GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

BLAST クイックスタート このミニコースでは 配列相同性検索プログラムである BLAST ファミリについて実用的な紹介をしていきます その課題は単純な探索から ある特別な目的の探索を BLAST の創造的な使い方で実現するといった幅の広いものになっています 課題.1 blastn の利用 課題.1-1 プライマーでの増幅領域の特定 下に示したプライマーを用いることで増幅できる GenBank に登録されているヒトゲノムの配列を

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

Bioinformatics2

バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

Ensembl チュートリアル Ensembl はゲノム解読された真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している EMBL-EBI と Sanger Centre が共同で進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

Structure クイックスタート このミニコースでは NCBI から提供されている Cn3D を用いてどのようにタンパク質の立体構造を可視化や注釈付けを行うか さらにはタンパク質内で保存されているドメインの確認の方法 同様のドメインを持っている他のタンパク質の探索方法 3D モデリングのテンプレートとなるタンパク質の見つけ方 BLAST では認識できないような非常に離れたホモログの検出方法について学びます

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Crescent Eve ホームページ編集ソフト の使い方マニュアル 1 COPYRIGHT TempNate. ALL RIGHTS RESERVED. 2 COPYRIGHT TempNate. ALL RIGHTS RESERVED. 3 COPYRIGHT TempNate. ALL RIGHTS RESERVED. 4 COPYRIGHT TempNate. ALL RIGHTS RESERVED.

AJACS_komachi.key

Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

Nakamura

FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM 4-1 4-2 4-3 MEDSI (2003) 4-4 DOROTHYCROWFOOTHODGKIN DOROTHY--------HODGKIN MEDSI (2003) 4-5 4-6 !Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990)!

疾患遺伝子と表現型の相関関係 このミニコースでは ある疾患と その関連遺伝子について知られていることをどのように見つけ出すかその方法について学びます またタンパク質の変異体が引き起こす表現型生化学的 構造的な基礎を説明していきます 課題 このミニコースでは疾患遺伝子とその表現型の相関関係について焦点を当ててみていきます 以下の各ステップでは 文献 発現 構造情報といった NCBI のリソースがどのように疾患遺伝子に関して予想される機能的な情報を得るのにどう役立つのか

My NCBI チュートリアル このミニコースでは NCBI サイトでの PubMed 検索利用時に利用者が自分で使用方法に合わせてカスタマイズできる My NCBI と呼ばれるツールの使い方を説明しています My NCBI へのアカウントの作り方から My NCBI を使った検索式の保存方法 メールによるアラート機能 検索時のフィルタ機能の使い方を紹介しています 1. My NCBI へのアカウントの作り方

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E

MEGA 5 を用いた塩基配列解析法および分子系統樹作成法 Ver.1 Update: 2012.04.01 ウイルス 疫学研究領域井関博 < 内容 > 1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment Explorer の起動 2.2 シークエンスデータの入力 2.2.1 テキストファイルから読み込む場合 2.2.2 波形データから読み込む場合

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

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1 2 kiso1 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 AP009356 と入力 National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 13 All Databases データベースの統合検索システム主なデータベースは,PubMed ヌクレオチドシークエンスデータベース タンパク質シークエンスデータベース

ネットワークストレージ (R ドライブ ) 利 の 引き 法政 学多摩情報センター ネットワークストレージとは データをネットワーク上に保存するための個人用フォルダ ( データの置き場 ) です メモリ等の持ち運びの 間も不要で インターネットができる環境なら どこからでもデータにアクセスすることが

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Microsoft PowerPoint - プレシジョン創薬概論 P_ex_velvet.PPT

プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

目次 新規ユーザー登録... 3 初期設定... 6 (1) 特定商取引法に基づくページのURLを設定する... 7 (2) コンバージョン測定タグを設定する... 7 サイトを作成してみよう

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MoreStudy 第 6 章 MoreStudy 第 6 章 第 1 節 貼り付け 3 [ 形式を選択して貼り付け ] ダイアログから [Microsoft Excel ワークシート ] を選択し [OK] ボタンを 押します 1 Excel ワークシートで貼り付け [Pastespec] リボン

第 6 章 第 1 節 Excel と [ リンク貼り付け ] Excel のシートを AutoCAD 内に Excel ワークシートとして貼り付けます 第 2 節 Excel と [ データリンク ] Excel のシートを AutoCAD 内に AutoCAD の図形として貼り付けます MoreStudy 第 6 章 MoreStudy 第 6 章 第 1 節 貼り付け 3 [ 形式を選択して貼り付け

