1 基礎から学ぶ の使い方 福井大学医学図書館 2018/6/18
PubMed とは? 米国国立医学図書館の NCBI(National Center for Biotechnology Information) が作成する医学 / 生物学分野の無料学術文献検索システム 収録雑誌 約 5,700 誌, 40 言語 ( 日本語は69 誌 ) 収録範囲 1946 年 ~ 現在 ( 毎日更新 ) インターネットで世界中から利用可能 2 PubMed MEDLINE:PubMed のベースとなる医学文献データベース MEDLINE 1965 年以降 Non-MEDLINE MEDLINE に収録されないものデータ整備前のレコード出版社が直接提供するレコード OLD-MEDLINE 1946~1965 年
3 PubMed のデータ作成手順 順番 データの状態 状態表示 1 雑誌出版社からデータが提供される [PubMed-as supplied by publisher] 2 3 書誌事項の確認や索引付等を行う ( データ整備作業中のもの ) MEDLINE データとして登録する ( データ整備が終わったもの ) [PubMed-in process] [PubMed-indexed for MEDLINE] 4 MEDLINE データとして登録しない [PubMed]
基本編 4
PubMed の画面構成 検索キーワードを入力 5 詳細検索へ PubMed の検索マニュアル PubMed のツール より多くの情報資源 クイックマニュアル 論文の入手方法 FAQ テュートリアル ( 自己学習 ) 最新情報 モバイル用 Pubmed 特定論文の簡易検索 複数の論文の書誌一括検索 臨床医学情報における EBM 文献検索 特定のトピックに絞った検索 MeSH データベース Journal データベース 臨床試験情報
6 検索語入力のルール 2つ以上のキーワードを掛け合わせる場合スペースを挟んで並べて入力 ex. A B C ( 自動的にA B Cすべてを含む文献を検索 ) 大文字, 小文字どちらでもよい ギリシャ文字 2 α alpha,β beta,γ gamma (2010 年 9 月以降の新規データはギリシャ文字も認識 ) -( ハイフン ) の代わりにスペース ( アホ ストロフィー ) は省略 記号 (!?%$ など ) も省略 アクセント記号 ä ( ウムラウト ) a é ( アクサンテキ ュ ) e
7 検索語入力のルール 分子式など H O H2O または h2o degrees C 前置詞 冠詞等(a,and, the, whenなど ) は検索対象にならない キーワードが熟語のとき で囲む フレーズ検索 gastric cancer quality of life この場合 自動マッピングは働かない
8 論理演算子を使用した検索 AND( 論理和 ) OR( 論理積 ) NOT( 論理差 ) が使える 括弧 ( ) を使って複雑な式をたてることもできる 例 (A OR B) AND (C OR D) 演算子は記述した順に左から右へ処理される () でくくればカッコ内優先
著者名検索 9 姓 ( ラストネーム )+ 名 ( ファーストネーム ミドルネーム ) ex) Smith A, Shimizu T, Baker AJ 姓はフルネームで, ファーストネームとミト ルネームはイニシャルで入力 姓と名の間はスヘ ース, ファーストネームとミト ルネームは続けて入力 Smith A で検索すると Smith AD も Smith AG も検索される Smith A だけを検索したいときは,Smith A@ で検索 2002 年以降の文献は原著に記載があればフルネームで検索可能 ex) Smith Robert J 2000 年以降は全著者が収録されているが,1999 年以前は刊行年によって人数に制限あり
10 雑誌名検索 正式名と略誌名のどちらでも検索できる ex) journal of clinical oncology 又は j clin oncol 前方一致検索 語尾の最後に * を付ける単数形と複数形を一緒に検索するなど, 語尾変化のある単 語をまとめて検索したいとき ex) child* child, children,childhood この場合 自動マッピングは働かない など
検索結果の表示 1 11 クリアアイコン 表示件数 / ヒット件数 ページの移動 検索結果の出版年別文献数グラフ Filter 機能 ( 絞込み ) 検索結果の文献情報タイトルをクリックすると詳細表示へ PubMedCentral 中の関連文献の画像
12 検索結果の表示 2 論文タイトル 著者名 PMID(PubMed の文献番号 ) 雑誌名 ( 省略形 ), 出版年月, 巻号頁,doi 英語以外の論文は [ ] が付く 本文の言語 関連文献の表示
13 検索結果の表示 3 Print 版未掲載電子版にフルテキスト有 著者リストなし 抄録なし
