Protein Paintbox IP free IP フリー ( 利用制限なし ) の蛍光および発色性タンパク質! DNA2.0(DNA) 社が所有する IP フリーのオワンクラゲに由来しない蛍光および発色性タンパク質は PCR 増幅制限酵素を用いた切り出しまたは他の発現ベクターへのクローニン

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1 Protein Paintbox

2 Protein Paintbox IP free IP フリー ( 利用制限なし ) の蛍光および発色性タンパク質! DNA2.0(DNA) 社が所有する IP フリーのオワンクラゲに由来しない蛍光および発色性タンパク質は PCR 増幅制限酵素を用いた切り出しまたは他の発現ベクターへのクローニングなどコントロール用タンパク質コード配列 ( 遺伝子 ) として理想的ですこれらのベクターは発現ベクターやポジティブコントロールとしてタンパク質誘導のモニタリングにもご利用頂けます特徴 E. coli Mammalian Pichia S. cerevisae 蛍光タンパク質 CFP, GFP, OFP, RFP, YFP CFP, GFP, OFP, RFP CFP, GFP, OFP, RFP CFP, GFP, OFP, RFP 発色性タンパク質水色シアン橙桃色なし水色シアン橙桃色シアン桃色紫紫青紫青緑紫プロモータ T5 EF1 α, CMV AOX1 TEF 発色性タンパク質色素名分子量 (kda) Maturation at 37 細胞毒性 Blitzen Blue 26 Fast なし Dreidel Teal 26.5 Virginia Violet 26.1 Vixen Purple 26.4 Prancer Purple 26.4 Tinsel Purple 26.4 Maccabee Purple 26.4 Donner Magenta 26.4 Cupid Pink 26.6 Laila Pink 24.9 Lucia Pink 26 Seraphina Pink 25.4 Medium Scrooge Orange 25.3 Leor Orange 25.2 図 1. ベクターマップ

蛍光タンパク質蛍光名 Ex. max (nm) Em. max (nm) 分子量 Maturation at 37 細胞毒性 CindyLouCFP 400 495 26 Fast なし FrostyCFP 400 495 26.5 TwinkleCFP 400 495 26.1 FezziwigYFP 520 540 26.4 MarleyYFP 520 538 26.

3 蛍光タンパク質蛍光名 Ex. max (nm) Em. max (nm) 分子量 Maturation at 37 細胞毒性 CindyLouCFP Fast なし FrostyCFP TwinkleCFP FezziwigYFP MarleyYFP CratchitYFP KringleYFP CometGFP DasherGFP IvyGFP HollyGFP YukonOFP Medium RudolphRFP TannenRFP 図 2. 蛍光 Protein Paintbox TM の励起と発光スペクトル図 3. ベクターマップ

4 蛍光タンパク質検証実験データ検証データ 1: 宿主 :E-coli 単一 E.coli 株における KringleYPE と ClindyLouCFP の二重発現ラムノース誘導型プロモータに制御された KeingleYFP ( 黄色蛍光タンパク質 ) と T5 プロモータに制御された CindyLouCFP( シアン蛍光タンパク質 ) を単一株に同時に形質転換する 2 種のベクターシステムからの KringleYFP と CyanCFP のオルソゴナルな発現を示した 2 つの pdaughter ベクターへの YFP と CFP のクローニング :rham_yfp と T5_CFP 単一株内での YFP と CFP のオルソゴナルな発現干渉なし : 独占的な発現ラムノースによる制御可能な誘導 Rham と T5 プロモータからの同等の発現図 4. 単一 E.coli 株における KringleYPE と ClindyLouCFP の二重発現検証データ 2: 宿主 : 哺乳動物細胞 piggybac IRES を用いた HEK293 細胞における CometGFP と RudolphRFP のバイシストロニックな発現 Phase contract RFP(96157 filter) GFP(96170 filter) Overlay 100X 図 5. RudolphRFP と CometGFP を HEK293 細胞内で同時発現重ね合わせた図では黄色に見える Phase contract GFP(nuclear)96170 RFP(cytoplasmic)96157 Overlay 100X 図 6. 2A を用いた HEK293 細胞における CometGFP と RudolphRFP のバイシストロニックな発現 CometGFP は核局在性シグナルをもつため核内に移行する RudolphRFP は細胞質の caax シグナルをもち細胞質内で発現する GFP の核内局在化 ( 緑色 ) と RFP の細胞質局在化 ( 赤色緑色の核を包囲 ) が観察でき 2 種の蛍光タンパク質の分離が確認できた

