CEQ8000 ver7.0-ad 遺伝子解析システム CEQ8000 Tutorial Manual
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- ありあ さどひら
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1 CEQ8000 ver7.0-ad 遺伝子解析システム CEQ8000 Tutorial Manual
2 CEQ8000 ver7.0-ad 遺伝子解析システム CEQ8000 Tutorial Manual Chapter 1 サンプル調整 1) 消耗品類に関して 2 2) DNA サンプル調整 3 3) シーケンシング反応 4 4) エタノール沈殿 5 Chapter 2 ソフトウエアとハードウエアの起動 1) PC と CEQ8000 の起動 7 Chapter 3 サンプルのセットアップ (Sample Set Up Module) 1) サンプル名の入力 10 2) 泳動条件 ( メソッド ) を設定 11 3) 泳動条件の編集と登録 12 4) 解析条件の設定 13 5) サンプルプレートを保存する 14 6) 泳動をスタートさせる 15
3 CEQ8000 ver7.0-ad Chapter 4 本体の操作方法 (Run Module) 1) メイン画面 18 2) 各種メニューの説明 19 3) ゲルカートリッジの交換 20 4) キャピラリーアレイの交換 22 5) サンプル バッファー ウェッティングトレイのセットアップ 26 6) 緊急停止の方法 27 7) キャピラリーの電極の洗浄 28 8) キャピラリーウインドウの洗浄 29 9) キャピラリーウインドウの洗浄状態のチェック 30 Chapter 5 データ解析 (Analysis Module) 1) データを開く 35 2) メイン画面 36 3) Quality Parameter に関して 38 4) Search 機能 39 5) Alignment 機能 40 6) 編集機能 41 7) データの再解析 42 8) Trimming 44 9) プリントアウト 46 9) データの転送 47 Chapter 6 データファイルの管理 (Data Manager) 1) メイン画面 50 2) New Database の作成と切り替えと New project の作成 51 3) 各データの Export の方法 ( バックアップの方法 ) 52 4) 各データの Import の方法 53 5) DataBase のバックアップとりストアの方法 54
4 CEQ8000 ver7.0-ad
5 - 1 - CEQ8000
6 kit DTCS Quick Start kit P/N ( ) DTCS Quick Start Master Mix DNA polymerase, Dye Terminators, dntp, Reaction Buffer mix puc18 Control Template puc18(dsdna, 2685bp, 0.25ug/ul) M13-47 Sequencing Primer 1.6pmol/ul, 24bases, GS 62.5, Tm=79.8 5'-d(CGC CAG GGT TTT CCC AGT CAC GAC)-3' Glycogen Sample Loding Solution(SLS) Mineral Oil DEPC(dietyl pyrocarbonate) ThermalCycler 95, 70 3MSodium Acetate(pH 5.2) 100mM Na2-EDTA (ph 8.0) CEQ8000
7 DNA mol DNA ds DNA ss DNA PCRproduct fmol 2550 fmol fmol ng ng ng kbp for 25 fmol for 50 fmol for 100 fmol ssdna ng 1/2 DNA 1.5ug CEQ8000
8 DNA DNA max 10ul fill up Pre-Heat 96 1min Raw Pre-heat 86 5min Pre-heat 96 3min 25or 4 (25) 4 Pre-heat DTCS Quick Start Master Mix 8ul DNA template + H ul Primer(1.6pmol/ul) 2ul 20ul 9620sec 50 20sec min CEQ8000
9 microfuge tube Stop Solution ul 3M NaOAc 2ul + 100mM EDTA 2ul + Glycogen 1ul 20ul 95 60ul 14000rpm415min 3000rpm430min 300rpm flash Ppt ul rpm42min Ppt. 3000rpm45 min 2 300rpm flash Vacuumdry 15 heat kit SLS40ul SLS 20 1 SLS CEQ well 89 kit mineral oil 1 CEQ CEQ8000
10 - 6 - CEQ8000
11 CEQ8000 PC pressctrl+alt+del Ctrl Alt Del OK CEQ8000 Sample Set UP p9 Run p17 CEQ Sequence Analysis p31 Data Manager p CEQ8000 PC CEQ8000
12 - 8 - CEQ8000 PC CEQ8000
13 - 9 - CEQ8000
14 Sample name CEQ8000
15 CEQ8000
16 EDIT Event DNA Raw Injection 530sec CEQ8000
![2 2 [Perform Analysis] [Parameter Set] Default Sequence](/docs-images/101/148426426/images/17-0.jpg "Analysis Parameter Export Export Analysis - 13 -")
17 2 2 [Perform Analysis] [Parameter Set] Default Sequence Analysis Parameter Export Export Analysis CEQ8000
18 CEQ8000
19 CEQ8000
20 CEQ8000
21 CEQ8000 Run
22 CEQ8000 Run
23 CEQ CEQ8000 Run
