図 動 植 物 異 種 核 多 次 元 NMR メタボローム 解 析 のスキーム



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16 日本学生支援機構

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図 動 植 物 異 種 核 多 次 元 NMR メタボローム 解 析 のスキーム

報 道 発 表 資 料 2008 年 11 月 25 日 独 立 行 政 法 人 理 化 学 研 究 所 独 立 行 政 法 人 科 学 技 術 振 興 機 構 (JST) 動 植 物 などすべての 生 体 の 代 謝 経 路 全 体 を 鳥 観 する 新 解 析 法 を 開 発 - 13 C 安 定 同 位 体 標 識 や 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 代 謝 経 路 全 体 の 粗 視 化 法 など 統 合 - ポイント 動 植 物 にとって 無 害 な 安 定 同 位 体 13 Cで 標 識 化 し 代 謝 過 程 をNMR 法 で 追 跡 モデル 動 植 物 のシロイヌナズナ カイコの 代 謝 解 析 で 新 解 析 法 の 性 能 を 確 認 生 体 内 の 代 謝 バランス 例 えば 健 康 など 生 理 状 態 の 評 価 への 応 用 に 期 待 独 立 行 政 法 人 理 化 学 研 究 所 ( 野 依 良 治 理 事 長 )と 独 立 行 政 法 人 科 学 技 振 興 機 構 (J ST)( 北 澤 宏 一 理 事 長 )は 動 植 物 をはじめとしたさまざまな 生 体 内 の 代 謝 経 路 全 体 を 網 羅 的 に 観 察 する 13 C 安 定 同 位 体 標 識 技 術 1 や 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 2 さら に 代 謝 経 路 全 体 の 粗 視 化 法 を 組 み 合 わせた 新 しい 解 析 法 を 開 発 することに 成 功 しま した これは 理 研 植 物 科 学 研 究 センター( 篠 崎 一 雄 センター 長 ) 先 端 NMRメタボ ミクスユニットの 菊 地 淳 ユニットリーダー 近 山 英 輔 技 師 らの 研 究 チームの 成 果 で す 生 命 活 動 の 根 幹 として 存 在 する さまざまな 生 物 を 育 む 個 々の 代 謝 反 応 と そのつ ながりである 代 謝 経 路 は 半 世 紀 もの 永 きにわたる 年 月 をかけて 解 明 されてきまし た しかし 生 命 の 特 徴 である 循 環 的 で 変 動 的 な 代 謝 反 応 の 全 体 像 をとらえること は 計 測 解 析 の 技 術 が 不 十 分 なため これまで 成 し 得 ていませんでした 生 物 には 100 種 を 超 える 代 謝 経 路 が 存 在 します 研 究 チームは 核 スピンの 相 違 で 目 印 とな る 13 C 安 定 同 位 体 で これら 代 謝 経 路 中 の 炭 素 原 子 を 幅 広 く 標 識 化 し 自 然 界 に 安 定 に 存 在 する 水 素 原 子 ( 1 H)と 13 C 安 定 同 位 体 炭 素 さらにこの 同 位 体 炭 素 が 2 つ 結 合 した 炭 素 分 子 ( 13 C- 13 C)の 様 子 を 核 磁 気 共 鳴 (NMR) 法 3 で 追 跡 しました さらに その 結 果 得 た 情 報 を1つの 平 面 内 に 粗 視 化 してレイアウトし 描 画 する 新 手 法 を 開 発 しました 実 際 に モデル 植 物 のシロイヌナズナ 培 養 細 胞 とモデル 無 脊 椎 動 物 のカイ コにこの 手 法 を 適 用 し 生 体 での 代 謝 反 応 