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スライド 1

バイオインフォマティクス講習会 S3-01 高速シークエンサ由来配列のアーカイブ DB と解析パイプライン 神沼英里, 望月孝子, 長崎英樹, 児玉悠一, 小笠原理, 大久保公策, 高木利久, 中村保一 国立遺伝学研究所生命情報 DDBJ 研究センター 総合研究大学院大学遺伝学専攻 2013 年 9 月 12 日 ( 木 )9:30-10:10 第 31 回日本植物細胞分子生物学会大会 シンポジウム

Microsoft Word - CATNewsVol2No7Text.doc

COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter 23 (3) The International Plant & Animal Genome XX Conference Vol. 2 No. 7 2011 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Linux BLAST R DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DRA

Sequencher 4.9 Confidence score Clustal Clustal ClustalW Sequencher ClustalW Windows Macintosh motif confidence Sequencher V4.9 Trim Ends Without Prev

2009 Gene Codes Corporation Gene Codes Corporation 775 Technology Drive, Ann Arbor, MI 48108 USA 1.800.497.4939 (USA) +1.734.769.7249 (elsewhere) +1.734.769.7074 (fax) www.genecodes.com info@genecodes.com

バクテリアゲノム解析

GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA

塩基配列アーカイブのデータベース構築と統合への貢献 に関する成果報告 (H21 年度 ) 科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進センター事業研究開発課題 バイオ情報資源の高準化と共用化 平成 21 年度研究開発実施報告書から抜粋 3.4 DDBJ Read Archive(DRA) 研究計画書

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塩基配列データベースを中心とした生物学系研究の情報基盤について 国立遺伝学研究所 DDBJセンター助教小笠原理 国立遺伝学研究所 遺伝研スパコン : 目的 1. 国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Database : INSD) の構築 2. 大学共同利用機関として 主に生物学医学系研究者への計算機資源の提供 遺伝研スパコン : 構成概略

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

プレゼンテーション2.ppt

ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

Microarray Data Analysis Tool Ver3.0 Manual.doc

28DDBJing_nagasaki.pdf

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2012.03.22 マッピングデータの基本フォーマットと基本ツール 次世代シーケンサーに良く用いられるファイル形式 Samtools Integrative Genomics Viewer(IGV) 基礎生物学研究所 生物機能解析センター 山口勝司 NIBB CORE RESEARCH FACILITIES FUNCTIONAL GENOMICS FACILITY NIBB CORE RESEARCH

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0.2 Button TextBox: menu tab 2

Specview VO 2012 2012/9/27 Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html

計算機生命科学の基礎II_

Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/

プレゼンテーション3

ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

Microsoft Word - Meta70_Preferences.doc

Image Windows Preferences Edit, Preferences MetaMorph, MetaVue Image Windows Preferences Edit, Preferences Image Windows Preferences 1. Windows Image Placement: Acquire Overlay at Top Left Corner: 1 Acquire

New version (2.15.1) of Specview is now available Dismiss Windows Specview.bat set spv= Specview set jhome= JAVA (C:\Program Files\Java\jre<version>\

Specview VO 2012 2012/3/26 Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html

ProVisionaire Control V3.0セットアップガイド

ProVisionaire Control V3 1 Manual Development Group 2018 Yamaha Corporation JA 2 3 4 5 NOTE 6 7 8 9 q w e r t r t y u y q w u e 10 3. NOTE 1. 2. 11 4. NOTE 5. Tips 12 2. 1. 13 3. 4. Tips 14 5. 1. 2. 3.

fx-9860G Manager PLUS_J

fx-9860g J fx-9860g Manager PLUS http://edu.casio.jp k 1 k III 2 3 1. 2. 4 3. 4. 5 1. 2. 3. 4. 5. 1. 6 7 k 8 k 9 k 10 k 11 k k k 12 k k k 1 2 3 4 5 6 1 2 3 4 5 6 13 k 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3 14 k a j.+-(),m1