グーグル検索マクロの使い方

右クリックで Google! ユーザーズ マニュアル (Ver. 2.00) みんなのワードマクロ新田順也 このソフトでできること ワードを日常的に使い Google で調べものをすることが多い方 とくに様々な分野の専門的な調 べものをする方 ( ライター 翻訳者など ) 向けのソフトウェアです ワード文書を作成中に Google( グーグル ) の検索オプションを用いた特殊な検索や Google

アメブロは そのままで使えるおしゃれなテンプレートが豊富にそろっているのが特徴ですがさらにデザインをカスタマイズすることによって 見やすく集客しやすいブログにすることができます このテキストでは 2016 年 3 月にリリースされた CSS 編集用デザイン を使用して あなただけのデザインにアメブロ

このテキストについて このテキストは おもに下記の方を対象にしています Windows パソコンを使い 基本的なキーボード操作 マウス操作のできる方 アメブロを自分だけのデザインにカスタマイズしたい方 アメブロにメニューバーなどを設置して 使いやすいデザインにしたい方 本書はパソコン教室での個別学習を想定して作成されたテキストです インターネットにつながる環境が必要です テキストの作成環境 OS:

キリしていて メニューのボタンも大きくなっているので マウス操作はもちろん タッチ操作でも使いやすくなっているのが特長です アドレスバー画面上部にあるアドレスバーは インターネット検索も兼ねています ここにキーワードを直接入力して検索を実行できます 現在表示されているタブの右横にある + をクリック

Windows 10 の新ブラウザー Microsoft Edge とは なお これまでの標準ブラウザーだった Internet Explorer は Windows 10 でも残されています 互換性の問題で Microsoft Edge で表示できない Web ページがある場合に Internet Explorer で開くという使い方ができます あくまでも Windows 10 ではメインのブラウザーが

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レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目 1 ( ' ( 検索キー )''-- ( 検索キー ) and 'a'='a ( 検索キー ) and 1=1 は最低限 行うこと ) OS コマンドインジェクション 2 (../../../../../../../bin/sle

別添 1 ぜい弱性診断対象 Web アプリケーション 名称 画面遷移図 1 ヒト完全長 cdna データベース別添 3 みふぁっぷ 2 微生物遺伝子機能データベース ( MiFuP ) 別添 4 3 微生物有害性遺伝子機能データベース (MiFuP Safety) 別添 5 4 MiFuP Wiki 別添 6 5 ACM 別添 7 1 別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目

1 フリーページを表示する 1-1 フリーページのカテゴリを作成します フリーページのカテゴリの情報を入力します 1 複数のフリーページを記事のジャンルや種類で分け その見出しを入力します お店ページの左サイドバーに表示します 2 消費者が 検索エンジンで検索するであろう 記事の特長や内容をあらわす

フリーページを作成 表示する方法 < 目次 > 1 フリーページを表示する 2 1-1 フリーページのカテゴリを作成します 1-2 フリーページの記事を作成します 2 フリーページの記事を編集する 6 3 コメント トラックバックを管理する 7 3-1 コメントの掲載状態を変更します 3-2 トラックバックの掲載状態を変更します 4 フリーページのカテゴリの表示設定とレイアウトを調整する 9 このページは

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics

配列アラインメント (I): 大域アラインメント http://www.lab.tohou.ac.jp/sci/is/nacher/eaching/bioinformatics/ week.pdf 08/4/0 08/4/0 基本的な考え方 バイオインフォマティクスにはさまざまなアルゴリズムがありますが その多くにおいて基本的な考え方は 配列が類似していれば 機能も類似している というものである 例えば

配列検索　よくあるご質問

質問 Q ホモロジー検索におけるスコア値 (Score) と同一性 (Identities) の関係は? Q2 アライメント情報に表示されるハイフン (-), プラス (+), コロン (:) などの意味を知りたい. Q3 BLAST ホモロジー検索の結果で, 自分が作成した配列質問式に含めていない XXX や NNN が表示されることがあります. なぜですか? ( 低分子領域とは?) Q4 tblastn,

生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS

生物物理 45(1),41-44(2005) 立体構造比較サーバ MATRAS の使い方 1. はじめに 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科川端猛 あるタンパク質と似ている他のタンパク質を探したいとき, まず最初に試みるべきはアミノ酸配列の相同性検索であろう. しかし, 同じファミリーのタンパク質の中でも, アミノ酸配列の一致度が低くなってくると, 配列の類似性だけで議論するのには限界が出てくる.

