STN 新プラットフォームの構造作図 本 の内容 1 構造検索の概要 基本的な構造の作図 便利な作図機能 属性の指定
本 の内容 2 構造検索の概要 基本的な構造の作図 便利な作図機能 属性の指定 構造検索可能なファイル 3 収録対象ファイル名収録内容 特定物質 マルクーシュ構造 REGISTRY DCR REAXYSFILESub MARPAT DWPIM 化学物質および核酸 タンパク質の物質同定情報, 物性データ DWPI ファイルの特許から収録された特定物質の同定情報 REAXYSFILEBib ファイルの 献から収録された物質の同定情報 CAplus ファイルの特許から収録されたマルクーシュ構造 DWPI ファイルの特許から収録されたマルクーシュ構造 * ご契約内容により利 可能なデータベースは異なります
構造検索の流れ 4 1 データベース選択 2 作図ツール起動 3 構造質問式を作図 5 コマンドの * 6 検索を実 STR 番号が付与され STRUCTURE タブに表 される 4 OK をクリック * 構造をアップロードするとデフォールトの条件でコマンドが 動的に される 構造検索コマンド 5 STR 番号 / 検索タイプ, 検索範囲 検索タイプ コード 検索タイプ SSS 部分構造検索 ( デフォールト ) CSS 閉構造部分構造検索 FAM ファミリー検索 EXA 完全 致検索 検索範囲 コード 検索範囲 FUL フルファイル検索 ( デフォールト ) * 検索タイプ, 検索範囲の を省略するとデフォールトの条件で検索される
本 の内容 6 構造検索の概要 基本的な構造の作図 便利な作図機能 属性の指定 基本的な構造の作図 1 垂直ツール 7 ペンシルツール クリックで原, ドラッグで結合を作図 作図した原 や結合の変更 消しゴムツール ノードや結合の削除 テンプレートツール 鎖ツール ドラッグで炭素鎖を作図 主な環 格やアミノ酸などの構造
基本的な構造の作図 1 垂直ツール 8 原 メニューツール ショートカットツール X メニューツール 可変原 般式グループ記号 ハロゲン 属 H 以外 C, H 以外炭素鎖任意の環炭素環ヘテロ環 * Me や Ph は無置換 基本的な構造の作図 2 平ツール 9 よく使う原 選択されている原 その他の原 は ( 原 メニュー ) から選択 選択されている環 リングパレット 結合パレット 体結合パレット リセットボタン で任意のサイズの環を作図 炭素 / 単結合に戻す
参考 : 体結合の使 体結合で作図した場合, 構造検索コマンドの 法により回答が異なる.,ABS を付加 絶対 体配置の 致する回答のみが得られる,REL を付加 相対 絶対 体配置が 致する回答が得られる 指定なし 体化学が異なる回答, 平 構造の回答も得られる 10 構造検索 回答 構造質問式 コマンド STR#/SSS,FUL,ABS STR#/SSS,FUL,REL STR#/SSS,FUL STR#/SSS,FUL 構造図の呼び出し CAS 登録番号,SMILES,InChI キーから構造図の呼び出しが可能 11
本 の内容 12 構造検索の概要 基本的な構造の作図 便利な作図機能 属性の指定 Lock Rings ツール 指定した環 鎖への縮環を禁 13 不要な構造 不要な構造
Lock Rings の指定 法 Lock Rings ツールで環または鎖をクリック 14 鎖結合への指定も可能 Lock された環は太線で表 ( デフォールト ) 2 環上でクリック 1 Lock Rings ツールを選択 鎖結合は作図したままのデフォールトで Lock Rings が適 されている Lock Atoms ツール 15 指定したノードへの置換基の追加を禁 2 置換を禁 するノードをクリック 般式グループにも指定可能 1 Lock Atoms ツールを選択
繰り返しグループツール 16 ある構造単位を指定した回数繰り返す 3 繰り返し回数の範囲を指定して Apply をクリック 1 繰り返しグループツールを選択 2 繰り返し範囲を指定 可変置換位置ツール 17 環または 1 つの環系に対する可変な置換位置を指定 2 離して作図した置換基から置換位置に向かってドラッグ 1 可変置換位置ツールを選択 鎖上や複数の環系への指定は不可
R- グループツール 18 1 つのノードに複数の選択肢を指定 N, S, O のいずれかである物質を検索したい まとめて検索したい 6 員環または 5 員環の物質を検索したい R- グループの作図 19 R グループツールで内容を指定して作図 2 作成する R- グループを指定 1 R- グループツールを選択 原 3 R- グループの内容を選択 4 R- グループを作図 可変原 ショートカット フラグメント ( 作図した場合のみ有効 )
