MiSeq Reporter Software Overview
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- ぜんすけ あざみ
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1 MiSeq Reporter (MSR) をはじめよう 癸 生 川 絵 里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iselect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners.
2 Outline MiSeq Reporter (MSR) とは? Web インターフェイス OutputフォルダとFASTQ はじめのトラブルシュート 2
3 Outline MiSeq Reporter (MSR) とは? Web インターフェイス OutputフォルダとFASTQ はじめのトラブルシュート 3
4 MiSeq Reporter (MSR)とは? MiSeq のパイプラインで 二 次 解 以 降 を 担 当 するソフトウェアです 画 像 取 得 MiSeq Control Software(MCS) /Real Time Analysis (RTA) 一 次 解 析 画 像 解 析 ベースコール FASTQの 作 成 MiSeq Reporter (MSR) 二 次 解 析 ワークフローに 従 った 各 解 析 レポート 表 示 4
5 MiSeq Reporter (MSR)とは? MiSeq 上 では RTA が 一 時 解 析 を 終 了 しますと MSRが 自 動 で 後 続 の 解 析 処 理 を 始 めます サンプルシートにより 指 定 された 各 解 析 プロセスを 実 施 します 過 去 の 解 析 結 果 の 閲 覧 や 再 解 析 実 行 もできます 5
6 MiSeq Reporter (MSR) の 働 き 方 Windowsのサービスとしてバックグラウンドで 動 いているため 起 動 のためのデスクトップアイコンなどは 置 いてありません Webブラウザからアクセスし 操 作 します アドレス 例 同 じネットワーク 上 に 接 続 している 複 数 のユーザがWebブラウザ で 同 一 MSRを 閲 覧 / 操 作 できます 6
7 MiSeq Reporter (MSR) の 動 作 場 所 on-instrument (MiSeq 上 ) デフォルトでインストール/ 設 定 済 み ラン 中 は 自 動 でMSRが 起 動 し 解 析 を 行 います off-instrument ( 別 のPC 上 ) ユーザーが 自 分 のWindowsPCにインストール/ 設 定 MSR スタンドアロンとも 呼 称 されます OSは64-bit Windows(Vista, Windows 7) 弊 社 webサイトmyilluminaよりinstallation Guideをご 参 照 ください 7
8 MiSeq Reporter 6つの 基 本 ワークフロー リシーケンス アンプリコン 16Sメタゲノム De novo アセンブル Small RNA ライブラリーQC リシーケンス アンプリコン 16S de novo Small RNA ライブラリー QC 8
9 MiSeq Reporter 6つの 基 本 ワークフロー リシーケンス (Resequencing) リファレンス 配 列 (サンプルシートで 指 定 )に 対 しアライメントし 変 異 解 析 を 行 いレポートします アンプリコン (Amplicon) TSCA (TruSeq Custom Amplicon) 特 定 配 列 領 域 (マニフェストファイルで 指 定 )に 対 しアライメントし 変 異 解 析 を 行 いレポートします ライブラリQC (Library QC) クオリティーコントロール(QC)のため にライブラリの 簡 易 アライメントし サンプル 毎 の 指 標 サマリを 表 示 します Small RNA mirna, RNA, ゲノム 配 列 等 に アライメントし 結 果 やカウントを 表 示 します 解 析 はSRに 対 してのみ 行 いレポートします De Novoアセンブリ リードから 小 さいサイズのゲノム (<10 Mb) のアセンブルを 行 い コンティグを 作 成 することができます 16S メタゲノミクス 微 生 物 群 集 の 分 類 学 的 多 様 性 の 特 徴 付 け を 行 う 際 に 広 く 使 われている 16S rrnaを 用 いた 分 類 を 行 いレポート します 9
