Microsoft PowerPoint - 阿部貴志.ppt

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

プレゼンテーション2.ppt

[email protected] BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

Microsoft Word - CATNewsVol2No7Text.doc

COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter 23 (3) The International Plant & Animal Genome XX Conference Vol. 2 No. 7 2011 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Linux BLAST R DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DRA

AJACS18_ ppt

1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

7-1（DNA配列から遺伝子を探す）.ppt

DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク：DDBJ

DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data

バクテリアゲノム解析

GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA

ゲノム解析で活躍するコンピューター

ゲノム解析で活躍するコンピューター ゲノム情報のためのデータベースと遺伝子機能の解析 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター五斗進 科学カフェ京都第 62 回定例会京都大学 2010/4/10 1 本日お話する内容 ゲノムとゲノムプロジェクトについて ゲノムデータとデータベースについて ゲノムデータを使った解析について 遺伝子の機能を調べる 2 ゲノムとは ゲノム (Genome) Gene(

『引越れんらく帳』説明資料

5-53 -

5-53 - プロテオームプロファイリング ( タンパク質組成分析 ) は組織 血液などのペプチドやタンパク質の検出を目指す技術です 液体クロマトグラフィー タンデム質量分析法に基づき タンパク質の混合物を質量分析法で同定し データ解析が行われます トランスクリプトーム解析とともに 生体システムにおけるダイナミックな変化を網羅的に解析できます 高解像度と高精度 : 解像度は 10 5 超 精度は 1ppm

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

PowerPoint プレゼンテーション

2016 年 10 月 19 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

Microsoft Word - 2TXL実施要綱 doc

計算機生命科学の基礎II_

Ⅱ 1.4 [email protected] 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

Table 1 Utilization of Data for River Water Table 2 Utilization of Data for Groundwater Quality Analysis5,6,9,10,13,14) Quality Analysis5-13) Fig. 1 G

Key Words: river water quality, groundwater quality, manpower development, sewerage Table 1 Utilization of Data for River Water Table 2 Utilization of Data for Groundwater Quality Analysis5,6,9,10,13,14)

Microsoft PowerPoint - プレシジョン創薬概論 P_ex_velvet.PPT

プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

A ,000 7,539 7,593

A+ 64 1 300 16 6,000 7,539 7,593 13 3,329 178 1,168 12% 11% 35 3 26 3 761.2 6 8,947 6,044 432 7,774 CONTENTS 01 02 04 07 11 20 38 6,677 6,706 6,044 5,519 5,489 2011 2012 2013 2014 2015 866 796 522

1_alignment.ppt

" " " " n " n n " n " n n n " n n n n " n LGPSSKQTGKGW-SRIWDN! + +! LN-ITKSAGKGAIMRLGDA! " n -------TGKG--------!! -------AGKG--------! " n w w w " n w w " " " 11 12 " n w w w " n w w A! M! O! A!

Microsoft PowerPoint BI_lec

創薬インフォマティクス Department of PharmacoInformatics 奥野恭史 医薬品開発の成功確率 2-3 年 3-5 年 3-7 年 1-2 年計 9-17 年 基礎研究 非臨床試験 臨床試験 ( 治験 ) 承認申請承認取得 化合物数 499,915 197 97 62 32 移行確率 1/2,538 1/2.03 1/1.56 1/1.94 累積成功率 1/2,538 1/5,154

P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P.10 P.12 P.13 P.14 P.14 P.15 P.17 P.18 P.20 P P P P P.25 P.27 P.28 Copyright 2016 JAPAN POST BA

201729 3 1 2016 8 12 P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P.10 P.12 P.13 P.14 P.14 P.15 P.17 P.18 P.20 P.21 10 P.22 11 P.23 12 P.24 13 P.25 P.27 P.28 Copyright 2016 JAPAN POST BANK CO., LTD. All Rights Reserved.

取扱説明書

ER-LD530 STEP 1 STEP 2 STEP 3 STEP 4 STEP 5 1 5 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 1 2 3 22 23 1 2 24 25 26 27 1 2 3 28 29 30 31 32 33 34 1 2 3 35 1 2 3 36 37 1 2 3 4 38 39 1 2 3 4 40

PAXgene Tissue DNA Kitプロトコールとトラブルシューティング(2301605 06/2009)

January 2009 PAXgene Tissue DNA Kit PAXgene Tissue Containers DNA PAXgene Tissue Container PAXgene DNA 3 PAXgene DNA 6 PAXgene DNA 9 13 2 PAXgene Tissue DNA Kit 01/2009 PAXgene DNA DNA PAXgene Tissue Containers

統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を，神経発達関連遺伝子のNDE1内に同定した

平成 26 年 10 月 27 日 統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を 神経発達関連遺伝子の NDE1 内に同定した 名古屋大学大学院医学系研究科 ( 研究科長 髙橋雅英 ) 精神医学の尾崎紀夫 ( おざきのりお ) 教授らの研究グループは 同研究科神経情報薬理学の貝淵弘三 ( かいぶちこうぞう ) 教授らの研究グループとの共同研究により 統合失調症発症に関連していると考えられている染色体上

Microsoft PowerPoint - 資料6-1_高橋委員(公開用修正).pptx

第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

The copyright of this material is retained by the Information Processing Society of Japan (IPSJ). The material has been made available on the website

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Microsoft PowerPoint - T05_田畑先生【CC-BY】.pptx

H23 年度統合化推進プログラム進捗報告会 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 かずさ DNA 研究所植物ゲノム研究部田畑哲之平川英樹中村保一新潟大学 研究推進機構 超域学術院中谷明弘 背景 Crops Model plants 基礎研究 食料工業原材料創薬エネルギー 品種改良 http://www.genomesonline.org/ 日本の植物ゲノム研究 タバコ ゼニゴケ葉緑体 (1986

