Bio-Mirror 鵜川義弘 @ 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ http://www.bio-mirror.net/ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7, Juncai Ma8, Yoshihiro Ichiyanagi8, Der-Ming Liou9, Somnuk Keretho10, Suhaimi Napis11 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 1
Bio-Mirror 背景 遺伝情報 (DNA( 蛋白 ゲノム ) 大量の情報 大量の利用 日米欧の遺伝情報データバンク パブリックドメイン 転送不能な状況があった 生命科学研究のためのデータを安定供給 1999 DonGilbert bio.indiana.edu 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 2
日米欧のデータバンク 遺伝情報他生命関連データを集めるデータバンク 1980 年代からデータ収集 一部を除きパブリックドメイン 日本 米国 欧州 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 3
日米欧のデータバンクの伸び Jan 2006 現在 53,255,547 件 57,187,948,823 塩基対 バイオデータの伸び 3 年で 2 倍 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net http://www.dna.affrc.go.jp/growth/d-daily.html 4
DNA 配列 01/17/06 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/class/mlacourse/modules/blast/q_jurassicparkdna.html bio-mirror.jp.apan.net 5
DNA 配列 相同性検索 の結果 データベースに登録されている配列と比べる 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/ 6
ミラーの必要性 細かった 大量高速な検索 研究の秘密 日本 米国 欧州 研究者によるダウンロード 研究者によるダウンロード 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 7
ミラー方法 日本 米国 欧州 研究者によるダウンロード 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 8
Bio-mirror 品揃え 計 379 GB Bio-Mirror USA at IUBio, Databank status 379 Gigabytes (compressed) Sunday, 15 January 2006 ---------------------------------------------------------------- Section Size(Mb) Updated Databank source --------------- -------- -------- ---------------- blast blocks/data-blocks 33435 12-Jan-2006 Biosequence databases for BLAST searches 196 06-Jul-2005 Highly conserved regions of proteins blocks/data-prints 48 15-Jun-2003 PRINTS from NCBI ddbj/daily_updates 6002 13-Jan-2006 daily from AFFRC/bio-mirror ddbj/regular_release 28457 28-Dec-2005 DNA Data Bank of Japan embl/new embl/release 2985 15-Jan-2006 daily from EBI 56388 14-Dec-2005 The Nucleotide Sequence Database ensembl 59197 02-Mar-2005 Automatic annotation on eukaryotic genomes enzyme 5 10-Jan-2006 Enzyme nomenclature database eugenes genbank 795 14-Jan-2006 Eukaryote Genes Summary Databank 82518 15-Jan-2006 Sequence Database genbank/daily-nc 2228 15-Jan-2006 daily nc updates from NCBI geneontology 73 14-Jan-2006 Vocabularies of gene functions and roles interpro 1565 10-Jan-2006 InterPro Protein databank ncbigenomes pdb 50410 15-Jan-2006 Whole genome sequence section of 44131 12-Jan-2006 Protein Data Bank of 3-D macromolecular str pfam 2035 11-Jan-2006 The Pfam database of protein domains and HM pir/release 197 31-Dec-2004 Protein Information Resource prosite/release_with_updates 7 10-Jan-2006 Database of protein families and domains rebase srs-databanks 1 28-Nov-2005 The Restriction Enzyme Database 3 04-Feb-2000 List of active SRS databases around world swissprot 949 10-Jan-2006 Annotated protein sequence database taxonomy 207 15-Jan-2006 Species names taxonomy/ebi taxonomy/ncbi 9 14-Jan-2006 Taxonomy data 198 15-Jan-2006 Species names trembl 949 10-Jan-2006 A supplement to SWISS-PROT unigene 4290 11-Jan-2006 Unique Gene Sequence Collection for Human, 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 9
必要なネットワーク 時期 1999 から開始毎日すいている時で OK 帯域 < 800 Kbytes/s? < 700 GB/ 月 転送量 MBytes 時間 sec KB/s 1 月 2 日 35765 46420 770 1 月 3 日 16770 21780 770 1 月 4 日 1 月 5 日 19499 35939 25364 46627 769 771 1 月 6 日 24788 33312 744 1 月 7 日 1 月 8 日 12524 40368 16382 54595 765 739 1 月 9 日 30760 40076 768 1 月 10 日 6711 8755 767 1 月 11 日 1 月 12 日 37393 30104 49144 40338 761 746 1 月 13 日 13244 62286 213 1 月 14 日 1 月 15 日 36815 4061 49374 5372 746 756 1 月 16 日 2706 3587 754 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 10
必要なネットワーク 発生するトラフィックの概要 日米間転送ログ Jan 2005 開始時間 - 終了時間時間転送量 MB 01 19:55-02 09:44 13:49 35765 02 19:55-03 02:48 06:53 16770 03 19:55-04 03:42 07:47 19499 04 19:55-05 09:38 13:43 35939 05 19:55-06 06:02 10:07 24788 06 19:55-07 01:14 05:19 12524 07 19:55-08 12:19 16:24 40368 08 19:55-09 07:54 11:59 30760 09 19:55-09 23:05 03:10 6711 10 19:55-11 10:20 14:25 37393 11 19:55-12 07:56 12:01 30104 12 19:55-13 14:56 19:01 13244 13 19:55-14 10:24 14:29 36815 14 19:55-14 22:07 02:12 4061 15 19:55-15 21:45 01:50 2706 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 11
必要なネットワーク 日米間の増速の歴史 小西氏より ファイバ伝送容量の経験則ギルダーの法則 回線は 9 ヶ月で 2 倍 バイオデータは 3 年で 2 倍 1998.10 35 Mbps 1999.1 70 Mbps 1999.12 100 Mbps 2000.10 123 Mbps ここまでは ATM ここより下ははPOS 2001.10 1244 Mbps = 622Mbps x 2 2003.10 3110 Mbps = 2488Mbps + 622Mbps 2003.12 4976 Mbps = 2488Mbps x 2 以上は TransPACだけです 2004.8 12440 Mbps = 9952Mbps(JGN2) + 2488Mbps(TransPAC) 2004.11 22392 Mbps = 9952Mbps x 2(JGN2+SINET) + 2488Mbps(TransPAC) 2005.4 29856 Mbps = 9952Mbps x 3(TransPAC2, JGN2, SINET) 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 12
必要なネットワーク 使用しているプロトコル IPv4, TCP 現在の準備状況等? 1999 -- Australian site http://bio-mirror.au.apan.net/ joins 1999 -- Singapore site http://bio-mirror.sg.apan.net/ joins. 2000 -- Korea site http://bio-mirror.kr.apan.net/ joins. 2000 -- China site http://bio-mirror.im.ac.cn/ joins. 2001 -- Thailand site http://bio-mirror.ku.ac.th/ joins. 2001 -- Malaysia site http://bio-mirror.my.apan.net/ joins. 2004 -- New Zealand site http://biomirror.org.nz/ joins. 2004 -- Austria site http://biomirror.genome.tugraz.at/ Philippines site http://bio-mirror.asti.dost.gov.ph/ Taiwan site http://bio-mirror.ym.edu.tw/ ネットワーク屋に対する要望 要求 特になし? 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 13
必要なネットワーク データの発生場所および消費場所 関連研究者の分布状況等 韓国 日本 米国 欧州 中国 日本 米国 オーストリア 台湾 タイ フィリピン マレーシア オーストラリアニュージーランド シンガポール 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 14
実績と今後? FTP サーバ利用状況 ~Dec.2005 固定客国内外 90 機関 まだ必要? 01/17/06 bio-mirror.jp.apan.net 15