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第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2.2. タンパク質立体構造解析ツールの利用 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - タンパク質の機能を理解するためにはタンパク質の立体構造を正しく理解する必要がある. タンパク質の立体構造は主に X 線結晶構造解析により決定されている. 決定された構造情報はタンパク質データバンク

MolDesk Basic Ver を使用

株式会社バイオモデリングリサーチ チュートリアル マニュアルドッキング MolDesk Basic Ver. 1.1.54 を使用株式会社バイオモデリングリサーチ 2018/08/30 本チュートリアルでは MolDesk Basic を用いて マニュアルでリガンドを配置する方法につい て説明します 目次 1. 本チュートリアルの概要... 1 2. マニュアルドッキング... 2 2.1. 分子の読み込み...

1. 背景血小板上の受容体 CLEC-2 と ある種のがん細胞の表面に発現するタンパク質 ポドプラニン やマムシ毒 ロドサイチン が結合すると 血小板が活性化され 血液が凝固します ( 図 1) ポドプラニンは O- 結合型糖鎖が結合した糖タンパク質であり CLEC-2 受容体との結合にはその糖鎖が

参考資料配布 2014 年 11 月 10 日 独立行政法人理化学研究所 国立大学法人東北大学 血小板上の受容体 CLEC-2 は糖鎖とペプチド鎖の両方を認識 - マムシ毒は糖鎖に依存せず受容体と結合 - 本研究成果のポイント レクチンは糖鎖とのみ結合する というこれまでの考え方を覆す CLEC-2 受容体は同じ領域でマムシ毒とがんに関わる糖タンパク質に結合 糖鎖を模倣したペプチド性薬剤の設計への応用に期待

KASEAA 52(1) (2014)

解説 TRP チャネルがさまざまな 刺激に応答できる仕組み * 1 * 2 * * 48 1 1 1 1 49 図 2 哺乳類 TRP チャネルの構造 情報 A TRPA1 の電子顕微鏡単粒子解析 像, 図中破線部分は構造から予測した 細 胞 膜 の 界 面 の 位 置 を 示 す B TRPV1 のアンキリンリピート C TRPM7 の α-キナーゼドメイン D TRPM7 のコイルドコイルドメイン

創薬に繋がる V-ATPase の構造 機能の解明 Towards structure-based design of novel inhibitors for V-ATPase 京都大学医学研究科 / 理化学研究所 SSBC 村田武士 < 要旨 > V-ATPase は 真核生物の空胞系膜に存在す

創薬に繋がる V-ATPase の構造 機能の解明 Towards structure-based design of novel inhibitors for V-ATPase 京都大学医学研究科 / 理化学研究所 SSBC 村田武士 < 要旨 > V-ATPase は 真核生物の空胞系膜に存在するプロトンポンプである 複雑なサブユニット構造からなる超分子複合体であり 親水性の触媒頭部部分 (V1

タイトル

ウェブブラウザと分子構造ビューアで 生体分子の立体構造を見る PDBj 講習会 2015-02-20 大阪大学蛋白質研究所 鈴木博文 PDBj / 大阪大学蛋白質研究所 実習の準備 2 - ウェブブラウザの確認 Firefox か Chrome が望ましい - Java 実行環境のインストール ( 可能であれば ) 万見で利用 (Java がないと 動作が遅い ) - UCSF-Chimera のインストール

<4D F736F F D20838C837C815B836789DB91E890E096BE2E646F6378>

レポートについて 1. 課題 以下に記した手順に従って ヒトのヘモグロビンα 鎖タンパク質と酵素タンパク質 trypsin について その一次構造をタンパク質データベースにアクセスして調べ さらにその二次構造と三次構造を ProteinDataBank へアクセスして確認する 以上の経過と結果を いつ どこで調べたかを含めてその過程を記述し さらに検索結果である両タンパク質の一次構造 分子の形 (

受精に関わる精子融合因子 IZUMO1 と卵子受容体 JUNO の認識機構を解明 1. 発表者 : 大戸梅治 ( 東京大学大学院薬学系研究科准教授 ) 石田英子 ( 東京大学大学院薬学系研究科特任研究員 ) 清水敏之 ( 東京大学大学院薬学系研究科教授 ) 井上直和 ( 福島県立医科大学医学部附属生

受精に関わる精子融合因子 IZUMO1 と卵子受容体 JUNO の認識機構を解明 1. 発表者 : 大戸梅治 ( 東京大学大学院薬学系研究科准教授 ) 石田英子 ( 東京大学大学院薬学系研究科特任研究員 ) 清水敏之 ( 東京大学大学院薬学系研究科教授 ) 井上直和 ( 福島県立医科大学医学部附属生体情報伝達研究所准教授 ) 内山進 ( 大阪大学大学院工学研究科准教授 ) 2. 発表のポイント :

タイトル

複雑な構造の見方 PDBj 講習会 2012-02-07 鈴木博文 PDBj / 大阪大学蛋白質研究所 1 概要 万見 (Yorodumi) と EM Navigator というウェブサイトの紹介 これらのウェブサイトを使って 生体分子 組織の 3 次元構造を眺めること を体験 想定する聴衆 : 生体分子構造研究の経験がない 少ないユーザー 時間の都合で 講習内容を一部省略する可能性があります ご了承ください

エンドポイント濁度測定装置 LT-16　取扱説明書

エンドポイント濁度測定装置 LT-16 LT-16 Manager マニュアル ( 簡易マニュアル Version 2.0) LT-16 Manager のインストール LT-16 Manager は添付の CD に内蔵されています LT-16 Manager は Windows 7 Windows 8 において動作確認をしております ( 以下の図は Windows 8 使用時の表示図面です ) ただし

GJG160842_O.QXD

表1.eps

Vol.1 C ontents 1 2 cell-free EMBO J Proc. Natl. Acad. Sci. USA NatureEMBO J 3 RNA NatureEMBO J Nature EMBO J 4 5 HCV HCV HCV HCV RNA HCV in situ 6 7 8 Nat Struct Mol Biol J Biol Chem Nat Commun J Virol

