Easy Sep

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きゅういちすすむ
5 years ago
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1 utype v7.1 簡易マニュアル注 : この説明書は英文添付文書の簡易訳です製品に添付されている英文マニュアルも必ずご確認ください 1. システム要件ソフトウェアをインストールするドライブは最低 1GB の空き容量が必要です Windows XP 及び Windows 7 で動作が確認されております 2. シークエンスファイル utype ではシークエンスの際に下記のルールでサンプル名を入力する必要がありますファイル名が的確でないと utype ソフトウェアでは的確に解析が行われないのでご注意くださいサンプル名 (Sample ID) にはスペース / : *? < > は使用できません /5/23 Ver.1.1

3. ソフトウェア使用方法ログイン Supervisor のパスワードは tdm パスワードを入力して Login をクリックすると解析画面に移行します Tips

Supervisor 権限かを選択して Add をクリックすると新たにユーザーを作成できますライブラリー (Reference) の update utype では年に 2

html にアクセスし [Product Documantation] [Nomenclature] からファイルをダウンロードしてくださいメニューバーの [Lib]

2 3. ソフトウェア使用方法ログイン Supervisor のパスワードは tdm パスワードを入力して Login をクリックすると解析画面に移行します Tips Supervisor のパスワードを入れると Admin をクリックできますクリックすると新たにユーザーを作成することが可能になる画面に展開します User 権限か Supervisor 権限かを選択して Add をクリックすると新たにユーザーを作成できますライブラリー (Reference) の update utype では年に 2 回 IMGT/HLA の情報をベースにライブラリーが更新されますにアクセスし [Product Documantation] [Nomenclature] からファイルをダウンロードしてくださいメニューバーの [Lib] アイコンから [Update Library] を選択しますダウンロードしたファイルを選択すると Update が完了します使用している Library のバージョンは画面上で確認可能です /5/23 Ver.1.1

解析領域の設定初期設定では DRB1 の解析領域が制限されています SeCore のキットをご利用の場合には Exon

3 初期設定シークエンス解析範囲の領域やデータベースの場所などを設定する画面ですをクリックすると各種設定が可能です下記以外に P コード G コードなどの読み込みもこの設定画面で行いますデータベースの場所 NMDP コードなどの設定解析領域の設定初期設定では DRB1 の解析領域が制限されています SeCore のキットをご利用の場合には Exon Trim Option で Exon 2, 3 について Full Exon を選択してください /5/23 Ver.1.1

そのエラー部分が赤で表示されますその場合にはシークエンスファイル名を見直した上でファイル名を変更し再度読み込み作業を行ってください

4 シークエンスファイルのロード画面左上のをクリックします [Flexible Load] をクリックするとファイル選択画面が現れますので解析対象ファイルを選択し [Load] をクリックしますファイル名にエラーがあり utype ソフトウェアが判断できなかった場合にはそのエラー部分が赤で表示されますその場合にはシークエンスファイル名を見直した上でファイル名を変更し再度読み込み作業を行ってください解析対象ファイルがリストされるので [Process All] をクリックすると utype がファイルの読み込み及び自動解析を行います /5/23 Ver.1.1

解析画面全般ナビゲーターバーシークエンスディスプレイサンプルウインドウ読み込んだサンプルがリストされる解析結果ウインドウミスマッチが多い場合にはリストされません波形詳細シークエンス波形ディスプレイナビゲーターバーナビゲーターバーでミスマッチのポジションや Forward と Reverse

とのミスマッチの箇所マニュアルで変更した箇所ソフトウェアが自動で補正変更した箇所ユーザーが確認をしてチェックをした箇所シークエンス波形ディスプレイシークエンス波形ディスプレイに表示されている各ポジションでのカラーはナビゲーターバーで表示されるカラーと同一ですディスプレイの見方 - 1 ポジション - 2

