Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby BioPerl BioPython BioJava BioDAS BioMOBY BioPipe EMBOSS Ensembl OmniGene GMOD GBrowse Apollo OBDA BioCa

Size: px
Start display at page:

Download "Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby BioPerl BioPython BioJava BioDAS BioMOBY BioPipe EMBOSS Ensembl OmniGene GMOD GBrowse Apollo OBDA BioCa"

Transcription

1 BioRuby 京大化研バイオインフォマティクスセンター 2003/1/28 infobiologist 第二回研究会 ۆ 伝研

2 Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby BioPerl BioPython BioJava BioDAS BioMOBY BioPipe EMBOSS Ensembl OmniGene GMOD GBrowse Apollo OBDA BioCaml BioLisp BioCyc BioConductor BioPathways BioBlog BioLinux :

3 BioHackathon 2002/01 Arizona, 2002/02 Cape Town 2003/02 Singapore Will be annual event? Hackathon 1 week intensive hacking BOSC (ISMB) for open discussion

4 Schedule hack hack hack

5 Hacking Room

6 Hacking Matrix

7 Hacking Sofa

8 BioRuby hackathon results BioFetch BioSQL EMBL/GenBank/SwissProt in MySQL/PostgreSQL BioRegistry ~/.bioinformatics/seqdatabase.ini /etc/bioinformatics/seqdatabase.ini

9 OBDA Open Bio* Open Bio* Sequence Database Access BioRegistry (Stanza) BioFlat (Simple index, BDB) BioFetch (CGI/HTTP) BioSQL (MySQL, PostgreSQL, Oracle) XEMBL (SOAP based) BioCORBA (BSANE compliant)

10 BioFlat % bioflat --makeindex mydatabase gbvrl*.seq % bioflat mydatabase ENTRY_ID

11 BioFetch WWW (HTTP) CGI EBI dbfetch BioRuby biofetch.rb format=default format=fasta ( ) style=html style=raw db=genbank db=prosite db=pathway... id= ID

12 biofetch.bioruby.org/

13 BioSQL GenBank/EMBL/SwissProt BioPerl sequence MySQL or PostgreSQL or Oracle RDBMS BioPerl BioJava

14 BioRegistry (Stanza ) ~/.bioinformatics/seqdatabase.ini /etc/bioinformatics/seqdatabase.ini [swissprot] protocol=biosql location=db.bioruby.org dbname=biosql driver=mysql biodbname=sp DB name [genbank] [swissprot] etc. Protocol Location [embl] protocol=biofetch location= biodbname=embl : biosql, index-berkeleydb, index-flat, biofetch, bsane-corba, xembl

15 OBDA #!/usr/bin/env ruby require 'bio' reg = Bio::Registry.new # # OBDA HTTP MySQL # db # fetch db = reg.db("swissprot") entry = db.fetch("tetw_butfi")

16 Nature 417: (2002)

17 Table mountain

18 Sunset

19 BioRuby Bio::Sequence, Bio::Location, Bio::Feature Bio::DB Bio::Blast, Bio::Fasta Blast/Fasta Bio::PubMed, Bio::Reference BibTeX Bio::Registry, Bio::SQL, Bio::Fetch, Bio::FlatFile OBDA Bio::Pathway, Bio::Relation

20 FASTA BioRuby #!/usr/bin/ruby require 'bio' flatfile = Bio::FastaFormat.open('filename') flatfile.each do entry puts entry.entry_id puts entry.seq puts entry end

21 FASTA BioPerl #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO; my $seqio = new Bio::SeqIO(-format => 'fasta', -file => 'filename'); While ( my $entry = $seqio->next_seq ) { print $entry->display_id, "\n"; print $entry->seq, "\n"; print ">", $entry->desc, "\n", $entry->seq, "\n"; }

22 FASTA BioPython #!/usr/bin/python from Bio import Fasta iter = Fasta.Iterator(open('filename'), Fasta.RecordParser()) while 1: entry = iter.next() if not(entry): break print entry.title print entry.sequence print entry

23 #!/usr/bin/env ruby # hello world for bioinformatician require 'bio' gene = Bio::Seq::NA.new("catgaattattgtagannntgataaagacttgac") prot = gene.translate Ë "HELL*XW*RLD" puts plot.split('x').join(' ').capitalize.gsub(/\*/, 'o') << '!' Ë ["HELL*", "W*RLD"] Ë "HELL* W*RLD" Ë "Hell* w*rld" Ë "Hello world" Ë Hello world!

24 Blast/Fasta/Hmmer BioRuby GenomeNet EMBOSS BioRuby Jemboss, Bio-EMBOSS

25 Blast BioRuby Blast local #!/usr/bin/ruby require 'bio' blast = Bio::Blast.local('blastp', 'hoge.pep') flatfile = Bio::FastaFormat.open('queryfile') flatfile.each do seq result = blast.query(seq) result.each do hit puts hit.query_id, hit.target_id, hit.evalue if hit.evalue < 0.05 end end

26 BioPerl Blast local (SearchIO ) #!/usr/bin/perl use Bio::SeqIO; use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast; use Bio::Tools::BPlite; = ('program' => 'blastp', 'database' => 'hoge.pep'); my $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params); my $input = Bio::SeqIO->new(-format => 'fasta', -file => "queryfile"); while ( my $seq = $input->next_seq ) { $result = $factory->blastall($seq); while ( my $hit = $result->nextsbjct ) { while ( my $hsp = $hit->nexthsp ) { print $result->query, $hit->name, $hsp->p, "\n" if $hsp->p < 0.05; last; } } }

