Microsoft PowerPoint - 阿部貴志.ppt

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

Microsoft PowerPoint _SINET_cloud

塩基配列データベースを中心とした生物学系研究の情報基盤について 国立遺伝学研究所 DDBJセンター助教小笠原理 国立遺伝学研究所 遺伝研スパコン : 目的 1. 国際塩基配列データベース (International Nucleotide Sequence Database : INSD) の構築 2. 大学共同利用機関として 主に生物学医学系研究者への計算機資源の提供 遺伝研スパコン : 構成概略

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

プレゼンテーション2.ppt

ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

プレゼンテーション3

ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG

Microsoft Word - CATNewsVol2No7Text.doc

COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter 23 (3) The International Plant & Animal Genome XX Conference Vol. 2 No. 7 2011 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Linux BLAST R DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DRA

AJACS18_ ppt

1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

7-1（DNA配列から遺伝子を探す）.ppt

DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

れており 世界的にも重要課題とされています それらの中で 非常に高い完全長 cdna のカバー率を誇るマウスエンサイクロペディア計画は極めて重要です ゲノム科学総合研究センター (GSC) 遺伝子構造 機能研究グループでは これまでマウス完全長 cdna100 万クローン以上の末端塩基配列データを

報道発表資料 2002 年 12 月 5 日 独立行政法人理化学研究所 遺伝子の機能解析を飛躍的に進める世界最大規模の遺伝子情報を公開 - 遺伝子として認知されていなかった部分が転写されていることを実証 - 理化学研究所 ( 小林俊一理事長 ) は マウスの完全長 cdna 160,770 クローンの塩基配列および機能アノテーション ( 機能注釈 ) 情報を公開します これは 現在までに人類が収得している遺伝子の約

国立遺伝学研究所におけるDNAデータバンク：DDBJ

DNA DDBJ Introduction of the DNA Data Bank of Japan (DDBJ) DNA DDBJ DNA Data Bank of Japan 1986 DNA DDBJ GenBankEMBL 3 1984 19952001 4DDBJDDBJ DDBJ VPP5000 HPCDDBJ DNA DDBJ SE DDBJ Abstract The DNA Data

イントロ

2013 DISCLOSURE CONTENTS A W A B A N K 2 0 1 3 AWA BANK REPORT 2013 AWA BANK REPORT 2013 200 192 195 194 188 150 140 147 100 120 50 80 73 61 89 0 40 0 100 90 80 60 40 47 41 36 20 0 8,000 6,000 4,000

Bio-Mirror Project

Bio-Mirror 鵜川義弘 @ 宮城教育大学 広帯域ネットワーク利用に関するワークショップ http://www.bio-mirror.net/ Don Gilbert1*, Yoshihiro Ugawa2, Markus Buchhorn3, Tan Tin Wee4, Akira Mizushima5, Hyunchul Kim6, Kilnam Chon6, Seyeon Weon7,

NCBI BLAST チュートリアル このチュートリアルでは NCBI サイトでの BLAST による相同性検索の方法について 一般的な使い方を紹介しています はじめに. BLAST とは まずはじめに 簡単に BLAST について紹介することにしましょう BLAST は Basic Local Alignment Search Tool の略で ペアワイズの局所的なアライメント / 相同性検索 (

バクテリアゲノム解析

GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA

ゲノム解析で活躍するコンピューター

ゲノム解析で活躍するコンピューター ゲノム情報のためのデータベースと遺伝子機能の解析 京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター五斗進 科学カフェ京都第 62 回定例会京都大学 2010/4/10 1 本日お話する内容 ゲノムとゲノムプロジェクトについて ゲノムデータとデータベースについて ゲノムデータを使った解析について 遺伝子の機能を調べる 2 ゲノムとは ゲノム (Genome) Gene(

130712AJACS40

1 2 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 3 4 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 5 6 2013 Licensed Under CC 2.1 LOCUS AB091058 2109 bp DNA

『引越れんらく帳』説明資料

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2013 年 11 月 20 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (4) 遺伝子のクローニング設計 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める 培養代謝物量

Microsoft Word - GCOEキャリアパス支援テクニカルセミナー090709web.doc

東京大学グローバル COE プログラム ゲノム情報に基づく先端医療の教育研究拠点 オーダーメイド医療の実現と感染症克服を目指して IMSUT & RCAST GCOE 特別セミナー < キャリアパス支援テクニカルセミナー > ゲノムデータ統合データベース利用演習 WEB サービス利用法講習会 開催のご案内 ( 医科研ヒトゲノム解析センター スーパーコンピュータ室主催 ) 日時 :7 月 9 日 (

