STN 新プラットフォーム 化学物質検索 - 基礎

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1 STN 新プラットフォーム 化学物質検索 基礎 2017 年 4 月

2 *** 目次 *** 1. REGISTRY ファイル概要 REGISTRY ファイル - ファイル概要... 1 レコード例 辞書検索辞書検索フィールド CAS 登録番号 成分 CAS 登録番号 検索例 1 : CAS 登録番号の検索 化学物質名 検索例 2 : 化学物質名検索 分子式関連の検索 参考 : 多成分物質の分子式関連検索 検索例 3 : 分子式関連の検索 検索例 4 : 分子式関連の検索 参考 : /NC,/CI の注意点 参考 : CAS 登録番号の種類 検索フィールド一覧 構造検索構造検索 構造検索の流れ 検索例 5 : 構造検索 構造質問式の修正 作図例 クロスオーバー検索化学物質のクロスオーバー検索 参考 : CAS ロール 検索例 6 : クロスオーバー検索 参考 : CAplus ファイルでの CAS 登録番号検索 網羅的な化学物質調査 参考 : CAplus から REGISTRY ファイルへのクロスオーバー検索 参考 : REGISTRY から CAplus 以外のファイルへのクロスオーバー検索... 55

3 1. REGISTRY ファイル概要

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5 REGISTRY ファイル ファイル概要 REGISTRY ファイルは, 化学物質および配列情報と, その物性データ ( 予想値, 実測値, スペクトルデータ ),CAS ロール ( スーパーロール ), CAplus ファイルの文献数などを収録するデータベースである. ファイル概要製作者収録源収録物質 (2017 年 4 月 ) CAS (Chemical Abstracts Service) Chemical Abstracts, 各国の既存化学物質リスト,CAS 登録番号サービス, 化合物ライブラリー, 試薬カタログ,GENBANK, 他のデータベースなど 有機化合物, 無機化合物, タンパク質, 核酸, ポリマー, 配位化合物, 有機金属化合物, 金属, 合金, 鉱物, 元素 物質同定情報 - CAS 登録番号 - 名称 - 分子式 - クラス識別子 - 構造図 収録内容 配列情報 ( タンパク質 核酸の物質レコードに収録 ) - 配列コード - 配列長 - 特徴表 物性データ - 実測 予想物性値 - スペクトルデータ レコード構成 化学物質単位 収録件数 1.9 億件以上 ( 化学物質 1.2 億件以上, 配列 7,067 万件以上 ) 収録期間 1800 年代初頭 - 更新頻度 毎日 特長 世界最大の化学物質データベース. 当ファイルに収録されたすべての物質に CAS が CAS 登録番号を付与している.CAS 登録番号は物質の識別番号として世界中で利用されている. 辞書検索 (CAS 登録番号, 名称, 分子式, 環データなど ), および構造検索が可能. CAplus ファイルとの連携で化学物質に関する文献情報を簡単に入手することができる. CAS 登録番号とは CAS 登録番号とは,CAS が付与している化学物質を特定するためのユニークな番号. 化学物質の同定は細かく区別されており, 一つの化学物質に一つの番号が付与される. 番号自体に化学的な意味はない. 例 1 : 酢酸 酢酸 : 酢酸ナトリウム : C で標識された酢酸 : 酢酸イオン (CH 3 COO - ) : 例 2 : アラニン L-アラニン : D-アラニン : DL-アラニン :

6 REGISTRY ファイルに収録される化学物質の出典 Chemical Abstracts (CAplus/CA ファイル ) に索引されている特定化学物質 * * 分子式や構造が明確な単一の化学物質 1 CA 収録対象の原文献に記載されており科学的 技術的に新しい知見があった化学物質. 2 特許実施例中またはクレーム (1981 年以降 ) に記載されており, 新規性 改良点, 重要な事項に関連する化学物質. 3 実施例由来の場合は何らかの hard data のある物質.( 例示物質は索引しない ) ただし, 以下の特許がベーシック特許となった場合には, 実施例中の hard data のない物質 (Prophetic 物質 ) も索引する 年 1 月以降の CA, DE, EP, FR, GB, JP, RU, US, WO から発行された特許 年の CA, DE, EP, FR, GB, US, WO で発行された英語, 仏語, 独語の特許 ( 年は一部収録 ) 年の日本語で書かれた特許 ( 一部収録 ) Prophetic 物質の定義 1. 特許の実施例に記載されている hard data のない特定の化学物質 ( 例 : 反応物, 単離された中間体, 生成物 ) で, クレームには記載されていないもの. 構造式だけでなく, 化学物質名で表現されているものや, 表にまとめられているものも含まれる. 2. 新規の用途が報告されているが, その用途が実証されていない既知物質. CASREACT ファイルに収録されている反応中の反応関与物質 米国 (TSCA), カナダ (DSL,NDSL),EC (EINECS) 等の化学物質規制法に基づく既存化学物質リストに収載された物質 公的機関や企業からの依頼により CAS 登録番号を付与した物質 (CAS 登録番号サービス ) 登録システムの開始時に各種ハンドブック類から収載された化学物質 - Merck Index - Color Index - Ring Index - Lange: Handbook of Chemistry - Pesticide Index - U.S. Adopted Names - SOCMA Handbook 化合物ライブラリー (CHEMCATS ファイル ) から登録された化学物質 他のデータベースからの化学物質情報を収録 主な収録源データベース名 - ChemBank (The Broad Institute) - Integrated Spectral Data Base System of Organic Compounds (National Institute of Advanced Industrial Science and Technology in Japan) - NCI 2D, NCI 3D (National Cancer Institute) - Roadrunner (New Mexico Molecular Libraries Screening Center) - Wiley Subscription Services, Inc - UPCMLD Library (University of Pittsburgh Center for Chemical Methodologies and Library Development) - ChemSpider (ChemZoo, Inc.) 2

7 レコード例 CAS 登録番号 CA 索引名分子式 CAplus の文献数構造図 その他の化学物質名 旧 CA 索引名 CA 索引名以外の化学物質名 削除された CAS 登録番号 収録源 クラス識別子 CAplus の資料種類 CAplus のスーパーロール : 実測物性値 : : 予想物性値 : 入力日 更新日 3

