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- ほだか かつま
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1 DDBJing and PDBjing, 2005 年 3 月 2 日 日本蛋白質構造データバンク : PDBj の紹介と HP の使い方 中村春木 大阪大学蛋白質研究所附属プロテオミクス総合研究センター蛋白質情報科学研究室
2 PDBj Protein Data Bank Japan 大阪大学蛋白質研究所にて実施 ( 独立法人 ) 科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進センター ( がスポンサー
3 PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体 (3 次元 ) 構造情報 原子種とその座標 アミノ酸残基 実験手法 実験時の情報 実験観測データ ( 構造因子 ) を整理して登録する X 線結晶解析 核磁気共鳴法 (NMR) 電子顕微鏡観測 蛋白質立体構造
4 PDB (Protein Data Bank): 蛋白質の立体 (3 次元 ) 構造情報 原子種とその座標 アミノ酸残基 実験手法 実験時の情報 実験観測データ ( 構造因子 ) を整理して登録する X 線結晶解析 核磁気共鳴法 (NMR) 電子顕微鏡観測 蛋白質立体構造 (Rice dwarf Virus composed of 3,500,000 atoms (1UF2: By Nakagawa et al., 2003))
5 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
6 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) の実施体制 wwpdb 研究チーム事務員 代表研究者 阪大蛋白研附属プロテオミクス総合研究センター運営委員会 蛋白質立体構造データベース専門部会 月原冨武, 長谷俊二, 中村春木 ( 阪大蛋白研 ) 郷信広 ( 原研計算科学技術推進センター ) 甲斐泰 ( 阪大理学研究科 ) 西村善文 ( 横浜市大総合理学研究科 ) 若槻壮市 ( 高エ研構物質構造科学研究所 ) 飯塚哲太郎 ( 理研播磨研究所 ) ( 以上 H16-17 年度 ) PDB データベース管理運営グループ 阪大蛋白研 BMRB データベース管理運営グループ 阪大蛋白研 新規蛋白質立体構造データベース (PDBML) 構築グループ 阪大蛋白研 解析システム開発と二次データベース構築グループ 教育用蛋白質データベース作成公開グループ 阪大蛋白研 阪大 蛋白研サブグループ ef-site, jv, MrPDB 阪大蛋白研 早大サブグループ ProMode 早稲田大学社会科学部 京大サブグループ ASH 京都大学化学研究所 阪大情報科学サブグループ PRT 阪大情報科学研究科
7 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
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10 新たな国際組織 wwpdb が 2003 年に創設 (Berman, Henrick & Nakamura (2003) Nat. Struct. Biol. 10, 980) 国際蛋白質構造データバンク : wwpdb (world wideprotein Data Bank) 3 万件の構造テ ータ UCSD Rutgers Univ. NIST Research Collaboratory for Structural Bioinformatics グラント支援 NSF Dept. of Energy NIH European Bioinformatics Institute (MSD-EBI) 構造ケ ノムプロジェクト 大阪大学蛋白質研究所 PDBj グラント支援 JST- BIRD
11 Agreement signature Nature Structure Biology (2003) Vol. 10, No.12
12 RCSB-PDB Team RCSB PDB Team: Ken Addess, Helen M. Berman, Wolfgang F. Bluhm, Phil Bourne, Kyle Burkhardt, Li Chen, Sharon Cousin, Jim Croker, Nita Deshpande, Shuchismita Dutta, Zukang Feng, Lew-Christiane Fernandez, Judith L. Flippen- Anderson, Gary Gilliland, Rachel Kramer Green, Vladimir Guranovic, Shri Jain, Ann Kagehiro, Charlie Knezevich, Andrei Kouranov, Kevin Lwinmoe, Jeff Merino-Ott, Irina Persikova, Suzanne Richman, Melcoir Rosas, Kathryn Rosecrans, Bohdan Schneider, Wayne Townsend-Merino, Susan Van Arnum, Elizabeth Walker, John Westbrook, Alice Xenachis, Huanwang Yang, Jasmin Yang, Christine Zardecki, Cindy Zhang
13 Harry Boutselakis search database Dimitris Dimitropoulos MSDChem Joel Fillon ehtpx Adel Golovin active site Kim Henrick group leader Ayzaz Hussain PDB depositions John Ionides NMR / data model Melford John DBA Peter Keller deposition database leader Eugene Krissinel MSDfold Phil McNeil database development Avi Naim EM validation Richard Newman EM / PDB depositions Tom Oldfield search system leader Anne Pajon NMR / data model Jorge Pineda database development Abdel-Krim Rachedi visualization Janet Roser-Copeland outreach Andre Sitnov deposition system Siamak Sobhany API Antonio Suarez-Uruena mapping Jawahar Swaminathan PDB depositions Mohammed Tagari EM / deposition system John Tate search system Swen Tromm validation Sameer Velankar search system Wim Vranken NMR The MSD group at EBI
14 S. Saeki, A. Takahashi, Y. Shimizu, K. Kobayashi Y. Ikegawa, R. Igawashi, Y. Kengaku, M. Kusunoki PDBj Team at Osaka H. Nakamura, C. Kamada, H. Sakamoto, D. Standley, T. Kosada, E. Nakatani
15 S. Saeki, A. Takahashi, Y. Shimizu, K. Kobayashi Y. Ikegawa, R. Igawashi, Y. Kengaku, M. Kusunoki PDBj Team at Osaka H. Nakamura, C. Kamada, H. Sakamoto, D. Standley, T. Kosada, E. Nakatani A. Paehler, R. Yamashita, A. Yoshihara, Y. Matsuki (BIRD-JST) H. Akutsu (Institute for Protein Research, Osaka Univ.) N. Ito (School of Biomedical Science, Tokyo Medical & Dental Univ.) K. Kinoshita (Institute of Medical Science, Univ. Tokyo) H. Wako (Waseda Univ.), S. Endo (Kitasato Univ.) H. Toh (Institute for Chem. Research, Kyoto Univ.) T. Okawa (Graduate School of Informatics Science, Osaka Univ.)
