Moodle での Jmol リソースの 使 い 方 1. 表 示 例 分 子 構 造 データファイルを 指 定 して 分 子 の 3 次 元 構 造 と 分 子 軌 道 などを 表 示 することができます 1.1. DNA PDB 形 式 データファイル 1.2. タンパク 質 の 表 示 GFP の 一 種 1
1.3. 波 動 関 数 の 表 示 -アセトアルデヒド 2. リソースの 追 加 2.1. 編 集 モードの 切 り 替 え 編 集 モード 開 始 をクリックし 編 集 モードに 切 り 替 えます 2.2. リソースを 追 加 リソースの 追 加 から 3 次 元 の 分 子 構 造 を 表 示 する を 選 択 します 2
2.3. リソースの 編 集 画 面 A. 名 称 名 前 を 入 力 します B. 要 約 短 い 説 明 を 入 力 します C. ロケーション ファイル 名 を 指 定 します ファイルはあらかじめアップロードされている 必 要 があります アップ ロードされていない 場 合 は ファイルを 選 択 またはアップロードする をクリックしてファイルをア ップロードした 後 選 択 します 3
Jmol がサポートしているファイルフォーマット ADF - Amsterdam Density Functional AIMS Argus(XML) Chem3D(XML) CASTEP CIF CML(XML) CSF CUBE FoldingXYZ GAMESS Gaussian * GhemicalMM GRO HIN Jaguar JME MDTOP, MDCRD MOL, MOL2 MOLDEN MOLPRO(XML) Mopac MopacGraphF NWCHEM Odyssey Odyssey(XML) PDB PQR PSI QCHEM SHELX Spartan SpartanSmol V3000 WebMO Wien2k XYZ XYZ+vibABINIT * バージョンによって 読 み 込 めない 場 合 もあります D. ウィンドウの 大 きさ プルダウンメニューから 表 示 ウィンドウの 大 きさを 指 定 します (ピクセル 単 位 ) E. モデルの 種 類 プルダウンメニューからモデルの 種 類 を 選 択 します 結 合 の 太 さの 初 期 値 は 0.15 A となっています 4
F. 色 指 定 の 形 式 プルダウンメニューから 色 指 定 の 形 式 を 選 択 します G. コントロールを 表 示 ウィンドウの 下 部 に 表 示 するコントロールを 指 定 します H. Jmol スクリプト 必 要 に 応 じてスクリプトを 記 入 します 一 行 に 複 数 のコマンドを 記 入 する 場 合 は ;(セミコロン)で 区 切 ってください 分 子 軌 道 や 振 動 計 算 の 結 果 を 含 むデータを 読 み 込 ませても そのままでは 構 造 だけしか 表 示 されませ ん 分 子 軌 道 や 振 動 計 算 の 結 果 を 表 示 するには スクリプトを 使 用 して 指 定 する 必 要 があります 1.3 の 図 は 下 記 のように 指 定 して 出 力 したものです Moodle 上 でリソースが 表 示 された 際 に 利 用 者 が Jmol コンソールからスクリプトを 入 力 して 指 定 す ることもできます Jmol スクリプトについては 4. 参 考 文 献 の 項 を 参 照 してください Jmol スクリプト について http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/soft/jmol/jmol-script.html Jmol interactive scripting documentation http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/ I. ウィンドウ 同 一 ウィンドウで 表 示 するかあるいは 新 しいウィンドウを 開 いて 表 示 するかどうかを 設 定 します 5
J. 一 般 モジュール 設 定 可 視 性 学 生 が 課 題 を 閲 覧 できるか 否 かを 表 示 / 非 表 示 で 設 定 します 通 常 は 表 示 のままにし ます ID ナンバー ID ナンバーフィールドは 空 白 のままでかまいません 2.4. 保 存 設 定 を 終 えたら 保 存 してコースに 戻 る または 保 存 して 表 示 する をクリックします 6
3. Jmol リソース ウィンドウの 使 い 方 3.1. 元 素 の 種 類 を 表 すのに 使 われている 色 ウィンドウ 右 下 の? ボタンをクリックすると 表 示 されるヘルプ 内 の 表 のそれぞれの 元 素 の 欄 内 にマ ウスカーソルを 移 動 すると 原 子 番 号 元 素 記 号 元 素 名 が 表 示 されます H He Li Be B C N O F Ne Na Mg Al Si P S Cl Ar K Ca Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr Rb Sr Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te I Xe Cs Ba * Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg Tl Pb Bi Po At Rn Fr Ra ** Rf Db Sg Bh Hs Mt * La Ce