Microsoft Word - 4D Viewer for V710.doc

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1 4D Viewer (File Menu) 4D Viewer 機能は ND 形式 Stack 形式 TIFF 形式 JPEG 形式 BMP 形式などで保存されている2 次元または 3 次元画像データセットを用いてさまざまなスタイルで画像表示ならびに 計測を行うオプションモジュールです 特長 シングル画像表示 多次元データセット (.nd) Stacks(.stk) 連続ファイル(.jpg.tif) や共焦点顕微鏡画像の表示 3 次元立体構築状態での拡大 縮小表示および 回転表示 3 次元計測ならびに 計測データ出力 最大 8 波長までの同時表示 表示階調調整および 擬似カラー表示 Isosurface 表示 3 次元空間の格子点での値の分布データから その等高面 ( 等数値面 ) を描く手法 動画形式ファイル作成機能 (AVI ファイル ) Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (1/37)

2 画像 ( データセット ) の表示ここでは 表示を行いたい画像の選択ならびに 画像表示の手順を説明します 1. [File] メニューから [Open in 4D Viewer] を選び ダイアログボックスから開きたい画像または データセットを選択します 2. フィル名を選択したら [ 開く (O)] ボタンをクリックします 3. MetaMorph デスクトップに 4D Viewer ウィンドウが表示されます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (2/37)

3 4D Viewer ウィンドウの操作方法ここでは表示されている 4D Viewer ウィンドウの操作方法を説明します Z 軸情報を持つ画像データの操作 2 次元表示または 3 次元立体構築表示が行えます 表示モードの切り替えは View プルダウンから [2D Stack] または [3D Volume] のいずれかを選びます 2D Stack 表示例 3D Volume 表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (3/37)

4 2D Stack モード画像の拡大 縮小表示画像の拡大 縮小は表示ウィンドウ右にあるボタンをマウスで操作 (+で拡大 -で縮小 ) するか 表示中の画像をマウスで1 度クリックした後に マウスのセンターホイールを上下にスクロール ( 上にくるくる回すと拡大 下にくるくる回すと縮小 ) します また キーボードの Page Up キーで拡大 Page Dn キーで縮小表示も可能です なお この時の拡大 縮小率はボタンの上に数値で示されます 拡大表示 縮小表示 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (4/37)

5 擬似カラー表示表示画像を任意の色で擬似カラー表示することができます 擬似カラー表示させるためにはボタンをクリックし リストの中から色指定するか リストの中の Custom を選んで自分の好みの色を抽出して使用することができます Green で色指定 表示階調調整表示画像の階調調整を自動または 手動で行うことができます 階調調整するにはボタンをクリックし Auto Scale を選ぶか Scale Image を選んで上限値と下限値を設定します 表示画像左脇のスケールバーでの調整も可能です マーカをマウスで上下させることで Scale Image の Low / High 設定値を変えることができます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (5/37)

6 Z 軸面の選択焦点面を指定しての表示や Z 軸をスキャンさせての表示が可能です マウスで Z スクロールバーを上下に動かすか ボタンで焦点面番号の小さい方へ移動ボタンで焦点面番号の大きい方へ移動キーボードの キーで焦点面番号の小さい方へ移動キーボードの キーで焦点面番号の大きい方へ移動なお コマ送りをする場合は赤い枠の中のボタンを使用し連続コマ送りする場合は青い枠の中のボタンを使用します ボタンを押して 連続コマ送りの条件設定 (Z Play Preferences) も可能です Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (6/37)

7 3D Volume モード画像の拡大 縮小表示画像の拡大 縮小は表示ウィンドウ右にあるボタンをマウスで操作 (+で拡大 -で縮小 ) するか 表示中の画像をマウスで1 度クリックした後に マウスのセンターホイールを上下にスクロール ( 上にくるくる回すと拡大 下にくるくる回すと縮小 ) します また キーボードの Page Up キーで拡大 Page Dn キーで縮小表示も可能です なお この時の拡大 縮小率はボタンの上に数値で示されます 拡大表示 縮小表示 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (7/37)

8 画像の回転マウスやキーボードを用いて画像を回転することができます ボタンをクリックすると瞬時に正面から眺めた表示状態に変わります Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (8/37)