27 BioPython Blast local #!/usr/bin/python from Bio import Fasta from Bio.Blast import NCBIStandalone iterator = Fasta.Iterator(open("queryfile"), Fasta.RecordParser()) while 1: query = iterator.next() if not(query): break open("query.fst", "w").write(str(query)) out, error = NCBIStandalone.blastall("blastall", "blastp", "hoge.pep", "query.fst") parser = NCBIStandalone.BlastParser() result = parser.parse(out) for alignment in result.alignment: for hsp in alignment.hsps: if hsp.expect < 0.05: print query.title, alignment.title, hsp.expect

28 PubMed PubMed #!/usr/bin/env ruby require 'bio' entries = Bio::PubMed.search(ARGV.join(" ")) puts entries % pmsearch.rb genome bioinformatics Medline

29 PubMed ID BiBTeX #!/usr/bin/env ruby require 'bio' ARGV.each do pmid entry = Bio::PubMed.query(pmid) reference = Bio::MEDLINE.new(entry).reference puts reference.bibtex end % pm2bibtex.rb BiBTeX

30 /bb [^b]{2}/ to be or not to be GenBank GenBank Location bio/location.rb location <aside>why oh why doesn't Perl have a nice garbage collector. And when Perl 6 comes and Parrot does have one, will Perl 5 be "ported" to Parrot?</aside> said Ewan Ruby :-)

31 Open Bio* Open Bio* Info q--p

32 bioruby.org/

33 q--p BioRuby URL, PMID, ISBN

34 q--p BioRuby PubMed HTML cron MySQL HTML

35 GMOD/GBrowse w/ KEGG Stein Ensemble, DAS gmod.bioruby.org/

36 BRGB GenBank, RefSeq MySQL GD PNG SVG A0

37 kumamushi.net/

38 1mm MPa (6000 ) 90% 30MPa 300MPa 100 tun : DNA

39 くまむし観察装置

40

41

42

43 9

44 BioRuby BioSQL, GFF, DAS GMOD/GBrowse KEGG API SOAP(DAS, XEMBL, ), CORBA EMBOSS, ClustalW, MAFFT PATHWAY, SSDB, KO, GO, InterPro BioFetch Entrez E-utils PDB

45 BioRuby.org ftp://bioruby.org/ cvs.bioruby.org presentation by T. Katayama

BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby

BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby BioRuby, BioRuby Ruby Bioinfomatics Blast BioPerl, BioJava, BIoPython Ruby Open Bio* O B F -- Open Bio Foundation BioRuby Ensembl BioCaml BioPerl OmniGene BioLisp BioPython GMOD BioConductor BioJava Apollo

More information

10000bp FASTA 1000bp 10000bp 3' i = 1 remainder = seq.window_search(10000, 9000) do subseq puts subseq.to_fasta("segment #{i}", 60) i += 1 puts remain

10000bp FASTA 1000bp 10000bp 3' i = 1 remainder = seq.window_search(10000, 9000) do subseq puts subseq.to_fasta(segment #{i}, 60) i += 1 puts remain BioRuby (Bio::Sequence ) atgcatgcaaaa codontable.rb seq = Bio::Sequence::NA.new("atgcatgcaaaa") puts seq puts seq.complement puts seq.subseq(3,8) p seq.gc_percent p seq.composition puts seq.translate puts

More information

20110325-ob14-ktym-revised.key

20110325-ob14-ktym-revised.key BioRuby 10 http://bioruby.org/ 46th SIG-MBI / 14th Open Bio 2011/3/25-26 @ JAIST 2000 BioPerl KEGG, GenBank Perl BioPerl BioPerl Ruby BioRuby 2000 2001 BOSC - Bioinformatics Open Source

More information

class Cpd MW = { 'C'=>12.011, 'H'=>1.00794, 'N'=>14.00674, 'O' => 15.9994, 'P' => 30.973762 } def initialize @comp = Hash.new attr_accessor :name, :definition, :formula # formula def composition @formula.scan(/([a-z]+)(\d+)/)

More information

未踏成果報告会-fix.key

未踏成果報告会-fix.key BioRuby/ChemRuby http://www.tmd.ac.jp/artsci/biol/textbook/celltop.htm 350 280 210 140 2000 / 1 / 27 70 0 1995 96 97 98 99 2000 01 02 03 04 05 RefSeq PDB PubMed PubChem GenPept EMBL UniProt GenBank

More information

giw2005-bioruby-bof.key

giw2005-bioruby-bof.key 2005 IPA Ruby ::: BioRuby + ChemRuby ::: http://bioruby.org/ + BioRuby:, + ChemRuby: http://bioruby.org/ O B F (http://open-bio.org) BioPerl, BioPython, BioJava,.. (http://open-bio.jp)

More information

ngoto-biotree-public.ppt

ngoto-biotree-public.ppt BioRuby 200732 2005 2005 : 719 : GenBank, EMBL, DDBJ, PDB, KEGG, Galperin, M.Y. (2005) The Molecular Biology Database Collection: 2005 update. Nucleic Acids Research, 33: D5-D24. : 129448 : BLAST, FASTA,