の 全 体 像 を 描 画 することに 成 功 しまし た 今 回 開 発 した 13 C 安 定 同 位 体 標 識 技 術 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 代 謝 経 路 全 体 の 粗 視 化 法 を 組 み 合 わせた 新 しい 解 析 法 は 生 活 習 慣 病 の 予 備 症 候 群 の 検 知 環 境 変 動 に 伴 う 植 物 生 長 の 異 常 判 断 など 動 植 物 を 問 わず 広 い 生 物 の 生 理 状 態 の 評 価 に 適 応 可 能 です 例 えば" 健 康 "といった 漠 然 とした 生 理 状 態 の 評 価 手 法 へも 応 用 することが 期 待 できます 本 研 究 成 果 は JST 戦 略 的 創 造 研 究 推 進 事 業 (CREST)の 研 究 領 域 生 命 現 象 の 解 明 と 応 用 に 資 する 新 しい 計 測 分 析 基 盤 技 術 における 研 究 課 題 磁 気 共 鳴 法 による 生 体 内 分 子 動 態 の 非 侵 襲 計 測 ( 研 究 代 表 者 : 白 川 昌 宏 京 都 大 学 大 学 院 工 学 研 究 科 教 授 研 究 分 担 者 : 菊 地 淳 )の 一 環 として 行 ったもので 米 国 の 科 学 雑 誌 PLoS ONE オンライン 版 (11 月 25 日 付 け)に 掲 載 されます

1. 背 景 地 球 上 の 全 生 命 活 動 は 地 上 に 降 り 注 ぐ 太 陽 光 エネルギーをエネルギー 源 として 植 物 などの 生 物 が 光 合 成 を 行 いながら 旺 盛 な 生 命 活 動 を 続 けるとともに 人 間 やほ かの 動 物 などがこれら 植 物 を 多 種 多 様 な 形 で 摂 取 し 再 分 配 し 変 換 することで 維 持 されています このエネルギー 変 換 の 実 体 は 1 個 体 あたり 数 百 種 から 数 千 種 も 存 在 するとされている 代 謝 産 物 が 織 り 成 す 循 環 的 な 化 学 反 応 つまり" 代 謝 "です 生 命 の 特 徴 の 1 つには この 代 謝 によるエネルギー 利 用 の 多 様 性 があげられます その 極 端 な 例 は 植 物 です 植 物 は 太 陽 エネルギーを 利 用 して 二 酸 化 炭 素 や 水 など の 無 機 物 から 有 機 物 を 生 合 成 し やがてデンプンやセルロースといったバイオマス を 大 量 に 蓄 積 することができます 一 方 人 間 動 物 微 生 物 は これら 植 物 など が 蓄 えたバイオマス( 高 分 子 )を 食 糧 として 摂 取 し 体 内 の 多 様 でさまざまな 代 謝 反 応 を 通 して 分 解 合 成 し 成 長 や 移 動 のエネルギー 源 として 活 用 しています( 図 1) 個 々の 代 謝 反 応 と そのつながりである 代 謝 経 路 は 半 世 紀 もの 年 月 をかけて 解 明 され 続 けてきましたが 生 命 の 根 幹 となっている 循 環 的 変 動 的 な 代 謝 反 応 の 全 体 像 をとらえることは 計 測 解 析 の 技 術 が 不 十 分 でこれまで 成 し 得 ていませんで した 2. 