の活性化が背景となるヒト悪性腫瘍の治療薬開発につながる 図4 研究である 研究内容 私たちは図3に示すようなyeast two hybrid 法を用いて AKT分子に結合する細胞内分子のスクリーニングを行った この結果 これまで機能の分からなかったプロトオンコジン TCL1がAKTと結合し多量体を形

AKT活性を抑制するペプチ ド阻害剤の開発 野口 昌幸 北海道大学遺伝子病制御研究所 教授 広村 信 北海道大学遺伝子病制御研究所 ポスドク 岡田 太 北海道大学遺伝子病制御研究所 助手 柳舘 拓也 株式会社ラボ 研究員 ナーゼAKTに結合するタンパク分子を検索し これまで機能の 分からなかったプロトオンコジンTCL1がAKTと結合し AKT の活性化を促す AKT活性補助因子 であることを見い出し

Nakamura

FASTA, BLAST, PSI-BLAST, HMMPFAM 4-1 4-2 4-3 MEDSI (2003) 4-4 DOROTHYCROWFOOTHODGKIN DOROTHY--------HODGKIN MEDSI (2003) 4-5 4-6 !Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W. & Lipman, D.J. (1990)!

構造化学

構造化学 消滅則と空間群の判定 第 回 7 月 日 河野淳也 本日の目標 消滅則と空間群の判定について理解しよう 内容 復習 X 線結晶構造解析の手順 消滅則 空間群の判定 これまでの話 結晶 回折像 ( 前半 ) 結晶の対称性 ( 後半 ) - 電子 - + 原子 単位胞 X 線回折像からの結晶構造解析 結晶 X 線結晶構造解析の手順 結晶作成回折データ測定格子定数の決定空間群の判定位相決定 (

PowerPoint プレゼンテーション

酵素 : タンパク質の触媒 タンパク質 Protein 酵素 Enzyme 触媒 Catalyst 触媒 Cataylst: 特定の化学反応の反応速度を速める物質 自身は反応の前後で変化しない 酵素 Enzyme: タンパク質の触媒 触媒作用を持つタンパク質 第 3 回 : タンパク質はアミノ酸からなるポリペプチドである 第 4 回 : タンパク質は様々な立体構造を持つ 第 5 回 : タンパク質の立体構造と酵素活性の関係

目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足 RESP 電荷の割り当て 2017/10/01 Copy

Winmostar チュートリアルシミュレーションセルの作成 V8.000 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2017/10/01 目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足

3. 基本操作 基本操作の多くは external GUI, internal GUI で操作可能 残基の選択 分子表示法の変換は internal GUI で行う 背景色 トランスペアレンシー cartoon の設定 原子間距離の測定などは external GUI で行う 3.1 表示方法を変え

Pymol の使い方 個人的に学んだ Pymol の使い方をまとめてみました 基本的にはマウスを使った操作方法 コマ ンドを使わない をまとめました 0. 何はともあれまず Pymol 用の directory をつくる ディレクトリーのパスにはどこにも日本語が入らないように注意 日本語が入っていると pymol 本体から pdb を読み込めないことがある そのディレクトリに pdb ファイルを保存

タイトル

ウェブブラウザと分子構造ビューアで 生体分子の立体構造を見る PDBj & 創薬等 PF 情報拠点講習会 2016-03-15 大阪大学蛋白質研究所 鈴木博文 PDBj / 大阪大学蛋白質研究所 実習の準備 2 - ウェブブラウザの確認 Firefox が望ましい 最新版であれば IE でも OK - Java 実行環境のインストール ( 可能であれば ) 万見 で利用 (Java がないと 動作が遅い

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1/1 平成 23 年 3 月 24 日午後 6 時 52 分 6 ガウスの定理 : 面積分と体積分 6 ガウスの定理 : 面積分と体積分 Ⅰ. 直交座標系 ガウスの定理は 微分して すぐに積分すると元に戻るというルールを 3 次元積分に適用した定理になります よく知っているのは 簡単化のため 変数が1つの場合は dj ( d ( ににします全微分 = 偏微分 d = d = J ( + C d です

例3）3

例 4) スピネル ( 尖晶石 ): MgAl 2 O 4 ( 原点の変更 & 配位多面体を含む場合 ) 2010/08/14 1) 5. 元素 化合物 鉱物などスピネル ( 尖晶石 ) の物質名 ( 和名 ) にあるアイコンを右クリックし [ 対象をファイルに保存 ] を選ぶと [ 名前を付けて保存 ] ウィンドウが開く [ ファイル名 ] が MgAl2O4 [ ファイルの種類 ] が.cif

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7-1 光学顕微鏡 8-2 エレクトロニクス材料評価技術 途による分類 透過型顕微鏡 体組織の薄切切 や細胞 細菌など光を透過する物体の観察に いる 落射型顕微鏡 ( 反射型顕微鏡 ) 理 学部 材料機能 学科 属表 や半導体など 光を透過しない物体の観察に いる 岩 素顕 iwaya@meijo-u.ac.jp 電 線を使った結晶の評価法 透過電 顕微鏡 査電 顕微鏡 実体顕微鏡拡 像を 体的に

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Track Stick...1...2...7...8...9...10...10...14...14...17...19...23 1. CD CD 2. INSTALL TRACK SITCK MANAGER 3. OK 2 4. NEXT 5. license agreement I agree 6. Next 3 7. 8. Next 9. Next 4 10. Close 9 OK PDF

dTVＩＩman.PDF

dtv.ii SR diffusion TENSOR Visualizer II, the Second Release Rev.0.90 (2005.08.22) dtv 3 6 ROI ROI 10 11 15 21 23 25 2 dtv dtvdiffusion TENSOR Visualizer MR VOLUME-ONE dtv VOLUME-ONE ROI 1.1 dtv.ii SR

