テーマから検索する PubMed 検索マニュアル Ⅰ 2001/04/25 改訂 : 2012/10/05 2014/09/19 1. はじめに 3. 応用的な利用方法 1-1 PubMed( パブメド ) とは? 3-1 検索結果の条件設定 (Advanced Search 1-2 PubMed へのアクセス Builder を利用した履歴検索 検索条件の指定 ) 2. 基本的な利用方法 2-1 検索語の入力 2-2 検索結果の表示 3-2 検索結果の絞り込み (Filters) 3-3 検索式の確認 (Search Details) 3-4 検索結果の出力 (Send to) RSS フィード 2-3 1 論文レコードのデータ詳細画面 2-4 論文入手のためのリンクアイコン 2-5 検索結果表示の変更 (Display Settings) 1. はじめに 1-1.PubMed( パブメド ) とは? 米国医学図書館 (NLM) 提供の MEDLINE データベースを基に OLD MEDLINE(1946-1965 遡及進行中 ) や出版社からのデータを加えた 2,400 万件を越える医学文献データベースです 日本を含む世界約 80 カ国の雑誌文献が提供されています 他にも DNA やゲノムマップなどのデータベースを含みます 無料公開データベースです 1-2.PubMed へのアクセスインターネット上からはどこからも利用できます 図書館ホームページ http://libserve.nms.ac.jp/ からリンクしている PubMed は日医大専用 URL( 下記 ) です http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?myncbishare=toshokan&otool=ijpnmslib 日医大専用 URL よりアクセスしますと 検索結果にリンクアイコン (NMS アイコン ) 表示され クリックした後の画面で雑誌や学内契約の電子ジャーナルの有無が確認できます 学内契約の電子ジャーナル本文を読むには 学内 LAN からのアクセスが必要です 1-3.PubMed の TOP ページ MyNCBI( 詳細はマニュアルⅹへ ) が サーチボックス PubMed の使い方 PubMed 各種ツール PubMed 周辺の各機能 1
2. 基本的な利用方法 2-1. 検索語の入力サーチボックスに検索語を入力し Search をクリックします スペースを入れると AND 検索 ( 両方の語を含む検索 ) になります 自動用語マッピング (Automatic Term Mapping) が働き 入力された語を論文タイトルや抄録から探すほか MeSH( メッシュ ) という MEDLINE 用キーワード集の用語に翻訳して自動的に検索が行われます 入力をすると Auto Suggest 機能により 候補語が表示され 検索語を選択すること もできます 2-2. 検索結果の表示 検索結果の初期設定は Summary 形式で 20 件ずつ 新たに収録された順に表示されます 検索語は太字です 検索結果表示の変更 検索結果の出力 検索結果レコード ( 文献情報 ) 検索結果の 絞り込み 検索式の詳細確認 タイトル 著者名 略誌名 1 関連文献 PubMed ID[ レコードの状態 ] 2 1 略誌名の部分にマウスをのせると 正式な雑誌名が表示されます 出版年月日 ; 巻号 : ページ.DOI ( 冊子体が未発行 電子版のみの文献は DOI の後に [Epub ahead of print] と表示されます ) 2
2 レコードの状態 (Status tag) について PubMed には索引付けされた MEDLINE データと 出版社からの提供データ ( 未索引 ) があります [PubMed - as supplied by publisher] 出版社が電子的なデータを NLM に提供したもの [PubMed - in process] MEDLINE に収録する予定で索引作業中のデータ [PubMed - indexed for MEDLINE] MEDLINE に収録されたデータです MeSH で検索することができます [PubMed] MEDLINE 収録対象誌ではない論文や 収録対象誌に掲載された論文であっても MEDLINE の収載基準から内容的にはずれるため MEDLINE に収録されなかった論文 [PubMed - OLDMEDLINE] 1946~1965 年までの OLDMEDLINE の論文です 遡及作業が行われています 2-3.1 論文レコードのデータ詳細画面検索結果リスト (Summary 形式 ) からタイトルをクリックし 論文 1 件のみ表示した場合は下記のような Abstract 形式になります 書誌事項のほかに 著者所属や抄録 電子ジャーナルへのリンク等が表示できます 電子リソースへのリンクアイコン MyNCBI へデータ保存 抄録 関連文献 関連情報 展開すると Publication types( 資料種類 ) や MeSH Terms ( データベース MEDLINE への統制語 ) 等の情報を確認できます レコードにより該当がない場合があります 2-4. 論文入手のためのリンクアイコン表示させたレコードの電子ジャーナル本文を表示するには 画面に表示されている日本医科大学用のリンクアイコン (NMS アイコン ) をクリックします 詳しくは PubMed マニュアルⅦ PubMed から電子ジャーナルを使う をご参照下さい 左 : 提供元電子ジャーナルへのリンクアイコン学内契約のあるタイトルと 本文無料公開の場合 本文を読むことができます 右 : 学内リソースへのリンクアイコン すべての検索結果にこのアイコンが表示されます 学内リソースへのナビゲート画面 電子ジャーナルへのリンク 3