8 物質タイプごとのレコード例 配位化合物 配位化合物 : 無機化合物 : 4

9 モノマー単位ポリマー ( ホモポリマー ) ( モノマーの分子式 )x モノマーの構造 ポリマー ポリマー分類用語 : SRU ( 繰り返し単位 ) ポリマー ( 繰り返し単位の分子式 )n 繰り返し単位の構造 ポリマー ポリマー分類用語 : 5

10 タンパク質 アミノ酸配列 タンパク質 配列長注記特徴表 配列関連情報 * 現在, 配列, 配列関連情報は検索できない. 6

11 核酸 核酸配列 核酸 配列長核酸タイプと数 配列関連情報 特許情報 * 現在, 配列, 配列関連情報は検索できない. 7

12 REGISTRY ファイルの多成分物質 REGISTRY ファイルでは, 以下のような物質が多成分物質として登録されている. - 多くの塩 - コポリマー - 付加化合物 - 合金 - 混合物 - イオン対 - 金属間化合物 - 構造不明の無機化合物 - 元素組成比が非整数, または範囲で示される無機化合物 金属塩ヘテロ原子 (O, S, Se, Te, N, P, As) に結合した水素が金属に置換されて生成した塩は遊離の酸と金属との多成分物質として登録される. 多成分物質では, 各成分の分子式がピリオドで区切られている. 各成分の存在比 ( 係数 ) は, 先頭に表示される成分が 1 となる 成分 1 成分 2 合金 各成分の組成比と CAS 登録番号 合金 : 8

13 モノマー単位ポリマー ( コポリマー ) コポリマーは, 原料モノマーの多成分物質として登録されている. 各モノマーの分子式がピリオドで区切られた形で登録される. 成分 1 成分 2 成分 3 ポリマー ポリマー分類用語 : 9

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15 2. 辞書検索

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17 辞書検索フィールド 辞書検索とは, 化学物質名や分子式などの, 構造検索以外の検索手法の総称である. REGISTRY ファイルでは, 物質に関する多数の検索フィールドが利用できる. この章では, 主な辞書検索フィールドについて, 検索式の入力方法や検索のポイントについて紹介する. 例 - ある物質の CAS 登録番号から検索したい => CAS 登録番号検索 - ある物質の名称から検索したい => 化学物質名称検索 - 構造が分かっているが名称が分からない物質を検索したい => 分子式と部分名で検索 - 成分数や特定元素の有無で検索したい => 分子式関連情報で検索 主な検索フィールド 検索フィールド 内容 入力例 /RN CAS 登録番号 /RN /CRN 成分 CAS 登録番号 /CRN /CN /MF 化学物質名 完全分子式 VITAMIN A/CN *QUINOLINE*/CN C6H6/MF C2H4O2.NA/MF /CMF 成分分子式 C5H5N/CMF /ELS 元素種 X/ELS 1 FE/ELS /NC 成分数 C2H4O2/CMF AND PMS/CI AND 4>NC /CI クラス識別子コード L1 AND PMS/CI 11

18 CAS 登録番号 CAS 登録番号検索 REGISTRY ファイルでは様々な情報から物質を検索できるが,CAS 登録番号がわかっている場合は CAS 登録番号から検索を行うのがよい. - 目的の化学物質のレコード 1 件が回答として得られる. CAS 登録番号 /RN CAS 登録番号の検索 カフェイン (CAS 登録番号 : ) の検索 ヒットした回答 12

19 成分 CAS 登録番号 成分 CAS 登録番号検索 ある物質を成分として含む多成分物質は, その物質の CAS 登録番号を, 成分 CAS 登録番号 (/CRN) で検索する. CAS 登録番号 /CRN 成分 CAS 登録番号の検索 レコード例 酢酸ナトリウムの CAS 登録番号 成分 ( 酢酸 ) の CAS 登録番号 /CRN 単原子フラグメント ( 単一の原子のみまたは水素と単一の原子から成る成分 ) の CAS 登録番号は収録されない ( 例 :Na,HCl) アクリル酸 メタクリル酸コポリマーの CAS 登録番号 モノマー ( メタクリル酸 ) の CAS 登録番号 /CRN モノマー ( アクリル酸 ) の CAS 登録番号 /CRN 13

20 検索例 1 : CAS 登録番号の検索 検索例 1 : ピクリン酸 ( ) およびピクリン酸を含む多成分物質を検索する. /RN, /CRN で検索する 1. データベースの選択 (REGISTRY ファイルを選択する.) 2. CAS 登録番号および成分 CAS 登録番号検索を実行する /RN L1 ピクリン酸を検索する /CRN ピクリン酸を含む多成分物質を検索する L2 ( ピクリン酸そのものは含まれない ) L1 OR L2 L3 L1 と L2 を OR 演算子でまとめる L1 でヒットした回答 L2 でヒットした回答例 14

21 化学物質名 化学物質名の検索 完全名 /CN 完全名で検索 * 部分名 */CN 部分名で検索 完全名 ( 記号類やスペースを含め, 収録されている通りの名称 ) - /CN は前方一致, 後方一致, 中間一致検索が可能 - カンマ, ハイフンなどの記号類やスペースも含め, 収録されている名称と同じ入力をしなければ回答が得られない. CAS Registry Number : 各枠の名称が /CN フィールドで検索可能 部分名の検索 - 完全名の一部 ( 部分名 ) を用いて検索する場合は,/CN で部分名の中間一致検索を実行する. 上記レコード ( ) をヒットさせる検索式の例 PARAMOUNT/CN 3,7-DICHLORO-8-QUINOLINECARBOXYLIC ACID/CN 8-QUINOLINECARBOXYLIC ACID*/CN *QUINOLINE*/CN (*CHLORO* AND *CARBOXYLIC ACID*)/CN *CHLORO*/CN AND *CARBOXYLIC ACID*/CN 同じ結果が得られる 参考 : 化学物質名称の入力のポイント ギリシャ文字や特殊記号 ( アポストロフィーなど ) も検索可能. ( 例 :β-alanine/cn 2 -chloro carboxine/cn) 丸括弧 ( ) や角括弧 [ ] を含む名称は, 二重引用符で囲む. ( 例 : ETHANE, [(AZIDOMETHYL)THIO]- /CN) 15