5 解析画面全般ナビゲーターバーシークエンスディスプレイサンプルウインドウ読み込んだサンプルがリストされる解析結果ウインドウミスマッチが多い場合にはリストされません波形詳細シークエンス波形ディスプレイナビゲーターバーナビゲーターバーでミスマッチのポジションや Forward と Reverse の結果が異なる箇所などが模式的に表示されますそれぞれのカラーが意味するもの下記以外のカラーに関しては英文マニュアルをご確認くださいカラー意味解析結果ウインドウで選択されている Allele Pair とミスマッチしている箇所 Forward と Reverse の配列が異なる箇所可能性が高い Allele Pair とのミスマッチの箇所マニュアルで変更した箇所ソフトウェアが自動で補正変更した箇所ユーザーが確認をしてチェックをした箇所シークエンス波形ディスプレイシークエンス波形ディスプレイに表示されている各ポジションでのカラーはナビゲーターバーで表示されるカラーと同一ですディスプレイの見方 - 1 ポジション - 2 ミスマッチなどのマーカー - 3 ユーザー確認などのマーカー - 4 コンセンサスシークエンス - 5GSSP のパターンシークエンス - 6Edit した記録 - 7Ab1 ファイルでの結果総合パターン - 8Allele 1 と 2 をあわせたパターン配列 - 9Allele 1 の配列 - 10Allele 2 の配列 /5/23 Ver.1.1

7 及び 8 が異なる場合には 8 の部分がピンクで表示されます Tips ポジション部分のグレーエリアをクリックすると波形詳細のウインドウを開いたり閉じたりすることが出来ます Tips 配列がデータベースに登録されていない場合などは Allele の配列の部分は *( アスタリスク ) で表示されますシークエンス波形ディスプレイ (& 波形詳細ウインドウ )

6 7 及び 8 が異なる場合には 8 の部分がピンクで表示されます Tips ポジション部分のグレーエリアをクリックすると波形詳細のウインドウを開いたり閉じたりすることが出来ます Tips 配列がデータベースに登録されていない場合などは Allele の配列の部分は *( アスタリスク ) で表示されますシークエンス波形ディスプレイ (& 波形詳細ウインドウ ) アクティブな波形が青で表示シークエンスファイル名とシグナル情報など Quality Value のヒストグラム現在のポジションの波形の拡大 ( 詳細 ) 現在のポジションボタン操作で拡大 / 縮小が可能現在のポジション情報サンプル名エクソンコドン DNA ポジションアミノ酸コード Quality Value /5/23 Ver.1.1

Tips シークエンス波形ディスプレイ上で [Ctrl+D] をすると ab1 ファイル全体を見ることが可能です解析結果ウインドウ解析結果ウインドウには結果のアリルリストが表示されます解析画面で Edit を行うとそれに伴い解析結果ウインドウの状況はリアルタイムに変化します

GSSP プライマー ( 別売 ) で解決可能 S 表示の場合には SSP( 別売 ) で解決可能 - MM: ミスマッチの数横に * が表示されるのは Null アリルとのペアの際で右クリックすることでメッセージウインドウが表示され条件に応じて確認を行い削除可能です -

7 Tips シークエンス波形ディスプレイ上で [Ctrl+D] をすると ab1 ファイル全体を見ることが可能です解析結果ウインドウ解析結果ウインドウには結果のアリルリストが表示されます解析画面で Edit を行うとそれに伴い解析結果ウインドウの状況はリアルタイムに変化しますシークエンス配列情報がデータベースにない場合にはピンクで表示 Allele 1 及び Allele 2 が共に CWD の場合には緑で表示 -r: 左が CWD, 右が CWD 外 r-: 右が CWD 外右が CWD rr: どちらも CWD 外 Z 表示があるものは GSSP プライマー ( 別売 ) で解決可能 S 表示の場合には SSP( 別売 ) で解決可能 - MM: ミスマッチの数横に * が表示されるのは Null アリルとのペアの際で右クリックすることでメッセージウインドウが表示され条件に応じて確認を行い削除可能です - Info: 上記のとおり S が表示される - Show Options: どの部分に変異かあるかを示しますまた Show Options をクリックすると左の Allele 表示を P グループ /G グループ /4 桁表示に変更が可能です /5/23 Ver.1.1

サンプルウインドウ今回読み込んだサンプルがリストされますサンプル名の左の +E Aをクリックするとそのサンプルに属するシークエンスファイルが表示されます - Sample: Sample 名で降順に表示 - Locus: 対象ローカス又は GSSP プライマー (Codon86, GTG など ) - A, T, C, U, S カラムカラム表示内容 A

