MS Workbook Suite Tutorial

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1 ACD/MS Workbook Suite Version 2012 for Microsoft Windows Tutorial ACD/MS Workbook Suite Tutorial i

2 目次 目次 1. ACD/Spectrus Processor の基本 ACD/Spectrus Processor の起動 ファイル関連付けの設定 Open Data Panel の操作 お気に入りフォルダの追加 Workflow bar の操作 Workflow bar でのアイコンのカスタマイズ Raw データの読み込み スペクトル表示のプリファレンス 拡大 縮小 Preprocessing オプション LC/UV/MS データの処理 解析 Processor ウィンドウの構成 (LC/UV/MS) 手動ピーク ピッキングと積分 目的成分の確認 構造式の貼り付け 目的成分の確認 クロマトグラムへの帰属 平均 MS スペクトルの切り出し MS スペクトルの帰属 フラグメント自動帰属 帰属結果の転送 フラグメント予測単体での実行 レポートの作成 標準的なレポートの作成 テンプレートを利用したレポートの作成 レポート テンプレートの作成 Report Template モードへの切り替え テンプレート オブジェクトの挿入 表示プリファレンスの設定 テンプレート オブジェクトの配置 レポート テンプレートの保存 IntelliXtract LC-MS の代謝物追跡 複数のコンポーネント比較 データベースへの登録 ACD/MS Workbook Suite Tutorial 2

3 目次 5.1. クロマト -MS データの DB 登録 クロマト -MS データの DB の閲覧 ACD/MS Workbook Suite Tutorial 3

4 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.1. ACD/Spectrus Processor の起動 Spectrus Processorの起動手順は以下の通りです 1. Windowsを起動します 2. Spectrus Processor アイコンをダブルクリックします 又は Windowsタスクバーのスタート>プログラム>ACD/Labs 2012をポイントし Spectrus Processor アイコンを選択します 又は ACD/Labs 製品をインストールしたフォルダ ( デフォルトではC: Program Files ACD2012) から SPECTRUS.EXE をダブルクリックします 3. スプラッシュ画面表示後 Processor 画面が表示さます 4. 初めてSpectrus Processorを起動した場合には 使い方が確認できるGetting started with ACD/Spectrus Processorダイアログボックスが表示されます 毎回以下のダイアログボックスを表示させたくない場合には 右下のDo not show at startupにチェックを入れてからダイアログボックスを閉じます Tip 一度非表示にしたGetting started with ACD/Spectrus Processorダイアログボックスを再び表示させるには HelpメニューからGetting Started を選択します 表示されたGetting started with ACD/Spectrus ProcessorダイアログボックスのDo not show at startupの選択を解除します 動作環境 およびインストール / アンインストールについてはソフトウェア付属のドキュメントをご覧ください ACD/MS Workbook Suite Tutorial 4

5 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.2. ファイル関連付けの設定 ファイルをダブルクリックすることで 自動的にACD/Labsにて開くように設定するには ファイル関連付けを設定する必要があります 1. FileメニューからFile Association を選択します File Association ダイアログが表示されます 2. 自動的にACD/Labsから開くことができるファイルの拡張子とファイルタイプのリストが表示されます 関連付ける種類にチェックを入れYes をクリックします 又は 関連付けが必要でない場合にはチェックボックスを空欄にし No をクリックします Note Windows NT ではファイルの関連付けを変更するには権限が必要です 権限を持たないユーザ ーで行った場合には警告メッセージが表示されます その際にはシステム管理者 (administrator) とご相談ください Windows Explorerから以下のようにして変更することも可能です 1. Windows Explorer を開き 関連付けされている拡張子を持つファイルを選択します 2. SHIFTを押したまま右クリックし ローカルメニューから プログラムから開く を選択します 3. ファイルを開くために使用するプログラムを選択し この種類のファイルを開くときは選択したプログラムをいつも使うにチェックを入れます 4. OK をクリックし Windows Explorerを閉じます 1.3. Open Data Panel の操作 Open Data Panel は次のような構成になっています Recent files 過去に使用したファイルの一覧が表示されます All files PC 内のすべてのフォルダがツリー形式にて表示されます をクリックすると ツリーを展開することができます その他 自身で設定したお気に入りフォルダが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 5

6 1. ACD/Spectrus Processor の基本 お気に入りフォルダの追加 1. お気に入りフォルダを追加 設定するには All files エリアにてお気に入りに指定したいフォルダを選択 し フォルダ右に表示される星印 をクリックします 2. 星印が選択されたフォルダはお気に入りフォルダとして Open Data Panel に表示されます Tip お気に入りフォルダから削除したい場合には フォルダ名の右の星印をクリックして選択を解除 します 3. お気に入りフォルダをポイントするとが表示されます このボタンをクリックすることで フォルダ 内を表示 / 非表示することができます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 6