10 MiSeq Reporter 6つの 基 本 ワークフロー ドキュメント; MiSeq Reporter Quick Reference Guide もご 参 照 下 さい ワークフローにつきましては 日 本 語 版 のtechnoteなども 弊 社 ホームページより ダウンロード 頂 けますので ぜひご 利 用 下 さい リシーケンス アンプリコン 16S de novo Small RNA ライブラリー QC 10
11 MSR 全 ワークフロー 共 通 のポイント リシーケンス アンプリコン 16S de novo Small RNA ライブラリー QC サンプルシート( 設 定 指 示 ファイル) 作 成 が 必 要 です サンプルシートの 内 容 に 基 づきデマルチプレックスが 行 われます サンプルシートに 記 載 されているワークフローが 実 施 されます 解 析 結 果 ファイルは 基 本 的 に 以 下 のフォルダ 配 下 に 生 成 されま す D: Illumina MiSeqAnalysis ランフォルダ 名 Data Intensities BaseCalls 11
12 サンプルシート (SampleSheet.csv) ランと 解 析 の 設 定 を 行 う 要 のファイル CSV 形 式 (カンマ 区 切 り)ファイル ワークフローにより サンプルシート に 記 載 する 内 容 が 異 ります Illumina Experiment Manager (IEM) を 用 いて 作 成 します * サンプルシートはCSV 形 式 のテキストですので 一 般 的 なテキストエディタや 表 計 算 ソフト 等 でも 作 成 できますが 記 述 ルールに 起 因 するエラーのお 問 合 わせが 頻 出 しておりますため 必 ずIEMを 使 用 して 作 成 されることをお 勧 めいたします * 次 回 のテクニカルセミナーでIEMのご 説 明 を 予 定 しております 12
13 Outline MiSeq Reporter (MSR) とは? Web インターフェイス OutputフォルダととFASTQ はじめのトラブルシュート 13
14 MiSeq Reporter Web インターフェイス Webブラウザを 起 動 し アドレスを 入 力 (MSRとWebブラウザを 同 じ 機 器 で 使 用 時 ) (MSRとWebブラウザを 別 々の 機 器 で 使 用 時 ) 例 ; 14
15 MSR トップ 画 面 メインウインドウ 左 ペインで 選 択 したランのステータス とメトリクスが 表 示 されるエリア MSRの 現 在 の 解 析 稼 働 状 態 MSRの 終 了 ステータス 過 去 のラン 15
16 MSR 操 作 ボタン ステータスとログ 印 刷 リポジトリの 変 更 リキュー(MSR 再 実 行 ) ヘルプページ 16
17 Resequencing/Ampliconワークフロー SUMMARYタブ 17
18 ヘルプページ 18
19 Resequencing/Ampliconワークフロー SAMPLE タブ 表 示 事 項 カバレッジとエラー Q score SNP/indel + アノテーション サンプル/ 変 異 テーブル 19
20 Resquencing/Ampliconワークフロー SAMPLE タブ Viewの 操 作 viewのスコープ ズームin/out 20
21 General データのエクスポート テーブル 情 報 のエクスポート (csv 形 式 ) 印 刷 ボタン 21
22 De Novo アセンブリ ワークフロー CONTIGSタブ ドットプロット メトリクス *Dot plot は サンプルシートでリファレンス 配 列 を 指 定 した 場 合 にのみ 表 示 されます *De Novoアセンブリワークフローではリファレンスゲノムは 必 須 ではありません 22
23 Small RNAワークフロー SUMMARY タブ アライン 結 果 の 内 訳 mirnaトップ10 サンプルテーブル 23
24 General Run Status タブ ランの 解 析 について Status の 情 報 が 得 られる 24
25 General Run Sample Sheet タブ ランの 解 析 について Status; Sample Sheet などの 情 報 が 得 られる 25
26 General Run Logs タブ ランの 解 析 について Status; Sample Sheet; Logs などの 情 報 が 得 られる 26
27 General Run Errors タブ ランの 解 析 について Status; Sample Sheet; Logs ; Errorsなどの 情 報 が 得 られる 27