More information

KNOB? KNOB KNOB

KNOB? KNOB KNOB KNOB Itoshi NIKAIDO itoshi@saitama-med.ac.jp KNOB? KNOB KNOB Bioinformatics? データタイプがいっぱい EMBOSS = 160 aaindexextract,abiview,acdc,acdpretty,acdtable,acdtrace,acdvalid,antigenic,backtranseq,ba nana,biosed,btwisted,cai,chaos,charge,checktrans,chips,cirdna,codcmp,coderet,compseq,

More information

KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO

KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO Linux Grasp the KNOB! grasp 1, (grip). 2,, (understand). [ 2 ] What s KNOB CD Linux Bioinformatics KNOB Why KNOB? Bioinformatics What

More information

BioRuby の使い方

BioRuby の使い方 BioRuby BioRuby Ruby Ruby Perl Ruby http://www.ruby-lang.org/ BioRuby Ruby BioRuby Ruby Ruby Mac OS X UNIX Windows ActiveScriptRuby http://jp.rubyist.net/magazine/?0002-firstprogramming http://jp.rubyist.net/magazine/?firststepruby

More information

KNOB Bio KNOPPIX

KNOB Bio KNOPPIX KNOPPIX for Bio 1CD Linux Itoshi NIKAIDO KNOB Bio KNOPPIX Knoppix for Bio KNOPPIX JP Itoshi NIKAIDO 2004/01/29 1.1.0 1.3.1 bio OS Mac OS X Xcode/fink Windows Cygwin Linux

More information

PowerPoint Presentation

PowerPoint Presentation DNA 87 ( ) Nucleic Acids ResearchDB RNA 29 94 58 29 18 43 153 : 511 Bio DB Catalog (DBCAT) http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/ 2 GenBank MB SRS) DAS) 3 4 5 A A A 6 OGSA-DAI 7 9 DB Medical Encyclopedia

More information

BioRuby入門

BioRuby入門 BioRuby 入門 後藤直久 2005 年 7 月 9 日 BioRuby とは? バイオインフォマティクスに必要な機能や環境をオブジェクト指向スクリプト言語 Ruby を用いて統合的に実装したライブラリ http://bioruby.org bioruby.org/ バイオインフォマティクス (Bioinformatics) バイオ (bio) : 生物学 インフォマティクス (informatics):

More information

スライド 1

スライド 1 BioRuby 入 門 はじめてのプログラム 言 語 Naohisa Goto / 後 藤 直 久 Genome Information Research Center, Research Institute for Microbial Diseases, Osaka Univ. 大 阪 大 学 微 生 物 病 研 究 所 附 属 遺 伝 情 報 実 験 センター Email: ngoto@gen-info.osaka-u.ac.jp

More information

<URL: KEGG API Ruby, Perl, Python, Java KEGG API SOAP WSDL Ruby Ruby SOAP Ruby SOAP4R, devel-logger, http-

<URL:  KEGG API Ruby, Perl, Python, Java KEGG API SOAP WSDL Ruby Ruby SOAP Ruby SOAP4R, devel-logger, http- KEGG API KEGG API KEGG KEGG KEGG API KEGG API Ruby SOAP WSDL Perl, Python, Java KEGG API KEGG API Ruby Perl Python Java KEGG API WSDL SSDBRelation, ArrayOfSSDBRelation MotifResult, ArrayOfMotifResult Definition,

More information

プレゼンテーション2.ppt

プレゼンテーション2.ppt ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

More information

橡Taro9-生徒の活動.PDF

橡Taro9-生徒の活動.PDF 3 1 4 1 20 30 2 2 3-1- 1 2-2- -3- 18 1200 1 4-4- -5- 15 5 25 5-6- 1 4 2 1 10 20 2 3-7- 1 2 3 150 431 338-8- 2 3 100 4 5 6 7 1-9- 1291-10 - -11 - 10 1 35 2 3 1866 68 4 1871 1873 5 6-12 - 1 2 3 4 1 4-13

More information

プレゼンテーション3

プレゼンテーション3 ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

More information

untitled

untitled Biopython Python Yasushi MASUDA ymasuda at cubelab.com Python Open-Bio BOF 2004 at GIW2004 (Perl Ruby ) 1990 C/C++ ( ) Python Home http://python.org/ PyJUG (Japanese UG) http://python.jp/ def xpdlist(fname):

More information

橡ボーダーライン.PDF

橡ボーダーライン.PDF 1 ( ) ( ) 2 3 4 ( ) 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 ( ) 15 16 17 18 19 20 ( ) 21 22 23 24 ( ) 25 26 27 28 29 30 ( ) 31 To be or not to be 32 33 34 35 36 37 38 ( ) 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 ( ) 49 50 51 52

More information

2

2 from One 1 2 24 2 3 4 30 4 5 47 13 6 7 34 2 13 8 34.................................. 9 15-1-5 15-1-4 10 11 12 12 13 14 15 A ( 1) A A 2 B B 16 2 2 17 3 C C 18 3 19 ( ) 15 2 5 ( 56 2 16 20 2 5 ) (1) (2)

