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Amber モデル Amber10 Amber は カリフォルニア 大 学 (UCSF)により 開 発 提 供 されている 生 体 分 子 の 分 子 動 力 学 シミュ レーションのためのプログラムパッケージです また Amber の 力 場 は 他 の 多 くの 分 子 動 力 学 プ ログラムでも 利 用 されています 2008 年 リリースされた Amber10 が 最 新 バージョンで 計 算 結 果 の 解 析 に 利 用 される AmberTools プログラムも 用 意 されています Amber のコンパイル 環 境 は IntelCompiler11.1, OpenMPI1.4.1 を 使 用 しております Amber モデルは OpenMPI を 用 いて コア 数 にほぼ 比 例 するスケーラビリティが 得 られていま す

PAICS モデル フラグメント 分 子 軌 道 (FMO)プログラム PAICS 岐 阜 大 学 人 獣 感 染 防 御 研 究 センター 石 川 岳 志 助 教 によりフルスクラッチから 開 発 タンパク 質 など 生 体 巨 大 分 子 系 の 量 子 化 学 計 算 を 実 現 創 薬 研 究 のための 実 用 的 な 量 子 化 学 計 算 プログラム PAICS の 機 能 FMO 法 に 基 づく 量 子 化 学 計 算 プログラム 計 算 手 法 は RHF MP2 局 在 化 MP2 RI-MP2 を 実 装 入 力 ファイル 作 成 支 援 プログラム Paics View 付 属 PAICS の 特 長 生 体 分 子 を 量 子 化 学 的 に 取 り 扱 うことが 可 能 タンパク 質 -リガンド 間 の 相 互 作 用 の 情 報 を 高 速 に 得 ることができる 創 薬 研 究 への 適 用 量 子 化 学 計 算 を 利 用 して 次 世 代 創 薬 への 扉 を 開 く リガンド-タンパク 質 間 の 相 互 作 用 の 詳 細 な 解 析 タンパク 質 内 の 相 互 作 用 の 解 析 PAICS/PaicsView ユーザマニュアル(チュートリアル 付 属 ) 量 子 化 学 計 算 の 創 薬 研 究 への 適 用 (kcal/mol) (kcal/mol) O O +10 + 5 L130 R136 R156 Y157 P158 N159 Q160 V161 Y162 T183 I184 Q186 H187 K194 E196 +10 +5 N N N N H H 103 104 105 106 0 0-5 -10-15 HF MP2-5 -10-15 -20 HF MP2-20 +0.3-2.2 +5.9-2.4 +2.9 +5.6-9.5 +0.4 +1.4 +0.7-1.2 +0.2-1.4-6.2-7.4-0.1-2.8 +1.8-3.1 +0.8-7.8-12.6-0.5-0.2-0.2-1.6-0.8-5.0-9.5-11.5-25 +7.3-15.9-10.7 +2.3-1.5-22.2-16.8-1.3 GN8 近 傍 アミノ 酸 残 基 のIFIE 解 析 例 GN8の 各 フラグメントとプリオンタンパク 質 間 のIFIE 解 析 例