8 サンプルウインドウ今回読み込んだサンプルがリストされますサンプル名の左の +E Aをクリックするとそのサンプルに属するシークエンスファイルが表示されます - Sample: Sample 名で降順に表示 - Locus: 対象ローカス又は GSSP プライマー (Codon86, GTG など ) - A, T, C, U, S カラムカラム表示内容 A マーカーがなく結果が表示されている場合 T C U S 無印マーカーが表示されておりユーザーの確認が完了していない場合ユーザーがマニュアルで edit をしているがマーカー部分の確認が完了していない場合タイピングが完了しアサインされている場合アサインされていない場合クリックでコメント入力可能コメントが入力されていると緑で表示ユーザーが確認を終えたらクリックする事で緑の表示をつける事が出来ます再度クリックすると緑のチェックが外れますユーザー (U) がチェックをし緑の表示がされている状態で Supervisor が確認を終えたらクリックする事で青の表示をつける事ができます Supervisor が青の表示にした場合には再度その青をクリックして外す作業を行わないと解析の変更は一切行えませんまたユーザー権限ではその青のチェックを外すことはできませんシークエンスの確認ナビゲーションパネルもしくはキーボードでシークエンス配列を確認してチェックもしくは変更をしていくことで解析を行いますナビゲーションパネルの表示下記のをクリックすると表示されます /5/23 Ver.1.1

ナビゲーションパネルの説明現在のエクソンの最初入力した数字の入力した数字のもしくは最後へ移動コドンへ移動塩基へ移動マーカーの場所をチェックする 1 塩基ずつ移動際に使用多型の場所へ移動マーカーの場所へ移動サンプルの移動シークエンスウインドウの高さの拡大及び縮小シークエンスウインドウの波形の幅の拡大及び縮小シークエンス波形の高さの拡大及び縮小 Tips

9 ナビゲーションパネルの説明現在のエクソンの最初入力した数字の入力した数字のもしくは最後へ移動コドンへ移動塩基へ移動マーカーの場所をチェックする 1 塩基ずつ移動際に使用多型の場所へ移動マーカーの場所へ移動サンプルの移動シークエンスウインドウの高さの拡大及び縮小シークエンスウインドウの波形の幅の拡大及び縮小シークエンス波形の高さの拡大及び縮小 Tips キーボードで [Q] をマーカーポジションで押すとと同じようにチェック済みのマーカーが付きます Tips 下図メニューバーの [Marked][Polymorphic][Each Base] でそれぞれが選択されている際にはナビゲーションパネルのマーカーの場所へ移動多型の場所へ移動 1 塩基ずつ移動と同じでキーボードのでそれぞれの箇所に移動します塩基を変更する際にはそのポジションでキーボードのアルファベットをタイプするか画面左下のバーから選択をする事で実施します全てのマーカー部分のチェックが完了するとサンプルウインドウの表示が緑に切り替わります /5/23 Ver.1.1

シークエンス反応で読み始めの部分が乱れていることがあり解析の邪魔をすることがありますその場合にはその乱れた波形部分を解析対象外にすることが可能です対象となるシークエンス波形のポジションで右クリックすることでウインドウが開きますのでそこから

10 シークエンス反応で読み始めの部分が乱れていることがあり解析の邪魔をすることがありますその場合にはその乱れた波形部分を解析対象外にすることが可能です対象となるシークエンス波形のポジションで右クリックすることでウインドウが開きますのでそこから [Exclude Right( もしくは Left)] を選択してください ( 例 : 下記の場合には Reverse 側の右の波形が乱れているので [Exclude Right] をクリックします ) /5/23 Ver.1.1

結果のアサインシークエンスの確認が完了したら解析結果ウインドウでミスマッチなどの状況を確認します解析結果ウインドウで 1 ミスマッチなどの箇所を確認するにはそのペアをクリックすることでミスマッチ部位が確認できます解析が完了したらサンプルウインドウで対象サンプルの [T] のカラムをクリックすると下図のウインドウが表示されます [Type in Detail (Double click