検索結果の表示設定の変更 14 表示方法 表示件数 並び順 デフォルトはSummary 形式 (text) : テキスト形式の表示 印刷に利用 Abstract : 詳細表示 EJへのリンクアイコン MEDLINE : 全データ表示 ( フィールド名のタグ付 ) PMID List : PubMed ID のみの表示
検索結果の保存 / 転送 15 Send to ボタンをクリック 左の に ㇾ を入れた文献が対象 ( 複数可 ) ㇾ を入れなかった場合は全文献が対象 File: 検索結果をテキストファイルに保存 (5,000 件まで ) Clipboard: 一時的 (8 時間 ) に保存 (500 件まで ) Collections:My NCBIに保存 E-mail: 電子メールで送信 (200 件まで ) My Bibliography: 自分の著書リストを作成 Citation manager: 文献管理ソフトへの取り込み
Clipboard (C-1) 一時的に保存した検索結果を表示 ~Clipboard 検索結果を一時的に保存 (500 件 8 時間まで保存できる ) 最後にまとめて印刷や保存 16 xx items をクリックすると Clipboard の文献が表示される Clipboard に保存された表示 Clipboard 内に保存データの重複があった場合は 一方が自動的に除去される Clipboard 内にデータがある場合 PubMed のトップ画面にはこのように表示される
17 文献管理ソフトへのダウンロード 本学では現在 EndNote basic が使用できます 方法 PubMed の検索結果を MEDLINE 形式で 保存し文献管理ソフトからインポート 文献管理ソフト内で PubMed を検索 EndNote 有料 EndNote basic 無料(Web of Knowledge 導入機関用あり ) RefWorks 有料 Mendeley 無料( 有料版あり )
文献管理ソフト EndNote basic を使うには 18 取り込みたい文献を Send to から File をクリック保存形式は MEDLINE 1 PubMed から保存したファイルを選択 2 PubMed(NLM) を選択 1 2 3 4 3 [ 未整理 ] またはグループを選択 4 インポート
19 EndNote basic EndNote にサインイン 初めての人は登録から パスワード作成時の注意 8 文字以上 アルファベット 数字 記号を必ず使用 自分が使うパソコンで EndNote にログインし CWYW(Cite While You Write) プラグイン をインストールしておくと EndNote basic にデータを直接取り込めるので便利
20 電子ジャーナルへのリンク 電子ジャーナルリンクボタンがあったら押してみる!
21 知ってると便利! 応用編
1. 検索結果の絞り込み ~Filter こどもに関するインフルエンザワクチン (influenza vaccine) の症例報告 (case report) を探したい 絞り込みたい対象条件をクリックすると再検索される 22 全ての項目を表示 文献の種類 抄録 /EJ 全文へのリンクの有無 参加者が付与したコメントの有無 出版時期 研究対象 ( 人または動物 ) 言語 性別 主題 収載誌の分野 年齢 メニューから検索項目を指定 この機能を使うと 整備されていないデータを漏らす可能性もある
絞り込みの解除 ~Filter 23 Filter を設定すると 解除するまですべての検索に適用される Clear all か Clear で随時変更
2. 検索履歴を利用 ~History 機能 Advanced Search で History のところに式と検索件数が表示される これを利用して経過を見ながら検索したり, 掛け合わせ検索ができる 24 Add をクリックすると builder に検索語として入る Search をクリックすると検索結果画面へ Add to history をクリックすると history に履歴が増える 履歴の items found の件数をクリックすると検索結果画面へ
25 履歴の削除 ~History 機能 すべての履歴を削除したいときは Clear history 選んだものだけ削除したいときは番号をクリックして Delete from history Download history 検索式をダウンロード
3. フィールド指定検索 ~Advanced Search 26 学術雑誌 JAMA (Journal of the American Medical Association) に掲載された 乳がん (breast cancer) に関する なるべく新しい文献を探したい プルダウンメニューからフィールドを選んで キーワードを入力
