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- あおい のたけ
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1 Dual Index を持つ Library のシーケンサーセットアップ 小林孝史テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, Infinium, iselect, MiSeq, Nextera, Sentrix, SeqMonitor, Solexa, TruSeq, VeraCode, the pumpkin orange color, and the Genetic Energy streaming bases design are trademarks or registered trademarks of Illumina, Inc. All other brands and names contained herein are the property of their respective owners.
2 Index シーケンシングとはなにか? 解析を行う DNA 断片 (library) の端に 識別のためのインデックスが付加されてある それぞれの DNA 断片がどのサンプル由来か同定が可能 簡単 ということは? サンプルを混ぜて (pooling) 解析して 後でクラスターをそれぞれのサンプルに振り分ければいい (de-multiplex) 多サンプル解析 (multiplex analysis) が可能 必要な作業 試薬は? サンプル調製の際にインデックス配列をつける作業 index 配列を読むためのシーケンスプライマー 解析のためのソフトウェア ( イルミナの製品で全て揃います ) 解析を行う DNA 断片 (Single-index library) の例 イルミナでは矢印の部分がインデックス配列を指します 2
3 Dual-Index シーケンシングとはなにか? インデックス配列を両端に 2 つ持つライブラリを解析する 一つのインデックスを持つもの (Single-Index; 最多 24 サンプル ) よりもたくさんのサンプル (Dual-Index; 最多 96 サンプル ) の多サンプル解析が可能です! ということは? 1 サンプル当たり より経済的に安価に解析が可能です! より具体的には 1 サンプルにつきデータ量がたくさん要らないサンプルについてまとめて多くのサンプルを解析できる 別なサンプル必要なデータ量 : 1Gbases 別なサンプル必要なデータ量 : 1Gbases 必要なデータ量 : 1Gbases MiSeq Output: max 8Gbases 残った部分のデータは実質捨ててしまう 3
4 Dual-Index シーケンシングに用いるライブラリは? 解析を行う DNA 断片 (Dual-index library) の例 P5 Index 2 Index 1 P7 イルミナでは矢印の部分がデュアルインデックス配列を指します Index 1 (i7): P7 配列近傍の 8 塩基 :12 種類 Index 2 (i5): P5 配列近傍の 8 塩基 :8 種類 12 x 8 = 96 種類の組み合わせ Single-index library 4
5 Index 2 Illumina のキットで Dual-Index を使用している製品は? Nextera kit 全般 TruSeq Amplicon 製品 TruSeq HT sample prep kit かんたんに調製が可能 TruSeq Amplicon と Nextera kit では専用のキットが用意されています サンプル調製時 (Nextera/TruSeq Amplicon) に : 96wellプレートの横にindex1の12 個のチューブを並べ 次に縦にindex2の8 個のチューブを並べる それぞれの組み合わせにより96 個のインデックスの組み合わせが可能 Index 1 5
6 Illumina のキットで Dual-Index を使用している製品は? Nextera kit 全般 TruSeq Amplicon 製品 TruSeq HT sample prep kit TruSeq HT kit では Dual-Index の付加したアダプターは 96well プレートで用意しております TruSeq DNA Adapter Plate (DAP) 注意 ) 一般的にキットが異なるとインデックスの配列も異なります 一緒に解析したい場合には サンプルシートの作成などご注意ください 6
7 Illumina のキットで Dual-Index を使用している製品は? ( まとめ ) TruSeq HT Sample Prep Kits - TruSeq DNA HT sample prep kit Dual Index ライブラリ Nextera Sample Prep Kits - Nextera DNA sample prep kit - Nextera XT sample prep kit - Nextera Exome sample prep kit TruSeq Amplicon Kits - TruSeq TSCA sample prep kit - TruSeq Amplicon cancer panel 7
8 Index シーケンスの種類 シングルリードで Single-Index を読む 短いリード 少ないサンプル シングルリードで Dual-Index を読む 短いリード たくさんのサンプル ペアエンドで Single-Index を読む 長いリード 少ないサンプル ペアエンドで Dual-Index を読む 長いリード 少ないサンプル 実際の解析方法は? フローセルの種類によって異なります 8
9 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer 9 Flow cell surface
10 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 のシーケンシングプライマーが結合 Index 2 P5 primer Read 1 sequencing primer DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer 10 Flow cell surface
11 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 を解析 (Read1) Index 2 P5 primer Read 1 sequencing primer DNA insert Sequence P7 primer Index 1 P7 grafting primer 11 Flow cell surface
12 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 の伸長鎖を外す Index 2 P5 primer Read 1 sequencing primer DNA insert Sequence P7 primer Index 1 P7 grafting primer 12 Flow cell surface
13 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 のシーケンシングプライマーが結合 Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 Sequencing Primer Index 1 P7 grafting primer 13 Flow cell surface
14 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 を解析 (Index1 read) Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 Sequencing Primer Index 1 Index 1 read 8 cycles P7 grafting primer 14 Flow cell surface
