計算機生命科学の基礎II_

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2 BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA

3 BioGPS GEO NGS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas mrna, SNP, CNV, etc.

4 BioGPS

5 BioGPS GEO BioGPS (GSE1133) (GSE10246)

6 Gene Expression Omnibus (GEO) NCBI ArrayExpress

7 Connectivity Map up down ProbeSetID (Affymetrix GeneChip Human Genome U133A Array) ( BioMart

8 results details foldchange

9 CEL data matrix 6100

10 Connectivity Map HL60, MCF7, PC3, SKMEL5, ssmcf7 TCGA

11 The Cancer Genome Atlas (TCGA) mrna, SNP, CNV cbioportal Acute Myeloid Leukemia [LAML], Adrenocortical carcinoma [ACC], Bladder Urothelial Carcinoma [BLCA], Brain Lower Grade Glioma [LGG] 34

12 cbioportal TCGA

13 cbioportal: (1) Mutated Genes

14 cbioportal: (2)

15 cbioportal: Co-Expression Co-Expression

16 cbioportal: Survival

17 cbioportal: Network NCI_Nature (Pathway Intraction Database), HPRD, REACTOME, DrugBank

18

19 ??

20 (circos, chord diagram)

21 , t-

22

23

24 stem cell ES BioGPS stem cell ES liver, heart 180 GO stem cell

25 (functional analysis): GO, DAVID, GSEA (biological function) GO 2 The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)

26 GO Gene Ontology Gene Ontology (GO) 1 Myc GO DNA binding, E-box binding, RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, core promoter proximal region sequence-specific DNA binding, double-stranded DNA binding, protein binding, protein complex binding, protein dimerization activity, protein heterodimerization activity, etc.

27 (DAG) GO

28 GO GO kinase ->

29 GO GO apoptosis GO apoptotic process apoptosis GO: nucleic acid binding transcription factor activity GO: transcription, DNAtemplated metastasis

30 GO inflammatory response GO inflammatory response negative regulation positive regulation negative, positive

31 The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery (DAVID) DAVID GO ID

32 DAVID 1 1 GO p-value Enrichment Score Enrichment Score > 1.3

33 Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) GSEA DAVID Enrichment Score MSigDB index.jsp

34 Gene Set GO metastasis EMT MSigDB GO GO

35 *MSigDB

36 GSEA Enrichment Score n DAVID up, down up, down *GSEA GO up down

37 KEGG GO DAVID GSEA KEGG pathway.html

38 GO GSEA up, down up, down

39 > > NGS > Weighted correlation network analysis (WGCNA)

40 WCGNA, DAVID Prudencio et al., Nat. Neurosci Aug;18(8): RNA-Seq DAVID

41

42 URL BioGPS - GEO - Connectivity Map - TCGA - cbioportal - DAVID - GSEA - KEGG - WCGNA - Rpackages/WGCNA/

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