9 ボタンをクリックすると瞬時に上部から眺めた表示状態に変わります ボタンをクリックすると瞬時に左側面より眺めた表示状態に変わります Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (9/37)

10 ボタンをクリックすると瞬時に左方向に 90 度画像を回転させます ボタンをクリックすると瞬時に下方向に 90 度画像を回転させます ボタンをクリックすると瞬時に時計回りに 90 度画像を回転させます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (10/37)

11 ブレンディング手法の変更 Maximum 表示例 Linear Blending 表示例 Minimum 表示例 Guadratic Blending 表示例 ( あらかじめ画像を反転させ使用 ) Average 表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (11/37)

12 画像枠 座標軸 座標軸名を表示させた例 画像背面色ならびに画像枠の色を変えた表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (12/37)

13 多次元データ情報 (Z 軸 多波長 時間 ステージ ) を持つ画像の操作 2 次元表示または 3 次元立体構築表示が行えます 表示モードの切り替えは View プルダウンから [2D Stack] または [3D Volume] のいずれかを選びます 2D Stack 表示例 3D Volume 表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (13/37)

14 2D Stack モード波長の選択すべての波長の表示を有効にした例 すべての波長のチェックボックスにチェックを入れる 特定波長のみを非表示に変更した例 DIC のチェックを外す Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (14/37)

15 波長ごとの表示色を変更 [Edit] メニューから [Channels] を選択 Channels ダイアログボックスで変更したい波長の Color プルダウンから指定したい色を選びます 色を変更した例 リストから使用したい LUT を選択する Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (15/37)

16 好みの色を指定する場合 [Edit] メニューから [Channels] を選択 Channels ダイアログボックスで変更したい波長の Color プルダウンで Custom を選び レインボーカラーマップで色を 右脇の明暗バーで明るさを指定して [ 色の追加 (A)] をクリックして最後に [OK] ボタンをクリックします 色をカスタマイズした例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (16/37)

17 時間軸の選択時間情報を持つデータセットの場合は 時間軸方向に画像をスキャンすることができます 時間軸を動かすには Time スクロールバーを左右に動かすか コマ送りボタン ( 赤い枠 ) または 連続コマ送りボタン ( 青い枠 ) を使用します また キーボードの キー キーも利用できます ボタンを押して 連続コマ送りの条件設定 (Time Play Preferences) も可能です 時間軸を動かして表示した例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (17/37)

18 Z 軸面の選択焦点面を指定しての表示や Z 軸をスキャンさせての表示が可能です マウスで Z スクロールバーを上下に動かすか ボタンで焦点面番号の小さい方へ移動ボタンで焦点面番号の大きい方へ移動キーボードの キーで焦点面番号の小さい方へ移動キーボードの キーで焦点面番号の大きい方へ移動なお コマ送りをする場合は赤い枠の中のボタンを使用し連続コマ送りする場合は青い枠の中のボタンを使用します ボタンを押して 連続コマ送りの条件設定 (Z Play Preferences) も可能です Z 軸を動かして表示した例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (18/37)

19 ステージポジションの選択ステージ情報を持つデータセットの場合は ステージ位置を選んで画像表示できます ステージの選択は ステージセレクタ ( ) を使用します Stage Position #1 Stage Position #2 Stage Position #3 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (19/37)

20 3D Volume モード波長の選択すべての波長の表示を有効にした例 すべての波長のチェックボックスにチェックを入れる 特定波長のみを非表示に変更した例 DIC のチェックを外す Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (20/37)

21 時間軸の選択時間情報を持つデータセットの場合は 時間軸方向に画像をスキャンすることができます 時間軸を動かすには Time スクロールバーを左右に動かすか コマ送りボタン ( 赤い枠 ) または 連続コマ送りボタン ( 青い枠 ) を使用します また キーボードの キー キーも利用できます ボタンを押して 連続コマ送りの条件設定 (Time Play Preferences) も可能です 時間軸を動かして表示した例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (21/37)

22 画像を回転させた状態での表示例 ステージポジションを変えた表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (22/37)

23 ブレンディング手法を変更した表示例 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (23/37)

24 計測機能 1. 対象物の計測が行えます 測定をするためは 表示モードを 3D Volume にします 2. 測定したい対象物の波長を選択し 必要のないチャネルのチェックを外し Threshold を設けたい波長にチェックブロックをつけます クリックすることで移動します このマークがある波長に Threshold が設定されます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (24/37)

