Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx

Size: px
Start display at page:

Download "Microsoft PowerPoint _生物配列解析基礎_3回目.pptx"

Transcription

1 1 古細菌 真正細菌 3 4

2 多くの生物にはDNA修復を行う機 構が備わっており これらをDNA 突然変異 修復系と呼ぶ アルビノのカラス 1つのDNAに生じた突然変異によって鎌状赤血球貧血症になる 5 進化の総合説 現在 進化を説明する理論 として最も支持されている のは進化の総合説と呼ばれ るもので 自然選択説や突 然変異説 隔離説 メンデ ルの遺伝子の理論 集団遺 伝学の理論や中立進化説な どを統合したものである 点変異の種類 突然変異 突然変異による遺伝子の変異に よって 様々な形質の持つ個体 が出現する 自然選択 7 環境に適応し 生存に有利な形 質を持つ個体が生き残っていく 8

3 9 中立変異..GATGGCTTCGTACCA.. Asp Gly Phe Val Pro ヘモグロビン遺伝子の 比較 C A A G..GATGGATTCGTGCCA.. Asp Gly Phe Val Pro 9 分子系統樹 分子進化の中立説..GATGGCTTCGTACCA.. Asp Gly Phe Val Pro G C T A..GATGCCTTCGAACCA.. Asp Ala Phe Glu Pro 2ヵ所の突然変異が生じたが アミノ酸配 列は変わらない 中立変異 突然変異によって アミノ酸配列が変化 した このような変異は害がないので 次世代 に伝わりやすい このような変異は 多くの場合 有害であ るので 次世代に伝わりにくい 12 系統樹の作成法 DNAに蓄積する変異は一定の割合で起こっており そのほとんどが自然選択とは無関 係な中立の変異である DNAの配列がどのくらい似ているかを調べることによって 進化的にどの程度近縁で あるかを知ることができる

4 種分岐によって A1, A2, 2 つのオーソログが生じた A 共通祖先遺伝子 B 遺伝子重複によって A, B, 2 つのパラログが生じた A1 B1 A2 B2 B2 A1 2つのゲノム間のオーソログは, 双方向ベストヒットを調べることで同定できる. B1 種 A A2 B2 種 B B2

5 COG データベース Clusters of orthologous groups of proteins ゲノムが解読された生物について アミノ酸配列のオーソログ関係を双方向ベストヒットによって整理したデータベース

6 Thermotoga_maritima CCTAACACATGCAAGTCGAGCGGGGGAA ACTCCCTTCGGGGA 88 Thermotoga_petrophila CCTAACACATGCAAGTCGAGCGGGGGAA ACTCCCTTCGGGGA 89 Aquifex_aeolicus CCTAACACATGCAAGTCGTGCGCAGGGTCGG------CCCCTTTTGGGGC 92 Hydrogenobacter_thermophilus CCTAACACATGCAAGTCGTGCG--GGGT-GG------CTCT Hydrogenobaculum_sp CCTAACACATGCAAGTCGTACGGAGAGTGGGGCA--ACTCA Sulfurihydrogenibium_sp CCTAACACATGCAAGTCGTG-GGGCAGCAGGCTACTACCTTCGGGTAGTA 88 Sulfurihydrogenibium_azorense CCTAACACATGCAAGTCGTG-GGGCAGCAGGCTATTACCTTCGGGTAATA 97 Escherichia_coli CCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAG-AAGCTTGCTTCTTT-- 93 Salmonella_enterica CCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAG-CAGCTTGCTGCTTC-- 83 Burkholderia_mallei CCTTACACATGCAAGTCGAACGGCAGCACGG-----GCTT-CGGCCT Helicobacter_pylori CCTAATACATGCAAGTCGAACG--ATGAAGCTTCTAGCTTGCTAGAGT-- 92 Campylobacter_jejuni CCTAATACATGCAAGTCGAACG--ATGAAGCTTTTAGCTTGCTAGAA Chlamydophila_pneumoniae GATGAGGCATGCAAGTCGAACGGAATAATGACTTCGG-TTGTTAT Bacillus_subtilis CCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACAGGTGGG---AGCTTGCTCCCT Deinococcus_radiodurans CTTAAGACATGCAAGTCGAACG CGGTCTTCGGAC Thermus_thermophilus CCTAAGACATGCAAGTCGTGCGGGCCGCGGGGT----TTTACTCCGT Pyrococcus_horikoshii ACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGGCGTC CCTTCTGGGAC Bacillus subtilis Thermus thermophilus Deinococcus radiodurans Escherichia coli Burkholderia mallei Sulfurihydrogenibium azorense Sulfurihydrogenibium sp Hydrogenobacter thermophilus Helicobacter pylori Salmonella enterica Campylobacter jejuni Aquifex aeolicus Chlamydophila pneumoniae Thermotoga petrophila Thermotoga maritima Hydrogenobaculum sp Pyrococcus horikoshii 23 24