22 検索例 2 : 化学物質名検索 検索例 2 : 1) 8-Bromo-2,4-quinolinedicarboxylic acid を検索する 2) キノリン骨格に, ブロモ基と 2 つのカルボキシル基を有する物質を検索する. [ 検索の流れ ] 1) 完全名で検索する. 2) 部分名で検索する. 1) 完全名で検索する 1. データベースの選択 (REGISTRY ファイルを選択する.) 2. 検索しようとする名称が REGISTRY ファイルに収録されているとは限らないため, 検索前に EXPLORE INDEX を利用して名称を確認する. 1 完全名を入力 2 検索したい完全名にチェックをつける 3 クリックすると, 選択した完全名の検索式がクエリーパネルに作成される L1 ヒットした L1 の回答 16

23 2) キノリン骨格に, ブロモ基と 2 つのカルボキシル基を有する物質の検索 3. 複数の部分名を利用する場合は,AND 演算子を利用する. (*QUINOLIN* AND *DICARBOXY* AND *BROMO*)/CN L2 部分名で検索する L2 の回答例 17

24 分子式関連の検索 分子式の検索 完全分子式 /MF 物質全体の分子式を検索 成分分子式 /CMF 多成分物質の各成分の成分分子式を検索 * * 単成分物質の場合は, 完全分子式 = 成分分子式である. 分子式の入力方法 分子式の記述は Hill 方式に従う. - 炭素を含む物質 : 炭素, 水素, その他の元素 ( アルファベット順 ) ( 例 :C4H3N11O6) - 炭素を含まない物質 : すべての元素をアルファベット順に表記 ( 例 :O2Ti) - 元素の存在数は元素記号の後ろにスペースを空けずに入力 ( 存在数 1 の場合は省略 ) 分子式の元素数の後は, スペースがあってもなくてもよい. ただし, 一つの分子式の中でスペースの有無が混在する形での入力はエラーを生じる. C4H11NO3.C2H4O2/MF C4 H11 N O3. C2 H4 O2/MF スペースを含めた場合は, ピリオド (.) の前後にもスペースを含める必要がある. スペースが無いと 0 件になる 括弧を含む分子式を検索する際は, 二重引用符 で全体を囲む. (C8H8.C2H4)x /MF レコード例 ( 単成分物質 ) < 入力例 > C6H3CL3O/MF C6 H3 CL3 O/MF * 単成分物質の場合, 完全分子式 = 成分分子式なので, 下記の式でもこのレコードはヒットする. C6H3CL3O/CMF 18

25 多成分物質の分子式 各成分の分子式がピリオド (.) で区切られている. 各成分の記述優先順序は, 以下のように定義されている. - 有機物質の場合 1 有機成分と無機成分が存在する場合は, 有機成分を優先する. 2 炭素数の多い成分を優先する. 3 炭素数が同じ場合は, 水素数の多い成分を優先する. 4 炭素および水素数が同じならば, 他の元素のアルファベット順で決定する. - 無機物質の場合 1 元素のアルファベット順 2 1 で決まらなければ, 原子数が多い方を優先する. 各成分の存在比 ( 係数 ) は, 先頭の成分を 1 として表記される.( 例 : C2H4O2.1/2Ca) レコード例 ( 多成分物質 ) < 入力例 > C5H5N.C2H4O2/MF C5 H5 N. C2 H4 O2/MF C5H5N/CMF C2H4O2/CMF 完全分子式 成分分子式 成分 1 成分 2 19

26 その他の分子式関連検索フィールド 検索フィールド内容入力例 /ELS /NC /ELF /ELC /ELC.SUB 元素種各成分の特定元素および元素数成分数物質全体の成分数元素式各成分の構成元素元素数各成分の異なる元素の種類数物質に対する元素数物質全体の異なる元素の種類数 X/ELS P 3/ELS /CRN AND 3/NC C H O/ELF 7-9/ELC ELC.SUB=<3 /CI クラス識別子 CCS/CI /ELS は元素種のみを指定した検索および元素種の数を指定した検索に利用できる. - 入力例 CL/ELS 塩素原子を含む物質を検索 M/ELS 金属を含む物質を検索 5 C/ELS 炭素原子を 5 個含む物質を検索 2-4 N/ELS 窒素原子を 2-4 個含む物質を検索 3- O/ELS 酸素原子が 3 個以上の物質を検索 -3 O/ELS 酸素原子が 3 個以下の物質を検索 元素種と元素数の入力は順不同 C 5/ELS や O 3-/ELS でも検索できる * X : ハロゲン (F Cl Br I At) M : 金属 (Ar As At B Br C Cl F H He I Kr N Ne O P Rn S Se Si Te Xe 以外の元素 ) D : 重水素 T : 三重水素 (D, T は H でもヒットする ) クラス識別子 (CI) は, 物質の広いクラス ( 分類 ) を示すコードである. - クラス識別子の種類 クラス識別子定義 AYS 合金 CCS 配位化合物 COM *1 多成分物質成分 CTS *2 概念語登録 GRS *2 一般式登録 IDS 定義の不完全な物質 MAN 手作業登録 MNS 鉱物 MXS 混合物 PMS ポリマー RIS ラジカルイオン RPS 環母核 TIS 表形式無機化合物 UVCB *2 組成不明, 組成不定, 複雑な反応生成物, 生体物質 *1 COM は COMPONENT (COM) /CI で検索できる.(COM/CI ではヒットしない ) *2 CAplus ファイルで CAS 登録番号で索引されない 20

27 参考 : 多成分物質の分子式関連検索 C5 H5 N C2 H4 O2. 成分 1 (C5H5N) 成分 2 (C2H4O2) 成分分子式 C5H5N/CMF C 5 H 5 N の成分を含む 成分分子式 C2H4O2/CMF C 2 H 4 O 2 の成分を含む 元素種 C/ELS 炭素が存在する ( 数は不定 ) C 5/ELS 炭素が 5 個存在する H/ELS 水素が存在する ( 数は不定 ) H 5/ELS 水素が 5 個存在する N/ELS 窒素が存在する ( 数は不定 ) N 1/ELS 窒素が 1 個存在する 元素種 C/ELS 炭素が存在する ( 数は不定 ) C 2/ELS 炭素が 2 個存在する H/ELS 水素が存在する ( 数は不定 ) H 4/ELS 水素が 4 個存在する O/ELS 酸素が存在する ( 数は不定 ) O 2/ELS 酸素が 2 個存在する 元素式 C H N/ELF 炭素, 水素, 窒素のみから成る 元素式 C H O/ELF 炭素, 水素, 酸素のみから成る 元素数 3/ELC 3 種類の元素からなる成分を含む 元素数 3/ELC 3 種類の元素からなる成分を含む 物質全体 (C5H5N.C2H4O2) 完全分子式 C5H5N.C2H4O2/MF C 5 H 5 N と C 2 H 4 O 2 から成る物質 成分数 2/NC 2 成分物質である ( 成分数 = 分子式中のピリオドの数 + 1) 物質に対する元素数 4/ELC.SUB 4 種類の元素から成る物質 * 単成分物質の場合は, 物質全体 = 成分 となる. 21