More information

3 XML SPring-8 SPring-8 DNA DNA 4 XML BLAST)

3 XML SPring-8 SPring-8 DNA DNA 4 XML BLAST) BioGrid E-mail: matsuda@ist.osaka-u.ac.jp 500 2 3 XML SPring-8 SPring-8 DNA DNA 4 XML BLAST) 5 (flat file) XML DB XML DB DDBJ 6 DNA (SWISS-PROT) (PDB) XML 7 Common Format SWISS-PROT PIR PDB entry entry

More information

15 Phoenix HTML 15.1 ModestGreeter RAVT web/router.ex web/router.ex : 12 scope "/", ModestGreeter do 13 pipe_through :browser get "/", TopCont

15 Phoenix HTML 15.1 ModestGreeter RAVT web/router.ex web/router.ex : 12 scope /, ModestGreeter do 13 pipe_through :browser get /, TopCont 15 Phoenix HTML 15.1 ModestGreeter RAVT web/router.ex web/router.ex : 12 scope "/", ModestGreeter do 13 pipe_through :browser 14 15 + get "/", TopController, :index 16 get "/hello/:name", HelloController,

More information

10/ / /30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20 6. http, CGI Perl 11/27 7. ( ) Perl 12/ 4 8. Windows Winsock 12/11 9. JAV

10/ / /30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20 6. http, CGI Perl 11/27 7. ( ) Perl 12/ 4 8. Windows Winsock 12/11 9. JAV tutimura@mist.i.u-tokyo.ac.jp kaneko@ipl.t.u-tokyo.ac.jp http://www.misojiro.t.u-tokyo.ac.jp/ tutimura/sem3/ 2002 11 20 p.1/34 10/16 1. 10/23 2. 10/30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20

More information

3 Powered by mod_perl, Apache & MySQL use Item; my $item = Item->new( id => 1, name => ' ', price => 1200,

3 Powered by mod_perl, Apache & MySQL use Item; my $item = Item->new( id => 1, name => ' ', price => 1200, WEB DB PRESS Vol.1 79 3 Powered by mod_perl, Apache & MySQL use Item; my $item = Item->new( id => 1, name => ' ', price => 1200, http://www.postgresql.org/http://www.jp.postgresql.org/ 80 WEB DB PRESS

More information

●70974_100_AC009160_KAPヘ<3099>ーシス自動車約款(11.10).indb

●70974_100_AC009160_KAPヘ<3099>ーシス自動車約款(11.10).indb " # $ % & ' ( ) * +, -. / 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 : ; < = >? @ A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y " # $ % & ' ( ) * + , -. / 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 : ; < = > ? @ A B

More information

Sokushu2_perl

Sokushu2_perl hello.pl Perl print("hello, Bioinformatics!\n"); $ perl hello.pl 1 2 hello.pl print("hello, Bioinformatics!\n"); $ perl hello.pl 3 4 hello.pl 3 hello.pl Perl Perl Perl Perl print("hello, Bioinformatics!\n

More information

AJACS18_ ppt

AJACS18_ ppt 1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

More information

csj-report.pdf

csj-report.pdf 527 9 CSJ CSJ CSJ 1 8 XML CSJ XML Browser (MonoForC) CSJ 1.7 CSJ CSJ CSJ 9.1 GREP GREP Unix Windows Windows (http://www.vector.co.jp/) Trn Windows Trn > > grep *.trn 528 9 CSJ A01F0132.trn:& A01M0097.trn:&

More information

DDBJ Ei-ji Nakama nakama at com-one.com COM-ONE Ltd. DDBJ p. 1

DDBJ Ei-ji Nakama nakama at com-one.com COM-ONE Ltd. DDBJ p. 1 DDBJ - 2007-06-18 - Ei-ji Nakama nakama at com-one.com COM-ONE Ltd. DDBJ p. 1 R XML R[6] XML XML[1]. R XML[1] libxml(http://xmlsoft.org/). R XML, libxml. XML-1.9.0 encoding. Omegahat a, CRAN. a http://www.omegahat.org/

More information

ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST

ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST PDBj のウェブサービス 金城 玲 大阪大学蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク PDBj ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST PDBjの提供するウェブサービス 大きく分けて2種類 PDBデータの取得 検索用のRESTfulウェブサービ

More information

(タイトル未定)

(タイトル未定) 次世代シーケンシングデータ解析の可能性を拡げる信頼性に優れた道具としての解析システム Takeru for Sequencer シリーズ 2013.10.29 生命医薬情報学連合大会 2013 Luncheon seminar 株式会社ナベンターナショナルセールスマーケテゖング部渡辺理恵 1 今日お話しすること データ解析ソフトウェゕ 使用にあたり発生する問題とそれらへの Takeru による対応

More information

橡t15-shibuya.kashiwa.ppt

橡t15-shibuya.kashiwa.ppt PHPLib PHPLib 1 Web Application PHPLib DB_S PostgreSQL, MySQL, Oracle, ODBC Session GET Auth Perm User 2 PHPLib local.inc Require($_PHPLIB[ libdir ]. db_mysql.inc ); db_pgsql.inc prepend.php3 Php3.ini

More information

Web Web ( (SOAP (SOAP/http (WSDL UDDI 1. 2.XML 3. (XDoS http, https SOAP XML Web/App ( App

Web Web ( (SOAP (SOAP/http (WSDL UDDI 1. 2.XML 3. (XDoS http, https SOAP XML Web/App ( App Web 2005 12 15 XML Day XML matsu@kabuki.tel.co.jp 2005 1 1 Web Web Web 2005 2 2 Web 2005 3 3 Web ( (SOAP (SOAP/http (WSDL UDDI 1. 2.XML 3. (XDoS http, https SOAP XML Web/App ( App 2005 4 4 SOAP Crypto-Gram

More information

1 1 1.......................... 1 2.......................... 2 2 5 1........................... 5 2................... 7 3..................... 8 4..

