KnowItAll 2017 チュートリアルマニュアル　Raman

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1 KnowItAll インフォマティクスシステム チュートリアルマニュアル Raman

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3 は 本書あるいは付随するソフトウェアやデータベースの内容に関し 抗議あるいは保証をするものではありません Bio-Rad は 購入目的及び特定の目的の一致 不一致に関しなんの保証をするものではありません Bio-Rad は 本書及び付随するソフトウェア データベースをいつでも変更 または改善する権利を有します Bio-Rad, Inc.,, 2000 Market Street, Suite 1460, Philadelphia, Pennsylvania 19103, USA との書面による契約なくして 本書及び付随するソフトウェア データベース本書及び付随するソフトウェア データベースの一部または全部の転載 複写 翻訳 または電子媒体等への変換を禁止します

4 目次 はじめに 6 概要...6 KnowItAll の起動とメイン画面...8 プラグインについて サーチの実行 12 SearchIt プラグイン データベースの選択 スペクトルサーチ データ処理が必要なスペクトルのサーチ ストラクチャーサーチ プロパティ / ネームサーチ ピークサーチ 多成分解析ツール サーチプロファイル ヒットリスト / データベースのブラウズ 35 MineIt プラグイン データベースウインドウ 表示プロファイル ストラクチャー / プロパティウインドウ スペクトルウインドウ MCS と OD ヒートマップ サーチ結果レポートのカスタマイズ 43 ReportIt プラグイン レポートテンプレートのカスタマイズ レポートの編集 レポートオブジェクトについて

5 スペクトルの解析 50 AnalyzeIt プラグイン チュートリアル 化学構造式からコリレーション 官能基ハンドブックの使い方 官能基知識ベースの作成と利用方法 化学構造式の作成 61 ChemWindow プラグイン 反応式の作成 レポートの保存 ユーザーデータベースの作成 ( オプション ) 68 新規作成 スペクトルのインポート プロパティの登録 化学構造式の登録 エントリーの削除 PubChem を利用してデータベースに物性情報を登録する ユーザーデータベースを検索に利用する ユーザーデータベースのインデックスを作成する Appendix 補足 83 ツールバーのカスタマイズ ユーザーエディション スペクトルウインドウのカスタマイズ スペクトルの表示方法 スペクトルの追加と削除 データベースパスの設定 レポートテンプレートのパスの設定 KnowItAll 2017 の新機能 97 FAQ より 98 索引 99 5

6 はじめに 概要 KnowItAll インフォマティクスシステムは スペクトルの読み込みからデータ処理 検 索 解析 未知化合物の推定 検証 構造式やレポートの作成までをトータルにサポー トするスペクトル検索ソフトウェアです 複雑な操作をコントロールするため それぞ れの機能はプラグインとして登録されており 次の操作のためのプラグインへのデー タの転送がスムーズに行えるよう設計されています たとえばレポートの作成は転送 元のプラグインでレポートするオブジェクトを開き ReportIt プラグインに転送して編 集を行います これはスペクトル検索とレポート作成といった操作の流れから考える と違和感のないことがご理解いただけると思いますが 一般的なソフトウェアとはそ の操作の概念の異なる場合があります ここではスペクトルファイルの読み込みから検索 レポート作成まで一連の流れをサ ンプルスペクトルを使い実際に操作しながら KnowItAll の操作方法を習得していただ きます 本書では Windows の基本的な操作 ( マウス メニューやコマンド ツールボタン エクスプローラ IE の使い方など ) ができることが前提に サンプルスペクトルを使ってサーチや構造式やレポートの作成方法などの基本的な操作を説明します 購入されたエディションやオプションによって 対応していない機能がある場合がありますので ご了承願います 6

7 インストール 別添のインストールノートを参照下さい テクニカルサポート 本マニュアルやヘルプファイルを参照しても解決しない問題が発生したときには 次 の点を確認の上 下記へご連絡ください 1. 使用中の KnowItAll のバージョンとシリアル番号 (KnowItAll を起動し メニューの [ ライセンス ] [KnowItAll の詳細情報 ] で確認できます ) 2. PC の仕様 (OS RAM 容量 HDD 容量等 ) 3. 問題が起こった時の状況とメッセージが表示された場合はそのメッセージの正確な内容 4. 問題を解決するために行ったこと 問い合わせ先 バイオ ラッドラボラトリーズ株式会社インフォマティクス事業部 東京都品川区東品川 天王洲セントラルタワー 20F Fax address : [email protected] 7

8 KnowItAll の起動とメイン画面 KnowItAll を起動するには PC のデスクトップ上に作成されているショートカットアイコンをダブルクリックします KnowItAll を起動すると最初に BrowseIt プラグインが表示されます BrowseIt に表示される画面やツールボックスと登録されたプラグインアイコンは PC の環境や購入したエディションによって異なります KnowItAll の初期画面 BrowseIt 画面左側のツールボックスの各グループに登録されたプラグインアイコンを選択して 操作を開始します KnowItAll の各プラグインに共通のオブジェクトとその機能は次の 通りです ツールボックス 画面左側がツールボックスです エディションによって表示されるグループや内容が異なりますが アプリケーション内の左側に常駐しています KnowItAll を起動したとき BrowseIt プラグインが表示され ツールボックスは Data グループが開いた状態となります 各グループとプラグインアイコンの機能については次のページを参照下さい 構造式を作成するときには Basic グループの ChemWindow プラグインを選択するなど 目的の操作に応じて プラグインアイコンを選択します タイトルバー 画面最上部のタイトルバーには現在アクセスしているプラグイン名 プログラム名 エディション名が表示されます タイトルバーの左のアイコンをクリックして現われるコントロール / システムメニューには [ 元のサイズに戻す ] [ 移動 ] [ サイズ変更 ] [ 最小化 ] [ 最大化 ] [ 閉じる ] のコマンドがあります このアイコンをダブルクリックして プログラムを終了させます バーの右端に最大表示 / 最小表示 アイコン化 終了のボタンがあります ツールボックス ツールボックスの Data グループ タイトルバーメニューバー送り先バー メニューバー 二番目のメニューバーでは [ ファイル ] [ ライセンス ] [ ヘルプ ] がすべてのプラグインに共通のコマンドです メニューバーに表示されるコマンド名はプラグインの状況に応じて変化します プラグインアイコン (SearchIt) 8

9 送り先バー ( 戻り先バー ) 三番目の送り先バーには 現状の状況でオブジェクトが転送できるプラグインが表示されます 状況に応じてタイトルが 戻り先 となったり 表示されるプラグインが変化します 送り先バー左側の矢印で直近に使ったプラグインに戻ることができます アプリケーションエリア 図は Data グループの SearchIt をクリックし SearchIt プラグインを開いたものです SearchIt はサーチ条件となるファイルの読み込み その他の条件を設定をして サーチを実行するプラグインです アプリケーションエリアの左上にプラグイン名が表示され 状況に応じて コマンドバー ツールバーなどが変化します 右は Analytical エディションの SearchIt プラグインの初期画面です 購入したエディションによって表示されるアイテムが異なりますが 最初はデータベースタブのみが表示されます SearchIt アプリケーションエリア プラグイン名 (SearchIt) データベースタブ 9

10 プラグインについて KnowItAll インフォマティクスシステムは機能ごとに独立したプラグインで構成されています プラグインはグループに分類され アイコンを クリックして開くことができます グループと登録されたプラグインは次の通りです ( 表示されるアイコンはエディションにより異なります ) Basic グループ構造式などの基本的な操作 KnowItAll インフォマティクスシステム Analytical エディション アイコンプラグイン名主な機能 ChemWindow ReportIt 3DViewIt (ChemWindowエディションのみ) BrowseIt 化学構造式の作成 編集 他のプラグインから転送されたオブジェクトのレポートレイアウト レポートテンプレートの編集 二次元構造式を三次元構造式に変換 KnowItAll の初期画面 Data グループ < 起動時には Data グループが展開されます > サーチ条件の設定 データベースやデータの操作 アイコンプラグイン名主な機能 ID Expert Deformulation Expert ( オプション ) SearchIt Mixture Analysis MineIt MineIt/Create Database ( オプション ) QC Expert ( オプション ) AssignIt スペクトルをロードするだけで混合物サーチと官能基サーチを行う解析ツール IR サブスクリプションデータベースのサブセット 有機化合物のデータベースのみを検索するツール サーチの種類 データベースの選択 サーチアルゴリズムの選択 サーチ範囲などサーチ条件を設定します 混合物サンプルの検索条件の設定を行います サーチ結果の検証 データベースのブラウズをサポートするプラグイン ユーザーデータベース構築オプションがあると Create Database と表示されます データベーススペクトルと測定スペクトルの類似性を数値化し 合否判定する品質管理用ツール ユーザーデータベースの化学構造式に NMR のケミカルシフト値情報を追加するツール 10

11 Spectral Processing グループスペクトルのデータ処理 アイコンプラグイン名主な機能 ProcessIt IR (Analytical/IRエディションに標準) ProcessIt Raman (Analytical/Ramanエディションに標準) ProcessIt NMR (Analyticalエディションのみ) ProcessIt MS (Analyticalエディションのみ) IRスペクトルのデータ処理ラマンスペクトルのデータ処理 NMRスペクトルのデータ処理 解析をサポート MSスペクトルのデータ処理 Spectral Analysis グループスペクトルの解析支援ツール アイコンプラグイン名主な機能 AnalyzeIt IR (Analytical/IR エディションに標準 ) AnalyzeIt Polymer IR ( オプション ) AnalyzeIt Raman (Analytical/Raman エディションに標準 ) AnalyzeIt MVP ( オプション ) IR スペクトルのピークから官能基情報を検索し スペクトル解析をサポート 化学構造式から 赤外吸収ピーク位置の示唆 高分子化合物の IR スペクトルに固有の官能基情報を提供し スペクトル解析を支援します Raman スペクトルのピークから官能基情報を検索し スペクトル解析をサポート 化学構造式からピーク位置の示唆も可能 大量のスペクトルデータを主成分解析するツール ユーザーデータベース構築オプションが必要 ValidateIt (Analytical エディションに標準 ) PredictIt ( オプション ) 大量のデータをある要素で分離し 2D プロットを作成します 構造式をロードし NMR データベースに登録されたケミカルシフト値をリストするツール ユーザーエディションユーザーグループに使用頻度の高いプラグインアイコンを集めて ユーザーエディションを作成できます Appendix の ユーザーエディションの作成 を参照下さい 11

12 サーチの実行 SearchIt プラグイン KnowItAll では サーチの種類やサーチ条件の設定を SearchIt プラグインで行いま す ここではデモ用のデータベース Multi Technique Demo Database を利用するた め サーチ結果は必ずしも良好なものではないことをご了承願います 1. ツールボックスの Data をクリックし SearchIt アイコンをクリックします 2. SearchIt プラグインの左側にはサーチの種類を選択するサーチバーがあり データベース選択用のデータベースタブが表示されます ( サーチバーやデータベースタブに表示される内容はエディションによって異なります ) データベースの選択 データベースが選択されていない ( データベースタブの下のウインドウに何もリストさ れていない ) と SearchIt プラグイン右下にある < サーチ > ボタンがアクティブにな らず サーチを実行することができません 1. SearchIt プラグインで < データベースタブ > をクリックし データベース選択画面を表示させます 2. 通常はネットワークデータベースは使用しません データベースタブに < ネットワーク > のボタンが表示される場合は画面右上の < 詳細設定 > をクリックし サーバー設定タブ < インターネットのデータベースを利用する > のチェックを外してください 3. < 対象スペクトル > の < すべて > をクリックしプルダウンリストからデータベースの種類 ここでは <Raman> を選択してください Dataグループの SearchItをクリックサーチバー SearchItプラグイン SearchItアイコン SearchItプラグイン -データベースタブ対象スペクトルを選択検索対象ファイルの種類データベースが何も選択されていない状態 サーチボタン 12

13 4. < 利用できるデータベース > の左側のウインドウで検索対象とするファイルの種類を選択します ファイルの種類に対応する個別のファイルが右のウインドウにリストされます Reference - Licensed サブスクリプションライセンスが有効なデータベースと購入したパッケージデータベース Reference - Unlicensed ライセンスが有効でないデータベース User DB Hit List ユーザーデータベース構築オプションで作成したユーザーデータベース 保存したヒットリスト ( 検索結果 ) ファイル 5. ここでは <Reference - Licensed> をクリックし 右のウインドウから Multi Technique Demo Database を選択します 6. Multi Technique Demo Database や目的のユーザーデータベースなどがリストされない場合には次の要領でパスの設定を行ってください 1 データベースタブ右上の < 詳細設定 > をクリック 2 詳細設定ダイアログボックスのローカル設定タブをクリック 3 < 追加 > ボタンをクリックして現れる < フォルダーの選択 > ダイアログボックスで C: ユーザー Public パブリックのドキュメント Bio-Rad KnowItAll を指定し < フォルダーの選択 > をクリック 4 リストされたパスを選び < サブフォルダを含む > にチェックをして <OK> をクリックします 5 元の画面に戻り 利用できるデータベースのウインドウをスクロールダウンし 目的のデータベース Multi Technique Demo Database を探します 7. Demo Database を選択し < 追加 > ボタンをクリックすると選択したデータベースが下のウインドウに表示されます これで Multi Technique Demo Database が検索対象に設定されました ライセンスのあるデータベースのリスト利用できるデータベース Reference - Licensed データベースを選択して < 追加 > をクリック選択された ( 検索する ) データベースデータベースパスの設定詳細設定ボタン詳細設定 -ローカル設定タブ 13

14 データベースの選択解除と再選択 1. データベースの選択を変更するには まず 選択されているデータベース のウインドウからデータベースを選択し < 削除 > をクリックし 選択を解除します 2. KnowItAll ではライセンスのないデータベースでも検索対象にすることができます ライセンスのないデータベースで検索した場合 検索結果のデータベース情報はロックされています <Reference - Unlicensed> をクリックし インストールされているデータベースのリストを表示させます ライセンスのないデータベースは * に囲まれて表示されます 3. < すべて追加 > をクリックすると ライセンスのないデータベースが下のウインドウにリストされ 検索対象とすることができます 4. ここではデモデータベースを検索するので < すべて削除 > をクリックし 選択を解除してください 5. Reference - Licensed をクリックして 検索対象とするファイル (Multi Technique Demo Database) を選択し < 追加 > ボタンをクリック またはダブルクリックで検索対象のデータベースに設定します Tips データベースの選択解除 データベースを選択してから < 削除 > クリック 複数のデータベースを選択するには Ctrl キーや Shift キーを押しながらデータベースをクリックしてから < 追加 > をクリックします Tips < 名称 > をクリックすると データベース名の昇順 / 降順で <DB コード > をクリックすると DB コードの昇順 / 降順で並べ替えることができます 名称をクリックしてデータベース名でソート DB コードをクリックしてソート 14

15 スペクトルサーチスペクトルサーチとは測定スペクトルとデータベーススペクトルの形や面積を計算し 数値の近いデータベースエントリーをヒットリストとして表示させるものです ここではラマンスペクトルサーチを例に スペクトルファイルの開き方 検索 データ処理の方法などを説明します SearchIt プラグイン - サーチ種の選択 サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコンをクリックします データベースタブのみが表示されます データベース ( ここでは前項で選択した Multi Technique Demo Database) が選択されていることを確認してください 2. 画面左の < サーチの種類 > からスペクトル <Raman> をクリックします < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れます スペクトル <Raman> をクリック スペクトルファイルオープンプレビュー スペクトルを開く 1. 練習用のスペクトルファイルを開きます < ファイルの場所 > は C: ユーザー パブリック パブリックのドキュメント Bio-Rad KnowItAll Sampels\Raman を指定します 2. ファイルの種類を指定します < ファイルの種類 > の < すべてのファイル > をクリックしてドロップボックスから *.dx を指定します 3. dx(jcamp) フォーマットのサンプルスペクトルファイルがリストされます phenol. dx を選択します プレビューウインドウにスペクトルファイルが表示されます 測定スペクトルのロード 4. < 開く > をクリックすると SearchIt に Raman スペクトルタブが作成され スペクトルがロードされます Note Raman スペクトルサーチのとき Raman スペクトルタブにスペクトルがロードされていないと Raman のボタンの横に赤い 印が表示されます スペクトルがロードされると緑のチェックマークに変わります 15