16 wwpdb における国際協力 UCS D Rutgers Univ. RCSB NI ST 1) 1 ヶ所の アーカイブ キーパー (RCSB) が管理を行う唯一のデータ アーカイブ EBI PDBj 2) wwpdb メンバー内で データフォーマットや記述法を討議する 3) データ編纂 編集 登録作業を全てのメンバーが行う 4) 各メンバーはそれぞれ独自のビューアや API サービスの開発が望まれている (Berman, Henrick & Nakamura (2003) Nat. Struct. Biol. 10, 980)
17 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
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20 PDB データ登録作業の流れ 登録者 ADIT Auto Deposition Input Tool PDB 編集者 登録者の指定した公開時期 Coordinates Str. Factors Precheck Validation check Title Release date Contact author Exp. Condition etc 登録者の指定できる公開時期 すぐ公開する 登録から半年後か 1 年後 雑誌が出版された後 PDB 検索サーバー Deposit section End of ADIT input Display PDB id and RCSB id Revised PDB file and Validation letter by an editor Agree or not with the revision Yes Registration Completed No Reply agreement or not within 3 days ADIT による登録手順
21 PDBj におけるデータ登録の変遷 Yearly registration number Yearly PDBj registration number Yearly wwpdb registration number year アジア オセアニア地域からのデータを中心に 世界全体の 20% ~30% のデータの登録が行われている Monthly processed data in 2004 Month
22 ~ における国別登録量の統計 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) での全登録数 : 1586 ( 世界全体での全登録数 : 5501) アジア オセアニア地区 Japan: 700 Korea 47 Singapore 9 China: 75 Hong Kong 6 Taiwan 49 India 62 Australia 54 New Zealand 17 アジア オセアニア地区のサブ トータル : 1019 北米および南米地区 USA 97 Canada 30 Brazil 5 Mexico 1 北米および南米地区のサブ トータル : 133 ヨーロッパ Austria 7 Belgium 8 Sweden 20 United Kingdom 45 France 68 Germany 128 Denmark 18 Italy 33 Netherlands 7 Israel 13 Greece 8 Spain 5 Switzerland 43 Finland 17 Czech Republic 1 Hungary 3 Poland 3 Portugal 1 Slovenia 6 ヨーロッパからのサブ トータル : 434
23 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
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26 PDBML (Westbrook, Ito, Nakamura, Henrick, Berman (2004) Bioinformatics, in press.)
27 PDB フォーマットファイルの例 (1) HEADER HYDROLASE 21-AUG-00 1FN8 TITLE FUSARIUM OXYSPORUM TRYPSIN AT ATOMIC RESOLUTION COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: TRYPSIN; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 EC: ; COMPND 5 MOL_ID: 2; COMPND 6 MOLECULE: GLY-ALA-ARG; COMPND 7 CHAIN: B; COMPND 8 ENGINEERED: YES SOURCE MOL_ID: 1; SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: FUSARIUM OXYSPORUM; SOURCE 3 ORGANISM_COMMON: FUNGUS; SOURCE 4 MOL_ID: 2; SOURCE 5 SYNTHETIC: YES KEYWDS BETA BARREL EXPDTA X-RAY DIFFRACTION AUTHOR W.R.RYPNIEWSKI,P.OESTERGAARD,M.NOERREGAARD-MADSEN,M.DAUTER, AUTHOR 2 K.S.WILSON REVDAT 1 07-FEB-01 1FN8 0 JRNL AUTH W.R.RYPNIEWSKI,P.OESTERGAARD,M.NOERREGAARD-MADSEN, JRNL AUTH 2 M.DAUTER,K.S.WILSON JRNL TITL FUSARIUM OXYSPORUM TRYPSIN AT ATOMIC RESOLUTION AT JRNL TITL AND 283 K: A STUDY OF LIGAND BINDING JRNL REF ACTA CRYSTALLOGR., SECT.D V JRNL REFN ASTM ABCRE6 DK ISSN
28 PDB フォーマットファイルの例 (2) CRYST P ORIGX ORIGX ORIGX SCALE SCALE SCALE ATOM 1 N PRO A ATOM 2 CA PRO A ATOM 3 C PRO A ATOM 4 O PRO A ATOM 5 CB PRO A ATOM 6 CG PRO A ATOM 7 CD PRO A ATOM 8 N GLN A ATOM 9 CA GLN A ATOM 10 C GLN A ATOM 11 O GLN A ATOM 12 CB GLN A ATOM 13 CG GLN A ATOM 14 CD GLN A ATOM 15 OE1 GLN A ATOM 16 NE2 GLN A
29 PDB フォーマットにおける問題 1. 固定フォーマット の限界 2. 異なるフォーマットの混在 による混乱 3. 著者定義における不統一性 アミノ酸残基番号における例 A-91B ( 挿入 ) ( 削除 ) (flexible 部分で観測されない ) データ検証が困難 データ品質管理上の問題が残る
30 PDBML: PDB データ記述のカノニカル XML PDBML 設計のための留意点 : Macromolecular Crystallographic Information Format (mmcif) をテンプレートとして利用する mmcif の包括的な辞書における名前と構造をできるだけ用いる DTD ではなく さらにいろいろな記述が可能な XML Schema を採用する (Westbrook, Ito, Nakamura, Henrick, Berman (2004) Bioinformatics, in press)
31 テンプレートとしての mmcif (macromolecular Crystallographic Information Format) mmcif は name と value からなるデータ項目からできており XML における elements (tag と content) との対応性がよいため PDB フォーマットから XML のテンプレートとするのではなく mmcif を XML のテンプレートとする _name value <tag> content </tag>
32 mmcif の記述例 _entry.id 1GOF _cell.length_a _cell.length_b _cell.length_c _cell.angle_alpha _cell.angle_beta _cell.angle_gamma _symmetry.space_group_name_h-m 'C 2 ' loop atom_site.label_seq_id _atom_site.group_pdb _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.cartn_x _atom_site.cartn_y _atom_site.cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.b_iso_or_equiv _atom_site.id 1 ATOM N N ALA 1 A ATOM C CA ALA 1 A ATOM C C ALA 1 A ATOM O O ALA 1 A ATOM C CB ALA 1 A ATOM N N SER 2 A ATOM C CA SER 2 A ATOM C C SER 2 A ATOM O O SER 2 A ATOM C CB SER 2 A ATOM O OG SER 2 A
