてのピーク ( すべてのピークを推奨 ) 2. Search Options の設定を行ないます 検出したピークについて 検索方法を選択します ライブラリサーチのみに チェックしてください バッチファイルの作成 8
2. Search Options Search Types 4 つのサーチオプションから複数を選択できます これらのうち GCMS のデコンボリュ ーションプラグインが対応できるのはライブラリサーチのみです ライブラリサーチのみチェックします データベースサーチ CDB と照合して化合物を検索します データベース設定タブでパラメータを設定します ライブラリサーチ 実測のフラグメントスペクトルと NIST 形式や Library Manager 形式のスペクトルのライブラリと比較して検索します LCMS のデータでは AIF あるいは MS2 のデータが必要になります ライブラリ設定タブでパラメータを設定します 組成解析 未知化合物の m/z について組成演算を行います 組成解析設定タブでパラメータを 設定します ChemSpider サーチ 英国王立化学会 (SRC) のオンライン化合物データベースである ChemSpider にアクセスして化合物を検索します インターネット環境が必須です ChemSpider 設定タブでパラメータを設定します Highest Point 分析全数サーチ / シンプルサーチ このパラメータは使用しません Number of top matches ある一種類の未知化合物ピークについて バッチの全データ中で最も高いピーク強度となっているデータファイルのスペクトル情報のみを採用して検索を行います その結果を全データで共通の検索結果とします 空欄にした場合はサンプルデータ別にそれぞれ検索を行います デフォルト : チェックボックスは空欄 ( 無効 )( デフォルト推奨 ) 全数サーチ : 4つのサーチオプションのうち選択した全ての同定結果をリスト化して表示します シンプルサーチ : 最大で 4 種類のサーチオプションを同時に使用して複数の検索結果がヒットした場合 最も優先順位が高いサーチオプションの結果のみがデータレビューに記載されます (Database Search および Library Search の結果が最も優先されます 2 番目に Elemental Composition の結果が優先されます ChemSpider の結果は優先順位が最も低くなります ) デフォルト :Simple Search ( しらみつぶしに全ての同定結果を見たい場合は全数サーチを推奨 ) ライブラリサーチの結果でヒットした化合物が複数存在する場合 スコア順に高いものから設定した最大数のみデータレビューやレポート中で表示します デフォルト : 3 ( 推奨値 :~10 まで ) 9 アンノウンスクリーニング用メソッドの作成
ライブラリ設定 GCMS でデコンボリューションプラグイン機能を使用する場合はライブラリ設定のパラメータは使用しません 検出アルゴリズムの設定 (12 ページ ) まで進んでください [Search Options] で [ ライブラリサーチ ] にチェックした時のみ有効になります NIST 形式のフラグメントのスペクトルライブラリを検索に使用するライブラリサーチを行う際に設定します 実測のフラグメントのスペクトルとライブラリのスペクトルを比較してフラグメントのマッチ率をスコア化 (%) します ライブラリ選択 検索に使用するスペクトルライブラリ (NIST 形式 / mzvoult 形式 ) の [ 使用可能 ] ボックス にチェックします GCMS は NIST 形式のデータベースのみチェックします 以下のディレクトリに保存されているライブラリのみ表示できます NIST 形式の保存場所 :NISTMS サーチのインストールされているフォルダに保存 ( 例 :C:\Program Files (x86)\nistms\mssearch) mzvoult 形式 (.db) の保存場所 :mzvoult のライブラリがインストールされているフォルダに保存 ( 例 :C:\Thermo\Shared Spectral Libraries) バッチファイルの作成 10
General ライブラリ設定 MS オーダー Library Search に使用する MS Order を指定します (MS/ MS2/ MS-In Source CID) デフォルト :MS ( GCMS では MS を選択します ) Use Isolation Width サーチ対象のピークについて プレカーサーのフラグメントを含むピークと同じ RT Window 内に MS2 スペクトルがあるかどうかを判断する際に Isolation Width を考慮します MS Order が MS2 の場合のみ設定可能です デフォルト : チェックボックス空欄 ( デフォルト推奨 ) NIST 設定 サーチタイプ NIST 形式のライブラリを選択時のみ設定 Normal ライブラリ中のプレカーサーイオンやプロダクトイオンの情報による判 別を用いず スペクトルの類似度だけで検索します MS/MS ライブラリ中の