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DICOM Digital Imaging and Communications in Medicine DICOM DICOM Digital Imaging and Communications in Medicine ACRNEMA CD-R DICOM 1 HIS Server PC HL7 RIS WEB Image/Report Viewer WEB RIS Server DICOM DICOM

DDBJ (from Release note 92) Jun Mashima, Hideo Aono, Yuji Ashizawa, Yukino Dobashi, Mayumi Ejima, Masahiro Fujimoto, Asami Fukuda, Tomohiro Hirai, Fumie Hirata, Naofumi Ishikawa, Toshikazu Katsumata, Chiharu

情報処理学会研究報告 IPSJ SIG Technical Report Vol.2013-HPC-139 No /5/29 Gfarm/Pwrake NICT NICT 10TB 100TB CPU I/O HPC I/O NICT Gf

Gfarm/Pwrake NICT 1 1 1 1 2 2 3 4 5 5 5 6 NICT 10TB 100TB CPU I/O HPC I/O NICT Gfarm Gfarm Pwrake A Parallel Processing Technique on the NICT Science Cloud via Gfarm/Pwrake KEN T. MURATA 1 HIDENOBU WATANABE

1重谷.PDF

RSCC RSCC RSCC BMT 1 6 3 3000 3000 200310 1994 19942 VPP500/32PE 19992 VPP700E/128PE 160PE 20043 2 2 PC Linux 2048 CPU Intel Xeon 3.06GHzDual) 12.5 TFLOPS SX-7 32CPU/256GB 282.5 GFLOPS Linux 3 PC 1999

DocuWide 2051/2051MF 補足説明書

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GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

Specview Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page htt

Specview Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software_hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html Specview

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク：DDBJ

DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data

141025mishima

NGS (RNAseq) »NGS Now Generation Sequencer»NGS»» 4 NGS(Next Generation Sequencer) Now Generation Sequencer http://www.youtube.com/watch?v=womkfikwlxm http://www.youtube.com/watch?v=mxkya9xcvbq http://www.youtube.com/watch?v=nhcj8ptycfc

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Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

2011年11月10日 クラウドサービスのためのSINET 学認説明会 九州地区説明会 九州大学キャンパス クラウドシステムの導入 伊東栄典 情報基盤研究開発センター 1

2011年11月10日 クラウドサービスのためのSINET 学認説明会 九州地区説明会 九州大学キャンパス クラウドシステムの導入 伊東栄典 情報基盤研究開発センター ito.eisuke.523@m.kyushu-u.ac.jp 1 用 方 } } } } } 用 (Public Cloud) } Amazon EC2/S3/ElasticMapReduce } (Community Cloud)