研 究 手 法 と 成 果 研 究 チームは 生 体 由 来 の 複 雑 な 代 謝 産 物 を 未 精 製 な 混 合 物 のまま 核 磁 気 共 鳴 (NMR)により 一 斉 に 計 測 する 手 法 を 開 発 するとともに 理 研 横 浜 研 究 所 が 整 備 してきた 世 界 最 大 のNMR 施 設 を 展 開 し メタボローム 解 析 4 を 本 格 的 に 推 進 し てきました (2007 年 5 月 18 日 プレス 発 表 : 世 界 最 大 のNMR 施 設 を 活 用 したメタ ボローム 解 析 を 本 格 始 動 ) NMR 法 は 生 体 分 子 の 構 造 を 原 子 レベルで 解 析 できる ことや さまざまな 無 機 有 機 などの 物 性 の 計 測 が 可 能 で 非 常 に 幅 広 い 情 報 を 抽 出 できます 研 究 チームの 手 法 の 特 徴 は 従 来 のNMR 法 で 用 いられる 精 製 された 物 質 の 構 造 物 性 解 析 のみならず 生 体 由 来 の 代 謝 混 合 物 のような 未 精 製 で 複 雑 な 化 合 物 群 を 一 斉 解 析 できることです 今 回 13 C 安 定 同 位 体 標 識 化 の 手 法 を 植 物 のみならずに 動 物 (カイコ)にも 適 用 し 代 謝 混 合 物 の 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 を 行 いました その 結 果 カイコの 代 謝 混 合 物 試 料 中 に 450 個 以 上 の 13 C 原 子 由 来 の 代 謝 産 物 のピークを 検 出 しました さらに 独 自 開 発 し 整 備 した 140 種 以 上 の 標 準 代 謝 産 物 のNMRデータベースと その 自 動 アノテーションシステム( 代 謝 産 物 解 析 ソフト)による 解 析 から シロイヌナズナとカイコそれぞれから 50 種 以 上 の 代 謝 産 物 を 一 斉 検 出 することができました さらに これらの 代 謝 混 合 物 を 経 時 的 にNMR 解 析 し 13 Cで 標 識 化 された 代 謝 産 物 が 多 様 な 化 合 物 に 巻 き 込 まれながら 代 謝 反 応 していく 様 子 を 網 羅 的 に 観 察 する 新 手 法 を 開 発 しました (1) 動 植 物 にとって 無 害 な 13C 安 定 同 位 体 標 識 物 質 の 追 跡 研 究 チームらが 開 発 してきた 動 植 物 個 体 に 対 する 13 C 安 定 同 位 体 標 識 技 術 を モ デル 植 物 のシロイヌナズナ 培 養 細 胞 とモデル 無 脊 椎 動 物 のカイコに 適 用 し 知 りたい 代 謝 物 の 炭 素 原 子 を 幅 広 く 13 C 安 定 同 位 体 で 置 換 しました( 特 許 出 願 中 ) その 結 果 動 物 や 植 物 個 体 でも 代 謝 産 物 の 大 部 分 の 炭 素 原 子 を 13 Cで 標 識 化 する ことに 成 功 し 今 回 異 種 核 2 次 元 NMR 計 測 2 により 核 スピンの 相 違 で 目 印

となる 13 C と 自 然 界 に 安 定 に 存 在 する 1 H 水 素 の 異 種 核 を 同 時 に 識 別 し 50 種 以 上 の 代 謝 産 物 の 一 斉 検 出 が 可 能 になりました さらに 従 来 はタンパク 質 の 立 体 構 造 解 析 で 用 いられてきた 13 C- 13 C 結 合 を 代 謝 産 物 内 で 観 測 することができ る 異 種 核 3 次 元 NMR 計 測 2 に 世 界 で 初 めて 成 功 しました( 図 2) つまり 異 種 核 2 次 元 NMR 計 測 では 1 H- 13 C 結 合 までしか 観 測 できませんでしたが 異 種 核 3 次 元 NMR 計 測 により 1 H- 13 C- 13 C- 1 H 結 合 まで 観 測 することが 可 能 となり 化 学 構 造 の 多 様 な 代 謝 混 合 物 の 解 析 に 新 しい 道 を 拓 きました (2) 代 謝 経 路 全 体 を 網 羅 的 に 観 察 する 新 手 法 生 物 には 100 種 を 超 える 代 謝 経 路 が 存 在 します 研 究 チームは この 代 謝 経 路 すべてを 多 変 量 解 析 手 