π-computer(fx10) 利用準備 2018 年 3 月 14 日理化学研究所計算科学研究機構八木学 1 KOBE HPC Spring School 2018 2018/3/14
内容 本スクールの実習で利用するスーパーコンピュータ神戸大学 π-computer (FX10) について システム概要 ログイン準備 2
神戸大学 π-computer: システム概要 富士通 PRIMEHPC FX10: シングルラックモデル SPARC64 TM IXfx プロセッサ x 96 ノード 総理論演算性能 :20.2TFLOPS 総主記憶容量 :3TByte 1 ノード諸元表 ( 京との比較 ) FX10 (SPARC64 TM IXfx ) 京 (SPARC64 TM VIIIfx ) コア数 16 8 L1 キャッシュ ( コア ) 32KB(D)/32KB(I) 共有 L2 キャッシュ 12MB 6MB 動作周波数 1.65GHz 2.0GHz 理論演算性能 211.2GFlops 128GFlops メモリ容量 32GB 16GB 3
π-computer の利用について ログイン ID は 2018 年 3 月 23 日まで有効 それ以降はログインできなくなります データのバックアップ等が必要な方はご注意ください リソースグループ利用可能ノード数最大経過時間スケジュール small 1~12 10 分常時 medium 1~48 24 時間 * 常時 *2017 年 11 月 1 日より large キューは廃止 土日も含めて medium キューでの運用に変更となりました 4
ログイン準備 公開鍵認証によりログイン ログインサーバ : pi.ircpi.kobe-u.ac.jp 手順の概要 1. 自身の鍵ペア ( 公開鍵 秘密鍵 ) の作成 2. 仮の鍵ペアでログイン 3. を登録 4. 自身の鍵ペアでログイン出来ることを確認 5. 仮の公開鍵を削除 5
手順 1. 自身の鍵ペアの作成 各自のパソコン 自身の秘密鍵 1. 作成 π-computer 2. 仮の鍵ペアでログイン 仮の秘密鍵 2. ログイン 仮の公開鍵 指定の場所より DL 登録済み 3. を登録 3. 登録 ( コピー ) 4. 自身の鍵ペアでログイン 自身の秘密鍵 4. ログイン 5. 確認後 仮の鍵は削除 仮の秘密鍵 5. 削除 仮の公開鍵 6
準備 PuTTY の使用を推奨 http://www.chiark.greenend.org.uk/~sgtatham/putty/ 使い方は後半の補足を参照 Xming(https://sourceforge.net/projects/xming/) もインストール 慣れている場合は MobaXterm や Cygwin 等を使用しても構いません Cygwin を使用する場合は 上記の Xming をインストールする インストールされていない場合 PuTTY をダウンロードしてください 7
PuTTY 1. 自身の鍵ペアの作成 スタートメニューより PuTTYgen を起動 以下の手順で鍵ペアを作成 i) 生成をクリック ii) マウスを動かし乱数生成 iii) 自身で決めたパスフ レーズを入力 8
PuTTY 1. 自身の鍵ペアの作成 iv) 鍵ペアを保存 公開鍵 後にコピー & ペーストで登録を行う ( ウィンドウは開いたままにする ) 秘密鍵 秘密鍵の保存をクリックしてファイルに保存 ( 拡張子 :.ppk) 次に 公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン 9
PuTTY 2. 仮の鍵ペアでログイン 指定の場所より秘密鍵をダウンロードしておく PuTTY を起動 I) ホスト名を入力 pi.ircpi.kobe-u.ac.jp II) 左メニューの [ 接続 ]-[SSH]-[ 認証 ] を選択 III) DL した秘密鍵を指定 IV) 開く でログイン画面へ 10
PuTTY 2. 仮の鍵ペアでログイン ログイン画面 注 ) 初回のみセキュリティの警告が出るので はい をクリック V) 各自のログインIDを入力 VI) 配布した初期パスフレーズを入力注 ) 入力文字は画面に表示されない 次に の登録を行う 11
PuTTY 3. を登録 authorized_keys の編集 ~/.ssh/authorized_keys をエディタ (vi, emacs 等 ) で開く 二行目にを追記しファイルを保存 (PuTTYgen からコピー & ペースト ) π-computer 仮の公開鍵 4. 別にターミナル (PuTTY) を開き自身の秘密鍵 パスフレーズでログインできることを確認 コピペ 注 ) 2. を参考にし 仮の鍵 パスではなく自身の鍵 パスでログイン 5. 確認後 仮の公開鍵を削除 12
PuTTY 4. X11 フォワーディングの設定 再度 設定画面を開く (PuTTY を起動 ) 接続 SSH X11 X11 フォワーディングを有効にする (E) にチェックを入れる * サーバー上で直接 出力データのプロットを確認するための設定 13
Cygwin / MobaXterm 1. 自身の鍵ペアの作成 鍵ペアの作成コマンド $ ssh-keygen 各自のパソコン 自身の秘密鍵 1. 作成 π-computer 鍵の保存先を聞かれるが何も入力しなければデフォルトで以下に作成される 秘密鍵 : ~/.ssh/id_rsa 公開鍵 : ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp ~/.ssh/id_rsa.pub 設定するパスフレーズを聞かれるので 自身で決めたパスフレーズを入力する 次に 公開鍵を登録するために仮の鍵ペアでログイン 仮の公開鍵 登録済み 14
Cygwin / MobaXterm 2. 仮の鍵ペアでログイン 指定の場所より仮の鍵を DL 保存先 : ~/.ssh/id_rsa_tmp DL した仮の秘密鍵のアクセス権限を 600 に設定 $ chmod 600 ~/.ssh/id_rsa_tmp SSH コマンドでログイン $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa_tmp ログイン ID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp -i オプションで秘密鍵を指定 初回のみ警告が出るので yes と入力 各自のパソコン 自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp ~/.ssh/id_rsa.pub 2. ログイン パスフレーズを聞かれるので 配布した初期パスフレーズを入力 次に の登録を行う π-computer 仮の公開鍵 登録済み 配布した各自のログイン ID 15
Cygwin / MobaXterm 3. を登録 authorized_keys の編集 (π-computer 内で ) ~/.ssh/authorized_keys をエディタ (vi, emacs 等 ) で開く π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵 を追記 コピー & ペースト 各自のパソコン 自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp 各自の PC 3. 登録 ( コピー ) ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/id_rsa.pub の中身 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵 登録済み 二行目にを追記しファイルを保存 ( 各自の PC の ~/.ssh/id_rsa.pub の中身をコピー & ペースト ) 16
Cygwin / MobaXterm 4. 自身の鍵ペアでログイン SSH コマンドでログイン $ ssh -i ~/.ssh/id_rsa ログイン ID@pi.ircpi.kobe-u.ac.jp 自身の鍵 パスフレーズでログインできることを確認する 5. 仮の鍵ペアを削除 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵を削除 各自のパソコン 自身の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa 仮の秘密鍵 ~/.ssh/id_rsa_tmp 4. ログイン ~/.ssh/id_rsa.pub 5. 削除 π-computer ~/.ssh/authorized_keys 仮の公開鍵 登録済み 確認後 仮の鍵ペアを削除 各自の PC $ rm ~/.ssh/id_rsa_tmp 17