MS/MS スペクトルのみでサーチをかけるときに使用します In-source HiRes ライブラリ中の in-source/ei のスペクトルのみを用いて検索する際に使用します デフォルト : Normal ( デフォルト推奨 ) プリカーサ許容値 MS/MS スペクトルについてプレカーサーイオンに対する質量許容誤差範囲 [Search type] が MS/MS あるいは In-source/EI のときのみ設定可能です 単位は amu/ppm デフォルト : 1.6ppm プロダクト許容値 プリカーサ無視 MS/MS スペクトルについてプロダクトイオンに対する質量許容誤差範囲 [Search type] が MS/MS あるいは In-source/EI のときのみ設定可能です 単位は amu/ppm デフォルト : 1.6ppm チェックボックスを有効にするとプレカーサーイオンの一致による判別を行わなくなります [Search type] が MS/MS あるいは In-source/EI のときのみ設定可能です デフォルト : チェックボックス空欄 スペクトルの認識に Alternative Peak Matching のアルゴリズムを使用します [Search 代替のピークマッチングを使用 type] が MS/MS あるいは In-source/EI のときのみ設定可能です デフォルト : チェックボックス有効 リバースサーチ プレサーチ リバースサーチを行います ライブラリ中の化合物のスペクトルのピークが実測のスペクトルに存在しているかどうかでマッチスコアを評価します ( 一方で Forward Search はアンノウンの化合物のスペクトル中のピークがライブラリ中に存在しているかどうかでマッチスコアを評価します ) デフォルト : チェックボックス空欄スペクトル間のマッチスコアを計算する前にプレサーチスクリーニングを行う機能を有効にします (Default/off) デフォルト :Default ( 2014 年以前の NIST ライブラリは off に設定します ) 11 アンノウンスクリーニング用メソッドの作成
NIST 設定 SI しきい値 続き NIST 形式のライブラリを選択時のみ設定します SI スコアの閾値を設定します この閾値以下の結果については Data Review には 表示されません デフォルト :250 ( 推奨値 :650) RSI しきい値 Probability しきい値 RSI スコア ( リバースサーチのスコア ) の閾値を設定します この閾値以下の結果については Data Review には表示されません デフォルト :250 ( 推奨値 700) match probability(%) の閾値 この閾値以下の結果については Data Review には表示されません デフォルト :10.00 ( デフォルト推奨 ) mzvoult 設定 GCMS ではこの項目の設定を行いません メソッドビューを ピーク検出 に切り替えます 検出アルゴリズムを Avalon に設定します バッチファイルの作成 12
マスターメソッドの保存を行います メニューバーから [ ファイル ] > [ 名前を付けて保存...] をクリックします メニューバーの [ ファイル ]>[ 名前を付け て保存 ] をクリックします [ 新規メソッド ] の項目に保存するマスターメソッドの名前を入力して [ 保存 ] をクリックします 名前を入力して保存をクリック 13 アンノウンスクリーニング用メソッドの作成
3. バッチファイルの作成 バッチファイルの新規作成 [ 解析 ] の画面に切り替えてメニューアイコンから新規作成をクリックします 必ず [ 解析 ] の画面に切り替えてから新規 作成ボタンをクリックします [ 新規バッチを作成 ] 画面で保存先のフォルダを新規作成 ( または指定 ) し ファイル名をつけます [ タイプ :] で [ アンノウンスクリーニングのみ ] を選択し マスターメソッドを指定したら作成ボタンをクリックします バッチファイルの保存フォルダは C:\TraceFinderData\4.0 Projects の下に作成されます タイプ : を必ず [ アンノウンスクリーニングのみ ] にして からマスターメソッドを選択します バッチファイルの作成 14
Filename のセルをダブルクリックして測定済みのデータファイル (.raw) を呼び出します 解析対象のファイルを選択して Open ボタンで呼び出します 複数ファイルを選択して呼び出すことも可能です バッチリストの Groups の項目を編集してサンプルデータのグループ分けを行います このとき Control というグループ名を一つ指定すると Fold( ある検出化合物について Control グループのピークエ リア値と他のサンプルグループのピークエリア値との比 ) を計算します ( 大文字 小文字の区別なし ) 15 バッチ処理の実行
