日本乳酸菌学会誌の連載第11回ウェブ資料

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ありかつみうら
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1 版次世代シーケンサーデータの解析手法第回統合データ解析環境 Galaxy ウェブ資料大田達郎 * 寺田朋子清水謙多郎門田幸二 * 日本乳酸菌学会誌の連載第回

2 W:Google Scholar Galaxy の 2005 年の論文の引用回数は 2,467 回 2 Giardine et al., Genome Res., 5: , 2005 日本乳酸菌学会誌の連載第回 2

3 W:Google Scholar Galaxy の 200 年の論文の引用回数は 22,57 回 2 Goecks et al., Genome Biol., : 28, 200 日本乳酸菌学会誌の連載第回 3

4 W2:BioStar の Galaxy 版ライフサイエンス QA を知っているヒトには馴染みのある見た目ですね日本乳酸菌学会誌の連載第回 4

5 W3-:ToolShed ToolShed のトップ画面 2207 年 3 月 22 日現在 4,79 個のツールを利用可能 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 Blankenberg et al., Genome Biol., 5: 403, 202 5

6 W3-:ToolShed カテゴリーごとに分かれているようだたとえば 2Assembly プログラムは 87 個あるのだろう 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 Blankenberg et al., Genome Biol., 5: 403, 202 6

7 W3-:ToolShed Assembly をクリック反応がないが 0 秒くらい待つとページが切り替わる日本乳酸菌学会誌の連載第回 7

8 W3-:ToolShed Assembly のカテゴリーに属する 87 個のプログラムがリストアップされているのだろう 2abyss というアセンブラから表示されているのでアルファベット順なのだろうと妄想 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 8

9 W3-:ToolShed Velvet アセンブラがあるかなと妄想しながらページ下部に移動確かに 2velvet 関連プログラムが存在する 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 9

10 W3-:ToolShed Browse by category を押すと元の画面に戻ります日本乳酸菌学会誌の連載第回 0

11 W4-:Galaxy main Galaxy main のトップ画面 Login or Register 2Register を選択してユーザ登録する 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回

12 W4-2:Register Create account 画面日本乳酸菌学会誌の連載第回 2

13 W4-2:Register 必要事項を入力して画面下部に移動できないので画面サイズを大きくする日本乳酸菌学会誌の連載第回 3

14 W4-2:Register Submit ボタンを発見したので Submit 日本乳酸菌学会誌の連載第回 4

15 W4-3:Public name Public name は lowercase letters ( 小文字 ) で書けと言われていたのを忘れていました m( )m 2 泣き顔 (T_T) を入れる遊びはダメということですね w 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 5

16 W4-3:Public name 該当部分を小文字に変えて 2 を押せないようなので 3 画面サイズをさらに広げる 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 6 3

17 W4-3:Public name 再度 Submit 日本乳酸菌学会誌の連載第回 7

18 W4-4: ログインできたさんとしてログイン状態となったようだ 2 が送られたようなのでそれをクリックして verify しないといけないようですね 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 8

19 W4-5: メールがすぐきた確かにユーザ agribio_t_t_desu さんのアドレス宛にメールがきた 2 をクリック 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 9

20 W4-6: アカウント activated いわれるがままにログインページに行ってみよう日本乳酸菌学会誌の連載第回 20

21 W4-7: ログインページ?! このページに飛ばされました日本乳酸菌学会誌の連載第回 2

22 W4-8: ログインしてるのね User をクリックすると 2Logged in as となっているからですかね 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 22

23 W5-0: 大元から Galaxy の大元のページをクリック右下のように見えている場合は 2Use を押すと次のスライドとほぼ同じになります 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 23

24 W5-0: 大元から Use 日本乳酸菌学会誌の連載第回 24

25 W5-0: 大元から Main Galaxy 日本乳酸菌学会誌の連載第回 25

26 W5-:main Galaxy main Galaxy にたどり着きます 2 ページ下部に移動 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 26

27 W5-:main Galaxy のあたりまで移動して 2User data and job quotas を眺める 3 利用可能なデータ量がアカウントにつき 250GB まで同時に実行できるジョブが 6 つまでという制限があることがわかる 4 作成できるアカウントは人つなので複数のアカウントを作成するのはルール違反日本乳酸菌学会誌の連載第回 27