検索項目とタグ データには項目があり 各項目を表すタグがある 27 例 author( 著者名 ) [au] affiliation( 第一著者の所属機関 ) [ad] title( 文献のタイトル ) [ti] journal title / abbreviation( 雑誌名 / 略誌名 ) [ta] publication date( 出版年 ) [dp] publication type( 資料種類 ) [pt] mesh terms(mesh 用語 ) [mh] タグを使って検索ができる例 diabetes[ti] ( 文献タイトルに diabetes があるもの ) n engl j med[ta] ( 雑誌名が n engl j med のもの ) naiki h[au] fukui[ad] ( 同姓でイニシャルも同じ人物は, 所属との組み合わせ ) この場合 自動マッピングは働かない
28 4. 検索式のブックマーク 右下に検索式 Search details を開いて URL をクリックすると URL に検索式が入力される このページをブックマークしておくと ブックマークにアクセスすればその検索式で再検索した結果が表示される
5. 手元にある文献をもとに検索したい Summary 形式 ~Similar articles 29 Abstract 形式
(E-1) 正式な雑誌名又は略誌名を調べる ~Journals Database 6. 正式な雑誌名又は略誌名を調べる ~Journals in NCBI Database PubMed のトッフ 画面 30 検索ホ ックスに調べたい雑誌名 ( わかっている部分だけでもよい ) を入力して検索 完全な誌名 略誌名 ISSN 等の情報がわかる 雑誌名のところをクリックするとさらに詳しい情報が表示される
検索結果の一覧画面や詳細画面で略誌名の上に (E-2) 正式な雑誌名を調べる ~ カーソル表示カーソルを持っていくと 正式名が表示される 31 詳細画面で略誌名をクリックすると Search in NLM Catalog から [NLM Catalog] が開いて詳細が見られる
7. 文献の不完全な情報から文献を探す ~Single Citation Matcher 山中伸弥教授の 2007 年に雑誌 Cell に掲載された論文 32 収載誌名 出版年 巻数 号数 開始ヘ ーシ 著者名 タイトル中のキーワードが入力できる 1 分かっている情報を入力 2Go をクリック
8. 臨床医学領域の文献検索 EBM に使える文献を短時間で探したい! 33 ~Clinical Queries 検索ボックスにキーワードを入れて search 最新の 5 件が表示 Category: 病因診断治療予後臨床予測指針 Scope: 狭い広い システマティックレビュー Meta-analysis EBMレビュー コンセンサス形成会議 ガイドラインなど 診断鑑別診断臨床記述管理遺伝相談分子遺伝学遺伝子検査 遺伝関係の文献を検索 Topic で絞り込める
9.Topic-Specific Queries 34 Topic Specific Queries トピック性のある特定の分野を検索するのに便利 トピックの内訳 臨床医や医療サービス研究者向けの検索式 エイズ 生命倫理 腫瘍 補完代替医療 栄養補助食品 医学史など 特定の主題に合わせた絞り込み条件や専用の検索画面 実験動物 MedlinePlus Health Topics( 米国国立衛生研究所が一般向けに提供している健康情報 ) 撤回論文 有害化学物質など 特殊な情報を検索するための絞り込み条件や専用の検索画面 収載誌の種類 ( 臨床系主要誌 歯学関係誌 看護関係誌 ) で絞り込むためのフィルター
10. My NCBI 35 1 Sign in to NCBI をクリック Google アカウントでログインもできる 2 アカウントを持っている人はここからログイン 主な機能 検索式の保存 保存した検索式の結果をメールで受け取る 検索結果の長期保存 検索結果のフィルタリング 画面のカスタマイズ ユーザーネーム / パスワードを忘れたら 初めての人はここから登録
10-1. 検索結果の長期保存 (Collections) 36 保存したい文献にチェックをして Send to をクリック Collections を選択 MyNCBI の画面 新しい collection を作るか既存のものに追加するかを選んで Save をクリック
10-2. 検索式の登録とアラート (Create alert) ヒトの ips 細胞に関する文献を継続的に検索したい! 37 Create alert をクリック 頻度 / 形式 / 件数を選択
11.MeSH 用語 PubMed で用いられている統制語用語集 ( シソーラス ) MeSH とは Medical Subject Headings( 医学主題見出し ) 同一の概念において この言葉で表現しようと決められた用語 MeSH neoplasms cancer, neoplasm, tumor PubMed で Cancer と検索してみましょう 検索式を見ると "neoplasms"[mesh Terms] OR "neoplasms"[all Fields] OR "cancer"[all Fields] PubMedでは 入力されたキーワードをもとに 最適な検索結果になるようにシステム側で より適切な検索語が付与される自動マッピング機能 38