28 MSR 再 実 行 (リキュー) MSRでランデータのプロセスを 再 実 行 したい 場 合 にリキューボタンを 押 します サンプルシートで 与 えるパラメータを 変 更 して 再 実 行 させることが 可 能 です 28
29 MSR リポジトリの 変 更 MiSeq 上 では 通 常 はこのボタンからパスを 変 更 する 必 要 はありません リポジトリとは 解 析 / 表 示 したいランフォルダのある 場 所 (パス)です ( 通 常 はMiSeqAnalysisフォルダ) 29
30 Outline MiSeq Reporter (MSR) とは? Web インターフェイス OutputフォルダとFASTQ はじめのトラブルシュート 30
31 MSRの 結 果 ファイル D: Illumina MiSeqAnalysis 当 該 ランフォルダ 名 Data Intensities BaseCalls * MSR v1.3 アライメント 以 降 の 結 果 は AlignmentNディレクトリの 中 に 生 成 されます 既 存 のAlignmentNディレクトリはリキューしても 上 書 きされません リキュー 結 果 はAlignmentフォルダの 数 字 がインクリメントされたフォルダに 生 成 され 過 去 のAlignmentディレクトリは 保 存 されます フォルダやファイルの 更 新 時 間 情 報 もご 確 認 に 役 立 ちます 31
32 FASTQファイルの 命 名 規 則 * v1.3 例 ; MySampleA_S1_L001_R1_001.fastq.gz ファイルの 命 名 規 則 は 以 下 の 通 りです a_sb_lc_rd_001.fastq.gz とした 場 合 ; a サンプル 名 (サンプルシートで 指 定 したサンプル 名 ) Sb サンプル 番 号 (サンプルシートで 指 定 したサンプルを 行 の 上 から1,2,3..とふって 行 った 番 号 0はどのサンプルにも 帰 属 できなかったもの) Lb レーン 番 号 (MiSeqでは 現 在 1レーンのみのため 必 ずL001になります) Rc リード 番 号 (リード1はR1, リード2はR2になります) * v1.1.6ではサンプル 毎 ではなく タイルグループ 毎 のFASTQとなり 命 名 規 則 も 異 なりましたので ご 注 意 ください 32
33 Outline MiSeq Reporter (MSR) とは? Web インターフェイス OutputフォルダとFASTQ はじめのトラブルシュート 33
34 まずは Help! 34
35 Q:MSRで 解 析 結 果 がでてきません 35
36 Errorは 出 ていますでしょうか? MSR 左 ペインのランのiconは 緑 の? 赤 の? MSRのErrorタブに 開 始 と 終 了 のログステートメントが ありますか? MSRのErrorログにステートがあった 場 合 は その 内 容 を 読 み 修 正 後 再 度 リキューして 下 さい MSRのErrorログになにもなくLogsタブにも 開 始 した 痕 跡 がない 次 へ 36
37 RTAによる 一 次 解 析 は 終 了 していますか? MSRが 解 析 に 必 要 とする 特 に 以 下 のファイルは ランフォルダの 直 下 にそろっていますか? RTAComplete.txt SampleSheet.csv RunInfo.xml バックグラウンドでまだRTAが 働 いていて MSRが 解 析 を 待 機 して る 状 態 があり 得 ます RTAComplete.txt というRTA 終 了 フラグファイ ルが 生 成 されておらず 稼 働 中 でしたら 慌 てずにそのままお 待 ちくだ さい 終 了 している ファイルもある 次 へ. 37
38 SampleSheet はOKですか? SampleSheetはIEMで 作 成 したものですか? SampleSheetはカンマ 区 切 りの 間 の 値 が 二 重 カッコで 囲 ま れていませんか? => Excelなど 表 計 算 ソフトでは 見 えない 場 合 があ りますので notepadなどテキストエディタでご 確 認 下 さい Illegal Charactersは 使 われていませんか?? ( ) [ ] / = + < > : ; " ', * ^ &. 38
39 リファレンス 配 列 はどうでしょう? SampleSheetで 指 定 したリファレンスゲノムのフォルダの 下 に.fastaあるいは.faという 拡 張 子 をもつFASTAファイルが ありますか? SampleSheetで 指 定 したリファレンスゲノムのFASTAファ イルのコメント 部 に 以 下 のIllegal Charactersが 含 まれていま せんか?? ( ) [ ] / = + < > : ; " ', * ^ &. 39