4. デコンボリューションプラグイン スペクトルのフラグメントイオンの情報からデコンボリューションを行い クロマトグラムのピーク情報をコンポーネント ( 化 合物 ) 単位に統一します またライブラリから化合物の検索を行います ピークの検出とライブラリサーチ [ 解析 ] の [Deconvolution Plugin] 画面を選択します [Sample List] の [ リフレッシュ ] アイコン 部に表示されます を押します デコンボリューションの対象となるデータファイルのリストが下 リフレッシュアイコンを押す バッチ処理の実行 16
Peak List のアイコンのうち [Settings] アイコン をクリックします [Processing parameters] の画面が開きます この画面ではデコンボリューションするときのパラメータを設定できま す 以下に推奨パラメータ画面を表示します 設定完了後 [Save] を押して画面を閉じます QE-GC のデータのみ 一般的推奨値は 1000000 前後 適宜調整します 推奨値 :98% に設定 QE-GC のデータのみ デコンボリューション後の化合物の同定に使 用する NIST 形式のライブラリをチェックし ます NIST による化合物同定時に SI のスコアによ QE-GC のデータのみ る閾値を設定します RSI による閾値を使用し たい場合は Reverse search のボックスにチェ ックします 推奨値 : SI 650 / RSI 700 17 バッチ処理の実行
Processing parameters Accurate Mass Tolerance QE-GC のデータのみ表示 デコンボリューション時のピーク抽出や RT アライメントにおける質量誤差範囲 デフォルト : 10ppm( デフォルト推奨 ) m/z Sig ToNoise Threshold QE-GC のデータのみ表示 Use Minimum RT/ Use Maximum RT デコンボリューション時にそのイオンを含むかどうかの S/N の閾値 デフォルト : 20 ( デフォルト推奨 ) チェックして時間 (min) を入力すると解析する溶出時間の範囲を限定します TIC Intensity Threshold デコンボリューション後に Peak List で抽出する化合物の TIC のしきい値 デフォルト : 2000000 ( 適宜調整 ) あるフラグメントイオン同士が同一化合物由来であるかどうかを判定するために必要な 共溶出の基準 例えば 95% と設定した場合 フラグメントイオンのマスクロマトグラム Ion overlap Window を重ねたときにピークトップの 95% の高さのピーク幅でマージしていれば基準を満た しているとします デフォルト : 95% ( 推奨 98%) Include Reference and Exception Peaks QE-GC のデータのみ表示 あるイオンをロックマスに指定していて スペクトルの表示から除外されている対象イ オンをデコンボリューションに使用したいときにチェックします デコンボリューション後にライブラリサーチに用いるイオンを指定します Ions to use Libraries Search Type Use All Ions: デコンボリューションされた全てのイオンをライブラリサーチに用います Use Top Ions: 強度 (intensity) 順 あるいはベースピークに RT が近接している (Proximity) 順に Top XX 個のイオンをライブラリサーチに用います Use response Threshold: Area あるいは Height で設定した閾値以上のイオンをライブラリサーチに用います デフォルト : Use All Ions ( デフォルト推奨 ) Normal: ユニットマスの NIST Libray を使用する時に選択します HiRes: 精密質量の NIST Library を使用する時に選択します デフォルト :Normal Libraries サーチに用いるライブラリを選択します SI(RSI) Penalize Missing Molecular Ion QE-GC のデータのみ表示 Annotate Fragments QE-GC のデータのみ表示 NIST による化合物同定時に SI のスコアによる閾値を設定します RSI による閾値を使用したい場合は Reverse search のボックスにチェックします デフォルト :500 ( 推奨値 : SI 650 / RSI 700) チェックした場合 ライブラリでヒットした化合物の精密質量と一致する分子量イオンが実測スペクトル中に観測されたときにマッチスコアが向上します デフォルト : 空欄 ( デフォルト推奨 ) ライブラリサーチ時にそれぞれの同定された化合物のフラグメントイオンに対し自動的にアノテーションを行い Extracted Ions と Spectra の画面に付加情報 (Fragment ID Theo m/z Mass error(ppm) Fragment Count) が記載されます チェックすると解析時間が長くなることがあります バッチ処理の実行 18