15 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 read の伸長鎖を外す Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer 15 Flow cell surface
16 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index 2 Sequencing Primer Index 2 P5 primer Index2 のシーケンシングプライマーを結合 DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer 16 Flow cell surface
17 シングルリードのフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index 2 Sequencing Primer Index 2 Index 2 read 8 cycles P5 primer Index2 を解析 ラン終了 DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer 17 Flow cell surface
18 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む 18
19 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 シーケンシングプライマーを結合 Index 2 P5 primer Read1 Sequencing Primer DNA insert P7 primer Index 1 P7 grafting primer P5 grafting primer 19 Flow cell surface
20 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 を解析 Index 2 P5 primer SBS Sequencing Primer DNA insert Sequence P7 primer Index 1 P7 grafting primer P5 grafting primer 20 Flow cell surface
21 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Read1 の伸長鎖を外す Index 2 P5 primer SBS Sequencing Primer DNA insert Sequence P7 primer Index 1 P7 grafting primer P5 grafting primer 21 Flow cell surface
22 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 のシーケンシングプライマーを結合 Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 Sequencing Primer Index 1 P7 grafting primer P5 grafting primer 22 Flow cell surface
23 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 を解析 Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 Sequencing Primer Index 1 Index 1 read 8 cycles P7 grafting primer P5 grafting primer 23 Flow cell surface
24 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Region complementary to P5 grafting primer Index1 read の伸長鎖を外す Index 2 P5 primer DNA insert P7 primer Index 1 Index 1 read 8 cycles P7 grafting primer P5 grafting primer 24 Flow cell surface
25 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む 保護基を外し フローセル上の P5 grafting primer に結合させる P5 grafting primer 25 Flow cell surface
26 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む 画像を取得しない 7cycle 7 chemistry only cycles P5 grafting primer 26 Flow cell surface
27 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Index2 を解析 フローセル上の DNA 鎖を使用するので (Index2) プライマーは必要ない Index 2-8 cycles 7 chemistry only cycles P5 grafting primer 27 Flow cell surface
28 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む クラスターの再形成を行う ( ブリッジ PCR) Index 2 index read 8 cycles 7 chemistry only cycles P5 grafting primer 28 Flow cell surface
29 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む DNA 鎖を変性する Original strand New strand 29 Flow cell surface
30 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Read1 で用いた鎖を切断し P5 のブロックする New strand 30 Flow cell surface
31 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Read2 シーケンシングプライマーを結合 Read 2 Sequencing Primer 31 Flow cell surface
32 ペアエンドフローセルで Dual-Index を読む Read2 を解析 ラン終了 Read 2 Sequencing Primer Sequence 32 Flow cell surface
33 ここまでのまとめ Dual-Index シーケンシングとは? 2 つのインデックス配列 (Index 1(i7) and Index 2 (i5) ) を持つ Dual Index ライブラリを解析 最も多くて 96 種類の Dual-Index ライブラリが作製できる (12 Index 1 x 8 Index 2) Dual-Index ライブラリは下記のキットで作製可能 TruSeq HT Nextera 各種 TruSeq Amplicon kit. Dual Index の概要 : 33
34 34 HiSeq/Genome Analyzer を使用する場合
