フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1
紹介項目 Golden Helix 企業概要 Golden Helix 社製ソフトウェア VarSeqイントロダクション VarSeq 操作画面 デモンストレーション ライセンスタイプ 価格 デモライセンス 2
Golden Helix 企業概要 アメリカのモンタナ州にて1998 年に設立 遺伝子解析のリーダー的企業 遺伝子解析ソフトウェアおよび解析サービスを提供 世界中に数百の大学 政府研究機関などのクライアントを保有 戦略的パートナー Harvard School of Public Health Affymetrix Gene Chip Compatible Illumina iconnect Charter Partner Agilent Glaxo Smith Kline GeneGo 3
Golden Helix 社製ソフトウェア SNP & Variation Suite 遺伝統計学解析用ソフトウェア SNP/ CNVアレイやNGSデータ GWAS 解析やCNV 解析 RNA-Seq 解析 Rare Variant 関連解析のサポート VarSeq 2014 年末にリリース バリアント解析用ソフトウェア NGSデータからコールしたバリアントデータ Rare Variantの同定 Gene Panelのバリアントを迅速に評価 4
VarSeq イントロダクション 優れたデータ処理能力 : クラウドコンピューティングを利用せず ローカルマシンで解析 使い易いインターフェイス : 直観的に使用可能なデザイン レイアウトも自在にカスタマイズ マルチサンプル解析をサポート : 複数のサンプルを一括してインポートして解析 ワークフロー形式による解析 : ストレートにバリアントを抽出 自由にカスタマイズ ワークフローテンプレートを標準搭載 : データをインポートするだけで結果を取得 編集してカスタムテンプレートを簡単作成 豊富なゲノミックビルド & アノテーション : 多くの生物種をサポート カスタムデータも利用可能 GenomeBrowseを内蔵 : マッピングデータ (BAMファイル) の表示 その他さまざまなプロットの表示 5
VarSeq: Gene Panel 解析 Gene Panel 解析 Cancer Panelを含む 多数のGene Panelをサポート 複数サンプルによって膨大になったデータも一度にインポートし ローカルマシンで解析 ターゲット領域のカバレッジやシークエンスクオリティの検証 COSMICなど多彩なアノテーションの追加 カスタムリストをインポートしてリスト中の遺伝子のピックアップ 6
VarSeq: Rare Variant 解析 Rare Variant 解析 NGSデータセット中のhigh impactなバリアントを同定 膨大なWhole exome/ whole genomeデータをローカルマシンで解析 多種多様なアノテーションの追加 Variant classificationやinheritance affectionに基づくフィルタリング フィルタリングはワークフローに従ってオートマチックに実行 7
VarSeq 操作画面 8
VarSeq 新規プロジェクトの作成 既存プロジェクトの再開 9
VarSeq: New Project Creation ワークフローの選択 : - ワークフローテンプレート - カスタムワークフローテンプレート Emptyプロジェクトの選択 Genome Assembly の選択 プロジェクト名の入力 プロジェクト保存先の指定 10
VarSeq: Genome Assembly Genome Assembly 生物種一覧 Anopheles gambiea PEST Heterocephalus glaber Anopheles S Pimperena Homo Sapiens Arabidopsis thaliana Leishmania infantum JPCMS Bos taurus Macaca mulatta Brassica rapa Mus musculus Caenorhabitis elegans Mycobacterium tuberculosis H37Rv Canis familiaris Nomascus leucogenys Capra hircus Oncorhynchus mykiss Capsicum annuum Oryza sativa Carica papaya Prunus persica Citrullus lanatus Rattus norvegicus Cricetulus griseus Setaria italica Danio rerio Solanum lycopersicum Drosophila melanogaster Solanum tuberosum Equus caballus Sorghum bicolor Eucalyptus grandis Staphylococcus aureus N315 Felis catus Staphylococcus aureus USA 300 FPR3757 Glycine max Sus scrofa Gossypium raimondii Vicugna pacos Gullus gullus Zea mays 上記リスト以外にも パブリックデータベースから取得した生物種のアセンブリを作成することも可能 11
VarSeq: VCF Import or VCF ファイルは Import VCF Files ボタンまたは Import アイコンをクリックするだけで開始 12
VarSeq: Manage Data Source 解析に使用するアノテーションやゲノムアセンブリの管理ツールを用意 13
