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さみなかきむら
4 years ago
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1 27//9 第 5 回医学統計勉強会東北大学病院循環器内科東北大学病院臨床研究推進センター共催東北大学大学院医学系研究科 EBM 開発学寄附講座宮田敏比率と分割表疾患の発症率など, 物事の頻度 (frequency) を議論する際, 以下の三つの概念を使い分ける. 比 (ratio):a, B ( ) が存在するとき,A/B を比という. A と B は互いを含まない. 例 : 性比.BMI= 体重 / 身長 2 割合 (roortion):a, B ( ) が存在し, 分子 Aが分母 B に含まれるとき,A/Bを割合という. 割合. 比率割合率 (rate): 単位時間あたりのイベントの発生割合. 率 = イベント発生件数 / 延べ観察時間 27//9 東北大学医学統計勉強会 2

2 割合と率 : 例 :4 匹のマウスの生存時間を観察した. A B C D 死亡死亡 3 9 2( 日 ) 死亡割合 : イベント数 / 標本数 = 2/4 =.5 死亡率 ( 人日法 ): イベント数 / 延べ観察時間 =2/( )=.556 率は, 時間単位によって値が変わることに注意. 27//9 東北大学医学統計勉強会 3 母比率の推定と検定 X,, X n 推定量 : 期待値 : 分散 : 標準誤差 : s. e. : イベントの有無 : イベント有り X PX i, i : イベントなし ˆ E V X n ˆ ˆ ˆ ˆ n ˆ ˆ ˆ n 2 母比率比率の推定量 ˆ が, 近似的に正規分布に従うことを用いて, 信頼区間や仮説検定を構成する. 27//9 東北大学医学統計勉強会 4

3 母比率の信頼区間 ( 信頼水準 %) z ˆ ˆ ˆ, ˆ z ただし, : 標準正規分布の上側 2 % 点母比率の仮説検定 ( 有意水準 α) H H ˆ ˆ / 2 / 2 / 2 n z : : n 棄却域 : Z ˆ 2n n z 2 27//9 東北大学医学統計勉強会 5 Cloer Pearson 正確信頼区間前ページの信頼区間と仮説検定はよく用いられるが, 標本数が十分大きいときに適用される近似を用いている.( 通常 n > 5 程度 ) また, ˆ あるいはとなったとき, 信頼区間が構成出来ない. Cloer Pearson 正確信頼区間 ( テキスト P.4) x n x F, x x F2 x F2 n x ただし, F F 2,2 n x, 2x :df=2(n-x+), df2=2x のF 分布の上側 2 % 点. F 2 F 2,2 x, 2 n x :df=2(x+), df2=2(n-x) F 分布の上側 2 % 点. 27//9 東北大学医学統計勉強会 6

4 小標本の下での比率の検定標本数が少ない, あるいは比率の推定値が, に極端に近いときは, 信頼区間の場合と同様に仮説検定でも正規近似に基づく方法は使えない. 二項分布に基づく正確検定を行う必要がある例 : x, n, ˆ 27//9 東北大学医学統計勉強会 7 イベント率 ( 人年法 ) の信頼区間と検定イベント率 = イベント発生件数 / 延べ観察時間 > ##Examles from Rothman 998,. 238 > bc < c(unexosed = 5, Exosed = 4) > years < c(unexosed = 97, Exosed = 28) > dd < matrix(c(4,5,28,97),2,2) > dimnames(dd) < list(exosure=c("yes","no"), Outcome=c("BC","PYears")) > > rateratio.wald(dd) $data Outcome Exosure BC PYears Yes 4 28 No 5 97 Total $measure rate ratio with 95% C.I. Exosure estimate lower uer Yes. NA NA No イベント率の比と 95% 信頼区間 $.value two sided Exosure mid.exact wald Yes NA NA No イベント率の比較の検定の -value Mid-exact 法とWald 法の二つがある 27//9 東北大学医学統計勉強会 8

5 カテゴリデータの要約度数分布 : 水準カテゴリの種類度数各水準のデータ数割合 ( 相対度数 ) 度数 / サンプル数 (%) 分割表 (Contingency table):2 種類のカテゴリデータの水準の組み合わせごとに, 度数を求めた表. ( 例 ) 2 2 分割表疾患有り疾患なし要因陽性 a b 要因陰性 c d 27//9 東北大学医学統計勉強会 9 要因の有無により疾患を予測するとき, その精度を測るために以下の概念を定義する. 正答率 (accuracy rate): a d a b c d 感度 (sensitivity): 疾患有りのうち, 陽性と判断される割合. a a c 疾患有りなのに陰性と判断される割合を偽陰性率 (false negative rate) と呼ぶ. 特異度 (secificity): 疾患なしのうち, 陰性と判断される割合. d b d 疾患なしなのに陽性と判断される割合を偽陽性率 (false ositive rate) と呼ぶ. 陽性的中率 (ositive redictive rate): 陽性のうち疾患有りの割合. a a b 陰性的中率 (negative redictive rate): 陰性のうち疾患なしの割合. d c d 27//9 東北大学医学統計勉強会