35 Dual-Index シーケンスに必要な試薬キット ライブラリ Nextera sample prep kit TruSeq HT sample prep kit サンプル調製キット クラスター 形成 TruSeq Cluster Kit v2 GA TruSeq Cluster Kit v3 HS cbot/cluster generation シーケンス TruSeq SBS Kit v5 GA TruSeq SBS Kit v3 HS HiSeq/GA シーケンス プライマー Dual-Index Sequencing Primer Box Nextera TruSeq HT single flow cell HiSeq/GA 35
36 TruSeq Dual-Index Sequencing Primer Kit TruSeq Dual-Index Sequencing Primer Kit for Single-Read flow cell FC TruSeq Dual-Index Sequencing Primer Kit for Paired-End flow cell PE HP10- Read1 sequencing primer mix HP12- Index 1(i7) sequencing primer mix HP9- Index 2 (i5) sequencing primer HP10-Read1 sequencing primer mix HP12- Index 1 (i7) sequencing primer mix HP11- Read2 sequencing primer mix 必要な時 Nextera 各種のキットを使用して作製されたライブラリ Single-Read TruSeq HT flow cell を使用して Dual Index ランを行う場合 TruSeq あるいは Nextera の各種のキットを使用して作製された全てのライブラリに対応 TruSeq と Nextera で作製されたライブラリを同じフローセルの別レーンで解析する場合 36
37 シーケンスプライマーについて Nextera ライブラリ Dual-Index Sequencing Primer Kit が必要 TruSeq HT ライブラリ Dual- Index Sequencing Primer Kit, Single-read flow cell が必要 Single- Read FC Paired-End Read FC Single- Read FC Paired-End Read FC R1:HP10 R1: HP10 R1: HP6/10 R1: HP6/10 I1: HP12 I1: HP12 I1: HP8/12 I1: HP8/12 I2: HP9 I2: grafted P5 I2: HP9 I2: grafted P5 R2: HP11 R2: HP7/11 37
38 シングルリードのランに必要な試薬 IEM を用いた サンプルシート の作成 SBS 試薬の セット Index read 用の試薬のセット それぞれの シーケンス反応 の開始 Single-Index #19: HT2 #18: Diluted HP3-3.5mls #17: HP8 か HP12 Dual index #19: HT2 #18: Diluted HP3-4mls #17: HP8 or HP12 #16: HP9 38
39 シングルリードのランに必要な試薬 IEM を用いた サンプルシート の作成 SBS 試薬の セット Index read 用の試薬のセット それぞれの シーケンス反応 の開始 Single index #19: HT2 #18: Diluted HP3-3.5mls #17: HP8 or HP12 Dual-Index #19: HT2 #18: Diluted HP3-4mls #17: HP8 か HP12 #16: HP9 39
40 ペアエンドのランに必要な試薬 IEM を 用いたサンプルシート SBS 試薬のセット Index read に用いる試薬のセット Read1 と Index read sequencing Read2 に使用する試薬のセット Read2 用の SBS 試薬のセット Read2 の sequencing の作成 Single-Index #19: HT2 #18: Diluted HP3-3.5mls #17: HP8 か HP12 Dual index #19: HT2 #18: Diluted HP3-4mls #17: HP8 or HP12 #10: RMX 40
41 ペアエンドのランに必要な試薬 IEM を 用いたサンプルシート SBS 試薬のセット Index read に用いる試薬のセット Read1 と Index read sequencing Read2 に使用する試薬のセット Read2 用の SBS 試薬のセット Read2 の sequencing の作成 Single index #19: HT2 #18: Diluted HP3-3.5mls #17: HP8 or HP12 Dual-Index #19: HT2 #18: Diluted HP3-4mls #17: HP8 か HP12 #10: RMX 41
42 ペアエンドのランに必要な試薬 IEM を 用いたサンプルシート SBS 試薬のセット Index read に用いる試薬のセット Read1 と Index read sequencing Read2 に使用する試薬のセット Read2 用の SBS 試薬のセット Read2 の sequencing の作成 Single-Index RMX を含めすべての試薬をセット Dual index Prepare PE reagents except RMX 42
43 ペアエンドのランに必要な試薬 IEM を 用いたサンプルシート SBS 試薬のセット Index read に用いる試薬のセット Read1 と Index read sequencing Read2 に使用する試薬のセット Read2 用の SBS 試薬のセット Read2 の sequencing の作成 Single index Prepare RMX along with all other reagents Dual-Index RMX 以外の試薬をセット 43
44 必要な SBS 試薬 HiSeq ランの種類 サイクル数 総サイクル数 SBS Kits (200-cycle) Dual- Indexed Paired-End Dual- Indexed Single- Read SBS kits (50-cycle) (7) * 93+8+(7) * 76+8+(7) (7) (7)
45 必要な SBS 試薬 HiSeq ランの種類 サイクル数 総サイクル数 SBS Kits (200-cycle) Dual- Indexed Paired-End Dual- Indexed Single- Read SBS kits (50-cycle) (7) * 93+8+(7) * 76+8+(7) (7) (7)
46 HCS を使用しての Recipe の作成 46
47 Recipe の互換性 - GA ランの種類 Non-Indexed Single-Read Single-Indexed Single-Read Recipe GA2_151Cycle_SR_v10 GA2-PEM(2X)_MP_151+7Cycle_SR_v8.5(px)- single-indexed library GA2-PEM(2X)_MP_151+8Cycle_SR_v10(px)- dual-indexed library Dual-Indexed Single-Read Non-Indexed Paired-End Single-Indexed Paired-End GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_SR_v10(px) GA2-PEM(2X)_2x151Cycle_v10(px) GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_v8.5(px)- single-indexed library GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_v10(px)- dual-indexed library Dual-Index Paired-End GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_PE_v10(px) Single-Index ライブラリ : recipe v8.5 Index 無しのライブラリと Dual-Index ライブラリ : recipe v10 47