16 サーチ条件の設定 1. サーチアルゴリズム 1 検索時の計算式を設定します 初期値では <Correlation> が選択されています 2 サーチアルゴリズムの右側の をクリックするとプルダウンメニューから <Euclidean Distance><First Derivatives> を選択することができます 2. 最適化 1 最適化にチェックを入れるとヒット率の向上のためにデータベーススペクトルと測定スペクトルに数学的な処理を施します 2 < 詳細設定 > をクリックすると 最適化の項目の選択と重複するスペクトルの設定を変更することができます ここではすべての項目が選択されていることを確認し <OK> をクリックします サーチ条件の設定 サーチアルゴリズム サーチ領域設定バー サーチボタン 最適化は分光学に基づくデータ処理やサーチ条件の設定に代わるものではありません サーチの実行 1. < サーチ > ボタンはアプリケーションウインドウの右下にあります 2. 設定したサーチに対し サーチ条件が満たされていない場合 < サーチ > ボタンはアクティブにならず サーチを実行することができません 3. < サーチ > ボタンをクリックして サーチを実行します サーチプログレスバーが表示されます Note サーチアルゴリズムの詳細については [ ヘルプ ] [SearchIt のヘルプ ] [ スペクトルサーチについて ] を参照下さい < サーチ範囲を編集ボタン > クリックすると サーチ除外範囲とサーチ適用範囲を数値で設定することができます 数値でサーチ領域を設定する場合には < 全領域を使用 > のチェックマークをはずしてください 最適化のユーザー設定 16

17 サーチ結果 1. サーチ結果は MineIt プラグインに表示されます サーチごとにタブが作成され 検索結果が表示されます ここでは ヒットリス :phenol[ スペクトル名 ] のタブが作成されています 2. 次のサーチと区別できるようにタブの名称を変更します タブをダブルクリックして 縦カーソルを表示させ任意の名前をタイプします ここではヒットリスト "phenol 最適化 とします 3. リストは HQI(Hit Quality Index) の降順に表示されます HQI は測定スペクトルとデータベーススペクトルを比較するサーチアルゴリズムに則って計算された数値で デフォルトの設定では 100 が完全一致を意味します 4. スペクトルウインドウとストラクチャー / プロパティウインドウにはデータベースウインドウのテーブルで選択されたエントリーのスペクトルと物性情報が表示されます ( 最初は一番先頭のエントリーを選択 ) 5. 各エントリーの i をクリックすると測定データとデータベーススペクトルで処理された最適化の詳細を確認することができます 6. 各エントリーをクリックして アクティブにするとリストされたデータベースの内容を確認することができます ヒットリストのブラウズついてはヒットリストのブラウズの項を スペクトルの表示設定の変更は Appendix のスペクトルウインドウを参照下さい MineIt プラグインに表示されるサーチ結果 スペクトルウインドウ データベースウインドウ ストラクチャー / プロパティウインドウ タブ名の変更タブの名前部分をダブルクリックして タブ名を変更することができます 最適化されたヒットリスト 17

18 ヒットリストの保存 1. 最適化したヒットリストを選び メニューバーの [ ファイル ] [ ヒットリストを別名で保存 ] を選択します ヒットリストの保存ダイアログボックスで適当なフォルダとファイル名 (tutor4) を指定して < 保存 > ボタンをクリックします ヒットリストの体裁を整える 2. MineIt で表示されるヒットリストのタブ名が ヒットリスト :tutor4 に変わります レポートの作成 サーチ結果のレポートを作成します ここでは [ ファイル ] メニューから印刷を実行し ますが 編集が可能な ReprotIt プラグインへ転送する方法もあります これについ てはレポートテンプレートのカスタマイズを参照ください 1. Tutor4.hlt を開き レポートの体裁を整えるためスペクトルウインドウの表示を変更します メニューバーの [ 表示 ] メニューから [ 表示モード ] [ スタック ] を選択 2. 1 番目のエントリーを選択し [ ファイル ] [ 印刷 ] を選択すると印刷ダイアログボックスが現れます プリンターや印刷部数などを設定し <OK> をクリックし 印刷を実行します レポートテンプレートの変更 1. レポートはデフォルトで設定されたフォーマットで印刷されます このフォーマットを変更するには [ ファイル ] [ レポートテンプレートの編集 ] を選択し レポートテンプレートダイアログボックスを開きます 2. レポートテンプレートダイアログボックスには予め登録されたレポートテンプレート名とレイアウトの概要が表示されます 印刷ダイアログボックス デフォルトのテンプレートレポート デフォルトテンプレートの設定 3. 任意のテンプレートを選択し < デフォルトに設定 > をクリックして デフォルトテンプレートに選択したレポート名が表示されるのを確認します 4. < 閉じる > をクリックして MineIt プラグインに戻ります 印刷を実行するとデフォルトに設定したテンプレートでレポートが印刷されます デフォルトに設定されたテンプレート 18

19 データ処理が必要なスペクトルのサーチ 測定スペクトルとデータベースを同じ条件にすることがよいサーチ結果を得る第一歩 です KnowItAll では Raman スペクトルのデータ処理は ProcessIt Raman で行い ますが ここでは SearchIt プラグインにスペクトルをロードしてから データ処理を 行います 新規サーチ 1. MineIt プラグインの送り先バー左の を SearchIt プラグインに戻るまでクリックします 2. メニューバーの [ ファイル ] [ スペクトルまたは構造式を開く ] を実行し < ファイルを開く > ダイアログボックスで < ファイルの場所 > は C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\ Sample\Optimized Correction を指定します リストされたスペクトルファイルから Raman Spectrum of Mint Candy.wdf を選択し < 開く > をクリックします 3. SearchIt にスペクトルがロードされている場合には スペクトルファイルを置き換えるかどうかのダイアログボックスが開きます < 新規サーチ開始 > をクリックして下さい 新たに "Single scan measurement2" というタブが追加され スペクトルが表示されます 4. スペクトルウインドウ左下の < ベースライン補正する > のチェックははずしてください データ処理 1. スペクトルウインドウ右下の < スペクトル処理 > ボタンをクリックします SearchIt プラグインでスペクトルが表示されている状態で 送り先バー の ProcessIt Raman をクリックしても同じです 戻り先バー SearchItプラグインに戻るスペクトル処理ボタン ProcessIt Ramanへ転送 2. ProcessIt プラグインにスペクトルが転送されます ProcessIt プラグインの送り先バーは戻り先に変化します データ処理したスペクトルはここのコマンドをクリックして SearchIt にスペクトルを戻します 19

20 ベースライン補正 1. 傾いたベースラインを補正します プロセスツールバーのピーク削除のアイコン をクリックします < ベースライン補正 > ダイアログボックスが開きます 2. ここでは補正方法 = 直線 オプション = 自動選択を設定します < プレビュー > ボタンを押すと データ処理されたスペクトルがグレーの破線で表示されます データ処理を確認して < 実行 > ボタンを押します スペクトルサーチの実行 1. データ処理が完了しました 戻り先バーの <SearchIt に保持して戻る > をクリックします 2. データ処理されたスペクトルが SearchIt プラグインに転送されます 3. データベースタブで Multi Technique Demo Database を設定して < サーチ > ボタンをクリックします サーチ結果が MineIt プラグインに表示されます 4. メニューの [ ヒットリスト ] [ 別名で保存 ] を選択します < ヒットリストの保存 > ダイアログボックスで "tutor5" と入力し < 保存 > をクリックします 20

21 ストラクチャーサーチストラクチャーサーチは化学構造式を作成して 完全一致または部分構造と一致する化学構造式をデータベースから検索します データベースに構造式が登録されていないと実行できません ストラクチャータブ サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコンをクリックします 前に行ったサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] [ 新規サーチ ] を選択するか アイコン をクリックしてください 2. データベースタブで <References-Licensed> からデモ用データベース Multi Technique Demo Database を 選択されているデータベース に設定します 3. サーチの種類から < 基本 > の下にある < ストラクチャー > ボタンをクリックしてください ストラクチャータブが現れ 構造式を表示する画面が現れます クエリー構造式の作成 1. サーチ条件となる構造式は すでにある構造式ファイルをインポートするか ChemWindow プラグインで新規に作成します ここでは新規に作成します 2. < 編集 > ボタンをクリックして下さい プラグインが ChemWindow プラグインに移動します ここで構造式を作成します 次のような Acetone の構造式を作成します 構造式の作成方法は化学構造式の作成の項を参照下さい Note Note ストラクチャータブに構造式がロードされていないと ストラクチャーのボタンの横に赤い 印が表示されます 構造式が表示されると緑のチェックマークに変わり < サーチ > ボタンがアクティブになります すでに作成してある構造式ファイルが保存してある場合には < インポート > ボタンをクリックして < 開く > ダイアログボックスから構造式ファイル (*.dsf) を選択することで ストラクチャータブに構造式を読み込むことができます ChemWindow プラグインへ移動 3. 作成が終わったら 戻り先バーの <SearchIt へ保持して戻る > をクリックします 作成した構造式が SearchIt プラグインへ転送されます 4. 検索条件は < 完全一致 > と < 部分構造サーチ > の二つの条件から選択することができます ここでは < 完全一致 > を選択し < サーチ > ボタンを押します 21

22 5. 検索が終了するとプラグインが MineIt に移動し ヒットリストが表示されます デモ用データベースに登録されたアセトンのスペクトルが表示されます ヒットリストの保存 レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい 構造式を SearchIt へ転送 クエリー構造式の編集 1. クエリー構造式を編集して もう一度検索します SearchIt アイコンをクリックして SearchIt プラグインに戻り ストラクチャータブを選択します 2. < 編集 > ボタンをクリックします 表示されていた構造式が ChemWindow プラグインに転送されます 3. アトムツールからスターマーク ( ) を選択して ボンド先端のヒットボックスをクリックします MineIt プラグインに表示されるサーチ結果 4. 構造式にスターマークが作成されたら 戻り先バーの <SearchIt へ保持して戻る > をクリックします 5. 条件構造式にスターマークがついているのを確認します ここではスターマーク部分に 結合原子なし を条件としますので 部分構造サーチを選択します ( 部分構造サーチの場合 は結合原子なしを意味しますが 完全一致を選択すると すべての結合原子 に意味が変わります ) 設定が終了したら < サーチ > ボタンを押し 検索を開始します 6. MineIt プラグインに新しいタブが追加され 新しい条件でのサーチ結果が表示されます 22

23 構造式とサーチ結果 KnowItAll ではボンドのシンボルや相対立体配置のチェックボックスを利用して 構 造式の立体化学をサーチ条件にすることができます それぞれの設定の仕方は以下の 通りです 通常のボンドで構造式を作成 立体構造を無視して検索がされます すべての立体異性体と立体化学を指定していない構造式が検索の対象となります MineIt プラグインに表示されるサーチ結果 ボンドにツールを使用 光学異性体 (R/S) すべてが検索対象となります ヒットリストには立体化学について指定のない構造式も含まれます ボンドにツールを使用 はシス トランス双方 (Z 及び E) と不定を表します 下図の構造式を条件にした場合 HOOC H H COOH サーチ結果には次の 3 件がリストされます HOOC H H H H COOH HOOC COOH 下の構造式を条件に相対的立体配置にチェックをすると 23

24 O O H N O O N H H HOOC H COOH ヒットリストには次の二つがリストされます 1. O O H N O O N H 2. O O H N O O N H 同じ構造式で 相対的立体配置にチェックをしない 立体化学として一致するものだけがヒットします ( 上図の 1 のみがリストされます ) 24

25 プロパティ / ネームサーチ プロパティ / ネームサーチは データベースに付随したプロパティやスペクトル名を条 件にして検索します クイックサーチ データベースのすべてのテキストフィールドを検索対象とすることができます プロパティーサーチのテキストサーチにワンクリックでアクセスできるようになりました 条件の設定方法はテキストサーチと同じなので上述を参照ください プロパティ / 名称タブ サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコンをクリックします データベースタブが表示されます 前に行ったサーチのログが表示されている時は [ ファ イル ] [ 新規サーチ ] を選択するかアイコン をクリックしてください 2. データベースは <Reference - Licensed> からデモ用データベース Multi Technique Demo Database を選択します 3. プロパティ / ネームサーチを行うには サーチバーの < プロパティ / 名称 > をクリックします 4. プロパティ / 名称タブが表示されます 分子量が 120 以上で 付随情報に Benzen を含むデータを検索します サーチ条件の設定 1. プロパティのドロップダウンメニューから検索したいプロパティを選択します < ブラウズ > をクリックして ダイアログボックスのリストから選択することもできます 分子量の条件設定 2. ドロップダウンメニューには テキスト を先頭に Name や Technique などデータベースに登録されている一般的なプロパティ その下にそれ以外のプロパティがアルファベット順にリストされています 3. プロパティのプルダウンから mol. weight を選択します ここでは 120 以上を条件としますので < 下限 > に "120" とタイプ入力します 25

26 4. 論理演算子 <AND> をクリックし 次のプロパティを設定します 5. ドロップダウンメニューから テキスト を選択します Value に入力する値がテキストの場合 サーチ条件は次の中から選択することができます テキストフィールドの条件設定 完全一致 検索値とまったく同じプロパティを含むもののみをヒットリストに表示させます を含む 検索値の部分検索になります で始まる 検索値で始まるデータベースエントリーを検索します 6. ここでは を含む を選択し < 値 > テキストボックスに "benzen" とタイプします 7. これで分子量 120 以上で付随情報に Benzen を含むデータのサーチ条件の設定が終了しました < サーチ > ボタンを押します サーチ結果は MineIt に表示されます テキストサーチプロパティから < テキスト > を選択すると データベースに登録されたテキストタイプの付随情報すべてを検索対象とすることができます データベースによっては化合物名が名称に登録されていない場合もあります このような場合テキストサーチを使うと便利です ヒットリストの保存 レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照 下さい ヒットリストのブラウズや表示方法の変更については MineIt のデータベース ウインドウの項を参照下さい MineIt プラグインに表示されるサーチ結果 Tips [ 編集 ] [ テキストを探す ] でヒットリスト内の特定のテキストを確認することができます 上図は Benzen を探し プロパティの Synonyms がハイライト表示されています 26

27 ピークサーチ ピークサーチのクエリーとなるピークテーブルはロードさせたスペクトルから作成する 方法とマニュアルで作成する方法があります Raman ピークサーチタブ サーチの選択 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコンをクリックします 前に行ったサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] [ 新規サーチ ] を選択するか アイコン をクリックしてください 2. データベースは <Reference - Licensed> から Multi Technique Demo Database を選択してください 3. Raman スペクトルのピークサーチを行うには サーチの種類からピークの <Raman> をクリックします Raman ピークタブが現れます ピークテーブルの作成 - スペクトルをロード 1. [ ファイル ] [ スペクトルまたは構造式を開く ] を実行し < ファイルを開く > ダイアログボックスを表示させます 2. KnowItAll\Training Files\Files\Spectral Identification\ID Expert-Raman から 5-Raman of Unknown Sample l6s を選択し プレビューで確認してから < 開く > をクリックしスペクトルをロードします スペクトルからピークピック 3. < ピック > をクリックして ピークテーブルを作成します スペクトルウインドウ中央にあるグローバルスレッシュホールドを上下にドラッグして ピークピックするピークの大きさを決めることができます 4. 必要に応じてピークテーブル下の追加 編集 削除のボタンをクリックしてピークテーブルを編集してください 5. ピークテーブルが完成したら < サーチ > をクリックしてピークサーチを実行します ピークピックボタン 6. 検索が終了すると MineIt プラグインにヒットリストが表示されます ヒットリストの保存 レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい 27

28 ピークテーブルの作成 - マニュアル 1. ツールボックスの Data から SearchIt アイコンをクリックします 前に行ったサーチのログが表示されている時は [ ファイル ] [ 新規サーチ ] を選択するか アイコン をクリックしてください 2. データベースは <Reference - Licensed> から Multi Technique Demo Database を選択してください 3. サーチの種類からピークの <Raman> をクリックします Raman ピークタブが現れます 4. ピークテーブルを作成します ウインドウ右側のテーブル下にある < 追加 > ボタンをクリックすると < ピーク情報の編集 > ダイアログボックスが現われます 5. ピーク位置と強度をタイプ入力し <OK> ボタンをクリックします これを繰り返し次のテーブルを参照してピークテーブルを作成してください ピーク情報の編集ダイアログボックス ピークテーブルの作成 ピーク設定バーピークテーブルはスペクトルウインドウ下のピーク設定バーを使って作成することもできます ピーク設定バー上にカーソルを移動させ 任意の位置でクリックします すでにピックしたピークをドラッグして位置を移動させることも可能です 6. 左のウインドウにサーチするピーク位置が表示されます 7. < サーチ > ボタンをクリックするとサーチを開始します 8. 検索が終了すると MineIt プラグインにヒットリストが表示されます ヒットリストの保存 レポートの作成はスペクトルサーチのサーチ結果の保存を参照下さい MineIt プラグインに表示されるサーチ結果 28

29 多成分解析ツール混合物スペクトルの解析を行うには Mixture Analysis プラグインを利用します 通常のスペクトルサーチの結果が思わしくないとき MineIt プラグインの送り先バーから測定スペクトルを Mixture Analysis に転送して 実行することもできます Mixture Analysis プラグイン Mixture Analysis の実行 1. Data グループの Mixture Analysis アイコンをクリックし プラグインを開きます 2. データベースタブでデータベースが選択されている場合は < すべて削除 > をクリックし データベースの選択を解除します 3. 対象スペクトルのプルダウンから <Raman> を選択します <Reference - Licensed> を選択し [DB コード ] をクリックします データベースが DB コード順に並べ替えられます 一番上にある ZX<Raman-Controlled & Prescription Drugs> を選択し < 追加 > ボタンをクリックします 選択したデータベース RZX が下のウインドウに表示されます ライセンスがない場合 <Reference - Unlicensed> をクリックし インストールされているデータベースのリストから RZX を選択して < 追加 > をクリックしてください ライセンスのないデータベースを検索した場合 ヒットリストのデータベース情報はロックされています データベースの選択 4. ツールバーのアイコンをクリックします < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れます ファイルの場所を C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Samples\Raman\Mixture Analysis\Raman Examples スペクトルファイル Raman two component Liquid Mixture.irf を選択します 5. < 開く > をクリックすると < 混合物スペクトル > タブに指定したスペクトルファイルがロードされます 29