33 PDBML の記述例 (1) HELIX 1 1 ILE A 7 PRO A <PDBx:struct_confCategory> <PDBx:struct_conf id="helx_p1"> <PDBx:conf_type_id>HELX_P</PDBx:conf_type_id> <PDBx:pdbx_PDB_helix_id>H1</PDBx:pdbx_PDB_helix_id> <PDBx:beg_label_comp_id>ILE</PDBx:beg_label_comp_id> <PDBx:beg_label_asym_id>A</PDBx:beg_label_asym_id> <PDBx:beg_label_seq_id>7</PDBx:beg_label_seq_id> <PDBx:end_label_comp_id>PRO</PDBx:end_label_comp_id> <PDBx:end_label_asym_id>A</PDBx:end_label_asym_id> <PDBx:end_label_seq_id>19</PDBx:end_label_seq_id> <PDBx:beg_auth_comp_id>ILE</PDBx:beg_auth_comp_id> <PDBx:beg_auth_asym_id>A</PDBx:beg_auth_asym_id> <PDBx:beg_auth_seq_id>7</PDBx:beg_auth_seq_id> <PDBx:end_auth_comp_id>PRO</PDBx:end_auth_comp_id> <PDBx:end_auth_asym_id>A</PDBx:end_auth_asym_id> <PDBx:end_auth_seq_id>19</PDBx:end_auth_seq_id> <PDBx:pdbx_PDB_helix_class>1</PDBx:pdbx_PDB_helix_class> <PDBx:details>3/10 CONFORMATION RES 17,19</PDBx:details> <PDBx:pdbx_PDB_helix_length>13</PDBx:pdbx_PDB_helix_length> </PDBx:struct_conf>
34 PDBML の記述例 (2) <PDBx:atom_siteCategory> <PDBx:atom_site id="1"> <PDBx:group_PDB>ATOM</PDBx:group_PDB> <PDBx:type_symbol>N</PDBx:type_symbol> <PDBx:label_atom_id>N</PDBx:label_atom_id> <PDBx:label_comp_id>THR</PDBx:label_comp_id> <PDBx:label_asym_id>A</PDBx:label_asym_id> <PDBx:label_entity_id>1</PDBx:label_entity_id> <PDBx:label_seq_id>1</PDBx:label_seq_id> <PDBx:Cartn_x>17.047</PDBx:Cartn_x> Full-tag 記述 (all) <PDBx:Cartn_y>14.099</PDBx:Cartn_y> <PDBx:Cartn_z>3.625</PDBx:Cartn_z> <PDBx:occupancy>1.00</PDBx:occupancy> <PDBx:B_iso_or_equiv>13.79</PDBx:B_iso_or_equiv> <PDBx:auth_seq_id>1</PDBx:auth_seq_id> <PDBx:auth_comp_id>THR</PDBx:auth_comp_id> <PDBx:auth_asym_id>A</PDBx:auth_asym_id> <PDBx:auth_atom_id>N</PDBx:auth_atom_id> <PDBx:pdbx_PDB_model_num>1</PDBx:pdbx_PDB_model_num> </PDBx:atom_site> 原子座標のみ別ファイル (no-atom & ext-atom) <atom_record id="1">atom 1 A A 1 1?. THR THR N N N </atom_record>
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44 PDBjViewer or jv インタラクティブな分子グラフィック表示を RasMol タイプのコマンドで実行 ( ソースコード公開 ). スタンドアローンとしても JAVA によりアプレットとしても利用できる XML で定義されるポリゴンが表示され操作される PDBML ファイル (all & ext-atom) をパースできる
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48 PDBMLplus データベースシステム RCSB download (FTP) Internet downloader FTP server Web server xpsss PDBML (noatom) AddInformation XSLT processor XML-DB Function/ Source Information CATRES Data Annotation Data Get/Input Tools PDBMLplus Filtering (error cut etc ) PDBMLplus PDBMLplusF PDBMLplus PDBMLplusF Loader GNET Swisprot PIR GenBank EBI CATRES
49 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
50 オリジナルのPDBデータに対する追加情報の付加 現状のPDBファイルには 実験条件や実験手法等 多くの情報が欠落している また アミノ酸残基および原子レベルでの機能情報が記述されているのはまれである そこで 拡張が容易であるXML 記述の特性を生かして 文献や他のデータベースからそれらの情報を アノテータが追加している
51 欠落している実験データの付加 <exptl> <method>synchrotron RADIATION</method> <crystal id="1"> <grow auth_validate="n" update_id="6"> <method auth_validate="n" update_id="6">microdialysis</method> <temp auth_validate="n" unit="℃" update_id="6">4</temp> <ph auth_validate="n" update_id="6">4</ph> </grow> <grow_comp id="1" auth_validate="n" update_id="6"> <sol_id auth_validate="n" update_id="6">1</sol_id> <name auth_validate="n" type="common name" update_id="6">protein</name> <conc auth_validate="n" unit="mg/ml" update_id="6">13</conc> </grow_comp> <grow_comp id="2" auth_validate="n" update_id="6"> <sol_id auth_validate="n" update_id="6">2</sol_id> <name auth_validate="n" type="common name" update_id="6">ammonium sulphate</name> <conc auth_validate="n" unit="%sat" update_id="6">70</conc> </grow_comp> : : </crystal> </exptl>
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53 機能データの追加 <struct> <site id="catres1" auth_validate="n" info_subtype="catalytic" info_type="catres" update_id="2"> <num_residues>3</num_residues> <details>a catalytic site defined by CATRESS, Medline </details> <site_gen nid="1"> <label_comp_id>arg</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>100</label_seq_id> <details>transition-state stabilisation. stabilise negatively charged tetrahedral intermediate</details> </site_gen> <site_gen nid="2"> <label_comp_id>asp</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>46</label_seq_id> <details>acid/base, transition-state stabilisation. stabilises positively charged NH3+ part of intermediate, then as a base removes proton from this, leading to collapse and formation of asn</details> </site_gen> <site_gen nid="3"> <label_comp_id>gln</label_comp_id> <label_asym_id>1</label_asym_id> <label_seq_id>116</label_seq_id> <details>transition-state stabilisation. stabilise negatively charged tetrahedral intermediate</details> </site_gen> </site> </struct>