48 Recipe の互換性 - GA ランの種類 Non-Indexed Single-Read Single-Indexed Single-Read Recipe GA2_151Cycle_SR_v10 GA2-PEM(2X)_MP_151+7Cycle_SR_v8.5(px)- single-indexed library GA2-PEM(2X)_MP_151+8Cycle_SR_v10(px)- dual-indexed library Dual-Indexed Single-Read Non-Indexed Paired-End Single-Indexed Paired-End GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_SR_v10(px) GA2-PEM(2X)_2x151Cycle_v10(px) GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_v8.5(px)- single-indexed library GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_v10(px)- dual-indexed library Dual-Index Paired-End GA2-PEM(2X)_MP_ Cycle_PE_v10(px) Single-Index ライブラリ : recipe v8.5 Index 無しのライブラリと Dual-Index ライブラリ : recipe v10 48
49 サンプルシートの作成 - HiSeq/GA Illumina Experiment Manager (IEM; 最新版は version1.4) を使用しての サンプルシートの作成をお薦めしております. CASAVA で解析を行うためには必ずサンプルシートの作成が必要です サンプルシートが作成されていれば index 配列の情報がラン中に閲覧することが出来ます CASAVA 49
50 ソフトウェアの互換性 Platform Control software * Analysis * Sample sheet * HiSeq1000/2000 HCS1.5 CASAVA1.8.2 Illumina Experiment Manager 1.2 Genome Analyzer SCS2.10 CASAVA Illumina Experiment Manager 1.2 MiSeq MCS1.2 MiSeq Reporter 1.1 Illumina Experiment Manager 1.2 Sequencing primers # TruSeq dual Index sequencing primer kit TruSeq dual Index sequencing primer kit -- * このバージョンより新しいもの # Nextera 由来のライブラリと Single-Read TruSeq HT flow cells を使用する場合に必要 50
51 まとめ シーケンスプライマー : Nextera ライブラリ あるいは Single-Read TruSeq HT flow cell を使用の場合 : Dual-Index sequencing primer box (SR: FC ; PE: PE ) が必要 Paired-End TruSeq HT flow cell: クラスターキット内の sequencing primer を使用 装置と解析用のソフトウェアのアップデートを忘れずに Index read 用の試薬 : SBS 試薬 たとえば HiSeq で 2x100 dual index のランを行う場合には 23 cycles (8+7+8) 分を考慮して 50 cycle kits を 4 キット用意する必要が有ります レシピ (HiSeq) HCS1.5 を使用される場合は Single-Read HT2 Diluted HP3 HP8/HP12 HP9 Paired-End HT2 Diluted HP3 HP8/HP12 RMX 7 塩基のインデックス配列を読む場合には TruSeq multiplex sequencing primer box を 8 塩基のインデックス配列を読む場合には TruSeq Dual-Index sequencing primer Kit を使用する (GA) Dual-Index ライブラリを解析するには GA recipe v10 を使用する 51
52 52 MiSeq を使用される場合
53 Dual-Index シーケンスのワークフロー Nextera TruSeq Amplicon TruSeq HT P5 Index 2 Rd1 seq primer Insert Index 1 P7 Rd2 seq primer 53
54 必要な Sequencing Primer TruSeq Dual-Index Sequencing Primer Box (FC , PE ) は MiSeq を使用される場合には必要ございません! (MiSeq カートリッジに必要なプライマーがすべて入っている ) MiSeq のフローセルは Paired-End のみです そのため カートリッジには HP09(index2 プライマー ) がありません Position Reagent Name Description 12 HP10 Read 1 Primer Mix 13 HP12 Index 1 Primer Mix 14 HP11 Read 2 Primer Mix 54
55 サンプルシートの作成 Illumina Experiment Manager (IEM) を使用します MiSeq の OS である MCS (MiSeq Control Software) は ランの種類 や サイクル数 についてサンプルシートを参照する設定になっておりますので サンプルシートはすべてのランに必要になります Index 配列の入力フォーマットは CASAVA と MCS で異なるので注意 MiSeq CASAVA 55
56 MiSeq を使用する際のまとめ Dual-Index シーケンスに必要なプライマーは MiSeq のカートリッジに標準装備されています サンプルシートはそれぞれのランに対して用意します Illumina Experiment Manager (IEM; 現行 version 1.4) を使用してサンプルシートを作成します (MyIllumina からダウンロード可能 ) 56
57 57 Sequencing Primers について
58 HiSeq1000/2000 Genome Analyzer MiSeq Sequencing Primers について ( まとめ ) TruSeq HT Nextera TruSeq Amplicon MiSeq reagent kit TruSeq HT Single-Read Paired-End TruSeq Sequencing primer box for SR PE cluster kit v3 TruSeq Sequencing primer box for PE Nextera Single-Read Paired-End TruSeq Sequencing primer box for SR TruSeq Sequencing primer box for PE 58