25 3. Threshold で閾値の設定を行います 上の例では閾値設定が施されている領域を緑色で表示している 閾値設定範囲の色は [Color] ボタンをクリックして 任意に設定が可能 4. Isosurface ボタン ( ) をクリックして Enable にします 5. ボタンが切り替わります ( ) Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (25/37)

26 6. [Measurements] メニューから [Object Measurements] を選びます 7. 計測データが表示されます 8. 着目したい対象物を画像中でダブルクリックします 9. 画像とデータがハイライトされます 計測データをファイルに書き出したい場合は あらかじめ MetaMorph の [Log] メニュー [Open Data Log] を用いてファイルを作成し [Log Data] ボタンをクリックします Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (26/37)

27 10. 対象物が複数ある場合には 画像を必要数クリックします Object Measurements 計測データリストから逆に対象物を指定することもできます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (27/37)

28 動画作成機能 [Movie] メニューの [Rotation] 及び [Time Series] で動画形式ファイル (AVI ファイル ) を作成することが可能です 1. Rotation Movie このボタンをクリックし AVI ファイルを作成しますと下方向に回転する動画を作成します このボタンをクリックし AVI ファイルを作成しますと左方向に回転する動画を作成します このボタンをクリックし AVI ファイルを作成しますと時計回りに回転する動画を作成します Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (28/37)

29 Total rotation では 現在の表示からどれくらいの回転を動画にするかを設定します Movie duration では 動画ファイル構築されたデータの全体の時間を設定します Quality では 1 秒間で再生されるファイルの枚数を指定することが可能です これにより希望される速度での動画ファイルを作成することが可能です 最小は 1 frames/s で最大は 30 frames/s です 2. Time Series Movie 動画を作成する最初と最後のフレームを それぞれ First frame Last frame に設定します Movie duration では 動画ファイル構築されたデータの全体の時間を設定します Quality では 1 秒間で再生されるファイルの枚数を指定することが可能です これにより希望される速度での動画ファイルを作成することが可能です 最小は 1 frames/s で最大は 30 frames/s です Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (29/37)

30 Z 軸間 ( 焦点面間 ) の距離補正 [Edit] メニューの [Z Calibration] で値を変更すると Object Measurements 計測データの Calibrated Voxel Volume 値も合わせて変更されます Z Calibration が 2.00 の時 Z Calibration が に変更した時 Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (30/37)

31 4D Viewer メニュー説明 File メニュー [Open] 4D Viewer で開きたい画像ファイルを選択し 表示します [Open Sequential] 連続ファイルを用いて 表示します [Save] 画像の保存を行います ( 現バージョンでは 使用できません ) [Save As] ファイル名を確認しながら画像の保存を行います ( 現バージョンでは 使用できません ) [Revert to Saved] 変更された画像を最後に保存された状態に回復します [Close 4D Viewer] 4D Viewer アプリケーションを終了します Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (31/37)

32 Edit メニュー [Copy as Displayed] 4D Viewer ウィンドウで表示されている画像をそのまま複写することが出来ます [Image Info] 4D Viewer で現在使用している画像の情報を表示します [Z Calibration] Z 軸間 ( 焦点面間 ) の距離補正を行います [Channels] 4D Viewer で使用するチャネル名 ( 波長名 ) 表示色ならびに 各チャネルの表示/ 非表示設定を行います [Threshold] 2 値化の閾値設定を行いますチャネル ( 波長 ) ごとに独立して閾値設定ならびに 色の指定が可能です [Scale Image] 表示画像の階調調整を自動または 手動で行いますチャネル ( 波長 ) ごとに独立して階調調整が可能です [Isosurface] Isosurface 表示の諸設定と変更を行いますチャネルごとにチャネル名 ( 波長名 ) Surface 表示色 ハイライト時の表示色 Isosurface 表示をするか否かが設定可能です [Reset All Channel Settings] すべてのチャネル ( 波長 ) の表示設定を初期値に戻します Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (32/37)

