MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 2 1 行 目 :Title タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 Methyl ester (DE) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modificati

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1 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 1 修 飾 の 定 義 方 法 (mod_file) Mascot 検 索 におけるアミノ 酸 の 修 飾 (Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストに 表 示 される 修 飾 名 に 対 応 )は mod_file ファイルの 中 で 定 義 されています mod_file ファ イルはテキストで 構 成 されており 次 の 書 式 にしたがって 既 存 の 修 飾 の 定 義 内 容 を 変 更 したり 新 規 の 修 飾 を 追 加 することができます mod_file ファイルの 存 在 場 所 C:\inetpub\mascot\config フォルダにあります 編 集 方 法 テキストエディタを 使 って mod_file を 開 き 編 集 してください または [スタート]メニュー [プログラ ム] [Mascot] [config] [Mascot modifications file]を 選 択 するとメモ 帳 で 開 かれまので 編 集 して ください ひとつの 修 飾 の 定 義 は 数 行 で 構 成 され 他 の 修 飾 定 義 の 行 ブロックとはアスタリスク(*)で 区 切 ります Title:Acetyl (K) Residues:K * Title:Acetyl (N-term) Nterm: Mascot は 次 の3つのクラスの 修 飾 定 義 をサポートしています クラス1 Residues 指 定 したアミノ 酸 残 基 に 対 して 修 飾 を 付 与 する 場 合 に 対 応 します アスパラギン 酸 残 基 (D)とグルタミン 酸 残 基 (E)に 対 するメチルエステル 化 (-O-H -O-CH3 アスパラギ ン 酸 残 基 (115) = 129 / グルタミン 酸 残 基 (129) = 143 )の 定 義 例 を 示 します Title:Methyl ester (DE) Residues:E Residues:D

2 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 2 1 行 目 :Title タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 Methyl ester (DE) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 さ れます 短 くかつ 意 味 が 把 握 できる 文 字 列 を 定 義 してください 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric character)およびスペースに 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) 2 行 目 :Residues 残 基 定 義 行 です Residues キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます 1 文 字 表 記 のアミノ 酸 コード E 修 飾 されたグルタミン 酸 (E) 残 基 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) 修 飾 されたグルタミン 酸 (E) 残 基 の 平 均 質 量 (Average mass) 行 目 :Residues 2 行 目 と 同 様 です クラス2(ペプチド)- Nterm / Cterm ペプチドの C 末 端 または N 末 端 に 対 して 修 飾 を 付 与 する 場 合 に 対 応 します ペプチドの C 末 端 に 対 するメチルエステル 化 (~HN-R-CO- ~HN-R-CO-O-CH3, +31)の 定 義 例 を 示 します Title:Methyl ester (C-Term) Cterm: 行 目 :Titile タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 Methyl ester (C-Term) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 されます 短 くかつ 意 味 が 把 握 できる 文 字 列 を 定 義 してください 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric character)に 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) 2 行 目 :Cterm 末 端 定 義 行 です Cterm(または Nterm)キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます メチルエステル 基 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) メチルエステル 基 の 平 均 質 量 (Average mass)

3 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 3 クラス2(タンパク 質 )- ProteinNterm / ProteinCterm タンパク 質 (intact protein)の C 末 端 または N 末 端 に 対 して 修 飾 を 付 与 する 場 合 に 対 応 します タンパク 質 の N 末 端 に 対 するホルミル 化 (-NH-CR-CO~ HCO-NH-CR-CO~, +29)の 定 義 例 を 示 します Title:N-Formyl (Protein) ProteinNterm: 行 目 :Title タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 N-Formyl (Protein) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 さ れます 短 くかつ 意 味 が 把 握 できる 文 字 列 を 定 義 してください 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric character)に 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) 2 行 目 :ProteinNterm 末 端 定 義 行 です ProteinNterm(または ProteinCterm )キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます ホルミル 基 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) ホルミル 基 の 平 均 質 量 (Average mass) クラス3 ResiduesNterm / ResiduesCterm 指 定 した 末 端 アミノ 酸 残 基 の C 末 端 または N 末 端 に 対 して 修 飾 を 付 与 する 場 合 に 対 応 します タンパク 質 の N 末 端 グルタミン(Q) 残 基 が 環 化 されて Pyro-Glutamine になる 場 合 (NH2 相 当 分 の 消 滅, -16) の 定 義 例 を 示 します グルタミン(Q) ピログルタミン 酸 (pyro-glu)+ NH3 [ ] [ ] H-NH-CH-CO- HN-CH-CO- \ \ CH2 O=C CH2 + H-NH2 / \ / O=C-CH2 CH2 NH2 Title:Pyro-glu (N-term Q) ResiduesNterm:Q 行 目 :Title タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 Pyro-glu (N-term Q) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 されます 短 くかつ 意 味 が 把 握 できる 文 字 列 を 定 義 してください 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric

4 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 4 character)に 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) 2 行 目 :ResiduesNterm 末 端 定 義 行 です ResiduesNterm(または ResiduesCterm)キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます 1 文 字 表 記 のアミノ 酸 コード Q NH2 分 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) NH2 分 の 平 均 質 量 (Average mass) なお クラス3では 末 端 定 義 行 にはひとつの 残 基 のみを 定 義 することができます 従 いまして N 末 端 グルタミ ン 酸 (E) 残 基 が 環 化 されて Pyro-Glutamine になる 場 合 (OH 相 当 分 の 消 滅, -17)も 考 慮 したい 場 合 は 独 立 に 定 義 する 必 要 があります グルタミン 酸 (E) ピログルタミン 酸 (pyro-glu)+ H20 [ ] [ ] H-NH-CH-CO- HN-CH-CO- \ \ CH2 O=C CH2 + H-OH / \ / O=C-CH2 CH2 OH Title:Pyro-glu (N-term E) ResiduesNterm:Q 別 の 例 として N 末 端 グリシン 残 基 (G)のミリストイル 化 (myristoylation)の 例 を 示 します H-Gly~ H3C-(CH2) 12 -CO-Gly~ [ ] [ ] Title:Myristoylaton (N-term Q) ResiduesNterm:G 定 義 した 修 飾 を 検 索 設 定 画 面 に 表 示 させたくない 場 合 定 義 した 修 飾 を Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストに 表 示 させたくない 場 合 は 次 の 例 のように Title キーワード 行 の 次 の 行 に Hidden を 追 加 してください Title:Pyridyl (K) Hidden Residues:K

5 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 5 ニュートラルロス フラグメンテーションの 際 に 修 飾 がニュートラルロスを 引 き 起 こす 場 合 は NeutralLoss キーワードを 使 って 指 定 することができます リン 酸 化 されたセリン(S) スレオニン(T)を 含 むフラグメントイオンがニュートラルロス( 脱 リン 酸 H3PO4 98)を 引 き 起 こす 場 合 の 定 義 例 を 示 します Title:Phospho (ST) Residues:S Residues:T NeutralLoss: 行 目 :Title タイトル 行 です Title キーワードの 後 に 文 字 列 Phospho (ST) が 続 きます この 文 字 列 は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 されます 短 くかつ 意 味 が 把 握 できる 文 字 列 を 定 義 してください 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric character)に 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) 2 行 目 :Residues 残 基 定 義 行 です Residues キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます 1 文 字 表 記 のアミノ 酸 コード S リン 酸 化 されたセリン 残 基 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) リン 酸 化 されたセリン 残 基 の 平 均 質 量 (Average mass) 行 目 :Residues 2 行 目 と 同 様 です 4 行 目 :NeutralLoss 脱 リン 酸 H3PO4 の 定 義 行 です NeutralLoss キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます 脱 リン 酸 H3PO4 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) 脱 リン 酸 H3PO4 の 平 均 質 量 (Average mass) 希 に 複 数 のニュートラルロスを 同 時 に 引 き 起 こす 場 合 があります リン 酸 化 の 例 がよく 知 られていますが ニ ュートラルロスを 引 き 起 こさない 場 合 と 80 Da(HPO3)あるいは 98 Da(H3PO4)のニュートラルロス 引 き 起 こす 場 合 とが 同 時 に 生 じることがあります たとえば 0 Da と 98 Da のニュートラルロスが 同 時 に 起 こりうる 場 合 の 設 定 は 次 のようになります Title:Phospho (STY) Residues:S Residues:T

6 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 6 Residues:Y NeutralLoss: NeutralLoss: 行 目 と 6 行 目 の NeutralLoss 行 の 3 番 目 の 数 字 (0:master または 1:slave)を 使 ってニュートラルロスに 起 因 するピークを Mascot のスコアに 加 味 するかどうかを 指 定 することができます 5 行 目 :NeutralLoss 脱 リン 酸 H3PO4 の 定 義 行 です NeutralLoss キーワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます 脱 リン 酸 H3PO4 のモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) 脱 リン 酸 H3PO4 の 平 均 質 量 (Average mass) ニュートラルロスに 起 因 するピークをスコアに 加 味 する(master ニュートラルロス) 0 6 行 目 :NeutralLoss ニュートラルロスを 引 き 起 こさないこと(すなわちニュートラルロス "0")の 定 義 行 です NeutralLoss キー ワードの 後 に 次 の 文 字 列 が 続 きます モノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) 0 平 均 質 量 (Average mass) 0 ニュートラルロスに 起 因 するピークをスコアに 加 味 する(master ニュートラルロス) 0 なお NeutralLoss 行 の 3 番 目 の 数 字 (master=0 または slave=1)はオプションです このオプションが 存 在 しない 場 合 は 0 と 見 なされます(すなわち 指 定 したニュートラルロスに 起 因 するピークは Mascot スコアに 加 味 されます) Mascot は master ニュートラルロスに 起 因 するピーク 群 の 組 合 せの 中 で 最 もスコアの 高 い 結 果 を 表 示 します も し slave ニュートラルロスに 起 因 するピークが 存 在 する 場 合 はそれらのピークはノイズのピークリストからは 除 外 され その 分 Mascot スコアは 相 対 的 に 高 くなります 次 の Mascot 検 索 例 は (1) 修 飾 設 定 なし (2) Phospho (STY) + 0 Da master + 98 Da master (3) Phospho (STY) + 0 Da master + 98 Da slave の 例 です [ 質 量 データ(MS/MS ピークリスト)] # Enzyme : Lys-C/P # Modification : Phospho (STY) # Peptide Tol = 50 ppm, MS/MS tol = 0.3 Da # Instrument : ESI-QUAD-TOF