HPC システムズ Z800 モデル 標 準 ハードウェア 構 成 最 短 5 営 業 日 モデル 出 荷 に 必 要 な 情 報 が 全 て 揃 った 後 5 営 業 日 以 内 に 出 荷 できるモデルです 台 数 が 3 台 以 上 の 御 注 文 の 場 合 は 納 期 が 2~3 週 間 掛 かる 場 合 がございます CPU Xeon W5590 3.33GHz x2 CPU 冷 却 方 式 水 冷 式 (W5590 x2 搭 載 の 場 合 のみ) ターボブーストテクノロジー 対 応 冷 却 能 力 に 余 裕 があるとき CPU クロックが 自 動 的 に 3.33GHz~3.40GHz にクロックアップされる 機 能 水 冷 式 のため 冷 却 能 力 に 余 裕 が 生 まれやすいため この 機 能 が 生 かされやすいという 特 徴 があります メモリ 48GB(4GBx12) 32GB(4GBx8) 24GB(4GBx6) Enhanced Memory Performance 機 能 を 実 装 しているため メモリをフル 実 装 した 場 合 も 動 作 クロックが 1333MHz に 保 たれま す ( 他 社 の 場 合 は 1066 MHz 以 下 にクロックダウンする ) Disk SATA 1TB 2~5 本 全 ての HDD が H/W RAID 構 成 となる(RAID 0, 1, 5, 6, 10) RAID を 標 準 とする 構 成 は HPCS のみです RAID コントローラ LSI 8888ELP(8port SAS/SATA HW RAID カード) RAID 構 成 のとき SINGLE HDD 構 成 に 比 べ 読 み 込 み 時 6 割 増 書 き 込 み 時 1 割 増 の 性 能 を 実 現 拡 張 性 に 優 れ 内 部 HDD 5 本 目 の 代 わりに 外 部 コネクタを 使 用 すれば DAS4 (カスタマイズモデル)を 構 成 できます 注 : 内 部 HDD4 本 に 追 加 で 外 部 HDD として SATA HDD 4 本 を RAID 構 成 で 実 装 可 能 VGA FX380 最 大 解 像 度 :1920 1200(ディスプレイの 解 像 度 を 自 動 認 識 ) 2 画 面 対 応 (DVI-I コネクタ x 2) 騒 音 値 30dB~45dB(48GB モデルの 場 合 ) 3~5 週 間 モデル 出 荷 に 必 要 な 情 報 が 全 て 揃 った 後 3~5 週 間 以 内 に 出 荷 できるモデルです 最 短 5 営 業 日 モデル で 選 択 可 能 なハードウェアの 仕 様 (メモリ 容 量 HDD 本 数 RAID レベル)に 加 え 更 に 多 彩 なオプションを 選 択 できます メモリ: 96GB(8GBx12), 192GB (16GBx12) など 4GB 以 外 (1GB, 2GB, 8GB, 16GB )のメモリモジュールを 使 用 した 場 合 注 : 16GB メモリモジュールを 使 用 した 場 合 はメモリの 動 作 クロックが 1066MHz 以 下 にクロックダウンします VGA カード: FX580, 1800, 3800, 4800 GP-GPU: Tesla C1060 最 大 2 枚 まで 搭 載 可 能 (ただし 2 枚 搭 載 時 は FX380 のみ 搭 載 可 能 ) DAS4 (HDD が 4 本 搭 載 可 能 な 外 付 けタイプの DAS ユニット) CPU: E5520(2.26GHz), E5540(2.53GHz), X5550(2.66GHz), X5560(2.80GHz), X5570(2.93GHz) 注 : CPU を 標 準 の W5590 から 変 更 した 場 合 は 全 て 空 冷 になります ラックマウントキット: Z800 スライディングラックマウントキット NN124AA (ラックマウントする 場 合 は 5U になり ます ) フロッピードライブ これらのオプションが 選 択 されると 3~5 週 間 モデル 納 期 でのお 届 けとなります 詳 細 は 別 表 を 御 参 照 ください

HPC システムズ Z400 モデル 標 準 ハードウェア 構 成 最 短 5 営 業 日 モデル 出 荷 に 必 要 な 情 報 が 全 て 揃 った 後 5 営 業 日 以 内 に 出 荷 できるモデルです 台 数 が 3 台 以 上 の 御 注 文 の 場 合 は 納 期 が 2~3 週 間 掛 かる 場 合 がございます CPU Xeon W3580 3.33GHz x1( 水 冷 ) CPU 冷 却 方 式 水 冷 式 ターボブーストテクノロジー 対 応 冷 却 能 力 に 余 裕 があるとき CPU クロックが 自 動 的 に 3.33GHz~3.40GHz にクロックアップされる 機 能 水 冷 式 のため 冷 却 能 力 に 余 裕 が 生 まれやすいため この 機 能 が 生 かされやすいという 特 徴 があり ます メモリ Disk 8GB(4GB 2),12GB(4GB 3),16GB(4GB 4),24GB(4GB 6)( 最 大 6slot) SATA 1TB 2~4 本 全 ての HDD が H/W RAID 構 成 となる(RAID 0, 1, 5, 10) RAID を 標 準 とする 構 成 は HPCS のみです RAID コントローラ LSI 8888ELP(8port SAS/SATA HW RAID カード) RAID 構 成 のとき SINGLE HDD 構 成 に 比 べ 読 み 込 み 時 6 割 増 書 き 込 み 時 1 割 増 の 性 能 を 実 現 拡 張 性 に 優 れ 外 部 コネクタを 使 用 すれば DAS4 (カスタマイズモデル)を 構 成 できます 注 : 内 部 HDD4 本 に 追 加 で 外 部 HDD として SATA HDD 4 本 を RAID 構 成 で 実 装 可 能 VGA FX380 最 大 解 像 度 :1920 1200(ディスプレイの 解 像 度 を 自 動 認 識 ) 2 画 面 対 応 (DVI-I コネクタ x 2) 3~5 週 間 モデル 出 荷 に 必 要 な 情 報 が 全 て 揃 った 後 3~5 週 間 以 内 に 出 荷 できるモデルです 最 短 5 営 業 日 モデル で 選 択 可 能 なハードウェアの 仕 様 (メモリ 容 量 HDD 本 数 RAID レベル)に 加 え 更 に 多 彩 なオプションを 選 択 できます メモリ: 1GB, 2GB のメモリモジュール VGA カード: FX580, 1800, 3800, 4800 GP-GPU: Tesla C1060 ( 最 大 1 枚 ) CPU: W3520(2.66GHz), W3565(3.20GHz) 全 て 水 冷 モデル フロッピードライブ DAS4 (HDD が 4 本 搭 載 可 能 な 外 付 けタイプの DAS ユニット) ラックマウントキット: ラックマウントトレイキット EK729AA (ラックマウントする 場 合 は 4U になります ) これらのオプションが 選 択 されると 3~5 週 間 モデル 納 期 でのお 届 けとなります 詳 細 は 別 表 を 御 参 照 ください