7

8 30 クラスター分析 cluster analysis 2 つ以上の対象を, それらの間の類似度あるいは非類似度を手がかりにして似たものを集め, いくつかのグループ ( クラスター ) に分類する方法 31 32

9 Bacillus subtilis Bacillus subtilis M. mobile M. pulmonis M. synoviae M. hyopneumoniae 7448 M. hyopneumoniae 232 M. hyopneumoniae J Mesoplasma florum M. mycoides M. penetrans Ureaplasma parvum M. gallisepticum M. genitalium M. pneumoniae Ca. Phytoplasma asteris OY M. hyopneumoniae 232 M. hyopneumoniae 7448 M. hyopneumoniae J M. pulmonis M. synoviae M. mobile M. mycoides Mesoplasma florum Ureaplasma parvum M. penetrans M. gallisepticum M. genitalium M. pneumoniae Ca. Phytoplasma asteris OY イエローストーン国立公園の間欠泉 36

10

11

12 46 (Felsenstein, J. Mol. Evol., 1981))

13 49 50

14

15 57 < 課題の提出方法 > 受講生の方へ のページ 課題提出用 Web mailページへ ( 講義室のみからアクセス可 ) 系統樹課題 と入力 氏名 所属 学生証番号 メールアドレス を入力 考察 および本日の講義の感想などを, 記入してください kadai1 と kadai2 を送ってください Escherichia coli 99 Salmonella enterica Campylobacter jejuni Helicobacter pylori Hydrogenobacter thermophilus 99 Aquifex aeolicus Hydrogenobaculum sp Persephonella marina Sulfurihydrogenibium azorense Sulfurihydrogenibium sp Thermus thermophilus Deinococcus radiodurans Thermotoga petrophila Thermotoga maritima 59 DnaE (DNA polymerase III) GyrB (DNA gyrase) Hydrogenobacter thermophilus Hydrogenobaculum sp Aquifex aeolicus Persephonella marina Sulfurihydrogenibium azorense Sulfurihydrogenibium sp Campylobacter jejuni Helicobacter pylori Salmonella enterica Escherichia coli Thermotoga petrophila Thermotoga maritima Thermus thermophilus 96 Deinococcus radiodurans M. hyopneumoniae J M. hyopneumoniae 232 M. hyopneumoniae 7448 M. pulmonis Mhy M. synoviae group M. mobile Mesoplasma florum Mmy M. mycoides group M. genitalium M. pneumoniae Mpn M. gallisepticum group Ureaplasma parvum M. penetrans Ca. Phytoplasma asteris Bacillus subtilis M. hyopneumoniae J M. hyopneumoniae 232 M. hyopneumoniae 7448 M. synoviae M. pulmonis M. mobile M. penetrans Ureaplasma parvum M. gallisepticum M. genitalium M. pneumoniae M. mycoides Mesoplasma florum Ca. Phytoplasma asteris Bacillus subtilis Mhy group Mpn group Mmy group

日本化学療法学会雑誌第57巻第1号

日本化学療法学会雑誌第57巻第1号 In vitro Streptococcus pneumoniae Escherichia coli in vitro Streptococcus pneumoniae Escherichia coli µs. pneumoniae E. coli µ Key words in vitrostreptococcus pneumoniae Escherichia coli Escherichia coli

More information

修士論文予稿集の雛型

修士論文予稿集の雛型 2010 年度第 6 回情報処理学会東北支部研究会 ( 山形大学 ) 資料番号 10-6-A5-1 バクテリアの塩基配列における文字の含量を用いた解析山形大学大学院理工学研究科応用生命システム工学専攻小池公洋 木ノ内誠 1. はじめに近年多くの生物の全ゲノム配列が決定されている 2010 年 3 月現在 バクテリアでは 1400 種以上の全ゲノム配列が決定されている 決定された配列から生命現象を解明するために

More information

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 そもそもどこの配列を使うべき? そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い 遺伝子重複が起きていない

More information

- 1 -

- 1 - - 1 - - 1 - ... 1... 2... 4... 5... 9... 11... 14... 16... 20... 21... 22... 23... 23 - 1 - - 2 - - 3 - - 4 - - 5 - - 6 - - 7 - - 8 - - 9 - ( ) - 10 - - 11 - Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Staphylococcus

More information

E. coli E. coli é H. influenzae Helicobacter pylori

E. coli E. coli é H. influenzae Helicobacter pylori é C.pneumoniae C.trachomatis C.trachomatis 1 é Chlamydia pneumoniae Chlamydia psittaci Chlamydia trachomatis 3 E. coli E. coli é H. influenzae Helicobacter pylori K. pneumoniae L. monocytogenes ü l Staphylococcus

More information

bb-8

bb-8 (8) 進化説と進化の証拠 進化とは何か? 生命とは何か?( 後述参照 : 進化する実体としての生物 ) 個体発生 ( 遺伝情報 表現型 ) 系統発生 ( 遺伝情報の系譜 ) 生命は遺伝情報として, 時空間的に展開している. 遺伝情報は 2 重螺旋状の核酸 ( 主に DNA) に刻まれ ( 塩基配列 ), 複製により, 増加し, 伝えられる. 複製 伝達の過程で, 不完全なコピーが生じる. 生命は