30 6. サーチ条件の設定 1 サーチアルゴリズム 2 コンポーネントの数 3 最適化 4 ヒットの上限 5 ベースライン補正 デフォルトは <Correlation> となっています 必要に応じて設定を変更できます ここでは 1 Correlationのままとしてください 2 検出したい成分の数 ( 予想される成分の数 ) を設定します 2に設定します 時間節約のためここではオフにします サーチ結果にリストされる組み合わせの上限数を設定します データベースタブの < すべてのリストする > のチェックをはずし ヒット数の上限に "25 と入力して下さい チェックをはずします 7. < サーチ > ボタンをクリックします サーチの進行状況が表示されます 5 混合物サンプルのスペクトルをロード 3 サーチを実行 Mixture Analysisのサーチ結果 サーチ結果サーチ結果は MineIt プラグインに表示されます Mixture Analysis のヒットリストは次の 3 つの要素で構成されます Composite Spectrum 検出されたデータベースをエントリーを合成したもの ストラクチャー / プロパティウインドウにはリストされた構造式が表示されます HQI(Hit Quality Index) はこの Composite スペクトルと測定スペクトルを比較して計算されます データベースエントリーデータベースより検索された個々のデータベースエントリー 構造式やプロパティの確認ができます ウエイトは Composite Spectrum を合成する際の計算の割合を示します Residual Spectrum 測定スペクトルと合成スペクトルの差スペクトル この残渣スペクトルが平坦なほど 混合物を構成する要素と形が似ていることになります サーチ結果の保存 レポートの作成は通常のサーチ結果と同じ要領で行います 30 Note データベースエントリーに表示されるウエイトは この数学的にこの割合で合成されたときのそれぞれのスペクトルの比重となります サドラーのデータベースはすべて 0 から 1 にノーマライズされており いろいろな共点の相対的な割合に関する質的な情報を提供しているため このウエイトは混合物の要素の定量の目的に利用することはできません

31 除外要素の設定サンプルの事前情報や特異なピークを手がかりにサーチ結果に含めたくない要素がある場合 これを < 除外要素 > として検索対象外にすることができます ここではサーチ結果から排除したい要素を選択する方法を説明します ヒットリストから除外する要素を選択 1. あとで判りやすいようにヒットリストのタブ < ヒットリスト ;Raman two component Liquid Mixture> をダブルクリックし <Mixture 1 回目 > とタブ名を変更しておきます 2. 一番目の Composite スペクトルを構成している RZX241 のエントリーを選択します 3 < 除外 > カラムの をクリックするとチェックマークが表示され < サーチ実行 > のボタンが現れます サーチ実行をクリック 4. < サーチの実行 > をクリックすると RZX241 のスペクトルを対象外としてサーチが再実行されます 5. サーチ結果が MineIt プラグインに表示されます Mixture Analysis プラグインに戻って 除外要素タブを確認します 除外要素タブには 1 回目のサーチ結果から選択した RZX241 が表示されています 6. スペクトルを選択すると < 除外する要素で類似する範囲に含める割合の指定 > がアクティブになり チェックを入れると除外スペクトルの類似性を設定 (80 前後が適切 ) することができます 7. 除外要素タブに表示されたスペクトルを選択し < 削除 > ボタンをクリックして 除外要素から削除します 除外要素タブ 31

32 必須要素の設定 除外要素と同様 サンプルの事前情報などから必ず含まれているであろう化合物のス ペクトルを必須要素として設定することができます ここではサンプルスペクトルを必 須要素を設定します 1. MineIt の検索結果に戻り ヒットリストエントリーにある RZX240 をクリックし スペクトルをアクティブにします メニューの < 編集 > から < アクティブスペクトルをコピー > を選択し スペクトルをコピーします 2. Mixture Analysis プラグインの必須要素タブをクリックし キーボードの Cntl+v でペーストすると RZX240 が必須要素に表示されます 必須要素の設定 必須要素を設定した Mixture Analysis の結果 3. < 必須要素タブ > にスペクトルが表示されたのを確認して < サーチ > をクリックします 4. サーチ結果には設定したスペクトル RZX240 が含まれ 他の 1 要素の組み合わせた 2 要素の合成スペクトルが作成されます Note 必須要素に設定したいスペクトルファイルがあるときには 必須要素タブの < 追加 > をクリックして スペクトルを開き 必須要素に設定することができます Mixture Analysis はデータベーススペクトルと測定スペクトルを比較し データベーススペクトルを仮想的に組み合わせていくものです ある特定の比率で組み合わされたとき オリジナルの測定スペクトルと最も近い形となるコンポジットスペクトルを得るものです それぞれのコンポーネントは相対的なウエイトが一緒に表示されます この値はコンポジットスペクトルでの数学的に計算されたコンポーネントスペクトルの比重を示すものです バイオ ラッドのスペクトルデータベースはすべて 0-1 でノーマライズされているため Mixture Analysis のウエイトは混合比率さまざまな要素に相対的な割合についての定性的な情報であって 定量を目的に利用することはできません たとえば 最初のスペクトルのウエイトが 67 次のウエイトが 33 の場合 コンポーネントスペクトルは最初のスペクトルの 0.67 倍と 2 番目のスペクトルの 0.33 倍した数学的な組み合わせであることを意味しています 二つの要素に相対的なウエイトが表示されてはいますが スペクトルが 0-1 でノーマライズされているため 最初の要素が 67% 二番目の要素が 33% の混合物であると解釈することはできません 参照スペクトルのモル吸光係数が不明なため 二つのコンポーネントの正確なモルパーセントも不明です 相対的なウエイトを比較することで いくばくかの定性的な値を意味していることは言えます 32

33 サーチプロファイル 解析の目的によって選択するデータベースを使い分ける時や 常に同じ条件でサーチしたい場合に便利なサーチプロファイルはサーチ条件を設定してからサーチプロファイルバーを使って登録します ( スペクトルライブラリーのライセンスが有効な場合の例です ) サーチプロファイルツールバー サーチプロファイルの作成 1. SearchIt プラグインを開き ツールバーのをクリックします 2. データベースの選択します 1 データベースタブを表示させます データベースが選択されている場合には < すべて削除 > をクリックし 選択されているデータベースの選択を解除します 2 左上のウインドウの <Reference - Licensed> をクリックし 右のウインドウに利用できるデータベースのリストを表示させます 3 リストの <DB コード > をクリックし データベースコード順にに並べかえます ここから <RZX><RZ2X><RZ3X> の規制薬物関連のデータベース 3 個を選択します 4 < 追加 > をクリックし 選択したデータベースを検索対象にします Note サーチプロファイルは SearchIt Mixture Analysis それぞれのプラグインで設定することができます データベースの選択 3. その他のサーチ条件の設定を設定します 1 サーチの種類から < スペクトル > <Raman> を選択します < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れますが これをキャンセルします 2 スペクトルがロードされていない Raman スペクトルタブが作成されます スペクトルがロードされていませんので Raman の横に赤い が表示されます 3 サーチアルゴリズムのプルダウンから <Euclidean Distance> を選択します 4 < ベースライン補正 > と < 最適化 > にチェックをはずします 4. 規制薬物関連のデータベース Euclidean Distance ベースライン補正と最適化なしの Raman スペクトルサーチの条件が設定されました Note ここでスペクトルファイルをロードして プロファイルとして保存するとサーチプロファイルを設定したときに 常にロードしたスペクトルが開いてしまいます 33

34 サーチプロファイルの保存 1. プロファイルツールバーの < プロファイルの追加 > アイコンをクリックします 2. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます 適当な名称 ここでは "Raman-Drug" とタイプして <OK> をクリックします サーチプロファイルの適用 1. SearchIt のをクリックします 2. プロファイルツールバーのプルダウンリストから <Raman-Drug> を選択します 3. < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れます サーチするスペクトルファイルを選択して スペクトルウインドウにスペクトルをロードさせます 4. < サーチ > ボタンをクリックしてサーチを実行します サーチプロファイルツールバープロファイルの追加アイコンサーチプロファイルの新規作成サーチプロファイルをプルダウンから選択 34

35 ヒットリスト / データベースのブラウズ Bio-Rad MineIt プラグイン MineIt プラグインの初期画面 サーチを実行すると そのサーチ結果 ( ヒットリスト ) は MineIt プラグインに表示さ れます MineIt は保存してあるヒットリストを開いたり 所有するデータベースを開い てブラウズする際にも利用します ここではヒットリストを例にその使い方を説明しま す ヒットリストを開く 1. ナビゲーションバーの Data から MineIt をクリックします 2. 保存してあるサーチ結果のファイルを開くには [ ファイル ] [ ヒットリストを開く ] を選択してください < ヒットリストの選択 > ダイアログボックスが現れます 3. 表示されたリストからスペクトルサーチで保存した tutor4.htl を選択して <OK> をクリックします ファイルがリストされないときは < 詳細設定 > をクリックして ローカル設定タブでヒットリストを保存してあるフォルダーを指定してください 4. MineIt プラグインはスペクトルウインドウ データベースウインドウ ストラクチャー / プロパティウインドウに分割されています Tip 複数のヒットリストを一度に閉じるには [ ファイル ] [ すべて閉じる ] を実行します MineIt プラグインに表示されるヒットリスト スペクトルウインドウ データベースウインドウ ストラクチャー / プロパティウインドウ 35

36 データベースウインドウ ヒットリストは HQI(Hit Quality Index) 順 ( 降順 ) にリストされます ( データベース は ID 番号順に表示されます ) 項目名の をクリックしてソート ヒットリスト / データベースのブラウズ データベースウインドウ内を移動し アクティブなエントリーを変更するには ナビゲーションバー スクロールバー キーボードの上下の矢印 F9( 前へ )F10( 後ろへ ) を利用します 表示させたいエントリー番号がわかっているときは データベースウインドウ下のナビゲーションツールバーにデータベース ID 番号をタイプします データベースなどエントリーの多いファイルを開いたときに便利な方法です ある特定の名前やプロパティ情報を検索するには [ 編集 ] [ テキストを探す ] を実行し 目的の単語を入力します 該当するレコードに移動し オレンジ色にハイライト表示されます エントリーの並び替え / 削除 ヒットリストからエントリーを削除するには削除したいエントリーを選択し マウスの右ボタンをクリックし < 列を削除 > を選択します 元に戻すことができません 項目名の横の をクリックすると プロパティの値の昇順 降順でエントリーを並びかえることができます メニュー [ ヒットリスト ] [ タグをつける ] コマンドを利用して 任意のエントリーを上位に表示させるようにすることができます 採用 / 保留 / 棄却 / タグなしの順で並べ替えられます ナビゲーションバー アクティブなエントリーの ID 番号 エントリーの削除 ( 元に戻せません ) 次へ 最後へ トータル エントリー数 36

37 データベーステーブルをカスタマイズ MineIt のデータベースウインドウに表示させるデータベースの情報とその順序を検索 や解析の目的別にカスタマイズすることができます 列を編集を選択 1. データベースウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックし ポップアップメニューから < 列を編集 > を選択します 2. < プロパティ > ダイアログボックスが開きます 選択対象項目はカテゴリー別に分類されています 名前の前の + をクリックして 項目を選択し 矢印ボタン を押して < 現在テーブルにある項目 > に移動させます 表示させるプロパティの選択 / 表示順の設定 3. ここでは Primary を開き Synonyms と Formula を < 現在テーブルにある項目 > に追加します 4. < 現在テーブルにある項目 > のどれかを選択すると ウインドウ下の表示順のボタンがアクティブになり 表示させる順番を変更することができます 下にリストされたプロパティはデータベースウインドウの右側に表示されます Synonyms と Formula を名称の下に移動させます 5. <OK> をクリックして ダイアログボックスを閉じます MineIt のデータベースウインドウには選択した項目が設定した順序で表示されています カスタマイズされたデータベースウインドウ Note ReportIt プラグインに転送されるデータベースウインドウの情報は MineIt に表示されたものになります レポートしたいデータベース情報は MineIt で設定しておきます 37

38 表示プロファイル表示プロファイルは 解析の目的にあった項目が表示されるヒットリストの作成 常に同じデータベース情報を表示させるレポートの作成に便利な機能です 前ページで設定した表示内容を表示プロファイルとして保存します 表示プロファイルツールバー 表示プロファイルの保存 1. MineIt プラグインのスタンダードツールバーの下に表示プロファイルツールバーがあります 2. < プロファイルの追加 > をクリックします 3. プロファイルの新規作成ダイアログボックスが開きます " 同意語 / 分子式 " とタイプして <OK> をクリックします 表示プロファイルの適用 1. ヒットリストを一度閉じ 再度 tutor2.htl を開きます 2. プロファイルツールバーのプルダウンから < 同意語 / 分子式 > を選択します 設定したプロパティが表示されます 3. 一番上のエントリーを選択し < 送り先バー > の ReportIt をクリックし レポートテンプレート選択ダイアログボックスで <LandscapeJ> を選択し <OK> をクリックします 表示プロファイルの作成 / 保存 表示プロファイルの適用 プロファイルの追加 4. ReportIt プラグインの 2 ページにあるテーブルには MineIt のデータベースウインドウと同じプロパティ ( 同意語 / 分子式のプロパティ ) が表示されています 38

39 ストラクチャー / プロパティウインドウ アクティブになっているエントリーの構造式とプロパティが表示されます [ 表示 ] [ ウインドウ / テーブル ] [ ストラクチャー / プロパティ ] で表示 / 非表示を切り替えることができます 全プロパティタブには登録されているプロパティのすべてが表示され 選択したプロパティタブには [ ファイル ] [ ユーザー設定 ] [ 表示するプロパティ ] で選択したプロパティのみを表示させることができます ストラクチャー / プロパティウインドウは PC のデスクトップ上にドラッグアウトすることができます ストラクチャー / プロパティウインドウ スペクトルウインドウ データベースウインドウでアクティブになっているエントリーのスペクトルが表示され ます 軸の拡大 / 縮小 スペクトルツールバーの機能については Appendix のスペク トルウインドウを参照下さい 選択ツール でスペクトルをクリックすると クリックしたスペクトルがアクティブに なります MineIt プラグインの表示メニューからスペクトルウインドウのスペクトルの透過率表示 / 吸光度表示を切り替えることができます スペクトルウインドウのスペクトルの色や軸の表示方法などはスペクトルツールバー の表示設定アイコン を開いて変更することができます スペクトルウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックするとズームモードの変更 ズームを戻すなどのポップアップメニューから表示方法を変更することができます [ 表示 ] メニューから [ スペクトルオーバービュー ] を選択して 表示 / 非表示を切り替えることができます [ 表示 ] [ サーチ領域 ] でグレイアウトしているサーチ除外領域の表示 / 非表示を切り換えることができます X 軸の 2000cm -1 以下を拡大 39

40 サーチパラメーター サーチパラメーターにはヒットリストに付随しているサーチ条件が記録されています 1. MineIt プラグインでサーチ条件を確認するには [ 表示 ] メニューの [ ウインドウ / テーブル ] から [ サーチパラメーター ] を選択します 2. サーチパラメータの情報は [ 編集 ] メニュー [ サーチパラメーターテーブルのコピー ] でクリップボードにコピーされ 他のアプリケーションに貼り付けることができます サーチパラメーターテーブル Tips サーチパラメーターを KnowItAll のレポートに配置する場合はレポートテンプレートの編集で < 配置するオブジェクト > にサーチパラメーターを選択し 保存してください HQI オーバービュー 1. [ 表示 ] メニューの [ ウインドウ / テーブル ] [HQI オーバービュー ] を選択して 表示 / 非表示を切り替えることができます 2. この HQI オーバービューはヒットリストの HQI( ヒットクオリティーインデックス ) の値とばらつきを表したもので ヒットリスト全体を観察することができます 3. バーチャートの一つをクリックするとヒットリスト上のエントリーがアクティブになり 該当するスペクトルがスペクトルウインドウに表示されます HQI オーバービュー 高 ( 緑 ) HQI 低 ( 赤 ) 40