6 検査数値が, 三段階以上もしくは実数値をとる場合, カットポイントのとる場所により, 複数の 2 2 分割表にデータをまとめることが出来る. 検査数値の順序に従って分割表を作り, 感度, 特異度が求める. 検査数値計疾患有り疾患なし ~4 疾患有り 29 疾患なし 9 2 感度 =.97, 特異度 =.3 ~3 4 疾患有り 8 2 疾患なし 3 感度 =.4, 特異度 =. 柳川堯, 木由布子 ( 著 ) バイオ統計の基礎医薬統計入門近代科学社 (2/2) 27//9 東北大学医学統計勉強会前項のように, 検査数値の可能なカットポイントの順に, 一連の分割表を作り感度, 特異度が計算出来る. 縦軸に感度, 横軸に (- 特異度 ) をとったグラフを ROC 曲線 (Receiver Oerating Characteristic curve) と呼び,ROC 曲線の下の面積を AUC (Area Under Curve) あるいは C 統計量 (C statistic) と呼ぶ. 感度はに近く, 特異度はに近い = (- 特異度 ) はに近いことが望ましいわけだから,AUC は大きいほうが望ましい. AUC は.5 < AUC <. となることが示される. 27//9 東北大学医学統計勉強会 2

7 感度, 特異度共に大きい (. に近い ) 方が望ましい. ROC 曲線の左上端の点に対応する検査数値が, 最適な分岐点. ロジスティック回帰の適合度の評価にも用いる. 理想的な ROC 曲線 AUC =. Sensitivity (.733,.767) AUC:.833 最悪の ROC 曲線 AUC = Secificity 27//9 東北大学医学統計勉強会 3 分割表の検定 ( 独立性の検定 ) 6カ月以内死亡 6カ月以上生存牛乳抗体陽性 29 8 牛乳抗体陰性 94 帰無仮説 H : 2 母比率が一定. 対立仮説 H : 2 母比率が異なるもし, 二つの変数に関連がなければ, グループによらず (= 陽性でも陰性でも ), 母比率 (=6 カ月以内に死亡する確率 ) は一定のはず帰無仮説 H 関連があれば, 母比率が異なる対立仮説 H ˆ ˆ 分割表に限り, 片側仮説が可能.H : ( ) 2 27//9 東北大学医学統計勉強会 4

8 分割表の検定 ( 独立性の検定 ) 続き χ 2 検定 (chi squared test): サンプル数が多いとき, 検定統計量の分布が χ 2 分布で近似されることを利用した検定. 分割表の度数は, 最低 5 は必要とされる. 必ず Yates の連続補正 (Yates s continuity correction) を行う. Fisher の直接法 (Fisher s exact test): サンプル数によらず, 正確な値を計算できる検定. Fisher の直接法が第一選択. 分割表が大きすぎて Fisher 検定が実行できない場合に限り,Yates の連続補正をした χ 2 検定を選択する. 27//9 東北大学医学統計勉強会 5 例 : 高血圧を合併した安定期慢性心不全患者に対するオルメサルタンの有効性に関する薬物介入臨床試験 (SUPPORT 試験 ) Olmesartan (+) Olmesartan (-) β-blocker (+) β-blocker (-) Fisherの直接法 : =.2388 χ 2 検定 (Yatesの連続補正あり): =.266 χ 2 検定 (Yatesの連続補正なし): = //9 東北大学医学統計勉強会 6

9 分割表の検定の結果の提示例 : 各群の総数を明示する Name Statin= : (n=2933) Statin=: (n=83) -value HxSmoke 243 (42.4%) 864 (47.9%) HxHFad 66 (55.%) 853 (47.3%) HxHT 22 (75%) 472 (8.6%) indx.dm 866 (29.5%) 786 (43.6%) Cancer 38 (3%) 74 (9.7%). カウントとパーセントを両方提示する. 検定の値 (Fisher s exact test が基本 ) を, 必ず明示する. 27//9 東北大学医学統計勉強会 7 対応のあるデータに対する比率の検定同じサンプルから, 対照群と処理群のデータを対応のあるデータ ( 対マッチングデータ ) として取られる場合の有効率の比較を考える. control treatment Item + + Item 2 + Item 3 Item n + - Treatment (+) Treatment ( ) Control (+) a b Control ( ) c d 27//9 東北大学医学統計勉強会 8

