計算機生命科学の基礎II_
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- うまじ あきくぼ
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1 Ⅱ
2 BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA
3 BioGPS GEO NGS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas mrna, SNP, CNV, etc.
4 BioGPS
5 BioGPS GEO BioGPS (GSE1133) (GSE10246)
6 Gene Expression Omnibus (GEO) NCBI ArrayExpress
7 Connectivity Map up down ProbeSetID (Affymetrix GeneChip Human Genome U133A Array) ( BioMart
8 results details foldchange
9 CEL data matrix 6100
10 Connectivity Map HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssmcf7 TCGA
11 The Cancer Genome Atlas (TCGA) mrna, SNP, CNV cbioportal Acute Myeloid Leukemia [LAML], Adrenocortical carcinoma [ACC], Bladder Urothelial Carcinoma [BLCA], Brain Lower Grade Glioma [LGG] 34
12 cbioportal TCGA
13 cbioportal: (1) Mutated Genes
14 cbioportal: (2)
15 cbioportal: Co-Expression Co-Expression
16 cbioportal: Survival
17 cbioportal: Network NCI_Nature (Pathway Intraction Database), HPRD, REACTOME, DrugBank
18
19 ??
20 (circos, chord diagram)
21 , t-
22
23
24 stem cell ES BioGPS stem cell ES liver, heart 180 GO stem cell
25 (functional analysis): GO, DAVID, GSEA (biological function) GO 2 The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)
26 GO Gene Ontology Gene Ontology (GO) 1 Myc GO DNA binding, E-box binding, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, double-stranded DNA binding, protein binding, protein complex binding, protein dimerization activity, protein heterodimerization activity, etc.
27 (DAG) GO
28 GO GO kinase ->
29 GO GO apoptosis GO apoptotic process apoptosis GO: nucleic acid binding transcription factor activity GO: transcription, DNAtemplated metastasis
30 GO inflammatory response GO inflammatory response negative regulation positive regulation negative, positive
31 The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) DAVID GO ID
32 DAVID 1 1 GO p-value Enrichment Score Enrichment Score > 1.3
33 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) GSEA DAVID Enrichment Score MSigDB index.jsp
34 Gene Set GO metastasis EMT MSigDB GO GO
35 *MSigDB
36 GSEA Enrichment Score n DAVID up, down up, down *GSEA GO up down
37 KEGG GO DAVID GSEA KEGG pathway.html
38 GO GSEA up, down up, down
39 > > NGS > Weighted correlation network analysis (WGCNA)
40 WCGNA, DAVID Prudencio et al., Nat. Neurosci Aug;18(8): RNA-Seq DAVID
41
42 URL BioGPS - GEO - Connectivity Map - TCGA - cbioportal - DAVID - GSEA - KEGG - WCGNA - Rpackages/WGCNA/
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