41 MCS と OD ヒートマップ MCS は選択されたヒットリストやデータベースエントリーの構造式を対象に 共通する部分構造 (Most Common Structure) をリストする解析ツールです OD ヒートマップと組み合わせて 構造式と IR スペクトルの相関性を観察することができます 右図は構造式を含むデータベースに対しスペクトルサーチをしたヒットリストです このヒットリストを利用して MCS と OH ヒートマップの応用例を紹介します データベースの MCS を作成 1. ストラクチャー / プロパティウインドウの部分構造タブをクリックし < 処理開始 > ボタンをクリックします 2. ストラクチャー / プロパティウインドウには部分構造式と数量のリストが作成されます これはリストされた部分構造をもつエントリーがいくつあるかを示したものです 3. 一番多くの部分構造を持つエントリーを選択するために 46 と表示された部分構造式をクリックします 共通する構造を持つスペクトルを選択 4. スペクトルウインドウには選択されたスペクトルのエントリーが表示され データベースウインドウには選択されたエントリーがハイライト表示されます 5. スペクトルツールバーのをクリックし OD ヒートマップを作成します 6. 選択されたスペクトルの密度を色別に表します 赤は密度が高く 選択したスペクトルに一番共通する領域であることを意味しています 紫の部分は共通する部分が少ないことを示しています 7. 画面右上のスライドバーは中央にあり (OD レベル 0) これはすべてのスペクトルの領域 (100%) を表示しているいます OD ヒートマップ OD レベル 三角のスライドバーを右へ移動させます OD レベルが高くなり 一番右端が OD レベル 100 となり すべてのスペクトルに共通の領域であることを意味します OD レベル 100 は領域の 26% であることが表示されます 9. 三角のスライドバーを左へ移動させます OD レベルが低くなり 一番左端が OD レベル -100 となります この例だと OD レベル -97 で一つのスペクトルにしかない領域が表示され 全体の 34% であることがわかります 41

42 コンセンサススペクトル OD ヒートマップはその Y 軸の頂点を結んでスペクトルを作成することができます 共通領域 OD レベル スペクトルツールバーのコンセンサススペクトルツールをクリックします スペクトルウインドウが分割され 上にコンセンサススペクトルが表示されます OD ヒートマップアイコンとコンセンサススペクトルアイコンをクリックして スペクトルウインドウの表示を切り替えることができます 2. コンセンサススペクトルはスペクトルサーチのクエリースペクトルとなります ユニーク領域 OD レベル -97 上段がコンセンサススペクトル 42

43 サーチ結果レポートのカスタマイズ Bio-Rad ReportIt プラグインレポート作成用のプラグイン ReportIt では MineIt プラグインから転送されたヒットリストのエントリーを指定のテンプレートのフォーマットでレポートを作成し 編集 保存をすることができます サーチ結果レポートの作成と保存 1. MineIt プラグインで [ ファイル ] [ ヒットリストを開く ] を選択します MineIt でヒットリストを開く 送り先バー 2. データベース / ヒットリストの選択ダイアログボックスから先に保存した tutor2. htl を選択し <OK> をクリックし ヒットリストを開きます 3. [ ファイル ] [ レポートテンプレートの編集 ] でデフォルトに設定されたレポートテンプレートがある場合には < デフォルトの解除 > をクリックしてください 4. レポートに転送したいエントリー ( ここでは 1 番目 ) を選択し 送り先バーの <ReportIt> をクリックします 5. < レポートテンプレート選択 > ダイアログボックスが現れ あらかじめ登録されたレポートテンプレートがリストされます デフォルトのテンプレートが設定してある場合にはダイアログボックスが表示されず デフォルトのレポートテンプレートでレポートが作成されます 6. テンプレートの内容はプレビューで確認することができます SpecDisplayUnknown_Result を選択し <OK> をクリックします 7. 選択されたエントリーのオブジェクトが ReportIt プラグインに転送され 指定したテンプレートのレイアウトに従ったレポートが作成されます 送り先バー ReportIt をクリック レポートテンプレートプレビュー デフォルトテンプレートの設定 デフォルトに設定されたテンプレートの設定を解除 8. オブジェクトの形や場所を整えて レポートを保存します [ ファイル ] [ 保存 ] を選択します 保存ダイアログボックスからファイルの種類を ReportIt ドキュメントファイル (*.rtd) を指定し ファイル名を Tutor と入力して レポートを保存します ( レポートオブジェクトの編集方法は後述を参照ください ) 43

44 レポートテンプレートのカスタマイズ KnowItAll にはいくつかのレポートテンプレートが登録されていますが これを編集して独自のレポートテンプレートを作成することができます レポートテンプレートはデータの転送元のプラグインから作成 編集を行います ここではヒットリストのレポートテンプレートの編集を行います ReportIt でレポートを生成 レポートテンプレートの編集 1. ツールボックスの Data から MineIt アイコンをクリックして MineIt プラグインを開きます 2. [ ファイル ] [ レポートテンプレートの編集 ] を選択します 3. レポートテンプレートダイアログボックスが開き MineIt プラグインから指定できるレポートテンプレートがリストされます <SpecDisplayUnknown_Result> を選択して < 編集 > をクリックします 4. レポートテンプレートに配置されているオブジェクトと配置できるオブジェクトを選択するダイアログボックスが開きます 5. 二つのボックスの間の矢印を使って レポートにするオブジェクトの削除 追加を行います ここでは次のような設定をします レポートテンプレートダイアログボックス 配置するオブジェクトの選択 < ピークリストテーブル > を削除右のオブジェクトウインドウで < ピークリストテーブル > を選択後 ウインドウ間の矢印 をクリック < データベース / ヒットリストテーブル > を追加左のウインドウから < データベース / ヒットリストテーブル > を選択 中央の矢印 をクリック 右側の設定の アクティブのみ表示 をチェックをはずし 開始するレコードを 1 表示する数 3 に設定 レポートテンプレートのレイアウト < 現在の日付 / 時刻 > を追加左のウインドウから < 現在の日付 / 時刻 > を選択 矢印 をクリック 44

45 6. 選択と設定が終了したら <OK> をクリックします プラグインが ReportIt に移動し 選択したオブジェクトがレポート用紙上に表示されます 7. 選択ツールを使って 用紙上の 5 つのオブジェクトの配置を変更します オブジェクト中央の X をドラッグするとその位置を オブジェクト周囲の をドラッグすると大きさを変更することができます 8. ここでは 2 ページ目にもオブジェクトがありますので 大きさと位置を変更し 図のように 1 ページにレイアウトします 9. メニューの [ ファイル ] [ ドキュメントサイズ ] を選択し < ドキュメントの縦ページ > を "1" に設定します 10. レポートのタイトルを作成します メインツールのテキストツールを選択し レポートの上部で四角くドラッグします テキストツールバーがアクティブになりますので フォントサイズ 24 を選びます 検索結果報告書 をタイトルをつけ 日付の下に " オペレーター " と入力します ロゴなどの画像はメニューバーの < 編集 > から < オブジェクトを挿入 > でファイルを指定して挿入します コピーアンドペーストで貼り付けることも可能です データベース / ヒットリストテーブル 日付 スペクトルウインドウ データベース / ヒットリストスペクトル ( 自動認識 ) データベースストラクチャー 11. スペクトルウインドウオブジェクトをダブルクリックします 画面右側に現れるスペクトルツールバーを使って スペクトル表示方法を設定することができます こ こではをクリックして レポートにはスペクトルがスタック表示になるように設定します 12. オブジェクトとテキストの配置 設定が終了したら 戻り先バーの <MineIt へ保持して戻る > を選択します 13. < 保存 > ダイアログボックスが現われます MineIt フォルダーに Report テンプレートファイル.rtt ファイル名 tutorial として < 保存 > ボタンをクリックします 14. レポートテンプレートダイアログボックスに新しいファイル名がリストされているのを確認して < 閉じる > をクリックしてください 15. プラグインは MineIt に戻ります これで MineIt プラグインから ReportIt へ転送するときに利用できる Tutorial という新しいテンプレートの作成が終了しました MineIt に保持して戻る 新しいレポートテンプレートを保存 45

46 レポートテンプレートの適用 スペクトルサーチで保存したヒットリストを新しいレポートテンプレートを使ってレ ポートを作成します 1. MineIt プラグインで [ ファイル ] [ ヒットリストを開く ] を選択します データベース / ヒットリストの選択ダイアログボックスから先に保存した tutor2.htl を選択し ヒットリストを開きます 2. [ 表示 ] [ サーチ領域 ] でグレイアウトしている領域を消去します 3. レポートに転送する 1 番上のエントリーを選択します 4. 送り先バーの ReportIt をクリックします レポートテンプレートダイアログボックスが現われます 先ほど作成した tutorial を選択して <OK> をクリックします 5. プラグインは ReportIt へ移動し 指定したテンプレートにしたがって 選択されていたエントリーのオブジェクトが配置されます ヒットリストのエントリーを選ぶ 新しいレポートテンプレートを適用 レポートの編集 1. レポート作成者の名前を入れます テキストツールを選択し オペレーターのテキストボックスをクリックします 縦のカーソルが点滅しますので これを任意の場所に移動させ 氏名をタイプ入力します 2. 構造式やテーブルなどのオブジェクトの大きさの変更には選択ツールを使い オブジェクト上をクリックします ここではスペクトルウインドウのスペクトル上部が欠けているので 大きさを変更します スペクトルウインドウをクリックすると 周囲にグラフィックハンドルが現れます 上のグラフィックハンドルを上方向に適当な範囲までドラッグして下さい 表示設定ダイアログボックス 3. スペクトルの色や軸の編集をするには スペクトルウインドウオブジェクトをダブルクリックします 画面右側にスペクトルツールバーが現れます スペクトルツー ルバーのアイコンをクリックして現れる表示設定ダイアログボックスで設定の変更をします < 色とフォント > タブを選び < 項目 > から < アクティブスペクトル > を選び カラーパレットの をクリックし 色を緑に設定します <OK> をクリックしてダイアログボックスを閉じます 46

47 Note レポート画面上で変更した設定は作成中のレポートドキュメントにのみ有効です レポートテンプレートの作成または編集時に同じ要領でスペクトルの色などを設定すると 常に同じ色のスペクトルでレポートを作成することができます レポート上のスペクトルウインドウの編集 4. データベーススペクトルウインドウをダブルクリックし スペクトルツールバーの アイコン をクリックし ピーク表示をオンにします 5. データベーステーブルをクリックし 中央の ハンドルをドラッグして位置を下方向へ移動します 同様に構造式も移動させてください 6. レポートをドキュメントファイルとして保存します [ ファイル ] [ 保存 ] を選択し ダイアログボックスの < ファイルの種類 > から <ReportIt ドキュメントファイル > を指定し ファイル名 test として < 保存 > ボタンをクリックします 構造式の編集構造式をダブルクリックすると 画面右側にストラクチャーツールバーが現れて 構造式のインプレイス編集が可能になります 構造式を選択してから 送り先バーで ChemWindow をクリックして 編集をし 戻り先バーから ReportIt へ戻すこともできます スペクトル表示を編集したレポート スペクトルツールバー Tips データベーステーブルオブジェクトに表示される内容は MineIt プラグインで表示されたものとなります レポート上のデータベース項目を変更するには MineIt でデータベースウインドウをカスタマイズするか テーブルをダブルクリックしてマウスの右クリックで < 列を編集 > を選択してください 47

48 レポートオブジェクトについて レポートにするオブジェクトには同じようなものがありますので 違いを簡単に説明し ます MineIt のスペクトルウインドウ スペクトルウインドウ MineIt や ProcessIt のスペクトルウインドウを表示します 表示方法をあらかじめ設定しておく方法と転送元の表示方法をそのまま反映させるオブジェクトがあります スペクトルウインドウ転送元 (MineIt) のスペクトルウインドウのスペクトルが転送されますが レポートテンプレートで設定した通りのスタイル ( スペクトルの色や書式など ) で表示されます ( 転送元でどのように表示されていても レポートには反映されません ) Report 上のスペクトルウインドウ 右図上 : レポートテンプレートで透過率 % 表示 ピーク表示なし バックグラウンドをグレイで設定されたスペクトルウインドウ スペクトルウインドウ (WYSIWYG) 転送元のスペクトルウインドウの表示設定のままレポートが作成されます レポートテンプレートで書式を設定しておいても 転送元での書式でレポートされます 右図下 : MinetIt プラグインで表示されている通りに転送されたスペクトルウインドウ WYSIWYG = What You See Is What You Get 48

49 データベース / ヒットリストスペクトル データベース / ヒットリストスペクトルとはデータベースウインドウでリストされている エントリーのスペクトルを意味します レポートテンプレートのオブジェクト配置時に 次の要素を設定することができます 測定スペクトルの表示 / 非表示 表示する数アクティブのみ or 番号を指定 データベース / ヒットリストスペクトル ( タイプ自動認識 ) スペクトルの種類に関係なく上記の設定でデータベーステーブルのスペクトルを表示 IR データベース / ヒットリストスペクトルマルチテクニックデータベースのとき IR データのみが対象となります テーブル上のスペクトルが ATR スペクトルの場合は表示されません データベースヒットリストスペクトル ( 測定スペクトルなし 1-3 番目を指定 ) データベーステーブル データベーステーブルオブジェクトに転送される内容は MineIt プラグインで表示された内容となります レポートする項目を変更するには MineIt で表示する項目 ( 列 ) の編集をしてから ReportIt に転送します 49

50 スペクトルの解析 はじめに AnalyzeIt には 赤外スペクトル ラマンスペクトルの解析を支援するために設計されたスペクトル情報のオンライン知識ベースが収録され ています ユーザースペクトルのピークをデータベースに登録された官能基グループの情報と照らし合わせ 条件の一致するものをすばやく探し出しま す データベースに含まれた情報は ケミカルクラスごとに直接縦覧することができます データベースには 200 の官能基とそれに関する 700 吸収バンドが含まれており 一般的なケミカルクラスに細分化されています デー ターベースは 中赤外領域 (4000 ~ 400cm -1 ) のコンデンスドフェーズ化合物用に構築されています これらのデータは Infrared Characteristic Group Frequencies, Second Edition by George Socrates, The Infrared Spectra of Complex Molecules by L.J.Bellany and Introduction to Infrared and Raman Spectroscopy by N.B.Colthrup, L.H. Daly, and Stephen E. Wiberley といっ た著書をそのソースとしています 中赤外領域外の吸収バンドに関しては 誤った否定的な判断をしないように その領域を超えたデータベー スとなっています AnalyzeIt は ガスフェイズ 特に O-H と N-H 領域に関しては 有効ではありません AnalyzeIt の使用方法のアウトラ インは次の通りです スペクトルの解析方法 Step 1 ピークと一致する官能基グループを探す AnalyzeIt は 官能基グループの参考書とか チャートブックのようなものです 検索コマンドで選択されたピークと同じ領域に吸収ピークをもつ官能基グループをデータベースから探しだし その官能基グループに特有の吸収をもつ化合物のヒットリストを作成します Step 2 サーチ結果を絞り込む サーチ結果には ある化合物について 現れるべきピークがすべて示唆されます 未知スペクトルがどのくらい官能基のバンドと一致しているかというユーザー自身の判断と未知スペクトルの事前情報を元に サーチ結果から同定の候補になりそうな化合物を絞りこんでいきます ユーザー自身が 条件に合わないものを削除したり 条件にあっているかどうかを積み上げていかなくてはなりません < ネガティブサマリー > のシートに候補からはずすバンドを < ポジティブサマリー > シートに可能性の高いものを集めます さらに < ポジティブサマリー > シートの画面上には サマリーバーチャートが表示されます 52

51 Step 3 ある領域の矛盾を探す AnalyzeIt では どの官能基グループが解析を混乱させるかを知ることができます たとえば アルデヒドと思われる 1730cm -1 付近に強いピークを持つスペクトルのピークを検索すると カルボニル系の他のものが同じ波数領域にピークがあることを示します Step 4 弱いピークに着目する 上記のアルデヒドのサンプルの場合 AnalyzeIt では アルデヒドのスペクトルには もっと吸収の強いサンプルだと 2900 ~ 2700cm -1 近傍に弱いピークが存在することがわかります 吸収の強いサンプルにして これらの弱いピークが現れれば このサンプルはアルデヒドであるといえます AnalyzeIt の基本的な使い方は次の二つのことが前提になります ユーザースペクトルの最も強いピークから検索してください 弱いピークは 周波数の低いものの混ざり合ったものであったり 不純物のものであったりする可能性があります AnalyzeIt ではバンドの弱いものも表示されますが これらは 可能性の高い官能基グループにおいて さらに決め手とするためや 単に官能基グループの基礎としてのみ使われるべきものです 最初に 2000cm -1 以上のピークに焦点をあわせます この波数領域のピークは 周波数に独自の特徴をもっています 2000cm -1 以下は 指紋領域とよばれ 独自の分子の全般的な同定に有効です 53