59 よくあるご質問リスト ペアエンドフローセル ペアエンドライブラリを用いて Dual Index のシングルリードを行うことは出来ますか? Read2 のサイクル数を 0 に設定すれば可能 その場合は Index2 を解析した時点で終了します Sequencing Analysis Viewer (SAV) で Index read の結果が見られないのはなぜですか? ランを開始する前にサンプルシートが必要です SAV v1.8 以上のバージョンがインデックス情報を得るのに必要です Dual-Index シーケンシングで RMX が使用されるのはいつですか? ペアエンドのランには RMX は Index 2 (i5) Read の際に必要です Read 2 では必要ではありません 現行の TruSeq Dual-Index Primer Kit はすべての TruSeq ライブラリに対応していますか? 昔 Epicentre 社より販売されていました Nextera kit にも対応していますか? TruSeq Dual Index primer kit は Illumina Nextera primers に加えすべての TruSeq ライブラリに対応していますが 昔販売されていました Epicentre の Nextera kit には対応しておりません 59
60 Dual Indexing FAQs Dual-Index のインデックスランでも Single-Index の場合と同様に補正のための 1 サイクルが必要になりますか? No, 6 塩基 (+ 補正 1 塩基 ) の Single-Index に比べて Dual-Index は 8 塩基の配列になるので補正のサイクルが必要になりません Dual-Index シーケンシングでは通常のシーケンシングに比べてどれだけの時間がかかりますか? HiSeq で v3 SBS reagents と v3 flow cell を使用される場合 それぞれのサイクルごとに 53 分 ( 計 16 サイクル (8+8)) とペアエンドの場合はケミストリーオンリーの 7 サイクルに 2 時間かかるので 通常の HiSeq ランに比べて ~16 時間ほど必要です Illumina Dual-Index ライブラリはほかのライブラリと同一レーンで解析可能ですか? No, ですが同じフローセルで解析することは可能です その際は TruSeq Dual- Index Sequencing Primer kit を必ずご使用ください また その際は Illumina PhiX control library のスパイクインをお試しください 60
61 ご清聴ありがとうございました ご質問は でも承ります 61
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イルミナウェビナー NextSeq 500 シリーズ RNA Seq 時代到来 : NextSeq が実現する簡単 高速 安価なトランスクリプトーム解析 2014 年 9 月 16 日イルミナ株式会社シーケンシングスペシャリスト鈴木健介 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray,
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NGS をはじめよう! NextSeq500 で何ができるのか? April 10, 2015 崎川真里イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,
DNA DNA DNA DNA 0.1 1µg 2 2 PCR
2010 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, Solexa, Making Sense Out of Life, Oligator, Sentrix, GoldenGate, GoldenGate Indexing, DASL, BeadArray, Array of Arrays, Infinium, BeadXpress,
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2014 年 11 月 14 日サポートウェビナー NextSeq 500 から得られる データの FASTQ 変換 - bcl2fastq バージョン 2 ほか イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2013 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, IlluminaDx,
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FFPE サンプルを用いたシーケンス November 6, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio, Eco,
BaseSpace
BaseSpace - genomics cloud computing - ベーススペースの使いかた イルミナテクニカルサポート癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, Eco, Genetic
MiSeqのランのセットアップ時・開始時 に起こるトラブルの対処方法
イルミナソフトウェアを用いた NGS データの解析におけるヒント Dec 4, 2015 渡邊大イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,
予算申請ウェビナー ウイルス、微生物編
予算申請ウェビナーウイルス 微生物編 イルミナ株式会社マーケティング本部 プロダクトマーケティング部 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre,
Microsoft PowerPoint - Takafumi-webinar_Illuminas_16S_r2
NGSの新たな利用法 :16S rrnaメタゲノム解析のポイントプロトコールのご紹介 May 9, 2014 小林孝史イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL,
GWAS GWAS GWAS 2 GWAS
GWAS GWAS GWAS GWAS 2 GWAS Chapter 1 05 HapMap 06 GWAS 07 The Missing Heritability 08 Chapter 2 1000 11 SNP 12 Chapter 3 GWAS Omni 15 GWAS 16 18 19 Chapter 4 21 22 23 3 Chapter 1 2000 6 10 Celera Genomics
BaseSpaceで達成するSmall RNA発現解析
BaseSpace で達成する Small RNA 発現解析 March 28, 2016 寺倉伸治イルミナ株式会社アプリケーションコンサルタント 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip,
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NGS をはじめよう! Nextera Rapid Capture エクソームキットを用いたエクソームシーケンス - ウェット編 - April 24, 2015 米田瑞穂イルミナ株式会社テクニカルサポート部テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray,
: Genome Analyzer.99 1 SNP Genome Analyzer 1 RNA ID mrna mrna mrna-seq 3 mrna-seqpcr mrna-seq mrna-seq 3: mrna-seq mrna-seq RNA 1 poly-a RNA RNA cdna