28 検索例 3 : 分子式関連の検索 1 検索例 3 : 1) 右記の物質を調査する 2) 1) で得られた物質を含む多成分物質を検索して, 金属との 2 成分からなる物質に限定する. 3) 回答が多い場合は, 金属をナトリウムに限定する. [ 検索の流れ ] 1) 完全分子式 (/MF) で検索する. 2-1) 1-1) の物質の成分 CAS 登録番号検索を実行し, 多成分物質を得る. 2-2) 元素種 (/ELS) および成分数 (/NC) で限定する. 3) 2-2) の結果が多い場合は, 金属をナトリウムに限定する. 1) 完全分子式で検索する 1. データベースの選択 (REGISTRY ファイルを選択する.) 2. Hill 方式に従って, 分子式を記述し, 完全分子式 (/MF) 検索を実行する. C6 H3 N3 O7/MF L1 L1 の回答中で目的の物質の CAS 登録番号を確認する. 目的の物質の CAS 登録番号 目的の物質 22

29 2-1) 1) で得られた物質の多成分物質を検索する /CRN L2 多成分物質を検索する 2-2) 元素種および成分数で限定する L2 AND M/ELS AND 2/NC L3 金属を含む物質および 2 成分物質に限定する 3) L3 の結果が多い場合は, 金属をナトリウムに限定する L3 AND NA/ELS L4 ナトリウムを含む物質に限定する L4 でヒットした回答 2 成分 ナトリウム C29 H32 Na O8 P. C6 H3 N3 O7 成分 1 成分 2 = 2 成分 * 成分数は分子式からカウント 2 成分 ナトリウム 23

30 検索例 4 : 分子式関連の検索 2 検索例 4 : ある決まったモノマー (CAS 登録番号 : ) を含む 3 成分ポリマーを検索する.( 残りの 2 成分については特に指定しない ) [ 検索の流れ ] 1) モノマーの CAS 登録番号を成分 CAS 登録番号 (/CRN) で検索する. 2) 成分数 (/NC) で 3 成分に限定, およびクラス識別子 (/CI) でポリマーに限定する. 1) モノマーの CAS 登録番号を成分 CAS 登録番号 (/CRN) で検索する 1. データベースの選択 (REGISTRY ファイルを選択する.) 2. 成分 CAS 登録番号 (/CRN) 検索を実行する /CRN L1 2 成分数 (/NC) で 3 成分に限定, およびクラス識別子 (/CI) でポリマーに限定する. L1 AND 3/NC AND PMS/CI L2 3 成分およびポリマー (PMS) に限定 L2 でヒットした回答 3 成分 : ポリマー : 24

31 参考 : /NC,/CI の注意点 /NC ( 成分数 ) や /CI ( クラス識別子 ) は物質全体を対象とした検索フィールドである. そのため, 多成分物質の各成分の成分数や, 各成分のクラス識別子は検索できない. レコード例 3 成分から成る物質 3/NC 多成分物質の成分として配位化合物が含まれているが, 物質全体のクラス識別子として,CCS は収録されていない 25

32 参考 : CAS 登録番号の種類 削除された CAS 登録番号 (Deleted Registry Number : DR) ある物質が新規物質である ( 既存の CAS 登録番号の物質とは一致しない ) と判断された場合, 新規の CAS 登録番号が付与され,REGISTRY ファイルで新規レコードが作成される. しかし後になって, 既存の CAS 登録番号の物質と同じとわかる場合がある. ( 例 : 登録時に構造情報が不明であった物質 ( 商品名で登録された物質, 天然物など )) - そのような場合,REGISTRY ファイルではいずれかのレコードに統合され, 残りのレコードはデータベースから削除される. 削除された CAS 登録番号は, 統合後のレコードの Deleted Registry Numbers フィールドに収録される. - 削除された CAS 登録番号が CAplus/CA ファイルに索引されていた場合, 統合後の CAS 登録番号に置換される.( ただし, 抄録など索引以外のフィールドに収録されている CAS 登録番号は置換されない ) レコード例 : 削除された CAS 登録番号を含むレコード Deleted Registry Numbers フィールドに削除された CAS 登録番号が収録されている : 削除された CAS 登録番号を検索すると, 統合後のレコードがヒットする. 上記のレコードがヒットする 26

33 優先 CAS 登録番号 (Preferred Registry Number : PR), 非優先 CAS 登録番号 (Alternate Registry Number : AR) 二つ以上の構造の表現法を持つ物質で, より優先される構造に対して付与された CAS 登録番号を優先 CAS 登録番号と呼ぶ.( 例 : 閉環 ( スピロ ) 型構造と開環型構造 ) レコード例 : 優先構造のレコード Alternate Registry Numbers フィールドに非優先 CAS 登録番号が収録されている レコード例 : 非優先構造のレコード Preferred Registry Numbers フィールドに優先 CAS 登録番号が収録されている REGISTRY ファイルで, 優先, 非優先どちらの CAS 登録番号で検索しても, 両方のレコードがヒットする. 文献検索では,REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへのクロスオーバー検索を行えばすべての CAS 登録番号 (RN, DR, AR, PR) がクロスオーバーされる. 27