Structure クイックスタート このミニコースでは NCBI から提供されている Cn3D を用いてどのようにタンパク質の立体構造を可視化や注釈付けを行うか さらにはタンパク質内で保存されているドメインの確認の方法 同様のドメインを持っている他のタンパク質の探索方法 3D モデリングのテンプレートとなるタンパク質の見つけ方 BLAST では認識できないような非常に離れたホモログの検出方法について学びます

Gmech08.dvi

145 13 13.1 13.1.1 0 m mg S 13.1 F 13.1 F /m S F F 13.1 F mg S F F mg 13.1: m d2 r 2 = F + F = 0 (13.1) 146 13 F = F (13.2) S S S S S P r S P r r = r 0 + r (13.3) r 0 S S m d2 r 2 = F (13.4) (13.3) d 2

免疫組織化学の基礎と応用 蓮井和久鹿児島大学大学院医歯学総合研究科 講師 この講義は 2007 年から大学院専門基礎過程の選択科目として開講しているものである 教科書には 改訂四版渡辺 中根の酵素抗体法 ( 名倉宏 長村義之 堤寛編集 ) 学際企画を用いています それに 最近のポリマー法の開発等と私の研究への応用等を基礎にしています I. 序論 1) 医学 生物学における免疫組織化学の確立と意義免疫組織化学は

ポリマー界面系概要 本演習の流れは以下のとおりである 1 接合用セルを作製ポリマーツールを使って PE( ポリエチレン ) と PP( ポリプロピレン ) のポリマーセルを作成する 2 接合条件設定接合面 (ab 面 bc 面 ca 面 ) と接合方向を指定する 3 積層数指定と接合実施接合面の積み

Winmostar チュートリアル LAMMPS ポリマー界面 V7.010 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2017/1/26 ポリマー界面系概要 本演習の流れは以下のとおりである 1 接合用セルを作製ポリマーツールを使って PE( ポリエチレン ) と PP( ポリプロピレン ) のポリマーセルを作成する 2 接合条件設定接合面 (ab 面 bc 面 ca

Microsoft PowerPoint - 阪大XFELシンポジウム_Tono.ppt [互換モード]

X 線自由電子レーザーシンポジウム 10 月 19 日大阪大学レーザー研 X 線自由電子レーザーを用いた利用研究 登野健介 理研 /JASRI X 線自由電子レーザー計画合同推進本部 1 科学の基本中の基本 : 光 ( 電磁波 ) による観察 顕微鏡 望遠鏡 細胞の顕微鏡写真 赤外望遠鏡 ( すばる ) で観測した銀河 2 20 世紀の偉大な発明 : 2 種類の人工光源 レーザー LASER: Light

CourseDescriptions_

MOE 2018.01 トレーニングコース説明 MOE の基本操作... 1 タンパク質の基本操作... 1 抗体設計... 2 タンパク質設計... 2 LBDD と SAR 解析... 3 SBDD とリガンド設計... 3 ファーマコフォア... 3 FBDD... 4 ケモインフォマティクスと QSAR... 4 SVL 基礎... 4 アドバンスト SBDD... 5 X 線結晶構造解析者向けツール...

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Stand-Alone Digital Video Recorder Advanced MPEG-4 DVR 16 Channel Models クライアントソフト 再インストールマニュアル くまざわ書店専用 日本語版 1 V1.07-n307 This document contains preliminary information and subject to change without notice.

[Introduction] タンパク質結晶のX線回折データを収集する際、長時間結晶にX線を照射することにより、タンパク質構造が変化することが報告されている

X 線損傷を利用したタバコ由来同化型亜硝酸還元酵素 Nii3 の反応機構解明 氏名 : 中野祥吾所属機関と学年 : 広島大学大学院理学研究科数理分子生命理学専攻 D2 課題番号 :2010B1666 利用ビームライン :BL38B1 [ 目的及び背景 ] タンパク質結晶の X 線回折データを収集する際 長時間結晶に X 線を照射することにより タンパク質構造が変化することが報告されている (1) 特に金属タンパク質については

PoincareDisk-3.doc

3. ポアンカレ円盤上の 次分数変換この節以降では, 単に双曲的直線, 双曲的円などといえば, 全てポアンカレ円盤上の基本図形とします. また, 点 と点 B のポアンカレ円盤上での双曲的距離を,[,B] と表します. 3. 双曲的垂直 等分線 ユークリッドの原論 において 円 双曲的円, 直線 双曲的直線 の置き換えを行うだけで, 双曲的垂直 等分線, 双曲的内心, 双曲的外心などを 機械的に (

という特殊な細胞から分泌されるルアーと呼ばれる誘引物質が分泌され 同種の花粉管が正確に誘引されます (Higashiyama et al., 2001, Science; Okuda, Tsutsui et al., 2009, Nature) モデル植物であるシロイヌナズナにおいてもルアーが発見さ

花粉管を誘引する際の鍵と鍵穴を解明! ~ 植物の受精において重要な花粉管誘引物質と受容体の結合時の構造が明らかに ~ 名古屋大学トランスフォーマティブ生命分子研究所 (ITbM)( 拠点長 : 伊丹健一郎 ) の東山哲也教授 / 副拠点長 大学院理学研究科の長江拓也大学院生 武内秀憲特任助教 ( オーストリア グレゴールメンデル研究所日本学術振興会海外特別研究員 ) らの研究グループは 中国 精華大学の

Salome-Meca を用いたモーダル解析の解析手順 今回はモーダル解析を DEXCS-Salome6-64bit を用いて行う 平成 24 年 11 月 21 日岐阜高専 DALAB 鍔田広美 目次 1. 解析概要 2. SALOME の起動 3. ファイルの作成 4. Geometry でモデ