7 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.4. Workflow bar の操作 今回のバージョンから 基本的な操作は Workflow bar から行うことが可能となりました Workflow bar はアク ティブなスペクトルによって若干異なりますが ほぼ統一されたデザインとなっています <1D NMR> <LC/MS GC/MS> デフォルトでは Workflow barに全てのアイコンは配置されていません 作業フローにあわせて アイコンの表示 / 非表示を自由にカスタマイズすることが可能です Workflow barでのアイコンのカスタマイズ 1. Workflow barの空いている個所を右クリックします 2. 表示されたショートカット メニューからShow/Hide Buttonsを選択します 3. 表示 / 非表示可能なアイコンの一覧が表示されるので Workflow Bar に配置したいアイコンを選択します 選択されたアイコンの左にはチェックマークが表示され チェックマークの付いたアイコンのみが Wortkflow bar に表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 7

8 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.5. Raw データの読み込み データを開くには Open Data Panelから目的のスペクトルデータをWork Spaceへドラッグ & ドロップします ファイルをドラッグ & ドロップした時 選択したファイルのみインポートされます フォルダを そのフォルダに含まれる全スペクトルが一括してインポートされます 本チュートリアルでは 4-クロロビフェニルのGC/MSスペクトル (EXAMPLES spectrus MULTI A_6-AMINO-1_3-DIMETHYLURASIL A-INSTR1-A.RAW) を利用して機能を紹介していきます 1. Open Data Panel にて Examples フォルダをポイントし をクリックします 2. 先のフォルダ (EXAMPLES spectrus MULTI A_6-AMINO-1_3-DIMETHYLURASIL A-INSTR1-A.RAW) を フォルダごとワークスペースへドラッグ & ドロップします フォルダをドラッグ & ドロップ Tip Workflow バーの できます をクリックすることで Open Data Panel の動作をさらに設定することが ACD/MS Workbook Suite Tutorial 8

9 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.6. スペクトル表示のプリファレンス Preferences ダイアログボックスからProcessorウィンドウに読み込まれたスペクトルの表示方法について設定できます 1. このダイアログボックスを表示する為に Options メニューから LC/UV/MS Preferencesを選択します 2. 必要な設定をし OKをクリックします 1.7. 拡大 縮小 スペクトルの解析作業でピークをより詳しく観察するためにスペクトルの領域を拡大することが良くあります ACD/Spectrus Processorには様々な拡大ツールが搭載されています この拡大機能は以下の表に示すようにViewメニューやGeneral tool barから操作可能です 先ほど開いたFIDでこれらのコマンドを練習してみましょう Command Function Shortcut Horizontal Zoom 水平方向に拡大します 拡大したい範囲をワークワークスペース上スペース上でドラッグ選択します CTRLキーを押しながら選択すると開始点を中心に選択できます この拡大ツールが有効な時にクリックするとクリックした点を中心に3 倍に拡大します Workspace にて右ク リック ACD/MS Workbook Suite Tutorial 9

10 1. ACD/Spectrus Processor の基本 Rectangular Zoom Manual Zoom 選択した矩形をワークスペース全体に拡大します 拡大したい領域をドラッグ選択します ドラッグ選択する際にCTRLキーを押しながら選択すると選択開始点を中心とした矩形で選択できます この拡大ツールが有効な時にクリックするとクリックした点を中心に3 倍に拡大します 表示したい領域をダイアログ内に数値入力 workspace にて CTRL+ 右クリック Zoom Out 拡大表示をすべて解除 Zoom Undo 最後に行った拡大操作をキャンセルし 前の状態に戻します Vertical Zoom > Fit Spectrum Vertical Zoom > Increase Vertical Zoom > Decrease Vertical Zoom > Zoom Out 表示領域を縦方向に表示されているピークの最も大きいものに併せて拡大表示領域を縦方向に拡大表示領域を縦方向に縮小縦方向の拡大を解除 CTRL+PAGE UP PAGE UP PAGE DOWN CTRL+PAGE DOWN 拡大操作の練習後 Zoom Out をクリックしてデフォルト表示に切り替えてください Tip View メニューにあるZoom Undo と Zoom Redo コマンドから 拡大に関する変更を元に戻すことや やり直すことが可能です Note スペクトル上を右クリックした際の動作 ( コンテキストメニュー またはHorizontal Zoom) は 自身の使いやすい方を設定することが可能です 設定を変更するには Optionsメニューから Common Preferences を選択します 表示されたCommon Preferencesダイアログボックスの Mouseタブにて変更します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 10

11 1. ACD/Spectrus Processor の基本 1.8. Preprocessing オプション Preprocessing オプションから スペクトルをインポートした際に自動で適用させたい処理を予め設定してお くことが可能です 設定するには以下のように行います 4. Workflow バーのをクリックし 表示されたメニューから Preprocessing Options を選択しま す 5. 表示された Preprocessing Options ダイアログボックスにて自動で適用させたい処理を設定し OK をクリ ックします 今回は上図のように設定されていることを確認します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 11