34 検索フィールド一覧 コード 内容 索引単位 検索例 一般 /CRN /CI /DEF * /ENTE * /FA /FS /REF.CAPLUS /PCT /RN /SR 成分 CAS 登録番号クラス識別子物質の定義索引者情報フィールドの存在ファイルセグメント CAplus ファイルでの文献数ポリマー分類用語 CAS 登録番号収録源 句句単語単語句単語数値句句単語, 句 /CRN PMS/CI HYDROCARBONS/DEF *ENZYM*/ENTE RSD/FA PROTEIN/FS 50=<REF.CAPLUS POLYESTER/PCT /RN CA/SR 化学物質名称 /CN /CNS /HP /ONS 化学物質名称化学物質名称自然セグメント見出し語母核 CA 索引名以外の名称セグメント 句単語句単語 BENZOIC ACID/CN *CYCLIN*/CNS BENZENE/HP ANILINE/ONS 分子式 /ATC /CMF /ELC /ELC.SUB /ELF /ELS /MF /NC 原子数成分分子式元素数元素数 ( 物質全体 ) 元素式元素種分子式成分数 数値句数値数値句句句数値 5/ATC C5H5N/CMF 7-9/ELC ELC.SUB>=8 C H F O/ELF B/ELS C7H3BR2FO2/MF F/ELS NOT 2>=NC 環データ /CNR /CNRS /NR /NRRS /NRS 環の数 ( 成分内 ) 環系の数 ( 成分内 ) 最小環の数環系内の環の数環系の数 ( 物質全体 ) 数値数値数値数値数値 CNR=>12 3/CNRS 10/NR 5-6/NRRS 7/NRS 更新日 /EDSUB /UPNST /UPST /UPSUB 入力日構造以外のデータの更新日構造データの更新日更新日 数値数値数値数値 EDSUB> UPNST>= UPST> UPSUB= * スペースは (W) には置き換わらないため, 句 ( フレーズ ) で検索する場合には (W) を入力する例 : (*ALKYL* (W) *ETHER*)/ENTE 28

35 3. 構造検索

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37 構造検索 構造検索コマンド (STR 番号は構造質問式に付与される番号 ) STR 番号 / 検索タイプ,FULL * * FULL は省略可能. 検索タイプのデフォールトは部分構造検索 (SSS). 検索タイプ 構造検索を実行する際に検索タイプを指定することで, 作図した構造と完全に一致する 作図した部分構造を含む などの条件を指定することができる. 構造質問式 検索タイプ 回答例 完全一致検索 (EXA) 構造質問式に完全に一致部分構造検索 (SSS) ( デフォールト ) 構造質問式に完全に一致他の成分が含まれていてもよい追加の置換基があってもよい CO2H NH2 NMe2 O C OMe NH2 NO2 コード検索タイプヒットする物質入力例 EXA 完全一致検索構造質問式に完全に一致する物質 STR1/EXA STR1/EXA,FULL FAM ファミリー検索 (EXA の回答に加えて ) 他の成分が含まれていてもよい STR1/FAM STR1/FAM,FULL CSS 閉構造部分構造検索 (FAM の回答に加えて ) 可変構造質問式を利用できる特定の位置に置換基を含めることができる STR1/CSS STR1/CSS,FULL SSS 部分構造検索 ( デフォールト ) (CSS の回答に加えて ) 追加の置換基が存在してもよい STR1 STR1/SSS,FULL STR1/SSS STR1/FULL 構造質問式をアップロードすると, 自動的に部分構造検索 (SSS) を実行する検索式が入力される. 他の検索タイプを指定したい場合には, 検索式を変更する. 29

38 検索タイプ別の回答例 例 1 : 便利な作図機能を使っていない構造質問式 ( 結合の種類は不定 ) EXA 検索作図していないところはすべて水素が置換 立体異性体, 同位体なども含む FAM 検索 EXA 検索の回答のほか, その多成分物質を含む 付加化合物 ポリマー C6H6O3.C8H11N C6H6O3 (C6H6O3.C6H12O)x C6H6O3 C8H11N C6H12O 便利な作図機能を使っていないため,FAM 検索と CSS 検索の結果は同じになる SSS 検索作図した構造にあらゆる置換基を許容 ( 多成分物質も含む ) ポリマー (C8H10O3.C3H3N)x C8H10O3 混合物 C5H10N2O2S.C10H12O4 C5H10N2O2S C3H3N C10H12O4 30

39 例 2 : 便利な作図機能 ( 可変原子 ) を利用した構造質問式 ( 結合の種類は不定 ) 可変原子を利用 (Q : C,H 以外の元素 ) EXA 検索 FAM 検索便利な作図機能 ( 可変原子,G グループなど ) を用いた場合には利用不可 * エラーメッセージが表示され, 実行できない CSS 検索作図していないところは水素が置換 ( 多成分物質を含む ) ポリマー (C6H7NO2.C6H11NO)x C6H7NO2 付加化合物 C6H6O3.C8H11N C6H6O3 C6H11NO C8H11N SSS 検索作図した構造にあらゆる置換基を許容 ( 多成分物質も含む ) 塩 混合物 C5H10N2O2S.C10H12O4 C12H13N3 C13H11Cl2NO2 31

40 構造検索の流れ 構造検索は, 下記の流れで行う. STEP 1 : 構造検索を行うデータベースを選択する. - 複数のデータベースに入り, まとめて構造検索することもできる. STEP 2 : 構造作図画面を起動して, 構造を作図する. OK ボタンをクリックすると, 構造質問式がアップロードされる STEP 3 : 検索を実行する. - アップロードが完了すると, クエリーパネルに部分構造検索 (SSS) を行う検索式が自動的に入力されるので,Submit ボタンまたは Enter キーで検索を実行する. STR 番号 / 検索タイプ, 検索範囲 検索タイプのデフォールトは部分構造検索 (SSS) 検索範囲はフルファイル検索 (FULL) * STR 番号は構造質問式に対して付与される番号. ヒストリーパネル中の STRUCTURES タブで,STR 番号と対応する構造図が確認できる. 32

41 検索例 5 : 構造検索 検索例 5 : 下記のような部分構造を含む物質をすべて検索する. X : ハロゲン STEP 1 : 構造検索を行うデータベースを選択する. STEP 2 : 構造作図画面を起動して, 構造を作図する. < 構造作図画面 > * ノード : 構造中に含まれる特定の原子や可変原子のこと 消しゴムツール : ノードや結合の削除 ペンシルツール : ノードや結合の作図 X メニューツール : 可変原子の作図 属性パネル アクティブなノード 原子パレット アクティブな環 リングパレット * 各ツールの詳細は 構造作図ガイド 参照 33