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56 xpsss において追加された情報 PDB の全登録数 29,101 GO (Genome Ontology) 情報 (Biological Process, Molecular Function, Cellular Component) 20,066 文献情報からの抽出情報 11,066 ef-siteからの機能情報 10,033 Swiss-Prot からの機能情報 (ACT_SITE, BINDING, DNA_BIND, NP_BIND, ZN_FING, TRANSMEM) CATRES EBI-からの機能情報 extcaters ( ホモロジー解析による追加 ) 14, ,433 Medline 文献情報 25,335 (January 2005)
57 12AS(Asn Synthetase) の機能情報検索を行う XPath サーチ
58 SOAP (Simple Object Access Protocol) の利用例 %./sample1.pl 50 <struct_site_gen auth_validate="n" info_subtype="catalytic" info_type="catres" ino:id="71" nid="1" site_id="catres1" update_id="1" xmlns:xsi=" <label_comp_id>arg</label_comp_id> <label_asym_id>a<label_asym_id></label_asym_id> <label_seq_id>100<label_seq_id></label_seq_id> <details>transition-state stabilisation. stabilise negatively charged tetrahedral intermediate</details> </struct_site_gen> <struct_site_gen auth_validate="n" info_subtype="catalytic" info_type="catres" ino:id="71" nid="2" site_id="catres1" update_id="1" xmlns:xsi=" <label_comp_id>asp</label_comp_id> <label_asym_id>a<label_asym_id></label_asym_id> <label_seq_id>46<label_seq_id></label_seq_id> <details>acid/base, transition-state stabilisation. stabilises positively charged NH3+ part of intermediate, then as a base removes proton from this, leading to collapse and formation of asn</details> </struct_site_gen> <struct_site_gen auth_validate="n" info_subtype="catalytic" info_type="catres" ino:id="71" nid="3" site_id="catres1" update_id="1" xmlns:xsi=" <label_comp_id>gln</label_comp_id> <label_asym_id>a<label_asym_id></label_asym_id> <label_seq_id>116<label_seq_id></label_seq_id> <details>transition-state stabilisation. stabilise negatively charged tetrahedral intermediate</details> </struct_site_gen>
59 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
60 Development of Secondary Databases Protein Molecular Surface Database, ef-site (Kinoshita & Nakamura) Protein Dynamics Database, ProMode (Wako & Endo) Sequence Navigator & Structure Navigator (Standley) Alignment of Structural Homologues, ASH (Standley & Toh) Encyclopedia of Protein Structures, eprots (Ito & Nakamura)
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62 Kinoshita et al., J. Struct. Funct. Genomics 2, 9-22 (2002) Kinoshita & Nakamura, Bioinformatics (2004) in press. ef-site database ef-site electrostatic-surface of Functional site antibody (103) prosite (5399) ActiveSite (5042) Membrane (51) Binding site (15,480) as a total: 19,121 entries without redundancy
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69 ASH: Alignment of Structural Homologues 配列 構造統合アラインメントの設定画面 ASH アラインメント結果の表示例
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73 NER: Number of Equivalent Residues Standley, Toh, Nakamura (2004) PROTEINS 57,
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75 日本蛋白質構造データバンク :PDBj 1. 国際蛋白質構造データバンク (wwpdb) の創設と協力 2. 蛋白質立体構造データベース登録作業 3. 蛋白質構造情報の標準 XML 記述 (PDBML) の開発とその応用 4. 蛋白質構造解析実験および蛋白質機能に関する文献情報の付加 5. 蛋白質立体構造に関する新規二次データベースの構築と解析ツールの開発 6. 教育用蛋白質構造データベース (eprots) の開発
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DNA mrna Glycine: G Serine: S Alanine: A Methionine: M Valine: V Phenylalanine: F Aspartic acid: D
DDBJing and PDBjing, 2006 2 2 : PDBj http://www.pdbj.org/ Protein προτειω prima materia: 1838 J.J. Berzelius (Sweden) Proteome =protein+ ome Genome =gene + ome DNA mrna Glycine: G Serine: S Alanine: A
PDBj : : 1
PDB (PDBj) http://www.pdbj.org Mar. 3, 2008 PDBj : : 1 PDBj PDB ID / / XML (xpsss) (Sequence-Navigator) (Structure-Navigator) (ASH) (ProMode) (ef-site) (EM-Navigator) New! GUI (Protein Globe) New! (eprots)
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DDBJing & PDBjing, 2006 年 2 月 2 日 PDBj ウェブサービスの利用法 (xpsss を中心に ) 伊藤暢聡 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部 構造情報研究室 http://www.pdbj.org/ 1.PDBID が既知の時の検索 ( 例 )PDBID = 9pap の場合 9pap ワイルドカード : * が利用できるので *pap, 9*, * でも検索可能
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PDB データの読み解き方 mmcif と PDBML 金城玲 大阪大学蛋白質研究所 この講義の内容 PDB の 新しい フォーマットの必要性 PDB の 新しい フォーマットである mmcif その XML への 直訳 である PDBML mmcif と PDBML の基礎である PDBx 辞書 これらの具体例 2 PDB の 新 フォーマット 旧 フォーマットは いわゆる PDB ファイ ルのフォーマットのこと
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mmCIF とPDBML形式
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PDBのデータとその見方 探し方 PDBj講習会 金城玲 大阪大学蛋白質研究所 この講義の内容 PDBjを使った基本的な検索法 PDBデータの読み方 PDB format mmcif format PDBML format jvを使った立体構造の眺め方(時間があれば) 基本的な検索法 エントリーの取得 キーワード検索 dvanced search (細かな条件を指定した検索 http://www.pdbj.org/