1 1 1.......................... 1 2.......................... 2 2 5 1........................... 5 2................... 7 3..................... 8 4.. CD 1 1 1.......................... 1 2.......................... 2 2 5 1........................... 5 2................... 7 3..................... 8 4......................... 13 5 CD.................

More information

NEEDS Yahoo! Finance Yahoo! NEEDS MT EDINET XBRL Magnetic Tape NEEDS MT Mac OS X Server, Linux, Windows Operating System: OS MySQL Web Apache MySQL PHP Web ODBC MT Web ODBC LAMP ODBC NEEDS MT PHP: Hypertext

More information

自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン

自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン フリーソフトウェアを用いたゲノム科学におけるビッグデータ解析 石井一夫東京農工大学農学系ゲノム科学人材育成プログラム 1 自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター研究員

More information

TopLink å SampleClient.java... 5 Ò readallsample() querysample() cachesample() Ç..

TopLink å SampleClient.java... 5 Ò readallsample() querysample() cachesample() Ç.. lê~åäé= qçéiáåâ= NMÖENMKNKPF Volume2 Creation Date: Mar 04, 2005 Last Update: Aug 22, 2005 Version 1.0 ...3... 3 TopLink å...4 1... 4... 4 SampleClient.java... 5 Ò... 8... 9... 10 readallsample()... 11

More information

(CC Attribution) Lisp 2.1 (Gauche )

(CC Attribution) Lisp 2.1 (Gauche ) http://www.flickr.com/photos/dust/3603580129/ (CC Attribution) Lisp 2.1 (Gauche ) 2 2000EY-Office 3 4 Lisp 5 New York The lisps Sammy Tunis flickr lisp http://www.flickr.com/photos/dust/3603580129/ (CC

More information

6 (1) app.html.eex 28 lib/nano_planner_web/templates/layout/app.html.eex 27 <footer> Oiax Inc <%= this_year() %> Oiax Inc. 29 </footer>

6 (1) app.html.eex 28 lib/nano_planner_web/templates/layout/app.html.eex 27 <footer> Oiax Inc <%= this_year() %> Oiax Inc. 29 </footer> 6 (1) of_today 6.1 Copyright 2017 lib/nano_planner_web/views layout_view.ex this_year/0 lib/nano_planner_web/views/layout_view.ex 1 defmodule NanoPlannerWeb.LayoutView do 2 use NanoPlannerWeb, view 3 +

More information

̤Äê

̤Äê SNS 1, IT.,.,.,., SNS,,,..,,.,,,.,.,,. 2 1 6 1.1................................................ 6 1.2................................................ 6 1.3...............................................

More information

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日 生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

More information

{:from => Java, :to => Ruby } Java Ruby KAKUTANI Shintaro; Eiwa System Management, Inc.; a strong Ruby proponent http://kakutani.com http://www.amazon.co.jp/o/asin/4873113202/kakutani-22 http://www.amazon.co.jp/o/asin/477413256x/kakutani-22

More information

22 (266) / Web PF-Web Web Web Web / Web Web PF-Web Web Web Web CGI Web Web 1 Web PF-Web Web Perl C CGI A Pipe/Filter Architecture Based Software Gener

22 (266) / Web PF-Web Web Web Web / Web Web PF-Web Web Web Web CGI Web Web 1 Web PF-Web Web Perl C CGI A Pipe/Filter Architecture Based Software Gener 22 (266) / Web PF-Web Web Web Web / Web Web PF-Web Web Web Web CGI Web Web 1 Web PF-Web Web Perl C CGI A Pipe/Filter Architecture Based Software Generator PF-Web for Constructing Web Applications. Tomohiro

More information

1 ( : Documents/kadai4), (ex.py ),. print 12345679 * 63, cd Documents/kadai4, python ex.py., python: can t open file ex.py : [Errno 2] No such file or

1 ( : Documents/kadai4), (ex.py ),. print 12345679 * 63, cd Documents/kadai4, python ex.py., python: can t open file ex.py : [Errno 2] No such file or Python 2010.6 1 Python 1.1 ( ). mi.,.py. 1.2, python.. 1. python, python. ( ). 2.., python. Python (>>>). Python 2.6.2 (release26-maint, Apr 19 2009, 01:56:41) [GCC 4.3.3] on linux2 Type help, copyright,

More information

UnixText2.pptx

UnixText2.pptx Unix Unix! grep! sed! sort! cut! join! awk! (grep)! grep ' ' [...]! grep 'GO' 1433B_HUMAN.sprot!! 1433B_HUMAN.sprot GO grep '^FT' 1433B_HUMAN.sprot!! 1433B_HUMAN.sprot FT! grep -v! grep -i! grep -w!!!