7 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 7 # PROTEIN KINASE ELM1 (EC ), IPTPIK + Phospho (STY) BEGIN IONS TITLE=CID Spectrum of a Candidate of Phosphopeptide by Dr. Ken-ichi Yoshino PEPMASS= CHARGE= END IONS [ Mascot 検 索 結 果 ] (1) (2) (3) リン 酸 化 による 翻 訳 後 修 飾 では 98 Da のニュートラルロスによって 生 じたプロダクトイオンの 強 いピークが 観 測 された 場 合 は 配 列 中 にリン 酸 化 されたセリンあるいはスレオニンの 存 在 が 期 待 されます 逆 に このプロダク トイオンのピークが 観 測 されない 場 合 はチロシンの 存 在 が 示 唆 されます Mascot ではこれらの 現 象 をサポートす るために 次 の2つのキーワード(PepNeutralLoss ReqPepNeutralLoss)を 使 うことができます PepNeutralLoss キーワードはニュートラルロスによって 生 じたピークをノイズのピークリストから 除 外 しま す したがって その 分 Mascot スコアは 相 対 的 に 高 くなります ReqPepNeutralLoss キーワードは PepNeutralLoss キーワードと 同 様 の 機 能 を 持 ちますが スペクトルの 中 に

8 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 8 ニュートラルロスによって 生 じたピークが 必 ず 存 在 しなければなりません もしそのピークが 存 在 しない 場 合 は ニュートラルロス 由 来 のピークが 存 在 したとしても Mascot スコアには 反 映 されませんので ReqPepNeutralLoss キーワードを 使 用 する 際 は 注 意 が 必 要 です ReqPepNeutralLoss キーワードを 含 む 定 義 例 を 示 します Title:Phospho (ST-ReqPepNL) Residues:S Residues:T NeutralLoss: NeutralLoss:0 0 0 ReqPepNeutralLoss: また 前 に 示 した 質 量 データからニュートラルロスによって 生 じた のピークを 削 除 した 質 量 データと Variable modifications として 上 に 示 した 定 義 例 の Phospho (ST-ReqPepNL) を 使 用 した Mascot 検 索 例 を 示 しま す [ Mascot 検 索 結 果 ]

9 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 9 アミノ 酸 配 列 に 関 係 しないピーク アミノ 酸 配 列 に 関 係 しないピークの 出 現 が 予 想 される 場 合 は Ignore キーワードを 使 ってそれらを 無 視 するよ うに 定 義 することができます Title:ICAT_light Hidden Residues:C NeutralLoss: Ignore: Ignore: Ignore: Ignore: Ignore: Ignore: キーワードのまとめ mod_file ファイルの 中 で 使 用 できるキーワードと 書 式 は 次 の 通 りです Title:string Hidden Cterm:mono avg Nterm:mono avg ProteinCterm:mono avg ProteinNterm:mono avg Residues:X mono avg ResiduesCterm:X mono avg ResiduesNterm:X mono avg NeutralLoss:mono avg flag(0/1) PepNeutralLoss:mono avg ReqPepNeutralLoss:mono avg Ignore:mono avg string は Mascot 検 索 設 定 画 面 の Fixed modifications および Variable modifications リストおよび Mascot 検 索 結 果 の 中 で 表 示 される 識 別 子 (identifier)です 括 弧 内 の 文 字 は 英 数 文 字 (alphanumeric character)に 限 られます また 文 字 と 文 字 の 間 のスペースは 意 味 を 持 ちます( 保 持 されます) mono はモノアイソトピック 質 量 (Monoisotopic mass) avg は 平 均 質 量 (Average mass)です X は 一 文 字 表 記 の 残 基 名 です

10 MASCOT Server 修 飾 の 定 義 方 法 10 NeutralLoss の flag は master=0 slave=1 のどちらかの 値 をとります Mascot 検 索 設 定 画 面 にある ICAT をチェックすると 自 動 的 に ICATHeavy と ICATLight の2つの 修 飾 が 有 効 になります デフォルトでは ICATHeavy は 修 飾 名 ICAT_heavy に ICATLight は 修 飾 名 ICAT_light に 設 定 されています 他 の ICAT を 指 定 したい 場 合 は mascot.dat ファイルの Option セクションに 次 の 行 を 追 加 してく ださい ICATHeavy ICAT_heavy ICATLight ICAT_light --- 修 飾 の 定 義 方 法 (mod_file) 説 明 ここまで 何 かお 困 りのことがありましたら 弊 社 技 術 サポートにご 連 絡 ください プロテオミクスとともに マトリックスサイエンス 株 式 会 社 電 子 電 話 : ファクシミリ: 住 所 : 東 京 都 千 代 田 区 外 神 田 KN ビル 3 階

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