Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC
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- たかとし たみや
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1 Microarray Agilent Microarray Total Solution
2 Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC
3 RNA / mirna total RNA 10 ng 100 ng total RNA mirna mirna 1 CGH/CGH+SNP CGH+SNP UPD Loss Of HeterozygosityLOH ChIP-on-chip / 8 x 60K K6 400K 1M 400K 180K 60K 60K 180K 60K 60K 180K 60K 60K 180K 60K 60K Agilent Agilent Agilent Agilent 1 x 1M 2 x 400K 4 x 180K 8 x 60K 105K 244K 105K 44K 15K 15K 44K 15K 15K 44K 15K 15K 44K 15K 15K Agilent Agilent Agilent Agilent 1 x 244K 2 x 105K 4 x 44K 8 x 15K / GeneSpring mirna CytoGenomics CGHCGH+SNP Agilent Genomic Workbench CGHCGH+SNP ChIP-on-chip AriaMx PCR 3
4 Agilent Microarray Total Solution mirna 5 RNA 5 5 DNA logs 5 logs Normalized Intensitylog scale Human GE 8 x 60 K Ver 3.0 Log 2 Green Processed Signals r=0.95 r 2 = Log 2 pmercc Mix 1 MCF7 / ERCC total RNA Human 8 x 60 K Ver 3.0 ERCC / ERCC long non coding RNA* 5 PCR mirna mirna PCR * Replicate 1 Replicate 1 Replicate 2 Replicate 2 long non coding RNA 4 Human 8 x 60 K Ver 3.0 log mirna / PCR BMC Biotechnology :69
5 2015 coding RNA non coding RNA Human 8 x 60 K Ver 3.0 coding RNABroad Institute lincrna/tucp catalog LNCipedia lncrnalong non coding RNA Human 8 x 60 K Ver 3.0 Mouse 8 x 60 K Ver 2.0 RefSeq Build 66 Unigene Build 236 LNCipedia Version 2.1 Ensemble Release 76 GenBankAug 2014 Broad Institute Human lincrna catalognov 2011 Broad Institute TUCP transcripts catalognov 2011 RefSeq Build 66 Unigene Build 236 RIKEN 3 Ensemble Release 76 GenBankAug ,083 Entrez Genes 30,606 lncrnas 27,122 Entrez Genes 4,578 lncrnas 60K 60K 60K 60K 60K 60K 60K 60K Rat 8 x 60 K Ver 2.0 RefSeq Build 66 Unigene Build 236 Ensemble Release 76 GenBankAug ,584 Entrez Gene Agilent 8 x 60K 44K 15K 15K 44K 15K 15K 44K 15K 15K 44K 15K 15K Agilent Agilent 4 x 44K 8 x 15K mirna mirna mirna mirbase 21 8 x 60K8 x 15K Total RNA mirna small RNA mirna probe extended hairpin hybridization sequence G C Cy mirna target 5 microarray surface truncated hybridization sequence G C probe-target interaction region nts Cy microarray surface 5 mirna mirna 3' C 5' G mirna mirna 5
6 Agilent Microarray Total Solution 1 mirna earray earray 1 earray mirna mirbase 250 mirna earray RNA Web 1 earray /mirna 1 Web CGH/CGH+SNP/ChIP-on-chip/ SureDesign 6
7 RNA polya 1 2 Volcano Plot 2 p 0.05 Gene Expression Profiling of Prokaryotic Samples using Low Input Quick Amp WT Kit EN FFPE FFPE RNA RNA FFPE RNA FFPE total RNA RIN Reliable mrna Expression Profiles with FFPE Tissues Using the Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression v2 8 x 60K Microarray EN mirna mirna FFPE Fresh FrozenFF MicroRNA Analysis of Archival FFPE Samples by Microarray EN N=3753 Volcano Plot 2 p 0.05 A Normal B Tumor R 2 =0.953 R 2 =0.948 mirna FFPE FFPE FF FF FFPE FF FFPE mirna FF A FF FFPE B FF FFPE mirna mirna mirna mirna 3 mirna 3 mirna 100 mirna mirna exosomal mirna JAJP Log10 signal intensity A A Log10 signal intensity 7
8 Agilent Microarray Total Solution Million Colon TumorRNA-Seq M= 4,000 8,000 5 Refseq gene RNA-Seq Refseq gene 5 5 log 10 log ng total RNAColon Tumor Human 8 x 60 K Ver µg total RNAColon Tumor Illumina Genome Analyzer II2 x 76 bp reads Colon Tumor M RNA-Seq
9 RNA-Seq ENCODE ENCODE 2 x 76 bp M = M = 1,000 2, M 10 M M 100 M ENCODEhttp://genome.ucsc.edu/ENCODE/protocols/dataStandards/ENCODE_RNAseq_Standards_V1.0.pdf dt 1 IVT 10 ng total RNA crna Total RNA Quality Check RNA-Seq Quality Check PC 9