VarSeq: Manage Data Source Public Annotation 例 AceViewGenes 2007-07-03, AceView CCDS Genes 15, UCSC COSMIC Genes v67, COSMIC Ensembl Genes 76, Ensembl GenBank Genes 2014-02-25, NCBI Genes 2009-06-03, MSU Genes 2011-11-08, TriTrypDB Genes 2014-05-25, Phytozome NCBI Genes 2013-09-24, NCBI OMIM Genes 2010-10-27, UCSC RefSeq Genes 106, NCBI RefSeq Genes 47, UCSC 1kG Phase3 CNVs and Large Variants 5, GHI 1kG Phase3 Variant Frequencies 5, GHI 1kG Pilot All Low Coverage Sites 2010_07, GHI ClinVar 2015-01-06, NCBI ClinVar CNVs and Large Variants 2015-01-09, NCBI ClinVitae 2014-02-09, Invitae dbnsfp Functional Predictions 2.8, GHI dbsnp 137, UCSC dbsnp 142, NCBI dbsnp Common 137, UCSC dbsnp Common 141, NCBI DGV Variants 2013-07-23, DGV ExAC VEP Annotations 0.2, BROAD GWAS Catalog 2014-06-24, UCSC NHLBI ESP6500SI-V2 Exomes Variant Frequencies 0.0.19, GHI SIFT Prediction for SNVs 2011-01-1-, JCVI PolyPhen2 dbsnp131, UCSC...etc 14
VarSeq: Convert Data Source Text Files BED Files FASTA Files 2Bit Files VCF Fixed Step WIG BigBed, BigWig GTF Files IDF/TSF Files...etc Gene Panel の BED ファイルや 自身で作成したカスタムアノテーションを取り込むことが可能 15
VarSeq: Project View Filter Chain GenomeBrowse Table Detail 16
VarSeq: Filter Chain Filter Chain 画面ではフィルタリング項目が表示 フィルタリングは Filter Chain に従って実行 フィルタリングは自由に追加 並べ替えが可能 フィルタリングの条件を柔軟に編集 編集ごとに リアルタイムで結果がアップデート フィルタリング結果は一目で把握可能 フィルタリング項目はテーブルデータに基づく 17
VarSeq: Table Table 画面ではバリアントのテーブルデータが表示 テーブルデータには様々なアノテーションを追加することが可能 18
VarSeq: Add Annotation Annotate Algorithms: Annotate Regions Match Gene List Genotype Algorithms: Compound Heterozygous Variants and Regions Genotype Zygosity Cohort Algorithms: Allele Counts Data Transformation Algorithms: Compare Fields Data Transformation Variant Type アノテーションは Data Manage Source から選択して追加 Algotrithm 機能により テーブルデータに含まれる情報から新たなアノテーションを追加 19
VarSeq: Add Annotation Annotation アノテーションカラムは自由に並び替えたり 表示 非表示に設定したりすることが可能 20
VarSeq: Add Annotation アノテーションによってはデータベースへのハイパーリンクが付けられている 21
VarSeq: Detail Detail 画面ではバリアントの詳細な情報やヒストグラムを確認 22
VarSeq: GenomeBrowse GenomeBrowse 画面では BAM データなどのプロットを表示 23
VarSeq: Export テーブルデータは VCF 形式 エクセル形式 テキスト形式でエクスポート 24
VarSeq: Export エクセル形式でのエクスポートではアノテーションのハイパーリンクが追加される 25
VarSeq: Workflow Template Creation プロジェクトからワークフローのテンプレートを作成 New Project のワークフローテンプレートから利用可能 26
VarSeq: Exome Trio Template 27
VarSeq: Cancer Gene Panel Starter Template 28
VarSeq: Hereditary Gene Panel Starter Template 29
VarSeq デモンストレーション ~ 変異の絞り込み ~ 30
VarSeq VCF ファイルのインポート 低クオリティバリアントの除外 以下の条件を全て満たす変異 アレル頻度 1% 未満 dbsnp 未登録 Non-synonymous SIFT score < 0.05 各種アノテーションの付与 アノテーションに基づくフィルタリング 1000 Genome Project dbsnp SIFT Prediction 解析結果のエクスポート プロジェクトの保存 ( ワークフローテンプレートの作成 ) アレル頻度 1% 以上の変異の除外 dbsnpに登録済みの変異の除外 Synonymous 変異の除外 SIFT score 0.05 以上の変異の除外 31
VarSeq: Create Project 32
VarSeq: VCF Import 33
VarSeq: VCF Import 34
VarSeq 35
VarSeq 36
VarSeq 37
VarSeq 38
VarSeq 39
VarSeq Annotation 40
VarSeq 41
VarSeq 42
VarSeq 43
VarSeq 44
VarSeq: GenomeBrowse 45
VarSeq: Table Export 46
VarSeq: Workflow Template Creation 47
VarSeq デモライセンス VarSeq にはデモライセンスが用意されています 是非一度 実際にお試しください デモ版ダウンロードリンク : http://goldenhelix.com /VarSeq /forms /varseq_evaluation.html VarSeqは今回ご紹介した以外にも多数の機能を搭載しています ご興味のある方は以下の弊社ホームページ またはGolden Helix 社ホームページをご覧ください Filgen: http://www.filgen.jp /Product/Bioscience4/goldenhelix/index2.html Golden Helix: http://www.goldenhelix.com/index.html 48