28 W5-2:Galaxy の画面構成 Galaxy main の基本操作画面は縦に 3 分割された構成日本乳酸菌学会誌の連載第回 28

29 W5-3: アップロードを押しデスクトップ上の gzip 圧縮 FASTQ ファイル (DRR02450sub_.fastq.gz) のアップロードを行う日本乳酸菌学会誌の連載第回 29

30 W5-3: アップロード 2 こんな画面になります日本乳酸菌学会誌の連載第回 30

31 W5-3: アップロード 3 デスクトップ上にある gzip 圧縮 FASTQ ファイル (DRR02450sub_.fastq.gz) を 2 Drop files here のところにドラッグ & ドロップ 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 3

32 W5-3: アップロード 4 すぐにこんな感じの画面になります日本乳酸菌学会誌の連載第回 32

33 W5-3: アップロード 5 追加で他のファイルもアップロードしたい場合は同様な手順で行うのだろうここではのファイルのみアップロードしたいので 2Start ボタンを押せばいいようだが見当たらない 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 33

34 W5-3: アップロード 6 ページ下部に移動したら 2 Start ボタンが見つかったので押す 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 34

35 W5-4: アップロード中アップロード中です日本乳酸菌学会誌の連載第回 35

36 W5-5: アップロード完了アップロード完了です日本乳酸菌学会誌の連載第回 36

37 W5-6:Close ページ右側に移動して 2Close 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 37

38 W6-: アップロード後アップロード後 gzip 圧縮状態でアップロードしたオリジナルのファイルサイズは 56.MB であったが 86.06MB となっていることがわかる 2gzip 非圧縮状態になった ( 展開された ) ようだ 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 38

39 W6-2: データを表示がデータ表示ボタン ( クリック ) 2 デカすぎるので最初の MB 分しか表示されないようだ 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 39

40 W6-3: 編集が編集ボタン 2 変数を編集するの意味が分かりづらいかもしれないがとりあえずは 3 ファイル名を変更できたり 4 このファイルが FASTQ 形式ファイルだと正しく認識されているようだという程度でいいだろう日本乳酸菌学会誌の連載第回 40

41 W6-3: 編集 2 もしファイル形式を間違って認識していたら Datatype のところで手動で修正する日本乳酸菌学会誌の連載第回 4

42 W6-4: 削除ボタンで削除することができるようだやってみる日本乳酸菌学会誌の連載第回 42

43 W6-5: 削除されましたほんとに消していいかという確認もなしに消えるんですねしかし 2 ディスク容量は不変なのでヒストリーパネル上からは消えているだけで実際にはまだ残っているのでしょうね Windows の場合はゴミ箱に移動しただけと同じような感じなのでしょう 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 43

44 W6-7:Save してみるファイルが存在しないはずだが Save ボタンを押してみる日本乳酸菌学会誌の連載第回 44

45 W6-8:updated Attributes updated なのでやはりヒストリーパネル上では消えているだけなのでしょう日本乳酸菌学会誌の連載第回 45

46 W7-: 再アップロード W5-3 で利用したアップロードボタンではなく 2load your own data のところを押してもおそらくいいのだろうクリックしてみる 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 46

47 W7-2:Drop files here W5-6 と同じような画面になりましたこのままでは追加アップロードできないようなので一旦 Reset 日本乳酸菌学会誌の連載第回 47

48 W7-2:Drop files here Reset 後の状態この状態から W5-3 と同じ手順でもう一度同じファイルをアップロード日本乳酸菌学会誌の連載第回 48

49 W7-3: アップロード後 = 372.2MB と 2 つ分のファイルサイズになりました同じファイルですが上書きではなく別個のものとして認識されているようですね日本乳酸菌学会誌の連載第回 49

50 W7-4: 一旦終了を押して一旦終了させてみる目的は 2 真ん中のパネル表示が再度ログインすると消えるのではないかという想像の確認 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 50

