医学 生命科学系のための文献検索 実習問題 & 解説 講習の進め方 (60 分 ) 1 あるテーマについての雑誌論文を探す : PubMed ( 例題 1, 2) Web of Science ( 例題 3) 2 文献管理ツール RefWorks を使うには : PubMed からのインポート ( 例題 4) Web of Science からのインポート ( 例題 5) 文献リストの作成 ( 例題 6) 3 インパクトファクターを調べるには : Journal Citation Reports ( 例題 7) 配布資料 医学 生命科学系のための文献検索 実習問題 & 解説 Web of Science クイックレファレンスカード Journal Citation Reports クイックレファレンスカード データベースへの入口 GACoS( ガコス ) 学内 学外 OK http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/index.html 東京大学 OPAC 画面上部の データベース からリンクしています この資料に関するお問合せ : 東京大学情報基盤センター学術情報リテラシー係 TEL: 03-5841-2649( 内線 :22649) メール : literacy@lib.u-tokyo.ac.jp 1
1 あるテーマについての雑誌論文を探す 1 PubMed 例題 1 女性のストレスについての論文を探す PubMed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijputmlib 東大専用入口 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez (1) women stress と入力し Search をクリック (2)Search Details で検索式を確認 MeSH=Medical Subject Headings 米国国立医学図書館作成のシソーラス ( 統制語 ) 入力語に関連する MeSH 用語でも自動的に検索される 入力した women については このように MeSH 用語を含めて検索された (= 自動マッピング機能 ) 入力した stress については このような検索になった 雑誌名 Stress での検索は不要なら 検索式のその部分を削除して 再度 Search をクリック Point! 検索式の確認検索した後 どのような検索式が実行されたのかを "Search Details" 画面で確認 必要に応じて 検索式を修正して再検索 RefWorks に保存するには? (p.7 参照 ) ---------------------------------------------------------------------------------------------------- 例題 2 アルコールの摂取に関する論文を探す ( キーワード入力例 ) (a) alcohol intake (b) alcohol consumption 検索した後 Advanced Search 画面を見てみましょう Advanced Search 画面で検索履歴を確認できる 検索履歴を AND, OR, NOT で組み合わせて検索できる 例 : #3 OR #4 Search Builder では 検索項目の指定や Show index をクリックして候補語から選んだ言葉で検索することができる 2
PubMed の効果的な検索のために 1 複数検索語の掛け合わせ 論理演算子 (AND/OR/NOT) は半角大文字で入力 AND 検索 OR 検索 NOT 検索 stomach cancer AND nutrition stomach stomach cancer cancer OR OR stomach stomach ulcer ulcer surgery NOT endoscopic surgery 参考 スペースでも AND 検索になるが 例えば egg allergy と入力するとフレーズとして認識されて検索される 論理演算をしたい場合は egg AND allergy と入力すると 指示が明確になる 2 絞り込み Limits 機能を活用して条件を指定 文献タイプ 言語 動物 人間 性別 収録誌の種類 年齢等による限定が可能 3 検索項目を限定した検索 特定の項目を対象に検索する場合は タグをつけて検索 タグ検索では自動マッピング機能は働かない 次の検索時にも引き続き最初に設定した Limits 条件が残るので 必要に応じて検索結果画面左上で変更 / 解除する 項目名 タグ 入力例 備考 smith re[au]( ミドルネームあり ) naito k[au] 著者 [au] smith r@[au](smith rだけをヒット ) naito kunihiko[au] 2002 年以降ならフルネームでも検索可 所属機関 [ad] university of Tokyo[ad] 第一著者のみ 論文タイトル [ti] stomach cancer[ti] 収録誌名 [ta] british medical journal[ta] The は入れない bmj[ta] 略称形も可 出版年 [dp] 2010[dp] 2008:2010[dp] 2008/09:2010/03[dp] 出版タイプ [pt] review[pt] MeSH [mh] stomach neoplasms[mh] 4 Advanced Search タグを知らなくても プルダウンメニューで検索項目を限定して検索することが可能 検索履歴の掛け合わせ検索が可能 例 ) #1 AND #2 5 前方一致検索 複数形のような語尾変化などに対応 自動マッピング機能は働かない 例 ) bacter* bacteria bacterium など bacterで始まるものを検索 * もっと詳しく知りたい方は 医学図書館作成のマニュアル PubMed の使い方 を参照 医学図書館ホームページ掲載 http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/ 3
