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1 C Stensaas, L.J.J. Comp. Neurol.,,. Rakic, P.J. Comp. Neurol.,,. Kawauchi, T. & Hoshino, M.Dev. Neurosci.,,. Kawauchi, T., Chihama, K., Nabeshima, Y., & Hoshino, M. EMBO J.,,. Kawauchi, T., Chihama, K., Nabeshima, Y., & Hoshino, M. Nat. Cell Biol.,,. Itoh, Y., Masuyama, N., Nakayama, K., Nakayama, K.I., & Gotoh, Y.J. Biol. Chem.,,. Kotake, Y., Nakayama, K., Ishida, N., & Nakayama, K.I. J. Biol. Chem.,,. Besson, A., Gurian-West, M., Schmidt, A., Hall, A., & Roberts, J.M.Genes Dev.,,. Nguyen, L., Besson, A., Heng, J.I., Schuurmans, C., Teboul, L., Parras, C., Philpott, A., Roberts, J.M., & Guillemot, F. Genes Dev.,,. Ohshima, T., Hirasawa, M., Tabata, H., Mutoh, T., Adachi, T., Suzuki, H., Saruta, K., Iwasato, T., Itohara, S., Hashimoto, M., Nakajima, K., Ogawa, M., Kulkarni, A.B., & Mikoshiba, K. Development,,. Nishimura, Y.V., Sekine, K., Chihama, K., Nakajima, K., Hoshino, M., Nabeshima, Y., & Kawauchi, T.J. Biol. Chem.,,. Gdalyahu, A., Ghosh, I., Levy, T., Sapir, T., Sapoznik, S., Fishler, Y., Azoulai, D., & Reiner, O.EMBO J.,,. Kawauchi, T., Chihama, K., Nishimura, Y.V., Nabeshima, Y., & Hoshino, M.Biochem. Biophys. Res. Commun.,,. Kawauchi, T., Sekine, K., Shikanai, M., Chihama, K., Tomita, K., Kubo, K., Nakajima, K., Nabeshima, Y., & Hoshino, M. Neuron,,. Shikanai, M., Nakajima, K., & Kawauchi, T.Commun. Integr. Biol.,, in press. Kawauchi, T.Small GTPases,,. JST The in vivo cell biology of cortical neuronal migration and morphological changes Takeshi Kawauchi Department of Anatomy, Keio University School of Medicine, Shinanomachi, Shinjuku-ku, Tokyo, Japan; PRESTO, JST DNA MS MS MS LC-MS MS Hunt LC MS MHC MS collisioninduced dissociation, CID C-N

2 N b- C y- MS CID MS MS MS MS MS MS MS MS LC LC MS LC µm LC MS LC LC MS MS ESI LC ESI MS ESI ESI nl min µm cm LC MS ESI LC- MS MS LC-MS

3 µm µm µm LC-MS LC-MS MS SDS-PAGE HILIC MS SDS-PAGE MS mg LC-MS LC-MS LC-MS LC LC LC-MS

4 4 1 6 生化学 第8 3巻 第5号 することから 試料間の定量的な比較を行う上でも有利で あると考えられる 実際 同一試料を用いて従来の粒子充 填剤型カラムを用いた測定と比較してみると ピーク面積 で約5倍 ダイナミックレンジで約70倍向上しており LC 分離を改善し 試料の複雑性が及ぼす影響を減弱させ ることでイオン化抑制効果の影響が弱くなり 結果として 同定数の大幅増加という効果が現れたと思われる 多次元 化の方向にのみ進んでいたショットガンプロテオミクスの 技術開発に新たな方向性を示す方法であると考えている 5 機能プロテオミクス リン酸化プロテオミクスの例 ゲノミクスとは異なり プロテオミクスにおいては た だタンパク質のアミノ酸配列を読めばよいということでは なく タンパク質が いつ どこに どれくらい どのよ うな修飾を受けて どの分子と複合体を作って存在し 細 胞のどのような機能を担っているかを調べることがゴール となる このような機能プロテオミクスを行う上では 見 たいものにある程度フォーカスして試料調製を行うことが 必要である たとえばタンパク質リン酸化などの翻訳後修 飾は ただ細胞を破砕してショットガンプロテオミクスを 図2 3 5m 長モノリスカラムを用いたナノ LC-MS システム 右上図はモノリスカラム 1 0 0µm 径 の断面拡大図 図3 大腸菌発現プロテオームの一斉解析 試料 大腸菌細胞破砕タンパク質 4µg みにれびゆう 行うだけでは検出することは困難である したがって リ

5 UniProt LC-MS HAMMOC hydroxy acid modified metal oxide chromatography HAMMOC HeLa HAMMOC HeLa LC-MS HAMMOC LC LC LC-MS selected reaction monitoring, SRM SRM Human Proteome Project MS MS technology-driven science Hunt, D.F., Henderson, R.A., Shabanowitz, J., Sakaguchi, K., Michel, H., Sevilir, N., Cox, A.L., Appella, E., & Engelhard, V.H.Science,,. Roepstorff, P. & Fohlman, J.Biomed. Mass Spectrom.,,. Takeuchi, T. & Ishii, D.J. Chromatogr.,,. Yang, F.J.J. Chromatogr.,,. Ito, Y., Takeuchi, T., Ishii, D., & Goto, M.J. Chromatogr.,,. Henzel, W.J., Bourell, J.H., & Stults, J.T.Anal. Biochem.,. Yamashita,M.&Fenn,J.B.J. Phys. Chem.,,. Emmett, M.R. & Caprioli, R.M.J. Am. Soc. Mass Spectrom.,,. Wilm,M.&Mann,M.Anal. Chem.,,. Ishihama, Y., Rappsilber, J., Andersen, J.S., & Mann, M. J. Chromatogr. A,,. de Godoy, L.M., Olsen, J.V., Cox, J., Nielsen, M.L., Hubner, N.C., Frohlich, F., Walther, T.C., & Mann, M.Nature,,. Miyamoto, K., Hara, T., Kobayashi, H., Morisaka, H., Tokuda, D., Horie, K., Koduki, K., Makino, S., Nunez, O., Yang, C., Kawabe, T., Ikegami, T., Takubo, H., Ishihama, Y., & Tanaka, N.Anal. Chem.,,. Iwasaki,M.,Miwa,S.,Ikegami,T.,Tomita,M.,Tanaka,N.,&

6 Ishihama, Y.Anal. Chem.,,. Sugiyama, N., Masuda, T., Shinoda, K., Nakamura, A., Tomita, M., & Ishihama, Y.Mol. Cell. Proteomics.,,. Picotti, P., Bodenmiller, B., Mueller, L.N., Domon, B., & Aebersold, R.Cell,,. New trends in shotgun proteomics Yasushi Ishihama Graduate School of Pharmaceutical Sciences, Kyoto University, Kyoto, Japan

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