Salome-Meca を用いたモーダル解析の解析手順 今回はモーダル解析を DEXCS-Salome6-64bit を用いて行う 平成 24 年 11 月 21 日岐阜高専 DALAB 鍔田広美 目次 1. 解析概要 2. SALOME の起動 3. ファイルの作成 4. Geometry でモデルの作成 5. Mesh でメッシュの実行 6. Aster で解析の実行 7. Post-Pro で結果の可視化

Microsoft Word - WinCal_XE_Quick_Start_Guide_102.doc

Product Quick Guide WinCal XE クイックスタート ガイド Version: 1.02 カスケード マイクロテック株式会社 116-0014 東京都荒川区東日暮里 5-7-18 コスモパークビル 1F TEL 03-5615-5150 FAX 03-5615-5151 Email cmj_sales@cmicro.com URL http://cmj.cmicro.com/

Winmostar- Gromacs Tutorial 2 タンパク系 (pdb2gmx を使用 ) V6.005 株式会社クロスアビリティ 2016/1/15

Winmostar- Gromacs Tutorial 2 タンパク系 (pdb2gmx を使用 ) V6.005 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2016/1/15 修正履歴 2015/7/16 版 ( スライド 2) 修正履歴を追加 ( スライド 7) 部分削除の操作修正 ( スライド 9) MDP Run parameters 画面の差し替え (refcoord-scaling

KEGG_PATHWAY.ppt

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes 様々な種類のデータを 生命現象の総体 として再構築 ツールの提供 EGassembler KAAS GENIES ネットワークの知識 ツールの提供 e-zyme pathcomp 高次機能 機能の階層分類 相互参照用データ

Microsoft PowerPoint - PDBjing実習.ppt

DDBJing & PDBjing, 2006 年 2 月 2 日 PDBj ウェブサービスの利用法 (xpsss を中心に ) 伊藤暢聡 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部 構造情報研究室 http://www.pdbj.org/ 1.PDBID が既知の時の検索 ( 例 )PDBID = 9pap の場合 9pap ワイルドカード : * が利用できるので *pap, 9*, * でも検索可能

平成 29 年 6 月 9 日 ニーマンピック病 C 型タンパク質の新しい機能の解明 リソソーム膜に特殊な領域を形成し 脂肪滴の取り込み 分解を促進する 名古屋大学大学院医学系研究科 ( 研究科長門松健治 ) 分子細胞学分野の辻琢磨 ( つじたくま ) 助教 藤本豊士 ( ふじもととよし ) 教授ら

平成 29 年 6 月 9 日 ニーマンピック病 C 型タンパク質の新しい機能の解明 リソソーム膜に特殊な領域を形成し 脂肪滴の取り込み 分解を促進する 名古屋大学大学院医学系研究科 ( 研究科長門松健治 ) 分子細胞学分野の辻琢磨 ( つじたくま ) 助教 藤本豊士 ( ふじもととよし ) 教授らの研究グループは 出芽酵母を用いた実験により ニーマンピック病 C 型 (NPC 病 ) タンパク質の新たな機能を明らかにしました

(Microsoft PowerPoint -

ERDAS IMAGINE 2011 新機能 1. リボンインターフェイス 1. リボンインターフェイス ERDAS IMAGINE 2010 から実装されたリボンインターフェイスについて ご紹介します 1.1 インターフェイスの概要 1.2 よく使う機能の集約 1 - Quick Access Toolbar - 1.3 よく使う機能の集約 2 - My Workflow Tab - 1.4 よく使うデータのショートカット

1/8 ページ ユニケミー技報記事抜粋 No.40 p2 (2005) 1. はじめに 電子顕微鏡のはなし 今村直樹 ( 技術部試験一課 ) 物質表面の物性を知る方法として その表面構造を拡大観察するのが一つの手段となる 一般的には光学顕微鏡 (Optical Microscope) が使用されているがより高倍率な像が必要な場合には電子顕微鏡が用いられる 光学顕微鏡と電子顕微鏡の違いは 前者が光 (

( 図 ) IP3 と IRBIT( アービット ) が IP3 受容体に競合して結合する様子

60 秒でわかるプレスリリース 2006 年 6 月 23 日 独立行政法人理化学研究所 独立行政法人科学技術振興機構 細胞内のカルシウムチャネルに情報伝達を邪魔する 偽結合体 を発見 - IP3 受容体に IP3 と競合して結合するタンパク質 アービット の機能を解明 - 細胞分裂 細胞死 受精 発生など 私たちの生の営みそのものに関わる情報伝達は 細胞内のカルシウムイオンの放出によって行われています

光合成色素を合成する反応の瞬間を 世界で初めて 水素原子レベル の極小解析度で解明 -光をエネルギーに変換する装置開発等への応用に期待- 茨城大学 大阪大学 日本原子力研究開発機構 久留米大学 宮崎大学 久留米工業高等専門学校 (株)丸和栄養食品 茨城県の共同研究 フィコシアノビリン と呼ばれる光合

研究成果発表のご案内 平成 27 年 4 月 15 日国立大学法人茨城大学国立大学法人大阪大学国立研究開発法人日本原子力研究開発機構茨城県 光合成色素を合成する酵素反応の瞬間を世界で初めて 水素原子レベル の極小解析度で解明 - 光をエネルギーに変換する装置開発等への応用に期待 - ~ 茨城大学 大阪大学 日本原子力研究開発機構 久留米大学 宮崎大学 久留米工業高等専門学校 ( 株 ) 丸和栄養食品

FEMAP利用マニュアル（基本編）

FEMAP 利用マニュアル ( 基本編 )Ver.1.0 目次 0. 本文で使用する記号... 2 1. はじめに... 2 2. 解析モデルを作る... 3 2.1 形状を作る... 3 2.2 物性を決める... 4 2.3 要素を分割する... 6 2.3 荷重などを設定する... 7 3. 解析する... 10 3.1 データを転送する... 10 3.2 解析する... 10 4. 結果を見る...