PubMed 検索上級編 MeSH 検索 : シソーラス用語による検索 自動マッピング機能に頼らず自分で MeSH 用語をチェックして検索に使う方法 1 トップ画面において Search のプルダウンメニューで検索対象を MeSH に選択 2 検索語を入力し Search ボタンをクリック 3 検索結果の MeSH 用語に適当なものがあればクリックし 画面右のリンクから PubMed を選択して検索 1 ~ 5 : MeSH 用語をクリックすると 上 下位語 関連語や Subheading( 副標目 ) 等が表示されるので 適宜組み合わせをして検索することも可能 1 2 対応する MeSH 用語へ誘導 1 選択した MeSH 用語の Subheadings( 副標目 ) やツリー構造の表示画面 組合せると 多様な検索が可能 2 3 選択した MeSH 用語で PubMed を検索 3 Subheadings を複数選択した場合の検索方法 選択した MeSH 用語を中心主題とする文献を PubMed で検索 1 MeSH 用語をクリック 4 2 Subheadings を複数選択 3 AND, OR, NOT" を選び Add to search builder をクリック 4 search builder 欄に検索式が表示される ( 修正可 ) 5 Search PubMed ボタンをクリック 5 MeSH 用語の上位語 下位語表示 Stomach Neoplasms は最下位語として位置づけられている 4
1 あるテーマについての雑誌論文を探す 2 Web of Science 例題 3 ビタミン A と癌のリスクに関する論文を探す Web of Science http://www.webofknowledge.com/wos 学内から 2011/7/17 バージョンアップ https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 学外からSSL-VPN Gateway サービス < トピック欄で 以下 2 通りの入力例で検索 > (a) vitamin* a risk cancer (b) vitamin* a (risk near/5 cancer) Web of Science 検索テクニック ( ヘルプ > 検索の規則 参照 ) (1) フレーズ検索 でくくるとフレーズ検索になる スペースだけでは AND 検索となり 単語が離れていたり単語の順序が逆であってもヒット (2) 部分一致検索アスタリスク (*) = 文字がない場合を含む任意の文字列を表す 単語の前後 中間に使用可能 トピック と タイトル 欄では検索語のスペルのバリエーションは * を付けなくても自動検索される フレーズ検索では上記の自動検索が無効になるので * が必要 例 : s*food seafood, soyfood enzym* enzyme, enzymes, enzymatic, enzymic Hof*man* Hofman, Hofmann, Hoffman, Hoffmann (3) 論理演算子 (AND, OR, NOT, NEAR) 大文字 小文字どちらでも可 NEAR/X = 指定したワード数 (X) の範囲内にそれぞれの用語を含むものを検索 /x なしで NEAR を使用した場合は 15 ワード内にあるものを検索 <(b) の例で検索後 被引用数 - 多い順 で並べ替えて 上から 1 番目のレコードの詳細画面 > RefWorks に保存するには? (p.8 参照 ) 被引用数 : この文献が引用されている文献引用文献 : この文献が引用した文献関連レコード : この文献と引用文献が共通の文献 ここからジャーナルのインパクトファクターを確認 (p.11 参照 ) 5
< 検索履歴 画面の使い方 > (1) 検索履歴 をクリック (2) 検索履歴のセットを AND, OR で組み合わせて検索できる 例 : #1 OR #2 (3) 検索履歴を保存しておき 後日 検索に再度使うことができる (*Web of Knowledge のユーザ登録をしてサインインが必要 ) (3) (1) 保存した検索履歴を開くのはここから (2) 2 文献管理ツール RefWorks を使うには RefWorks http://www.refworks.com/refworks 学内から http://www.refworks.com/refworks 学外から リモートアクセス 画面で東大のグループコードを入力 https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 学外から ECCS アカウントが必要 Point! ユーザ登録が必要 初めて RefWorks を使う時は 学内から RefWorks にアクセスし 画面上でユーザ登録をする ( 個人アカウントの作成 をクリック ) Point! 文献管理のコツ! 取り込んだレコードはその都度こまめにフォルダに移しましょう (1) フォルダ 新規作成 をクリック (2) フォルダ名を入力し OK をクリック (1) (2) 6