5-53 -

5-53 - プロテオームプロファイリング ( タンパク質組成分析 ) は組織 血液などのペプチドやタンパク質の検出を目指す技術です 液体クロマトグラフィー タンデム質量分析法に基づき タンパク質の混合物を質量分析法で同定し データ解析が行われます トランスクリプトーム解析とともに 生体システムにおけるダイナミックな変化を網羅的に解析できます 高解像度と高精度 : 解像度は 10 5 超 精度は 1ppm

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

PowerPoint Presentation

DNA 87 ( ) Nucleic Acids ResearchDB RNA 29 94 58 29 18 43 153 : 511 Bio DB Catalog (DBCAT) http://www.infobiogen.fr/services/dbcat/ 2 GenBank MB SRS) DAS) 3 4 5 A A A 6 OGSA-DAI 7 9 DB Medical Encyclopedia

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーズガイド

DNAFORM Clone Search Engine ユーザーガイド Document Version: 3.1 Date from: 14 June 2010 The document is the property of K.K. DNAFORM and may not be disclosed, distributed, or replicated without the express written

1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 -

2008-08-07 version 1.0-1 - 1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 - 1-1 Home - 3 - VaryGene 2 1 VarySysDB Polymorphism Search Polymorphism Table Transcript

Microsoft PowerPoint - 理研豊田_JST統合DB資料

フェノーム統合 ( 独 ) 理化学研究所豊田哲郎 フェノーム情報統合は最重要課題フェノーム = 我々にとって重要な生命現象 フェノーム ( 現象の集合 ) 分野ごとに研究コミュ メタボローム ( 物質の集合 ) ニティが分かれやすい プロテオーム ( 物質の集合 ) トランスクリプトーム ( 物質の集合 ) ゲノム ( 物質の集合 ) 分野横断的にまとまりやすい 現状 情報やコミュニティは分断されている

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機能アノテーションパイプライン ( 仮 ) 理化学研究所発生 再生科学総合研究センター (CDB) 機能ゲノミクスサブユニット粕川雄也 1 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには? 2 発表の概要 機能アノテーションってなに? 機能アノテーションはどうやってつけるの? パイプライン化 & ハイスループット化するには?

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2016 年 10 月 19 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

2013.11.29 統合データ解析トライアル 中間激励会 共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発 九州工業大学 情報工 生命情報 藤井聡 2013 藤井聡 ( 九州工業大学 )licensed under CC 表示 2.1 日本 1 背景 疾病関連遺伝子 ドメイン モチーフ ドラッグターゲット T/G Gefitinib LUNG CANCER OMIM NHGRI GWAS

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

Microsoft Word - 2TXL実施要綱 doc

P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P P.11 P.13 P.15 P.16 P.17 P.17 P.18 P.20 P.21 P.23 P P P P P P P P.31

201729 3 2017 5 15 P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P.10 2017 P.11 P.13 P.15 P.16 P.17 P.17 P.18 P.20 P.21 P.23 P.24 10 P.25 11 P.27 12 P.28 13 P.29 14 P.29 15 P.30 16 P.31 17 P.32 P.34 P.35 Copyright 2017

計算機生命科学の基礎II_

Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

( 別添 ) 最終的に宿主に導入された DNA が 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物の DNA のみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準

1. 好塩 好アルカリ細菌のスクリーニングおよび突然変異株の作製 1-1. 廃グリセロール利用可能な微生物のスクリーニング土壌 池等からサンプルを収集し 炭素源としてグリセロール3% を添加したSOT 改培地 ( 後述 ) を用いてスクリーニングを本年度も継続しておこなった 50mg 程度の土壌など

1. 好塩 好アルカリ細菌のスクリーニングおよび突然変異株の作製 1-1. 廃グリセロール利用可能な微生物のスクリーニング土壌 池等からサンプルを収集し 炭素源としてグリセロール3% を添加したSOT 改培地 ( 後述 ) を用いてスクリーニングを本年度も継続しておこなった 50mg 程度の土壌などを1 mlの蒸留水に懸濁し 上清をSOT 改培地に添加し 30 で1 週間集積培養後 懸濁したものをナイルレッド