MeSH Database 39 1 トップ画面でプルダウンメニューから MeSH を選択 ( または MeSH Database をクリック ) 2 キーワードを入力して Search 3MeSH 候補語が表示されるので 使用したい MeSH 用語をクリックして詳細画面へ
40 副標目 : この MeSH 用語と組み合わせる副次的用語 検索式に対する絞込み条件 Major Topic( 主要テーマ ) に限定 下位語に含めない
41 Breast cancer で検索した場合 Entry Terms : 同義語 これらのワードで検索すると Breast Neoplasms に自動的に置き換えられる 上位語より広い意味のキーワード 下位語より狭い意味のキーワード 1 つの用語に複数の階層構造を持つ場合もあり
42 特定の論文の MeSH を利用して検索 非表示を解除 * が major topic MeSH で PubMed 検索 MeSH の解説 MeSH をホ ックスに入れる
43 Advanced Search Builder から検索 検索結果の件数を確認しながら 履歴検索ができる
MeSH の長所 統一された用語を使用例 :cancer,neoplasia,tumor も MeSH 用語 neoplasms で検索可能 多様な検索が可能例 : 上位語をキーワードにしてより広い範囲を検索する下位語をキーワードにして検索結果を絞り込む副標目と組み合わせるなど ノイズ( 関係のない文献 ) を減らすことができる MeSH の短所 新しい文献には付与されていない MeSH 用語が付与されているのは [PubMed-indexed for MEDLINE] と表示されるデータのみ MeSH 改訂後の調整が不完全 MeSH 用語新設の際 既存の論文データの再検索は原則として行われない 固有名詞や医学用語でない言葉は MeSH にない場合がある 44
便利な機能 45
46 PubMed Mobile モバイル PubMed Mobile アプリ PubMed On Tap(iPhone/iPad) PubMed Mobile(Android)
Discovery Service 47
48 Science Direct (Elsevier) Pay Per View( トランザクション方式 ) 1 論文につき,1700 円課金されますが 費用については図書館予算で賄います ScienceDirect 非購読誌の利用方法および設定方法 http://www.flib.u-fukui.ac.jp/sites/default/files/sd%20payperview2017.pdf ( 学内専用 )
49 ライフサイエンス辞書 通常の Web 翻訳サービスでは翻訳しにくい医学関連用語の英訳に役立つオンライン辞書 ( 京都大学の研究プロジェクトで作成 ) http://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl
50 英語論文作成支援コーナー 1 階閲覧室福井県医学資料室内に論文作成に役立つ参考書や辞書ソフト等をそろえたコーナーを開設 利用できるソフト等 MED-Transer V15パーソナル ライフサイエンス英語論文文例辞典 ステッドマン医学大辞典 医学略語辞典 医学英語活用辞典ほか
51 参考文献 図解 PubMedの使い方インターネットで医学文献を探す / 岩下愛, 山下ユミ共著第 7 版 2016.11 2017.6~ 電子ブックで利用可能 PubMed の使い方 / 東京大学医学図書館 2014.4 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf PubMed パワーアップ講座 / 東京大学医学図書館 2015.6 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/siryo/2015/pubmed-a.pdf 基礎から学ぶ PubMed の使い方 / 京都大学医学図書館 2015.5 http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf PubMed@KEIO 基本から上級テクニックまで / 慶應義塾大学信濃町メディアセンター 2014.10 http://www.med.lib.keio.ac.jp/pdf/ug/ug_pubmed.pdf MeSH から検索する PubMed 検索マニュアル Ⅴ/ 日本医科大学図書館 2012.10 http://libserve.nms.ac.jp/manual5/pubmed/pubmedmanual5.pdf 医学論文の探し方 ( 医中誌 PubMed ) / 筑波大学大塚図書館 2017.5 https://www.tulips.tsukuba.ac.jp/lib/sites/default/files/attach/2017igakuronbu n_ootsuka.pdf