51 W7-5: 再度アクセス真ん中のパネル表示が消えてます 2 右側のヒストリ ( 履歴 ) パネルは = 372.2MB と 2 つ分のファイルサイズになったままですこのことから W6-4 でも行った 3 ボタンを押す操作 ( まだ実際には押さない ) は履歴パネルからの表示を消すだけだということを実感日本乳酸菌学会誌の連載第回 5

52 W7-6:deleted を押してみる deleted のところを押してみると日本乳酸菌学会誌の連載第回 52

53 W7-6:deleted を押してみるこんな感じになります日本乳酸菌学会誌の連載第回 53

54 W7-7: 永久に削除復元することも 2 永久にディスクから削除することもできるのですねここでは 2 削除してみます 3OK 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 54

55 W7-7: 永久に削除永続的に削除されたようです 2 ディスク使用量も確かに減りました 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 55

56 W7-8: お前は既に消えているので消すことはできません日本乳酸菌学会誌の連載第回 56

57 W7-9:History options この歯車マークのところが History options です日本乳酸菌学会誌の連載第回 57

58 W7-0:Purge Deleted Purge Deleted Datasets は W7-7 で行った永久にディスクから削除と同じ作業なのだろうと思いつつやってみる Purge は一掃するの意味日本乳酸菌学会誌の連載第回 58

59 W7-0:Purge Deleted OK 日本乳酸菌学会誌の連載第回 59

60 W7-0:Purge Deleted 永続的に削除されたデータセットは 0 です妥当ですね日本乳酸菌学会誌の連載第回 60

61 W8-: ヒストリー画面が消えることを期待して 2 の Refresh history を押してみる 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 6

62 W8-: ヒストリー画面変化なし hide deleted で削除されたものを非表示にすることはできます 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 62

63 W8-2: 非表示後こんな感じになります日本乳酸菌学会誌の連載第回 63

64 W9-: クオリティチェック FastQC を用いてクオリティチェックをやってみましょう NGS: QC and manipulation 日本乳酸菌学会誌の連載第回 64

65 W9-2:FastQC FastQC 赤枠内のプログラムの表示順は見る時期によって結構違いますのでご注意ください日本乳酸菌学会誌の連載第回 65

66 W9-3:FastQC の操作画面 Short read data from your current history の 2 入力ファイルのところに 3 アップロードしたファイルが ( つしかないので ) 見えているはず 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 66

67 W9-4: バージョンの切替え FastQC のバージョン ( 現在のデフォルトは ver. 0.69) も Versions を押すことで切替えられるようです日本乳酸菌学会誌の連載第回 67

68 W9-5: オプションオプションもいろいろ選べそうですがよくわからないので見なかったことにする日本乳酸菌学会誌の連載第回 68

69 W9-6: つのファイルなのでの部分が反転されているのでしょう日本乳酸菌学会誌の連載第回 69

70 W9-7: 複数のファイルの場合複数ファイルを同時に実行したい場合はMultiple datasetsをクリックして指定すればいいのでしょう日本乳酸菌学会誌の連載第回 70

71 W9-8:Execute とりあえずデフォルトのままで実行すべく Execute 日本乳酸菌学会誌の連載第回 7

72 W9-9: すぐに画面がこんな感じで切り替わりましたよくわからないがの赤下線部分をよくみると 2 右側のヒストリーパネルで 3 リフレッシュすればいいみたいなことが書いてある 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 72

73 W9-9: すぐに画面がは 2 で見えているものと同じですねちなみにの部分が灰色のときは実行待ち状態です 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 73

74 W9-0:FastQC 実行終了実行が無事終了するとの赤枠部分が緑色になります実行中は黄色実行に失敗すると赤色になるらしいです 2 ディスク使用量が少し増加しました 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 74