42 < 作図の手順 > ここでは下記の手順で構造を作図する. 1. 環を描く 2. 鎖を描く 3. 原子を変更する 4. 結合を変更する 1. 環を描く 2 作図したい位置までポインタを移動してクリック 1 リングパレットから作図したい環を選択 4 縮合環を作図する場合は, 結合が赤くハイライトされている状態でクリックする 3 違う環を描きたい場合は再度リングパレットから選択 34

43 2. 鎖を描く 1 ペンシルツールをクリック 2 結合を描きたいノードが赤くハイライトされている状態でクリック 3. 原子を変更する 2 変更したいノードが赤くハイライトされている状態でクリック 1 作図したい原子を選択 35

44 2 X ( ハロゲン ) を選択 1 X メニューツールをクリック 3 変更したいノードが赤くハイライトされている状態でクリック 原子メニューツールをクリックすると原子の一覧が表示される ショートカットメニューツールをクリックするとショートカットの一覧が表示される 36

45 4. 結合を変更する 変更したい結合が赤くハイライトされている状態でクリック * 二重結合 三重結合 単結合の順に結合が変更される * 結合パレットから結合を選択することもできる * 構造質問式の修正 特定部位の削除 - 消しゴムツール 直前に行った操作を取り消す Undo ツール 誤って削除 元に戻る 37

46 作図が完了したら,OK ボタンをクリックする. STEP 3 : 検索を実行する. 今回は部分構造検索 (SSS) を行うので, 自動入力された検索式のままでよい クリック 38

47 L1 でヒットした回答 ヒット部分は赤くハイライトされる 39

48 構造質問式の修正 STRUCTURES タブから, アップロードした構造質問式を呼び出して修正することができる. 構造図をクリック 構造作図画面が起動 環はこれ以上縮環しない. 丸で囲った部分には置換基がつかない. という条件で検索するため, 構造質問式を修正する. 40

49 縮環の禁止 2 環上にポインタを移動し, 赤くハイライトされている状態でクリック 縮環の禁止を指定した環の結合は太線に変わる 1 Lock Rings ツールをクリック 置換基の追加の禁止 2 置換基の追加を禁止したいノードが赤くハイライトされている状態でクリック 置換基の追加を禁止したノードは四角枠で囲まれる 1 Lock Atoms ツールをクリック 修正が完了したら OK ボタンをクリック 41

50 検索実行 クリック L2 でヒットした回答 このテキストで紹介していないツールの使い方については 構造作図ガイド を参照 42

51 作図例 例 1 : 下記の条件の物質を検索する. 2 つの構造をまとめて検索する. フラグメントの作図 R グループツール 環はこれ以上縮合しない. Lock Rings ツール 例 2 : 下記の条件の物質を検索する. 環と COOH 基の間には炭素が 1 つ入ってもよい. 繰り返しグループツール が示す位置のどこかに X ( ハロゲン ) が置換する. 可変置換位置ツール 例 3 : 下記の条件の物質を検索する. 作図した環 ( ピリジン環と Hy ( ヘテロ環 )) はどちらも単環. ピリジン環 : Lock Rings ツール Hy : 一般式属性 (Hy を右クリックして表示 ) Hy は 1-3 個の窒素と 1-2 個の酸素を含む. 元素数 (Hy を右クリックして表示 ) の窒素は鎖でも環の一部でもよい. ノードの属性 (N を右クリックして表示 ) 43

52 例 1 例 2 例 3 Monocyclic ( 単環 ) を選択 Ring/Chain を選択 元素を指定 数を指定 Add ボタンをクリック 44

53 4. クロスオーバー検索

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55 化学物質のクロスオーバー検索 REGISTRY ファイルと CAplus ファイルは CAS 登録番号をキーに関係付けされている. REGISTRY ファイル REGISTRY ファイルで得られた物質の文献情報を CAplus ファイルで得る または クロスオーバー検索 または REFX L# SUBX L# CAplus ファイルで索引された化学物質の情報を REGISTRY ファイルで確認する CAplus ファイル CAS 登録番号特定の化学物質は CAS 登録番号で索引されている CAS ロール CAS ロールは, 文献中でのその化学物質の役割 ( ロール ) をコード化したものであり, 特定の化学物質 (CAS 登録番号 ) や化合物クラス用語 ( 統制語 ) と共に索引されている 45

56 化学物質の文献調査 REGISTRY ファイルで得られた物質の文献情報を得るには,REGISTRY から CAplus ファイルへのクロスオーバー検索を実行する. 方法 1 REGISTRY ファイルでをクリックする. 方法 2 CAplus ファイルで,REFX コマンド (REFX L#) を実行する. REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへのクロスオーバー検索の流れ Get References ボタンまたは REFX コマンドを実行すると,REGISTRY ファイルの回答集合中の CAS 登録番号が抽出され,CAplus ファイルで検索される. REGISTRY ファイルで化学物質を検索する < 例 > /RN (CAS 登録番号 ) CAFFEINE/CN ( 化学物質名称 ) C8H10N4O2/MF ( 分子式 ) STR1/SSS,FUL ( 構造検索 ) L1 方法 1 方法 2 Get References ボタンをクリックする CAplus ファイルでクロスオーバー検索を実行する REFX L1 REFX L1 (U) CAS ロール /RL Search ボタンをクリックする CAS ロール チェックを付けなかった場合 : すべての文献を検索 チェックを付けた場合 : 選択した CAS ロールを持つ文献を検索 すべての CAS ロールが一覧に表示されるわけではない. 一覧にない CAS ロールを使用したい場合には, REFX コマンドを用いてクロスオーバーする 46