世界初! 細胞内の線維を切るハサミの機構を解明 この度 名古屋大学大学院理学研究科の成田哲博准教授らの研究グループは 大阪大学 東海学院大学 豊田理化学研究所との共同研究で 細胞内で最もメジャーな線維であるアクチン線維を切断 分解する機構をクライオ電子顕微鏡法注 1) による構造解析によって解明する

世界初! 細胞内の線維を切るハサミの機構を解明 この度 名古屋大学大学院理学研究科の成田哲博准教授らの研究グループは 大阪大学 東海学院大学 豊田理化学研究所との共同研究で 細胞内で最もメジャーな線維であるアクチン線維を切断 分解する機構をクライオ電子顕微鏡法注 1) による構造解析によって解明することに世界で初めて成功しました アクチンは動物細胞内で最も量の多いタンパク質とも言われ 集まってアクチン線維を作ります

Microsoft Word - Scan Slide.doc

Scan Slide (Apps Menu) Scan Slide 機能は 電動 XY ステージを使用し CCD カメラの視野を越える広範囲な対象領域を自動的に走査して画像取得とつなぎあわせを同時に行うデータ取得モジュールです 特長 最大 8 波長の指定が可能 CCD カメラの回転方向を含んだシステムキャリブレーションを MetaMorph のガイダンスにしたがって操作することで容易に可能 Slide

直観的な使い易いユーザーインターフェースで多次元の視覚化と定量解析 日本語 英語画面表示対応 背景輝度の均一化 豊富な画質調整 画像処理 画像解析機能を搭載 マクロ自動記録 特定用途向けアプリでの利用で 複数データでのバッチ処理が可能 コントラスト強調 平坦化フィルタ ハイパスフィルタ ノイズ除去 境界線の強調 ローパスフィルタ 局部イコライズフィルタ エッジや模様の強調 ディスタンスマップ バリアンスフィルタ

連絡先

社内ディレクトリ 1 ページ 個人用アドレス帳 5 ページ 着信コールおよび発信コールの名前の逆引きルックアップ 7 ページ 社内ディレクトリ 自分の電話機で同僚の番号を調べることにより 簡単に同僚に電話をかけることができます 管理者がこのディレクトリを設定し 保守します 電話機では Lightweight Directory Access Protocol LDAP ディレクトリ Broadsoft

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サンプル条件および固定化分子の選択 Biacoreの実験ではセンサーチップに固定化する分子をリガンド それに対して結合を測定する分子をアナライトと呼びます いずれの分子をリガンドとし アナライトとするかは 実験系を構築する上で重要です 以下にサンプルに適したリガンド アナライトの設計方法やサンプルの必要条件などをご紹介します アナライト リガンド センサーチップ (1) タンパク質リガンドとしてもアナライトとしても用いることができます

[Business Communication]

相互作用ネットワーク パスウェイが さくさく書けるフリーツールの紹介 バイオメディシナル情報統合チーム長井陽子 平成 23 年度第 4 回データベース講習会創薬研究における統合データベースの活用 2012/3/16 分子生物学的な知識の増加 1 つの分子でも様々な機能的役割を担っている 分子間の相互作用や因果関係は複雑で膨大である 大規模なデータの管理や知識の整理に視覚化ツールを活用することができる

Microsoft PowerPoint - DNA1.ppt [互換モード]

生物物理化学 タンパク質をコードする遺伝子 (135~) 本 PPT 資料の作成には福岡大学機能生物研究室のホームページを参考にした http://133.100.212.50/~bc1/biochem/index2.htm 1 DA( デオキシリボ核酸 ) の化学的特徴 シャルガフ則とDAのX 線回折像をもとに,DAの構造が予測された (Watson & Crick 1953 年 ) 2 Watson

ゲートウェイのファイル形式

この章では Cisco Unified Communications Manager 一括管理 BAT を使用して シスコのゲー トウェイのファイル形式を Cisco Unified Communications Manager データベースに一括して設定す る方法について説明します の検索, 1 ページ の設定, 2 ページ ファイル形式と CSV データ ファイルの関連付け, 5 ページ の検索

2

Data Explorerの使い方｜国立教育政策研究所 National Institute for Educational Policy Research

Data Explorer の使い方 Data Explorer は 国際成人力調査 (Programme for the International Assessment of Adult Competencies=PIAAC) のコンソーシアムが提供する 2011 年に実施された PIAAC の調査結果のデータ集計及び集計結果の出力用ツールです Data Explorer は現在 英語のみで提供されています

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85 4 86 Copright c 005 Kumanekosha 4.1 ( ) ( t ) t, t 4.1.1 t Step! (Step 1) (, 0) (Step ) ±V t (, t) I Check! P P V t π 54 t = 0 + V (, t) π θ : = θ : π ) θ = π ± sin ± cos t = 0 (, 0) = sin π V + t +V

ZVH_VIEWER

R&S FSH4View 操作手順書 Rev 1 ローデ シュワルツ ジャパン株式会社 1 ローデ シュワルツ ジャパン FSH4View 操作手順書 1 FSH4View 操作手順 1.FSH4Viewの起動 2.FSHとPCの接続 3.FSHメモリ内データの転送 4. 測定画像の操作 5. 測定データを数値データへ変換 6. クイック ネーミング機能の設定 2 ローデ シュワルツ ジャパン FSH4View

ス H95) は EF-G の GTP 結合部位と明確に相互作用しており このループが GTP 加水分解に直接関与していることが示唆されました ( 図 4 右 ) 本研究成果は わが国で推進している タンパク 3000 プロジェクト の一環として行われたものです 本研究成果の詳細は 米国の学術雑誌