法 の 1 つである 主 成 分 分 析 5 と 最 適 化 手 法 の 1 つであ るシミュレーテッドアニーリング 6 法 を 用 いて 1 つの 平 面 内 に 粗 視 化 してレイ アウトし 描 画 する 新 手 法 を 開 発 しました この 方 法 を 13 C 安 定 同 位 体 標 識 し たカイコの 成 長 過 程 の 代 謝 変 動 を 追 跡 する 実 験 で 適 用 しました その 結 果 カ イコ 体 液 の 代 謝 混 合 物 に 含 まれる 50 種 以 上 の 代 謝 産 物 の 強 度 の 同 時 変 動 を 検 出 し その 情 報 を 代 謝 経 路 全 体 図 に 描 画 代 謝 経 路 レベルで 現 れる 変 動 パター ンのマップを 得 ることができました すなわち 動 植 物 を 含 むさまざまな 生 物 の 生 理 的 変 動 が 代 謝 経 路 の 全 体 レベルで 粗 視 化 して 表 現 し 分 類 できること を 明 らかにしました さらに この 結 果 を 代 謝 産 物 レベルで 解 釈 すると 炭 素 / 窒 素 バランス 7 を 保 つために 重 要 なアスパラギン グルタミンなどの 代 謝 産 物 群 が 5 齢 カイコの 脱 皮 直 後 から 蛹 (さなぎ)への 変 態 直 前 で 代 謝 されてほか の 物 質 へと 循 環 するために 大 きく 変 動 していることがわかりました( 図 3) 多 くの 哺 乳 動 物 は さまざまな 栄 養 源 となる 窒 素 源 を 尿 や 糞 として 大 量 に 排 泄 してしまいますが カイコを 含 む 昆 虫 は 体 内 でリサイクルする 機 構 も 備 えて います この 機 構 を 持 つことで 昆 虫 は 栄 養 飢 餓 に 強 く 高 いエネルギー 効 率 を 有 し 4 億 年 の 進 化 の 過 程 のなかを 生 き 抜 いてきました 代 謝 経 路 全 体 を 網 羅 的 に 観 察 する 新 解 析 法 は この 生 命 の 神 秘 を 粗 視 化 図 という 形 で 表 現 する ことに 成 功 したものです 3. 今 後 の 期 待 今 回 開 発 した 13 C 安 定 同 位 体 標 識 技 術 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 代 謝 経 路 全 体 の 粗 視 化 法 を 組 み 合 わせた 新 しい 解 析 法 は 生 活 習 慣 病 の 予 備 症 候 群 の 検 知 環 境 変 動 に 伴 う 植 物 生 長 の 異 常 判 断 など 動 植 物 を 問 わず 広 い 生 物 の 生 理 状 態 例 えば" 健 康 "といった 漠 然 とした 生 理 状 態 の 評 価 手 法 として 応 用 できると 期 待 できます ( 図 4) 例 えば 昨 今 "メタボリック シンドローム"という 言 葉 をよく 耳 にします が 代 謝 変 動 という 内 的 要 因 を 知 ることが 重 要 なのは ヒトに 限 らず 多 くの 動 物 植 物 微 生 物 でも 同 様 です 動 物 実 験 で 用 いたカイコは 生 育 が 早 く コストの 安 いモデル 無 脊 椎 動 物 で 創 薬 や 健 康 食 品 開 発 の 際 マウスやラットのような 哺 乳 類 を 用 いる 前 段 階 として 代 謝 研 究 に 用 いられている 注 目 の 生 物 です ほかの 線 虫 や ゼブラフィッシュといったモデル 無 脊 椎 動 物 も 含 めて 研 究 チームが 開 発 した 新 解 析 法 を 脊 椎 動 物 哺 乳 類 へと 応 用 することで 創 薬 健 康 食 品 の 開 発 が 加 速 化 する と 期 待 されます