57 参考 : CAS ロール CAS ロールは, 文献中でのその化学物質の役割 ( ロール ) をコード化したもの. CAplus ファイルで, 特定の化学物質 (CAS 登録番号 ) や化合物クラス用語 ( 統制語 ) と共に CAS ロールが索引されている. コード 英語名 定義 *1 備考 ANST *2 Analytical Study 分析に関する研究 ANT Analyte 分析対象 AMX Analytical Matrix 分析マトリックス ARG Analytical Reagent Use 分析試薬用途 ARU Analytical Role, 上記以外の分析に Unclassified 関する研究 BIOL *2 Biological Study 生物学的研究 ADV Adverse Effect, Including Toxicology 副作用 ( 毒性を含む ) AGR Agricultural Use 農業関連用途 BCP Biochemical Process 生化学的プロセス BMF Bioindustrial Manufacture 生化学的工業生産 BPN Biosynthetic Preparation 生化学的合成 COS Cosmetic Use 化粧品用途 DGN Diagnostic Use 診断用途 FFD Food or Feed Use 食品または飼料用途 NPO Natural Product Occurrence 天然物の起源 分布 PAC Pharmacological Activity 薬理活性 PKT Pharmacokinetics 薬物動態 THU Therapeutic Use 医薬用途 BUU Biological Use, 上記以外の生物関連 Unclassified 用途 BSU Biological Study, 上記以外の生物学的 Unclassified 研究 BAC Biological Activity or 生理活性またはエフェ Effector, Except クター ( 副作用を除く ) Adverse CMBI *2 Combinatorial Study コンヒ ナトリアル ケミストリーに関する研究 *2 Formation, 生成 FORM Nonpreparative ( 意図的合成ではない ) GFM Geological or 地質学的, 天文学的 Astronomical Formation 生成 FMU Formation, Unclassified 上記以外の生成 NANO *2 Nanomaterial ナノ材料 OCCU *2 Occurrence 起源 分布 GOC NPO Geological or Astronomical Occurrence Natural Product Occurrence 地質学的, 天文学的起源 分布 天然物の起源 分布 POL Pollutant 汚染物質 Occurrence, 上記以外の起源 OCU Unclassified 分布 コード 英語名 定義 *1 備考 PREP *2,3 Preparation 製造 BMF Bioindustrial Manufacture 生化学的工業生産 BPN Biosynthetic Preparation 生化学的合成 BYP Byproduct 副生成物 IMF Industrial Manufacture 化学的工業生産 PUR Purification or Recovery 精製 SPN Synthetic Preparation 化学合成 PROC *2 Process プロセス PEP Physical, Engineering 物理的, 工学的, また or Chemical Process は化学的プロセス BCP Biochemical Process 生化学的プロセス GPR Geological or 地質学的, 天文学的 Astronomical Process プロセス REM Removal or Disposal 除去または処分 PRPH *2,4 Prophetic Prophetic 物質 RACT *2 Reactant or Reagent 反応物または試薬 RCT Reactant 反応物 RGT Reagent 試薬 USES *2 Uses 用途 AGR Agricultural Use 農業関連用途 ARG Analytical Reagent Use 分析試薬用途 CAT Catalyst Use 触媒用途 COS Cosmetic Use 化粧品用途 DGN Diagnostic Use 診断用途 FFD Food or Feed Use 食品または飼料用途 MOA Modifier or Additive 改良剤または添加物 Use 用途 POF Polymer in Formulation ポリマー組成物 TEM Technical or Engineered Material 工学 工業材料用途 Use THU Therapeutic Use 医薬用途 BUU NUU Biological Use, Unclassified 上記以外の生物学的用途 Other Use, Unclassified 上記以外の用途 PRP Properties 物性 MSC Miscellaneous その他 *1 表中の備考欄が空欄の CAS ロールの付与年代は,1967 年以降 *2 4 文字コード ( 網がけのコード ) はスーパーロール *3 PREP のロールは CAS 登録番号索引に付加されている接尾辞 P と対応 *4 Prophetic 物質の詳細は p.2 参照. 47

58 検索例 6 : クロスオーバー検索 検索例 6 : 検索例 5 で得られた物質の合成文献を調べる. ボタンを使い,REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへクロスオーバーする. クロスオーバーする際,Preparation ( 合成 ) にチェックを入れることで合成文献に限定できる. < 検索例 5 の回答集合 > クリック チェックを入れた回答のみをクロスオーバーすることもできる Preparation にチェックを入れることで, 合成文献に限定することができる クリック 48

59 Hit 表示形式を選択すると, サマリー表示画面でヒットした物質の CAS 登録番号と構造が確認できる 自動的に CAplus ファイルに入り, (REFX L#)(U)(PREP)/RL が実行される 参考 : REFX コマンドを用いたクロスオーバー検索 上記の検索を REFX コマンドを用いて行うこともできる. REFX コマンドは, ファイルを CAplus ファイルに切り替えてから実行する. クロスオーバー検索と同時に CAS ロールで限定する場合 (REFX L2)(U)PREP/RL * REFX コマンドの前後の括弧は必ず必要. クロスオーバー検索した後に CAS ロールで限定する場合 REFX L2 L3 L3 (U) PREP/RL 49

60 L3 でヒットした回答例 ( 詳細表示 ) : : : Show hit structures をクリックすると, ヒットした物質の構造図が表示される. 一方,Hide hit structures をクリックすると, 構造図が隠れる. 常に, ヒットした物質の構造図を表示するには,Settings > Display > Specify hit structure の default display で Show hit structures にチェックを付ける : 50

61 参考 : CAplus ファイルでの CAS 登録番号検索 CAplus ファイルで直接 CAS 登録番号を検索することもできるが, 検索式により検索対象が異なる. 検索式によるヒット対象 ( 例 : ホルムアルデヒド ( )) CAplus ファイルで実行する検索式 レコードの記載 /IT P/IT D/IT DP/IT 標題 / 抄録 索引 P - - (IT) D DP - - * 接尾辞 P : 合成文献 D : 非特定誘導体 DP : 非特定誘導体の合成文献 - 比較 : REGISTRY ファイルから CAplus ファイルへクロスオーバー検索した場合 ( 例 : L1 は REGISTRY ファイルでホルムアルデヒド ( ) を検索した結果 ) CAplus ファイルで実行する検索式 レコードの記載 REFX L1 (REFX L1)(U)PREP/RL 標題 / 抄録 索引 P (IT) D DP 合成文献を検索 ( P OR DP)/IT (REFX /RN)(U)PREP/RL と同じ結果である 非特定誘導体の文献を検索 ( D OR DP)/IT 非特定誘導体のみ索引された文献を除く /IT(NOTU)( D OR DP)/IT < 注 > CAplus ファイルで直接 CAS 登録番号を検索する場合, ある CAS 登録番号が非優先 CAS 登録番号だった場合に, 優先 CAS 登録番号は自動的には含まれない. 51