Protein Paintbox の開発蛍光および発色性のタンパク質は遺伝子導入システムのレポータからバイオセンサまで様々な研究目的に有用なツールですしかしながら明るさ周波数域の特性オリゴマーの状態環境条件への感受性といったタンパク質の特性だけでなく膨大な知的所有権のもつれにより蛍光 / 発色性タンパク質の選択肢が狭まっているのが現状でした DNA 社では Genbank

coli コドンバイアスを一致させ再翻訳し各遺伝子を断片化して生成できるようオリゴをデザイン発色 / 蛍光を示す新規タンパク質群を大量に構築しましたプールした際にキメラ遺伝子が構築できるよう遺伝子断片をデザインし結果として生じたキメラのうち繰返し作製したライブラリーにおいて標的基質を含むものを基本遺伝子として抽出しましたバリアントにおけるスペクトルおよび配列データ確認も行い

5 Protein Paintbox の開発蛍光および発色性のタンパク質は遺伝子導入システムのレポータからバイオセンサまで様々な研究目的に有用なツールですしかしながら明るさ周波数域の特性オリゴマーの状態環境条件への感受性といったタンパク質の特性だけでなく膨大な知的所有権のもつれにより蛍光 / 発色性タンパク質の選択肢が狭まっているのが現状でした DNA 社では Genbank より得た配列情報について配列相違性を最小化するとともにタンパク質の高発現を目指し GeneDesigner ソフトを用いて GeneGPS 由来の E.coli コドンバイアスを一致させ再翻訳し各遺伝子を断片化して生成できるようオリゴをデザイン発色 / 蛍光を示す新規タンパク質群を大量に構築しましたプールした際にキメラ遺伝子が構築できるよう遺伝子断片をデザインし結果として生じたキメラのうち繰返し作製したライブラリーにおいて標的基質を含むものを基本遺伝子として抽出しましたバリアントにおけるスペクトルおよび配列データ確認も行いバリアント間での相関性を推定さらに相関関係の確認として特定の個別配列を作成しこれらのスペクトル特性が予測されたものと一致するか試行しましたまたスペクトルが重複しないバリアントを同定し顕微鏡観察や FRET( 蛍光共鳴エネルギー移動 ) といった 1 種類以上の蛍光タンパク質を使用するアプリケーションにおける候補として検討しましたシークエンシングデータとスペクトルデータとの相関性がみられたことから特定のアミノ酸残基が励起 / 発光スペクトルのピーク位置決定に重要であることが示唆されましたた DNA 社の蛍光タンパク質バリアントグループには 1) YFP と UV 興奮性 GFPs 2) シアンと二重興奮性 GFPs 3) RFPs, OFPs, および一部 GFPs といった 3 種類の特徴的な配列ファミリーが存在しますファミリー (1) のうち GFPs と YFPs ではアミノ酸 2 残基の置換がみられスペクトル移行と相関性がみられましたポジション 151 におけるアミノ酸残基 C は UV 興奮性 GFPs のみでみられ 151Y は緑黄色の蛍光タンパク質および YFPs において確認できました ( 図.7) これらのアミノ酸残基がスペクトル移行に起因するか確認するためこれらの置換を種々の組合わせで DNA 社の保有する最も輝度の高い GFP と YFP に導入しましたこの結果アミノ酸置換により期待された励起 / 発光スペクトル変化が確認できまた同様の解析においても 1 塩基のアミノ酸置換 (146S/D) を同定ファミリー (2) ではシアンから緑色への移行を確認しました DNA 社では 1000 種以上の新規蛍光 / 発光性タンパク質をコードする合成ライブラリーを構築し本ライブラリーより交差適合性の至適特性をもつ精選された蛍光タンパク質コレクションを確立しセット内で配列 / 能相関性を有するものを捕獲できるよう機械学習やクラスタリングアルゴリズムに使用しました Protein Paintbox TM は合成生物学分野の研究向上および画期的な商品開発にご利用頂けるよう知的所有権の制限を設けていません DNA 社で開発した一部の Paintbox TM タンパク質は BioBrick Public Agreement を介してパブリックドメインに寄与されています Paintbox TM 製品が有益な特性を保有しつつ利用制限のない蛍光タンパク質のエンジニアリングおよび精密化の足がけとなることが期待されます図 7. 単一アミノ酸置換による顕著なスペクトル特性変化の同定置換を導入したランダムライブラリーを分析し 2 種の単一置換がスペクトル変化を生じた結果を示した Emission wavelength 図 9. 生細胞における蛍光タンパク質の多重呈色画像異なる励起波長において蛍光タンパク質発現 E.coli の顕微鏡画像が得られた我々の蛍光タンパク質は2 種または3 種混合で識別可能なバイオセンサとして使用可能であることを示唆する Emission wavelength 図 8. 蛍光タンパク質 "paintbox TM " の改良楕円は paintbox 全タンパク質における主な励起 / 発光ピークの 50% 強度輪郭を示しタンパク質ごとに色を変えて図示した 2 種の励起 / 発光ピークをもつ蛍光タンパク質は 2 種類の楕円で図示した