52 AnalyzeIt プラグイン ツールボックスの Spectral Analysis グループから AnalyzeIt IR をクリックします ここではメインスクリーンの機能を説明します スペクトルをロードしないと現 れない機能もあります メニューバー タイトルバーの下にあります ここに [ ファイル ] [ 編集 ] [ 表示 ] [ 解析 ] [ ヘルプ ] といったメニューがあります AnalyzeIt IR の初期画面メニューバー スペクトルウインドウ 送り先バー 送り先バー AnalyzeIt の情報を転送できるプラグインが表示されます ツールバーデフォルトでは AnalyzeIt プラグインのアプリケーションエリアの上辺にあります 一般的によく使われる機能がワンクリックで実行できるツールアイコンが登録されています 構造式ウインドウ ツールバー 構造式ウインドウストラクチャーウインドウは二つに分割されています 上部がユーザーストラクチャーウインドウです ユーザーの構造式ファイルが読み込まれた場合 その構造式が表示されます ChemWindow で 新たに構造式を作成したり 表示されている構造式を編集することができます 下のエリアには 官能基グループウインドウで選択されている官能基の部分構造式が表示されます スペクトルウインドウ開かれたスペクトルは 横軸に波数 縦軸に強度をもってスペクトルウインドウに表示されます スペクトルウインドウにポインターがあるとき カーソルは虫メガネのついた縦線になります ウインドウのフレーム上にカーソルを移動させると カーソルが変化し ウインドウの大きさを変更することができます サマリーバー ポジティブサマリーにあるすべての官能基のピーク位置がバーチャートで表示されます 54 Note AnalyzeIt Polymer IR では構造式ウインドウの下のエリアには部分構造ではなく 官能基グループの特長が表示されます

53 官能基グループウインドウ ピークをコリレーションにした検索結果や検索した官能基グループの官能基に関する詳細情報が表示されます それぞれのエントリーの情報が横一列に表示されます 選択された官能基に対応する部分構造がストラクチャーウインドウに表示されます 吸収バンドウインドウ 官能基グループウインドウで選択した官能基に由来するピークをその幅をバーチャート形式で 強度を色の濃淡で表示するウインドウです ここで表示されたピークは スペクトルウインドウにリンクしており ピーク強度と位置が青く示唆されます サマリータブコリレーションの結果を検証するためのサマリータブ ( ポジティブサマリーとネガティブサマリー ) があります コリレーションの結果 一致していると思われる官能基はポジティブサマリーに 解析の対象からはずしたいような官能基はネガティブサマリーに移動させます この二つのサマリータブは常に表示されており ピークをコリレーションしたときには そのピーク毎にタブが追加作成されていきます また 構造式をインポートしたときにも新たに構造式タブが作成されます AnalyzeIt IR の初期画面 官能基グループウインドウ サマリータブ 吸収バンドウインドウ サマリーバー ステータスバーメイン画面の最下部にあるのがステータスバーです 左下には マウスがおかれている位置によって その機能やツールボタンの名前などが表示されます 右側にはマウスの位置が表示されます 55

54 チュートリアル ここから実際のスペクトルファイルをロードさせ AnalyzeIt IR の使い方を説明します AnalyzeIt Raman AnalyzeIt Polymer IR も使い方は同じです スペクトルファイルオープンプレビュー スペクトルを開く 1. [ ファイル ] [ スペクトルを開く ] を選択するか アイコンをクリックしてください 2. < 開く > ダイアログボックスが開きます ファイルの場所とスペクトルファイルの種類 ファイル名を設定します ここでは場所を C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\ Files\Creating Databases\Batch Import Spectra\AnalyzeIt IR\Uknown irf を選択します スペクトルのロード 3. ファイル名をクリックするとプレビューでスペクトルファイルを確認することができます 4. < 開く > をクリックして下さい スペクトルウインドウにスペクトルが表示されます スペクトルウインドウ内にカーソルを移動させると マウスの移動にしたがって カーソルの位置が波数で表示されます ピーク選択とコリレーション 1. ピークを選択するにはアイコンをクリックします これを繰り返すと選択すべきピークが順次表示されます 選択されたピークは縦の破線で表示されます スペクトルのピーク付近でクリックすると ソフトウェアが近傍のピークを選択します 2. 選択したピークに吸収バンドを持つ官能基グループを検索します 3000cm -1 近傍のピーク上に破線が表示されているのを確認します 次の方法で検索できます アイコンをクリックします または [ 解析 ] [ ピーク検索 ] を選択し < ピークによる検索 > ダイアログボックスの波数を "2972" とタイプ入力して <OK> をクリックして下さい Note ソフトウェアが自動的に選択するピークは 1500cm -1 より高波数の領域を優先します ピーク値を入力する 56

55 3. 検索したピークのタブが作成され 官能基グループウインドウに検索結果が表示されます 吸収バンドウインドウには 検索されたピークの吸収領域バーだけでなく その官能基に由来するすべての吸収領域をバー表示されています 2972cm -1 をコリレートした結果 4. 官能基グループウインドウのエントリーを選択すると スペクトルウインドウにピークの形が青く表示されます この官能基グループの詳細情報を見るには 官能基名の前にある + マークをクリックします 5. スペクトル上にはないピークでもコリレートすることができます 2500cm -1 をコリレートする場合 [ 解析 ] [ ピーク検索 ] を選択し 現れるダイアログボックスに "2500" とタイプします スペクトルウインドウ上にある選択ライン ( 破線 ) を 2500cm -1 にドラッグしてきてか らアイコン をクリックしても同じ結果が得られます 官能基グループウインドウの詳細 2500cm -1 をコリレートした結果のタブが新たに作成されます 官能基のブラウズ 1. [ 解析 ] [ 官能基をブラウズ ] を選びます 2. リストから "ALKANES" を選択し <OK> ボタンをクリックします 3. <Alkanes> というタブが作成され 官能基情報が表示されます 官能基によるピークを表示させる 57

56 検索結果の検証 これら 3 つのタブから検索結果を検証し サマライズしていきます cm -1 のタブの情報は表示されているスペクトルとは何の関連もないのは明らかですから タブごと削除してしまいます 2500 のタブを選択し [ 編集 ] [ タブを削除 ] を選択します 2. コリレートした官能基のタブには有効と思われる情報が含まれています この有効と思われるエントリーをポジティブサマリータブに移動させます まず移動させたいエントリーを選択してから 次の方法でポジティブサマリーに移動させることができます 官能基グループウインドウまたはスペクトルバンドウインドウの中で右のマウスボタンをクリックして ポップアップメニューを開き < ポジティブサマリーに移動 > を選択 官能基の赤外ピークをリスト のアイコンをクリックする 官能基グループウインドウのエントリーの一番左にあるサマリーカラムをクリックする [ 編集 ] [ ポジティブサマリーに移動 ] を選択する ポジティブサマリータブにあるエントリーの吸収帯は スペクトルウインドウの下側のサマリーバーにバーチャート形式で表示されます 3. タブにはまったく関係がないと思われる情報も含まれています このエントリーをネガティブサマリータブに移動させます まず移動させたいエントリーを選択してから 次の方法でネガティブサマリーに移動させることができます 官能基グループウインドウのエントリーの一番左にあるサマリーカラムを二度クリックする 官能基グループウインドウまたはスペクトルバンドウインドウの中で右のマウスボタンをクリックして ポップアップメニューを開き < ネガティブサマリーに移動 > を選択 タブの削除ピークコリレーションで作成されたタブを削除するには削除したいタブを選択し [ 編集 ] [ タブを削除 ] を実行します アイコンをクリックする [ 編集 ] [ ネガティブサマリーに移動 ] を選択する 官能基グループをリストしたタブ ( この場合 Alkane のタブ ) から各サマリータブにエントリーを移動させることもできます 58

57 化学構造式からコリレーション AnalyzeIt は 構造式を読み込み構造式から推定される IR ピークを示唆することが できます この機能は AnalyzeIt Polymer IR にはありません 構造式ファイルオープンプレビュー 1. 構造式ウインドウに構造式ファイルを開きます 構造式ファイルを開くには次の方法があります アイコンをクリックする [ ファイル ] [ 構造式を開く ] を選択 ストラクチャーウインドウの上で 右マウスクリックでポップアップメニューから < 構造式を開く > を選択します 2. < ファイルを開く > ダイアログボックスから C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Samples\Structures のフォルダーを指定します Benzenthiol.dsf を選択し < 開く > ボタンをクリックしてください 3. 構造式ファイルがない場合は ChemWindow で構造式を作成して 送り先バーから AnalyzeIt を選択します 作成した構造式は AnalyzeIt に転送され 自動的にコリレーションを行います 4. 構造式のタブが作成され 構造式に関連する官能基グループがリストされます スペクトルウインドウ上には 官能基グループにフラグメントされた部分構造式とこれに対応する IR ピークが表示されます 5. ストラクチャーウインドウに対応する部分構造式が表示されます この構造式タブでリストされた官能基のエントリーも ポジティブサマリータブやネガティブサマリータブへ移動させることができます Tips スペクトルウインドウをダブルクリックして ChemWindow に移動し 構造式を作成することもできます 構造式から赤外吸収ピークを推定 印刷 表示されたピーク位置や官能基情報を含めて印刷をするには [ ファイル ] [ 印刷プレビュー ] を実行します プレビューで印刷内容を確認します 印刷プレビューダイアログボックスの < 印刷 > ボタンをクリックして下さい スペクトルは スペクトルウインドウに表示されたものが 官能基グループは 官能基グループで選択されているものが印刷されます 59

58 官能基ハンドブックの使い方 AnalyzeIt IR のみの機能です 官能基ハンドブック 1. 官能基ウインドウに表示されている官能基を選択します 上記で構造式からコリレーションした結果の官能基ウインドウから Aromatic を選択します 2. AnalyzeIt ツールバーのをクリックまたはメニューの [ 表示 ] [ 官能基ハンドブック ] を選択します 3. ポップアップウインドウが開き 選択した官能基に関する官能基ハンドブックの情報が表示されます 官能基知識ベースの作成と利用方法 AnalyzeIt IR でユーザー知識ベースを作成します 画面左側のツールボックスの <Spectral Analysis> の AnalyzeIt IR のアイコンをクリックし AnalyzeItIR を開きます AnalyzeIt Raman AnalyzeIt Polymer IR( オプション ) でもユーザー知識ベースの作成は可能で 作成方法も同じですが 操作はそれぞれのプラグインで行ってください ユーザー知識ベースの作成 知識ベースの作成 1. メニューの [ 知識ベース ] から [ 新規作成 ] を選択します ユーザー知識ベースの名前をつけて保存するダイアログボックスが開きます 保存する場所 (C:\ ユーザー \Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \knowitall\ AnalyzeIt_knowledgebases\Japanese) を指定しファイル名 "User IR Knowledge Base" とタイプして < 保存 > ボタンをクリックします 2. 知識ベースを作成する画面が開きます 3. メニューから [ 知識ベース ] [ ケミカルクラスの追加 ] を選択します ケミカルクラスの名称を入力するダイアログボックスが現れます "MyAmine" と入力して <OK> をクリックします 4. 画面に MyAmine が表示されます これを選択して ( ハイライト表示させ ) マウスの右ボタンをクリックします ポップアップメニューから < 官能基の追加 > を選択してください 60

59 5. 官能基グループダイアログボックスが開きます 6. 入力テキストボックスに "R-CH2-NH2" と入力します 化学式を自動認識しますので 知識ベースには整形テキストに表示されているように登録されます 7. 官能基グループに参照スペクトルを付随させる場合には < 参照 > ボタンをクリックし スペクトルファイルを指定します ここでは C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\ Files\Functional roup Analysis から Butylamine.jdx を選択し < 開く > ボタンをクリックします 8. 官能基グループダイアログボックスに戻ります <OK> をクリックして下さい 9. 画面上には入力した官能基グループ (R-CH2-NH2) が表示されています これを選択 ( ハイライト表示 ) し マウスの右ボタンをクリックし ポップアップメニューから < バンドの追加 > を選択します 10. バンド情報を入力するダイアログボックスが開きます NH2 の結合を入力します 高波数 1700 低波数 1540 高さ 40 半値幅 80 とタイプ入力します 強度のプルダウンから <medium> モードはプルダウンから <deformation> を選択し <OK> をクリックします 11. スペクトルウインドウに参照スペクトルと NH2 バンド 右下のウインドウには入力した値が表示されます 12. 部分構造ウインドウをダブルクリックして 官能基に相当する部分構造を入力します プラグインが ChemWindow に移動します A-NH 2 の構造式を作成します 自由選択ツールで NH 2 を選択し < オブジェクトの色 > ツールバーから青をクリックして NH 2 がハイライト表示されるようにします 13. 戻り先バーの < 保持して AnalyzeIt に戻る > をクリックして AnalyzeIt IR に戻ります 14. 官能基 (R-CH 2 -NH 2 ) を選択し マウスの右ボタンをクリックして < バンドの追加 > を選択し バンドを追加していきます 下の表のバンド情報を追加してください 官能基グループの追加 バンド情報の登録 ChemWindow プラグインで構造式を作成 Bio-Rad 61

60 バンド 高波数 - 低波数 高さ 半値幅 強度 モード NH Medium-strong Deformation NH Medium A(nti-)symmetric Stretching NH Medium Symmetric stretching CN Medium-weak Stretching NH Strong Wagging 15. バンドの登録が終了すると次の図のようになります 16. 知識ベースは自動的に保存されますので プラグイン右上のアイコンをクリックして 知識ベース作成画面を閉じて下さい 知識ベースの使い方 1. AnalyzeIt IR のメイン画面に戻り [ ファイル ] [ ユーザー設定 ] を選択します ユーザー設定ダイアログボックスが開きます 2. ダイアログボックス下の < 追加 > ボタンをクリックし 作成した知識ベースを追加します < ファイルを開く > ダイアログボックスで保存した知識ベースの場所とファイル名を指定し < 開く > をクリックします 3. ダイアログボックスにファイルの場所と名前が表示されたのを確認して <OK> をクリックします 4. これで既存の知識ベースと同じようにユーザー知識ベースを利用することができます [ 解析 ] メニューの [ 官能基をブラウズ ] を選択します スクロールバーを下げて 作成した官能基グループ <MyAmine> を選択し <OK> をクリックします ユーザー設定ダイアログボックス 62

61 化学構造式の作成 Bio-Rad ChemWindow プラグイン化学構造式は Basics グループの ChemWindow プラグインで作成します ツールボックスの Basics から ChemWindow アイコンをクリックすると右図のような画面が開きます Basics グループの ChemWindow をクリック ChemWindow に搭載されているツールは アプリケーションウインドウの左側にメインツール ボンドツール アトムツール リングツール 編集ツールに分類して登録されています 各ツールバーに登録されているアイコンを選択し ドローイングエリアでクリックまたはドラッグしていきます ここでは ChemWindow プラグインで次のような化学構造式を作成し ReportIt プラグインに転送して 反応式を作成する手順を説明します O ChemWindow プラグイン TBDMSO H ドローイングエリア ヒットボックス ChemWindow プラグインの各オブジェクトにはその中央部と両端にヒットボックスと呼ばれる接合ポイントがあります ここから次のオブジェクトをクリックすることで 二つのオブジェクトは化学的な意味を保持させることができます 63

62 リングの作成 1. メインツールバーからシクロヘキサンツールを選択します 2. ドローイングエリアにカーソルを移動させ 左マウスボタンを押しながら ( クリックせずに ) そのままドラッグすると環を回転させることができます クリックするとデフォルトの角度でシクロヘキサン環が作成されます 3. 次にツールバーからシクロペンタンツールをクリックし 作成したシクロヘキサン環の右側のボンド上にカーソルを移動させます ボンド上に黒い正方形が表示されるポイントがあります ここがヒットボックスです ヒットボックス上をクリックして シクロヘキサンリングとシクロペンタンリングを接合させます ボンド中央のヒットボックスをクリック Note 操作は CTRL+Z で取り消され 一つ前の状態に戻すことができます ボンドの作成 1. ツールバーのボンドツールをクリックして ウェッジボンドを選択します リングの先端のヒットボックスをクリックして 右の図のようにリングにボンドを接合させます ヒットボックス上でドラッグするとボンドの派生角度を任意に設定することができます 2. ボンドを接合するには 作成したボンドの反対端にあるヒットボックス上をクリックします ウェッジボンドを持ったまま 作成したボンドの反対端にあるヒットボックス上で マウスの右ボタンをクリックし ポップアップメニューから < ツー ルパレット > を選択します ツールパレットのシングルボンドウェッジボンドの先端にシングルボンドが作成されます を選択すると 3. シングルボンド中央のヒットボックスをクリックすると シングルボンドがダブルボンドに変換されます 図のようなボンドを作成します 4. ツールバーからハッシュドウェッジボンドを選択して リングのヒットボックスから下側にドラッグして ハッシュドウェッジボンドを作成します 64