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2014 NGS NIBB - - - - FASTA / FASTQ - BED GFF/GTF WIG - SAM / BAM - SAMtools Web HTML (PC/), OS (Windows/Mac), IE/Chrome/Safari NGS Wet - - NGS - FASTA, FASTQ, csfastq, FASTA/qual, SRA, - BED, GFF/GTF,

~~~~~~~~~~~~~~~~~~ wait Call CPU time 1, latch: library cache 7, latch: library cache lock 4, job scheduler co

072 DB Magazine 2007 September ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ wait Call CPU time 1,055 34.7 latch: library cache 7,278 750 103 24.7 latch: library cache lock 4,194 465 111 15.3 job scheduler coordinator slave wait

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KNOB Knoppix for Bio Itoshi NIKAIDO Linux Grasp the KNOB! grasp 1, (grip). 2,, (understand). [ 2 ] What s KNOB CD Linux Bioinformatics KNOB Why KNOB? Bioinformatics What

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DDBJ センターにおける 一次データベースの展開 児玉悠一 Kodama Yuichi, Ph.D DDBJ センター アノテータ DDBJ center, annotator http://www.slideshare.net/ddbjslide 現状 課題 対応 現状 DDBJ センターが運営するデータベース アノテーション アクセス制限データベース JGA 個人レベルの遺伝型と表現型 DDBJ

2). 3) 4) 1.2 NICTNICT DCRA Dihedral Corner Reflector micro-arraysdcra DCRA DCRA DCRA 3D DCRA PC USB PC PC ON / OFF Velleman K8055 K8055 K8055

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Web INTAP Web morita454@oki.com (c)2002 INTAP. All rights reserved. Web HTML RDF 2002/9/18 2 (c)2002 INTAP. All rights reserved. 1 RDF

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IPSJ SIG Technical Report Vol.2012-HCI-149 No /7/20 1 1,2 1 (HMD: Head Mounted Display) HMD HMD,,,, An Information Presentation Method for Weara

1 1,2 1 (: Head Mounted Display),,,, An Information Presentation Method for Wearable Displays Considering Surrounding Conditions in Wearable Computing Environments Masayuki Nakao 1 Tsutomu Terada 1,2 Masahiko

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A-GAGE High - Resolution MINI ARRAY Instruction Manual E-mail : mail@bannerengineering.co.jp http://www.bannerengineering.com Printed in Japan J20005M4 page 2 page 3 page 4 page 5 page 6 page 7 page 8

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IEL Online IEEE Xplore2.0 - IEEE/IEE Electronic Library Online - 1. IEEE XPLORE... 2 1. IEEE XPLORE... 2 1.1.... 2 1.2. IEEE XPLORE... 2 1.3. IEEE XPLORE... 3 1.4. IEEE XPLORE... 3 2.... 4 2.1.... 5 2.2....

ワイヤレス～イーサネットレシーバー UWTC-REC3

www.jp.omega.com : esales@jp.omega.com www.omegamanual.info UWTC-REC3 www.jp.omega.com/worldwide UWIR UWTC-NB9 / UWRH UWRTD UWTC 61.6 [2.42] REF 11.7 [0.46] 38.1 [1.50] 66.0 [2.60] REF 33.0 [1.30]

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IBM i IBM AS/400 Power Systems 63.8% CPU 19,516 43,690 25,072 2002 POWER4 2000 SOI 2005 2004 POWER5 2007 POWER6 2008 IBM i 2004 eserver i5 2000 eserver iseries e 2006 System i5 Systems Agenda 2008 Power

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Genome Sequence ACEDB (genomic database system) Ace.mbly (graphic interactive program to support shotgun and directed sequencing projects) ARTEMIS II (non-clinical product safety assessment) Bass (lane

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7 6 4 1 8 12 13 10 2 5 11 3 9 1 6 GHz 1.5GHz 3.5GHz 2 3 Elements of Osilloscope Architechture CPU OS X- Stream 4 5 6 7 8 9 10 Transfer Rate (MS/s) 1000 100 10 1 0.1 0.01 0.001 0.01 0.1 1 10 100 Transfer

PowerPoint プレゼンテーション

バイオインフォマティクス 講習会 V 事前準備 が完了されている方は コンテナの起動 ファイルのコピー (Windows) まで 進めておいてください メニュー 1. 環境構築の確認 2. 基本的なLinuxコマンド 3. ツールのインストール 4. NGSデータの基礎知識と前処理 5. トランスクリプトのアッセンブル 6. RNA-seqのリファレンスcDNAマッピングとFPKM 算出 7. RNA-seqのリファレンスゲノムマッピングとFPKM

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SAS Visual Analytics on MapR Converged Data Platform 2015 12 1. 1.1... P2 1.2... P2 2. 2.1... P3 2.2... P6 2.2.1... P6 2.2.2... P6 2.3... P10 3. 3.1 OS... P11 3.2... P12 3.3... P13 3.4... P13 3.5... P14

リード・ゲノム・アノテーションインポート

リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です

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Maser 3 Cell Innovation User Operation Manual 2013.4.1 1 目次 1. はじめに... 3 1.1. 推奨動作環境... 3 2. データの登録... 4 2.1. プロジェクトの作成... 4 2.2. Projectへのデータのアップロード... 8 2.2.1. HTTPSでのアップロード... 8 2.2.2. SFTPでのアップロード...

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XJTAG

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