11 結果のアサインシークエンスの確認が完了したら解析結果ウインドウでミスマッチなどの状況を確認します解析結果ウインドウで 1 ミスマッチなどの箇所を確認するにはそのペアをクリックすることでミスマッチ部位が確認できます解析が完了したらサンプルウインドウで対象サンプルの [T] のカラムをクリックすると下図のウインドウが表示されます [Type in Detail (Double click an allele pair to assign a type] をクリックすると右の [Assigned Type] にアサインした結果が表示されます下図の例では一つしかありませんが結果によっては複数の行が表示されますのでアサインする場合にはその一つをダブルクリックでアサインしてください [X] アサインしたものを削除 [R]NMDP コードを分解 [V] 上のウインドウに詳細を表示 [Assigned Type] に表示がされたらこのボタンをクリックするとアサインされたことになりますアサインされるとサンプルウインドウでの [T] のカラムが緑色に表示変更されます P グループや G グループでの表示へ変更することも可能です /5/23 Ver.1.1

おくことでそれを読み込む事も可能 [Save All & Exit] でリストされたサンプルの解析結果を保存レポート解析結果の報告書

12 結果の保存解析が完了したら [File Save All] をクリックするかをクリックします下図ウインドウが表示されます保存の前に Case ID, サンプルの First Name などを入力できます CSV ファイルで Case ID を作成しておくことでそれを読み込む事も可能 [Save All & Exit] でリストされたサンプルの解析結果を保存レポート解析結果の報告書 ( レポート ) を作成しますメニューバーのをクリックすると下図ウインドウが開きます適した形でのレポートが出力されます /5/23 Ver.1.1

各ボタンの説明ボタン Current Locus Current Sample All Samples QC Features Export Detail (xml) Summary report (pdf) Detail Report (pdf) All Samples Match Export (xls)

13 各ボタンの説明ボタン Current Locus Current Sample All Samples QC Features Export Detail (xml) Summary report (pdf) Detail Report (pdf) All Samples Match Export (xls) 説明参照しているローカスのみをレポート対象とする場合参照しているサンプルのみをレポート対象とする場合全てをレポート対照とする場合 Quality Value のまとめ等が出力可能トラブルシューティングなどでも私用可能 Xml フォーマットでの詳細レポートの出力クリックすると xml の保存先を指定するウインドウが現れます PDF フォーマットでのサマリーレポートが表示されます PDF フォーマットでの詳細レポートが表示されます Detail Report (pdf) Detail Report ではユーザーが出したいデータを PDF に出力することが可能です上部にあるチェックボックスにて出力したい内容を選択してください実施内容は保存されますので次回以降は最後の設定内容と同じになります [Save to PDF] をクリックすると PDF での保存画面に移行します /5/23 Ver.1.1

保存した結果の再解析一度保存したファイルを再度レビューもしくは解析する際にはメニューバーのをクリックします新たに現れたウインドウでファイルが保存された期間やサンプル ID などで対象とするファイルを検索し [Load Unchecked Samples] もしくは [Load checked Samples] をクリックすると選択したサンプルが Load

14 保存した結果の再解析一度保存したファイルを再度レビューもしくは解析する際にはメニューバーのをクリックします新たに現れたウインドウでファイルが保存された期間やサンプル ID などで対象とするファイルを検索し [Load Unchecked Samples] もしくは [Load checked Samples] をクリックすると選択したサンプルが Load され解析画面に移行します株式会社ベリタス東京都港区浜松町住友東新橋ビル 3 号館 5 階 TEL FAX 技術的なお問い合わせは :TEL techservice@veritastk.co.jp /5/23 Ver.1.1

カルテダウンロード操作マニュアル

カルテダウンロード操作マニュアルカルテ ZERO 操作マニュアルカルテダウンロード Ver1. 3 目次カルテダウンロードカルテダウンロード時の注意点 1. インストール 2. カルテダウンロード 2-1. 時間を設定し自動でダウンロードする方法 2-2. 手動でダウンロードする方法 3. 補足説明 P.3 P.4 P.9 P.14 P.18 P.20 カルテダウンロード時の注意点カルテダウンロードは Windows 7