More information

TuMV 720 nm 1 RNA 9,830 1 P1 HC Pro a NIa Pro 10 P1 HC Pro 3 P36 1 6K1 CI 6 2 6K2VPgNIa Pro b NIb CP HC Pro NIb CP TuMV Y OGAWA et al.,

TuMV 720 nm 1 RNA 9,830 1 P1 HC Pro a NIa Pro 10 P1 HC Pro 3 P36 1 6K1 CI 6 2 6K2VPgNIa Pro b NIb CP HC Pro NIb CP TuMV Y OGAWA et al., 21 1980 2000 DNA I Molecular Evolution and Ecology of Turnip mosaic virus. By Kazusato OHSHIMA DNA TYLCV1 RNA Rice yellow mottle virus RYMV 1 RNA Turnip mosaic virus ; TuMV TuMV TuMV TuMV II 1 TuMV OHSHIMA

More information

13FG-生物-問題_H1.indd

13FG-生物-問題_H1.indd 平成 25 年度次世代の科学技術を担う人材育成事業 福岡県 高校生科学技術コンテスト 総合問題 生物 注意事項 1 試験開始の合図があるまで, この問題冊子の中を見てはいけません 2 試験中に問題冊子の印刷不鮮明, ページの落丁 乱丁及び解答用紙の汚れなどに気付いた場合は, 挙手をして監督者に知らせなさい ただし, 問題内容にかかわる質問は, 受け付けません 3 解答用紙には, 解答欄以外に次の記入欄があるので,

More information

Acecide_ProductsInformation2010PDF.indd

Acecide_ProductsInformation2010PDF.indd 53-0115-00-4PDF 53-0115-00-4PDF INDEX 1 3 9 11 12 16 21 38 39 40 42 43 44 45 46 47 53-0115-00-4PDF 3 1 Critical Semicritical Noncritical Disinfection Sterilization 53-0115-00-4PDF 2 53-0115-00-4PDF O =

More information

cit_5.vp

cit_5.vp 132007 000606020902010608 0606ィャ49, 015 0903090208 FtsZ 06 000606020806010305 07 0908080603040607 08 06. 03. 00ィィ03ィェ07ィコ0609, 05. 01. 090608010902ィェィィィョ09 06. 03. 00ィィ03ィェ07ィコ0609, 05. 01. 090608010902ィェィィィョ09

More information

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Babesia gibsoni - Babesia gibsoni - Babesia gibsoni - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

More information

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日 生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

More information

in situ Hex

in situ Hex in situ Hex Sox Sox17Sox18 Sry Sox9 Sox17 Hex Hex N Drosophila O The 5th Conference on ABC Proteins and Ion Channels From Gene to Disease The 5th Conference on ABC Proteins and Ion Channels From Gene

More information

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史

分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 分子系統解析における様々な問題について 田辺晶史 そもそもどこの配列を使うべき? そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い そもそもどこの配列を使うべき? 置換が早すぎず遅すぎない (= 多すぎず少なすぎない ) 連続長は長い方が良い 遺伝子重複が起きていない

More information

,...~,.'~ 表 2.6.2.2-26 試験管内 PAE 菌株薬剤 MIC (µg/ml) PAE (h) 1 MIC 4 MIC STFX 0.025 0.92 2.35 S. aureus FDA 209-P LVFX 0.20 0.68 2.68 CPFX 0.20 1.05 1.59 SPFX 0.10 0.35 1.07 STFX 0.025 2.33 1.14 E. coli KL-16

More information

no

no 12 2004.9.3. no.234 2004.9.3. no.234 13 14 2004.9.3. no.234 2004.9.3. no.234 15 16 2004.9.3. no.234 2004.9.3. no.234 17 18 2004.9.3. no.234 19 2004.9.3. no.234 20 2004.9.3. no.234 21 2004.9.3. no.234 22

More information

2017 年 2 月 6 日 アルビノ個体を用いて菌に寄生して生きるランではたらく遺伝子を明らかに ~ 光合成をやめた菌従属栄養植物の成り立ちを解明するための重要な手がかり ~ 研究の概要 神戸大学大学院理学研究科の末次健司特命講師 鳥取大学農学部の上中弘典准教授 三浦千裕研究員 千葉大学教育学部の

2017 年 2 月 6 日 アルビノ個体を用いて菌に寄生して生きるランではたらく遺伝子を明らかに ~ 光合成をやめた菌従属栄養植物の成り立ちを解明するための重要な手がかり ~ 研究の概要 神戸大学大学院理学研究科の末次健司特命講師 鳥取大学農学部の上中弘典准教授 三浦千裕研究員 千葉大学教育学部の 2017 年 2 月 6 日 アルビノ個体を用いて菌に寄生して生きるランではたらく遺伝子を明らかに ~ 光合成をやめた菌従属栄養植物の成り立ちを解明するための重要な手がかり ~ 研究の概要 神戸大学大学院理学研究科の末次健司特命講師 鳥取大学農学部の上中弘典准教授 三浦千裕研究員 千葉大学教育学部の大和政秀准教授と基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らの共同研究グループは ラン科植物ハマカキランのアルビノ個体を用いたトランスクリプトーム解析