12 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2.1. Processor ウィンドウの構成 (LC/UV/MS) Spectrus Processor にて LC/UV/MS データをインポートした際には 以下のようにウィンドウ構成が LC/UV/MS データに合わせて自動的に変更されます Menu bar Work Space LC/UV/MS Legend UV スペクトル 平均スペクトル MS スペクトル Table of Components Workflow bar 2.2. 手動ピーク ピッキングと積分 LC/UV/MS データを読み込んだ際に 自動的に各クロマトグラム (TAC TIC(+/-)) に自動的にピーク ピ ッキングが適用されます 目的のピークがピッキングされていない場合や 不要なピークがピッキングされて いる場合には 以下のようにしてピークを追加 / 削除することができます 1. Workflow ba にて Peak by Peak をクリックし ピークピッキング モードを On にします 2. 目的の TAC TIC(+/-) 上にマウスカーソルを移動し スペクトル上をポイントします 3. 下図のように ポイントされたピークがハイライト表示された状態で クリックします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 12

13 2. LC/UV/MS データの処理 解析 4. ピークがピッキングされ 積分範囲がオレンジ色で表示されます 5. 積分範囲を修正するには 積分範囲の境界線にマウスポインターを合わせます マウスポインターが に変更されるので その状態でドラッグすることで任意に設定できます 2.3. 目的成分の確認 LC/UV/MS データから目的成分を確認するには LC/UV/MS データに構造式を貼り付けるだけで簡単に確認す ることができます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 13

14 2. LC/UV/MS データの処理 解析 構造式の貼り付け LC/UV/MSデータへ構造式を貼り付けるには Table of ComponentsのStructureカラムにて操作します このカラムからは3 種類の操作が可能です Paste クリップボード経由で構造式をStructureカラムに貼り付けることができます ACD/ChemSketchやChemDrawなど他社ソフトで作図したい場合に利用できます Draw Spectrus Processor 上で構造式が作図可能なShemical Structureウィンドウが表示されます Load すでに作図した構造式ファイルを読み込むことができます ChemSketchにて対応しているファイルフォーマットを読み込むことが可能です Tip 構造式をファイル (ACD 形式, Molファイル, ChemDraw 形式 ) で保存している場合には それらファイルを直接スペクトル上へドラッグ & ドロップすることでも Loadと同じ操作が行えます Tip 構造式ファイルに複数構造式が含まれていた場合には 全ての構造式を一度に貼り付けることが可能です 目的成分の確認構造式を貼り付けることにより Table of Componentsの他のカラムも自動的に計算されます MS Matchカラムでは貼り付けた構造式から計算される同位体パターンとインポートしたLC/UV/MSデータを比較し 貼り付けた構造式がデータ中に存在する可能性を判断しています また 貼り付けた構造式に対応するマスクロマトグラム (+/-) も自動的に計算 表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 14

15 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2.4. クロマトグラムへの帰属 入力した構造式とクロマトグラム ピークを帰属することが可能です 帰属しておくことで 高度なレポートを簡単に作成することが可能となります 1. Table of Componentsから帰属したい行のtR(min) カラムから 帰属先のピークまでドラッグします 同位体パターンの一致するピークは緑色にハイライト表示されます 2. 帰属されtR(min) にはそのピークのリテンションタイムが入力され またクロマトグラム上のピークはMS Matchと同じ色でハイライト表示されます 3. 同時に 帰属されたピークの平均スペクトルも自動で計算 表示されます 2.5. 平均 MS スペクトルの切り出し 自動的に計算された平均 MS スペクトルを切り出すことで 構造式と平均 MS スペクトルピークとの手動帰属が 可能となります 1. LC/UV/MS Legend にて切り出したい平均 MS スペクトルを右クリックします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 15

16 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2. 表示されたショートカット メニューから Extract Spectrum を選択します 別ウィンドウにて平均スペ クトルが表示されます Tip 同様の方法で UV スペクトルを切り出すことも可能です ACD/MS Workbook Suite Tutorial 16

17 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2.6. MS スペクトルの帰属 切り出した平均 MS スペクトルに対しては 構造式との手動帰属を行うことが可能です 手動帰属は以下のよ うに行います Note Spectrus Processor では MS スペクトルの手動帰属のみ可能です 自動帰属を行うには 上位機 種となる MS-ID Workbook が必要となります 1. 構造式を添付するために Workflow BarにてDraw Structure をクリックします Chemical Structure ウィンドウが表示されます 2. Chemical Structureウィンドウにて目的の構造式を作図します 作図した構造式はスペクトル上にも表示 されます 3. Workflow bar にて Assignment をクリックし 帰属モードに切り替えます Manual Assignment ダイアログボックスが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 17

18 2. LC/UV/MS データの処理 解析 4. 構造式上をドラッグし 帰属したいフラグメントを選択します 5. 選択したフラグメントが構造式上にて赤くハイライト表示され 対応するピークが観測されている場合に は Manual AssignmentダイアログボックスにてAssign Fragment ボタンがアクティブにな ります 6. Assign Fragmentボタンをクリックすることで 帰属処理が適用されます 7. 自動的にTable of Fragmentが表示され 帰属結果がこのテーブルに格納されていきます 8. 続けて帰属処理を行うには2~4の操作を繰り返します 9. 帰属処理を終了するには 再度 Workflow bar にて Assignment をクリックします 2.7. フラグメント自動帰属 ACD/Spectrusは 構造をフラグメント化して 提案された構造フラグメントとスペクトル上のMS 値との相関関係を自動的にFragments Tableへ登録します 1. スペクトルへ構造式を貼り付けます ( 本資料では ACD_HOME Examples SPECMAN MASS MASS.ESPを使用しています ) ACD/MS Workbook Suite Tutorial 18

19 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2. Options Mass Accuracy メニューコマンドを選択し Mass Accuracy ダイアログボックスを表示します Assignment ボックスの値が適切な値になっているか確認し OK をクリックします ( 標準では 0.5Da と なっています ) 3. Assignment Options ボタンをクリックするか Analysis Assignment Options メニューコマンドを 選択します Auto Assignment Options ダイアログボックスが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 19

20 2. LC/UV/MS データの処理 解析 設定項目の詳細については MS_AutoAssignment_Settings_V2012_J.docx をご確認ください 4. をクリックし 処理を実行します Table of Fragments パネルが表示され 帰属されたフラ グメントリストが表示されます 5. ボタンをクリックし ダイアログボックスを閉じます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 20

21 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2.8. 帰属結果の転送 自動帰属 手動帰属したフラグメント情報を別のスペクトルへ転送できます 1. スペクトルを取り込みます 本資料では ACD_HOME Examples SPECMAN MASS MASS1.ESP, MASS2.ESP を使用します 2. MASS1.esp には構造式が貼り付けられています 先の手順のように自動帰属を実行します 3. Workflow バーの Interpret グループの Assignment:transfer をクリックします Select Assignment Transfer Targets ダイアログボックスが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 21

22 2. LC/UV/MS データの処理 解析 4. 現在転送先として選択可能なスペクトルが表示されています MASS2.ESP が選択されていることを確認 し OK をクリックします 5. スペクトルを MASS2.esp に切り替えます フラグメント情報がコピーされていることが確認出来ます 2.9. フラグメント予測単体での実行 帰属されなかったピークに対して考察を行う際には フラグメント予測を単体で実行し 予測結果から研究者自身の考察を加えてフラグメントを決定することが有効です 1. 構造式が表示されているStructureパネルにて右クリックし 表示されたショートカット メニューから Run MS Fragmenterをクリックします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 22

23 2. LC/UV/MS データの処理 解析 2. 予測されたフラグメントをすべて表示する MS Fragmenter 画面に切り替わり 予測結果が表示されます 3. 画面右下の予測フラグメントの質量数にチェックをいれることで その質量数のフラグメントまでのパス ウェイのみに絞り込むことができます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 23

24 3. レポートの作成 3. レポートの作成 ここでは 2.7 にて帰属を行った MS スペクトルを利用します General ツールバーにて Horizontal Zoom をクリックします レポートにしたい範囲が含まれるようにス ペクトルを拡大表示しておきます 3.1. 標準的なレポートの作成 1. Workflow bar にて Report: Auto をクリックします 2. ChemSketch 画面に自動的に切り替わり 標準的なレポートが ChemSketch 上に表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 24

25 3. レポートの作成 3. 標準的なレポートへ出力する情報を指定するには Workflow bar の Report エリアにある をクリックし Report Setup を選択します 4. 表示された Report Page Setup ダイアログボックスの Spectrum タブで レポートに出力する範囲をスペク トル全体か 部分か ( あるいは両方 ) を選択します 5. Show タブではレポートに出力する要素を選択します 6. 必要な変更を行い OK をクリックします ChemSketch ウィンドウに切り替えられ レポートが作成され ます 7. ChemSketch ウィンドウの General ツールバーにて Full Page をクリックするとページ全体が表示され ます これはページ全体を確認する際に便利な方法です ACD/MS Workbook Suite Tutorial 25

26 3. レポートの作成 3.2. テンプレートを利用したレポートの作成 Spectrus Processorモジュールからテンプレートを利用してレポートを作成することができます 言い換えればChemSketchウィンドウ上でレポート テンプレートを作成することができ そのテンプレートを保存することで その後のレポートの作成時にテンプレートとして利用することができます 本資料では MS を例に説明していますが その他の手法についても同様の操作となります 1. 初めに 出力したいテンプレートを予め指定しておく必要があります Workflow barのreportエリアにある をクリックし Set Template を選択します レポート テンプレートの作成方法に関する詳細は続く Section4.2.1 をご覧下さい 2. Specify Report Templates(LU/UV/MS) ダイアログボックスのAdd をクリックし テンプレート ファイルを選択します ここではCHROM&CURRENTMS.SK2を利用します このファイルは ACD2012 EXAMPLES SPECMAN MASSフォルダにあります OKをクリックしダイアログボックスを閉じます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 26

27 3. レポートの作成 3. 再度 Workflow bar の Report エリアにある をクリックし Report から By Template を選択し Template か ら使用するレポート テンプレートを選択します その後 Workflow bar の Report をクリックすると ChemSketch ウィンドウに切り替わり テンプレートに則ってレポートが表示されます レポート テンプレートの作成レポート テンプレートを作成することで 繰り返しレポートを同じ形式で簡単に作成することが出来ます この様なレポート用のテンプレートは ACD/ChemSketchにて作成することが可能です テンプレートは スペクトル関連製品意外にも 物性値予測製品など多くのACD 製品にて同様にご利用いただけます レポート テンプレートはテンプレート オブジェクト ( 又はたんにオブジェクト ) と呼ばれるSpectrus Processorのアイテム (spectrum, table, chemical structure 等 ) やその他アイテム (text label) が帰属された物から構成されており また テンプレート オブジェクトではそれらアイテムの表示方法に関する情報も保持されています テンプレート オブジェクトの大部分は 対応するモジュールのSpectrus Processorのプロパティに関連しています もし テンプレート オブジェクトに対して異なるIDが割り振られている場合 それらは異なるSpectrus Processorのドキュメントを参照します IDが割り振られていない場合には テンプレート中の全てのオブジェクトは同一のドキュメントを参照します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 27

28 3. レポートの作成 Report Template ツールでは 複数のオブジェクト (tables, graphs, parameters, structures 等 ) を複数ページにわたって配置することも可能です 自社のロゴ ( ビットマップ ) を挿入することも可能です ( 挿入方法についてはReport Template Helpをご覧下さい ) さらに テンプレートを用いたレポートでは オブジェクトをダブルクリックすることで表示される各オブジェクト パネルから 手軽にスタイルを変更することが出来ます 1 Report Template モードへの切り替え 1. ChemSketchには構造式を作図する為のStructureモードとその他の図形を作図する為のDrawモードがあります この作業を行うにはChemSketch 画面右上のDrawモードが選択されていることを確認します 2. 左に表示されているツールバーにてReport Template をクリックします カーソルが切り替わります レポート テンプレートには様々な情報を指定することが出来ます 以下にその方法の一例をあげて説明します 2 テンプレート オブジェクトの挿入 1. Report Template モードにて ワークスペースの右端からドラッグし 最初のテンプレート オブジェクトのサイズを指定します Note ボックスのサイズは後から変更できるため この段階でサイズを細かく調節する必要はありま せん 2. マウスボタンを離すと ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスが表示されます Template Type リストには COMMON の他に現在インストールされている Spectrus Processor モジュールが表示さ れています 選択された Template Type によって Objects リストは異なったものが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 28

29 3. レポートの作成 Note 選択した Template Type は ChemSketch 上のオブジェクトに表示されます 3. ここでは Chromatogram と MS モジュールを例に説明します ( 両モジュールをお持ちでない場合には 適 宜 読み替えてください ) Template Type リストにて Mass を選択し Objects リストでは Chromatogram を選択します ワークスペース上のオブジェクトが変更されます ID ボックスでは "1" を指定します Note Spectrus Processor のドキュメントへ ID を割り当てる方法については Report Template Help の How to create a template based report をご覧下さい Report Template Help は ChemSketch Help と Spectrus Processor Help に含まれています 4. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにて OK をクリックします ダイアログボックスは閉じ ますが Report Template モードは終了しません 5. 先に作成したオブジェクトの右側をドラッグして 同じサイズのテンプレート オブジェクトを再度挿入します ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスが表示されます 6. Template Type リストにてMassを選択し Objects リストではSpectrumを選択することで クロマトグラムスペクトルを割り当てます このスペクトルは先に作成したオブジェクトとは異なるドキュメントを参照する必要があるので 異なるIDを割り当てる必要があります IDボックスに "1" を入力します Note ID のみ異なる同一のオブジェクトを 2 つ挿入すると 2 つのドキュメントからの同一タイプの異 なるスペクトルを 2 つ表示することが出来ます 3 表示プリファレンスの設定 1. クトマトグラムスペクトル表示のパラメーターを設定するために Settings をクリックしま す ACD/MS Workbook Suite Tutorial 29

30 3. レポートの作成 Note ChemSketch Template ダイアログボックスにてSettings をクリックすると 現在アクティブなテンプレート オブジェクトに対応するダイアログボックスが表示されます テンプレート オブジェクト毎に表示されるダイアログボックスは異なります 各モジュールに対応するSpectrum Template ダイアログボックスを開いた際にも ダイアログボックスの内容は異なります しかしながら それらダイアログボックスには 各モジュールのPreference ダイアログボックスと同じオプションを含んでいます オプションに関する詳細は Helpをご覧ください 2. ここでは 各モジュールに共通する設定を行います Spectrum Region エリアにて Whole Spectrumを選択します これにより 挿入されるスペクトルは テンプレートの設定に基づいて出力されます Note Spectrum Region を設定した場合には 拡大した領域のみ出力されます 3. 必要に応じて View や Peaks タブにて設定を行います 4. OK をクリックし 変更を適用します 5. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにてOKをクリックします ダイアログボックスは非表示となりますが Report Template モードは終了しておらず テンプレート オブジェクト (MS Spectrum ) も選択されたままとなっています 6. 始めに挿入したテンプレート オブジェクトをダブルクリックし ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスを表示します Objects リストにてChromatogramオプションが選択されていることを確認します 次に クロマトグラムスペクトルに関する表示プリファレンスを設定するために Settings をクリックします Chromatogram Template ダイアログボックスが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 30

31 3. レポートの作成 7. Peaks タブをクリックします 8. Positionエリアにて ピーク ラベルの表示形式について設定するために Near Peakを選択します Orientation エリアではVerticalを Decimal Placesには 2 を設定します Note ピーク ピッキングされていないスペクトルを出力した際には ピーク ラベルは表示されません また 他のオプション (integrals, multiplets, curves ) についても同様のことが言えます 9. Chromatogram タブをクリックします Chromatogram Region エリアにて Whole Chromatogram を設定します さらに TIC チェックボックスを選択します 10. 自身のモジュールと関連するダイアログボックスの他のタブ中の設定も確認します 詳細については Help をご覧ください 必要なオプションを設定後 OK をクリックしてオプションを適用します 11. ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにて OK をクリックし ダイアログボックスを閉じます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 31

32 3. レポートの作成 12. Report Template ツールを選択し 構造式を挿入するために Mass テンプレート タイプの Chemical Structure オブジェクトを挿入します このオブジェクトに対しては ID=1 を設定します ACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにて Settings をクリックし 構造式の表示 をカスタマイズします 13. Base Font エリアにて 構造式を表示する際のフォント サイズ 表示色を設定します Bond Color ボックスのカラー パレットをクリックし 結合の表示色を選択します Show Atom Numbers チェックボックスを選択し Number Font Styleにて原子付番に使用するフォントを設定します OKをクリックし 両ダイアログボックスを閉じます 14. もう一つオブジェクトを追加します Massタイプにて Chromatogram Parameters (ID=1を設定) を挿入 します Settings をクリックし このオブジェクトの表示設定は次のように設定します 15. Parameters Template ダイアログボックスのFields タブでは 表示するパラメーターの種類と表示順を指定します ダイアログボックス上部のSelect Fields オプションを選択し Comment, Date, File Name, Mobile Phase 以外のチェックボックスを全てクリアします これにより 選択されたもののみレポートに出力されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 32

33 3. レポートの作成 Note All Fields オプションを選択した際には 現在のスペクトルにて利用可能なすべてのパラメータ ーがレポートに挿入されます Move Up と Move Down ボタンを使 用することで表示順を変更することが可能です 16. Styles タブをクリックし 各パラメーター間に罫線を挿入するために Show Borders チェックボックス を選択します フィールド名を表示するにはShow Names チェックボックスを選択し また One Column チェックボックスを選択すると 同一カラムにてパラメーターを表示します 17. 両ダイアログボックスにてOK をクリックします 18. 次に テンプレートの作成者を挿入してみます Report Template ツールが選択されていることを確認し Section 13.4のようにして テンプレート下部に細長い長方形を挿入します 表示されたACD/ChemSketch Template ダイアログボックスにて Template Type リストではCOMMON を Objects リストでは Formatted Text を選択します Settings をクリックします 19. Formatted Text Template ダイアログボックスが表示されます このダイアログボックスから このテン プレートを用いて作成された全てのレポートで共通表示するテキスト情報を追加することが出来ます 例 えば " このテンプレートは 練習の為に作成しました " などと入力します さらに Insert ボタン ACD/MS Workbook Suite Tutorial 33

34 3. レポートの作成 をクリックし自動的に入力される情報 (current date, time, page number, any other user defined label) を設定します 表示される Select Field ダイアログボックスにて Name リストから Date を 選択し OK をクリックします フォント等も指定することが可能です Note Formatted Text Template ダイアログボックスの右上にある Alignment ボタンでは 横位置 縦位置 の設定が可能です この位置はテンプレート オブジェクトの 枠が基準となります 以下のようなテンプレートが作成されます 4 テンプレート オブジェクトの配置 全てのテンプレート オブジェクト挿入後 オブジェクトの位置や大きさを変更する必要があるかもしれませ ん 1. Select/Move/Resize ツールに切り替えます 2. 位置やサイズを変更したいオブジェクトを選択します 3. テンプレート オブジェクト内をポイントすると Move ポインタが表示されます この状態でドラッグすることでオブジェクトの位置を移動することが出来ます 4. ノードをポイントすると Resize ポインタが表示されます この状態でドラッグすることでオブジェクトのサイズを変更することが出来ます 上記のようにし テンプレートの体裁を整えます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 34

35 3. レポートの作成 5 レポート テンプレートの保存テンプレートを用いてレポートを作成するには 準備したレポート テンプレートを *.sk2 形式にて保存する必要があります 1. File メニューからSave As を選択し Save Document As ダイアログボックスを表示します 保存先とファイル名を指定します Tip 保存する前にテンプレートを試用したい場合には ChemSketchのタイトル バーにて 作成中のレポート テンプレートのドキュメント名 (noname00, 01, 02, etc.) を確認し そのドキュメント名をSelect Report Template ダイアログボックスにて指定します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 35

36 4. IntelliXtract 4. IntelliXtract IntelliXtract は LC-MS データから自動コンポーネント検出を行い 分子イオン判別を行います また データセ ット間で特定されたコンポーネントの比較が行えます 完全に自動処理を行う為 微量成分の見落としが無く 興味あるコンポーネントを素早く判別できます 4.1. LC-MS の代謝物追跡 薬物代謝物の追跡を行います 投与した薬物 その代謝物を自動判別させます 4. データを取り込みます 本資料では ACD_HOME] Examples IX S_AMSN1_1_MS1_ESI+.esp を使用し ます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 36

37 4. IntelliXtract 5. Workflow バーの Analysis の IntelliXtract Algorithm をクリックします IntelliXtract Options ダイアログ ボックスが表示されます 6. Ion Presence タブに追跡する化合物の情報を設定します 以下の設定項目があります オプション 説明 クロマトグラムをラベルするための様々な設定を行います No. Reference Mass 通し番号 質量数を設定します 対応するマスクロマトグラムコンポーネントに Pn(n: 通 し番号 ) がラベルされます Formula 組成式を設定します Reference Mass 項目に組成式に応じた値が自動的に反 映されます Ion Presence Table Mass Delta Ion Mode Label 質量数の差を設定します Reference Massの値から設定値の差を持つマスクロマトグラムコンポーネントにMn(n: 通し番号 ) がラベルされます ドロップダウンリスト (Auto (automatically detected), +H, -H, El, Cation,, Anion.) からラベルするイオンタイプを選択します ラベル名を設定します Mode ラベルするモードを設定します Ref リファレンス ( 親 ) ピークをラベルします Delta 親 +Deltaに対応するピークをラベルします Parent それぞれの存在を考慮せず 親 Mass Deltaともにラベルします tr ピークを検出する保持時間の値を設定します 指定がない場合はデータセット 全体から検出します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 37

38 4. IntelliXtract tr Window 保持時間ウィンドウを設定します 以前に作成したラベルテーブル (.XML file) を読み込みます 現在のラベルテーブルを.XML file に保存します MDL SDfile (.SDF), molfile (.MOL), ACD Spectrum file (.ESP) を取り込む Import ダイアログボ ックスを表示します テーブルに行を追加します テーブルから選択行を削除します テーブルの全ての行を削除します このチェックボックスを選択すると Label 項で指定したラベルのみがつけられます 選択さ Use Label Descriptor Only れていない場合は 加えてM1, M2,..., etc. がつけられます Overwrite Manually Created Labels Overwrite Automatically Created Labels このチェックボックを選択すると 手動のラベルが自動作成されたものに置き換わります このチェックボックスを選択すると 自動作成されたラベルが手動のラベルに置き換わりま す 7. ここでは 用意された設定ファイルを読み込みます をクリックします Open XML ダイア ログボックスが表示されます [ACD_HOME Examples ix default_ion_presence.xml] を指定し 開く (O) をクリックします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 38

39 4. IntelliXtract 8. 以下の様に追跡対象の化合物の情報が設定されます 9. 続いて Modifications タブで追跡する修飾を登録します 必要に応じて追加 削除することが可能です ACD/MS Workbook Suite Tutorial 39

40 4. IntelliXtract 次の項目があります オプション 説明 テーブルには以下の項目があります Combination Number 通し番号 Modification Description エントリされている修飾の説明 Formula 変化分の実験式 Type (modification type) リスト ( 増分 (+), 差分 ( ), 両方 (+/ )) から選択します 新規に追加する場 Table 合はデフォルトで (+) が設定されます Mass Delta 最大精度で自動的に質量数が計算され mass accuracy 設定に従い表示されます Maximum No 一致する変化体の最大数 Cross Combinations 構造への化学変化のバランスをとるため 数字 あるいは元素の違いを指定します None( デフォルト設定 ) か 数の組み合わせ ( 例 :+1+2 (2H), (OH)) が登録出来ます セルをダブルクリックし編集します ダイアログボックス下部のボタンを使って 行の追加や削除が行えます 現在の設定を XML Document file (.XML) に保存する Save XML ダイアログボックスを表示します 以前に保存した XML Document file (.XML) を読み込む Open XML ダイアログボックスを表示します リスト最終行に新規行を追加します 選択した行を削除します 10. 情報が何も登録されていなければ をクリックし Open XML ダイアログボックスで [ACD_HOME Examples ix default_ion_presence.xml] を指定し 開く (O) をクリックします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 40

41 4. IntelliXtract 11. Processing Options タブでコンポーネント抽出処理に関する設定を行います 通常はデフォルト設定で利 用いただけます マスの測定モードやサンプルによって変更が必要になる場合もあります 以下のオプションがあります オプション 説明 IntelliXtratc/IntelliTarget のパラメータが表示されます 各パラメータは表示 非表示が切り替えられます クリックすると編集できます 規定値とは異なる値が設定されている場合は強調表示になります またそのセクション名にアスタリスク (*) が表示されます List of Parameters Advanced チェックボックスを選択すると 全てのパラメータを確認出来ます このチ ェックボックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されます このチェックボックスを選択するとそのパラメータはAdvancedモードでのみ表示されるようになります 各パラメータの説明は本資料では省略します Remove All Previously Calculated Mass Chromatograms このチェックボックスを選択すると 以前に CODA や COMPARE LCMS モードで計算さ れた結果や手動で作成された結果が削除されます リストを拡張し 全ての値が確認出来ます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 41