[Processing] アイコン をクリックして [Peak Detection and Library search] > [All Samples] を実行しま す デコンボリューションの処理が実行中は下記の画面のように [Processing] ボックスが表示されます デコンボリューションの処理が終わると [Peak list] にサンプル毎のデコンボリューションでまとめられたピークのリストが表示され [Peak Identifications] には選択したピークについてライブラリでヒットした化合物が Score 順に表示されます また [Extraction Ions] にはでデコンボリュートされた個々のフラグメントイオンのリストとマスクロマトグラムの重ね書きが [Spectra] にはライブラリでヒットした化合物のスペクトルと実測スペクトルとのミラープロットが表示されます 19 バッチ処理の実行
サンプルリスト デコンボリューション 後のピークリスト ライブラリのヒット結果 デコンボリュートされた フラグメントのリストとクロマトグラムの重ね書き ミラープロット 上 : 実測スペクトル 下 : ヒット化合物のスペクトル QE-GC のデータの場合は [Processing Parameter] で [Annotate Fragments](18 ページ ) にチェックして処理を実行 あるいは Extracted Ions のテーブルで右クリック > ショートカットメニューから Annotate spectrum を選択すると [Fragment ID] [Theo m/z] [Mass error(ppm)] [Fragment Count] の項目が記載されます [Fragment ID]: ライブラリでヒットした化合物の中性分子 (M) の組成式から算出された理論的なフラグメントの組成情報 [Theo m/z]: フラグメントの理論質量 [Mass error(ppm)]: フラグメントの理論質量と実測値の誤差 [Fragment Count]: 実測値にマッチする理論的なフラグメントの組成候補の数 バッチ処理の実行 20
抽出ピークのフィルタリング [Peak List] の [ フィルターアイコン ] から必要に応じて特定の条件のピークのみフィルタリングすることができます [Define filter] 画面でフィルター条件を設定できます 下部の [OK] を押すとフィルターがアクティブ ( 有効 ) になります 設定した Intensity 以上の TIC のピークを 抽出します 設定した RT 範囲内のピークを抽出します 設定した質量のフラグメントイオン あるいはある 2 つのフラグメ ントイオン間で設定した質量の間隔を持つピークをフィルターで 抽出します ライブラリマッチスコアについて設定したしきい値 以上のスコアを持つピークをフィルタ抽出します 21 バッチ処理の実行
[Remove] アイコン から選択したピークを除去したり フィルタリングされたピークを除去するとことができます RT のアライメント データファイル間の溶出時間の補正を行います メニューの [View] から [RT alignment view] に画面を変更します [Processing] アイコン をクリックして [All] [Inclusion] [Exclusion] [Modified inclusion] のうち いずれか を選択してアライメントを実行します バッチ処理の実行 22
[All]: すべてのサンプルデータ間でアライメントを行い [Peak List] に載せます [Inclusion]: [Sample List] の [Inclusion] のカラム ( 1) にチェックが入っているサンプルで検出されているピークのみを対象にアライメントを行い [Peak List] に載せます [Exclusion]: [Sample List] の [Exclusion] のカラム ( 1) にチェックが入っているサンプルで検出されているピークを除いてアライメントを行い [Peak List] に載せます ( ブランクデータ由来のピークをバックグラウンドとして省くことができます ) [Custom Inclusion]: [Sample List] の [Inclusion] のカラム ( 1) にチェックが入っているサンプルで検出されていて かつ [Exclusion] のカラム ( 1) にチェックが入っているサンプルでは検出されていないピークを対象にアライメントを行い [Peak List] に載せます 1 [Sample List] には下図のように [Inclusion] と [Exclusion] のチェックボックス項目があります アライメント処理後の結果が [RT alignment View] に表示されます アライメント後のピークリスト ライブラリのヒット結果 データファイル別の情報 デコンボリュートされた フラグメントのリスト とクロマトグラムの重ね書き ミラープロット 上 : 実測スペクトル 下 : ヒット化合物のスペクトル 23 バッチ処理の実行