10 (i, j) セルの確率を P ij とすると, 分割表全体の確率は以下のようになる. Treatment (+) Treatment ( ) Control (+) P P 2 Control ( ) P 2 P 22 対照群の有効率は Pcnt P P 2 処置群の有効率は Ptrt P P 2 であるから, 検定する仮説は以下の通り. H : Pcnt Ptrt vs. H : Pcnt Ptrt H : P2 P2 vs. H : P 2 P 2 すなわち,(, ), (2, 2) セルは無視してよい. P P とすれば, H 2 vs. H : P2 : 27//9 東北大学医学統計勉強会 9 対応のあるデータに対する比率の検定 χ 2 分布を用いてこの検定を行う方法を,McNemar 検定と呼ぶ.McNemar 検定は近似検定であり, 連続補正が行われる. 二項分布を用いて, 正確な値を求める検定も可能である ( こちらが望ましい ). 例 :24 年と 28 年のアメリカ大統領選挙における一般住民調査 ( 男性 ) における投票行動 28 年民主党 28 年共和党 24 年民主党年共和党 Agresti, A. 23. Categorical Data Analysis, 3 rd ed. Hoboken, NJ: Wiley. P. 44, Table. 27//9 東北大学医学統計勉強会 2

11 27//9 東北大学医学統計勉強会 2 シンプソンのパラドックス分割表で考える2つの要因の双方に影響を与える因子を, 交絡因子 (confounding factor) と呼ぶ. 交絡因子を無視して検定を行うと, 本来存在した関連が見えなくなったり, その逆が起こることがある. いま,A, B2つの要因の間の分割表を考えているとする. 第 3の要因 Zの値によって, 標本が二つの層に分けられたとする. それぞれの分割表は以下の通りとする. Z B Not B A 8 6 Not A 6 6 Odds ratio=(8/6)/(6/6)=5 Z2 B Not B A Not A 452 Odds ratio=(5/452)/(/452)=5 27//9 東北大学医学統計勉強会 22

12 交絡因子 Zを無視して, 二つの分割表を統合してしまうと, B Not B A Not A 7 62 Odds ratio=((8+5)/(6+452))/((6+)/(6+452))= この分割表のオッズ比を計算すると, オッズ比 = となる. 交絡因子 Z で層別しておけばオッズ比 =5, すなわち要因 A 有りのほうが 5 倍オッズが高かったことが分かるが, 交絡因子を無視したためにリスクが全く見えなくなっている. ( 参照 : 柳川尭離散多変量データの解析 (986) 共立出版 ) Mantel Haenszel 検定 27//9 東北大学医学統計勉強会 23 分割表で考える A, B 二つの要因の, 双方に影響を与える第 3の要因 C が交絡因子であった. 要因 A が原因, 要因 B が結果である時, 因果関係の連鎖の途中にある要因 D は, 交絡因子にはなりえないことに注意する. 交絡因子 C 交絡因子ではない D A B A B 何が交絡因子になるかは, 統計学だけでは答えられない. 研究対象に関する科学的知識が必要. 27//9 東北大学医学統計勉強会 24

13 交絡因子が判明した場合, 層ごとに分割表を作り, それらを統合して検定を行う. この検定を,Mantel Haenszel 検定という. 27//9 東北大学医学統計勉強会 25 用量反応関係の検定片方の要因の水準が何らかの処置の用量に対応し, そこに増大若しくは減少の傾向があるとする. 用量 d d dk 反応有り x x xk 反応なし n x n x nk xk n n nk 用量 d d dk 反応有り k 反応なし k ここで用量は d d d k 若しくは不等号が逆であるとする. このとき, 反応有りの確率にもあるいはその逆の傾向 (trend) があるかを検定したい. 27//9 東北大学医学統計勉強会 26 k

14 用量反応関係の検定 Cochran Armitage Trend Test: H : k vs. H : k 本質的には, i h a bd i の形のノンパラメトリックな回帰モデルを検定することになる. 例 : 妊婦の飲酒量と奇形児の発生の関係アルコール消費 < >= 6 奇形なし奇形あり Agresti, A. 23. Categorical Data Analysis, 3 rd ed. Hoboken, NJ: Wiley. P. 89, Table //9 東北大学医学統計勉強会 27 i h a bd i において H : b を検定する際, 本例のように用量の水準が実数値の範囲で指定される場合は, 範囲の中点を d とする. 単に序数である時は,, 2, 3, などとする. 27//9 東北大学医学統計勉強会 28

15 Take Home Message. 比と割合と率 2. 母比率の推定と検定 Cloer Pearson の正確信頼区間 3. 分割表の推定感度, 特異度, その他 ROC 曲線 4. 分割表の検定対応のあるデータの分割表に関する検定 5. シンプソンのパラドックス交絡因子 Mantel Haenszel 検定 6. 用量反応関係の検定 27//9 東北大学医学統計勉強会 29

<4D F736F F F696E74202D2088E38A77939D8C7695D78BAD89EF313691E63589F194E497A682C695AA8A84955C2E >

<4D F736F F F696E74202D2088E38A77939D8C7695D78BAD89EF313691E63589F194E497A682C695AA8A84955C2E > 26// 第 5 回医学統計勉強会東北大学病院循環器内科東北大学病院臨床研究推進センター共催東北大学大学院医学系研究科 EBM 開発学寄附講座宮田敏比率と分割表疾患の発症率など, 物事の頻度 (frequency) を議論する際, 以下の三つの概念を使い分ける. 比 (ratio):a, B ( ) が存在するとき,A/B を比という. A と B は互いを含まない. 例 : 性比.BMI=