6 Protein Paintbox 商品リスト Paintbox / Antibody 品番品名包装希望販売価格 AB-02 Anti-CometGFP rabbit polyclonal 200 μg 48,000 E. coli Paintbox T5: color CPB-S1-441 Paintbox Set, T5-Chromogenic-Kan (set of 14) - E.coli 1KIT 382,000 CPB-S1-444 Paintbox Set, T5-Chromogenic-Amp (set of 14) - E.coli 1KIT 382,000 CPB CPB Blitzen Blue, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Dreidel Teal, Kan - High copy, IP-FreeCProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Virginia Violet, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Vixen Purple, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Prancer Purple, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Tinsel Purple, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Maccabee Purple, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Donner Magenta, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Cupid Pink, Kan - High copy, IP-FreeCProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Laila Pink, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Lucia Pink, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Seraphina Pink, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Scrooge Orange, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Leor Orange, Kan - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Blitzen Blue, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Dreidel Teal,, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Virginia Violet, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Virginia Violet, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Prancer Purple, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Tinsel Purple, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Maccabee Purple, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Donner Magenta, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Cupid Pink, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Laila Pink, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Lucia Pink, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Seraphina Pink, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Scrooge Orange, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 CPB CPB Leor Orange, Amp - High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 Paintbox Pichia: color Paintbox Saccharomyces: color CPB CPB Blitzen Blue, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Vixen Purple, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Prancer Purple, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Tinsel Purple, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Donner Magenta, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Cupid Pink, Zeo, 902-High copy, IIP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Laila Pink, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Scrooge Orange, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB Pax Pink, Zeo, 902-High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 CPB CPB PrancerPurple, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 CPB CPB Tinselpurple, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 CPB CPB Donner Magenta, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 CPB CPB Cupid Pink, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 CPB CPB Laila Pink, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 CPB CPB Pax Pink, Amp, 1214-TEF, High copy, IP-FreeC ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000

7 E. coli Paintbox T5: fluorescent FPB-S1-441 Paintbox Set, T5-Fluorescent-Kan (set of 14) - E.coli 1KIT 382,000 FPB-S1-444 Paintbox Set, T5-Fluorescent-Amp (set of 14) - E.coli 1KIT 382,000 FPB FPB CindyLouCFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB FrostyCFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB FezziwigYFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB MarleyYFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB CratchitYFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB CometGFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB IvyGFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB HollyGFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB YukonOFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB TannenRFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB TwinkleCFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB KringleYFP, Kan - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB CindyLouCFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB FrostyCFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB FezziwigYFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB MarleyYFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB CratchitYFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB CometGFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB IvyGFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB HollyGFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB YukonOFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB TannenRFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB TwinkleCFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 FPB FPB KringleYFP, Amp - High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - E.coli 2 μg 55,000 Paintbox Mammalian : piggybac_ef1a: fluorescent FPB FPB CindyLouCFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian piggybac 2 μg 55,000 FPB FPB CometGFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian piggybac 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian piggybac 2 μg 55,000 FPB FPB YukonOFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian piggybac 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian piggybac 2 μg 55,000 注本製品はご購入前に使用許可事項につきましてご確認をお願いしておりますコスモバイオ WEB サイトより使用目的確認書をダウンロード頂きご確認ご署名のうえご注文ください Paintbox Mammalian Paintbox: SV40_CMV: fluorescent FPB FPB CindyLouCFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian 2 μg 55,000 FPB FPB CometGFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian 2 μg 55,000 FPB FPB TwinkleCFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Mammalian 2 μg 55,000 Paintbox Pichia: fluorescent FPB FPB MarleyYFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 FPB FPB KringleYFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 FPB FPB SimeonOFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia 2 μg 55,000 FPB FPB TinyTimOFP, Zeo, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Pichia Paintbox Saccharomyces: fluorescent FPB FPB MarleyYFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 FPB FPB DasherGFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 FPB FPB RudolphRFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000 FPB FPB TinyTimOFP, Amp, High copy, IP-FreeC Fluorescent ProteinPaintbox - Saccharomyces 2 μg 55,000

8 遺伝子タンパク質操作ハンドブック遺伝子タンパク質操作ハンドブック遺伝子タンパク質操作ハンドブック大好評配布中希望販売価格希望販売価格は参考であり販売店様からの販売価格ではございません記載の希望販売価格は 2013 年 11 月 1 日現在の希望販売価格です予告なしに改定される場合がありますのでご注文の際にご確認下さい消費税は含まれておりません使用範囲記載の商品は全て研究用試薬です人や動物の医療用臨床診断用食品用等としては使用しないよう十分ご注意ください (11946)

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