リード・ゲノム・アノテーションインポート

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まさとしいいはた
4 years ago
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1 リードゲノムアノテーションインポート 1

2 Location と Folder ロケーションフォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能ですフォルダの一番上位の階層を Location と呼びその下の階層を Folder と呼びますデータの保存場所はロケーション毎に設定可能ですたとえばあるデータは C ドライブに保存しあるデータは D ドライブに保存するといった事が可能ですロケーションフォルダの作成は以下のアイコンから作成できますフォルダの作成ロケーションの作成 2

3 データインポート NGS データ以外のインポーターアノテーションファイルや BED フォーマットのファイルなど Sanger, NGS データインポーター外部マッピングデータインポーター Standard Import はサンガーシーケンサー次世代シーケンサー以外のファイルのインポートに利用します 3

4 リードデータインポート Import からインポートしたいリードのシーケンサータイプを選択 4

リードデータインポート Illumina データのインポート General options Paired reads: ペアかどうか Discard reads names: リードについている名前を捨てるかどうかデフォルトでは捨てるとなっていますがマッピング後 SAM にて Export した際などリード名で確認したい場合があるため最初は保存しておきましょう Discard

5 リードデータインポート Illumina データのインポート General options Paired reads: ペアかどうか Discard reads names: リードについている名前を捨てるかどうかデフォルトでは捨てるとなっていますがマッピング後 SAM にて Export した際などリード名で確認したい場合があるため最初は保存しておきましょう Discard quality scores:quality Score が必要ない場合はこのオプションにチェック通常インポート後にクオリティスコアが必要な事が多いです Paired read orientation: ペアの距離と向きを指定 Illumina options Remove failed reads: シーケンサーで fail とマークされたリードを除去するかどうか Miseq de-multiplexing:multiplexing されたデータを Demultiplexing するかどうか Quality Score: 使用する Quality Score のバージョンの選択 5

6 リードデータインポート Result handling データを開くか保存の選択 Into separate folders では別々のフォルダへ保存するかどうかを選択できますバッチ処理を行う際に便利です保存先の指定 6

7 リードデータインポート Roche 454/Junior のインポート (.fna/.qual または.sff) General options Paired reads: ペアかどうか Discard reads names: リードについている名前を捨てるかどうかデフォルトでは捨てるとなっていますがマッピング後 SAM にて Export した際などリード名で確認したい場合があるため最初は保存しておきましょう Discard quality scores:quality Score が必要ない場合はこのオプションにチェック通常インポート後にクオリティスコアが必要な事が多いです Paired read orientation: ペアの距離と向きを指定 454 options Use clipping information:.sff ファイルに含まれるクリッピングの情報を利用するとき Use FLX liner:flx のリンカーを使用するとき Use Titanium linker:titanium のリンカーを使用するとき Remove adapter sequence: アダプター配列を取り除きたいときこの次のウィザードの画面はイルミナと共通です 7

8 リードデータインポート Ion Torrent のインポート (.fastq または.sff) General options Paired reads: ペアかどうか Discard reads names: リードについている名前を捨てるかどうかデフォルトでは捨てるとなっていますがマッピング後 SAM にて Export した際などリード名で確認したい場合があるため最初は保存しておきましょう Discard quality scores:quality Score が必要ない場合はこのオプションにチェック通常インポート後にクオリティスコアが必要な事が多いです Paired read orientation: ペアの距離と向きを指定 Ion Torrent options Use clipping information:.sff ファイルに含まれるクリッピングの情報を利用するとき (.sff ファイルを選択した場合 ) この次のウィザードの画面はイルミナと共通です 8

9 ゲノムアノテーションインポートゲノムはダウンロードアイコンより生物種を指定してアノテーションと共にインポートすることが可能ですゲノム配列とともにアノテーションファイルをダウンロードすることも可能ですすでに Genomics Workbench へ取り込んでいるゲノム配列についてアノテーションを付加することも可能です 9

10 ゲノムアノテーションインポート Download genome sequence: 新規にゲノムをダウンロードする場合 Use exsting genome sequence track: すでにダウンロードしたゲノムにアノテーションを追加する場合以下のようにトラックのフォーマットになっているゲノムを選択ドロップダウンリストから生物種を選択 10

11 ゲノムアノテーションインポート希望するアノテーションにチェックを入れるゲノム配列をダウンロードするときは Sequences にもチェックを入れる選択した生物種により表示されるアノテーションの種類は異なります 11

12 アノテーションインポート Download Genome 以外にもアノテーションファイルをインポート可能ですアノテーションとして取り込めるファイルは以下のフォーマットですアノテーションファイルをインポートする際には対象となるゲノム配列がすでにインポートされ Track のフォーマットになっていることが前提です VCF GFF/GTF/GVF BED Wiggle Complete Genomics Var file UCSC Variation table damp COSMIC variation database 変異のデータについてもアノテーションとして自分の変異へアノテーションとして情報の追加や比較ができるためアノテーションのインポート可能フォーマットに含めています 12

13 アノテーションインポート Type of files to import を選択インポートするファイルを選択 Reference Track を選択 13

14 ゲノムアノテーションインポートゲノム Track アノテーション Track 変異 Track Track には Genomics Workbench が認識しているタイプによりアイコンがそれぞれ異なります解析によっては Track のタイプを認識して解析に利用できるかどうか区別するためデータがどのようなタイプで認識されているかアイコンで確認するようにしてください 14

RNA-seq

RNA-seq CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング RNA-seq 株式会社 CLCバイオジャパンシニアフィールドバイオインフォマティクスサイエンティスト宮本真理 Ph.D. mmiyamoto@clcbio.co.jp 1 support@clcbio.co.jp 2 アジェンダ Genomics Workbench 概要今日のデータ RNA-seq 解析データインポート QC