無 償 サポート HPC システムズ Z800/Z400 モデル ハードウェアサポートについて 3 年 間 無 償 オンサイト 修 理 基 本 的 には 翌 日 オンサイト 使 用 方 法 などの 電 話 問 い 合 わせも 3 年 間 無 償 (ただし HP がプリインストールした Windows, 付 属 ソフトウェアに 関 し ては 90 日 間 のみ) 無 償 保 証 期 間 と 保 証 内 容 電 話 による 問 い 合 わせ 修 理 保 証 内 容 ソフトウェア 以 外 の 無 償 テクニカルサポート プリインストールされた OS 付 属 ソフトウェアに 対 するテ クニカルサポート 翌 日 オンサイトサービス センドバック 修 理 修 理 部 品 期 間 購 入 日 より 3 年 間 購 入 日 より 90 日 間 購 入 日 より 3 年 間 購 入 日 より 3 年 間 購 入 日 より 3 年 間 計 算 機 購 入 後 に 増 設 した HP 純 正 部 品 の 保 証 期 間 は 基 本 的 に 1 年 間 ただし 増 設 した 部 品 の 保 証 期 間 より 本 体 の 保 証 期 間 の 方 が 長 ければ 本 体 の 保 証 期 間 が 適 用 されます 保 証 期 間 の 開 始 は Z800 の 保 証 書 に 記 載 された ご 購 入 日 です

有 償 サポート HP Care Pack ハードウェアサービス 有 償 で 保 証 期 間 を 延 長 または 対 応 時 間 を 4 時 間 に 短 縮 するサービスです 保 証 内 容 と 価 格 保 証 期 間 価 格 ( 税 込 ) 翌 日 対 応 3 年 無 償 4 年 17850 円 5 年 34650 円 4 時 間 対 応 3 年 17850 円 製 品 購 入 後 1 年 以 内 に 購 入 する 必 要 があります 4 年 35700 円 5 年 52500 円 HP Care Pack ポストワランティサービス 製 品 の 保 証 期 間 が 終 了 する 際 に 期 間 をさらに 1 年 延 長 できるサービス 価 格 ( 税 込 ) 翌 日 対 応 18900 円 4 時 間 対 応 29400 円 保 証 期 間 終 了 6 ヶ 月 前 から 保 証 期 間 終 了 までの 間 に 購 入 する 必 要 があります 保 証 に 関 する 詳 細 は 製 品 に 添 付 されている HP Workstation 保 証 規 定 を 参 照 して 下 さい 翌 日 オンサイトサポート 対 応 可 能 地 域 本 州 のほとんどの 地 域 は 翌 日 オンサイト 可 能 ですが 一 部 対 応 できない 地 域 があります 翌 日 オンサイトサポート 可 能 地 域 かどうかは HP 社 WEB ページにて 公 開 されております サポート 窓 口 修 理 などの 窓 口 業 務 は HPC システムズが 行 ないます 受 付 時 間 : 月 曜 日 ~ 金 曜 日 9:30~17:30( 祝 日 年 末 年 始 を 除 きます) 当 日 15 時 までに 障 害 の 切 り 分 けが 出 来 れば 翌 日 オンサイト 修 理 可 能 です 15 時 以 降 の 障 害 発 生 に 関 しては 翌 々 日 以 降 のオンサイト 修 理 となります

HPC システムズ Z800/Z400 モデル 標 準 で 搭 載 される RAID カードの 効 果 について SAS/SATA RAID カード(LSI Logic 8888ELP) 搭 載 で 得 られる 3 つのメリット I/O 性 能 が 向 上 耐 障 害 性 が 向 上 DAS 接 続 など 拡 張 性 の 向 上 I/O 性 能 の 向 上 HP Z800 において RAID カード(LSI Logic 8888ELP)に HDD を RAID1(Mirror)で 構 成 した 場 合 と M/B 上 の ICH10 に HDD を 接 続 した 場 合 の I/O 性 能 を 比 較 しました 構 成 HDD System ST3500320AS Single HDS721010CLA332 RAID 8888ELP HDS721010CLA332 x2(raid1) FileSystem ext3 シーケンシャル Read/Write 性 能 Read dd コマンドを 用 い block size を 10kB 100kB 1MB と 変 化 させ それぞれにおいて 20GB の 書 き 込 みを 行 い その 時 間 を 測 定 し ました 表 1-1 M/B に 接 続 した HDD と RAID1 アレイの 書 き 込 み 速 度 blocksize Single RAID1 sec MB/sec sec MB/sec RAID/single 10kB 108.633 184 96.5794 207 112.5% 100kB 122.318 164 112.89 177 107.9% 1MB 108.716 184 94.9454 211 114.7%

