Microsoft PowerPoint - nCounterパンフレット

Transcription

1

2 ncounter Analysis System とは ncounter Analysis System は 米 国 NanoString Technologies 社 が 開 発 した 新 しい 発 想 に 基 づいた 遺 伝 子 解 析 システム です 特 殊 な 分 子 バーコードを 配 列 特 異 的 に 付 加 することで 最 大 800 種 類 の 標 的 配 列 をデジタル 検 出 カウントを 行 います システムはフレキシブルで 遺 伝 子 発 現 解 析 の 他 にも 様 々なアプリケーションに 対 応 します 試 薬 キットのみの 変 更 で 基 本 の 遺 伝 子 発 現 解 析 の 他 にも mirna 解 析 lncrna 解 析 染 色 体 コピー 数 解 析 シングルセル 発 現 解 析 やFFPEサンプルの 発 現 解 析 にも 対 応 します 新 規 発 見 や 仮 説 の 検 証 といった 基 礎 分 野 の 研 究 からパスウェイに 基 づくトランスレーショナル 研 究 に 威 力 を 発 揮 します ncounter の 特 徴 ダイレクトデジタル カウント: ncounter は 対 象 の 核 酸 分 子 を1カウント=1 分 子 の 個 数 単 位 でカウントします 従 来 のようなシグナル 比 で 定 量 するアナログ 方 式 に 比 べクリアで 再 現 性 の 高 いデータが 得 られます 2 倍 に 満 たないわずかな 変 化 量 でも 検 出 する ダイナミックレンジが 広 いのも デジタルカウントの 特 徴 です 最 大 800 遺 伝 子 を 同 時 カウント Multi Plex 解 析 も 可 能 : 1つのチューブに 含 まれる 最 大 800 遺 伝 子 を 同 時 にデジタルカウントします 調 べたい 遺 伝 子 が 少 ない 場 合 は 4サンプルまでのMulti Plex 解 析 * も 可 能 です *Multi Plex 用 に 設 計 したCodeSetが 必 要 です PCR 増 幅 不 要 のダイレクトカウント FFPEサンプルにも 対 応 : 基 本 的 にPCRを 使 用 しないため 増 幅 の 偏 り 問 題 を 回 避 することができます 標 的 配 列 の 状 態 が 良 くないフォルマリン 固 定 パラフィン 包 埋 (FFPE) 切 片 から 調 製 したサンプルに おいても 良 好 な 結 果 が 得 られます 正 確 で 高 い 再 現 性 : ダイレクト デジタル カウントによって 再 現 性 の 高 いデータが 得 られていますので 離 れた 施 設 とのデータ 共 有 比 較 が 必 要 な 国 際 研 究 チームにも 採 用 されています シンプルなサンプル 調 製 : ncoutner によるカウントは 基 本 的 にトータルRNA または 細 胞 粗 抽 出 液 (Cell Lysate) からスタート します ダイレクトカウントが 可 能 ですので 従 来 のような 逆 転 写 反 応 (RT) や DNA Library の 作 製 を 必 要 としません * *シングルセルアッセイは1 細 胞 からサンプルを 調 製 する 過 程 でRTとPCR 増 幅 を 行 います 簡 単 操 作 : システムは 自 動 化 されており 難 しい 手 技 を 必 要 とする 行 程 は 装 置 が 自 動 で 行 います セットアップ 等 の 操 作 は 簡 単 で 実 験 者 によって 極 力 差 が 出 ないように 設 計 されています 論 文 多 数 : ncounter のデータ 掲 載 論 文 は2012 年 だけで 約 100 報 を 数 えます 論 文 リストはNanoString 社 の Webサイトよりダウンロードいただけます