10 Agilent Microarray Total Solution CGH Comparative Genomic HybridizationCGH2 DNA CGH DNA A B CGH Cancer DNA % DNA DNA CRL-5929 A1 1 B15 29 kb CGH CGH+SNP UPD Loss Of HeterozygosityLOH FFPE 1 CGH CGH JAJP ChIP-on-chip DNA ChIP-on-chip/ ChIP-on-chip Agilent Genomic Workbench CGH/CGH+SNPChIP-on-chip 3 CytoGenomics CytoGenomics CGH CGH+SNP 10
11 / SureScan 5 mirna 5 SureScan 20 bit bit mm 2 µm3 µm QC H42 W43 D67 cm Feature Extraction 1 S/N Feature Extraction 2 QC QC / rpm 11
12 Agilent Microarray Total Solution GeneSpring GX GeneSpring GX GeneSpring GX 20,000 3 AgilentAffymetrixIllumina mirna Agilent mirna mirna Exon SNP/CNV/CGH PCR Wikipathways 2D- 12 Venn Diagram 4 ANDOR NOT Volcano Plot T-test p-value Fold change GO Gene Ontology
13 AriaMx PCR AriaMx PCR AriaMx PCR 96 SYBR Green I AriaMx LED 2 43 AriaMx Brilliant III Ultra-FAST QPCR master mix SYBR Green I qpcr Brilliant Ultra-Fast QPCR Master Mix 13
14 Agilent Microarray Total Solution QC RNA Agilent 2100 RNA PCR RNA RNA 1 µl RNA RNA RNA 1 µl50 pg total RNA RINrRNA DNA RNA RNA Integrity NumberRIN RIN RNA Total RNA RNA 1 10 RIN Schroeder et al.,bmc Molecular Biology 2006, 73 Agilent 2100 RIN 9.7 total RNA RNA RIN 6.7, 2.3 PCR RNA RIN Total RNA 1 10 TotalRNA RIN 9.7 RIN 6.7 RIN 2.3 RIN 9.7 RIN 9.7 RIN 9.7 RNA RIN 9.7Intact RIN 6.7Partial Degradation RIN 2.3Severe Degradation RNA MVP Total RNA, Human MDA-MB+453 Cells Agilent 4200 TapeStation 14 Agilent 4200 TapeStation ScreenTape 96 1 TapeStation RIN RIN e RNA Integrity Number equivalent RNA DNA CGH QC
15 CGH mirna GeneSpring GX GeneSpring GX Q&A GeneSpring GX Presentation GeneSpring GX 2 GeneSpring GX Basic 1 GeneSpring GX Advanced 1 GeneSpring GX mirna DNA Agilent _japan@agilent.com GeneSpring GeneSpring genespring_jp_support@agilent.com URL Agilent 4200 TapeStaion AriaMx PCR 15
16 / Agilent Technologies, Inc Printed in Japan, Aug. 25, JAJP
Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacteri
LOH/UPD Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacterial Artificial Chromosome acgh 60 mer 0.06 kb*
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PCR Enzymes & Instruments PCR Stratagene Gradient Cycler Problem PCRDNA Polymerase Solution Stratagene Gradient Cycler PCRQuikChange 3 Stratagene Gradient Cycler 96 96 Fast 384 3 3 0.4 0.1 12 96 Fast 384
AriaMx PCR AriaMx PCR PCR AriaMx PCR 0.2 ml 96 6 PCR Ct SYBR Green I PCR Tm TaqMan PCR DNA HRM TaqMan AriaMx 8 Multiple Experiment Analysis PDF RDML P
AriaMx PCR See Deeper. Reach Further. AriaMx PCR AriaMx PCR PCR AriaMx PCR 0.2 ml 96 6 PCR Ct SYBR Green I PCR Tm TaqMan PCR DNA HRM TaqMan AriaMx 8 Multiple Experiment Analysis PDF RDML PCR ROX Rn MIQE
3 1 2
Agilent 4200 TapeStation Agilent 4200 TapeStation 3 1 2 2 3 ScreenTape 3 Agilent 4200 TapeStation QC Agilent 4200 TapeStation Ready-to-use ScreenTape 8 PCR 96-well plate 1 96 1 qrt-pcr DNA RNA DNA / RNA
111031_Sure Selectカタログ_改訂_最終.indd
Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009
JP.qxd
Agilent 2100 1 DNA RNA Lab-on-a-Chip Agilent 2100 1999 Agilent 2100 Lab-on-a-Chip Agilent 2100 RNA DNA SDS-PAGE Agilent 2100 Agilent 2100 Agilent 2100 : (1 4 µl) 30 21 CFR Part 11 Agilent 2100 Agilent
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K
17-05 THUNDERBIRD SYBR qpcr Mix (Code No. QPS-201, QPS-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4196K - 18 - [1] 1 [2] 2 [3] 3 [4] 5 [5] : RNA cdna 13 [6] 14 [7] 17 LightCycler TM Idaho
プリント
Stratagene Products Mx3000P/Mx3005P PCR Mx3000P/Mx3005P Mx3000P PCR 5FRET Mx3005P PCR 401403 Mx3000P PCR 401449 Mx3005P PCR SYBR Green I TaqMan PCR PCRThreshold line ROX TM Tm 12Multiple Experimental Analysis)
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by Synthesis SBS HiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCAC OCAC PR
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by SynthesisSBSHiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCACOCAC PRACTICALBRCA1/2 CIMBA www.illuminakk.co.jp DNA CE DNA DNA
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Ion PGM Heterogeneity * 1 * 1 * 2 * 2 * 2 * 2 * 2 * 1 *1 * 2 DNA DNA DNA ArcturusXT LCM Laser Capture Microdissection LCM A Workflow for Cancer Profiling Applied Biosystems ViiA7 PCR qpcr QC Assay Ion
steponeplus_bro_f-0912.indd
StepOnePlus /StepOne PCR PCR PCR StepOnePlus StepOne PCR PCR Features At A Glance StepOne StepOnePlus / 48 96 FAM /SYBR Green dyes VIC /JOE dyes ROX dyes 1. NED /TAMRA dyes VeriFlex Block StepOnePlus StepOne
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StepOnePlus / StepOne PCR PCR Applied Biosystems StepOnePlus StepOne PCR 1 Features At A Glance StepOne StepOnePlus / 48 96 FAM/SYBR Green dyes VIC/JOE dyes ROX dyes NED/TAMRA dyes 1. VeriFlex Block StepOnePlus
150602_AN_SureSelect と KAPA Hyper Prep.indd
Agilent SureSelect KAPA Hyper Prep Kit DNA 10 ng : FFPE DNA DNA V2.5BJ 2015 5 & : KAPA Hyper Prep Kit SureSelect XT :KAPA Hyper Prep Kit, SureSelect, Agilent SureSelect XT PCR Primer KAPA Hyper Prep Kit
PG1501-PJ7816-CO36363-QuantStudio-3-and-5-brochure-Global-J.indd
Applied Biosystems QuantStudio 3 / QuantStudio 5 PCR PCR Applied Biosystems QuantStudio 3 QuantStudio 5 PCR Thermo Fisher Cloud 1 QuantStudio 3 and 5 Real-Time PCR Systems QuantStudio 3 and 5 Real-Time
PCR & PCR QuantStudio
PCR & PCR QuantStudio QuantStudio d PCR igital q uantitative PCR 1 PCR PCR SNP Genotyping PCR 1 1 DNA PCR PCR PCR PCR Applied Biosystems QuantStudio PCR PCR PCR PCR 20,000 5 log 1.1 NGS PCR / 10 log SNP
PCR 3 Mature mirna PCR 7 miscript mirna PCR Array C T 12 Mature mirna cdna 15 miscript mirna QC PCR Array miscript mirna PCR Array 10/2011
October 2011 miscript mirna PCR Array miscript II RT Kit miscript SYBR Green PCR Kit miscript mirna PCR Arrays miscript mirna QC PCR Array Pathway-Focused mirna PCR Array mirnome miscript mirna PCR Array
QuantStudio_3D_Prod_Bulletin-JP-4th-0326.indd
3D PCR 3D PCR PCR 2, 3D PCR PCR 3D PCR PCR PCR PCR 1 PCR PCR Ct CNV mrna mirna GMO サンプル調製サンプルの分配 DNA の増幅結果 コピー数 / µl サンプルを多数の反応に分配します ポジティブ反応ネガティブ反応 1. PCRPCR 1 PCR PCR Ct 3D PCR PCR 3D PCR 1 /µl 2 3D
Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue
Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介 次世代シーケンシングの問題点を解決 次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする 大量の不要データ 例えば DNA-Seq
SDS099-B1603OB_QuantStudio-3-and-5_PB_12.indd
QuantStudio 3 / QuantStudio 5 PCR PCR Applied Biosystems QuantStudio 3 QuantStudio 5 PCR Thermo Fisher Cloud 1 QuantStudio 3 and 5 Real-Time PCR Systems QuantStudio 3 and 5 Real-Time PCR Systems 2 Applied
GWB_RNA-Seq_
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq
NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit
シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit
steponeplus_bro_f-1124.indd
PCR StepOnePlus /StepOne PCR PCR PCR StepOnePlus StepOne PCR PCR Features At A Glance StepOne StepOnePlus / 48 96 FAM /SYBR Green dyes VIC /JOE dyes ROX dyes 1. NED /TAMRA dyes VeriFlex Block StepOnePlus
計算機生命科学の基礎II_
Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/
プレゼンテーション2.ppt
ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG
内 容 1. サンプル 抽 出 と 品 質 チェック mrna / mirna / gdna 2. アジレントアレイ 実 験 のポイント 3. アレイデータの 品 質 チェックと 性 能 評 価 法 アジレントQCレポートとGX9の 活 用 法
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Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue
アジレントゲノムコピー数解析ソリューション 本資料掲載の製品は全て研究用です その他の用途にご利用になることは出来ません DGG/GSD/GFO CAG EMEAI Agilent Restricted Agilent Restricted Page 11 分子細胞遺伝学的検査における Agilent マイクロアレイ + FISH ソリューション DGG/GSD/GFO CAG EMEAI Agilent
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Applied Biosystems / Ion Torrent 2017 DNA 20 OFF DNA BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit 100 4337455 154,000 123,200 1,000 4337456 1,232,000 985,600 BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit
シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会
シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
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Vol.7November 216 3 DNA QIAamp DNA Mini Kit QIAcube QIAamp DNA Mini Kit 2 M Lung Kidney Liver Skin and muscle Whole blood Buffy coat Lymphocytes M QIAcube DNA 48.5 kb QIAamp DNA Mini Kit (5) 5134 25, QIAamp
RT-PCR プロトコール.PDF
Real -Time RT-PCR icycler iq Bio Rad RT-PCR RT-PCR 1 icycler iq Bio Rad icycler iq 30 2 Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit (amersham pharmacia biotech) Ready-To-Go T-Primed First-Strand Kit QuantiTect
はじめに 実験 血漿由来 mirna の白血病マーカー探索などをはじめとして ( Tanaka M. et al., 2009) 体液中に含まれる RNA が病態 の変化に関与していることが知られています 近年ではさらに 体液中の細胞外小胞 特にエクソソームに含まれる RNA が細胞間の情報交換を担
アジレント mirna マイクロアレイおよびバイオアナライザを用いた exosomal mirna の検出 アプリケーションノート 著者 福岡弥生小髙アラン田谷敏貴アジレント テクノロジー株式会社ゲノミクス部門 要旨近年 疾患の臨床研究では非侵襲的なサンプル源として Liquid biopsy が注目されています 中でも体液中に含まれる細胞外小胞エクソソームに含まれるマイクロ RNA (mirna)
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生物学者のための マイクロアレイと次世代シークエンス データ解析の実際 2011 年 11 月 15 日帝京大学 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部ゲノム構造制御田中裕二郎 chromatinstructure.wordpress.com なぜ次世代シークエンス (NGS) か 1. ヒストンメチル基転移酵素 ASH1 2. ストレス応答の転写制御因子ネットワーク マイクロアレイとNGSのデータ解析
総括研究成果報告書
BILD 1 diethylstilbestrol (DES) estrogen DNA embryonic stem (ES) ES ES A3-1 ES ES Genetic Microsystems DNA 2 3 DNA DNA DNA BILD ES ES ES RNA RNA cdna DNA DNA estrogen MCF-7 RNA DNA ES mrna Differential
HotStarTaq Plus PCRプロトコールとトラブルシューティング( /2008)
February 2008 HotStarTaq Plus PCR HotStarTaq Plus DNA Polymerase HotStarTaq Plus Master Mix Kit PCR HotStarTaq Plus DNA Polymerase PCR 2 HotStarTaq Plus DNA Polymerase Q-Solution PCR 6 HotStarTaq Plus
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mrna Sequencing Sample Preparation Guide Topics 3 Introduction 4 RNA Input Recommendations 6 mrna-seq Sample Preparation Kit Contents 8 User-Supplied Consumables and Equipment 9 Purify the mrna 12 Fragment
Axygen_16p.indd
Axygen AxyPrep A Corning Brand / Axygen AxyPrep MAG Axygen IMAG MSD AxyPrep MAG 50IMAG MSD 96 15 ml 50 ml 2 Axygen AxyPrep MAG PCR AxyPrep MAG PCR PCR PCR dntps PCR AxyPrep MAG PCR Buffer 100 bp 60 bp
(2) (2) (3) (3) (5) ABI PRISM 7700 (5) Roche LightCycler TM (7) BioFlux LineGene (9) 1 RT-PCR (10) (12) (13) F. Hoffmann-La Roche Ltd. Roche Molecular
05-8 SYBR Green Realtime PCR Master Mix (Code No. QPK-201, QPK-201T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A3314K (2) (2) (3) (3) (5) ABI PRISM 7700 (5) Roche LightCycler TM (7) BioFlux
RNA-seq
RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます
NGS ターゲットエンリッチメントシステム 次世代シーケンシング効率化の世界標準 2009 年に発売された SureSelect Target Enrichment システムは 次世代シーケンシングを画期的に効率化し 世界各国の次世代シーケン サユーザーから絶大な支持を集めています すでに Natu
SureSelect / HaloPlex See Deeper. Reach Further. NGS ターゲットエンリッチメントシステム 次世代シーケンシング効率化の世界標準 2009 年に発売された SureSelect Target Enrichment システムは 次世代シーケンシングを画期的に効率化し 世界各国の次世代シーケン サユーザーから絶大な支持を集めています すでに Nature
[1] 1 [2] 2 [3] 2 [4] 2 [5] 2 [6] 4 [7] 6 [8] 7 [9] 8 0
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15-07 - PCR- (Code No. FIK-101) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A4849K [1] 1 [2] 2 [3] 2 [4] 2 [5] 2 [6] 4 [7] 6 [8] 7 [9] 8 0 [1] 50 50 1 [2] 2x PCR Master Mix 1ml 5-20 10x Primer
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq
RNA_Brochure_2012JPCS55_0913.indd
RNA produced by RNA Ambion RNA Ambion Confidence comes naturally Ambion 20RNA RNA RNA 2 4 6 Total RNA 12 mrna 14 18 mirna 20 RNase 22 RNA 3 RNA Ambion RNA RNA RT-PCR qpcr RNA RNA PureLink RNA Mini Kit
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January 2009 Rotor-Gene Q Sample & Assay Technologies 1 1-1 1.1 1-1 1.2 Rotor-Gene Q 1-1 1.3 Rotor-Gene Q 1-1 1.4 1-1 2 2-1 2.1 Run File 2-1 2.2 2-2 2.3 2-2 2.4 PCR 2-3 2.5 2-3 2.6 2-4 2.7 2-4 2.8 2-5
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Slide 1
FFPE サンプルを用いたシーケンス November 6, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
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RNA produced by RNA Ambion RNA 2014 10 produced by RNA Ambion Total RNA P6 PureLink RNA Mini Kit 10 preps 12183020 9,700 PureLink RNA Mini Kit 50 preps 12183018A 30,000 PureLink RNA Mini Kit 250 preps
cm H.11.3 P.13 2 3-106-
H11.3 H.11.3 P.4-105- cm H.11.3 P.13 2 3-106- 2 H.11.3 P.47 H.11.3 P.27 i vl1 vl2-107- 3 h vl l1 l2 1 2 0 ii H.11.3 P.49 2 iii i 2 vl1 vl2-108- H.11.3 P.50 ii 2 H.11.3 P.52 cm -109- H.11.3 P.44 S S H.11.3
遺伝子ネットワーク解析
1.3 atsushi_doi@cell-innovator.com 6-10-1 I 2 http://www.cell-innovator.com 1 2 23andMe, GeneQuest, MYCODE DNA RNA DNA RNA DNA A, T, G, C RNA or = BioCyc (EcoCyc) KEGG Reactome WikiPathways TRANSPATH
Type-it Mutation Detect PCR プロトコールとトラブルシューティング (2301449 11/2008)
June 2008 Type-it Mutation Detect PCR PCR SNPs 2 3 QIAxcel Agilent 2100 Bioanalyzer 8 13 17 Sample & Assay Technologies MSDS material safety data sheet Operon Biotechnologies www.operon.com TE 100 µm 20
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研究用 Human Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3790) Mouse Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3791) Rat Housekeeping Gene Primer Set ( 製品コード 3792) 説明書 v201710da 通常 リアルタイム RT-PCR による遺伝子発現解析は相対定量により行われ
AGILENT 2100 バイオアナライザ電気泳動システム 確実に実験を成功させるために サンプル品質の信頼性 実験を成功させるためには サンプルの品質が最も重要です 1999 年に販売開始した Agilent 2100 バイオアナライザ電気泳動システムはサンプル分析に Lab-on-a-Chip
確実に実験を成功させるために Agilent 2100 バイオアナライザ電気泳動システム AGILENT 2100 バイオアナライザ電気泳動システム 確実に実験を成功させるために サンプル品質の信頼性 実験を成功させるためには サンプルの品質が最も重要です 1999 年に販売開始した Agilent 2100 バイオアナライザ電気泳動システムはサンプル分析に Lab-on-a-Chip テクノロジーを応用した世界初のマイクロチップ型電気泳動装置です
(2) (2) (3) (3) (4) ABI PRISM 7700 TaqMan (4) Roche LightCycler TM (5) BioFlux LineGene TaqMan (6) 1 RT-PCR (7) (9) (10) F. Hoffmann-La Roche Ltd. Roc
05-8 Realtime PCR Master Mix (Code No. QPK-101, QPK-101T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN A3313K (2) (2) (3) (3) (4) ABI PRISM 7700 TaqMan (4) Roche LightCycler TM (5) BioFlux LineGene
(2) (3) (3) (4) (5) ABI PRISM 7700 (5) Roche LightCycler TM (7) BioFlux LineGene (9) (10) (12) F. Hoffmann-La Roche Ltd. Roche Molecular Systems Inc.
06-08 SYBR Green Realtime PCR Master Mix -Plus- (Code No. QPK-211, 211T) TOYOBO CO., LTD. Life Science Department OSAKA JAPAN (2) (3) (3) (4) (5) ABI PRISM 7700 (5) Roche LightCycler TM (7) BioFlux LineGene
プレゼンテーション3
ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG
GeneChip 遺伝子発現解析
GeneChip 遺伝子発現受託解析についての説明 I.Affymetrix 社 GeneChipシステムの特徴 1)GeneChipのアレイは フォトリソグラフィーとコンビナトリアル ケミストリーを組み合わせた アフィメトリクス社独自の安定性の高い方法で製造 2) 合成ステップを最小限に抑えたGeneChipテクノロジーでは 超高密度で数十万種類にわたる多種類のプローブを搭載したアレイを製造 3)
RNA-seq
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング RNA-seq 株式会社 CLCバイオジャパンシニアフィールドバイオインフォマティクスサイエンティスト宮本真理 Ph.D. mmiyamoto@clcbio.co.jp 1 support@clcbio.co.jp 2 アジェンダ Genomics Workbench 概要 今日のデータ RNA-seq 解析 データインポート QC
機能ゲノム学（第6回）
トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ
日本消化器外科学会雑誌第29巻第9号
Table 1 Oligonucleotide primers used for RT-PCR and internal probes used for Southern blot hybridization Cytokine Primer Sequence (5'-3') 5' 3' Internal probe s' 3' Internal probe 5' 3' Internal probe
Untitled
上原記念生命科学財団研究報告集, 24(2010) 164. 消化器癌におけるエピジェネティックな microrna 異常の解析 鈴木拓 Key words: 胃癌, 大腸癌,microRNA, DNA メチル化, 癌抑制遺伝子 札幌医科大学医学部内科学第一講座 緒言 microrna( 以下 mirna) は 18 ~ 22 塩基程度の短い non-coding RNA であり, 分化 増殖 アポトーシスなど細胞内の様々なプロセスに重要な役割を担っている
会報36号表紙
36 No. ( 2017 9 ) RNA 2017 RNA 19 7 19 21 7 8 JR RNA RNA 20 RNA RNA RNA RNA 10 50 13 26% 40 RNA RNA-SEQRNAiCRISPRCLIP RNA RNA - 1 - 3 29 8-2 - ips - 3 - - 4 - - 5 - RNA 29 RNA RNA 5 microrna trna? RNA
AllPrep DNA/RNA Micro プロトコールとトラブルシューティング ( /2008)
July 2007 AllPrep DNA/RNA Micro DNA RNA 5 x 10 5 5 mg Sample & Assay Technologies DNA RNA 3 DNA RNA 11 DNA RNA 19 24 2 AllPrep DNA/RNA Micro 07/2007 DNA RNA RNA AllPrep DNA Spin Column DNA RNeasy MinElute
フレキシブルな蛍光検出モジュールと優れた定量性能 信頼の AriaMx リアルタイム PCR システム AriaMx リアルタイム PCR システムは 独創的なオプティカルモジュール方式による高いフレキシビリティ 直感的に使えるタッチスクリーン 正確な定量解析を簡単に行える 解析用ソフトウェア シス
アジレント テクノロジー AriaMx リアルタイム PCR システム フレキシブルな蛍光検出モジュールと優れた定量性能 信頼の AriaMx リアルタイム PCR システム AriaMx リアルタイム PCR システムは 独創的なオプティカルモジュール方式による高いフレキシビリティ 直感的に使えるタッチスクリーン 正確な定量解析を簡単に行える 解析用ソフトウェア システムの異常を早期に発見できる自己診断機能を持ち合わせており
untitled
1 2 molecule Body sample pre fractionate separation processing analysis informatics Cell culture Validation Organelle fractionation Protein separation Digestion 1000 1500 2000 Mass (m/z) LC/mass spec db
能書単頁9[1].5(2)
![能書単頁9[1].5(2)](/thumbs/87/96620151.jpg "能書単頁9[1].5(2)")
ips CytoTune -ips ver.1.0 1 I CytoTune ips 3 II 3 3 4 5 III CytoTune ips ips 6 6 6 6 7 1) 2) ips 8 ips 8 SeV 9 SeV 10 IV Q&A 11 V 12 12 VI...13 13...13 2 I CytoTune ips CytoTune ips 4 OCT3/4SOX2 KLF4c
Agilent GeneSpring Mass Profiler Professional X Y X Y 2 Chen, P; Popovich, P. Correlation:Parametric and Nonparametric Measures Sage Publications, 200
Agilent GeneSpring Mass Profiler Professional X Y X Y 2 Chen, P; Popovich, P. Correlation:Parametric and Nonparametric Measures Sage Publications, 2002 Pritha Aggarwal, Durairaj Renu, and Pramila Tata
NGSデータ解析入門Webセミナー
NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing
IonTorrent RNA-Seq 解析概要 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science
IonTorrent RNA-Seq 解析概要 2017-03 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science 資料概要 この資料は IonTorrent シーケンサーで RNA-Seq (WholeTranscriptome mrna ampliseqrna mirna) 解析を実施されるユーザー様向けの内容となっています
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NGS をはじめよう!RNA-Seq 入門 ( キットの選び方 実験デザイン ) April 18, 2014 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
Qlucore_seminar_slide_180604
シングルセル RNA-Seq のための 情報解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 シングルセル RNA-Seq シングルセル RNA-Seq のデータ解析では 通常の RNA-Seq データの解析手法に加え データセット内の各細胞の遺伝子発現プロファイルの違いを俯瞰できるような 強力な情報解析アルゴリズムと データのビジュアライズ機能を利用する必要がある
: Genome Analyzer.99 1 SNP Genome Analyzer 1 RNA ID mrna mrna mrna-seq 3 mrna-seqpcr mrna-seq mrna-seq 3: mrna-seq mrna-seq RNA 1 poly-a RNA RNA cdna
DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS mrna-seqsmall RNA RNA Genome Analyzer csnp mrna Genome Analyzer 1 mrna 1 mrna-seq poly-a 3 Small RNA Small RNA RNA 1: Application Technology Product MRNA-SEQ Discovery
訪問看護ステーションにおける安全性及び安定的なサービス提供の確保に関する調査研究事業報告書
1... 1 2... 3 I... 3 II... 3 1.... 3 2....15 3....17 4....19 5....25 6....34 7....38 8....48 9....58 III...70 3...73 I...73 1....73 2....82 II...98 4...99 1....99 2....104 3....106 4....108 5.... 110 6....
OLS v6
2011 年 1 月 次世代シーケンサー マイクロアレイマイクロアレイをどのように使いこなすか? 内容 イントロダクション 次世代シーケンサの広がり マイクロアレイアプリケーションの広がり 幹細胞ゲノミクスを例として 使い分けのポイント 'vs. RNA-seq( 感度 ダイナミックレンジ 精度 コスト カスタム化 アジレント発現マイクロアレイの 3 つのラインナップ Gene Expression
2 (FDA) 1 1 A D E K 1 LC UV 15 HPLC 3.5 UHPLC Agilent 12 Infinity LC Agilent 12 Infinity (G1311B) Agilent 12 Infinity (G13E) Agilent 12 Infinity (G131
1 Agilent 12 Infinity 1 Siji Joseph Agilent Technologies, Inc. Bangalore, India 12 1 2 4 5 3 2 1 4 1 12 14 4 2 Agilent 12 Infinity 2 4 5 3 2.5 1. 1.5 2. 2.5 3. 2 (RP-HPLC) Agilent Poroshell EC-C1 Agilent
2902 Shiraki et al., Aerosol and Air Quality Research, 17: , 2017 McLean, 1961; Schulman and Kilbourne, 1962; Moser et al., 1979; Knight, 198
PM 2.5 PM 2.5 UV-LED UV-LED 375 nm TiO 2 TiO 2 5 10 1 cm 200 5 ppm 9012.4 µmol h -1 1:2 2 25.43 µmol h -1 1 m 3 20 ppm 8 60 779 L A/PR/8/1934 H1N1 RNA 7 28 RNA PM2.5 TiO2 PM 2.5 VOC Hess et al., 2016;
■リアルタイムPCR実践編
リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 遺伝子発現解析編 12 th Feb., 2016 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Feb., 2016_V2 1 遺伝子発現解析概要 本日のセミナーにおける解析の流れ及び使用するツール名 ( 図中赤枠部分 ) Case Control インポート インポート インポート
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RNA-Seq ~ 研究に合わせたアプリケーションの選び方 ~ June 12, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio,
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2011 1 SeCore HLA SBT 1 2 AllSet + Gold SSP HLA 7 3 SSP UniTray HLA 11 4 27 5 32 ii 1 SeCore HLA SBT SeCore 2 SeCore HLA SBT SeCore 3 SeCore 4 HLA-I 5 HLA-II 5 utype 5 GSSP 6 1 SeCore HLA SBT Sequencing
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(Biotechnology, Cell Biology, Genetics, Immunology, Medicine, Neuroscience, Structural Biology) (Cancer, Genetics, Immunology, Molecular Cell Biology, Neuroscience) InfoPort TEL: 043-290-2262 FAX:
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March 2008 QIAquick Spin QIAquick PCR Purification Kit PCR 100 bp 10 kb QIAquick Nucleotide Removal Kit 17 40mer DNA 40 bp 10 kb QIAquick Gel Extraction Kit DNA 70 bp 10 kb Sample & Assay Technologies
2
1 2 / SCAR Sequence characterized amplified region DNA DNA 34 ( GSW100 SP2-002 SR2-015 SR3-004 11-22-1 11-22-2 11-24-3 11-24-4 11-191-1 12-217-1 12-249-1 14-218-21 04/05-29 04/05-66 04/05-73 12-202-2 (LP)
PowerPoint Presentation
エピジェノミクス解析編 2016/08/10 Filgen ChIP-seq (Transfactor & Histone), Bisulfite webex seminar 株式会社キアゲンアプライドアドバンストゲノミクス宮本真理, PhD 1 アジェンダ ChIP-seq 解析 Transcription Factor ChIP-seq Histone ChIP-seq Bisulfite-seq
Metabolomic Profiling_JA.qxp
LC/MS-TOF LC/Q-TOF GeneSpring MS BLB: Bacterial Leaf Blight Steven Fischer Senior Application Chemist Agilent Technologies Santa Clara, California U.S.A Theodore Sana Senior Research Scientist Agilent
「産業上利用することができる発明」の審査の運用指針（案）
1 1.... 2 1.1... 2 2.... 4 2.1... 4 3.... 6 4.... 6 1 1 29 1 29 1 1 1. 2 1 1.1 (1) (2) (3) 1 (4) 2 4 1 2 2 3 4 31 12 5 7 2.2 (5) ( a ) ( b ) 1 3 2 ( c ) (6) 2. 2.1 2.1 (1) 4 ( i ) ( ii ) ( iii ) ( iv)
論文題目 腸管分化に関わるmiRNAの探索とその発現制御解析
論文題目 腸管分化に関わる microrna の探索とその発現制御解析 氏名日野公洋 1. 序論 microrna(mirna) とは細胞内在性の 21 塩基程度の機能性 RNA のことであり 部分的相補的な塩基認識を介して標的 RNA の翻訳抑制や不安定化を引き起こすことが知られている mirna は細胞分化や増殖 ガン化やアポトーシスなどに関与していることが報告されており これら以外にも様々な細胞諸現象に関与していると考えられている
CpG (Whole genome bisulfite sequencing; WGBS) MeDip-Seq 1 DNA CpG-rich 1. SureSelect Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) DNA CpG PCR DN
Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 1 DNA Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 1 SureSelect DNA Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 370 CpG Human Methyl- Seq CpG shore shelf CpG 4000 CpG 2kb CpG
20 15 14.6 15.3 14.9 15.7 16.0 15.7 13.4 14.5 13.7 14.2 10 10 13 16 19 22 1 70,000 60,000 50,000 40,000 30,000 20,000 10,000 0 2,500 59,862 56,384 2,000 42,662 44,211 40,639 37,323 1,500 33,408 34,472
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2 1980 8 4 4 4 4 4 3 4 2 4 4 2 4 6 0 0 6 4 2 4 1 2 2 1 4 4 4 2 3 3 3 4 3 4 4 4 4 2 5 5 2 4 4 4 0 3 3 0 9 10 10 9 1 1
1 1979 6 24 3 4 4 4 4 3 4 4 2 3 4 4 6 0 0 6 2 4 4 4 3 0 0 3 3 3 4 3 2 4 3? 4 3 4 3 4 4 4 4 3 3 4 4 4 4 2 1 1 2 15 4 4 15 0 1 2 1980 8 4 4 4 4 4 3 4 2 4 4 2 4 6 0 0 6 4 2 4 1 2 2 1 4 4 4 2 3 3 3 4 3 4 4
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