DATASHEET: ILLUMINA RNA ANALYSIS mrna-seqsmall RNA RNA Genome Analyzer csnp mrna Genome Analyzer 1 mrna 1 mrna-seq poly-a 3 Small RNA Small RNA RNA 1: Application Technology Product MRNA-SEQ Discovery
mRNA-Seq_SamplePrep.book
mrna Sequencing Sample Preparation Guide Topics 3 Introduction 4 RNA Input Recommendations 6 mrna-seq Sample Preparation Kit Contents 8 User-Supplied Consumables and Equipment 9 Purify the mrna 12 Fragment
16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS
研究用 16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS 説明書 v201705da 本製品は イルミナ社 MiSeq で 16S rrna 細菌叢解析を行うための PCR 増幅キットです 細菌 16S rrna 遺伝子の V3-V4 領域を対象とし PCR 酵素に 多様な配列を効率よく増幅可能な Tks Gflex DNA Polymerase
本日の内容 イントロダクション アダプタートリミング smallrna 例含 クオリティトリミングダウンサンプリングリードの結合手元のFASTQをトリミングするには 2
2015 年 9 月 4 日イルミナサポートウェビナー 解析に適したリード前処理を行うために イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) BaseSpace アプリ : FASTQ toolkit /smallrna/ FASTQC 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx,
NGS_KAPA RNA HyperPrep Kit
シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq
シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会
シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
進化したNextera DNA Flex を用いたライブラリー調製
進化した Nextera DNA Flex を用いたライブラリー調製 フィールドアプリケーションサイエンティスト大出明 2018/10/31 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip,
Adobe Acrobat DC 製品比較表
X X Adobe, the Adobe logo, Acrobat, the Adobe PDF logo, Creative Cloud, and Reader are either registered trademarks or trademarks of Adobe Systems Incorporated in the United States and/or other countries.
iSeq™100 シーケンスシステムのご紹介
iseq 100 シーケンスシステムのご紹介あらゆるラボにフィットする迅速で効率的な低スループットシーケンスを実現するイルミナの最新ソリューション イルミナ株式会社技術営業部小林孝史イルミナ株式会社セグメントマーケティング部藤原鈴子 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. 本日の内容 ラボの課題において iseq 100 システムが提供する解決法 iseq
IonTorrentPGM_appnote_0319.indd
Ion PGM Heterogeneity * 1 * 1 * 2 * 2 * 2 * 2 * 2 * 1 *1 * 2 DNA DNA DNA ArcturusXT LCM Laser Capture Microdissection LCM A Workflow for Cancer Profiling Applied Biosystems ViiA7 PCR qpcr QC Assay Ion
CycleavePCR™ Library Quantification Kit (for Illumina)
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RNA-Seq をはじめようライブラリー調製編絶対に失敗しないライブラリー調製 フィールドアプリケーションサイエンティスト仲健太 2018/2/28 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro, CytoChip,
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2019 6 3 10 31 384 16, 24 8 12 16 24 96 > M > Xplorer & Xplorer plus > epmotion 96 2 384 - / - 16-, 24-384 NEW NEW 384 > 1 > 1 > 16-, 24-96 96 384 Workflow Complete Solutions from Eppendorf 384 384-well
CycleavePCR® 呼吸器系感染症起因ウイルス検出キット Ver.2（製品コード CY216） 補足
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Cycleave®PCR 呼吸器系感染症起因菌検出キットVer.2（製品コード CY214） 補足
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GeneArt Primer and Construct Design Tool: GeneArt Seamless Cloning and Assembly Kit 編 released 11//01 1 The world leader in serving science 目次 キットの種類と特徴 GeneArt Primer and Construct Design Tool のご使用方法
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2008 EA Digital Illusions CE AB. Mirror's Edge and the DICE logo are trademarks or registered trademarks of EA Digital Illusions CE AB. All Rights Reserved. EA and the EA logo are trademarks or registered
30 OFF Ion Torrent Ion Torrent Ion AmpliSeq Ion Chip Ion 314 Chip Kit v2 BC 8 pack , ,000 Ion 316 Chip Kit v2 BC 8 pack
Applied Biosystems / Ion Torrent 2017 DNA 20 OFF DNA BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit 100 4337455 154,000 123,200 1,000 4337456 1,232,000 985,600 BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit
■リアルタイムPCR実践編
リアルタイム PCR 実践編 - SYBR Green I によるリアルタイム RT-PCR - 1. プライマー設計 (1)Perfect Real Time サポートシステムを利用し 設計済みのものを購入する ヒト マウス ラットの RefSeq 配列の大部分については Perfect Real Time サポートシステムが利用できます 目的の遺伝子を検索して購入してください (2) カスタム設計サービスを利用する
steponeplus_bro_f-1124.indd
PCR StepOnePlus /StepOne PCR PCR PCR StepOnePlus StepOne PCR PCR Features At A Glance StepOne StepOnePlus / 48 96 FAM /SYBR Green dyes VIC /JOE dyes ROX dyes 1. NED /TAMRA dyes VeriFlex Block StepOnePlus
初心者にもできるアメブロカスタマイズ新2016.pages
Copyright All Rights Reserved. 41 Copyright All Rights Reserved. 60 68 70 6 78 80 Copyright All Rights Reserved. FC2 97 Copyright All Rights Reserved. Copyright All Rights Reserved. Copyright All Rights
AriaMx PCR AriaMx PCR PCR AriaMx PCR 0.2 ml 96 6 PCR Ct SYBR Green I PCR Tm TaqMan PCR DNA HRM TaqMan AriaMx 8 Multiple Experiment Analysis PDF RDML P
AriaMx PCR See Deeper. Reach Further. AriaMx PCR AriaMx PCR PCR AriaMx PCR 0.2 ml 96 6 PCR Ct SYBR Green I PCR Tm TaqMan PCR DNA HRM TaqMan AriaMx 8 Multiple Experiment Analysis PDF RDML PCR ROX Rn MIQE
リード・ゲノム・アノテーションインポート
リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です
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Oncology Breakthrough ウェビナーシリーズ - 3 がん研究者のための FFPE サンプルからの変異解析 イルミナ株式会社マーケティング本部 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,
展開とプロビジョニングの概念
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AmpliSeq for Illumina
AmpliSeq for Illumina 迅速 シンプルかつ堅牢なターゲットリシーケンシングソリューション イルミナ株式会社セグメントマーケティング部 January, 2018 1 2018 Illumina, Inc.All rights reserved. QB# 5553 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の概要 AmpliSeq for Illumina の利点と性能
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Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009
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SUBJECT: Applied Biosystems Data Collection Software v2.0 v3.0 Windows 2000 OS : 30 45 Cancel Data Collection - Applied Biosystems Sequencing Analysis Software v5.2 - Applied Biosystems SeqScape Software
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次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析
次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン
TruSeq Nano DNA Libary Prep Reference Guide
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ダウンロード方法 アルテラのソフトウェアをインストールするためのダウンロード ファイルには以下の種類が あります.tar フォーマットのソフトウェアとデバイス ファイルがバンドルされたセット ダウンロードとインストールをカスタマイズするための個別の実行ファイル ディスクに焼いて他の場所にインストール
Quartus II ソフトウェア ダウンロードおよびインストール クイック スタート ガイド 2014 Altera Corporation. All rights reserved. ALTERA, ARRIA, CYCLONE, HARDCOPY, MAX, MEGACORE, NIOS, QUARTUS and STRATIX words and logos are trademarks of
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2015 9 1 12 25 Take Good Care of Your Cells! Eppendorf Advantage > 5427 R, 5430 R > 5804 R, 5810 R > epmotion > PCR nexus 25% OFF 25% OFF 25% OFF 30% OFF 2 5427 R, 5430 R 5427 R 25%OFF! 5427 R > 32 cm,
ダウンロード方法アルテラのソフトウェアをインストールするためのダウンロード ファイルには以下の種類があります.tar フォーマットのソフトウェアとデバイス ファイルの完全なセット ダウンロードとインストールをカスタマイズするための個別の実行ファイル ディスクに焼いて他の場所にインストールするための
Quartus II ソフトウェア ダウンロードおよびインストール クイック スタート ガイド 2013 Altera Corporation. All rights reserved. ALTERA, ARRIA, CYCLONE, HARDCOPY, MAX, MEGACORE, NIOS, QUARTUS and STRATIX words and logos are trademarks of
ダウンロード方法 アルテラのソフトウェアをインストールするためのダウンロード ファイルには以下の種類があります.tar フォーマットのソフトウェアとデバイス ファイルがバンドルされたセット ダウンロードとインストールをカスタマイズするための個別の実行ファイル ディスクに焼いて他の場所にインストールす