3 ncounter のシステム 構 成 PC 不 要 の2ユニット 構 成 ncounter システムは Prep Station とDigital Analyzer の2つのユニットから 構 成 されています いずれも 操 作 は 内 蔵 のタッチスクリーンで 行 な います 制 御 用 に 別 途 のPCは 必 要 としません ncounter Prep Station ncounter Digital Analyzer シンプルで 簡 単 な 操 作 操 作 はウィザードによって 画 面 に 表 示 されるので 指 示 に 従 ってタッチするだけで 操 作 できます スク リーンはグローブを 装 着 したままでも 操 作 可 能 です 装 置 Prep Station 標 的 配 列 とハイブリダイズし たCodeSetの 精 製 とアナライ ザーカートリッジへの 固 定 化 をフルオートで 行 います Digital Analyzer 分 子 バーコードの 蛍 光 の 読 取 りとカウントを 行 い データを 出 力 します 試 薬 試 薬 類 Master Kit 基 本 的 なサンプル 処 理 に 必 要 な 消 耗 品 と 試 薬 類 が パックされたキットです CodeSet 標 的 配 列 の 核 酸 にハイブリ ダイズして 種 類 コピー 数 を 認 識 する 核 酸 バーコード プローブです CodeSet CodeSet は 配 列 特 異 的 なキャプチャープローブ レポータープローブ の2 種 類 のプローブとコントロールプローブから 構 成 されています レポータープローブには 核 酸 バーコードが 連 結 されており 最 大 800 種 類 の 核 酸 配 列 を 同 時 に 識 別 します レポータープローブには 蛍 光 を 配 した 遺 伝 子 バーコード が 付 加 されており アナライザーによって 蛍 光 がカウント されます ncounter コントロールプローブはコントロールとノーマライズに 使 用 されます CodeSet オリジナルのカスタムCodeSetも 作 成 可 能 です カスタムデザインはAccession No. 等 でご 指 定 いただけ ます プレデザイン CodeSet パネルもご 用 意 しています パスウェイに 関 連 したパネルがございます 収 録 されている 遺 伝 子 は ジーンリストで 確 認 可 能 です 詳 細 については 弊 社 までお 問 合 せください キャプチャープローブにはBiotinが 付 加 されており アナ ライザーカートリッジへの 固 定 化 する 際 のアンカーとなり ます

4 ncounter のワークフロー ncounter システムは サンプルセットからデータ 取 得 までわずか3ステップで 1Molecule= 1Count の 計 数 を 行 います 1 回 のアッセイは 約 20 時 間 で 完 了 します 5 min hands 1 日 目 5 min hands on 2 日 目 AUTOMATED 5 min hands on 2 日 目 AUTOMATED on 12hr~ 2.5 hr 5 hr ncounter Prep Station ncounter Digital Analyzer Step 1 Step 2 Step 3 (1) ハイブリダイズのステップではサンプルと (2) CodeSetをミックスして 約 12 時 間 のインキュ ベーション PrepStation 内 で 標 的 配 列 とハイブリダイズしたCodeSetのみを 精 製 精 製 されたCodeSetはnCounter 解 析 用 カートリッジに 移 され 表 層 に 固 定 後 すべて 一 定 の 向 きに 整 列 されます (3) デジタルアナライザーは カートリッジに 固 定 された Codesetの 遺 伝 子 バーコードの 並 びと 数 をスキャンし 各 標 的 配 列 のカウント 結 果 を 数 で 表 示 します 従 来 法 で 見 られるシグナル 強 度 による 出 力 と 異 なるデジタル 出 力 を 実 現 しています (4) 得 られたカウントデータは 付 属 の 解 析 ソフトウェア nsolver TM Analysis を 使 用 してデータQCとノーマライズ データ 解 析 データ 出 力 を 簡 単 に 行 うことができます

5 ncounter のパフォーマンス 広 いレンジにおけるカウント 正 確 性 わずかな 倍 数 変 化 の 検 出 標 的 遺 伝 子 を 発 現 量 で 分 類 し 各 グループでのCV 値 を 求 めた 結 果 この 実 験 の 標 的 遺 伝 子 は 1 細 胞 あたり1コピー 以 下 の 発 現 量 でしたが このような 低 発 現 条 件 においてもバラツキを 示 すCV 値 は15% 以 下 でした これはnCounter が2 倍 量 それ 以 下 の 変 化 量 を 検 出 できることを 示 しています 正 確 性 は 発 現 量 とともに 増 し ほとんどのグループにおいて1.2 倍 以 下 の 変 化 量 を 判 別 できました 優 れた 感 度 再 現 性 そして 広 いダイナミックレンジ わずかな 倍 数 変 化 の 検 出 を 示 した 例 同 一 のRNAサンプルを67ng, 100ng, 150ng, 200ng という 具 合 にインプット 量 を 変 化 させてnCounter でカウントした 結 果 100ng インプット 時 の 結 果 と67ng(x1.5 down), 150ng(x1.5 up), 200ng(x 2 up) インプット 時 のカウント 結 果 の 相 関 性 を 検 証 全 ての 発 現 レベルにおいて 発 現 量 の 相 関 性 も 保 ちつつ 僅 かな 倍 数 変 化 も 検 出 しています cell lyasteからでもトータルrnaからでもok 広 いダイナミックレンジ(10-50,000 カウント)での 再 現 性 の 例 同 一 のトータルRNAサンプルを2つに 分 け それぞれ 独 立 に ncounter を 用 いて カウントした 結 果 この 実 験 では75カウントが1 細 胞 あたり1コピーに 相 当 します このデータは ncounter が 高 発 現 量 からかなり 低 い 発 現 量 のアッセイを 同 時 に カウントする 場 合 でも 高 いレベルの 感 度 と 正 確 性 があることを 示 しています 細 胞 粗 抽 出 液 (cell lysate)でのカウント 例 2,500 5,000 10,000 細 胞 より 調 製 した 細 胞 抽 出 液 (cell lysate) 中 で 標 的 RNAを カウントした 結 果 と 精 製 されたトータルRNA 100ngから 得 たカウント 結 果 との 相 関 性 を 調 べたところ 各 細 胞 数 において 高 い 相 関 性 が 確 認 されました このことは ncounter に 供 する 前 のサンプルの 調 製 方 法 が 違 っても 互 いに 高 い 相 関 性 が 得 られることを 示 しています 全 血 から 調 製 されたセルライセートにも 対 応 FFPE 組 織 切 片 から 調 製 したライセートでもOK 全 血 より 調 製 した 粗 抽 出 液 (lysate) 中 の 標 的 RNAをカウントした 例 PAXgene TM で 調 製 した 全 血 細 胞 の 粗 抽 出 液 (lysate)と 精 製 したトータルRNAの 各 々に 含 まれる 標 的 RNAをカウントした 結 果 独 立 した2 検 体 におけるカウント 結 果 は 精 製 したトータルRNAから 得 られたカウント 結 果 と 高 い 相 関 性 を 示 しました この 結 果 はnCounter はPAXgene TM で 調 製 した 全 血 細 胞 のlysateからも 良 好 なデータ が 得 られることを 示 しています *PAXgene TM はQIAGENの 登 録 商 標 です FFPEサンプルから 抽 出 調 製 されたサンプルでのカウント 例 標 的 RNAのカウント 結 果 をFFPE(フォルマリン 固 定 パラフィン 包 埋 ) 組 織 切 片 から 調 製 されたRNAでのカウント 結 果 とフレッシュな 組 織 から 調 製 されたRNAにおける カウント 結 果 を 比 較 この 結 果 は FFPEから 調 製 したRNAサンプルでも 良 好 なカウント 結 果 が 得 られる ことを 示 しています

6 アプリケーション ncounter システムは RNAおよびDNAの 両 方 をターゲットとしたアプリケーションに 対 応 します それぞれのアプリケーションに 対 応 したCodeSetパネルと 試 薬 類 をパッケージした 各 種 のアプリケーションキットを お 使 いいただけば すぐにアッセイを 始 めることができます 他 にもパスウェイに 関 連 した 遺 伝 子 のCodeSetをまとめてパッケージしたプレデザイン CodeSet パネルもございます 各 CodeSetパネルで 検 出 される 遺 伝 子 はジーンリストでご 確 認 いただけます CodeSetはカスタム 合 成 も 可 能 ですので あらゆる 生 物 種 遺 伝 子 配 列 にも 対 応 します プレデザイン CodeSetパネル ラインナップ Gene Expression Analysis Human Immunology panel Human Inflammation panel Human Kinase panel Human Angiogenesis virtual panel Human Apoptosis virtual panel Human Breast Cancer virtual panel Human Cell Cycle virtual panel Human Jak-Stat virtual panel mirna Expression Analysis Human mirna panel Mouse mirna panel Rat mirna Fusion panel Drosophila mirna Mouse Inflammation panel Human Leukemia Fusion panel Human p53 virtual panel Human Stem Cell virtual panel Human WNT virtual panel Mouse Cancer virtual panel Mouse Stem Cell virtual panel Copy Number Variation Human Cancer CN Human Karyotyping *プレデザイン CodeSet パネルには 基 本 試 薬 キットを 含 むタイプと 含 まれないタイプがございます ** 収 録 されている 遺 伝 子 バーコードのジーンリストは 下 記 のURLよりダウンロード 可 能 です アプリケーションキット ラインナップ ncounter による 核 酸 のカウントは 試 薬 キットを 変 えることでmRNAをターゲットとした 遺 伝 子 発 現 解 析 の 他 にもmiRNA 発 現 解 析 Single Cell での 発 現 解 析 にも 対 応 します 核 酸 バーコードであるCodeSetはRNAのみでなく DNAにもハイブリ ダイズしますので DNAをターゲットとしたアプリケーションにも 対 応 します アプリケーション 等 の 詳 細 な 内 容 については 弊 社 までお 問 合 せください Gene Expression mirna CNV RNA 分 子 カウント DNA 分 子 カウント Single Cell mirge Fusion Genes Non-coding RNA ChIP-String