63 ボンドの既定値ボンドは自動的に 120 度の角度で作成されます この 120 度の角度を変更して結合線を作成するには ボンドツールを持ったまま任意の角度でドラッグします また ボンドの長さは初期値で設定されていますが これを無視した長さにするには Shift キーを押したまま ボンドツールをドラッグしてください ラベルの作成 1. ハッシュドウェッジボンドの先端のヒットボックスにカーソルを移動させ キーボードの H をタイプして ボンドにラベルを作成します 2. すでに作成したボンドにラベルを作成するにはラベルツールを使います メイン ツールボックスのラベルツールを選択し 原子上のヒットボックスをクリックします 縦のカーソルが点滅しますので キーボードからラベル <O> をタイプします 3. ラベルを任意な位置配置するにはラベルツールでドローイングエリアの任意な場 所でラベル TB DM SO を作成してから 自由選択ツールを持って 接合するボンドのヒットボックスをクリックし ラベルのヒットボックスへドラッグします 構造式の訂正 消しゴムツール 構造式の一部を消去をするのに利用します 構造式上で接合しているボンドを消さずにラベルのみを消去するには 消しゴムツールを選択し ラベルの文字をクリックしてください ボンドのみを消すには ボンド上のヒットボックスをクリックします 自由選択ツール メインツールにある自由選択ツールを選択し 構造式上をクリックするか 円を描くようにドラッグしてオブジェクトを選択した後 キーボードの削除キーで削除します O O H TBDMSO 65

64 Bio-Rad ボンドの変更 作成したボンドの種類を訂正するには変更したいボンドツールを持って元のボ ンド上のヒットボックスをクリックします 元のボンド中央のヒットボックス上でマウスの右ボタンをクリックしてツール パレットを表示させ 変更するオブジェクトを選択して訂正することもできま す 構造式ファイルの保存 ホットキー ホットキーはボンドツールで最後に作 成したボンドに対してのみ有効で キー ボードを連続してたたくと 考えられる水 素数が順次変化して次表示される機 能です ホットキーをユーザー辞書に 登録して 任意に作成することができま す 1. 作成した構造式を保存するには [ ファイル ] メニューの [ 保存 ] または [ 別名で 保存 ] を実行します ここでは manual.dsf で保存してください ChemWindow プラグインで保存した構造式ファイルは他のプラグインで読み込むことができます 2. KnowItAll の構造式ファイルは *.dsf で保存します 構造式は *.mol で保存する こともできます プラグインの転送 この構造式を使って反応式を作成するには ReportIt プラグインを利用します 送り先 バーの ReportIt をクリックして ChemWindow プラグインの情報を ReportIt プラグ インに転送します 画面が ReportIt プラグインに移動します 反応式の作成 1. ChemWindow プラグインから構造式が転送されると レポート画面の左上に配 置されます 選択ツール て下に移動させます で構造式を選択し 中央のグリップハンドル をもっ 2. レポートタイトルを作成します メインツールのテキストツール を選択し ド ローイングエリアの上部で四角くドラッグし テキストボックスを作成します テ キストスタイルツールバーでフォントサイズ 24 を選択します "CALCITROL ANALOGS SYNTHESIS" とタイプすると フォントサイズ 24 のテキストが作成 されます テキストボックスのサイズを変更するには 選択ツール でテキス トボックスをクリックし 周囲のグラフィックハンドルを任意の大きさまでドラッ 66 送り先バーのReportItを選択

65 グします テキストボックスを移動させるには テキストボックス中央の 印をドラックします ReportIt プラグイン 3. 構造式の右側に反応矢印を作成します リアクションツールを選択し 構造式の右側から右方向へ任意の長さまでドラッグしてください 4. テキストツールを持って 矢印の上側にテキストボックスを作成し "[1]LDA,THF/ PHMPA -78 " とタイプします 同様に矢印の下側には [2]3.3-demithylally bromide THF -78 のテキストを作成します フォントサイズはデフォルトの 12 となります 5. 送り先バーの左側の矢印をクリックして ChemWindow プラグインに戻ります 元の構造式が表示されます 6. ボンドツールからチェーンツールを選択し シングルボンドのヒットボックスをクリックし そのまま 4 鎖までドラッグします 7. ボンドツールからインサイドダブルを選択し シングルボンドのヒットボックスをクリックし シングルボンドをインサイドダブルボンドに変換します 8. インサイドダブルボンドの先端のヒットボックスにカーソルを移動させ 右クリックしポップアップメニューから < ツールパレット > を選択し パレットツールのシングルボンドを選択します インサイドダブルボンドの先にシングルボンドが自動的に作成されます 9. 送り先バーの ReportIt をクリックして 編集した構造式を ReportIt プラグインに転送します 選択ツールで構造式全体を選択し 矢印の右側に移動させます 10. 構造式の下に反応矢印を作成します リアクションツールを選択し 構造式の下から下向きにドラッグします O 11. テキストツールを選択し 矢印の横をドラッグし テキストボックスを作成し "NaBH4,MeOH, 0,99%" とタイプします 4 を下付きにするにはテキストツールで 4 をドラッグしハイライト表示させ テキストツールバーから分子式ボタン をクリックし化学式にします 右寄せツール ボックス内のテキストを右寄せにします をクリックして テキスト TBDMSO H 67

66 12. 二つ目の構造式を選択ツールで選択してからマウスの右ボタンをクリックします ポップアップメニューから < コピー > を選択してから もう一度マウスの右ボタンをクリックし < 貼り付け > を選択します 13. コピーされた構造式を矢印の下に移動させ 構造式上をダブルクリックします アプリケーションエリア内に ChemWindow のツールバーが現れます ツールバーのツールを利用して ReportIt のインサイドウインドウで構造式の編集ができます 14. 画面右横のストラクチャーツールバーから 消しゴムツールを選択し ラベル O のヒットボックスをクリックし 原子記号を消去します 15. ハッシュドウェッジを選択し ダブルボンドのヒットボックスをクリックし ハッシュドウェッジボンドに変換します 16. ハッシュドウェッジボンドの先端のヒットボックス上にカーソルを移動させ O をタイプして OH を表示させます 17. ドローイングエリアをクリックして 通常のレポート編集画面に戻ります O H TBDMSO HO H TBDMSO 化学式ツールテキストツールバーの化学式ツール を選択しておくとテキスト入力時 に自動的に化学式が作成されます ストラクチャーツールバー 68

67 クリップアートの挿入 1. KnowItAll にはケミカルエンジニアリングシンボルや実験器具のライブラリーがあります これをレポート上に読み込みます 2. 画面左のツールバーから クリップアート グループを選択します 実験器具アイコ ンす をクリックすると ライブラリーインポートダイアログボックスが開きま 3. 右側のスクロールバーを下に移動させ <Rotary Evaporator> を選択し <OK> をクリックします 4. レポート画面上にクリップアートがインポートされます 選択ツールを持って任意の場所へ移動させます 5. オブジェクトの八箇所にあるグラフィックハンドル をドラッグすると任意の大きさにサイズ変更することができます レポートの保存 1. 作成したレポートをドキュメントとして保存します [ ファイル ] [ 別名で保存 ] を選択すると < 名前をつけて保存 > ダイアログボックスが開きます 2. ファイルの種類が ReportIt ドキュメントファイル (*.rtd) になっていることを確認下さい ここではファイル名 (tutorial) で保存します 69

68 ユーザーデータベースの作成 ( オプション ) ユーザーデータベースは ユーザーが測定したデータに化学構造式や物性情報を追加登録し 検索対象とすることができます 一般的なデータベースには登録されていないユーザーに特有のスペクトルをデータベースとして登録したり 測定方法やファイルフォーマットの異なるスペクトルや付随情報を一つにまとめて アーカイブとして利用することもできます ユーザーデータベースの作成には ユーザーデータベース構築オプションが必要です ここではサンプルスペクトルを利用してユーザーデータベースを作成します MineIt プラグインでユーザーデータベースを作成 新規作成 1. KnowItAll を起動し ツールボックスの Data から MineIt/Create Database ア イコン をクリックします 2. MineIt プラグインのメニューの [ ファイル ] [ ユーザーデータベース新規作成 ] を選択します Note ユーザーデータベース構築オプションが追加されている場合 ツールボックスのアイコン名が Data には MineIt/Create Database( 通常は MineIt) となります 3. < 新規ユーザーデータベースの作成 > ダイアログボックスが現れます 各項目は次の要領で値を入力して下さい ここで入力した値は あとから変更することが出来ません ユーザーデータベース新規作成ダイアログボックス 格納場所 ユーザーデータベースを保存するフォルダーを設定します < ブラウズ > ボタンをクリックし 任意のフォルダーを ( ここでは C:\ ユーザー \Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \ KnowItAll) を指定します データベース名 "Tutorial" とタイプし < 保存 > ボタンをクリックします データベースの名称データベースの内容を説明するものです 半角文字で 79 文字以内です ファイル名がデフォルトで表示されます データベースの選択画面で表示されるデータベース名になります ここでは Tutorial にします 70

69 DB コード バージョン ファースト ID 著作権 ヒットリストに DB として表示されるコードです 半角アルファベットで 3 文字以上 7 文字までの任意の文字を入力します 他のデータベースと同じものは使用しないで下さい ここでは "Tutor" と入力下さい データベースのバージョンです 半角数字のみ入力可能です 1.00 のままにします この番号からデータベースのレコード番号が始まります 指定できるのは半角数字のみです 1 のままにします データの出処を記載します 例えば事業所名や研究機関名など 日本語可能 著作権 ( 省略形 ) 著作者を省略形で記入します データベースのエントリーを開くと この文字列がステータスバーに表示されます 日本語可能 4. 必要項目を入力 確認後 <OK> ボタンを押します 新しく作成したユーザーデータベースが空白の状態で開きます タブにはデータベースのコード (SDBX DB: Tutor) が表示されます ここで右上の をクリックしてデータベースを閉じます 引き続きデータの登録を行います データベースを開く 1. データベースを開くには [ データベース ] [ 開く ] または [ ファイル ] [ データベースを開く ] を選択します < データベース選択 > ダイアログボックスが表れます 2. このダイアログボックスで 左側のウインドウの User DB を選択すると 先ほど作成した Tutorial がリストされます これを選択して <OK> をクリックします ユーザーデータベースファイルの設定 ユーザーデータベースを開く 新しいユーザーデータベース 71

70 スペクトルのインポート 1. なにも登録されていないデータベースが表示されます ここにスペクトルを登録します [ ファイル ] [ インポート ] を選択して下さい 2. < ファイルを開く > ダイアログボックスが現れます 登録したいスペクトルファイルの場所と名前を指定します ここではファイルの種類を JCAMP ファイル (*.dx,*.jdx) 場所を C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\Files\Searching にします 3. 表示されるリストからキーボードの Ctrl キーを押しながら Acetic anhydride. dx,ethyl acrylate.dx,include - Exclude Range Example.jdx の 3 つのスペクトルファイルを選択し < 開く > をクリックします 4. インポートする方法を設定するダイアログボックスが現れます ここでは < それぞれのファイルを新規レコードしてインポートする > をクリックします 5. それぞれのスペクトルファイルに対して < インポートするプロパティの選択 > ダイアログボックスが現れ スペクトルに付随しているプロパティや名前がリストされます 6. リストされているプロパティを選択すると ウインドウの右側にスペクトルファイルに付随している情報が表示され それぞれのプロパティの内容を確認することができます 7. ここではすべてのプロパティをインポートしますので それぞれのスペクトルに対し <OK> をクリックします 選択したスペクトルファイルが Tutorial データベースに表示され インポートされたスペクトルの付随情報がストラクチャー / プロパティウインドウに表示されます ファイルを開いてスペクトルをインポート 登録するプロパティの設定 インポートされたスペクトルファイル スペクトルのバッチインポート 1. 複数のスペクトルファイルをプロパティ情報ごとまとめてインポートするには [ ファイル ] [ バッチインポート ] を選択します スペクトルファイルに付随したプロパティは自動的にすべてインポートされます 2. < ファイルの選択 > ダイアログボックスが現れます 72

71 3. ダイアログボックス左側のツリーコントロールで C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\Files\ Creating Databases\Batch Import Spectra を指定します リストするファイルの種類から JCAMP Files(*.dx,*jdx) を選択してフォルダー内の JCAMP フォーマットのファイルのみが表示されるようにします 左ウインドウの IR 前の をクリックすると 右ウインドウに表示されているファイルを一度に選択することができます スペクトルファイルのバッチインポート 4. バッチインポートでは 次の設定が可能です 1 名称 2 ID 番号 スペクトルファイルに名称が登録されていない場合 ファイル名かフォルダー名を名称にすることができます ここでは上段の < インポートファイルに名称が設定されていない場合 ファイル名を名称とする > にチェックをします ファイル名に数値がある場合 これをデータベースの ID 番号にするには < フォルダーまたはファイル名にある数値をレコード ID として使用する > にチェックをします ここではチェックを入れません 現在のレコードを置き換える上の項目にチェックを入れるとアクティブになります ファイル名から ID 番号を引用する場合 同じ ID 番号になるものを上書きする時にチェックを入れます 3 ファイルのパス名を登録するデータベースの <source file reference> というプロパティにインポートしたファイルがあった場所が登録されます チェックを入れます 4 マルチスペクトルファイルを個別のレコードにインポートチェックを入れると マルチスペクトルファイルのそれぞれのスペクトルを 1 エントリーとしてインポートします 5 エンコード インポートするファイルに付随するプロパティのテキストの文字コードの設定をします 通常は <Default>(Shift-JIS) で設定 Note インポートの際 KnowItAll で認識できないプロパティが登録されたスペクトルファイルがあると 該当するプロパティを選択するか 新規にユーザープロパティを作成するかを選択することができます 73

72 6 インポートの設定インポートするスペクトルの種類をプルダウンリストから選択します 複数の種類のスペクトルがある場合には < メタ情報を基にして設定 > を選択します スペクトルファイルのヘッダー情報に基づきスペクトルの種類が識別されます 7 マクロの選択データ処理マクロがある場合は登録されたマクロを選択し インポートするスペクトルファイルにデータ処理をします データ処理マクロはこのダイヤログボックから新たに作成することもできます 5. <OK> をクリックしてスペクトルファイルとプロパティ情報をインポートします スペクトルの追加 KnowItAll では一つのエントリーに複数のスペクトルを追加登録することができます 扱えるスペクトルはエディションにより異なります 1. データベースウインドウで Styrene を選択します このエントリーではタブが IR となっており ファイル情報から透過スペクトルとして登録されたことがわかります ここに ATR スペクトルを追加登録します 2. [ ファイル ] [ インポート ] を選択するか スタンダードツールバーの ( インポート ) をクリックします スペクトルと登録されたプロパティを一括してインポート Tips 名称カラムの先頭行にある三角印をクリックすると 名前を昇順 / 降順に並び替えることができます 透過スペクトルと ATR スペクトルをリンク 3. < ファイルを開く > ダイアログボックスで ファイルの種類を Sadtler (*.irf) にし C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \ KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectra から Styrene.irf を選択し < 開く > をクリックします 4. インポートするプロパティを設定するダイアログボックスが現れます すべてのプロパティにチェックをして <OK> をクリックします 5. 画面が MineIt に戻ります Styrene のエントリーにはスペクトルウインドウ上部に IR のタブに ATR-IR タブが追加され 透過スペクトルとインポートした ATR スペクトルが表示されます Tips メニューバーの [ ウインドウ ] [2 分割 ] を選択すると エントリーに登録した 2 種類のスペクトルを 1 つのウインドウに表示させることができます 74

73 スペクトルの編集 1. インポートしたスペクトルのうち Include - Exclude Range Example を選択し スペクトルウインドウを選択ツールでダブルクリックします 2. スペクトルは ProcessIt IR に転送され データ処理が可能になります 次のデータ処理を行います 1 アイコンをクリックし ダイアログボックスの CO2 領域 1 をクリックし 二酸化炭素領域のピークを確認し 処理方法を < 直線で結ぶ > を選択し < 実行 > をクリックしてピークを削除 2 アイコンをクリックしてピークの高さを 0 から 1 に設定し < 実行 > をクリック スペクトルの高さを 0-1 にノーマライズ 3 アイコンをクリックし ベースライン補正されているのを確認して < 実行 > をクリックしてし ベースライン補正を実行 3. データ処理が完了したら 戻り先バーの <MineIt へ保持して戻る > をクリックし データ処理したスペクトルをデータベースエントリーに反映させます データ処理をキャンセルする場合は <MineIt へ破棄して戻る > をクリックしてください 4. インポートする方法を確認するダイアログボックスが現れます ここでは このレコードに追加する をクリックし プロパティもそのままインポートして オリジナルのスペクトルに追加します このレコードのスペクトルと置き換える を選択すると スペクトルはデータ処理したスペクトルに置き換わります 5. エントリーのタブは IR(2/2) となります をクリックしてデータ処理したエントリーを表示させます データベースウインドウの名称のセル (Include - Exclude Range Example) をダブルクリックし 現れるダイアログボックスで名称を Polyvinylchloride として <OK> をクリックして スペクトルの名称を変更します インポートしたスペクトルのデータ処理 ProcessIt から MineIt に保持して戻る インポートする方法を設定 データ処理されたスペクトルを MineIt へ転送 Tips 測定手法が同じファイルをエントリーにインポートすると ダイアログボックスが現れて 置換 追加 新規を決定することができます 75