Microsoft PowerPoint - 遺伝統計学夏の学校2018_Webツール入門.pptx

2018 年 8 月 25-27 日遺伝統計学 夏の学校 @ 大阪大学講義実習資料 Web ツール入門 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学 http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/index.html 1 講義の概要 Web ツール入門 1 ゲノム 遺伝子情報のWebツール 2 遺伝子変異 SNP 情報のWebツール 3 疾患感受性遺伝子情報 解析結果のWebツール 4 エピゲノム情報のWebツール

3rd-jikken-ngs

生命情報実験 A 次世代シークエンサーのデータを用いたゲノム解析 慶應義塾大学理工学部 生命情報学科 榊原康文 佐藤健吾 ねらい これからの生命科学において要となるツールである次世代シークエンサー (NGS) が産生するデータを用いたゲノム解析を体験する 次世代シークエンサー 長所 : 高速かつ低コスト 短所 : 得られる一本一本の配列が短い (= ショートリード ) Illumina GAIIx

3. XML, DB, DB (AP). DB, DB, AP. RDB., XMLDB, XML,.,,.,, (XML / ), XML,,., AP. AP AP AP 検索キー //A=1 //A=2 //A=3 返却 XML 全体 XML 全体 XML 全体 XMLDB <root> <A

PostgreSQL XML 1 1 1 1 XML,,, /. XML.,,, PostgreSQL.. Implementation of Yet Another XML-type for PostgreSQL Toshifumi Enomoto, 1 Gengo Suzuki, 1 Nobuyuki Kobayashi 1 and Masashi Yamamuro 1 There are various

class Cpd MW = { 'C'=>12.011, 'H'=>1.00794, 'N'=>14.00674, 'O' => 15.9994, 'P' => 30.973762 } def initialize @comp = Hash.new attr_accessor :name, :definition, :formula # formula def composition @formula.scan(/([a-z]+)(\d+)/)

料理集

ABC Cooking Studio 1 2 3 ABC Cooking Studio ABC Cooking Studio Point Point ABC Cooking Studio Point ABC Cooking Studio ABC Cooking Studio Point

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E

MEGA 5 を用いた塩基配列解析法および分子系統樹作成法 Ver.1 Update: 2012.04.01 ウイルス 疫学研究領域井関博 < 内容 > 1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment Explorer の起動 2.2 シークエンスデータの入力 2.2.1 テキストファイルから読み込む場合 2.2.2 波形データから読み込む場合

1:.anchors Menubar Sequence Navigation order Plot & Color options Left sidebar ON/OFF Right sidebar ON/OFF History / Bookmark Apply sequence order / p

GMV 2009 2 1 GMV GMV 1.1 GMV Murasaki GMV (GTK+ based Murasaki Viewer) 1.1.1 GMV GMV Murasaki (http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html) 1.1.2 gmv Open Anchors File ( 1) murasaki 1.1.3 GMV 2 GMV on/off

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NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

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表1-4.ai

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

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5 Q Q Q Q ggg g f bbb -b b g b g g g a b f g r t y - 7 g bb f 6 E D f f f 2 2 2 2 2 f g f 2 f 2 f 2 g a g a b f a f g a a a - a f b a f b b b b bb bb E E E R Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q

PowerPoint プレゼンテーション

V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------

表1-表4宅建98.indd

Microsoft PowerPoint - BI_okuno_

バイオインフォマティクス ( 配列検索 ) & ケモインフォマティクス ( 構造検索 ) 統合薬学教育開発分野 奥野恭史 創薬におけるインフォマティクス ゲノム情報 ゲノム基盤ターゲット研究探索 ターゲット バリデーション 創薬リード探索 創薬リード最適化 前臨床研究臨床研究 創薬 ゲノム情報 (~2 万 2 千遺伝子 ) 化合物ライブラリー (10^60 化合物 ) バイオインフォマティクス ケモインフォマティクス

A comparison of abdominal versus vaginal hysterectomy for leiomyoma and adenomyosis Kenji ARAHORI, Hisasi KATAYAMA, Suminori NIOKA Department of Obstetrics and Gnecology, National Maizuru Hospital,Kyoto,

B. 41 II: 2 ;; 4 B [ ] S 1 S 2 S 1 S O S 1 S P 2 3 P P : 2.13:

B. 41 II: ;; 4 B [] S 1 S S 1 S.1 O S 1 S 1.13 P 3 P 5 7 P.1:.13: 4 4.14 C d A B x l l d C B 1 l.14: AB A 1 B 0 AB 0 O OP = x P l AP BP AB AP BP 1 (.4)(.5) x l x sin = p l + x x l (.4)(.5) m d A x P O

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日 生物情報工学 (Bioinfomatics) ってなに? > 生物が持っている物質 (DNA タンパク質 その他代謝産物など ) の情報を分析する学問分野 あるタンパク質 A があります アミノ酸配列コードする遺伝子の DNA 配列生体内でのタンパク質の量コードする遺伝子の転写産物の量 > 情報をもとにその物質の機能や構造を推定 > ただし

Microsoft Word - 【広報課確認】 _プレス原稿(最終版)_東大医科研 河岡先生_miClear

インフルエンザウイルスの遺伝の仕組みを解明 1. 発表者 : 河岡義裕 ( 東京大学医科学研究所感染 免疫部門ウイルス感染分野教授 ) 野田岳志 ( 京都大学ウイルス 再生医科学研究所微細構造ウイルス学教授 ) 2. 発表のポイント : インフルエンザウイルスが子孫ウイルスにゲノム ( 遺伝情報 ) を伝える仕組みを解明した 子孫ウイルスにゲノムを伝えるとき 8 本のウイルス RNAを 1+7 という特徴的な配置