7 アプリケーション 例 特 徴 最 大 800 種 類 の 遺 伝 子 プロファイルを 同 時 に 解 析 可 能 データはデジタルカウントで 得 ることができます サンプルのクリーンナップと 分 割 を 回 避 し 増 幅 は 最 小 限 に 抑 えられます 感 度 と 再 現 性 の 高 い 遺 伝 子 発 現 プロファイルが 可 能 ncounter シングルセルアッセイでは シングルセルからトータルRNA( 約 10 pg)から 標 的 配 列 を 含 むDNA 領 域 を 増 幅 させるステップ(Multiplex Target Enrichment; MTE)を 経 てからnCounter でカウントをおこないます シングルセル 遺 伝 子 発 現 プロファイル 解 析 例 回 収 された90 個 のシングルセルからトータルRNAを ncounter シングルセルアッセイプロトコールに 従 って 逆 転 写 増 幅 反 応 後 253の 遺 伝 子 についての 発 現 プロファイルをnCounter でカウント 解 析 した 結 果 緑 色 は 強 発 現 黄 色 は 中 程 度 発 現 赤 色 は 低 発 現 を 示 します 右 2レーンには90 個 のシングルセルについての 平 均 値 および 対 照 実 験 として100 個 の 細 胞 プールで 解 析 した 発 現 プロファイルを 示 しています シングルセルの 発 現 パターンは 細 胞 ごとに 違 いが 見 ら れますが 90 個 のシングルセルの 平 均 値 のパターンと 100 細 胞 プールで 解 析 した 発 現 プロファイルのパターン がほぼ 一 致 しているのが 分 ります 特 徴 特 異 性 と 感 度 の 高 いmiRNA プロファイルが 可 能 データベースの(miRBaseV.18)に 登 録 の800 種 のmiRNAに 対 応 ジーンリストでご 確 認 いただけます ncounter によって 精 製 データ 取 得 が 自 動 化 され 難 しい 手 技 を 必 要 としません PCRによる 増 幅 をせずにダイレクトカウントが 可 能 です FFPEサンプルから 調 製 したサンプルからでもmiRNAのカウント 可 能 mirnaアッセイの 再 現 性 を 示 した 例 Human v2 mirna expression assay キットを 用 いて ヒトのトータル RNAサンプルを 繰 り 返 しカウント カウントは 別 々に 行 い 2 回 の カウント 結 果 の 相 関 性 を 検 証 した 結 果 相 関 係 数 (R 2 )は0.99 以 上 という 高 い 相 関 性 を 得 ています

8 ncounter 掲 載 論 文 論 文 リストは 下 記 URLよりダウンロードいただけます 随 時 更 新 中 です 主 な 仕 様 仕 様 製 品 名 カタログNo. システム 構 成 ncounter Analysis System NCT-SYST-200 Prep Station 1 台, Digitail Analyzer 1 台 Prep Station Digital Analyzer 解 析 方 式 CodeSet 方 式 蛍 光 励 起 光 源 LED 精 製 方 式 磁 性 ビーズ 蛍 光 検 出 法 CCDカメラ 処 理 検 体 数 最 大 12 サンプル/カートリッジ/ 1run カートリッジ 装 填 数 最 大 6 PC ソフトウェア 本 体 内 蔵 タッチスクリーン 操 作 PC ソフトウェア 本 体 内 蔵 タッチスクリーン 操 作 サイズ(W x Dx H) 89 x 67 x 63 (cm) サイズ(W x Dx H) 66 x 66 x 48 (cm) 電 源 VAC 電 源 VAC, Hz, 610 VA 重 量 120 kg 重 量 68 kg