また NMRは 国 内 シェアが 最 も 多 い 分 析 装 置 のうちの 1 つで 広 く 流 通 している ため 裾 野 の 広 い 普 及 が 期 待 できます 理 研 でもイノベーション 創 出 事 業 (2008 年 10 月 16 日 お 知 らせ:NMR 施 設 の 外 部 利 用 課 題 に 新 たに 10 研 究 課 題 が 決 定 )に より 世 界 最 大 のNMR 施 設 を 公 開 しています 本 解 析 法 を 物 質 生 産 に 関 わる 植 物 微 生 物 の 生 産 性 増 大 や 動 物 の 健 康 評 価 に 活 用 することで 重 化 学 工 業 農 産 業 食 品 産 業 医 薬 関 連 産 業 に 広 く 貢 献 できると 期 待 されます ( 問 い 合 わせ 先 ) 独 立 行 政 法 人 理 化 学 研 究 所 植 物 科 学 研 究 センター 先 端 NMR メタボミクスユニット ユニットリーダー 菊 地 淳 (きくち じゅん) Tel : 045-503-9439 / Fax : 045-503-9489 技 師 近 山 英 輔 (ちかやま えいすけ) Tel : 045-503-9490 / Fax : 045-503-9489 横 浜 研 究 推 進 部 企 画 課 Tel : 045-503-9117 / Fax : 045-503-9113 (JSTの 事 業 に 関 する 問 い 合 わせ 先 ) 独 立 行 政 法 人 科 学 技 術 振 興 機 構 戦 略 的 創 造 事 業 本 部 研 究 領 域 総 合 運 営 部 瀬 谷 元 秀 (せや もとひで) 102-0075 東 京 都 千 代 田 区 三 番 町 5 三 番 町 ビル Tel : 03-3512-3524 / Fax : 03-3222-2064 ( 報 道 担 当 ) 独 立 行 政 法 人 理 化 学 研 究 所 広 報 室 報 道 担 当 Tel : 048-467-9272 / Fax : 048-462-4715 Mail : koho@riken.jp 独 立 行 政 法 人 科 学 技 術 振 興 機 構 広 報 ポータル 部 広 報 課 Tel : 03-5214-8404 / Fax : 03-5214-8432 Url : http://www.jst.go.jp/ < 補 足 説 明 > 1 安 定 同 位 体 標 識 化 技 術 13 C 15 N 17 Oといった 原 子 核 は 天 然 存 在 比 が 低 いものの 生 体 には 安 全 な 同 位 体 核 であるため これら 含 んだ 化 合 物 を 生 物 に 取 り 込 ませ 標 識 化 して 検 出 を 容 易 にする 方 法 のこと NMR 法 では 陽 子 数 原 子 番 号 とも 偶 数 でない 核 ( 核 スピ ンを 有 する 核 )が 観 測 対 象 であり 安 定 同 位 体 標 識 化 が 極 めて 有 効 である

2 異 種 核 多 次 元 NMR 計 測 異 種 核 2 次 元 NMR 計 測 異 種 核 3 次 元 NMR 計 測 少 なくとも1つの 次 元 に 1 H 以 外 の 核 種 を 用 いたNMR 法 例 えば 異 種 核 2 次 元 NMR 計 測 では 1 H- 13 C 結 合 を 観 測 し 今 回 導 入 した 異 種 核 3 次 元 NMR 計 測 で は 1 H- 13 C- 13 C- 1 H 結 合 を 観 測 することができる 3 核 磁 気 共 鳴 (NMR) 法 化 学 分 析 機 器 としては 最 もシェアの 多 い 分 析 手 法 のうちの 1 つであり 試 料 の 前 処 理 が 不 要 不 溶 試 料 でも 計 測 が 可 能 といった 利 点 があるものの 低 感 度 という 欠 点 も 同 時 に 有 する 化 学 構 造 に 応 じて 磁 場 中 での 共 鳴 吸 収 が 異 なることを 利 用 した 分 析 法 で 代 