33 View メニュー (2D View と 3D View で使用できる項目が異なります ) [2D View] 2 次元モードで表示します [3D Volume] 3 次元 ( 立体構築 ) モードで表示しますこのモードではブレンディング手法の選択ならびに 任意の角度での表示が可能です [Maximum] それぞれの画素位置でプレーン間の一番高い輝度値を用いて表示します ( 蛍光画像など ) [Minimum] それぞれの画素位置でプレーン間の一番低い輝度値を用いて表示します ( 明視野画像など ) [Average] それぞれの画素位置でプレーン間の平均輝度値を用いて表示します [Linear Blending] 各画素の輝度値に基づいてその輝度値が低い場合は透明度を上げ 逆に輝度値が高い場合には透明度を下げて表示します [Guadratic Blending] Linear Blending 同様に計算された各画素の輝度値に基づいて調合具合を調整表示しますが Linear Blending よりも輝度値が低い場合はその透明度をより強く上げ 逆に輝度値が高い場合は透明度をより下げて表示します [Detail Levels] 3 次元構築の表示レベルを5 段階 (1-Highest Detail 2-High Detail 3-Medium Detail 4-Fast/Low Detail 5-Fastest/Lowest Detail) で設定します Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (33/37)

34 Display [Show Frame] 3 次元立体構築表示時に画像枠を表示します 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Show XYZ Axes] 3 次元立体構築表示時に座標軸 (X: 赤 Y: 緑 Z: 青 ) を表示します 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Show XYZ Axis Labels] 3 次元立体構築表示時に座標軸名 (X Y Z) を表示します 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Set Background Color] 画像背面の色を指定します 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Set Frame Color] 画像枠の色を指定します 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Show All Toolbars] すべてのツールバーを表示します [Hide All Toolbars] すべてのツールバーを非表示にします [Channel Toolbar] チャネルツールバーの表示 / 非表示を切り替えます [Zoom Toolbar] ズームツールバーの表示 / 非表示を切り替えます [Rotate Toolbar] ローテートツールバーの表示 / 非表示を切り替えます 2 次元表示モードでは使用できません (3D Volume 時のみ ) [Time Toolbar] タイムツールバーの表示 / 非表示を切り替えます時間情報を持たないデータセットの場合には使用できません [Z Toolbar] Z ツールバーの表示 / 非表示を切り替えます 3 次元表示モードでは使用できません (2D Stack 時のみ ) [View Toolbar] View ツールバーの表示 / 非表示を切り替えます Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (34/37)

35 Measurements [Object Measurements] 対象物の計測を行います測定するためには まず 3D Volume 表示モードにし 測定したい対象領域に閾値設定を施し さらに Isosurface モードにしなければいけません [Log Measurements] 測定データを Log ファイルとして出力します ( 現バージョンでは使用できません ) Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (35/37)

36 Movie [Rotation] Z 軸情報をもった画像の場合にのみ有効で X 軸 Y 軸 Z 軸いずれかの方向に対し回転をさせた画像の AVI ファイルを作成します [Time Series] 時間情報をもった画像の場合にのみ有効で Timelapse 画像の AVI ファイルを作成します Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (36/37)

37 Help [Help] ヘルプファイルを表示します [Keyboard and Mouse Controls] 4D Viewer で使用できるキーボードとマウス制御機能を表示します 3 次元表示モード時キーボード操作 [ ] または [ ]: 水平方向に回転 [ ] または [ ]: 垂直方向に回転 [Ctrl キー ]+[ ]: 時計回りに回転 [Ctrl キー ]+[ ]: 反時計回りに回転 [Page Up]: 画像拡大表示 [Page Dn]: 画像縮小表示マウス操作水平 垂直回転 : 左ボタンでドラッグ時計 半時計回転 : キーボードの [Ctrl] キーを押さえながら左ボタンでドラッグパンニング : キーボードの [Shift] キーを押さえながら左ボタンでドラッグ 2 次元表示モード時キーボード操作 [ ] または [ ]: 時間軸方向の画像送り [ ] または [ ]:Z 軸方向の画像送り [Page Up]: 画像拡大表示 [Page Dn]: 画像縮小表示マウス操作ズーミング : マウスのセンターホイールで画像拡大 縮小表示 [Problem?] 下記のようなウィンドウを表示します 4D Viewer では ご使用になられているビデオコントローラにより機能を十分に活かしきれない場合がございます こちらはドライバの更新をお勧めするウィンドウになります Molecular Devices Japan KK/ Imaging Team (37/37)