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Microsoft PowerPoint - 統合DBシンポ090612rev1.ppt
文科省統合データベースプロジェクトシンポジウム東大武田先端知ビル,2009 年 6 月 12 日 蛋白質構造データバンク事業と 国際的な展開 中村春木 大阪大学蛋白質研究所 PDBj 日本蛋白質構造データバンク PDB (Protein Data Bank) since 1971: 蛋白質の立体 (3 次元 ) 構造情報 原子種とその座標 アミノ酸残基 実験手法 実験時の情報 実験観測データ ( 構造因子
Microsoft PowerPoint - PSSJ_2019神戸（栗栖）
PDBj と wwpdb の今後の活動方針について (Activity plan of PDBj and wwpdb) 栗栖源嗣 (Genji Kurisu) 大阪大学蛋白質研究所 (Institute for Protein Research, Osaka Univ.) wwpdb.org 1 生体高分子の 3 次元構造に関する情報を集めた世界に一つのデータベース 1971 年からのデータが集積され,
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ISO 14001 ISO 13485:2003 0086 Beautiful Teeth Now...4...5...6...7...8...9...9...10...10....11...11...12...13...14...17...18...23...24...29 1...30 2...32 3...33 4...34...35...39 3 beautiful teeth now 2
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第１部 蛋白質とは Protein Data Bank (PDB)とは
蛋白質立体構造データベース とその検索 きんじょう あきら 金城 玲 大阪大学蛋白質研究所 プロテオミクス総合研究センター および 情報 システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 第１部 蛋白質とは Protein Data Bank (PDB)とは 蛋白質入門 lberts et al., Molecular Biology of the ell (4/e) 遺伝子のDN配列がmRN
GDP 10 10 10 TFP CRD
GDP 10 10 10 TFP CRD OECD OECD GDP 10 GDP +255 +70 2.3 8 +1.8 +64 Bureau of Economic Analysis 10 20 4.1 1.4 3.7 +0.3 +0.4 Groningen Growth and Development Centre, 60-Industry Database GDP Bureau of Economic
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国際比較からみた介護システムの役割分担
* OECDLong-term Care for Older People E-mail: lfy@hotmail.co.jp Long-term care Long-term care for older people OECDLTC GDP. OECD WHOHealth life expectancy : HALE GDP Martins et al OECD OECD OECD Residential
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1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 < EUROPE, MIDDLE EAST & AFRICA > ALBANIA : ITD Sh.p.k. http://www.itd-al.com AUSTRIA : Epson Deutschland GmbH http://www.epson.at BELGIUM : Epson Europe B.V. Branch
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2005 10 13 Dr. RGA 19602000 10 Australian Institute of of Health and and Welfare 2004 ABS Cat. Cat. No. No. 3201.0; AIHW National Population Database 1875 2 211997 8 122164 http://www.wowzone.com/calment.htm
II a. 1 2 3 3 4 4 5 5 6 b. 6 7 7 8 8 9 10 11 9 10 11 1 2 b. 2 3 6 7 c. 4 8 5 6 9 7 8 10 9 10 11 1112 12 13 13 14 d. 14 15 15 16 423m 16 17 17 1 a. 2 1
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2: VPN Australia, Austria, Canada, China, Denmark, Finland, Germany, Hong Kong, India, Indonesia, Italy, Kenya, Korea, Republic of, Malaysia, N
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GDP 10 GDP +255 +70 2.3 8 +1.8 +64 Bureau of Economic Analysis 2
OECD OECD 1 GDP 10 GDP +255 +70 2.3 8 +1.8 +64 Bureau of Economic Analysis 2 10 20 4.1 1.4 3.7 +0.3 +0.4 Groningen Growth and Development Centre, 60-Industry Database 3 GDP Bureau of Economic Analysis
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GNH Gross National Happiness Criteria living standard cultural diversity emotional well being health education time use eco-system community vitality
GNH Gross National Happiness Criteria living standard cultural diversity emotional well being health education time use eco-system community vitality good governance Dimensions and Indicators of GNH The
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1
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2006 11 30 INIS INIS INIS:International Nuclear Information System IAEA 1970 116 22 DB 2,748,601 2006 9 INIS,etc 70 63 MF CD-ROM 1996 1997 2005 (*) MF INIS 2005 26% 12% 11% 7% 6% IAEA 5% 4% 8% 3% 3%
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PDBj のウェブサービス 金城 玲 大阪大学蛋白質研究所 日本蛋白質構造データバンク PDBj ウェブサービスとは WWWを介してデータの取得 解析などをサー バ側で行うサービス 人が直接使うことは意図されていない プログラム等を使って大量に処理できる(単純) 作業を意図している SOAP, REST PDBjの提供するウェブサービス 大きく分けて２種類 PDBデータの取得 検索用のRESTfulウェブサービ
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株式会 社 LIFULL 102-0083 東 京 都 千代田区麹町 1-4 - 4 TEL 03-6774 - 1600 代表 FAX 03-6774 - 1737 LIFULL.com 2017.04 LIFE FULL LIFEFULL LIFULL LIFULL LIFEFULL LIFULL L LIFULL 事業方針 人々の暮らしや 人生を満たすサービスをつくり続けること LIFULL
Digestive Endoscopy (DEN) の 国際化と発展 岩手医科大学内科学講座消化器内科消化管分野 松本主之 Digestive Endoscopy (EIC)
Digestive Endoscopy (DEN) の 国際化と発展 岩手医科大学内科学講座消化器内科消化管分野 松本主之 Digestive Endoscopy (EIC) Digestive Endoscopy (DEN) について 日本消化器内視鏡学会の公式英文誌として 1989 年に創刊. 現在 29 年目. 2011 年まで季刊年 4 号を出版.2012 年より隔月年 6 号 supplement
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IP Triple Play Copyright 2006, Allied Telesis Holdings, A rights reserved.