More information

配付資料 自習用テキスト 解析サンプル配布ページ 2

配付資料 自習用テキスト 解析サンプル配布ページ   2 分子系統樹推定法 理論と応用 2009年11月6日 筑波大 院 生命環境 田辺晶史 配付資料 自習用テキスト 解析サンプル配布ページ http://www.fifthdimension.jp/documents/molphytextbook/ 2 参考書籍 分子系統学 3 参考書籍 統計的モデル選択とベイジアンMCMC 4 祖先的な形質 問題 OTU左の の色は表現型形質の状態を表している 赤と青

More information

7-1(DNA配列から遺伝子を探す).ppt

7-1(DNA配列から遺伝子を探す).ppt DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

More information

UIプロジェクトX

UIプロジェクトX 超好熱性アーキアは遺伝子工学技術 開発にとっての金山である! 九州大学 大学院農学研究院石野良純 アーキアの分子生物学 1 1973 年 1988 年 2012 年 遺伝子組換え技術の開発 PCR 法の開発 ゲノム編集技術の開発 全て原核微生物の分子生物学から始まっている 新たな金 ( 発見 ) を掘り起こす可能性大 アーキア研究は分子生物学者にとっては金山である 超高温環境の遺伝子資源を利用 2

More information

はじめての進化論 河 田 雅 圭 このサイトは 1990年講談社発行の はじめての進化論 の全文を掲載しています 著作権は著者である河田雅圭にあ ります 個人での非商用利用 大学などの教育機関での利用 サークルやセミナーでの利用に限ってコピーを許可しま す すべての本文 図 写真の商用による無断転載を禁止します 引用は河田(1990) はじめての進化論 講談社でお 願いします なを 本内容は 1989年に書かれたものであり

More information

基礎遺伝学

基礎遺伝学 基礎遺伝学 講義資料パート 3 作成者 : 北大農学部 荒木仁志 1 次世代の Genotype frequency 推定 HWE が自然集団で成り立つ 5 条件 1. 集団のサイズが十分に大きい 2.Allele 頻度に性差がない 3. この遺伝子座 (locus) において任意交配 (random mating) 4. 移住がない 5. この遺伝子座において突然変異 自然選択が起きない 2 5.

More information

1_alignment.ppt

1_alignment.ppt " " " " n " n n " n " n n n " n n n n " n LGPSSKQTGKGW-SRIWDN! + +! LN-ITKSAGKGAIMRLGDA! " n -------TGKG--------!! -------AGKG--------! " n w w w " n w w " " " 11 12 " n w w w " n w w A! M! O! A!

More information

スライド 1

スライド 1 ゲノム間の保存配列の解析 大阪大学微生物病研究所遺伝情報実験センターゲノム情報解析分野 2005 年 10 月 12 日 自己紹介 研究内容 保存配列の解析 (1) 目次 すべての生物のゲノムに保存されている配列の解析 ゲノムデータのダウンロード BioRuby 保存配列の解析 (2) 転写開始点上流の保存配列の解析 sim4, BLAT, Spidey BioRuby モチーフ抽出ソフトウェア 研究内容

More information

第65回日本化学療法学会東日本支部総会 抄録

第65回日本化学療法学会東日本支部総会 抄録 鍵 76 Clostridioides difficile C. difficile 77 γ γ Mycobacterium avium 78 79 Clostridium difficile Treponema pallidum 80 81 82 in vitro in vitro 83 鍵 Treponema pallidum 84 Chlamydia trachomatis Mycoplasma

More information

p221...w......1_1004

p221...w......1_1004 Sox17 Hex Sry Sox9 Sox17 Sox17 Sox18 / In vitro In situ in vivo p- Chlamydia pneumoniae Helicobacter pylori Listeria monocytogenes luxs Mycoplasma pneumoniae Mycoplasma pneumoniae Chlamydia pneumoniae

More information

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 表 3 フルオロキノロン 系 抗 菌 剤 の 原 体 流 通 量 ( 実 量 ) 種 類 年 次 原 体 流 通 量 (kg) ERFX OFLX OBFX DFLX DNFX 合 計 牛 豚 鶏 肉 牛

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 表 3 フルオロキノロン 系 抗 菌 剤 の 原 体 流 通 量 ( 実 量 ) 種 類 年 次 原 体 流 通 量 (kg) ERFX OFLX OBFX DFLX DNFX 合 計 牛 豚 鶏 肉 牛 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 資 料 5 家 畜 等 に 使 用 するフルオロキノロン 系 抗 菌 剤 による 薬 剤 耐 性 菌 に 関 する 食 品 健 康 影 響 評 価 について( 案 ) Ⅰ.