5. バッチ処理の実行 [ 解析 ] の [ バッチビュー ] の画面に戻ります バッチ実行をクリックします [ 実行オプション ] の画面で [ データ処理 ] [ ピーク検出 ] [ 同定 ] [RT アライメント使用 ] にチェックを入れて OK を押しま す バッチ処理の実行 24
データ処理が終了すると Status が緑に変わります 結果をデータレビュー画面で確認してください 25 バッチ処理の実行
TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 6. 解析結果の見方 データレビュー データレビュー> アンノウンスクリーニングビュー画面に切り替えて結果を確認します Heat Map アンノウンスクリーニングで抽出された全サンプルデータのピークを MS Area 積分強度 の高低に従ってヒートマップ 状に色別表示します 同一化合物のピークについてサンプルデータ間の積分強度の差を視覚的に判断できます 高 MS Area 低 RT 実測 m/z 中性質量 データファイル名 MS Area 積分強度 Heat Map タブを選択 解析結果の見方 26
Cross Sample Peak List Heat Map からタブ表示を切り替えます バッチの全サンプルデータのさまざまな数値を比較できます コントロールグループとサンプルグループ間の積分強度の比 (Fold) あるいは同一グループ内のサンプルの積分強度の平均値や変動係数 (%CV) を確認することができます チェックすると XIC Overlay の画面でクロマトグラムの重ねがきができます XIC Overlay 参照 データセットの中で最も 大きな積分強度の比 (Fold) モノアイソ 選択 チェックボックス RT 実測 m/z 中性質量 トピック 質量 フィルター 情報 Maximum Fold Cross Sample Peak List タブを選択 データファイル名 グループの グループの コントロール MS Area( 積分強度 ) 積分強度 積分強度 とサンプルの の平均値 の変動係数 積分強度の比 27 解析結果の見方
ソートとフィルタリング TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 Heat Map や Cross Sample Peak List のヘッダー項目名をクリックすると列をソートできます またヘッダー名の下にあるをクリックすると下部にウィンドウが表示され 指定した条件の結果のみの検索やフィルタリングを行うことができます Custom を選択すると Custom Filter Selection が起動し更に詳細なフィルタリングができます フィルターの設定項目を追加 ( 複数追加できます ) And と Or の切り替え Operator に や 等の 記号選択 Operand に数値入力 例 ) CV が 10% 以下で Fold( コントロールとの積分強度の比 ) が 1000 倍以上の結果のみ抽出 フィルタリングを実行します 解析結果の見方 28
Sample List 解析したデータファイルの情報が記載されます Peak List Sample List で選択しているデータファイルについて検出したピークの m/z や RT Area,Height, 各サーチオプショ ンの同定結果の情報が記載されます 各サーチオプションの同定結果 GCMS は NIST 結果のみ表示 29 解析結果の見方
Peak Identifications TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 Peak List で選択されているピークについて同定結果の詳細を記載します 参照 同定方法 データ 組成 (Search Options) ベース 化合物名 情報 チェックされている同定結果の みがレポートに記載されます ライブラリとスペクトルが完全一致で 999 NIST 形式のみ対応 ライブラリには存在しないピークを省いたスコア NIST 形式のみ対応 High-Resolution HRF に関し Filtering Score て実測と一 NIST 実測フラグメントと理 致したフラ Library の サーチ スコア リバース サーチス コア SI/Dot Product のスコア順でその化合物が1 位である可能性 論的に算出されたフラグメントイオンのリストを比較 10ppm の許容誤差で m/z が一致する物の割合を評価 グメントの構成元素が分子 (M) の元素組成に占める割合 スペクトル中における分子量イオン (M+) の有無 SI と HRF スコ アを考慮した 総合的なスコ HRF Score (High-Resolution Filtering) Score Elements Found M+ in Lib の項目は QE-GC のデータのみ表示 解析結果の見方 30