2-5. 検索結果表示の変更検索結果の初期設定は Summary 形式 ( 書誌事項のみ ) で 20 件ずつ 新たに収録された順に表示されます Display Settings で検索結果表示の変更ができます 検索結果のうち チェックを入れたレコード 入れなかった場合は全てのレコードが対象になります 表示形式 1 ページの 表示件数 表示結果の並び替え 新しく収録された順出版年筆頭著者最終著者 論題名雑誌名 関連度 選択してから Apply をクリックします MEDLINE 形式全項目のタグ付き表示した形式 EndNote や RefWorks 等の文献管理ソフトにデータを取り込む際に選択します PMID List PubMed ID のみを表示します 3. 応用的な利用方法 3-1. 検索結果の条件設定 サーチボックスの下にある Advanced をクリックすると 検索履歴の表示とそれを使った検索 検索条件の 指定や限定などさらに進んだ検索を行うことができます a. 検索履歴を使って検索条件を掛け合わせる ( 履歴検索 ) Advanced History 検索件数が予想より多かったり あるいは少なかったりした場合 History( 検索履歴 ) を使い 検索条件の掛け合わせを行うことで 件数を調整できます 掛け合わせには AND( 論理積 ), OR( 論理和 ), NOT( 論理差 ) といった論理演算子を用います A AND B A OR B A NOT B Advanced の表示 検索ボックスの下の Advanced をクリックします 4
< 検索例 > 検索式 #1 diabetes mellitus type 2 検索式 #2 diabetes complications これらの検索式の掛け合わせ ( #1 AND #2 ) の結果を調べる Builder History 3 1 1 各検索式の Add をクリックすると 検索語が枠内に反映されます 2 さらに別の検索式の式番号 (#) をクリックすると AND(OR,NOT) in builder ( 論理演算子 ) が表示され (AND,OR,NOT) と共に Builder に自動入力されます 検索履歴 2 最後に Search をクリックします b. 検索条件を指定する Advanced Builder Author Journal MeSH Publication Type など特定の項目で絞り込むことができます Show Index list は 候補語の件数を確認することができ便利です 1 2 1 プルダウンから項目を指定し検索語を入力します 3 2 Show Index list をクリック 3 プルダウンメニューに候補語のリストが件数とともにアルファベット順に表示されます リストより選択します 4 5 4 Search をクリックします 5 Add to history をクリックすると 文献検索結果の表示を経ずに検索履歴に直接反映されて 件数だけを調べることができます 5
3-2. 検索結果の絞り込み Summary 形式の画面左側にあるフィルターを使用すると 論文の各項目 ( 資料種類 言語 年齢 性別等 ) で 限定して 検索結果を絞り込むことができます Show additional filters で項目の追加 削除もできます 論文の種類本文の有無コメントあり発行年月日ヒトか動物か本文言語性別主題サブセット年齢検索フィールド 限定したい項目を クリック チェックされた項目でフィルターに限定さ れている状態です Clear all ですべて clear でひとつずつ解除できます 3-3. 検索式の確認検索結果 (Summary 形式 ) の画面右下の Search Details では その検索がどのように行われているかを確認することができます See more をクリックすると検索式の詳細画面が表示されます 思った検索結果が得られない場合 検索式を編集 ( 追加や削除 ) して Search をクリックすると 再検索できます 拡大図 また URL アイコンをクリックすると 最近の検索式が表示され ブックマークをすることで検索の再現ができます 式番号は保存されません 6
3-4. 検索結果の出力 a. Send to 機能検索結果の文献情報 ( レコード ) を出力し さまざまな形式で保存することができます 保存したい文献をチェックし Send to をクリックすると メニューが表示されます 選ばない場合には検索結果の全データが出力対象になります なお 印刷はブラウザの印刷機能で行います ファイルのダウンロード データの一時保存 USB メモリなどへ出力できます をクリックして Format で保存形式 Sort by で並び順を選択します 文献管理ソフト (EndNote や RefWorks など ) へ取りこむときは MEDLINE 形式を選択します 検索結果を一時的に保存し 最後にまとめて印刷 保存することができます (8 時間 500 件まで ) 文献管理ソフトに保存 メール送信 文献管理ソフト (EndNote や RefWorks 等 ) にデータを保存できます コレクション作成 メール送信することができます 1 をクリックして 表示形式 ソート順 文献数 が設定できます 上限は 200 件です Abstract 形式では チェックボックスにチェックすると MeSH や Publication Type を送信することができます 自著の文献管理 MyNCBI のアカウントが必要です 詳しくは PubMed マニュアル X (My NCBI) をご覧ください 2 E-mail の宛先を入力し Subject に主題を入力し E-mail をクリックします 7
b. RSS フィード 2001/04/25 改訂 : 2012/10/05 2014/09/19 検索式を再現し 設定した期限で検索結果を得ることができます ( 利用するには RSS リーダーのインストールが必要です Internet Explorer の ver.7 以降は RSS 搭載です ) 検索ボックス下の RSS Feed をクリックします RSS Settings で表示件数 タイトルを入力し Create RSS をクリックします XML をクリックして表示された URL をコピーし RSS リーダーに登録します 表示の一例 参考文献 岩下愛, 山下ユミ. 図解 PubMed の使い方 : インターネットで医学文献を探す. 第 6 版. 東京 : 日本医学図書館協会 ;2013. 東京大学医学図書館 PubMed の使い方 (2014.4) http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf 8