More information

Microsoft Word - 11 進化ゲーム

Microsoft Word - 11 進化ゲーム . 進化ゲーム 0. ゲームの理論の分類 これまで授業で取り扱ってきたゲームは 協 ゲームと呼ばれるものである これはプレイヤー同士が独立して意思決定する状況を表すゲームであり ふつう ゲーム理論 といえば 非協力ゲームを表す これに対して プレイヤー同士が協力するという前提のもとに提携形成のパタンや利得配分の在り方を分析するゲームを協 ゲームという もっとも 社会現象への応用可能性も大きいはずなのに

More information

ナノの技術をバイオに応用

ナノの技術をバイオに応用 本日まで お試し期間 なので 出席は取りません 現代生物学概論 2 遺伝子 ( プログラム ) と蛋白質 ( ナノマシン ) 先進理工学科 化学生物学研究室 准教授 生体機能システムコース 瀧真清 1 本日の概要 : 蛋白質生合成の全スキーム D から蛋白質への情報の流れ アミノ酸から蛋白質への物質の流れ 転写 D 本日は詳細は省略 アミノアシル tr 合成酵素 (RS) 翻訳 mr コドンーアンチコドンの対合

More information

knsp-09/ky082844139000005942

knsp-09/ky082844139000005942 1 4 17 10 : 50 11 : 50 2 4 17 15 : 00 16 : 00 1 4 17 16 : 00 17 : 00 2 4 18 10 : 50 11 : 50 1 4 17 8:50 9:20 2 4 17 9:20 9:50 3 4 17 9:50 10 : 20 4 4 17 10 : 20 10 : 50 5 4 17 10 : 50 11 : 20 6 4 17 11

More information

(個別のテーマ) 薬剤に関連した医療事故

(個別のテーマ) 薬剤に関連した医療事故 - 67 - III - 68 - - 69 - III - 70 - - 71 - III - 72 - - 73 - III - 74 - - 75 - III - 76 - - 77 - III - 78 - - 79 - III - 80 - - 81 - III - 82 - - 83 - III - 84 - - 85 - - 86 - III - 87 - III - 88 - - 89

More information

(個別のテーマ) 放射線検査に関連した医療事故

(個別のテーマ) 放射線検査に関連した医療事故 - 131 - III - 132 - - 133 - III - 134 - - 135 - III - 136 - - 137 - III - 138 - - 139 - III - 140 - - 141 - III - 142 - - 143 - III - 144 - - 145 - III - 146 - - 147 - III - 148 - - 149 - III - 150 - -

More information

<4D F736F F D E95F14E565F838C D955F907D90E096BE5F8F4390B394C5816A2E646F63>

<4D F736F F D E95F14E565F838C D955F907D90E096BE5F8F4390B394C5816A2E646F63> 広島市におけるノロウイルス GⅡ/4 のカプシド蛋白質 P2 ドメインの解析 (2006~2010 年 ) 阿部勝彦山本美和子 田中寛子橋本和久 藤井慶樹野田 * 衛 井澤麻由 2006 年 ~2010 年に検出された Norovirus(NoV)GⅡ/4のカプシド蛋白質をコードする ORF2 の P2 ドメインの遺伝子解析を行い, 分子モデルによる検討を行った 調査期間中の NoV GⅡ/4 は大きく

More information

<4D F736F F F696E74202D F90B695A8947A97F189F090CD8AEE91625F3189F196DA5F8E9197BF2E >

<4D F736F F F696E74202D F90B695A8947A97F189F090CD8AEE91625F3189F196DA5F8E9197BF2E > 1 2 kiso1 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 AP009356 と入力 National Center for Biotechnology Information http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 13 All Databases データベースの統合検索システム主なデータベースは,PubMed ヌクレオチドシークエンスデータベース タンパク質シークエンスデータベース

More information

CANNONDALE OM-本文_2015.4.indd

CANNONDALE OM-本文_2015.4.indd 1 2 1 2 3 4 5 6 7 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 1. 1. 15 1. 16 1. 17 1. 18 19 1. 1. 20 2. 21 2. 22 23 2. 24 2. 2. 25 26 2. 27 2. 3. 28 3. 29 30 3. 3. 31 4. 32 4. 33 34 4. 35 4. 36 4. 4. 37 4. 38 4. 39 4.

More information

untitled

untitled Seminal paper Anhalt JP Pioneering paper Claydon MA Kishnamurthy T Enterobacter B. cereus Routine identification paper Eigner U Seng P Cherkaoui A Saureus S. Saureus* S. Vagococcus Haemophilus Mycobacterium

More information

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について ( 別添 ) 最終的に宿主に導入された DNA が 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物の DNA のみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準

More information

スライド 1

スライド 1 平成 23 年度第 2 回データベース講習会 創薬研究における統合データベースの活用 比較ゲノムデータベース Evola, G-compass の活用法 http://hinv.jp/evola/ http://hinv.jp/g-compass/ 産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター 原雄一郎 2012 年 1 月 20 日 ( 金 ) 於 : 産業技術総合研究所関西センター 本日の概要