Microsoft Word - CBSNet-It連携ガイドver8.2.doc

(Net-It Central 8.2) 本ガイドでは ConceptBase Search Lite.1.1 と Net-It Central 8.2 の連携手順について説明します 目次 1 はじめに...2 1.1 本書について...2 1.2 前提条件...2 1.3 システム構成...2 2 ConceptBase のインストール...3 2.1 インストールと初期設定...3 2.2 動作確認...3

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BricsCAD 3D モデリング このチュートリアルの流れ このチュートリアルでは BricsCADV6 Platinum にて 3D モデリングを作成し そこから図面作成迄の流れをご説明いたします 初めて 3DCAD を操作される方を対象として記述しております BricsCAD の D 作図機能をご使用されているユーザ様を対象として説明しておりますので 細かな D 作図機能の説明は省かせていただいております

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

目次 1. はじめに... 1 動作環境... 1 その他 他の人が利用する ID を発行したい... 2 ユーザー ID 作成を作成しましょう パソコンのデータを自動でアップロードしたい... 4 PC 自動保管機能を使用してみましょう 不特定多数の

Webhard 目的別ご利用ガイド 2 0 1 3 / 0 4 / 2 4 目次 1. はじめに... 1 動作環境... 1 その他... 1 2. 他の人が利用する ID を発行したい... 2 ユーザー ID 作成を作成しましょう... 2 3. パソコンのデータを自動でアップロードしたい... 4 PC 自動保管機能を使用してみましょう... 4 4. 不特定多数の会社とファイルをやりとりしたい...

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インストールする 前 に インストールが 自 動 で 始 まらない 場 合 インストール 中 またはアンインストール 中 に 下 のような 画 面 が 表 示 された 場 合 ソフトウェアのアップデートについて ソフトウェア最新版について 下記 弊社ホームページよりソフトウェアの最新情報をご確認ください ソフトウェア最新版をホームページよりダウンロードを行い お客様がお使いのソフトウェアを

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Custom TaqMan Assay Design Tool インターネットオーダー方法 20010/06/01 Custom TaqMan Assay Design Tool 1. Custom TaqMan SNP Genotyping Assays P.5 2. Custom TaqMan Gene Expression Assays P.21 3. カスタムデザインでのオーダー P.30

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7.8 Web Mail を利用する Web Mail は ウェブブラウザを介して東京都市大学のメールサーバから電子メールを送受信するものです 以下にメールの受信や送信などの基本的な使い方を説明します 第 7 章電子メール (Web Mail) 1. 利用を開始する ( ログイン ) (1) ブラウザの URL 入力欄に https://mail.tcu.ac.jp/ を入力して Enter キーを押してください

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2017 年 9 月 19 日 目次 1. ログイン... 1 2. ログアウト... 3 3. デスクトップ ( 例 :Word Excel 起動中 )... 4 4. Dock( 例 :Word Excel 起動中 )... 5 5. Finder ウィンドウ... 9 6. メニューバー ( 例 :Word 起動中 )... 10 7. 文字の入力 ( 例 :Word で入力 )... 11

Shareresearchオンラインマニュアル

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Viewer manual by SparxSystems Japan Enterprise Architect 読み込み専用版 (Viewer) 利用マニュアル 内容 1 はじめに...3 2 インストールの手順...3 3 起動の手順...6 4 Enterprise Architect のプロジェクトファイルを開く...7 5 内容を参照する...8 5.1 プロジェクトブラウザを利用する...8

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Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

初めてのプログラミング

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れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

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T-4OO admin 管理者マニュアル 2018 年 8 月 23 日改訂 目次 目次 Admin 管理者について管理者のログイン方法管理者メニュー admin 管理者メニューとはグループの設定社員データの更新 ( 個別 ) 社員データの更新 ( 一括 ) アカウント使用権利の変更管理者 ID の更新パスワード変更アカウントの割当 1 アカウントの割当 2 使用 発注履歴 P03 P04 P05

5_motif 公開版.ppt

配列モチーフ 機能ドメイン 機能部位 機能的 構造的に重要な部位 は進化の過程で保存 される傾向がある 進化的に保存された ドメイン 配列モチーフ 機能ドメイン中の特徴的な 保存配列パターン マルチプルアライメント から抽出 配列モチーフの表現方法 パターン プロファイル 2 n n n n n n n n ENCODE n PROSITE パターンの例 n C-x(2,4)-C-x(3)-[LIVMFYWC]-x(8)-H-x(3,5)-H.

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GeneArt Primer and Construct Design Tool: GeneArt Seamless Cloning and Assembly Kit 編 released 11//01 1 The world leader in serving science 目次 キットの種類と特徴 GeneArt Primer and Construct Design Tool のご使用方法

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機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

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初めてのプログラミング

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