報道発表資料 2007 年 3 月 10 日 独立行政法人理化学研究所 ドイツシャリティ ベルリン医科大学 タンパク質生合成工場 リボソーム との相互作用による翻訳伸長因子の活性化メカニズムを解明 - 遺伝子翻訳の重要な過程をスナップショットで可視化 - ポイント T. thermophilus には EF-G の遺伝子が 2 種類あることが判明した 全生物に共通な翻訳伸長因子 EF -G の GTP

Microsoft PowerPoint - 3rd-jikken-vscreen [互換モード]

生命情報実験第一 ( 情報系 ) バイオインフォマティクスの道具箱 タンパク質化合物相互作用解析: バーチャルスクリーニング 慶應義塾大学生命情報学科榊原康文, 佐藤健吾 リード化合物探索とインフォマティクス High Throughput Screening 実験的検証 リード化合物 = 薬剤候補 薬剤標的タンパク質 初期候補 実験的検証 + インフォマティクス 1. 大量化合物の探索 2. 成功率向上

1. はじめに 1. はじめに 1-1. KaPPA-Average とは KaPPA-Average は KaPPA-View( でマイクロアレイデータを解析する際に便利なデータ変換ソフトウェアです 一般のマイクロアレイでは 一つのプロー

KaPPA-Average 1.0 マニュアル 第 1.0 版 制作者 : かずさ DNA 研究所櫻井望 制作日 : 2010 年 1 月 12 日 目次 1. はじめに 2 1-1. KaPPA-Average とは 2 1-2. 動作環境 3 1-3. インストールと起動 3 2. 操作説明 4 2-1. メイン機能 - Calc. Average 4 2-1-1. データの準備 4 2-1-2.

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51 5 5.1 5.1.1 P r P z θ P P P z e r e, z ) r, θ, ) 5.1 z r e θ,, z r, θ, = r sin θ cos = r sin θ sin 5.1) e θ e z = r cos θ r, θ, 5.1: 0 r

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ParaView () 20105141CAE OPENFOAM (R) is a registered trade mark of OpenCFD Limited, the producer of the OpenFOAM software and owner of the OPENFOAM (R) and OpenCFD (R) trade marks. This offering is not

データの作成方法のイメージ ( キーワードで結合の場合 ) 地図太郎 キーワードの値は文字列です キーワードの値は重複しないようにします 同じ値にする Excel データ (CSV) 注意キーワードの値は文字列です キーワードの値は重複しないようにします 1 ツールバーの 編集レイヤの選択 から 編

手順 4 Excel データを活用する ( リスト / グラフ 色分け ) 外部の表データ (CSV 形式 ) を読み込み リスト表示やカード表示 その値によって簡単なグラフ ( 円 正方形 棒の 3 種類 ) や色分け表示することができます この機能を使って地図太郎の属性情報に無い項目も Excel で作成し CSV 形式で保存することにより 自由に作成することができます (Excel でデータを保存するとき

論文の内容の要旨

論文の内容の要旨 2 次元陽電子消滅 2 光子角相関の低温そのまま測定による 絶縁性結晶および Si 中の欠陥の研究 武内伴照 絶縁性結晶に陽電子を入射すると 多くの場合 電子との束縛状態であるポジトロニウム (Ps) を生成する Ps は 電子と正孔の束縛状態である励起子の正孔を陽電子で置き換えたものにあたり いわば励起子の 同位体 である Ps は 陽電子消滅 2 光子角相関 (Angular

Microsoft Word - RMD_75.doc

Review Multi Dimensional Data Multi Dimensional Acquire *.nd MetaMorph.nd Muliti Dimensional Acquisition Stack Tiff Multi Dimensional Acquisition Z nd nd 1 Review Multi Dimensional Data nd Review Multi

平成20年度　神戸大学　大学院理学研究科　化学専攻　入学試験問題

化学 Ⅰ- 表紙 平成 31 年度神戸大学大学院理学研究科化学専攻入学試験 化学 Ⅰ 試験時間 10:30-11:30(60 分 ) 表紙を除いて 7 ページあります 問題 [Ⅰ]~ 問題 [Ⅵ] の中から 4 題を選択して 解答しなさい 各ページ下端にある 選択する 選択しない のうち 該当する方を丸で囲みなさい 各ページに ( 用紙上端 ) と ( 用紙下端 ) を記入しなさい を誤って記入すると採点の対象とならないことがあります

研究成果報告書

様式 C-19 科学研究費補助金研究成果報告書 研究種目 : 基盤研究 (C) 研究期間 :2007 2008 課題番号 :19570157 研究課題名 ( 和文 ) 生体高分子間相互作用構造推定のため情報抽出法の開発 平成 21 年 5 月 31 日現在 研究課題名 ( 英文 )Development of a method to obtain information for prediction

H28.4 / 11 28 7 1 28 28 1 27 29 30 4 1 29 5 5 2 2 1 2 2 28 3 1 28 http://www.city.saitama.jp/005/001/018/003/p036471.html 2 28 7 11 28 8 31 3 CD DVD 4 4 5 7 11 8 31 9 1 9 30 10 1 10 31 11 1 11

生物有機化学

質問への答え 速い 書き込みが追い付かない 空欄を開いたことを言ってほしいなるべくゆっくりやります ただし 生化学をできるだけ網羅し こんなの聞いたことない というところをなるべく残さないようにと思っています 通常の講義よりは速いでしょう 試験では細かいことは聞きません レーザーポインターが見にくい アンカータンパク質の内側 外側とは? 細胞内と細胞外です 動画の場所 Youtube で Harvard

分子シミュレーションの応用

平成 26 年 6 月 9 日分子モデリングと分子シミュレーション 複合体構造モデリング 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田透 1 本日の講義内容 タンパク質 タンパク質ドッキング タンパク質 低分子化合物ドッキング 課題 分子シミュレーションの展望と課題 2 複合体モデリング タンパク質とタンパク質を含む他の分子との複合体の立体構造を予測する 類似した複合体の立体構造が利用できる