例題 4 PubMed のデータをインポートする (1) PubMed 検索結果画面で 保存したいデータの左端にチェックをつけて選択 (2) Send to のプルダウンメニューで File を選択し Format は MEDLINE に変更 (3) Create File をクリック ファイルのダウンロード 画面が表示されたら 保存 をクリック (1) (2) (3) (4) RefWorks の画面で レコード インポート を選択 (5) インポートフィルター / データソース は NLM PubMed データベース は PubMed を選択 (6) 次のフォルダへインポートする で 既に作成したフォルダの中から任意のフォルダ名を指定 (7) 次のテキスト形式ファイルからインポートする の 参照 をクリックし 取り込むファイルを指定 (8) インポート ボタンをクリック (4) (5) (6) (7) (8) 補足 RefWorks 画面上部メニューバーの 検索 オンラインカタログ データベース PubMed でダイレクトにインポートすることも可能 7
例題 5 Web of Science のデータをインポートする (1) Web of Science 検索結果画面で RefWorks に取り込みたいデータの左端にチェックをつける (2) RefWorks をクリック (2) (1) (3) 完了のメッセージが表示される (3) (4) RefWorks 画面で インポートが完了しました のメッセージが表示される 最近インポートしたレコードフォルダを通覧する をクリック (4) (5) すべてのレコード にチェックをつけ フォルダ名を選択すると 選択したフォルダにレコードが移る (5) 8
例題 6 文献リストを作成する (1) メニューバーの 参考文献 をクリック (2) 出力フォーマットは 投稿する雑誌で指定されている 文献リストの書式を選択 ( 例 : Vancouver ) (3) レコード一覧から生成 にチェックをつける (4) ファイル形式は HTML を選択 (5) 対象レコードは 参考文献リストにしたい文献のフォルダを選択 (6) 参考文献の生成 をクリック 別画面が開き 指定した書式での文献リストが表示される ( コピーして原稿に貼り付けるなどして活用 ) (1) 補足 出力フォーマットに対応していない書式の場合は 既存の出力フォーマットを流用して出力フォーマットをカスタマイズすることも可能 (2) (3) (4) リストに必要な書式が無ければ 当係 literacy@lib.u-tokyo.ac.jp まで投稿規程の URL をメールでお知らせください (5) (6) 9
[ プラグインツール Write-N-Cite を使う方法 ] (1) RefWorks のメニューバーの ツール から Write-N-Cite を選択し ダウンロードおよびインストール (2) 論文原稿を Word ファイルで用意する (Word を起動すると ツールバーに Write-N-Cite のアイコンが表示される ) (3) Write-N-Cite のアイコンをクリックするとログイン画面が表示されるので ログインする (4) Always on top にチェックを入れると Write-N-Cite が常時手前に表示される (5) Word の論文の必要な箇所にカーソルを合わせる (6) Write-N-Cite の引用したいレコードの左にある 引用する をクリックすると (5) の位置に入る (7) Word ファイルを上書き保存 原稿ファイル ( 修正や編集はこちらのファイルで ) (8) Write-N-Cite のメニューバーから 参考文献 をクリックし 出力フォーマットを選択する (9) 参考文献の生成 をクリック (10) 指定した書式の文献リスト付きで Word 文書が表示されるので 別名で保存する 完成ファイル ( この完成版 Word ファイルは 原稿ファイルとは別に 名前をつけて保存 で保存すること ) (1) RefWorks 画面 (2) (3) (5) (4) (6) (8) (9) 10
3 インパクトファクターを調べるには Journal Citation Reports http://isiknowledge.com/jcr 学内から https://gateway.itc.u-tokyo.ac.jp/ 学外から ECCS アカウントが必要 インパクトファクターについて ある雑誌の一論文あたりの平均被引用数 特定の 1 年間に ある雑誌に掲載された論文が平均的にどれくらい引用されているかを示す 雑誌の評価指標の 1 つとして たとえば論文投稿先を決める際など 同じ分野の複数の雑誌を比較する判断材料にできる 例題 7 Nature のインパクトファクターを調べる (1) Edition と 年 を選択 毎年 6-7 月頃に最新版がリリースされる (2) Search for a specific journal を選択し SUBMIT をクリック 分野ごとに調べる場合は こちらを選択する (3) Full Journal Title の条件で nature と入力して検索 (4) 一覧が表示される NATURE をクリック インパクトファクターの算出方法 *2010 年のインパクトファクターの場合 (2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文が 2010 年に引用された回数 ) (2008 年と 2009 年にある雑誌 X に掲載された論文数 ) ( 次のページへつづく ) 11
(5) 雑誌の詳細情報画面が表示される Journal Summary List で 同じ分野に分類された他の雑誌と比較できる インパクトファクター順など 様々な項目で並べ替えてランキングを見ることが可能 Category Data で この分野の平均データを見ることができる Median Impact Factor: この分野の全ての雑誌をインパクトファクターの高い順に並べたときに ちょうど中間に位置する雑誌のインパクトファクターのこと Aggregate Impact Factor: この分野の平均的なインパクトファクターのこと 計算方法は個別の雑誌のインパクトファクターと同じで 引用された回数 と 論文数 をこの分野の全雑誌の合計の数字に置き換えて計算する 12