75 W0-: 実行結果を眺める RawData と書いてあるほうを 2 データ表示 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 75

76 W0-: 実行結果を眺めるこんな感じになります Galaxy Versionは 0.69でしたが内部的に動いているのは 0..5のようですね中央パネルに表示されているRawDataではわかりにくいので 2Webpageのほうを3データ表示 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 76

77 W0-2:html レポート中央パネルが見たことのある FastQC の html レポートになりました第 6 回 W4-2 と同じような結果です日本乳酸菌学会誌の連載第回 77

78 W0-2:html レポートちょっとページ下部に移動 2 が第 6 回 W4-2 では黄色だったが緑色になっている点が異なる FastQC ver. 0..4( 第 6 回 W4-2 ) と 0..5( 今回 ) の違いによるのかもしれない 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 78

79 W0-3:Basic Statistics FastQC 実行結果の基本情報を眺める日本乳酸菌学会誌の連載第回 79

80 W0-3:Basic Statistics このあたりの結果は第 6 回 W4-2と同じですね 2 同じFASTQ 形式でもいくつかの亜流がありこれはSanger/Illumina.9というもの 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 80

81 W0-4: 結果のダウンロードのところをクリック日本乳酸菌学会誌の連載第回 8

82 W0-4: 結果のダウンロードこんな感じになりますフロッピーディスクアイコンをクリックすれば KBの 3htmlファイルをダウンロードできますをクリックして実際にダウンロードします日本乳酸菌学会誌の連載第回 82

83 W0-4: 結果のダウンロードで示す zip 圧縮ファイルで保存されます日本乳酸菌学会誌の連載第回 83

84 W0-5: 解凍するとのような感じになり 2 をダブルクリックすると第 6 回 W4-2 とほぼ同じ感じになります 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 84

85 W0-6:Per base sequence Per base sequence quality 第 6 回 W4-2とほぼ同じですね日本乳酸菌学会誌の連載第回 85

86 W0-7:Per base sequence 第 6 回のhtmlレポートの結果です同じであることがわかります日本乳酸菌学会誌の連載第回 86

87 W-:Adapter Content Adapter Content の結果として 2 Illumina Universal Adapter が 3 含まれていたことを思い出そう ( 第 6 回 W4-4) 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 87

88 W-2:Trimmomatic を押して詳細表示を隠す日本乳酸菌学会誌の連載第回 88

89 W-2:Trimmomatic FastQC と同じ項目内にある 2 Trimmomatic を使ってアダプターを除去してみる 3 が入力ファイル 3 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 89

90 W-3: 入力ファイル形式 Input FASTQ file のところで 2No fastqsanger or となり 3 入力ファイルを認識させることができません 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 90

91 W-3: 入力ファイル形式ここを押してみてもよくわかりません日本乳酸菌学会誌の連載第回 9

92 W-3: 入力ファイル形式認識されない原因はのファイル形式が 2fastqsanger ではないため 3 でファイル形式を明示的に fastqsanger に変更する必要がある 3 を押す 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 92

93 W-4:fastqsanger Datatype タブを選んで日本乳酸菌学会誌の連載第回 93

94 W-4:fastqsanger デフォルトが fastq になっているのでこれを fastqsanger に変える日本乳酸菌学会誌の連載第回 94

95 W-4:fastqsanger こんな風になってしまったら横幅を広げる日本乳酸菌学会誌の連載第回 95

96 W-4:fastqsanger 横幅を広げたところ日本乳酸菌学会誌の連載第回 96

97 W-5:fastqcssanger ではない注意してください日本乳酸菌学会誌の連載第回 97

98 W-6:fastqsanger fastqsanger があるのでそれを選択日本乳酸菌学会誌の連載第回 98

99 W-7:Save fastqsanger になっていることを確認して 2Save 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 99

100 W-8:Save 中 Save 実行中この状態が 0 分以上続くこともあります以前やったときは時間以上かかりました日本乳酸菌学会誌の連載第回 00

101 W-9:Save 終了 Save 終了あらためて 2Trimmomatic 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 0

102 W2-:Trimmomatic の入力ファイルが 2Trimmomatic の Input FASTQ file 上で見られるようになりました 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 02