24 Run Direct Control Lot number Hours on instrument Done CEQ8000 Run
25 Run Direct Control OK Install Cartridge Install Cartridge Lot number Hours on instrument Done Run Direct Control OK Installed Plug CEQ8000 Run
26 CEQ8000 Run
27 Sample Access Cover Capillary Access Cover Capillary Temperature Control Cover Manifold Access Cover Eject Lever Front Plenum Manifold plug Array Fitting Number of RunsDays on instrument Done Sample Access Cover Capillary Access Cover Capillary Temperature Control Cover Front Plenum Manifold Access Cover Eject Lever Array Fitting CEQ8000 Run
28 OK Sample Access Cover Capillary Access Cover Capillary Temperature Control Cover Manifold Access Cover Eject Lever Front Plenum Array Fitting replace capillary array OK Number of RunsDays on instrument Done CEQ8000 Run
29 manifold Plug Direct control OK Sample Access Cover Capillary Access Cover Capillary Temperature Control Cover Manifold Access Cover Eject Lever Front Plenum manifold Plug manifold Plug Install manifold Plug OK CEQ8000 Run
30 Set Up Run Direct control Access Plates Start Sample Access Cover Sample Access Cover Load CEQ8000 Run
31 Stop sample plate ( ) Skip current sample set ( ) ( Stop after current sample set completes ( ) ( ) Save Collected Data Perform Shutdown Method CEQ8000 Run
32 OK CEQ8000 Run
33 Clean capillaries CEQ8000 Run
34 Direct control Optical alignment Align Run Display option Current Traces Scan OK CEQ8000 Run
35 Run Monitor Baseline Enable Monitor Baseline OK Run Data Monitor AH Activity 5000 Run Monitor Baseline Enable Monitor Baseline Baseline CEQ8000 Run
36 CEQ8000 Run
37 Quality Parameter Search alignment CEQ8000
38 CEQ8000
39 Open Enable Start Date End Date CEQ8000
40 Trimming ( ) Trimming ( ) Raw Data 20 Dye uA Dye CEQ8000
41 Trimming ( ) Trimming Zoom Mode ( ) Base Sequence (search) Alignment Edit Mode Zoom Option CEQ8000
42 CEQ8000
43 Search Raw Search Call Score CEQ8000
44 CEQ8000
45 Edit Change OK Insert OK Delete Delete CEQ8000
46 analyze CallScore PCR 200base PCR Sequence Analysis Parameters Call Threshold N (0 100) Analysis Start / Stop PCR Product PCR <200 Bases 200base Pre-peak Reduction CEQ8000
47 CEQ8000 Dye 20 Dye Dye Table IUB Ambiguity Codes Code Definition Mnemonic A Adenine A C Cytosine C G Guanine G T Thymine T R AG purine Y CT pyrimidine K GT Keto M AC amino S GC Strong 3H Bonds W AT Weak 2H Bonds B CGT Not A D AGT Not C H ACT Not G V ACT Not T N ACGT anyting CEQ8000
48 Trimming A B C D Quality Based Trimming C Edit Trimming Stringency LowHigh [Ends To Be Trimmed][Trimming Stringency] OK OK A CEQ8000
49 Sequence Based Trimming Vector D Edit E Max. # of Vector Min. Substring Enable Internal Distance From Trimming [Perform Sequence-based Trimming] E fasta OK OK B Fasta Fasta > > >hind iii AAGCTT > pae GCATGC >SDAI CCTGCAGG CEQ8000
![[File][Export] Save in Save as types Sample](/docs-images/101/148426426/images/50-0.jpg "Elements Export Save as type SCF Text SEQ Sample")
