トーゴーの日 提出用.key

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1 (I) (II) 10: CC-BY 2013 licensed under CC 2.1

2 1. RDF RDF

3 (I) 1. RDF RDF ? RDF RDF RDF

4 = 3.0 RDF ID : ID URL Ontology: Linked Data: Ontology RDF

5 : RDF RDF: Resource Description Framework (Subject) - (Predicate) - (Object) - ID () - () - ID() () s RDF p o <> <> <>/ RDF < rdf:type so: < rdfs:label APOE. RDF ID = RDF

6 : RDF ( ) RDF Gene name Drug effect RDF Gene sequence Drug structure Drug

7 : SPARQL SPARQL: SPARQL Protocol and RDF Query Language RDF name RDF SELECT?gene?name?drug?effect WHERE {?gene rdf:type so: ?gene rdfs:label?name.?gene :dose?drug.?drug :has_effect?effect. } effect Gene Drug

8 RDF LinkDB:

9 RDF KEGG DB RDF # KEGG ID ID < < < < < < < < < : RDF(N-triple)

10 CBRC RDF RDF RDF SADI RDF

11 DBCLS+ +CBRC Galaxy - DBCLS

12 DBCLS+ +CBRC DBCLS Galaxy

13 DBCLS+ +CBRC simcomp RDF CBRC SMILES CBRC RDF

14 DBCLS+ +CBRC CBRC AutoDock RDF CBRC RDF

15 DBCLS+ +CBRC DBCLS Galaxy RDF/SADI CBRC RDF/SADI REST API } BioHackathon

16 Twitter #biohack13 Mailing list

17 BioHackathon - DB BioHackathon = bio + hack + marathon = bioinformatics coding camp = emergence of new ideas, new technologies, and a community Happy hacking!

18 BioHackathon NBDC/DBCLS BioHackathon BioHackathon 2008 in Tokyo Web Services BioHackathon 2009 in Okinawa Web Services BioHackathon 2010 in Tokyo Semantic Web BioHackathon 2011 in Kyoto Linked Data BioHackathon 2012 in Toyama Semantic Web

19 Web Services Semantic Web DB DB DB DB DB DB DB DB Web Services! DB DB DB DB Semantic Web! DB DB DB DB

20 BioHackathon BioMart, InterMine, TogoDB etc. UniProt, Reactome, Glycoinformatics etc. NCBO BioPortal, EDAM, RDF Foundry etc. BioDBCore, W3C-HCLS BioSharing, ISA etc. Open Bio*, textmining, visualization etc. SADI, Bio2RDF, BioGateway etc. BioInterchange Semantic interoperability and standardization of bioinformatics data and Web services

21 BioHackathon Identifiers.org BioPortal / UniProt/DDBJ FALDO Metadata RDF data Domain specific models Service quality indicators DB Genome and proteome data Glycome data Database content descriptors Generic metadata for dataset description Text processing Text extraction from PDF Named entity recognition Natural language queries Ontology IRI mapping and normalization Environmental ontologies Lexical resources Enzyme reaction equations Platforms RDFization tools Triple stores Applications Semantic Web exploration & visualization Ontology mapping visualization Identifier conversion service Semantic query via voice recognition RDF RDF

22 BioHackathon SPARQLthon BioHackathon - BH10.10, BH11.11, BH BH SPARQLthon RDF SPARQL RDF RDF RDF SPARQL RDF SPARQL

23 TogoDB - DB RDF 1, 3, 6, 7. RDF,,, TogoWS - DB RDF 3. TogoGenome - RDF DB 1, 5. RDF, BioHackathon - 4. RDF CBRC, -,

24 TogoDB - DB RDF TogoDB - DB RDF TogoDB DB TogoDB DB DB HTML/CSS/JS DB Open Search REST API JSON RDF SPRAQL

25 TogoDB - DB TogoDB Create your DB in 5min configure URL CSV upload DB RDF SPARQL endpoint HTML, CSS, JS deploy REST Atom

26 TogoDB -

27 TogoDB - URL RDF HTML/CSS/JavaScript

28 TogoDB -

29 TogoDB -

30 TogoWS - DB RDF TogoWS - DB RDF NCBI, EBI, DDBJ, UCSC, KEGG, PDBj DB REST API BioPerl, BioRuby JSON/RDF HTML TogoWS URL (REST API) XML, JSON, RDF, FASTA