74 スペクトルの削除 データベースのスペクトルと構造式を削除するときに実行します エントリーそのもの の削除は後述のエントリーの削除を参照下さい 1. 削除するエントリー ここでは Polyvinylchloride を選択します 2. データ処理前の Include - Exclude Range Example をアクティブにし メニューの [ データベース ] [ スペクトルの削除 ] を選択します 3. スペクトルに付随しているプロパティや構造式も同時に削除され ベースライン補正のレコードが残ります スペクトルの置換 データベースのエントリーを選択し 同じ測定方法のスペクトルファイルをインポート するとダイアログボックスが現れて 置換 追加 新規を決定することができます すでにあるスペクトルファイルを別のファイルに置き換えるときには < 置換 > を利用し ます この時プロパティのインポートするダイアログボックスで 元のファイルと同じ プロパティは上書きされますが 元のファイルにあって新しいファイルにないプロパ ティはそのまま残りますので 注意が必要です Note 削除したスペクトルは元に戻すことはできません 再度インポートが必要です インポートする方法を設定 76

75 プロパティの登録 ユーザーデータベースにはスペクトルや構造式だけでなく Synonyms( 同意語 ) や SampleSource 化学的な物性情報などを登録することができます あらかじめ用意 されている英語のプロパティのほかに 独自に日本語のプロパティを作成し データ ベースの付随情報として登録することができます ユーザープロパティの新規作成 1. [ データベース ] [ ユーザープロパティの設定 ] を選択 < ユーザープロパティ > ダイアログボックスを開きます 2. < ユーザープロパティ > ダイアログボックスで < 追加 > ボタンを押すと < ユーザープロパティの作成 > ダイアログボックスが表示されます 3. 新規作成するユーザープロパティの名称を入力します ( ここでは " 測定者 " と入力します ) 4. プロパティのタイプをドロップリスト < 数値 文字列 リストから選択 > から選択します 数値を選んだ場合は 物理量とその単位をドロップリストから選択して下さい ここでは < リストから選択 > を選択し テキストボックスに担当者名 ( 山田 < 改行 > 鈴木 < 改行 > 佐藤 < 改行 > を入力します 5. 設定が完了したら <OK> ボタンを押し < ユーザープロパティ > ダイアログボックスを閉じて終了します ユーザープロパティの編集 1. [ データベース ] [ ユーザープロパティの設定 ] を選択します 2. < ユーザープロパティ > ダイアログボックスで 変更したいプロパティをリストからクリックして選択します ここでは測定者を選択 3. < 編集 > ボタンをクリックすると < ユーザープロパティの作成 > ダイアログボックスが表示されます 4. 変更したい項目のテキストボックスに変更を加えます 5. ここでは 加藤 を追加 設定が完了したら <OK> ボタンを押してから < ユーザープロパティ > ダイアログボックスを閉じて終了します 77 ユーザープロパティの作成 選択タイプのプロパティの作成 ユーザープロパティのリスト

76 ユーザープロパティの削除 1. [ データベース ] [ ユーザープロパティの設定 ] を選択します ユーザープロパティの編集 2. < ユーザープロパティ > ダイアログボックスで削除したいプロパティをリストからして選択します 3. < 削除 > ボタンを押し ダイアログボックスを閉じて終了します データベースで利用されているプロパティは 利用されているため削除できません とメッセージが現れ 削除できません プロパティの登録 / 追加 ユーザーデータベースの各エントリーのプロパティは入力 編集 削除できます その プロパティがデフォルトのプロパティでもユーザープロパティでも操作は同じです プロパティの追加 削除 編集 1. ユーザーデータベース (Tutorial) を開き プロパティを追加するエントリーを選択します ここでは 1 番目のエントリーを選択します 2. ストラクチャー / プロパティウインドウの < 追加 > ボタンをクリックし < プロパティ > ダイアログボックスを表示させます 3. プロパティのプルダウンにはユーザープロパティから順にリストされます ここではユーザープロパティの < 測定者 > を選択します 4. ダイアログボックスに < 文字列 > のプルダウンリストが表示されます ここをクリックし 表示されるリストから佐藤を選択し <OK> をクリックします プロパティの入力 5. データベースウインドウにカーソルを置き CTL キーを押しながら 2 番目と 5 番目のエントリーを選択します 6. プロパティウインドウの < 追加 > をクリックし < プロパティ > ダイアログボックスから < 測定者 > を選び プルダウンから山田を選択 7. 確認のダイアログボックスボックスで < はい > をクリックし 選択したエントリーに測定者 = 山田のプロパティが一度に登録されたのを確認してください Tip プロパティのプルダウン右の < ブラウズ > ボタンをクリックするとカテゴリーに分類されたプロパティがリストされます 78

77 プロパティの編集 1. Styrene を選択します ATR ファイルをインポートしたとき ソースファイルの情報がなかったため オリジナルの JDX ファイルの情報が上書きされています 2. ストラクチャー / プロパティウインドウの Source File Reference を選択し 下の < 編集 > をクリックします 3. プロパティダイアログボックスで文字列のテキストボックスでバリューを < IR;C:\ Users\Public\Documents\Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\Files\Creating Databases\Batch Import Spectra\Styrene.irf > に変更し <OK> をクリックします プロパティの編集ダイアログボックス プロパティの削除 1. < ストラクチャー / プロパティ > ダイアログボックスで削除したい項目名を選択し < 削除 > ボタンを押します 添付ファイルの作成 ユーザーデータベースの各エントリーに画像などのファイルを添付することができます 番目のエントリー Ethyl Acetate を選択し ストラクチャー / プロパティウインドウの < 添付ファイル > タブをクリックします 2. < 追加 > をクリックします 開くダイアログボックスで C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \KnowItAll\Training Files\ Files\Creating Databases を指定します 3. フォルダーにある Ethyl Acetate MSDS.PDF を選択し < 開く > をクリックするとデータベースエントリーに PDF ファイルが添付されます 4. アイコンをダブルクリックすると 対応するアプリケーションが開き内容が表示されます 79

78 化学構造式の登録 化学構造式の作成 1. ユーザーデータベースを開き 化学構造式を追加するエントリーを選択します Cyclooctene を選択します 名称のカラムの三角のアイコンをクリックすると 名称のアルファベット順にソートされ 目的のエントリーが探し易くなります 2. 選択カーソルでストラクチャーウインドウをダブルクリックして ChemWindow プラグインに移動し構造式を作成します 構造式が完成したら 戻り先バーの <MineIt へ保持して戻る > をクリックして MineIt で構造式が登録されたのを確認します ChemWindow プラグインから MineIt へ戻る 化学構造式のインポート 1. 保存した構造式ファイルをデータベースにインポートします データベースの Benzenethiol を選択して下さい 2. ストラクチャー / プロパティウインドウ内のストラクチャーウインドウをダブルクリックします 3. ChemWindow プラグインに移動します 開くアイコンをクリックして下さい ファイルの場所を C:\ ユーザー Public\ パブリックのドキュメント \Bio- Rad \KnowItAll\Samples\Structures にし ファイルの種類をすべて表示させます Benzenethiol.dsf を選択し < 開く > ボタンをクリックします 構造式が登録されたエントリー 4. 必要に応じて編集をし 戻り先バーの <MineIt に保持して戻る > をクリックします プロパティも挿入するかどうかの確認に < はい > をクリックして MineIt に戻ります 化学構造式の削除 1. ユーザーデータベースに登録されたエントリーの構造式だけを削除するには エントリーを選択します 2. メニューから [ データベース ] [ ストラクチャーの削除 ] を実行 80 Tip [ データベース ] [ バッチプロパティー計算 ] を実行すると 構造式から指定したケミカルプロパティーを一括して計算させ データベースのプロパティーに登録することができます

79 エントリーの削除 1. ユーザーデータベースを開き ナビゲーションバーを使って削除するエントリーを表示させます 2. ナビゲーションバーのをクリックして 選択されたエントリーに削除マークをつけます 削除マークの付けられたスペクトルは 左端の数字に X 印がつき 検索対象外となります 3. 削除マークのついたエントリーをデータベースから完全に削除するには [ データベース ] [ 圧縮 ] を選択します 4. 圧縮パラメータ設定画面が表示しますので 削除マークのついたレコードを消去 にチェックがあるの確認して <OK> ボタンをクリックします 圧縮終了のメッセージが表示されますので <OK> ボタンをクリックすると ファイルの圧縮が終了します レコードの削除 [ データベース ] [ チェックしたレコードの削除 ] コマンドでもエントリーの削除はできますが ID 番号の整理をする場合には [ 圧縮 ] コマンドをお勧めします 削除エントリーの圧縮 Tips データベースの ID はデータのインポート時に自動的に設定されます ユーザーが任意の順でデータベースを表示させたいときはユーザープロパティで "MYID" などを作成し 番号を登録します この番号の昇順 降順で表示させることができます MYID を含んだ表示プロファイルを作成しておくとより便利です 81

80 PubChem を利用してデータベースに物性情報を登録する アメリカ国立衛生研究所 (NIH) の下の国立医学図書館 (NLM) の一部門である国立生物工学情報センター (NCBI) によって維持管理されている化学分子データベース PubChem の情報をユーザーデータベースに取り込むことができます インターネットにアクセス可能な PC に KnowItAll をインストールしてご利用ください ダウンロードされた PubChem データ 1. PC がインターネットに接続可能なことを確認し ユーザーデータベースを開きます 2. この機能はユーザーデータベースに登録された名称や物性情報 構造式をクエリーに PubChem のデータベースに検索をかけます ここでは Tutorial データベースの cyclohexane を選択します 3. <PubChem> のアイコンをクリックします どの項目で検索しているかがリストされ 検索結果が表示されます 4. 構造式のほか InchI などの物性情報が表示されます ユーザーデータベースに登録したい項目にチェックをして <OK> をクリックします PubChem ボタン 5. データベースに PubChem の物性情報が登録されます 82

81 ユーザーデータベースを検索に利用する作成したユーザーデータベースを検索対象とするためには SearchIt プラグインのデータベースタブで選択しなければなりません 目的のデータベースがリストされない場合にはパスの設定をします ユーザーデータベースを検索対象とする 1. ユーザーデータベースは < 利用できるデータベース > ボックスの <User DB> にリストされます 先頭のプラス + をクリックし Local を表示させ Local の + をクリックすると 設定されているパス ( フォルダー ) が表示されます 2. 作成したユーザーデータベースを保存したフォルダーがリストされていない場合には 画面右側の < 詳細設定 > をクリックします 3. < 詳細設定 > ダイアログボックスが開きます < ローカル > タブをクリックします 現在設定されているパス ( フォルダー ) が表示されています 4. < 追加 > をクリックして < フォルダの選択 > ダイアログボックスからユーザーデータベースを保存したフォルダーを指定し < フォルダーの選択 > をクリックします ダイアログボックスに新しいフォルダー名がリストされているのを確認して <OK> をクリックし ダイアログボックスを閉じます 5. データベース選択ダイアログボックスに戻り 検索対象とするデータベースを選択し < 追加 > をクリックして 検索の対象にします Note 購入したデータベースやヒットリストがデータベースタブに表示されないときにもデータベースパスの設定が必要となります パスの設定 83

82 ユーザーデータベースのインデックスを作成する ユーザーデータベースを管理するのにスペクトル名やサンプル名のリストがあると便利 です KnowItAll ではユーザーデータベースのプロパティとして登録されたテキスト情 報のリストをアウトプットすることができます Note このコマンドではスペクトルファイルや構造式はエクスポートされません 1. MineIt プラグインでリストを作成するユーザーデータベースを開きます 2. リストするプロパティをデータベースウインドウに表示させます ( データベースプロパティの表示の設定方法は データベース / ヒットリストのブラウズ の データベースウインドウのカスタマイズ を参照下さい ) 3. [ ファイル ] [ エクスポート ] [ カンマ区切りテキストファイル ] を選択します 4. < 名前をつけて保存 > ダイアログボックスが開きます ファイルの種類は CSV(MS-DOS) とし 保存する場所と名前を指定します CSV からエクセルに展開されたプロパティリスト 5. CSV ファイルはマイクロソフトのエクセルで開くことができます プロパティごとにセルを分割するにはエクセルの < データ > < 区切り位置 > を実行してください 84

83 Appendix 補足 このページにはチュートリアルマニュアルの中では記載できなかった使い方のヒントなどを紹介しています スペクトルウインドウなどに 関する機能は SearchIt MineIt ProcessIt ReportIt AnalyzeIt ID エキスパートなどで共通です Bio-Rad ツールバーのカスタマイズ ChemWindow プラグインのケミストリーツールバーや ReportIt プラグインのドローイングツールバーのうち よく利用するツール ( アイコン ) を一つのグループに登録し ツールバーをカスタマイズすることができます ツールバーのカスタマイズ 1. ツールバーの内容をカスタマイズするには カーソルをツールバー上に移動させ マウスの右ボタンをクリックします 現われるポップアップメニューから < カスタマイズ > を選択します 2. < ツールバーカスタマイズ > ダイアログボックスが現われます メイングループをカスタマイズする場合 グループのメインツールを選択し 右のリストから追加するツールを選び < グループに選択したツールを追加 > ボタンをクリックします 左下のボックスに選択したツールが追加されたのを確認してください 89

84 ユーザーエディション KnowItAll ではツールボックスに登録されたプラグインアイコンをクリックして操作を開始します 新しいグループを作成し よく使うアイコンをまとめたり 不要なアイコンを削除したユーザーエディションを作成し 操作効率を向上させることができます ここでは Data グループに AnalyzeIt IR プラグインを追加する場合を想定して説明します ツールバー上でマウスの右ボタンクリック Note エディションに登録されていないプラグインは送り先バーに表示されませんので ご注意ください 1. ツールボックスの Data をクリックし Data グループを開きます Data グループの中でマウスの右ボタンをクリックして ポップアップメニューから < プラグイン追加 > を選択します プラグインの追加ダイアログボックス 2. < プラグインの追加 > ダイアログボックスから <AnalyzeItIR> を選択します <OK> をクリックすると < ユーザーエディションの設定 > ダイアログボックスが現れます 任意な名前 (My Edition とします ) をつけて <OK> をクリックします 3. メインウインドウに戻ったところで Data グループに AnalyzeIt IR が表示されています 一番上のタイトルバーには選択しているエディション名 (My Edition) が表示されます 4. エディションは [ ライセンス ] メニューから [ エディションの選択 ] を選択して変更することができます ここでは新しく登録したエディション名 (My Edition) が選択されていることを確認下さい ユーザーデータベースの設定ダイアログボックス 5. ユーザーエディションは自由に編集できますので Basic グループの ChemWindow や ReportIt のプラグインを Data グループに登録することも可能です エディションの選択 90

85 スペクトルウインドウのカスタマイズ ReportIt プラグインのオブジェクトを含め すべてのスペクトルウインドウはスペクトルツールバーを使って色や表示方法をカスタマイズすることができます 表示設定ダイアログボックス 1. カスタマイズしたいスペクトルウインドウのプラグインでスペクトルツールバーの 表示設定ボタン をクリックします 2. 表示設定ダイアログボックスが現れます ダイアログボックスはタブでスペクトルウインドウのパーツや目的で分類されています 目盛タブ 表示設定を開いたときに先頭となって表示されるタブです プラグインに表示されて いるスペクトルを認識して 編集できる設定がアクティブになります < 適用ボタン > をクリックすると 編集した表示設定を確認することができます < 測定手段 > プラグインにロードされているスペクトルファイルを判定したものが表示されます 表示設定ダイアログボックス - 目盛タブ <X 軸 > チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します 単位 測定手法 ( プラグイン ) に依存した単位をプルダウンから選択することができます ラベル 単位で設定した値が自動的に表示されます タイプ入力で変更が可能です 目盛 チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します 数値 チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します 軸の設定 普通 /2000cm-1 以下を拡大 / cm-1 を拡大いずれかに設定します Note これらの設定は一度設定すると 変更するまで有効となります 初期値に戻すには それぞれのタブにある < 規定値に戻す > をクリックしてください 91

86 <Y 軸 > チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します 単位ラベル目盛数値 測定手法 ( プラグイン ) に依存した単位をプルダウンから選択します 単位で設定した値が自動的に表示されます タイプ入力で変更が可能です チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します チェックマークで軸の表示 / 非表示を設定します 数値を水平に表示チェックマークで選択します チェックをはずすと Y 軸に垂直に値が表示されます < 規定値に戻す > クリックして 編集した設定を元に戻すことができます 色とフォントタブ スペクトルウインドウ内の色 テキスト部分のフォントを変更します タブをクリック すると スペクトルのバックグランドが選択されています ダイアログボックス中央のスペクトルウインドウで設定変更後の表示をプレビューすることができます 表示設定ダイアログボックス - 色とフォントタブ 測定手段項目色フォントサイズ ロードされているスペクトルファイルを判定したものが表示されます 右の をクリックして 変更するパーツを選択します 右の をクリックするとカラーパレットが現れて 項目で選択したオブジェクトの色を変更することができます テキストにかかわる項目が選択されるとアクティブになります プルダウンリストからフォントを選択します テキストにかかわる項目が選択されるとアクティブになります プルダウンリストからサイズを選択します クリックすると 選択された項目が太字になります 92