50 [File][Export] Save in Save as types Sample Elements Export Save as type SCF Text SEQ Sample Elements CEQ8000 scf Analyzed Data Raw Data Raw Data Current Result Data Result Output CEQ8000
51 File Report Format Report Format Options Option OK Sample Elements Result Data Result Output Sequence Analysis Result Data Panes Per Page 1 Approx Bases Per Pane 1 ( ) Auto Scale Min 0 max print out CEQ8000
52 CEQ8000
53 CEQ8000 Data Manager
54 CEQ8000 Data Manager
55 CEQ8000 Data Manager
56 CEQ8000 Data Manager
57 CEQ8000 Data Manager
58 CEQ8000 Data Manager
59
60
61 ベックマン コールター株式会社 本社 東京都江東区有明 TOC ウエストタワー 13F お客様専用 Tel Fax URL No. L A 0709
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1 I EViews View Proc Freeze
EViews 2017 9 6 1 I EViews 4 1 5 2 10 3 13 4 16 4.1 View.......................................... 17 4.2 Proc.......................................... 22 4.3 Freeze & Name....................................
microSTATION Operation guide
J 2 - ii iii iv 1 1 2 4 7 8 9 10 11 1 5 6 3 2 10 15 9 11 12 13 14 3 7 6 5 4 3 2 1 4 5 PROGRAM OSC 1 MS1 (Multisample) Drum Kit MS2 (Multisample) MS3 (Multisample) Insert / Master / Total Effect IFX 1 MFX
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2
1 2 / SCAR Sequence characterized amplified region DNA DNA 34 ( GSW100 SP2-002 SR2-015 SR3-004 11-22-1 11-22-2 11-24-3 11-24-4 11-191-1 12-217-1 12-249-1 14-218-21 04/05-29 04/05-66 04/05-73 12-202-2 (LP)
(2) (3) (3) (4) (5) ABI PRISM 7700 (5) Roche LightCycler TM (7) BioFlux LineGene (9) (10) (12) F. Hoffmann-La Roche Ltd. Roche Molecular Systems Inc.
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0.2 Button TextBox: menu tab 2
Specview VO 2012 2012/9/27 Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html
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PCR 3 Mature mirna PCR 7 miscript mirna PCR Array C T 12 Mature mirna cdna 15 miscript mirna QC PCR Array miscript mirna PCR Array 10/2011
October 2011 miscript mirna PCR Array miscript II RT Kit miscript SYBR Green PCR Kit miscript mirna PCR Arrays miscript mirna QC PCR Array Pathway-Focused mirna PCR Array mirnome miscript mirna PCR Array
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Specview Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software_hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html Specview
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2009 Gene Codes Corporation Gene Codes Corporation 775 Technology Drive, Ann Arbor, MI 48108 USA 1.800.497.4939 (USA) +1.734.769.7249 (elsewhere) +1.734.769.7074 (fax) www.genecodes.com info@genecodes.com
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Specview VO 2012 2012/3/26 Specview Specview STSCI(Space Telescope SCience Institute) VO Specview Web page http://www.stsci.edu/resources/software hardware/specview http://specview.stsci.edu/javahelp/main.html
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