AJACS18_ ppt

1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

実験 解析方法実験は全て BL41XU で行った 初めに波長 0.5A 1.0A の条件化で適切な露光時間をそれぞれ決定した ( 表 1) 続いて同一の結晶を用いてそれぞれの波長を用いてデータを収集し そのデータの統計値を比較した ( 表 2) データの解析は HKL2000/Scalepack と

課題名生体超分子チトクロム酸化酵素の高分解能 X 線構造解析課題番号 2006B1683 利用ビームライン BL41XU 大阪大学蛋白質研究所所属博士後期過程 2 年菅倫寛 目的および背景生物は好気的条件下では呼吸によってエネルギーを得ている ミトコンドリア内では ATP の合成が 40% 以上という極めて高いエネルギー変換効率で行われている チトクロム酸化酵素はミトコンドリア内の呼吸鎖末端に位置する巨大膜蛋白質で

論文題目　　腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析

論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている

RT-PCR プロトコール.PDF

Real -Time RT-PCR icycler iq Bio Rad RT-PCR RT-PCR 1 icycler iq Bio Rad icycler iq 30 2 Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit (amersham pharmacia biotech) Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit QuantiTect

PowerPoint Presentation

AI Programming data mining ( Plug in Weka to Eclipse) Review of Identification Tree Run bouncing ball in Weka Run bouncing ball in Eclipse How about color? weight? rubber? Please write down their formulae.

endo.PDF

MAP 18 19 20 21 3 1173 MAP 22 700800 106 3000 23 24 59 1984 358 358 399 25 12 8 1996 3 39 24 20 10 1998 9,000 1,400 5,200 250 12 26 4 1996 156 1.3 1990 27 28 29 8 606 290 250 30 11 24 8 1779 31 22 42 9

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ユーザ デバイス プロファイルの ファイル形式

CHAPTER 34 CSV データファイルの作成にテキストエディタを使用する場合 デバイスフィールドと回線フィールドを CSV データファイル内で識別するファイル形式を使用する必要があります このファイル形式には次のオプションがあります Default User Device Profile: ユーザデバイスプロファイルのデバイスフィールドと回線フィールドの事前決定済みの組み合せを含む Simple

Step 1 Feature Extraction Featuer Extraction Feature Extraction Featuer Extraction Image Analysis Start>Programs>Agilent-Life Sciences>Feature Extract

Agilent G2565AA Feature Extraction Step 1 Feature Extraction Step 2 Step 3 Step 4 ( ) Step 5 ( ) Step 6 Step 7 Step 8 Feature Extraction Step 9 Step 10 Feature Extraction Step 11 Feature Extraction Step

ポイント 太陽電池用の高性能な酸化チタン極薄膜の詳細な構造が解明できていなかったため 高性能化への指針が不十分であった 非常に微小な領域が観察できる顕微鏡と化学的な結合の状態を調査可能な解析手法を組み合わせることにより 太陽電池応用に有望な酸化チタンの詳細構造を明らかにした 詳細な構造の解明により

この度 名古屋大学大学院工学研究科の望月健矢大学院生 後藤和泰助教 黒川康良准教授 山本剛久教授 宇佐美徳隆教授らは 太陽電池への応用に有 望な電気的特性を示す酸化チタン注 1) 極薄膜を開発しました さらに その微小領域 の構造を明らかにすることに世界で初めて成功しました 近年 原子層堆積法注 2) を用いて製膜した酸化チタン薄膜は 結晶シリコン注 3) の太 陽電池において 光で生成した電子を収集する材料として優れた特性を示すため

Microsoft PowerPoint - Autodock manual

AutoDock 使用マニュアル (2010.06.15 本島作成 ) 1) 最初にこのマニュアルはWindowsで行う用として作成しています Macでも同じようにすれば動くはずですが 正直わかりません ご了承ください Autodock を行うときに新たなファイルを作成したり ソフトをダウンロードすることがあります その際は以下 2 点を必ず守ってください でないとソフトが動かないです i) ファイル名は日本語禁止

Microsoft PowerPoint - Biotools…}…j…–…A…‰224forFA.ppt

Biotools 簡易マニュアル 2.2.4FA 1.FlexAnalysis でスペクトルにラベルをつけます Mass List Find Mass List Edit Mass List Find ボタンで全範囲にわたってピークピック もしくは Mass List Edit ボタンでピーク一つずつマニュアルでピークピックします (Autoflex 日本語マニュアル Ultraflex 日本語マニュアル参照

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国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

Microsoft Word - manual doc

Genotype Matrix Mapping Ver.2.1 操作説明書 2009/8/27 商標 Java は 米国 Sun Microsystems,Inc. の米国およびその他の国における登録商標です Windows, Microsoft は米国 Microsoft Corporation の米国およびその他の国における登録商標です Macintosh,Mac OS X は米国 Apple

33 MD-SAXS 法 [ 技術の概要 ] マルチドメインタンパク質や天然変性タンパク質など フレキシブルで結晶化しにくく X 線結晶構造解析が難しいタンパク質は数多く存在する また 結晶構造と溶液構造が異なると想定される場合もある そのような場合 低解像度ながら 溶液構造情報を X 線小角散乱

33 MD-SAXS 法 マルチドメインタンパク質や天然変性タンパク質など フレキシブルで結晶化しにくく X 線結晶構造解析が難しいタンパク質は数多く存在する また 結晶構造と溶液構造が異なると想定される場合もある そのような場合 低解像度ながら 溶液構造情報を X 線小角散乱 (SAXS) 実験で得ることができる そこで バイオインフォマティクス技術を使ってモデリングした立体構造に対し 分子動力学

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン

ヒトゲノム情報を用いた創薬標的としての新規ペプチドリガンドライブラリー PharmaGPEP TM Ver2S のご紹介 株式会社ファルマデザイン 薬剤の標的分子別構成 核内受容体 2% DNA 2% ホルモン 成長因子 11% 酵素 28% イオンチャンネル 5% その他 7% 受容体 45% Drews J,Science 287,1960-1964(2000) G 蛋白質共役受容体 (GPCR)