62 録物質更新頻度毎日週 1~2 回収録物質網羅的な化学物質調査 STN 新プラットフォームでは,REGISTRY ファイル以外にも構造検索な可能なファイルがある. ファイルによって, 収録源, 収録年代等が異なるため, 複数ファイルを併用することでより網羅的な化学物質調査となる. STN 新プラットフォームで構造検索可能なファイル (2017 年 4 月 ) ファイル名 REGISTRY DCR REAXYSFILESub 収録内容 特長 CAplus ファイルに収録された特許, 文献などから収録された特定物質の物質同定情報, 物性値など 世界最大の物質データベースであり, 物質に関する調査には必須 CAplus で物質から文献 特許を調査する際に利用するファイル DWPI 収録特許中の特定物質の物質同定情報 方針の違い, 収録対象国の違い等より REGISTRY に収録されていない物質が得られる可能性がある DWPI で物質から特許調査をする際に利用するファイル 雑誌, 特許ハンドブック類から収録された特定物質の物質同定情報, 物性値 REGISTRY よりも古い年代の情報が収録されている REAXYSFILEBib で物質から文献 特許を調査する際に利用するファイル レコード構成化学物質単位化学物質単位化学物質単位 収録期間 1800 年初頭 ~ 1981 年 ~ 1771 年 ~ 収録件数 1.9 億件以上 286 万件以上 2,830 万件以上 更新頻度毎日週 1~2 回毎週収有機化合物 ポリマー 無機化合物 タンパク質 核酸 ファイル名 MARPAT DWPIM 収録内容 特長 CAplus ファイルに収録された特許中のマルクーシュ構造 マルクーシュ構造を対象に構造検索できる 有機化合物 有機金属化合物が収録対象 DWPI 収録特許のうち B,C,E セクションに分類された特許中のマルクーシュ構造 マルクーシュ構造を対象に構造検索できる MARPAT 収録対象外の無機化合物やポリマーも収録 レコード構成マルクーシュ構造単位マルクーシュ構造単位 収録期間 1961 年 ~ 1961 年 ~ 収録件数 115 万件以上 202 万件以上 有機化合物 ポリマー * 無機化合物 タンパク質 核酸 ( 低分子 ) ( ペプチド ) * B, C セクションのみ 52

63 各ファイルで物質を検索した後, 対応する文献ファイルにクロスオーバーすることで, 物質に関する文献情報を得ることができる. REGISTRY, MARPAT ファイルから CAplus ファイルへは,Get References ボタンまたは REFX コマンドでクロスオーバーできる. REGISTRY MARPAT REFX CAplus DCR, DWPIM ファイルから DWPI ファイルへは,Get References ボタンまたは REFX コマンドでクロスオーバーできる. DCR DWPIM REFX DWPI REAXYSFILESub ファイルから REAXYSFILEBib ファイルへは,Get References ボタンまたは REFX コマンドでクロスオーバーできる. REAXYSFILESub REFX REAXYSFILEBib REGISTRY, MARPAT および DCR, DWPIM ファイルの関係 特許請求範囲 [ 特許公報 ] 実施例, 特許請求範囲 特許情報 ( 書誌情報や抄録 ) は CAplus,DWPI に収録 マルクーシュ構造 具体的な化合物 F O O MeO C C OMe 一般式で表される構造 MARPAT DWPIM に収録 REGISTRY DCR に収録 i-pr N H 明確な構造 Pr-i MARPAT,DWPIM ファイルを利用すると, 実施例やクレーム中に具体的な化合物としては記載されていないが, マルクーシュ構造中の組み合わせに含まれる構造を検索できる. 53

64 参考 : CAplus から REGISTRY ファイルへのクロスオーバー検索 CAplus ファイルの文献に索引されている化学物質の調査 CAplus ファイルのレコード中の索引化合物を REGISTRY ファイルで確認するには,CAplus ファイルから REGISTRY ファイルへのクロスオーバー検索を実行する. 方法 1 方法 2 Get Substances ボタンをクリックする REGISTRY ファイルでクロスオーバー検索を実行する SUBX L1 * L1 は CAplus ファイルの回答集合 例 : 青色発光ダイオードの文献を検索し, 特定の文献に索引されている化学物質を調査する. 1. CAplus ファイルで, 青色発光ダイオードの文献を検索し, その結果から索引されている物質を確認したい文献を選択する. 2 Get Substances ボタンをクリックする 1 L 件から, 索引物質を確認したい文献にチェックを付ける. ( 複数文献にチェックを付けることも可能 ) Get Substances ボタンを用いると, 選択した回答のみをクロスオーバーすることができる 2. 自動的に REGISTRY ファイルに入り,SUBX の検索式が実行される. 1. で選択した文献のレコード番号が抽出され,SUBX 2015:12090/AN が実行された 54

65 参考 : REGISTRY から CAplus 以外のファイルへのクロスオーバー検索 CAS 登録番号の収録率が低い, または収録されていないファイルで REGISTRY ファイルで検索した物質に関する関連情報を調べる場合,Create Term List 機能を利用する. REGISTRY ファイルには物質の同義名も多数収録されている. 化学物質名をキーとして利用することで,CAS 登録番号が収録されていないファイルへのクロスオーバー検索ができる. 検索の流れ Create Term List で REGISTRY ファイルの回答集合から化学物質名 (CN) および CAS 登録番号 (RN) を抽出する. 抽出した情報を検索する. 検索例 : クラリスロマイシン ( ) に関する韓国特許を KRFULL ファイルで調査する. 2 1 REGISTRY ファイルで CAS 登録番号を検索 Create Term List で複数の項目を同時に抽出したい場合は,Advanced を選択する 3 化学物質名 (CN) および CAS 登録番号 (RN) にチェックを入れる 抽出されたタームには Q 番号が付与される 55

66 Manage Term Lists で抽出したタームの一覧を確認できる クエリーパネルには自動的に Q 番号が入力される KRFULL ファイルに切り替える そのまま検索すると, 抽出したフィールド (RN,CN) が検索フィールドとなるため, 検索フィールドを基本索引 (/BI) に変更する : クラリスロマイシンの化学物質名称 ( 同義名を含む ) および CAS 登録番号が含まれる特許がヒットする : 56

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