IP Triple Play . 1982 LAN LAN 1987 3 Norway Sweden Allied Telesyn Inc. United States* Mexico Canada Corporate Head Office Regional Head Office Engineering Locations Manufacturing Locations All other
別添 5 研究開発課題別事後評価結果 1. 研究開発課題名蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化 (PDBj) 2. 代表研究者名中村春木 ( 大阪大学蛋白質研究所教授 ) 3. 代表研究者による成果開発概要 3-1. 研究目的欧米 日本を中心とする国際的な構造ゲノムプロジェクトの進展 成熟に
研究開発課題別事後評価結果 1. 研究開発課題名蛋白質構造データバンクの国際的な構築と高度化 (PDBj) 2. 代表研究者名中村春木 ( 大阪大学蛋白質研究所教授 ) 3. 代表研究者による成果開発概要 3-1. 研究目的欧米 日本を中心とする国際的な構造ゲノムプロジェクトの進展 成熟によって 蛋白質 核酸等の生体高分子の立体構造が 従来に比べて迅速に決定される時代を迎えている PDB(Protein
機関リポジトリ.PDF
2006. 9. 12 tokizane@aichi-u.ac.jp 1 2 Repository 3 1991 Paul Ginsparg e-print (arxiv.org) 1997 Harnad Cogprint 1999 Open Archives Initiative (OAI) 2000 DSpace (MIT) 4 arxiv.org OAI-PMH PubMed Central
Bio-Mirror Project
Bio-Mirror 鵜川義弘 @ 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ http://www.bio-mirror.net/ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7,
ParkOptions&ACC_2001_Jap.ai
Park AFM www.parkafm.co.jp Park AFM 02 Park Systems Enabling Nanoscale Advances 04 06 08 10 11 12 14 15 16 18 19 03 Park AFM SmartScan TM 04 Park Systems Enabling Nanoscale Advances 05 Park AFM 06 Park
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FORMATH Vol. 8 (2009): 63 91 63 FAO, The Reporting Status of FAO Statistics on the Forest Resources and Forest Products Oka, Hiroyasu : : Abstract:,,, FAO (2005 ) (2006 ). FRA2005 7, 9. 99%,, FAO. 3/4,.,
prd-100731s001-20101026_1253(2).pdf
ISSN 1340-6671 POWER & ENERGY SYSTEM NEWSLETTER No.41 Nov 2010 POWER & ENERGY SYSTEM NEWSLETTER No.41 Nov 2010 POWER & ENERGY SYSTEM 200mm 300mm 450mm 650mm NEWSLETTER No.41 Nov 2010 Abstracts Submitted
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ISO/TC92/SC4 2005.01.24 1 2 1985 4 1991 11 1992 4 ISO 1998 5 3 (( ) ( ) 4 ISO ISO IEA 5 ISO TC59 10 219 TC92 21 TC98 TC163 TC205 6 TC92 Fire Safety 7 TC92 Fire Safety SC1 Fire Initiation and Growth SC2
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1 2. Nippon Cataloging Rules NCR [6] (1) 5 (2) 4 3 (3) 4 (4) 3 (5) ISSN 7 International Standard Serial Number ISSN (6) (7) 7 16 (8) ISBN ISSN I
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Development of Digital Archive System of Comics Satoshi Tsutsui Kojima Kazuya The comic published in Japan is liked to read from of old by a lot of people, and builds our life and implications now. The
37-4.indd
ISSN 0916-3328 東京大学アイソトープ総合センター VOL. 37 NO. 4 2007. 3. 26 アイソトープ総合センターの将来展望 40 18 18 20 3 800 1/3 1300 14 18 20 3 19 2 生きた細胞内の分子過程を 時間 空間計測する蛍光プローブの開発 1. はじめに Fura-2 Fura-2 198 1, 2 3, 4 2. 生体脂質分子の機能とその分析
1. Precise Determination of BaAl2O4 Cell and Certification of the Formation of Iron Bearing Solid Solution. By Hiroshi UCHIKAWA and Koichi TSUKIYAMA (
1. Precise Determination of BaAl2O4 Cell and Certification of the Formation of Iron Bearing Solid Solution. By Hiroshi UCHIKAWA and Koichi TSUKIYAMA (Central Research Laboratory, Onoda Cement Co., Ltd.,
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平 成 23 年 4 月 20 日 構 造 バイオインフォマティクス 基 礎 立 体 構 造 データベースと その 利 用 東 京 大 学 大 学 院 農 学 生 命 科 学 研 究 科 アグリバイオインフォマティクス 教 育 研 究 ユニット 寺 田 透 立 体 構 造 データベース Protein Data Bank (PDB) タンパク 質 核 酸 などの 生 体 高 分 子 の 立 体 構
第２章 生物有機化学実験及び実験法
1.9.2.2. タンパク質立体構造解析ツールの利用 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - タンパク質の機能を理解するためにはタンパク質の立体構造を正しく理解する必要がある. タンパク質の立体構造は主に X 線結晶構造解析により決定されている. 決定された構造情報はタンパク質データバンク
2 24