More information

22 1,936, ,115, , , , , , ,

22 1,936, ,115, , , , , , , 21 * 2 3 1 1991 1945 200 60 1944 No. 41 2016 22 1,936,843 1945 1,115,594 1946 647,006 1947 598,507 1 60 2014 501,230 354,503 5 2009 405,571 5 1 2 2009 2014 5 37,285 1 2 1965 10 1975 66 1985 43 10 3 1990

More information

Sequencher 4.9 Confidence score Clustal Clustal ClustalW Sequencher ClustalW Windows Macintosh motif confidence Sequencher V4.9 Trim Ends Without Prev

Sequencher 4.9 Confidence score Clustal Clustal ClustalW Sequencher ClustalW Windows Macintosh motif confidence Sequencher V4.9 Trim Ends Without Prev 2009 Gene Codes Corporation Gene Codes Corporation 775 Technology Drive, Ann Arbor, MI 48108 USA 1.800.497.4939 (USA) +1.734.769.7249 (elsewhere) +1.734.769.7074 (fax) www.genecodes.com info@genecodes.com

More information

¥¤¥ó¥¿¡¼¥Í¥Ã¥È·×¬¤È¥Ç¡¼¥¿²òÀÏ Âè1²ó

¥¤¥ó¥¿¡¼¥Í¥Ã¥È·×¬¤È¥Ç¡¼¥¿²òÀÏ Âè1²ó 1 2014 4 7 lumeta internet mapping http://www.lumeta.com http://www.cheswick.com/ches/map/ 2 / 41 ( ) 3 / 41 (Internet measurement and data analysis) : TA: SA:

More information

CMU

CMU RaQ 3,4 TLAS CMU CMU Web DNS PostgreSQL MySQL Export Import CMU RaQ3,4,550 export FTP,scp... import TLAS CMU TURBOLINUX http://www.turbolinux.co.jp/products/server/tlas1-migration.html SUN RaQ3,RaQ4 http://ftp.cobalt.sun.com/pub/packages/cmu/

More information

¥¤¥ó¥¿¡¼¥Í¥Ã¥È·×¬¤È¥Ç¡¼¥¿²òÀÏ Âè1²ó

¥¤¥ó¥¿¡¼¥Í¥Ã¥È·×¬¤È¥Ç¡¼¥¿²òÀÏ Âè1²ó 1 2013 4 10 lumeta internet mapping http://www.lumeta.com http://www.cheswick.com/ches/map/ 2 / 39 ( ) 3 / 39 (Internet measurement and data analysis) : TA: SA:

More information

Bio-Mirror Project

Bio-Mirror Project Bio-Mirror 鵜川義弘 @ 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ http://www.bio-mirror.net/ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7,

More information

untitled

untitled 30 callcc yhara ( ( ) (1) callcc (2) callcc (3) callcc callcc Continuation callcc (1) (2) (3) (1) (2) (3) (4) class Foo def f p 1 callcc{ cc return cc} p 2 class Bar def initialize @cc = Foo.new.f def

More information

<4D F736F F F696E74202D205B979D8CA C5D20836F CA48B868ED28CFC82AF8E B F72312E B8CD

<4D F736F F F696E74202D205B979D8CA C5D20836F CA48B868ED28CFC82AF8E B F72312E B8CD 理研シンポジウム 2008 独立行政法人理化学研究所和光本所鈴木梅太郎ホール 2008 年 3 月 13 日 バイオ研究者向け支援サービス 独立行政法人理化学研究所情報基盤センター横浜チーム スパコン利用者から見るバイオインフォマティクス概要 工学 12% 脳科学 3% 情報工学 7% 化学 7% 物理学 35% ライフサイエンス 36% RSCC( スパコン ) 利用のユーザ比率 工学情報工学 2%

More information

日本語教育紀要 7/pdf用 表紙

日本語教育紀要 7/pdf用 表紙 JF JF NC JF JF NC peer JF Can-do JF JF http : // jfstandard.jpjf Can-doCommon European Framework of Reference for Languages : learning, teaching,assessment CEFR AABBCC CEFR ABB A A B B B B Can-do CEFR

More information

ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS

ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/ abyss 1.3.4.tar.gz tar xvzf abyss 1.3.4.tar.gz cd abyss 1.3.4./configure prefix=/usr/local/abyss

More information

国際恋愛で避けるべき7つの失敗と解決策

国際恋愛で避けるべき7つの失敗と解決策 7 http://lovecoachirene.com 1 7! 7! 1 NOT KNOWING WHAT YOU WANT 2 BEING A SUBMISSIVE WOMAN 3 NOT ALLOWING THE MAN TO BE YOUR HERO 4 WAITING FOR HIM TO LEAD 5 NOT SPEAKING YOUR MIND 6 PUTTING HIM ON A PEDESTAL

More information

1 ARENA DNS CSR ID ( ).. I 3-1 3-1

1 ARENA DNS CSR ID ( ).. I 3-1 3-1 . II NTTPC 1 ARENA DNS CSR ID ( ).. I 3-1 3-1 30 http://web.arena.ne.jp/suite/support/startup/admin-useradd/index.html 31 32 33 34 http://web.arena.ne.jp/suite/cgiinstaller/index.html 35 36 CGI 37 CGI

More information

10/ / /30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20 6. http, CGI Perl 11/27 7. ( ) Perl 12/ 4 8. Windows Winsock 12/11 9. JAV