40 表 示 させているリポジトリはあっていますか? ( 特 に MSRスタンドアロンをお 使 いの 場 合 ) MSRの 左 ペインには ランを 示 す 四 角 いラベルが 見 えてい ますか? いくつか 前 のランもあるはずの 場 合 それらのランも 左 ペ インに 表 示 されていますか? 違 った 場 所 をみている 場 合 は MSRのリポジトリボタンを 押 し どこの 場 所 をリポジトリとしているかご 確 認 下 さい 40
41 MSRはサービスしていますか? MiSeq Reporterがサービスをしているか 調 べる Start button -> Control Panels -> Administrative Tools -> Services MiSeqReporter サービスをハイライトさせStatus 列 の 表 示 を 確 認 します 右 クリックで 起 動 停 止 再 起 動 が 選 べま すので 止 まっていた 場 合 は 起 動 して 下 さ い 41
42 Appendix: IPアドレスの 確 認 方 法 Windows Startボタンを 押 し Rを 押 すことでRun windowのフィールド へ 移 動 します cmdというコマンドを 打 ち 込 みOKを 押 します ipconfigコマンドを 打 ち 込 みEnterキーを IP v4 の 箇 所 にIPが 表 示 されます 42
43 43
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SchITコモンズ【活用編】
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大 洋 電 機 株 式 会 社 電 動 機 外 形 図 検 索 サイト 利 用 マニュアル 2014 年 5 月 版 第 1 章 : 概 要 このウェブサイトでは ウェブブラウザに 必 要 とする 電 動 機 スペックを 入 力 する 事 により 誘 導 電 動 機 の 外 形 図 を 検 索 & 照 会 すること ができます 画 面 の 紹 介 ログインボタン 一 覧 表 形 式 で 選 定 ボタン
TIPS - 棚 割 りを 開 始 するまで Liteを 起 動 し 企 業 情 報 の 追 加 を 行 い 棚 割 を 行 う 企 業 の 追 加 をして 下 さい 企 業 情 報 の 追 加 時 に エラーメッセージが 表 示 された 場 合 別 途 TIPS トラブルが 発 生 した 場 合
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2014 年 11 月 14 日サポートウェビナー NextSeq 500 から得られる データの FASTQ 変換 - bcl2fastq バージョン 2 ほか イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2013 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, IlluminaDx,
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改 定 履 歴 改 訂 日 改 訂 理 由 及 び 内 容 承 認 者 確 認 者 改 訂 者 05/8/7 新 版 発 行 05/0/5 推 奨 動 作 環 境 を 追 記
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リストファインダー ご 紹 介 資 料 Copyright Innovation Inc. All rights reserved. 1 リストファインダーとは WEBサイトに 来 訪 している 企 業 個 人 を 可 視 化 して ニーズの 高 い 見 込 み 顧 客 リストを 作 成 するマーケティングツール 法 人 営 業 BtoBマーケティングで450 社 の 導 入 実 績 Copyright
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Microarray Data Analysis Tool データ 解 析 の 進 め 方 Vol.7 - 比 較 データファイルの 作 り 方 - 弊 社 マイクロアレイ 受 託 解 析 サービスで 単 色 法 での 実 験 を 選 択 された 場 合 お 客 様 が 指 定 されたサンプルの 比 較 データを 作 成 して 納 品 しています しかし 納 品 後 にお 客 様 の 方 で 指 定