31 TogoWS - DB RDF NCBI, EBI, KEGG, PDB DB query DB, KEGG, PDB, dbsnp, PubMed field RDF format XML, JSON, RDF, FASTA

32 New! TogoWS - UCSC e.g. >chr1:1,000,000-1,234,567 TGGGCACAGCCTCACCCAGGAAAGCAGCTGGGGGTCCACTGGGCTCAGGGAAGACCCCCT GCCAGGGAGACCCCAGGCGCCTGAATGGCCACGGGAAGGAAAACCTACCAGCCCCTCCGT GTGTCCTCCTGGCACATGGCGACCTCCATGACCCGACGAGGGTGCGGGGCCCGGGGCAGG : e.g. e.g. [ { "bin": 595, "name": "NM_020894", "name2": "UVSSA", "chrom": "chr4", "strand": "+", "txstart": , "txend": , "cdsstart": , "cdsend": , "exoncount": 14, "exonstarts": " , , , , , , , , , , , , , ,", "exonends": " , , , , , , , , , , , , , ,", "score": 0, "cdsstartstat": "cmpl",

33 TogoWS - RDF TogoWS dc: dcterms: rdfs: prism: medline: < < medline:pmid rdfs:label "pmid: " ; dc:title "pmid: " ; dc:identifier < medline:own "NLM" ; medline:stat "MEDLINE" ; medline:da " " ; medline:dcom " " ; medline:lr " " ; medline:is " (Electronic)" medline:is " (Linking)" ; medline:vi "38" ; prism:volume "38" ; medline:dp "2010 Jul" ; prism:publicationdate " " ; medline:ti "TogoWS: integrated SOAP dc:title "TogoWS: integrated SOAP medline:pg "W706-11" ; prism:startingpage "W706" ; medline:ab "Web services have becom medline:ad "Human Genome Center, In medline:fau "Katayama, Toshiaki" ; dcterms:creator "Katayama, Toshiaki" ; medline:fau "Nakao, Mitsuteru" ; dcterms:creator "Nakao, Mitsuteru" ; medline:fau "Takagi, Toshihisa" ; dcterms:creator "Takagi, Toshihisa" ; medline:au "Katayama T" ;

34 TogoGenome - RDF DB ID RDF rrna <exon> rdf:type obo:so_ <gene> rdf:type obo:so_ ; faldo:location [... ] ; rdfs:label "genea" ; rdfs:seealso <UniProt>. Sequence FALDO } RDF SPARQL

35 TogoGenome - RDF DB RefSeq UniProt INSDC Taxonomy FALDO GOLD MEO, MPO, GMO, MCCV BioPortal/OBO :

36 TogoGenome - RDF TogoGenome

37 TogoStanza - RDF可視化パーツ ゲノムDBで多用される部品をスタンザと名付け 組み合わせて 再利用可能なカタチで提供 (MicrobeDB.jp等と共同開発)

38 TogoStanza - <!DOCTYPE html> <head> <title>togostanza example</title> <script src="jquery.min.js" type="text/javascript"></script> <script src=" type="text/javascript"></script> </head> <body> <div data-stanza=" data-stanza-tax-id="103690" data-stanza-gene-id="alr4977"></div> </body> HTML URL /help URL stanza/

39 TogoStanza - DB Stanza Stanza Stanza SPARQL SPARQL HTML IFRAME RDF DB RDF DB RDF DB RDF DB DBCLS

40 TogoGenome - RDF ID () Linked Open Data (LOD) Google map TogoGenome ID DB INSDC ( NCBI, EBI, DDBJ) RDF DDBJ/DBCLS

41 TogoGenome - 今後の課題 セマンティック スタティスティクス データが統合されてはじめて可能となる横断的な統計解析 統合すべきデータの拡充と標準化 ヒトゲノムを含む真核生物のサポートとドラフトゲノムへの対応 UniProt, NCBO などとの国際連携による RDF データの標準化 キュレーション Nanopublication による研究者個々人のアノテーション集約 データ更新 バージョンコントロール (hg19 hg20問題など)

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