More information

第60巻5・6号(12月号)/特集1・巻頭言 P111

第60巻5・6号(12月号)/特集1・巻頭言 P111 1 2 Special Issue 1 2 Review Originals Case Report Proceeding in vitro et al et al et al Basic and clinical aspects of severe acute respiratory syndrome (SARS) : infection control in Tokushima University

More information

アルゴリズム入門

アルゴリズム入門 アルゴリズム入門 第 11 回 ~ パターン認識 (1)~ 情報理工学系研究科 創造情報学専攻 中山英樹 1 今日の内容 パターン認識問題の 1 つ : アラインメント アルゴリズム 再帰 動的計画法 2 パターン認識 音や画像の中に隠れたパターンを認識する 音素 音節 単語 文 基本図形 文字 指紋 物体 人物 顔 パターン は唯一のデータではなく 似通ったデータの集まりを表している 多様性 ノイズ

More information

LAAN-C-XX035A Application Note No. 34 ライフサイエンス MALDI-TOF MS による亜種 株レベルでの細菌識別の試み S10 -GERMS 法の利用による Classification of bacteria by MALDI-TOF MS Based on

LAAN-C-XX035A Application Note No. 34 ライフサイエンス MALDI-TOF MS による亜種 株レベルでの細菌識別の試み S10 -GERMS 法の利用による Classification of bacteria by MALDI-TOF MS Based on LAAN-C-XX35A ライフサイエンス MALDI-TOF MS による亜種 株レベルでの細菌識別の試み S1 -GERMS 法の利用による Classification of bacteria by MALDI-TOF MS Based on Ribosomal Protein Coding in S1 -spc- alpha Operon at Strain Level. *1 田村廣人 *2

More information

( )

( ) Web Web 1 3 1 21 11 22 23 24 3 2 3 4 5 1 1 11 22 9 2 3 15 11 22 2 11 21 4 5 ( ) 102 ( ) 1 ( 1 2001 Web 1 5 4 1 1 - 7 - [] - 7 10 11 12 12 1 10 1 12 - [] 1 1 2 Q1 Q2 Q3 Q4 Q5 Q6 Q7 Q8 Q9 Q10 3 1 47

More information

夏目小兵衛直克

夏目小兵衛直克 39(1906)1222 14(1817) 3(1832)1514(1843) 2628 6 (1853) (1854)3727 3(1856) 1 / 13 5(1858)6(1859) 5(1853) () () () () () () 3(1867)29 504111( 2 / 13 )98 23 18 2(1869)310283 100 50() 58 226 3313200982 5033

More information

nenkin.PDF

nenkin.PDF 1 31 1 WEB 10 3,544 429 13 10 22 11 7 WEB 1 2 41.0 15 80.0 20 46.7% 1000 55.8 1000 34.4 21 18.2 1000 23 25 41.0 49.2 29 90.6 42.7 33 56.4% 79.2% 67.4 51.7 37 39 83.7 1 91.0 93.6 9 2 3 1000 96.3 300 1000

More information

-1-

-1- -1- -2- -3-1 8 6% 2 4 6 8 1 48 63 43 6 55 38 78 58 2 88 67 11 22 78 1 56 22 89 47 34 36 32 38 4 34 26 7 -4- 18-5- 3 25 28 (6.%) (6.%) (.9%) 2 15 18 158 1 (3.8%) (56.4%) 5 2 137 27 8 1 68 119 26 71 28 65

More information

=/ live stock Domestic Animal, Live Stock Animal 回 答 数 割 合 パンくず 102 74.5% おから 14 10.2% パン 生 地 20 14.6% 饅 頭 菓 子 パン 21 15.3% 茶 粕 ウーロン 茶 粕 11 8.0% 麦 茶 粕 9 6.6% 肉 製 品 2 1.5% 魚 あら 5 3.6% 魚 加 工 品 9 6.6%

More information

スライド 1

スライド 1 DNA を用いた微生物 分析の現場での活用 平成 18 年 10 月 5 日 B 会場 15:30~15:50 三井農林 ( 株 ) 食品総合研究所微生物分析サービス 衛生管理手法の変化 従来の方法 公定法に基づく微生物検査 一般性菌数 大腸菌群の判定など 実際は HACCP や cgmp の導入 大規模 大量生産 流通の多様化 迅速化 安全性追求意識の高まり より正確正確で迅速迅速かつ簡便簡便な微生物検査方法が必要

More information

Perl + α. : DNA, mrna,,

Perl + α. : DNA, mrna,, 2009 Perl + α. : DNA, mrna,, DNA .. DNA A C G T DNA 2 A-T, C-G DNA NH 2 NH 2 O - O O N P O - O CH 2 O N N O - O P O CH 2 O N O - O O P O NH 2 O - O - N CH 2 O N O OH OH OH DNA or RNA (U) (A) (G) (C)

More information

第82 回日本感染症学会総会学術集会後抄録(II)

第82 回日本感染症学会総会学術集会後抄録(II) Corydoras sterbai Kryptopterus bicirrhis Petitella georgiae Xiphophorus maculatus rpob Xba Mycobacterium szulgai Mycobacterium gordonae M. szulgai M. gordonae M. avium M. szulgai M. gordonae M. szulgai

More information

Slide 1

Slide 1 MEGA5 と Perl を用いた 分子進化解析の基礎 野澤昌文 2012 年 1 月 16 日基礎生物学研究所 ハンズオンセミナー 1 分子進化研究における一般的手法 相同な配列の比較 塩基配列 配列名塩基配列 A A T G G T A C A C B A T G A T A C A C C A T G G T A C A T アミノ酸配列 配列名 アミノ酸配列 A Met Val His B

More information

第十五改正日本薬局方第一追補

第十五改正日本薬局方第一追補 316 3 5 7 9 9 9 12 13 14 14 14 23 23 23 24 24 29 29 29 35 37 131 161 173 193 194 198 200 205 3 37 37 37 38 38 38 39 39 40 40 41 42 43 43 45 46 47 48 49 50 51 52 52 53 54 54 54 55 56 58 58 59 60 60 61 61

More information

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について 食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

More information

白金耳ご購読者各位

白金耳ご購読者各位 白金 耳 Vol.28, No.11( 平成 19 年 11 月号 ) ごあんない 坂本雅子 定期講習会報告 ばくと姫の知識箱 基礎講習会報告 バイキン Quiz ( 敬称は略させていただきました ) 講習会 あ ん な い 10 2 3 A B C D 4 5 6 -1 7 8 9 10 11 直接分離培養 糞便検査手順 増菌培養 DHL SIB CIN TCBS Skirrow セレナイトアルカリヘ

More information

核内受容体遺伝子の分子生物学

核内受容体遺伝子の分子生物学 核内受容体遺伝子の分子生物学 佐賀大学農学部 助教授和田康彦 本講義のねらい 核内受容体を例として脊椎動物における分子生物学的な思考方法を体得する 核内受容体遺伝子を例として脊椎動物における遺伝子解析手法を概観する 脊椎動物における核内受容体遺伝子の役割について理解する ヒトや家畜における核内受容体遺伝子研究の応用について理解する セントラルドグマ ゲノム DNA から相補的な m RNA( メッセンシ

More information

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

More information

4月号 学会特集号 122247/16)一般演題目次

4月号 学会特集号 122247/16)一般演題目次 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 48 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 49 60 61 62 63 64 65 66 67 68

More information

相同性配列検索ツール:GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析

相同性配列検索ツール:GHOST-MPと ヒト口腔内メタゲノム解析 並列配列相同性検索プログラム GHOST-MP 講習会 ( 講義編 ) 2015 年 3 月 20 日 東京工業大学大学院情報理工学研究科 角田将典 石田貴士 秋山泰 1 講師紹介 角田将典かくたまさのり 石田貴士いしだたかし 秋山泰あきやまゆたか 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻 2 本日の予定 13:00-13:05 ごあいさつ 13:05-13:50 GHOST-MP 講習 13:50-14:00

More information

研究成果報告書

研究成果報告書 様式 C-19 科学研究費補助金研究成果報告書 平成 23 年 3 月 28 日現在 機関番号 :3714 研究種目 : 若手研究 研究期間 :28~21 課題番号 :279342 研究課題名 ( 和文 )Toll-like receptor 1 のリガンド探索および機能解析研究課題名 ( 英文 )Functional analysis of Toll-like receptor 1 研究代表者清水隆

More information

統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を,神経発達関連遺伝子のNDE1内に同定した

統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を,神経発達関連遺伝子のNDE1内に同定した 平成 26 年 10 月 27 日 統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を 神経発達関連遺伝子の NDE1 内に同定した 名古屋大学大学院医学系研究科 ( 研究科長 髙橋雅英 ) 精神医学の尾崎紀夫 ( おざきのりお ) 教授らの研究グループは 同研究科神経情報薬理学の貝淵弘三 ( かいぶちこうぞう ) 教授らの研究グループとの共同研究により 統合失調症発症に関連していると考えられている染色体上

More information

(1) GGT阻害剤

(1) GGT阻害剤 (GGT) (glutathione, GSH, -L-Glu-L-Cys-Gly) Cys 1 10 mm GSSG GSH 98% - + H 3 N COO - γ- O H N O N H SH O γ-glu Cys Gly OH - (GGT, EC 2.3.2.2) GGT (GSH) GSX - Glu Cys(X)-Gly 1-2) GGT - 1 hydrolases transferases

More information

生物学入門

生物学入門 第 10 章タンパク質のはたらき これまでの学習で遺伝子はポリペプチド鎖をコードしていることがわかった タンパク質の構造については第 2 章で大まかなことを述べたが ポリペプチド鎖の構造と機能の関係 ポリペプチド鎖とタンパク質の関係を 具体的な例をあげて述べていこう 生物学をあまり知らない人でも ヘモグロビンという名前を聞いたことがあるだろう 赤血球中にある酸素を運搬するタンパク質である 血液を取ってきて赤血球を集めると

More information

4-4 in situ PCR 研究室 in situ PCR 標的菌種と遺伝子 ( 報告年 ) 応用 Dept. of Marine Sciences University of Georgia USA Escherichia coli O157slt II Escherichia coli 16SrDNA Ralstonia eutropha phl (1997,1998,1999,2002)

More information

研究成果報告書

研究成果報告書 22 3 31 mrna mrna RNA β-casp family β-casp family RNA RNA Degradation of mrna plays an essential role in regulation of gene expression in all organisms. Defects in this process lead to potentially fatal

More information

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics

A Constructive Approach to Gene Expression Dynamics 配列アラインメント (I): 大域アラインメント http://www.lab.tohou.ac.jp/sci/is/nacher/eaching/bioinformatics/ week.pdf 08/4/0 08/4/0 基本的な考え方 バイオインフォマティクスにはさまざまなアルゴリズムがありますが その多くにおいて基本的な考え方は 配列が類似していれば 機能も類似している というものである 例えば

More information

スライド 1

スライド 1 タンパク質 ( 生化学 1) 平成 29 年 4 月 20 日病態生化学分野 分子酵素化学分野教授 山縣和也 生化学 1のスケジュール 4 月 20 日 講義開始 6 月 1 日 中間試験 9 月 25 日 生化学 1 試験 講義日程 内容は一部変更があります 講義資料 ( 山縣 吉澤分 ): 熊本大学病態生化学 で検索 ID: Biochem2 パスワード :76TgFD3Xc 生化学 1 の合否判定は

More information

Helicobacter pylori H. pylori H. pylori Helicobacter pylori

Helicobacter pylori H. pylori H. pylori Helicobacter pylori TitleHelicobacter pylori 感染症 Author(s) 森下, 鉄夫 Journal 歯科学報, 105(1): 22-31 URL http://hdl.handle.net/10130/186 Right Posted at the Institutional Resources for Unique Colle Available from http://ir.tdc.ac.jp/

More information

本文/YAY116K

本文/YAY116K pp. GH GH GH β- - D- β- β- β- - EC J Alkalitolerant mechanism and improvement of alkalitolerancy of glycoside hydrolases Satoshi Nakamura Department of Bioengineering, Tokyo Institute of Technology, J

More information

.\..3

.\..3 日本進化学会 入会申込書 年月日 西暦 年 月 日 Vol. 9 No. 1 ふりがな July 2008 名 前 ローマ字 所 属 所属先住所または連絡先住所 TEL FAX e-mail 以下から選ぶかまたはご記入下さい 複数記入可 専門分野 人類 脊椎動物 無脊椎動物 植物 菌類 原核生物 ウイルス 理論 その他 研究分野 分子生物 分子進化 発生 形態 系統 分類 遺伝 生態 生物物理 情報

More information

Microsoft Word - CATNewsVol5NoS4Text doc

Microsoft Word - CATNewsVol5NoS4Text doc COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter DNA gyrase ENX GFLX LFLX CPFX CTX CPZ CAZ CEX CFIX Cell wall synthesis LVFX SM OFLX - KM NFLX AMK NA GM RFP NM TP AZM CP TC DOXY MINO Protein synthesis Vol. 5 No. S 表紙写真

More information

1098 CHEMOTHERAPY SEPT. 1992 VOL. 40 NO. 9 1099 A) B) Fig. 1. Construction the expression plasmids for the wild-type Escherichia coli GyrA (A) and GyrB (B) proteins. Table 1. Quinolone-resistant mutations

More information

<4D F736F F F696E74202D F90B695A8947A97F189F090CD8AEE91625F3189F196DA5F8E9197BF2E >

<4D F736F F F696E74202D F90B695A8947A97F189F090CD8AEE91625F3189F196DA5F8E9197BF2E > 2 物配列 = 塩基配列 およびアミノ酸配列 塩基配列 = DNA の塩基 (G A T C) の並び順 どのようにして, 塩基配列 (GATCの並び順) を読むのか? 塩基配列の決定法 = DNA シークエンシング 30 3 ジデオキシ法別名 : サンガー法 Sanger et al., 1977 DNAポリメラーゼを使って相補鎖を合成する反応を う 特定のヌクレオチドの位置で反応が停 す るようにしておく

More information

生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS

生物物理 Vol. 45 No. 1 (2005) だけ正確なアラインメントが必要な方 (4) 立体構造とアミノ酸配列の関係, あるいは立体構造と機能との関係に興味がある方 2. おもなサービス 2.1 ペアワイズ3Dアラインメントこれは2つの構造をアラインメントする基本的な機能であり,MATRAS 生物物理 45(1),41-44(2005) 立体構造比較サーバ MATRAS の使い方 1. はじめに 奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科川端猛 あるタンパク質と似ている他のタンパク質を探したいとき, まず最初に試みるべきはアミノ酸配列の相同性検索であろう. しかし, 同じファミリーのタンパク質の中でも, アミノ酸配列の一致度が低くなってくると, 配列の類似性だけで議論するのには限界が出てくる.

More information