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G-Web 地 盤 調 査 システム 操 作 マニュアル 目 次 1.G-Web 調 査 システムにログインする... 3 2. 調 査 データを 検 索 表 示 する... 4 3. 調 査 予 定 を 登 録 修 正 する... 7 4. 調 査 情 報 に 認 証 設 定 を 行 う... 9 5. 調 査 測 点 情 報 の 編 集 確 認 する... 10 6. 調 査 画 像 データの
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付 録 B Wiki を 閲 覧 編 集 する B.1 Wiki を 閲 覧 する B.2 Wiki を 編 集 する B.3 Wiki のページを 一 括 ダウンロード 一 括 アップロードする 51 付 録 B Wiki を 閲 覧 編 集 する B.1 Wiki を 閲 覧 する Web ブラウザのアドレス 欄 に 公 開 されている 個 人 用 Wiki の URL またはメーリ ングリストの
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Ver 改 訂 日 付 改 訂 内 容 1
大 学 評 価 データベースシステム 一 括 登 録 マニュアル ( 第 1.00 版 ) SRA 東 北 Ver 改 訂 日 付 改 訂 内 容 1 目 次 1. 大 学 評 価 データベースの 使 用 方 法 について...3 1.1.データ 一 括 登 録...3 1.1.1. 一 括 登 録 の 目 的...3 1.1.2. 一 括 登 録 の 利 用 上 での 注 意 点...3 1.1.3.
(Microsoft PowerPoint - Ver12\203o\201[\203W\203\207\203\223\203A\203b\203v\216\221\227\277.ppt)
ACAD-DENKI DENKI Ver.12 新 機 能 / 改 善 機 能 アルファテック 株 式 会 社 1 新 機 能 改 善 機 能 一 覧 ACAD-DENKI/EL Ver.12 新 機 能 と 改 善 機 能 新 メニュー/ 新 機 能 拡 張 プロジェクト 管 理 外 部 端 子 コネクタ 端 子 ネット 分 割 化 リアルタイム 線 番 挿 入 改 善 項 目 図 題 情 報 編
一 括 登 録 方 法 一 括 登 録 をするには 予 め 専 用 の CSV ファイルを 作 成 する 必 要 があります 普 段 エクセルファイルで 管 理 をされている 方 は, 以 下 の 3 列 のみのデータとなるようにデータを 加 工 して CSV ファイルとして 保 存 して 下 さ
採 点 方 法 採 点 は 学 ナビ 上 よりご 登 録 頂 きます 登 録 は 個 別 登 録 と 一 括 登 録 の 2 種 類 がございます 登 録 は 普 段 の 受 講 者 名 簿 の 管 理 状 況 に 合 わせてやりや すい 方 法 で 作 業 して 頂 ければと 思 いますが,セッションタイムアウトエラー(*1)などの 都 合 より, 一 括 登 録 に よる 登 録 をお 奨 め
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商 品 管 理 商 品 管 理 を 行 うためのメニューです 4.1 商 品 管 理 のサイドメニュー 商 品 管 理 には 以 下 のサイドメニューがあります 商 品 一 覧 登 録 済 みの 商 品 の 一 覧 を 表 示 します 既 に 登 録 済 みの 商 品 の 検 索 検 索 した 商 品 を 編 集 する 際 に 使 用 します 新 規 作 成 商 品 を 新 規 登 録 する 画 面
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管 理 者 向 け 詳 細 マニュアル Ver.1.0 目 次 1. 管 理 画 面... - 3-1.1. ご 利 用 環 境 について... - 3-1.2. ログイン... - 4-1.3. ログアウト... - 4-1.4. 管 理 画 面 について... - 5-1.4.1. 管 理 画 面 の 表 示 項 目... - 5-1.5. 始 めにご 確 認 頂 く 事 項 と 初 期 設 定
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