謝 混 合 物 の 構 造 の 違 いを 反 映 して シグナルが 分 離 する 4 メタボローム 解 析 計 測 可 能 な 代 謝 産 物 群 の 一 斉 解 析 法 のこと 検 出 法 の 感 度 限 界 や 化 合 物 の 溶 解 性 などの 問 題 で 計 測 可 能 な 代 謝 産 物 群 の 数 は 限 られてしまい メタボローム 解 析 の 1 つの 技 術 課 題 となっている 5 主 成 分 分 析 多 変 量 解 析 手 法 の 1 つ サンプル 間 で 最 も 変 動 の 大 きい 軸 を 主 成 分 として 抽 出 す ることに 用 いられる 6 シミュレーテッドアニーリング 焼 きなまし 法 ともいわれ 最 適 化 手 法 の1つ 組 み 合 わせが 膨 大 であるものの 中 から 最 適 なものを 選 び 出 すために 用 いる 組 み 合 わせの 全 パターンの 計 算 が 計 算 量 的 に 不 可 能 である 場 合 に 用 いられることが 多 い 7 炭 素 / 窒 素 バランス 生 物 の 体 内 では 炭 素 と 窒 素 は 単 独 で 代 謝 されるだけでなく 互 いの 存 在 比 (バラ ンス)を 制 御 しながら 成 長 の 各 段 階 各 組 織 での 適 応 をしている 従 って 栄 養 飢 餓 などにより 炭 素 / 窒 素 バランスが 崩 れると 代 謝 全 体 のバランスも 乱 れ 健 康 状 態 を 悪 くする ただし 動 物 の 中 でも 恒 温 動 物 である 哺 乳 類 と 違 い 変 温 動 物 で ある 昆 虫 は 窒 素 リサイクルが 可 能 な 機 構 を 有 しており 栄 養 飢 餓 に 強 い 特 徴 を 有 する

図 1 生 体 物 質 の 循 環 的 な 化 学 反 応 代 謝 (Metabolism) 図 2 動 植 物 異 種 核 多 次 元 NMR メタボローム 解 析 のスキーム 異 種 核 2 次 元 NMR 計 測 では 1 H- 13 C 結 合 までしか 観 測 できなかったが 異 種 核 3 次 元 NMR 計 測 で 1 H- 13 C- 13 C- 1 H 結 合 を 観 測 することが 可 能 となり 化 学 構 造 の 多 様 な 代 謝 混 合 物 の 解 析 に 新 しい 可 能 性 を 開 いた

図 3 安 定 同 位 体 13 Cの 代 謝 過 程 を 追 跡 し 代 謝 経 路 全 体 を 網 羅 的 に 観 察 する 下 部 の 代 謝 経 路 全 体 図 のように 5 齢 カイコの 脱 皮 直 後 から 蛹 (さなぎ)への 変 態 直 前 で 体 液 の 生 理 状 態 が 変 化 する 言 い 換 えれば 代 謝 経 路 の 役 割 が 交 代 する 様 子 を 1 つの 平 面 内 で 色 分 けしてレイアウトし 描 画 できることになる 1 つ 1 つの 記 号 は 代 謝 経 路 を 表 してお り 例 えば は 解 糖 系 を 表 す 活 性 化 された 代 謝 経 路 は 中 心 に 集 まるようにレイアウトされており 脱 皮 直 後 と 脱 皮 後 6 日 目 で 比 較 すると 解 糖 系 ( 青 色 )は 脱 皮 直 後 で 一 方 で 窒 素 循 環 系 ( 黄 色 )は 蛹 (さなぎ)へ の 変 態 直 前 (6 日 目 )で 中 心 にレイアウトされている

図 4 代 謝 バランスの 乱 れを 検 知 することで 健 康 の 維 持 環 境 の 維 持 などへ 応 用 し 得 る 細 胞 個 体 生 態 系 のような 階 層 の 大 きく 異 なる 計 測 対 象 でも 今 回 の 代 謝 経 路 全 体 を 粗 視 化 する 新 手 法 により 異 常 破 綻 をきたした 物 質 の 流 れを 1つの 平 面 内 に 粗 視 化 してレイ アウトし 描 画 することができる