Pr Nd Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb Lu ** Ac Th Pa U Np Pu Am Cm Bk Cf Es Fm Md No Lr 3.2. マウスの 機 能 1 ボタン 2 ボタン 3 ボタン 及 びホイールマウスが 利 用 できます 機 能 左 ( 主 )ボタン 右 ボタン Jmol メニューの 表 示 X,Y 軸 の 回 りの 回 転 X,Y 方 向 の 移 動 Z 軸 の 回 りの 回 転 拡 大 縮 小 リセット 右 下 の Jmol のロゴをクリック または Ctrl +クリック クリック & ドラッグ Shift+ダブルクリックした 後 そのま まドラッグ Shift+クリックした 後 水 平 方 向 に ドラッグ Shift+クリックした 後 垂 直 方 向 に ドラッグ または ホイールを 回 転 分 子 の 上 以 外 で Shift+ダブル クリック クリック Ctrl+ クリックした 後 そのままド ラッグ Shift+クリックした 後 水 平 方 向 に ドラッグ(Mac では 利 用 できない) 7
3.3. ラジオボタンなどによるコントロールの 利 用 Applet ウィンドウの 下 部 に ラジオボタンなどによるコントロールが 表 示 されている 場 合 はそれ を 利 用 します 3.4. Jmol メニューの 表 示 ウィンドウ 右 下 の Jmol のロゴをクリックするかまたは Ctrl キーを 押 しながらウィンドウ 内 をクリ ックしてください 3.5. コンソールウィンドウの 表 示 Jmol メニューを 表 示 し "Console "を 選 択 してください ウィンドウ 下 部 に コンソールを 開 く ボ タンが 表 示 されている 場 合 はそれをクリックしてください スクリプトに 関 する 情 報 については 参 考 文 献 の 記 載 を 参 照 してください 3.6. 分 子 モデルの 種 類 の 変 更 Jmol メニューから Render - Scheme を 選 び "CPK Spacefill", "Ball and Stick","Sticks","Wireframe" のうちのいずれかを 指 定 します タンパク 質 などの 場 合 は Style - Structures を 選 び "Off","Backbone", "Cartoon","Cartoon Rockets","Ribbons","Rockets","Strand","Trace"のうちのいずれかを 指 定 することができます 8
3.7. 距 離 と 角 度 の 測 定 3.7.1. 測 定 結 果 を 残 さずに 値 を 表 示 させる 場 合 2 原 子 間 の 距 離 : 2. 目 的 原 子 の 上 にマウスカーソルを 移 動 させます 3 原 子 間 の 角 度 ( 結 合 角 ) 2. 2 番 目 の 原 子 をクリックします 3. 3 番 目 の 原 子 の 上 にマウスカーソルを 移 動 させます 4 原 子 間 の 角 度 ( 二 面 角 ) : 2. 2 番 目 の 原 子 をクリックします 3. 3 番 目 の 原 子 をクリックします 4. 4 番 目 の 原 子 の 上 にマウスカーソルを 移 動 させます 測 定 の 途 中 でキャンセルするには マウスカーソルをウィンドウの 枠 外 に 移 動 します 3.7.2. 測 定 結 果 を 残 す 場 合 2 原 子 間 の 距 離 : 2. 2 番 目 の 原 子 をダブルクリックします 3 原 子 間 の 角 度 ( 結 合 角 ) 2. 2 番 目 の 原 子 をクリックします 3. 3 番 目 の 原 子 をダブルクリックします 4 原 子 間 の 角 度 ( 二 面 角 ) : 2. 2 番 目 の 原 子 をクリックします 3. 3 番 目 の 原 子 をクリックします 4. 4 番 目 の 原 子 をダブルクリックします 測 定 値 の 表 示 を 消 すには Jmol のウィンドウを 再 表 示 してください 9
3.8. Slab( 厚 切 り) 機 能 - 断 面 の 表 示 Script Editor のウインドウを 開 き slab on と 入 力 し Run ボタンをクリックします 機 能 左 ( 主 )ボタン 前 から 後 から Slab を 移 動 する Ctrl + Shift キーを 押 した 状 態 で 垂 直 方 向 にドラッグする Ctrl + Shift キーを 押 した 状 態 でダブルクリックし そのまま 垂 直 方 向 に ドラッグする Alt + Ctrl + Shift キーを 押 した 状 態 で 垂 直 方 向 にドラッグする 4. 参 考 文 献 Jmol に 関 する 詳 しい 情 報 については 右 記 を 参 照 してください http://jmol.sourceforge.net コンソール ウィンドウで 利 用 できるスクリプトに 関 しては 下 記 を 参 照 してください http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=11.0 日 本 語 による 主 なスクリプトに 関 する 説 明 については 下 記 を 参 照 してください http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/soft/jmol/jmol-script.html 木 原 寛 ( 富 山 大 学 総 合 情 報 基 盤 センター) 10