第６号－２／８）最前線（大矢）

最前線 免疫疾患における創薬標的としてのカリウムチャネル 大矢 進 Susumu OHYA 京都薬科大学薬理学分野教授 異なる経路を辿る １つは マイトジェンシグナル 1 はじめに を活性化し 細胞増殖が促進されるシグナル伝達経 路 図１A 右 であり もう１つはカスパーゼやエ 神 経 筋 の よ う な 興 奮 性 細 胞 で は カ リ ウ ム ンドヌクレアーゼ活性を上昇させ アポトーシスが K

2 1 1 α = a + bi(a, b R) α (conjugate) α = a bi α (absolute value) α = a 2 + b 2 α (norm) N(α) = a 2 + b 2 = αα = α 2 α (spure) (trace) 1 1. a R aα =

1 1 α = a + bi(a, b R) α (conjugate) α = a bi α (absolute value) α = a + b α (norm) N(α) = a + b = αα = α α (spure) (trace) 1 1. a R aα = aα. α = α 3. α + β = α + β 4. αβ = αβ 5. β 0 6. α = α ( ) α = α

1 I 1.1 ± e = = - = C C MKSA [m], [Kg] [s] [A] 1C 1A 1 MKSA 1C 1C +q q +q q 1

1 I 1.1 ± e = = - =1.602 10 19 C C MKA [m], [Kg] [s] [A] 1C 1A 1 MKA 1C 1C +q q +q q 1 1.1 r 1,2 q 1, q 2 r 12 2 q 1, q 2 2 F 12 = k q 1q 2 r 12 2 (1.1) k 2 k 2 ( r 1 r 2 ) ( r 2 r 1 ) q 1 q 2 (q 1 q 2

塗料の研究第147号本体.indd

Observation of Particle Materials in Wet and Dry Paints with Transmission Electron Microscope and Scanning Electron Microscope Yukiko Chitose Masami Hayashi Matoba Yabe 透過型電子顕微鏡 走査型電子顕微鏡による塗料 塗膜中の粒子成分の観察

37-4.indd

ISSN 0916-3328 東京大学アイソトープ総合センター VOL. 37 NO. 4 2007. 3. 26 アイソトープ総合センターの将来展望 40 18 18 20 3 800 1/3 1300 14 18 20 3 19 2 生きた細胞内の分子過程を 時間 空間計測する蛍光プローブの開発 1. はじめに Fura-2 Fura-2 198 1, 2 3, 4 2. 生体脂質分子の機能とその分析

i ii ( ) ( ) ( ) 462,891 525,032 502,164 230,636 CD CD 1 1 2 2 3 3 4 4 5 5 6 6 7 7 8 8 9 9 10 10 11 10 12 11 13 11 14 12 15 12 16 13 16 14 17 15 18 15 18 16 19 17 20 17 18 19

PowerPoint プレゼンテーション

光が作る周期構造 : 光格子 λ/2 光格子の中を運動する原子 左図のように レーザー光を鏡で反射させると 光の強度が周期的に変化した 定在波 ができます 原子にとっては これは周期的なポテンシャルと感じます これが 光格子 です 固体 : 結晶格子の中を運動する電子 隣の格子へ 格子の中を運動する粒子集団 Quantum Simulation ( ハバードモデル ) J ( トンネル ) 移動粒子間の

例1） 3

例 1) 岩塩 ( 塩化ナトリウム ): NaCl 2015/11/09 (VESTA :Ver3.3.1 OS:Windows7 ブラウザ:Internet Explorer 11.0 の場合 ) 1) HP 中温域固体伝導体 中の 結晶構造ギャラリー の 5. 元素 化合物 鉱物など岩塩 ( 塩化ナトリウム ) の物質名 ( 和名 ) にあるアイコンを右クリックし [ 対象をファイルに保存 ]

結晶粒と強度の関係

SPring-8 金属材料評価研究会 218 年 1 月 22 日 @AP 品川 転載不可 アルミニウムにおける 置換型固溶元素が引張変形中の 転位密度変化に及ぼす影響 兵庫県立大学材料 放射光工学専攻〇足立大樹 背景 放射光を用いた In-situ XRD 測定により 変形中の転位密度変化を高時間分解能で測定可能となっており 結晶粒径による転位増殖挙動の変化について明らかにしてきた * * H.

ICSD web 簡単ガイド (Ver

ICSD-Desktop / ICSD Web 基本ガイド ICSD Web の画面を使用. 画面や機能は 2017 年 8 月現在. 目次 1. ICSD-Desktop を起動する / ICSD Web へログインする... 2 2. Basic search & retrieve で検索を行う... 2 3. 検索結果を見る... 4 3-1. 検索結果をソートする... 4 3-2. それぞれの検索結果の詳細を見る...

Microsoft Word - note02.doc

年度 物理化学 Ⅱ 講義ノート. 二原子分子の振動. 調和振動子近似 モデル 分子 = 理想的なバネでつながった原子 r : 核間距離, r e : 平衡核間距離, : 変位 ( = r r e ), k f : 力の定数ポテンシャルエネルギー ( ) k V = f (.) 古典運動方程式 [ 振動数 ] 3.3 d kf (.) dt μ : 換算質量 (m, m : 原子, の質量 ) mm

Winmostar - LAMMPS Tutorial 4 界面ビルダ V5.012 株式会社クロスアビリティ 2015/6/18

Winmostar - LAMMPS Tutorial 界面ビルダ V5.012 株式会社クロスアビリティ question@winmostar.com 2015/6/18 界面ビルダ概要 界面ビルダ は分子動力学計算を行うための初期配置作成ツールの一つである 本チュートリアルではポリマーを題材としているが対象となる系は分子から成る液体や無機 / 金属結晶界面 固固界面 固液界面 液液界面などであってもよい