Quartus Prime ソフトウェア ダウンロードおよびインストール クイック スタート ガイド 2015 Altera Corporation. All rights reserved. ALTERA, ARRIA, CYCLONE, ENPIRION, MAX, MEGACORE, NIOS, QUARTUS and STRATIX words and logos are trademarks
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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合
Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2
研究用 Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2 説明書 v201510da マルチプレックス PCR は 一つの PCR 反応系に複数のプライマー対を同時に使用することで 複数の遺伝子領域を同時に増幅する方法です マルチプレックス PCR を行うことで 試薬や機材の節約による経済性 同時検出による迅速性でのメリットに加え 貴重なサンプルの有効利用も可能です 本キットは高速にプライミングする酵素とプライマーのアニーリングの特異性を極限まで高めた反応液組成とを組み合わせたマルチプレックス
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プリント
2011.10 0570-016868 PHSIP 06-7634-9100 http://www2.acer.co.jp/support/ acer notebook New Series Acer Intel 160-00236-24-118F18F URL http://www.acer.co.jp/ Acer Inc. Acer Inc.2PC2010 3Gartner Dataquest
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Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介 次世代シーケンシングの問題点を解決 次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする 大量の不要データ 例えば DNA-Seq
Microsoft Word - quick_start_guide_16 1_ja.docx
Quartus Prime ソフトウェア ダウンロードおよびインストール クイック スタート ガイド 2016 Intel Corporation. All rights reserved. Intel, the Intel logo, Intel FPGA, Arria, Cyclone, Enpirion, MAX, Megacore, NIOS, Quartus and Stratix words
BKL Kit (Blunting Kination Ligation Kit)
製品コード 6126/6127 BKL Kit (Blunting Kination Ligation Kit) 説明書 PCR 産物を平滑末端ベクターにクローニングする場合 使用するポリメラーゼ酵素の種類により 3' 末端に余分に付加された塩基を除去し さらに 5' 末端をリン酸化する必要があります 本製品は これらの一連の反応を簡便に短時間に行うためのキットです PCR 産物の末端平滑化とリン酸化を同時に行うことにより
ベース0516.indd
QlikView QlikView 2012 2 qlikview.com Business Discovery QlikTech QlikView QlikView QlikView QlikView 1 QlikView Server QlikTech QlikView Scaling Up vs. Scaling Out in a QlikView Environment 2 QlikView
19 3 15 18 4 1 19 3 31 6460 2% 27% 3,316 130 1.6 ROA* 1.2 3.9% 0.6% * ROA 1,014 4% 134 13% 2,196 6% 98 34% 105 6% 24 1 SEGA SAMMY HOLDINGS INC. / NSP 01, YRB-3 Sammy 3 Game Developers Choice Awards 19
SonicWALL SSL-VPN 4000 導入ガイド
COMPREHENSIVE INTERNET SECURITY SonicWALL セキュリティ装置 SonicWALL SSL-VPN 4000 導入ガイド 1 2 3 4 5 6 7 8 9-1 2 - 3 1 4 - 5 2 1. 2. 3 6 3 1. 2. 3. 4. 5. - 7 4 4 8 1. 2. 3. 4. 1. 2. 3. 4. 5. - 9 6. 7. 1. 2. 3. 1.
東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプ
東京医科歯科大学医歯学研究支援センター illumina Genome Analyzer IIx 利用基準 平成 23 年 10 月 1 日医歯学研究支援センター長制定 ( 趣旨 ) 第 1 条次世代型シークエンサーはヒトを含むあらゆる生物種の全ゲノム配列の決定 全エキソンの変異解析 トランスクリプトーム解析など様々な解析に応用されており 本学の研究者にとってもその利用の要望が高まってきている 本学医歯学研究支援センターに設置された次世代型シークエンサー
170508_Falcon16ｐ日本語版【5校】.indd
Falcon Falcon Falcon 0 Falcon SECTION 01: TUBES Falcon Falcon Falcon Falcon 1mL / 0mL Falcon Falcon Falcon 0mL 1,000 RCF -0 0 0 0 ml Falcon Falcon 1..0 USP Falcon ISO001:00 ISO 0 Falcon x mm ml µm SECTION
疾患関連遺伝子の long-range PCR Nextera解析2.pptx
イルミナウェビナー 2013 年年 6 月 19 日 疾患関連遺伝 子の long- range PCR Nextera 解析 国 立立遺伝学研究所 人類遺伝研究部 門 細道 一善 本 Webinar について 比較的 手軽な次世代シーケンサーの使い 方 数 十kb 程度度の領領域 ( 遺伝 子 ) をシーケンスしたい 数 十検体のシーケンスをしたい PCR 産物をクローニングしてシーケンスするような解析
Type-it Mutation Detect PCR プロトコールとトラブルシューティング (2301449 11/2008)
June 2008 Type-it Mutation Detect PCR PCR SNPs 2 3 QIAxcel Agilent 2100 Bioanalyzer 8 13 17 Sample & Assay Technologies MSDS material safety data sheet Operon Biotechnologies www.operon.com TE 100 µm 20
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研究用 DNA Fragmentation Kit 説明書 v201712da 本製品は 超音波破砕装置などの特殊な装置を使用せず 酵素処理によってゲノム DNA 等の長鎖 DNA をランダムに断片化し さらに平滑化するためのキットです 平滑化した断片はそのまま平滑末端ベクターに組み込むことができます また 平滑化を必要としない場合は 断片化までで反応を止めることもできます メチル化 DNA 濃縮や高速シーケンス解析のための前処理にも
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