FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM 4-1
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MEDSI (2003) 4-4
DOROTHYCROWFOOTHODGKIN DOROTHY--------HODGKIN MEDSI (2003) 4-5
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!Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990)! Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol., 215, 403-410.!! A new approach to rapid sequence comparison, basic local alignment search tool (BLAST), directly approximates alignments that optimize a measure of local similarity... BLAST is an order of magnitude faster than existing sequence comparison tools of comparable sensitivity. Query Library 4-7
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DDBJing 講習会 ２１ データベース検索実習２ BLAST PSI-BLAST ARSA getentry Mac: +c Win: Ctrl + c 配列をコピーします DDBJのホームページに戻って いよいよBLASTです 4-10
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DDBJing 講習会 ２１ データベース検索実習２ BLAST PSI-BLAST BLASTの結果 しばらく待って 押す 終わっていれば 結果が表示される BLASTの結果 グラフィクス表示 似ている領域と その程度 4-12
!""#$%%&&&'()*+'(,-'(+!'./0%1+"21%.34256 4-13
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!""#$%%.2(/-2'4)1)'274% 4-17
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DDBJing 講習会 ２１ データベース検索実習２ BLAST PSI-BLAST PSI-BLASTのフォーム Mac: +v Win: Ctrl + v で配列をペースト UniProt/Swiss-Prot を選択し 繰り返し回数 赤字は重要なパラメータで すが最適なパラメータは探 索する配列により異なるの で 試行錯誤が必要です 繰り返しに使う配列を選ぶ閾値 入力内容の送信を押す PSI-BLASTの結果 さらに繰り返す場合 はここで実行 ２回まわした結果 4-20
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!""#$%%"/./"0'7*),1'8#% 4-22