J-REIT 2012/05/18 2 24 J-REIT 3 J-REIT 2001 9J-REIT10 2007 J-REIT7 42 42 33 2010 2 3 J-REIT 22012 4 IPO 4 343.5 4 J-REIT10 3000.00 2500.00 REIT TOPIX 2000.00 1500.00 1000.00 NCR(*) 2010/6 500.00 2001/9
Please enter the following 'extra' attributes to be sent with your certificate request A challenge password []: An optional company name []: Using con
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IIS で SSL(https) を設定する方法 Copyright (C) 2008 NonSoft. All Rights Reserved. IIS でセキュアサーバを構築する方法として OpenSSL を使用した方法を実際の手順に沿って記述します 1. はじめに IIS で SSL(https) を設定する方法を以下の手順で記述します (1) 必要ソフトのダウンロード / インストールする
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New version (2.15.1) of Specview is now available Dismiss Windows Specview.bat set spv= Specview set jhome= JAVA (C:\Program Files\Java\jre<version>\
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Specview VO 2012 2012/3/26 Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html
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1 2 3 4 Alteration of program parameters Effect Increase hybridization temperature Can prevent false positive signals, decrease background, can also increase dynamic range Decrease hybridization temperature
Web of Scienceの使い方. 2004年12月版
Title Web of Science の使い方 Author(s) 北海道大学附属図書館参考調査係 Issue Date 2004 Doc URL http://hdl.handle.net/2115/360 Rights(URL) http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.1/jp/ Type learningobject Note ライブラリーセミナー
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4-264-053-02(1) / DVD BDP-SX1 m 2 5 6 1 1 AC a b, c 2 , AC AC, AC, AC, 3 4 AC,, 5,,, AC 30 1 AC 6 AC 100 240V AC, 7 HDMI OUT HDMI OUT HDMI OUT Cinavia Cinavia Cinavia http:// www.cinavia.com Cinavia Cinavia
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2017年度研究開発実施報告書（統合化推進プログラム_栗栖チーム）
ライフサイエンスデータベース統合推進事業 ( 統合化推進プログラム ) 研究開発実施報告書様式 研究開発実施報告 概要 研究開発課題名 開発対象データベースの名称 (URL) 研究代表者氏名 所属 役職 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 日本蛋白質構造データバンク (PDBj) (https://pdbj.org) 栗栖源嗣 大阪大学蛋白質研究所教授 目次 1. 研究実施体制...
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MDGs Millennium Development Goals MDGsMDGs C
2014 1 150 43 5 1 15 MDG, 2000 1 MDG 8 1 7.C 2015 2014 2 1990 762012 89 1990 2012 23 MDG 60 3 MDG 7.C 2014 1990 4 1 10 162 2014 7 7 4 MDGs 10 1 2 1 2 3 4 1. 1 1. 2000 9 1990 Millennium Development Goals
Microsoft PowerPoint - 蛋白質科学会ランチョン2011_15min_001
蛋白質科学会ランチョンセミナー 生体高分子 NMR データバンク (BMRB) のデータ応用事例とデータ登録および解析支援ツール 大阪大学蛋白質研究所プロテオミクス総合研究センター小林直宏 1 生体高分子の NMR データ : 化学シフトデータとは? 化学シフト異方性 環電流効果 その他水素結合 化学交換など 化学構造ばかりではなく 3 次構造と動力学的状態に影響を受ける 同じ条件で測定されれば極めて高い再現性を示す
FMO法演習
FMO 法は受容体蛋白質とリガンドとの相互作用の解析に有効な手法である この相互作用エネルギーは非経験的電子軌道法近似の精度をもち また 相互作用エネルギーを各エネルギー要素に分解できる 創薬 には 様々なレベルの開発手法が必要であるが その一つの段階として 標的蛋白質と設計 合成された薬物の相互作用エネルギーを解析する事は有用である 薬物開発における FMO 法の利用方法を実習する FMO 法は京都大学薬学研究科の北浦和夫博士が発明した
2. 設定画面から 下記の項目について入力を行って下さい Report Type - 閲覧したい利用統計の種類を選択 Database Usage Report: ご契約データベース毎の利用統計 Interface Usage Report: 使用しているインターフェイス * 毎の利用統計 * 専用
EBSCOadmin 利用統計設定方法 EBSCOadmin 内の Report & Statistics 機能をご利用頂くことで セッション別 発信元の IP アドレス別 デー タベース別 最も多く検索された雑誌タイトルなどに限定して ユーザーのデータベース利用頻度を把握すること ができます ここでは 基本的なデータベースの利用統計レポートの作成方法をご説明します 利用統計を設定する (=Standard
46 12 3 1 ATP ( ) ATP ~P 1~P hyd Gº 1 1 1950 ~P hyd Gº Hansia et al. Biophys Chem 119: 127, 2006 ~P hyd Gº 1? ATP hyd Gº ATP ATP ATP ~P ε ~P George [BBA 223: 1, 1970] ~P 2) hyd Gº 1. ph Mg 2+ 2. 1 2 2
利用者ガイド NAREGI Middleware UMS (User Management Server) 2008 年 10 月 国立情報学研究所 ドキュメントリスト 管理者ガイドグループ IS(Distributed Information Service) IS(Distributed Information Service) - LRPSConfig - SS(Super Scheduler)
国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク：DDBJ
DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data
HIS-CCBASEver2
Information Access Interface in the Immersive Virtual World Tetsuro Ogi, *1*2*3 Koji Yamamoto, *3*4 Tadashi Yamanouchi *3 and Michitaka Hirose *2 Abstract - In this study, in order to access database server
PowerPoint Presentation
鉄スクラップ : 欧州マーケット JISRI, Kobe, Japan, June 2019 デイビスインデックス社について デイビスインデックス社は価格に関するレポートやデータ分析により世界のスクラップマーケット情報を提供しています 創業者 : ショーン デビッドソン Fastmarkets AMM 社や Argus Metal Prices 社において記者として 10 年以上従事 新断価格指標や先物の創設に携わった
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EUREPGAP / Good Agricultural Practice 6 05 2007 8 SGS 2004 28.8 2,592 2004 28.8 2,592 3 9 5 EUREPGAP 6 10 EUREPGAP(2006 12 31 10,000 35 180 59,301 7 8 11 9 10 12 Voluntary run by supermarkets Fresh Fruit
スライド 1
ニールセンレポート 2012 年 5 月 全世界で家庭の PC からのアクセスによる 動画消費は オンライン消費者にとってテレビ利用と同等に位置づけられる オンライン消費者の 36% がスマートフォンを所有している これは 2010 年から 15% ポイントの上昇 オンライン及び モバイル動画の消費は安定しており オンライン回答者の 35% が携帯電話で決済をしても良いとしている 成長に向けての準備が整っている
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< > Introduction to Basic Organic Chemistry 1,2 [ 2 [ 10 11 12 13 14 15 [ [ [ [ KULASIS < > Introduction to Basic Physical Chemistry 1,2 2 [ advanced [ 11 12 14 15 [ [ [ [ KULASIS < > Introduction to Basic
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Web Web 1 Web XML DB Web EAI 2 RDF RDF Schema DAML+OIL OWL (Web Ontology Language) 3 Resource Description Framework (RDF) W3C XML http://www.net.intap.or.jp/intap/s-web/
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BlueJeans 操作マニュアル BlueJeans 利用のためのテストサイト パソコンの場合 ブラウザ (Chrome, Safari, Firefox) を開き アドレスバーに bluejeans.com/111 と入力 下部の JOIN WITH BROWSER をクリック Computer audio をクリック後 次画面で Join Meeting のボタンをクリック オウムの画像が表示されて
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Pharmaceutical Segment 12 13 14 Pharmaceutical Segment 15 16 Pharmaceutical Segment 17 GERMANY CHINA JAPAN U.S.A. KOREA SINGAPORE 18 Pharmaceutical Segment 19 20 Pharmaceutical Segment 21 22 Pharmaceutical
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Yubidenwa Apple Apple iphone ipod touch ipad itunes Apple Inc. 1 はじめに 指伝話メモリ ipad 専用 画像と音声を組み合わせて使うアプリです 絵と文字と音声を使ってコミュニケーションします 絵と文字と音声 組み合わせ方いろいろ 絵や写真のカードをタップ カードの表示内容が変わると 同時に声でことばを伝えるのが基本的な使い方です カードの表示内容は
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201 Presenteeism 202 203 204 Table 1. Name Elements of Work Productivity Targeted Populations Measurement items of Presenteeism (Number of Items) Reliability Validity α α 205 α ä 206 Table 2. Factors of
Foreword
2011-12 Foreword 2011-12 2 2011-12 4 2011-12 541 (CFO) 100 Mark Weinberger Global Vice Chair Tax Deborah Nolan Americas Tax Controversy Leader Rob Thomas Director Tax Policy & Controversy 2011-12 3 4 2011-12
独立行政法人産業技術総合研究所 PMID-Extractor ユーザ利用マニュアル バイオメディシナル情報研究センター 2009/03/09 第 1.0 版
独立行政法人産業技術総合研究所 PMID-Extractor ユーザ利用マニュアル バイオメディシナル情報研究センター 2009/03/09 第 1.0 版 目次 1. はじめに... 3 2. インストール方法... 4 3. プログラムの実行... 5 4. プログラムの終了... 5 5. 操作方法... 6 6. 画面の説明... 8 付録 A:Java のインストール方法について... 11
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CAPEC, 2009 6 16 June 16, 2009 Page 1 CAPEC EMS 1. EMS USA EU 2. EMS 3. EMS 4. EMS 5. CAPEC 6. EMS June 16, 2009 Page 2 EMS EC 3 EMS EMS EMS EMS CAPEC EMS CAPEC EMS EMS June 16, 2009 Page 3 EU EU EC 1997/67/EC
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2006 EU EU 2005 58.7Mtoe 2 3 2005 2004 3.1Mtoe 58.7Mtoe 2004 0.2Mtoe 2005 5.3Mtoe EurObserv ER EurObserv ER 4 2 6.2Mtoe 2004 5.6% 3.1Mtoe 1 2 6.2Mtoe 2003 2005 11.8% 2 2005 EU25 1 Mtoe 2 3 4 CHP 4 64.2%