10/ / /30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20 6. http, CGI Perl 11/27 7. ( ) Perl 12/ 4 8. Windows Winsock 12/11 9. JAV tutimura@mist.i.u-tokyo.ac.jp kaneko@ipl.t.u-tokyo.ac.jp http://www.misojiro.t.u-tokyo.ac.jp/ tutimura/sem3/ 2002 12 11 p.1/33 10/16 1. 10/23 2. 10/30 3. ( ) 11/ 6 4. UNIX + C socket 11/13 5. ( ) C 11/20

More information

0序文‐1章.indd

0序文‐1章.indd 本 書 に 記 載 されたURL 等 は 執 筆 時 点 でのものであり 予 告 なく 変 更 される 場 合 があります 本 書 の 使 用 ( 本 書 のとおりに 操 作 を 行 う 場 合 を 含 む)により 万 一 直 接 的 間 接 的 に 損 害 が 発 生 し ても 出 版 社 および 著 者 は 一 切 の 責 任 を 負 いかねますので あらかじめご 了 承 下 さい Microsoft

More information

Innovation Linked Open Data Resource Description Framework Uniform Resource Identifier Open Government 25 5 23 2011 25 2013 6 26 2014 3 ...1 ICT 2...4...4.....5..6..9..9 13 15 15 22 24 26 26 27 29 32 43

More information

生物工学会誌 第95巻 第5号 バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!【第5回】

生物工学会誌 第95巻 第5号 バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!【第5回】 生物工学会誌第 95 巻第 5 号 Cytoscape Cytoscape Cytoscape 1) 15 Cytoscape Web 2) Mac Windows Linux OS Cytoscape GML BioPAX PSI-MI KGML SBML Pathway Commons IntAct BioMart Igraph Bioconductor PDF PS SVG PNG JPEG

More information

WordPress Web

WordPress Web 0948011 1 1 1.............................. 1 2 WordPress....................... 2 3........................ 3 4........................ 4 2 4 1 Web......... 4 3 5 1 WordPress...................... 5 2..........................

More information

test

test PostgreSQL CTO 5 2011 5 2011 9 2012 5 2013 10 2013 11 1 5000 JOIN 4 1. 2. 5 6 http://www.slideshare.net/mistakah/gpsgnss Location Base ( ) PostgreSQL x PostgreSQL 2011/8 MySQL MongoDB PostgreSQL GIS 2011/9

More information

tkk0408nari

tkk0408nari SQLStatement Class Sql Database SQL Structured Query Language( ) ISO JIS http://www.techscore.com/tech/sql/02_02.html Database sql Perl Java SQL ( ) create table tu_data ( id integer not null, -- id aid

More information

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク:DDBJ

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク:DDBJ DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data

More information

CAC

CAC VOL.24NO.1 61 IMS Transaction 3270 DataBase Transaction OS/370 IMS Traditional Transaction Web Browser Transaction Internet WWW AP IIS APache WebLogic Websphere DataBase Oracle DB2 SQL Server Web Browser

More information

CAS Yale Open Source software Authentication Authorization (nu-cas) Backend Database Authentication Authorization to@math.nagoya-u.ac.jp, Powered by A

CAS Yale Open Source software Authentication Authorization (nu-cas) Backend Database Authentication Authorization to@math.nagoya-u.ac.jp, Powered by A Central Authentication System naito@math.nagoya-u.ac.jp to@math.nagoya-u.ac.jp, Powered by Adobe Reader & ipod Photo March 10, 2005 RIMS p. 1/55 CAS Yale Open Source software Authentication Authorization

More information

グローバル タイトル変換テーブルの編集

グローバル タイトル変換テーブルの編集 19 CHAPTER SGM SGM GUI Global Title Translation GTT; 800 ID GTT Signaling Connection Control Part SCCP; Service Switching Point SSP; SubSystem Number SSN; GTT GTT CSV 16 SGM 3.3 3.1 4.0 4.1 4.2 GTT GTT

More information

自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン

自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究セン フリーソフトによるゲノム科学におけるビッグデータ解析の実際 石井一夫東京農工大学農学系ゲノム科学人材育成プログラム 1 自己紹介 : プロフィール 石井一夫 ( 東京農工大学特任教授 ) 専門分野 : ゲノム科学 バイオインフォマティクス データマイニング 計算機統計学 経歴 : 徳島大学大学院医学研究科博士課程修了後 東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターリサーチアソシエート 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター研究員

More information

0 第 4 書データベース操作 i 4.1 データベースへの接続 (1) データベースチェックポイントの追加 データベースチェックポイントを追加します (2)ODBC による接続 ODBC を使用してデータベースへ接続します SQL 文を手作業で指定する場合 最大フェッチ行数を指定する場合はここで最大行数を指定します ii 接続文字列を作成します 作成ボタンクリック > データソース選択 > データベース接続

More information

オンラインテスト

オンラインテスト 1. 2. JavaScript 3. Perl 4. CGI 1. WWW HTML WWW World Wide Web HTML Hyper Text Markup Language XML, XHTML Java (.java) JavaApplet (.class,.jar) JavaServlet (.jsp) JavaScript (.html) CGI (.cgi) SSI (.shtml)

More information

1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 -

1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 - 2008-08-07 version 1.0-1 - 1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 - 1-1 Home - 3 - VaryGene 2 1 VarySysDB Polymorphism Search Polymorphism Table Transcript