42 4. IntelliXtract リストを畳んで全ての値を隠します 選択されている値をデフォルト値に戻します 選択されているセクションの全ての値をデフォルト値に戻します 全てのパラメータの値をデフォルト値へ戻します デフォルト値はプログラムに内蔵されており 対応するボタンをクリックすると復帰できます IntelliXtract パラメータを保存した INI-file (.INI) ファイルを指定する Browse File ダイア ログボックスを表示します IntelliXtract パラメータを保存する INI-file (.INI) ファイルを指定する Browse File ダイア ログボックスを表示します このチェックボックスを選択すると全てのパラメータが確認出来ます このチェックボ Advanced ックスが選択されているときに各パラメータにチェックボックスが表示されます この チェックボックスを選択するとそのパラメータは Advanced モードでのみ表示されるよ うになります 12. 設定が確認出来たら処理を実行します をクリックします 処理が終わったらを クリックし ダイアログボックスを閉じます 13. 結果が表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 42

43 4. IntelliXtract 14. マスクロマトテーブルの項目名をクリックすると その項目でデータをソートします Label をクリック します Ion Presence に設定した化合物に一致するコンポーネントにラベルが入っています 15. Shift キーを押しながらさらに項目名をクリックすると複数のデータでソートできます Shift キーを押しな がら Modifications をクリックします さらに変化体と一致するコンポーネントにラベルが入っています 4.2. 複数のコンポーネント比較 複数のデータに対し 一度にIntelliXtract 処理を実行できます データ毎のコンポーネントの一致を確認出来ます ブランクデータとの比較や反応追跡に利用できます 16. データを読み込みます 本資料では [ACD_HOME] Examples IX U_BL401_1_MS1_ESI+esp, U_DEX01_1_MS1_ESI+.esp] を使用します 17. 対象のデータを選択します U_DEX01_1_MS1_ESI+.esp をアクティブにします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 43

44 4. IntelliXtract 18. Workflow バーの Analysis の IntelliXtract Algorithm をクリックします IntelliXtract Options ダイアログ ボックスが表示されます Ion Presences は空白にしておきます 19. をクリックします Select Data to Compare with ダイアログボックスが表示されます もう 一つのデータがリストに表示されています データのチェックボックスが選択されていることを確認し OK をクリックします 処理が実行されます 20. 処理が終わったらをクリックし ダイアログボックスを閉じます 21. マスクロマトグラムテーブルの Uniqueness 項目に結果が反映されます 22. Uniquenessの値は以下の通りです Unique 現在のデータセット無い独自のコンポーネント ( 比較対象のデータには無い ) Different 双方のデータセットに存在しているが 異なるもの Similar 双方のデータセットに共通のもの ACD/MS Workbook Suite Tutorial 44

45 5. データベースへの登録 5. データベースへの登録 MS-ID Workbook では独自のスペクトル DB を構築することができます 本資料では クロマト -MS データの DB 構築方法を紹介します 5.1. クロマト -MS データの DB 登録 1. クロマト -MS データを取り込みます 本資料では ACD_HOME Examples SPECMAN MASS HP_GC_MS DATA.MS を使用します ACD/MS Workbook Suite Tutorial 45

46 5. データベースへの登録 2. 必要に応じてピークピッキング 構造式のピークへの帰属処理を行います ( 例 : ビフェニルを 6.4min のピークへ 4-PCB を 7.7min のピークへ帰属してみましょう ) 3. 登録するデータベースを用意します Workflow バーの Database の Switch to Database をクリックし ます データベースウィンドウに切り替わります ACD/MS Workbook Suite Tutorial 46

47 5. データベースへの登録 4. Database New メニューコマンドを選択します Create New Database ダイアログボックスが表示され ます データベースファイルを作成するフォルダを選択し ファイル名をしてし 保存 (S) をクリックし ます ( 本資料では test00.nd9 としています ) 次回以降はこのファイルを開きます 5. Enter Passwords for New Database ダイアログが表示されます 必要に応じてパスワードを設定し OK をクリックします この後 ファイル形式に関するメッセージが表示されることがあります 6. タイトルバーにファイル名が表示され データベースが準備されます 7. をクリックし Processor ウィンドウへ戻ります 続いてデータを登録する作業に入ります 登録したいデータがアクティブになっていることを確認し Workflow バーの Database の Update Database をクリックします 8. 以下のメッセージが表示されます 一連のデータを警告無しに登録していく旨の警告です OK をクリッ クします ACD/MS Workbook Suite Tutorial 47

48 5. データベースへの登録 9. データベースウィンドウに切り替わります 対象のデータがデータベースに登録されました 5.2. クロマト -MS データの DB の閲覧 1. Record Tree パネルを確認します データは TIC とラベルしたピークのマススペクトルが関連付けられて格納されます それぞれのドキュメ ントをクリックすると対応するスペクトルが表示されます ACD/MS Workbook Suite Tutorial 48

49 5. データベースへの登録 2. Record User Data パネルを確認します データのソースへのリンクが保存されています ダブルクリックすると 元のクロマト -MS データが読み 込まれます ( ダブルクリックする際には データベースウィンドウにて Browse mode が選択さ れていることを確認してください ) ACD/MS Workbook Suite Tutorial 49