XIC Overlay 同一サンプルについて複数の化合物ピークのマスクロマトグラムの重ね書きができます XIC Overlay タブを選択 Top 20 : 強度順に 20 位までのピークを重ね書きします Selected :Cross Sample Peak List / Peak List の Selected にチェックした複数のピークを重ね書きします All : 全てのピークのクロマトグラムを重ね書きします TIC Chromatogram TIC ( フルスキャン ) のクロマトグラムを描写します TIC Chromatogram タブを選択 31 解析結果の見方
XIC TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 マスクロマトグラムを描写します XIC タブを選択 Group Averages 同一ピークについてグループごとの積分強度 (Peak Area) の平均値を棒グラフで表示します Group Averages タブを選択 記号にカーソルを合わせるとデータファイルの情報を確認できます 記号にカーソルを合わせると対 応するデータファイルの Area を 確認できます 解析結果の見方 32
ピーククロマトグラム Peak List で選択しているピークのマスクロマトグラムを表示します ピーク面積の切りなおしが必要な場合 カーソルをベースラインの始点 / 終点にもっていき 十字になったところで ドラッグすると マニュアル積分ができます ピーククロマトグラム タブを選択 マニュアル積分からマスターメソッド の積分条件に戻す場合 右クリックで トグル積分設定 > Method を選択します Cross Sample Peak Overlay します 同一化合物のピークについて全サンプルデータのクロマトグラムを重ね書きします Cross Sample Peak Overlay タブを選択します 33 解析結果の見方
Library Search TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 ライブラリサーチ (NIST) との照合結果を表示します 実測の スペクトル ヒット化合物 のリスト ライブラリの スペクトル Library Search タブを選択します 右クリックして差異プロットを表示 を選択すると ミラープロットを表示できます ミラープロット 解析結果の見方 34
Chemical Structure 構造式を表示します GCMS のデコンボリューションのデータでは結果表示されません Fragments CDB の Fragments で登録したフラグメントイオンが実測スペクトルで検出されているかどうか確認します GCMS のデコンボリューションのデータでは結果表示されません Isotopes 化合物の理論的な同位体パターンのスペクトルと実測の同位体パターンのスペクトルを比較します GCMS のデコンボリューションのデータでは結果表示されません Spectrum ピーククロマトグラムタブでクリックして指定したデータポイントのフルスキャンのスペクトルを表示します Spectrum タブを選択します 35 解析結果の見方
TraceFinder4.1 アンノウンスクリーニングメソッド GCMS 編 Excel や CSV へ Peak List の Export ファイルメニューから データエキスポート > CSV または Excel を選択します フォーマットとシートレイアウトを選択肢 エキスポートを選択します 複数ファイル: それぞれのサンプルの Peak list を複数の Sheet に個別に貼り付けます 単一ファイル: 全てのサンプルの Peak list を一枚の Sheet に貼り付けます Excel あるいは CSV の Sheet に Peak list が Export されます 解析結果の見方 36
7. レポートの印刷 Report View [Report View] ではレポートの印刷ができます テンプレートのリストから 1 つ選択し [Preview] をクリックするとレポートを表示します [Generate] をクリックするとレポートを印刷 またはファイルを保存します レポート形式を選択します クリックすると保存されたフォルダを開きます 37 レポートの印刷
レポート例 Cross Sample Peak Table 2 Cross Sample Peak List で選択にチェックした結果が出力されます Batch Report Unknown Screening High Density Report レポートの印刷 38
Unknown Screening Long Report Unknown Screening Summary Report 39 レポートの印刷
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Thermo Fisher Scientific K.K. 無断複写 転写を禁じます 研究用のみに使用できます 診断目的およびその手続き上での使用はできません ここに記載されている会社名 製品名は各社の商標または登録商標です ここに記載されている内容は予告なく変更することがあります サーモフィッシャーサイエンティフィック株式会社フリーダイヤル : 0120-753-670 FAX: 0120-753-671 www.thermofisher.com