More information

untitled

untitled Oracle Direct Seminar SQL Agenda SQL SQL SQL SQL 11g SQL FAQ Oracle Direct SQL Server MySQL PostgreSQL Access Application Server Oracle Database Oracle Developer/2000 Web Oracle Database

More information

第3回_416.ppt

第3回_416.ppt 3 3 2010 4 IPA Web http://www.ipa.go.jp/security/awareness/vendor/programming Copyright 2010 IPA 1 3-1 3-1-1 SQL #1 3-1-2 SQL #2 3-1-3 3-1-4 3-2 3-2-1 #2 3-2-2 #1 3-2-3 HTTP 3-3 3-3-1 3-3-2 Copyright 2010

More information

,,,,., C Java,,.,,.,., ,,.,, i

,,,,., C Java,,.,,.,., ,,.,, i 24 Development of the programming s learning tool for children be derived from maze 1130353 2013 3 1 ,,,,., C Java,,.,,.,., 1 6 1 2.,,.,, i Abstract Development of the programming s learning tool for children

More information

PubMedとは

PubMedとは 7 1 PubMed 1994 4 1999 4 2004 4 7 PubMed PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ http://pubmed.gov National Library of Medicine; NLM PubMed NLM MEDLINE MEDLINE Index Medicus PubMed PubMed 1879 1964

More information

Windows Cygwin Mac *1 Emacs Ruby ( ) 1 Cygwin Bash Cygwin Windows Cygwin Cygwin Mac 1 Mac 1.2 *2 ls *3 *1 OS Linux *2 *3 Enter ( ) 2

Windows Cygwin Mac *1 Emacs Ruby ( ) 1 Cygwin Bash Cygwin Windows Cygwin Cygwin Mac 1 Mac 1.2 *2 ls *3 *1 OS Linux *2 *3 Enter ( ) 2 September 2016 1 Windows Cygwin Mac *1 Emacs Ruby 1 1.1 ( ) 1 Cygwin Bash Cygwin Windows Cygwin Cygwin Mac 1 Mac 1.2 *2 ls *3 *1 OS Linux *2 *3 Enter ( ) 2 ~/16:00:20> ls 2 2 ls ls -a ~/16:00:20> ls -a

More information

listings-ext

listings-ext (6) Python (2) ( ) ohsaki@kwansei.ac.jp 5 Python (2) 1 5.1 (statement)........................... 1 5.2 (scope)......................... 11 5.3 (subroutine).................... 14 5 Python (2) Python 5.1

More information

Wiki Wiki Wiki...

Wiki Wiki Wiki... 21 RDB Wiki 0830016 : : 2010 1 29 1 1 5 1.1........................................... 5 1.2 Wiki...................................... 7 1.2.1 Wiki.................... 7 1.2.2 Wiki.................. 8

More information

ルール&マナー集_社内版)_修正版.PDF

ルール&マナー集_社内版)_修正版.PDF WWW(World Wide Web) Web 12 WWW ID 2 1 2 3 4 WWW World Wide Web 5 5 A B 11 http://www.enc.or.jp/enc/code/rule/main.html 12 3 ... 2 1... 5 1.1... 5 1.2... 5 1.3... 6 1.4... 7 2... 9 2.1... 9 2.2 ID... 10

More information

3 4 26 1980 1 WWW 26! 3, ii 4 7!! 4 2010 8 1. 1.1... 1 1.2... 2 1.3... 3 1.4... 7 1.5... 9... 9 2. 2.1... 10 2.2... 13 2.3... 16 2.4... 18... 21 3. 3.1... 22 3.2... 24 3.3... 33... 38 iv 4. 4.1... 39 4.2...

More information

OSS JobScheduler openqrm Hadoop XtreemFS Ceph, Fabric etc. 2013/12/9 OSS X Users Meeting #5 OpenStack 2

OSS JobScheduler openqrm Hadoop XtreemFS Ceph, Fabric etc. 2013/12/9 OSS X Users Meeting #5 OpenStack 2 OSS X Users Meeting #5 OpenStack JobScheduler Openstack 2013 12 9 JobScheduler @satoruf 2013/12/9 OSS X Users Meeting #5 OpenStack 1 OSS JobScheduler openqrm Hadoop XtreemFS Ceph, Fabric etc. 2013/12/9

More information

ニュースレター10-1.indd

ニュースレター10-1.indd The Japanese Society of Immunotoxicology 101192005 aaaa 12 2005172021 1-1-1 Tel. 03-5841-8205 / Dr. R.H. Pieters () "Immunotoxicology of therapeutics associated with allergy and autoimmunity" 2005 In

More information

WEB DB PRESS Vol.1 65

WEB DB PRESS Vol.1 65 http://www.fastcgi.com/ http://perl.apache.org/ 64 WEB DB PRESS Vol.1 WEB DB PRESS Vol.1 65 Powered by mod_perl, Apache & MySQL my $input; my %form; read STDIN, $input, $ENV{'CONTENT_LENGTH'}; foreach

More information

ACS電子ジャーナル利用マニュアル

ACS電子ジャーナル利用マニュアル American Chemical Society ACS Web Edition & Journal Archives American Chemical Society ACS 4 Web Edition 2002 7 1879 Journal Archives ACS 1...2 2 2-1...3 2-2...4 2-3...5 3 3-1 Abstract...6 3-2 Full Text

More information