Write dd コマンドを 用 い block size を 10kB 100kB 1MB と 変 化 させ それぞれにおいて 20GB の 読 み 込 みを 行 い その 時 間 を 測 定 し ました 表 1-2 M/B に 接 続 した HDD と RAID1 アレイの 読 み 込 み 速 度 blocksize single RAID sec MB/sec Sec MB/sec RAID/single 10kB 152.639 131 91.5731 218 166.4% 100kB 152.506 131 89.9416 222 169.5% 1MB 152.573 131 95.5791 209 159.5% ランダムアクセス 性 能 Bonnie++-1.03e http://www.coker.com.au/bonnie++/ を 用 い あるファイル 上 のランダムの 箇 所 を 一 秒 間 に 何 回 seek できるかを 測 定 しました 表 1-3 M/B に 接 続 した HDD と RAID1 アレイのランダムアクセス 速 度 single /sec RAID /sec RAID/single 228.9 294.3 128.6% 結 論 RAID1 構 成 の HDD が Single HDD と 比 べて Write Read Random seek 全 ての 場 合 において I/O 性 能 が 上 回 りました 特 に Read の 性 能 は RAID1 構 成 が Single HDD に 比 べて 6 割 以 上 の 速 度 向 上 が 見 られました したがって HDD に 対 して 頻 繁 に 書 き 込 み 読 み 込 みが 発 生 するプログラムの 実 行 速 度 の 向 上 が 見 込 まれます

耐 障 害 性 の 向 上 System HDD を RAID1 構 成 にすることにより HDD の 障 害 発 生 時 にダウンタイム 0 で 障 害 から 回 復 することが 出 来 ます Z800 に 必 ず 付 属 する HP の 無 償 オンサイト 保 証 を 活 用 すると 障 害 発 生 の 連 絡 があった 翌 日 には HDD の 交 換 を 行 なえ HPCS による 現 地 サポートなどのコストを 低 減 することにも 繋 がります 従 来 の Backup HDD システムとは 異 なり 障 害 が 発 生 した 場 合 もデータが 保 護 され HDD を 交 換 するまでの 間 も 計 算 機 を 正 常 に 運 用 することが 出 来 ます 図 2-1 RAID1 アレイの 障 害 時 の 対 応 RAID1 障 害 発 生 通 常 運 用 ( デ ー タ 消 失 な し ) RAID1 取 り 外 し 取 り 付 け 正 常 HDD RAID1 Rebuild 正 常 HDD

拡 張 性 の 向 上 RAID カードには 外 部 接 続 用 に Mini-SAS コネクタが 装 備 されており これにより DAS 等 の 外 部 拡 張 が 可 能 となります Z800 に 必 ず 付 属 する HP の 無 償 オンサイト 保 証 を 活 用 すると 障 害 発 生 の 連 絡 があった 翌 日 には HDD の 交 換 を 行 なえ HPCS による 現 地 サポートなどのコストを 低 減 することにも 繋 がります RAID カード LSI Logic 8888ELP は 内 部 に 8 台 の HDD を 接 続 でき また 外 部 にも Mini-SAS コネクタが 2 個 あります 内 部 の HDD 搭 載 数 は Z800 の 筺 体 の 制 限 より 5 台 までですが 外 部 コネクタを 使 用 すれば 最 大 240 個 ( )のデバイスまで 接 続 可 能 で す したがって RAID カードを 搭 載 することにより Z800 のディスク 領 域 を 拡 張 することが 出 来 ます SAS Expander 対 応 の Enclosure であればデイジーチェーンにより 240 デバイスまで 接 続 可 能 マルチレーン 対 応 の Enclosure であれば 4 台 の HDD まで また 外 部 にデバイスを 接 続 する 場 合 は Z800 内 部 の RAID ポートに 接 続 できる HDD は 4 台 まで 図 3-1 LSI Logic 8888ELP の 内 部 および 外 部 コネクタ 図 3-2 内 部 に 4 台 の HDD 外 部 にマルチレーン 対 応 Enclosure を 接 続 ( 例 )MAXSERVE NS-750S

付 録 LSI Logic 8888ELP 諸 元 Port Data Host Interface RAID Levels Number of Devices Internal External Count Transfer Supported Connector Connector Rate 8 3Gb/s PCI Express 0,1,5,6,10,50,60 240 2 x SFF8087 Mini-SAS 2 x SFF8088 Mini-SAS