結合点の指定 20 作図したフラグメントを含める場合はあらかじめ結合点を指定する 1 結合点ツールを選択 2 主 格と離して作図したフラグメントに結合点を指定する 3 R- グループツールで Fragments を選択 5 R- グループを作図 4 R- グループに含めたいフラグメントを選択 結合点を 2 箇所もつフラグメント 21 結合点ツールでフラグメント上の 2 つの結合点を指定する R1
デモンストレーション 22 REGISTRY ファイルで下記の条件の物質を検索する R2 または ( 縮環しない ) 5 7 員環炭素環またはヘテロ環 R1 = C または N 無置換のアルキル鎖 デモンストレーション 23 作図例 R2 = F1, F2 A ( 素以外の原 ) 繰り返しグループ R1 = C, N Lock Atom Lock Rings
本 の内容 24 構造検索の概要 基本的な構造の作図 便利な作図機能 属性の指定 ノードの属性 (Node Type) 25 ノードが環上, 鎖上, 環または鎖上にあることを指定 1 右クリック Chain 2Node Type 3 属性を指定 Ring 作図したままのデフォールトでは鎖上のノードは Chain 環上の回答も必要な場合は Ring/Chain に変更
結合の属性 (Bond Type) 26 結合が環上, 鎖上, 環または鎖上にあることを指定 1 右クリック Chain Ring 2 Bond Type 3 属性を指定 作図したままのデフォールトでは鎖上の結合は Chain 環上の回答も必要な場合は Ring/Chain に変更 般式属性 (Generic Definition) 27 般式グループ記号 (Hy, Cb, Cy, Ak) の特徴を指定 1 右クリック 飽和度 不飽和飽和 鎖の種類 分岐鎖直鎖 炭素数 7 未満 7 以上 2 Generic Definition * デフォールトは Any ( 不定 ) 飽和度 ちょうど 1 2 以上 ヘテロ原 数 単環多環 環の種類 炭素数
元素数 (Element Counts) 28 般式グループ記号に元素の種類と数を指定 2Element Counts 3 Specific を選択 5 条件を追加 1 右クリック 4 元素の種類と数を指定 * デフォールトは Any ( 不定 ) 複数の元素を指定する場合は 4,5 を繰り返す 結合 素数 指定したノードに対する 素ノードの結合数とその属性を指定する 29 結合 素数 ヒットする回答 環 / 鎖結合ちょうど 3 2 1 環結合 : 2 鎖結合 : 0 環 / 鎖 : 2 1 2 1 環結合 : 2 鎖結合 : 1 環 / 鎖 : 3 1 1 2 2 環結合 : 2 鎖結合 : 2 環 / 鎖 : 4 1 2 3 環結合 : 3 鎖結合 : 0 環 / 鎖 : 3 環結合ちょうど 2
結合 素数の指定 法 30 素ノードへの結合の属性と数を指定する 3 Specific を選択 1 右クリック 環または鎖ちょうど 2 2 Non-Hydrogen Count 4 結合の属性と数を指定 結合次数は問わない * デフォールトは Any ( 不定 ) 1 2 1 1 2 1 環 : 2 鎖 : 1 環 / 鎖 : 3 属性表 パネル 31 ポインタをノードに重ねると指定されている属性が, 属性名に重ねると対応するノードがハイライトされる デフォールトと異なる属性が指定されているノードには * を表
デモンストレーション 32 REGISTRY ファイルで下記の条件の物質を検索する 縮環しない 炭素数 1 5 の飽和アルキル鎖 きさ, 原 は問わず環を形成 環上の任意の位置に置換 窒素数 1 2 個の単環の不飽和ヘテロ環 デモンストレーション 33 作図例 Lock Rings 元素数 :C 1 5 般式属性 : Saturated を指定 ノード属性を環に指定 ベンゼン環に対して可変置換位置を指定 元素数 : N 1 2 般式属性 : Unstaturated, Monocyclic を指定
まとめ 34 便利な作図機能, 属性の指定により複数の構造をまとめて検索したり, 不要な回答を除くことが可能! 作図ツールを使いこなして効率的に検索しましょう! 参考資料 35 構造作図ガイド http://www.jaici.or.jp/newstn/pdf/structure.pdf 構造作図チュートリアル http://www.jaici.or.jp/newstn/elearning.html