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みそらよしなが
7 years ago
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1 西山慧子 * 伊藤貴之 ** (*) お茶の水女子大学大学院人間文化研究科 (**) お茶の水女子大学理学部情報科学科 {nishy, itot}@itol.is.ocha.ac.jp 1. NA [1] A B C E F B,E 1 A, 1 A,B,E B E C,F 1 1 A 2 3 C,F A C F

E-mail : {nishy, itot}@itol.is.ocha.ac.jp 1.

2 {B,E},{},{C,F} 3 A 2 1 A B E C,F [2] [3] [4] (tree) Hyperbolic Tree[5] Cone Tree[6] 3

3 Tree-Maps[7] 2 3 [8] 2 [9] [10] [11] [12] 3 [13] (1) (2) (1) [13] (2) 3 GUI M N 4 m 種類の n 個の遺伝子のうちマイクロアレイ発現率傾向の近いものデータ要素と階層 n 個のネットワーク遺伝子マトリクス型データ階層型データ 4 Cluster 3.0[14] 5( ) k 1 k 9 5( ) S 1,S 2 2

4 5( ) 2 nodea, nodeb m nodea A={a 1, a 2,...a m } nodeb B={b 1, b 2,...b m } nodea node r r d d d = 1.0 (1) max A,B 2 m ( ai bi i= 1 = ) 2 (2) max d Cluster3.0[14] 8 S2 k1 k4 7 6 k2 k5 5. ( )( ) 5 k3 4 S k8 k6 k9 k1 k2 k3 k4 k5 k6 k7 k8 k9 0 1 rij k7 r

5 マルチドメインの可能性のある遺伝子同士が複雑に絡み合ったネットワークであるといえる図 7,8 は本手法により注視ノードと相関性の高いノードを 3 次元的に引き上げた結果画像である図 8(左)の注視ノードを引き上げていない画像ではどのノードが注視ノードとエッジ連結されているのか一目には理解しにくいそれに対して図 8(右)では注視ノードを引き上げることにより注視ノードとエッジで連結されたノードを一目瞭然に発見できるこれらの結果画像よりネットワークの注視部分を 3 次元的に引き上げることによりノード間の連結関係が理解しやすくなると言える図 6 本報告を用いた注視ノードが一つの実行例 4.2 既存ソフトウェアとの比較図 9 平安京ビューにおける表示結果図 7 注視ノードを１段階引き上げた表示画像マイクロアレイデータから得られる遺伝子発現率情報の可視化ソフトウェアの中の多くはノード間の相互関係をエッジで結ぶ古典的なネットワーク 2 次元可視化手法や TreeView[15]と呼ばれるクラスタリング結果の可視化手法を搭載しており遺伝子分析に携わる多くの研究者がこれらを利用している以下これらの手法に対する提案手法の優位性について論じるまず前者の方法では発現率の相関性の高いノードをエッジで結んで表示する事から遺伝子間の関連性は一目瞭然であるしかし一画面に表示するノード数は数十数百程度に留まっているまたクラスタリング結果を同時に表示してはいないそれに対して本手法図 9 参照には図 8 左注視ノードを引き上げてない結果画像右注視ノードを引き上げた結果画像整然と構造化された形で遺伝子群を表示する数千数万といった膨大な量の遺伝子の分布の全貌を一画面に一括表示できるまた図 6 を詳しく調べてみると所定の色紫で表示されたノードを両端とするエッジが多く存在していることが解るこのことより図 6 に示す遺伝子ネットワークはといった点で利点があると考えられる続いて後者の TreeView はＮ個の遺伝子に関する発現率をＮ N のマトリクスデータとして表現するこの手法は全ての

2 既存ソフトウェアとの比較図 9 平安京ビューにおける表示結果図 7 注視ノードを１段階引き上げた表示画像マイクロアレイデータから得られる遺伝子発現率情報の可視化ソフトウェアの中の多くはノード間の相互関係をエッジで結ぶ古典的なネットワーク 2 次元可視化手法や TreeView[15]と呼ばれるクラスタリング結果の可視化手法を搭載しており遺伝子分析に携わる多くの研究者がこれらを

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Microsoft Word - GraphLayout1-Journal-ver2.doc

Microsoft Word - GraphLayout1-Journal-ver2.doc ÕÒÖÎ ÆÉ ÐÖÔÒ Ñ ˆ e Ê j ÉÏÏÔÐÏÒuu ËÊ o y * ÎÏ Ó ÏÕ( ) (* É ) An Improvement of Force-directed Hierarchical Graph Layout And Its Application to Web Site Visualization Jun DOI Takayuki ITOH IBM Research,