103 W2-:Trimmomatic アダプター配列除去が目的なので Yes 日本乳酸菌学会誌の連載第回 03

104 W2-2: アダプター配列を指定でアダプター配列を指定日本乳酸菌学会誌の連載第回 04

105 W2-2: アダプター配列を指定入力ファイルは single-end MiSeq データなので日本乳酸菌学会誌の連載第回 05

106 W2-3: ページ最下部へ無事 TruSeq3 になっていることを確認して 2 ページ最下部に移動 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 06

107 W2-4:Citations ページ最下部 2 この場合の引用文献は Galaxy と Trimmomatic ですお忘れなきよう 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 07

108 W2-5:Trimmomatic 実行のあたりまで戻って 2Execute 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 08

109 W2-6: 実行待ち状態実行待ち状態 ( 灰色 ) 日本乳酸菌学会誌の連載第回 09

110 W2-7: 実行中約分後にリロードしてみると 2 実行中 ( 黄色 ) になっていました 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 0

111 W2-8: 実行終了さらに約分後にリロードしてみると 2 実行終了 ( 緑色 ) になっていました定期的なリロードによるチェックは重要かもしれません 3 ディスクサイズも増えてますね 3 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回

112 W2-9: 結果のダウンロードのところをクリック基本的に W0-4 と同じ作業です日本乳酸菌学会誌の連載第回 2

113 W2-9: 結果のダウンロードファイルサイズ 2Trimmomatic の出力ファイルは fastqsanger 形式になってますね 3 下部に移動 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 3

114 W2-9: 結果のダウンロードこのあたり 2Save 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 4

115 W2-9: 結果のダウンロードで示すファイル名およびfastqsangerという拡張子で保存されます zip 圧縮されているわけではないのでダウンロード後は普通にテキストエディタで開けます約 60MBあるのでダウンロードにそれなりに時間はかかる日本乳酸菌学会誌の連載第回 5

116 W3-:FastQC 2FastQC 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 6

117 W3-2:Execute 最後に作成した Trimmomatic 実行後の FASTQ ファイルがデフォルトで見えているのでそのまま 2Execute 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 7

118 W3-3: 実行待ち実行待ち状態 ( 灰色 ) であることがこのあたりでわかります日本乳酸菌学会誌の連載第回 8

119 W3-4: 実行終了緑色になり FastQC の実行が終了したっぽいので 2 ページ上部に移動 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 9

120 W3-4: 実行終了こんな感じで無事終了していますね日本乳酸菌学会誌の連載第回 20

121 W3-5: 結果のダウンロードをクリックして 2zip ファイルをダウンロード 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 2

122 W3-6: 解凍すると zip ファイルを解凍するとのような感じになる 2 をダブルクリックすると Trimmomatic 実行後の FastQC 結果が見られます 3 リード数は 297,724 となったようです 2 3 日本乳酸菌学会誌の連載第回 22

123 W3-7:Per base sequence Per base sequence qualityをクリックしてクオリティスコア分布を眺めている綺麗ですね日本乳酸菌学会誌の連載第回 23

124 W3-8:Adapter Content Adapter Content の結果として W- で見えていた 2Illumina Universal Adapter がなくなっていることがわかる FaQCs 実行後よりもキレイになくなっていることがわかる ( 第 6 回 W6-2) 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 24

125 W4-:NGS ハンズオン講習会 JST-NBDC が主導する 2NGS ハンズオン講習会の内容は Linux 環境での実習が中心 2 日本乳酸菌学会誌の連載第回 25

NGSハンズオン講習会

NGSハンズオン講習会 207.08.08 版プラスアルファの内容です NGS 解析 ( 初 ~ 中級 ) ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料 ( プラスアルファ ) 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子門田幸二 Aug 29-30 207 Contents Gepard でドットプロット連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが