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あいとよせ
5 years ago
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アップロードするプローブリストのフォーマットこの資料ではお手持ちのプローブを使ってカスタムアレイを作成するために earray にプローブをアップロードするリストのフォーマットを説明しますフォーマットは Complete および MINIMAL フォーマットがございますデザインファイルはアップロードされたファイルを基に作成されますのでより情報が多い Complete

1 アップロードするプローブリストのフォーマットこの資料ではお手持ちのプローブを使ってカスタムアレイを作成するために earray にプローブをアップロードするリストのフォーマットを説明しますフォーマットは Complete および MINIMAL フォーマットがございますデザインファイルはアップロードされたファイルを基に作成されますのでより情報が多い Complete をお勧めいたしますファイル名は英数字のみにしてください Complete フォーマット以下の 7 項目からなるリストをタブ区切りのテキスト形式または MS-EXCEL 形式のファイルで準備してください各項目には文字制限や表記フォーマットなどの注意点がありますので以下をご参照ください ProbeID, Sequence, TargetID, Accessions, GeneSymbols, Description, ChromosomalLocation 例 ProbeID 各プローブ配列にユニークな ID で 15 文字以内になるようにつけてください 1 アップロードするプローブリストのフォーマット

2 Sequence プローブ配列は 5 3 の向きになるように準備してくださいアップロード可能なプローブは 20~60 mer の長さのプローブです対応する配列は IUB/IUPAC の核酸コードの簡略版で記述します配列は文字 A, T, C, G のみを含むようにします mer のプローブをアップロードできますが 60 mer 以外は保証の対象外です TargetID 大元の配列にユニークな ID です各転写産物をもっとも代表する Accession ID (Primary Accession) として参照する事も可能です TargetID がない場合には NA としてください Accessions 核酸の配列またはタンパクの配列を参照する ID です < ソース > <ID> のフォーマットで準備してください < ソース > はデータベースのシンボル <ID> はそのデータベースでのアクセッション番号になります例 ref NM_ Accessions は複数の ID を対応させる事も可能です複数並べる場合にはの文字で区切ってください例 gi ref NM_ Accessions がない場合には NA NA としてください NA だけではエラーになります GeneSymbols 表現型遺伝子産物遺伝子の機能などを表すユニークなシンボル GeneSymbols がない場合には NA としてください Description 各プローブの詳細アップロードできる最大字数は 80 文字です Description がない場合には NA としてください ChromosomalLocation 各プローブの染色体番号と位置になります例 chr19: 位置情報が分からない場合にはブランクとせず chr0:0-0 としてくださいアルファベットは全て小文字にします NA と入力した場合はエラーになりアップロードする事ができません Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要です 2 アップロードするプローブリストのフォーマット

3 MINIMAL(Simple) フォーマット MINIMAL フォーマットをアップロードする場合には ProbeID と Sequence の 2 項目からなるリストをタブ区切りのテキスト形式または MS-EXCEL 形式のファイルで準備してください例 ProbeID 各プローブ配列にユニークな ID で 15 文字以内になるようにつけてください Sequence プローブ配列は 5 3 の向きになるように準備してくださいアップロード可能なプローブは 20~60 mer の長さのプローブです対応する配列は IUB/IUPAC の核酸コードの簡略版で記述します配列は文字 A, T, C, G のみを含むようにします mer のプローブをアップロードできますが 60 mer 以外は保証の対象外です Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要ですので acgh あるいは ChIP-oh-chip のカスタムアレイは Complete フォーマットをお勧めいたします 3 アップロードするプローブリストのフォーマット

Probe C Probe D Probe Group Ⅲ その結果をプローブグループとして保存します 1x244K 2x105K 4x44K 8x15K Probe Group Ⅰ x 3 Probe Group Ⅲ x 2 アレイフォーマットを選択し

4 カスタムアレイ作成の流れ Probe x Probe D Probes Probe Groups Microarray Designs Probe 4 Probe 1 Probe C Probe A Probe w Probe 2 アップロード Probe 3 Probe y Probe B プローブ設計プローブの検索選択プローブ設計あるいはを行います Step1 Probe Group Ⅰ Probe 1 Probe 2 Probe 3 Probe 4 Probe Group Ⅱ Probe A Probe B Probe C Probe D Probe Group Ⅲ その結果をプローブグループとして保存します 1x244K 2x105K 4x44K 8x15K Probe Group Ⅰ x 3 Probe Group Ⅲ x 2 アレイフォーマットを選択しアレイに載せるプローブグループおよび繰り返し数を指定しますプローブグループごとに繰り返し数を指定できますまたStep1で異なる方法で結果を得たプローブグループでも同じアレイに搭載可能です Step2 Order Status を Submitted にする必要があります

5 カスタムアレイ作成の流れ Step1. Probe Group の作成下記いずれかの方法で収集したプローブをグループ化します - カタログアレイに搭載されている目的のプローブを検索 -HD-CGH あるいは HD-ChIP( アジレント設計済みのプローブ ) から目的のプローブを検索 (CGH および ChIP のみ ) - 手持ちのプローブリストを earray に Upload - 遺伝子発現プローブを設計グレー字の方法は別資料をご参照ください Step2. アレイデザインの作成フォーマットを選択し (1x244K, 2x105K, 4x44K, 8x15K) Step1 で作成したプローブグループを指定します複数の Probe Group を指定できます Page 2 Group/Presentation Title Agilent Restricted Month ##, 200X

6 Upload とはお持ちのプローブを earrayのworkspaceに登録することです Uploadしプローブグループとして登録することでアレイに搭載することが可能です Expression Workspace CGH ChIP AgilentCatalog AgilentCatalog AgilentCatalog ユーザースペースユーザースペースユーザースペース Your Probe 001 Probes Your Probe 004 Your Probe 002 Your Probe 005 Your Probe 003 Your Probe 006 Expression, CGH および ChIP のうち選択したアプリケーションのユーザースペースに保存されます 25-60mer の配列を upload できます

Step1_Upload するファイルの準備アップロードするプローブリストのフォーマットの資料を参照し Complete フォーマットまたは Minimal フォーマットでプローブリストを準備します Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要ですので acgh

7 Step1_Upload するファイルの準備アップロードするプローブリストのフォーマットの資料を参照し Complete フォーマットまたは Minimal フォーマットでプローブリストを準備します Agilent の解析ソフト CGH Analytics あるいは ChIP Analytics でデータを解析する際は必ず ChromosomalLocation が必要ですので acgh あるいは ChIP-oh-chip のカスタムアレイは Complete フォーマットをお勧めいたします注 : ファイル名は英数字のみにしてくださいまたファイルを保存するフォルダーのパスも英数字のみを含むようにしてください ( 例 C ドライブ > earray) ファイルはデスクトップ上には保存しないでください 1.eArray のログイン後画面の右上で該当するアプリケーションタイプ (Expression CGH あるいは ChIP) になっていることを確認しますアプリケーションタイプを変更するには Switch Application Type をクリックし該当するアプリケーションを選択し Save をクリックします

8 Step1_Upload の設定 2. Probes タブをクリックし Upload を選択します選択した項目は白抜き文字に変わります 3.Upload する際の設定を入力選択します Species: 生物種を選択します Remove replicate probes from upload アップロードするファイル中に重複があった場合チェックが入っていると重複したプローブは除かれ別のプローブグループとして保存されます

Step1_Upload の設定 Probe Precedence 3 種から選択します Overwite matching probes ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合その他の項目の情報を上書きします Skip matching probes

9 Step1_Upload の設定 Probe Precedence 3 種から選択します Overwite matching probes ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合その他の項目の情報を上書きします Skip matching probes ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合それ以外のプローブをアップロードします Cancel upload if any probes already exist ProbeID および配列が同じプローブが workspace にすでにあった場合アップロードをキャンセルします

Step1_Upload の設定 Upload Type: 2 種から選択します Upload Probes Only プローブをアップロードしますがプローブグループは作られません Create New Probe Group アップロードとともにプローブグループ化します Upload File Browse をクリックし

10 Step1_Upload の設定 Upload Type: 2 種から選択します Upload Probes Only プローブをアップロードしますがプローブグループは作られません Create New Probe Group アップロードとともにプローブグループ化します Upload File Browse をクリックし準備したファイルを指定しますファイルは名前に全角を含めないフォルダに保存をしてください C: 以下に全角が含まれると認識されません File Format:COMPLETE あるいは MINIMAL からファイルのフォーマットを選択します File Type:MS-EXCEL あるいは TDT からファイルタイプを選択します

11 Step1_Upload の設定 4. すべて選択指定したら Next をクリックします 5. 各ヘッダーをプルダウンから選択しますこの 2 つをあわせます準備したファイルにヘッダーを含んでいる場合は My upload file contains Column Headings にチェックを入れます Upload をクリックします

12 Step1_Upload したファイルの確認 6. Close をクリックしますプローブ数やご使用環境によりアップロードに必要な時間は異なります数時間あるいは数日かかることもあります ( その間 earray からログアウトしても問題ありません ) 終了あるいは何らかの理由で Upload できなかった場合その旨を知らせるメールが届きます Upload の状態をモニターする必要はございません Status は目安として参照してください

13 Step1_Upload したファイルの確認 7. アップロードの状態は Home タブで確認できますアップロードの場合は Job Type が ProbeUpload となっています Status :Upload pending アップロード待ち Status :Complete アップロード終了 Status :Error 何らかの理由でアップロードがキャンセルされた Job Position :Job X of Y Jobs アップロード待ちアップロードが問題なく終わると Pending Jobs からなくなります Failure の記録は Delete するまで残ります Upload が問題なく終了したかどうかはメールあるいは Probe Group タブから確認してください

14 Step1_ エラーメッセージの見方何らかの理由でプローブ設計が完了しなかった場合その旨伝えるメッセージメールおよび原因を簡単に記載したファイルが届きます添付ファイルエラーメッセージメールに添付されているファイル (html) を開くとエラーの原因となったカラムが赤く表示されますマウスを持っていくあるいはクリックするとエラー理由が表示されますファイル内容を確認変更後再度操作を行ってください

15 Step1_Upload したプローブグループの確認作成したプローブグループは Probe Group タブから確認できます Search で検索あるいは Browse ProbeGroup でブラウズし表示させますブラウズして表示させる場合 Workspace 名プローブグループが作成できたら Step2. アレイデザインの作成に進みます * デザイン途中で 6 ヶ月経ったものあるいはデザイン終了後 6 ヶ月間オーダーされなかったデザインは自動的に Probe Group ごと削除されますのでご注意ください

16 Step1_Upload したファイルの確認 Actions 欄内の青いリンクをクリックすると各種操作ができます Copy: プローブグループを複製し同じ内容のプローブグループを作ります Edit: プローブの削除プローブグループ名の変更等ができます View: プローブグループの内容を閲覧します Delete: プローブグループを削除します Download: 各種フォーマットでプローブのリストをダウンロードします Workspace 名 Probe Group の作成が終了したら Step2. アレイデザインの作成をしてください

カスタムアレイを作成するにあたって System Requirement( 別紙 )をご確認のうえ earrayをご利用ください推奨繰り返しスポット数等の記載がありますので Custom Design Guidance を必ずご一読くださいアプ

カスタムアレイを作成するにあたって System Requirement( 別紙 )をご確認のうえ earrayをご利用ください推奨繰り返しスポット数等の記載がありますので Custom Design Guidance を必ずご一読くださいアプ遺伝子発現 CGH/CNV ChIP-on-chip/CpG Island アップロードとはアップロードするファイルの準備アップロード操作アップロードの状況アップロードしたProbeGroupの確認変更既存プローブのアノテーション情報の変更 2010 年 12 月現在 mirnaプローブを earrayにアップロードすることはできません Page