87 クリックすると 選択された項目が斜体になります 規定値に戻す クリックして 編集した設定を元に戻すことができます 名称と順 スペクトルウインドウに表示されているスペクトルの表示順とスペクトル名の表示 / 非 表示などを設定します 表示設定ダイアログボックス - 名称と順 < スペクトルの名称と順 > 現在スペクトルウインドウに表示されているスペクトルの名称と順が表示されます 表示する 順 テキスト 枠で囲む 半透明 規定値に戻す スペクトル名の表示 / 非表示を切り替えます スペクトル名を選択すると 右側の矢印がアクティブになります これをクリックして 任意の場所に移動させ 一時的にスペクトルの表示順を変更することができます 測定スペクトルやユーザーデータベースのスペクトルであれば テキストボックスがアクティブになり 編集できます それぞれのスペクトルの名前に枠が表示されます スペクトル名のバックグランドを半透明にして スペクトルと重なったときに スペクトルが切れてしまうのを防ぎます チェックをはずすとスペクトルウインドウのバックグランドと同じ色になります 変更を戻します < 配置 > スペクトル名を表示させる場所を設定します 基本的な四か所からトグルで切り替えます スペクトルウインドウ上でドラッグすれば配置場所を変更することができます 93

88 スペクトル 色以外のスペクトルの表示方法を設定します 適用ボタンをクリックする 設定がそ のようにスペクトルウインドウに反映する確認することができます 表示設定ダイアログボックス - スペクトル < スペクトル表示 > それぞれの項目にチェックして表示方法を設定します アクティブスペクトルの色を変える色とフォントタブで設定されたアクティブスペクトルの色が適用されます アクティブスペクトルを太線で表示アクティブなスペクトルが太くなります 余白 X 軸の下と Y 軸の左に余白が表示されます スペクトルの上を塗りつぶすスペクトルの上のスペースを塗りつぶして表示させます スペクトルの下を塗りつぶすスペクトルの下の部分を塗りつぶして表示します 追加した部分を隠すデータ処理などで追加した部分を非表示にします オフセット スペクトルをオフセット表示するときに そのオフセットの値を設定します OD 表示するスペクトル数 OD ヒートマップを作成するときのスペクトルの最大数を設定します < 積分表示 > NMR スペクトルが表示された場合に有効です それぞれの項目をチェックして表示 / 非表示を設定します 表示する チェックすると以下の項目がアクティブになります 積分曲線を表示表示 / 非表示を切り替えます 積分値 表示 / 非表示を切り替えます 積分曲線をオフセットして表示 値を積分曲線の下に表示 94

89 < デフォルトの表示範囲 > スペクトルツールバーのデフォルトで表示の値を設定 測定手段 X1 X2 ロードされたスペクトルを自動的に判断します 高波数 (X 軸左側 ) の数値を入力 低波数 (X 軸右側 ) の数値を入力 その他の設定 スペクトルウインドウに表示するピーク値の小数点以下の桁数を設定します < ピーク値 > ピーク値の小数点以下の桁数を設定します 測定手段 小数点以下の桁数 X 軸配置 ロードされたスペクトルを判断して表示されます 0 以上の数値で設定可能です ラマンスペクトルがロードされた場合のみアクティブになります High To Low/Low To High をトグルで設定変更します 表示設定ダイアログボックス - その他 95

90 スペクトルの表示方法 スペクトルツールバーのアイコンや [ 表示 ] メニューのコマンドを使って スペクトル の重なりや X 軸の分割表示を設定することができます ヒットリストのオーバーレイ表示 表示モード スタック オーバーレイ オフセット Y 軸の拡大 Y 軸のスケール 個々にスケール アクティブを基準 ピークをドラッグして 1 スペクトルだけ拡大 Y 軸の伸縮 最大値でスケール オートスケールしない オートスケールを解除するとスペクトルのピークをドラッグして Y 軸方向に拡大縮小することができます Y 軸全体を拡大 Y 軸全体を縮小 X 軸の 2000cm -1 以下を拡大 X 軸のスケール X 軸の分割表示を行わない 2000cm -1 以下を拡大 2200 ~ 1000cm -1 以下を拡大 X 軸の 2200cm -1 と 1000cm -1 以下を拡大 96

91 スペクトルの拡大表示スペクトルウインドウに表示されたスペクトルはスペクトルツールバーのツールを使って 任意の範囲を拡大し その細部を観察することができます スペクトルウインドウ上でマウスの右ボタンをクリックして ズームモードを選択することもできます ボックススズーム スペクトルウインドウ上を四角くドラッグし その範囲を拡大表示します X 軸ズーム スペクトルの X 軸方向に拡大表示します 拡大したい領域をドラッグして下さい 全範囲を表示 拡大表示したスペクトルを全体表示に戻します 規定値で表示 表示設定ダイアログボックスで設定した領域で表示 X- 軸の拡大縮小スペクトル表示ウインドウにスペクトルが表示されているとき カーソルをスペクトル表示画面の X- 軸の位置に移動させるとカーソルが手の形 ( ハンドムーブ ) に変化します その位置によってハンドムーブカーソルに付随する矢印が変化し そのモードが変化します カーソルが X 軸の中央付近にあるとハンドムーブで左右矢印になります ドラッグす 97

92 ると X 軸とスペクトルの移動ができます 軸の端にいくと矢印が右 左に変化します 左ボタンを押したままドラッグ移動すると軸の拡大 / 縮小ができます 軸のスケールも変化します 元の大きさに戻すには右ボタンのポップアップメニューか ら表示方法を選択してください 右矢印 : 左矢印 : 両方向矢印 : 軸の左端を固定して右方向へ拡大 / 縮小 軸の右端を固定して左方向へ拡大 / 縮小 軸とスペクトルを移動 Y- 軸の拡大縮小スペクトル表示ウインドウにスペクトルが表示されているとき ボックスズームカーソルまたはハンドムーブカーソルをスペクトル表示画面の Y 軸に移動させるカーソルが手の形 ( ハンドムーブ ) に変化します その位置によってハンドムーブカーソルに付随する矢印が変化し そのモードが変化します カーソルが Y 軸の中央付近にあるとハンドムーブで上下方向の矢印になります そのままドラッグすると Y 軸とスペクトルの移動ができます 軸の上端に近づけると矢印が上向きに 軸の下に近づくと下方向の矢印に変化します 左ボタンを押したままドラッグ移動すると Y 軸の拡大 / 縮小ができます 軸のスケールも変化します 元の大きさに戻すには右ボタンのポップアップメニューから表示方法を選択してください 下矢印 : 上矢印 : 軸の上端を固定して下方向へ拡大 / 縮小 軸の下端を固定して上方向へ拡大 / 縮小 上下矢印 : Y 軸とスペクトルの移動ハンドムーブの状態で左ボタンを押したまま 移動すると軸も移動します これにつれて表示も変化します 表示を戻すには右ボタンのポップアップメニューから表示方法を選択します オートスケールの機能が解除になっていないと ハンドムーブで Y- 軸を拡大 / 縮小 移動することはできません この場合 ハンドムーブのカーソルに x 印が付いて表示され 機能しないことを示します 98

93 ピーク情報の表示 1. スペクトルのピーク情報を表示させるには [ 表示 ] メニューから [ ピーク情報 ] を選択します アクティブなスペクトルもしくはスペクトルウインドウに表示されているスペクトルすべてのピーク情報を表示させるのかを選択することができます スペクトルウインドウ上でピーク表示 2. アクティブなスペクトルを選択した場合 選択ツールでアクティブなスペクトルを切り替えると ピーク表示されるスペクトルも変更することができます 3. スペクトルツールバーのとでピーク表示を切り替えることができます ピーク表示の設定ピーク値の少数点以下の桁数は < 表示設定 > ダイアログボックスの < その他の設定 > タブで設定することができます スペクトルオーバービュー スペクトルウインドウ上のスペクトルを拡大表示したとき 全体のどの部分を表示して いるかを確認することができます 1. [ 表示 ] メニューから [ スペクトルオーバービュー ] を選択して 表示 / 非表示を切り替えることができます 2. スペクトルオーバービューのウインドウをドラッグしてスペクトルウインドウ上の拡大領域を変更することができます スペクトルオーバービュー 99

94 スペクトルの追加と削除 スペクトルウインドウにロードしたスペクトルのほかに保存してあるスペクトルを追加 するにはスペクトルツールバーのアイコンを利用します 1. スペクトルツールバーのをクリックします 2. ReportIt プラグインではドキュメント上のスペクトルウインドウをダブルクリックし 右側に現れるスペクトルツールバーのアイコンをクリックしてください 3. 開くダイアログボックスでスペクトルウインドウに表示させたいスペクトファイルを指定します 4. <OK> をクリックして スペクトルウインドウに目的のスペクトルファイルがロードされているのを確認します 5. スペクトルを削除するには隣のをクリックし ダイアログボックスで削除するスペクトルを選択して <OK> をクリックします Tips レポート上のスペクトルウインドウに別のスペクトルを表示する場合にも スペクトルツールバーのアイコンを使って 追加 削除が可能です 100

95 データベースパスの設定購入したデータベースが SearchIt プラグインのデータベースタブ Reference - Licensed に表示されない場合 データベースパスの再設定が必要になります また ユーザーデータベースやヒットリストなどを検索対象とするときパスを追加する場合にも同じ方法でパスの設定を行ってください 詳細設定ボタン 1. SearchIt プラグインのデータベースタブ右上の < 詳細設定 > をクリックします 2. < 詳細設定 > ダイアログボックスが開きます < ローカル > タブをクリックします 現在設定されているパス ( フォルダー ) が表示されています 3. < 追加 > をクリックして < フォルダの参照 > ダイアログボックスからデータベースフォルダーを指定します IR の場合デフォルトでは次のフォルダーになります C:\ ユーザー \public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \ KnowItAll\Databases\IR パスの設定ダイアログボックス 4. < フォルダーの追加 > をクリックします ダイアログボックスに新しいフォルダー名がリストされているのを確認して <OK> をクリックし ダイアログボックスを閉じます 5. データベースタブに戻り Reference - Licensed にデータベースがリストされていることを確認し データベースの選択をします Note Raman データベースの場合は Raman のフォルダーを NMR の場合は NMR のフォルダーを追加します 101

96 レポートテンプレートのパスの設定 レポートテンプレートはワンクリックで所定のフォーマットでレポートの作成ができる 便利な機能です レポートテンプレートダイアログボックス 次のホルダーに保存されたレポートテンプレートは転送時にレポートテンプレートダイ アログボックスにリストされます C:\ ユーザー \Public\ パブリックのドキュメント \Bio-Rad \ KnowItAll\Report Templates\( 転送元のプラグイン ) Tips レポートテンプレートを完全に削除するには エクスプローラーで保存したフォルダーを開き *.rtt ファイルを削除してください レポートテンプレートファイルを選択 ここでは MineIt プラグインから送り先バーの ReportIt プラグインをクリックしたと き 目的のファイルがダイアログボックスに目的のレポートテンプレートファイルがリ ストされない場合のパスの設定方法を説明します 1. < キャンセル > をクリックし MineIt プラグインに戻ります 2. メニューの [ ファイル ] [ レポートテンプレートの編集 ] をクリックします 3. レポートテンプレートダイアログボックスの < 追加 > をクリックして 次のフォルダーを指定します Reprot Templates\MineIt\Japanese 4. リストされたテンプレートファイルのすべてを選択し < 開く > をクリック 5. レポートテンプレートダイアログボックスに目的のテンプレートファイルがリストされたのを確認して < 閉じる > をクリック 6. 送り先バーの ReportIt をクリックして 選択したレポートテンプレートがリストされているのを確認し 利用します Tips レポートテンプレートダイアログボックスで不要なテンプレートファイルを選択して < 削除 > をクリックするとリストから削除することができます 102

97 KnowItAll 2017 の新機能 Bio-Rad 名称 / 項目機能備考 ID エキスパート IR Raman MS NMR 対応 ( ピークサーチ ) 85 ヘ ーシ ファイル 印刷コマンドユーザーデータベースのテキスト入力規則 * PubChem データの登録 * クイックサーチライセンスアクティベーション MineIt プラグイン ProcessIt プラグインで印刷コマンドを追加 デフォ ルトのレポートテンプレートで印刷が可能 テキストフィールドの英文表記の入力規則 3 種設定可能 ユーザーデータベースに PubChem のデータベースを物性情報として取り込むことが可能 データベースのすべてのテキストプロパティーを検索 ドングルライセンシング サーバーアクセスライセンス ( 日本国内ではライセンスドングルも提供しています ) 各プラグインのファイルメニューを参照本紙 19 ヘ ーシ を参照 MineIt のデータベースメニューを参照 82 ヘ ーシ を参照 インストールノート * はユーザーデータベース構築オプションに付随する機能です 103

98 FAQ より 質問内容記載項目掲載ページ サーチ結果スペクトルにピーク位置を表示させたい ピーク情報 95 ヘ ーシ /99 ヘ ーシ 保存してあるスペクトルをスペクトルウインドウに追加してロードしたい スペクトルの追加 100 ヘ ーシ ヒットリストのエントリーが "Locked になっている データベースの選択解除と再選択 14 ヘ ーシ SearchIt プラグインのデータベースタブに目的のデータベースやファイルがリストされない データベースパスの設定 データベースの選択 101 ヘ ーシ 12 ヘ ーシ 104

99 索引 アルファベット か行 HQI 17, 30 HQI オーバービュー 40 OD ヒートマップ 41 PubChem 80 化学構造式の作成 61, 78 反応式の作成 64 化学構造式作成ツール構造式の訂正 63 ヒットボックス 61 ホットキー 64 ラベル 63 リング 62 カスタマイズサーチプロファイル - サーチ条件の保存 33 ツールバー 83 表示プロファイル 38 ユーザーエディション 84 官能基知識ベース 58 官能基のブラウズ 55 官能基ハンドブック 58 構造式からコリレーション 57 さ行 サーチ 12 混合物サンプルのサーチ 29 ストラクチャーサーチ 21 スペクトルサーチ 15 テキストサーチ 26 ピークサーチ 27 プロパティー / ネームサーチ 25 サーチ結果 MixtureAnalysis サーチ結果 30 サーチ結果と保存 17 ブラウズ 17, 36 レポートの作成 43 サーチ条件 MixtureAnalysis 除外要素の設定 31, 32 構造式とサーチ結果のちがい 23 サーチプロファイル ( サーチ条件の保存 ) 33 ストラクチャーサーチ 21 スペクトルサーチ 16 スペクトルのデータ処理 19 ピークテーブルの作成 27, 28 プロパティー / ネームサーチ 25 サーチプロファイル - サーチ条件の保存 33 サーチ領域の消去 39 最適化 16 詳細設定データベースパスの設定 81 除外要素の設定 31 Bio-Rad 99

100 て ストラクチャー / プロパティウインドウ 39 スペクトルウインドウ 39, 85 HQI オーバービュー 40 OD ヒートマップ 41 サーチパラメーター 40 スペクトルオーバービュー 39, 93 表示設定 85 ピーク情報の表示 93 スペクトルウインドウの表示設定色とフォント 86 スペクトル 88 その他の設定 89 名称と順 87 目盛 85 スペクトルオーバービュー 39, 93 スペクトル解析方法 50 スペクトルの追加 94 データ処理ピーク削除 20 ProcessIt IR 19 データベースが選択できない 95 データベースパスの設定 95 データベースウインドウ 17 ブラウズ 36 列を編集 37 データベースの選択 12 は行 データベースの選択解除 14 ピーク情報 93 ピーク情報の表示 93 ピーク選択とコリレーション 54 ピーク表示桁数設定 89 ヒットリストエントリーの並び替え 36 ストラクチャー / プロパティウインドウ 39 スペクトルウインドウ 39 スペクトルウインドウのカスタマイズ 85 タブ名の変更 17 データベースウインドウ 36 開く 35 ブラウズ 36 ヒット率 17 表示設定 ( スペクトルウインドウ ) 85 表示プロファイル ( データベースウインドウ ) 38 プラグイン AnalyzeIt- スペクトル解析支援 50 DrawIt- 化学構造式の作成 61, 78 MineIt- データベース情報のブラウズ 35 Mixture Analysis- 混合物サンプルの検索 29 ProcessIt- データ処理 19 ReportIt- レポート作成 43 SearchIt- サーチ条件の設定

101 ゆ ユーザーエディション 84 ユーザーデータベースインデックスを作成 82 エントリーの削除 79 化学構造式の登録 78 検索に利用する 81 新規作成 68 スペクトルのインポート 70 添付ファイルの追加 77 プロパティの登録 75 レコードの削除 79 れ レポートの作成 18, 43 レポートテンプレート 44 レポートオブジェクト 48 ReportIt ドキュメントファイル 43 レポートの編集

102 本書に記載された内容 製品の仕様は予告なく変更されることがあります バイオ ラッドラボラトリーズインクインフォマティクス事業部 東京都品川区東品川 天王洲セントラルタワー 20F Fax [email protected] KnowItAll_Manual_Japanese Ver.2017