第２章　生物有機化学実験及び実験法

1.9.2. アミノ酸配列の解析 1.9.2.1. ドメイン構造の検索 - 応用生命科学科のホームページ (http://www.biochemistry.kais.kyoto-u.ac.jp/) に入って以下の実習を行なう - 蛋白質は通常一つのドメインからなるのではなく, 多くのドメインが集まったモジュール構造をとっている. 各ドメインはドメイン単位で機能を持つと共に, 蛋白質内の他のドメイン構造と連係し,

Sequence Read Archive 2013 年年 10 月 25 日 第 10 回シーケンサー利利 用技術講習会 ( 理理研横浜 ) 1

Sequence Read Archive 1 塩基配列列データベース アノテーション DDBJ アセンブリ DDBJ Center アライメント シークエンシングと サンプリング Sequence Read Archive 2 増 大する SRA データ 千兆塩基 目前 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra/ 3 SRA は INSDC の 一員 INSDC:

Table 1 Utilization of Data for River Water Table 2 Utilization of Data for Groundwater Quality Analysis5,6,9,10,13,14) Quality Analysis5-13) Fig. 1 G

Key Words: river water quality, groundwater quality, manpower development, sewerage Table 1 Utilization of Data for River Water Table 2 Utilization of Data for Groundwater Quality Analysis5,6,9,10,13,14)

Microsoft PowerPoint - プレシジョン創薬概論 P_ex_velvet.PPT

プレシジョン創薬概論第 4 回 2019/05/13 オミクス 医療情報の統計 情報学的解析法 医薬保健研究域薬学系活性相関物理化学 髙橋広夫 授業計画 Ensembl を使った遺伝情報の取得 (5/13) UniProt を用いた配列情報取得や解析 (5/13) DDBJ を用いた解析 (5/13) velvet を用いた de novo assembly (for Windows) (5/13)

「組換えDNA技術応用食品及び添加物の安全性審査の手続」の一部改正について

食安基発 0627 第 3 号 平成 26 年 6 月 27 日 各検疫所長殿 医薬食品局食品安全部基準審査課長 ( 公印省略 ) 最終的に宿主に導入されたDNAが 当該宿主と分類学上同一の種に属する微生物のDNAのみである場合又は組換え体が自然界に存在する微生物と同等の遺伝子構成である場合のいずれかに該当することが明らかであると判断する基準に係る留意事項について 食品 添加物等の規格基準 ( 昭和

Microsoft PowerPoint - BIセンターセミナー2013.pptx[読み取り専用]

遺伝子配列解析の基礎 genome=gene+ome DNA 配列からタンパク質へ cgtgctttccacgacggtgacacgcttccctggattggccagactgccttccgggtcactgccatggaggagccgcagtcagatcctagcgtcgagccccctctga gtcaggaaacattttcagacctatggaaactacttcctgaaaacaacgttctgtcccccttgccgtcccaagcaatggatgatttgatgctgtccccggacgatattga

PowerPoint プレゼンテーション

2013 年 10 月 30 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

A ,000 7,539 7,593

A+ 64 1 300 16 6,000 7,539 7,593 13 3,329 178 1,168 12% 11% 35 3 26 3 761.2 6 8,947 6,044 432 7,774 CONTENTS 01 02 04 07 11 20 38 6,677 6,706 6,044 5,519 5,489 2011 2012 2013 2014 2015 866 796 522

人工知能補足_池村

私くしにとって 生涯の指針となっている木村先生の教え 1. 想定外の発見の重要性 à unsupervised data mining for big data 2. 技術への信頼と技術開発の重要性 2D gel à BLSOM trna の二次元分離 : Methods in Enzymology 長さに依存する分離 想定外の 米国での Post Doc の時代 高分離能 長さに依存しない分離 29

共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発

2014.03.02 統合化推進プログラム統合データ解析トライアル研究成果報告会 共起関係解析によるタンパク質の機能モジュール探索法の開発 九州工業大学 情報工 生命情報 藤井聡 2014 藤井聡 ( 九州工業大学 )licensed under CC 表示 2.1 日本 1 背景 疾病関連遺伝子 ドメイン モチーフ ドラッグターゲット T/G Gefitinib LUNG CANCER OMIM

MB-lecture12.pptx

タンパク質の発現精製方法 目的遺伝子 タンパク質発現に用いる生物種のプロモーター例 )Lac (E. coli) ADH1 (S. cerevisiae) Promoter STOP タンパク発現用プラスミド マーカー遺伝子 ( 薬事耐性など ) 複製開始点 198 培地中のラクトース E. coli lac promoter E. coli でのタンパク質発現の例 pet system T7 RNA

1_alignment.ppt

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Microsoft PowerPoint BI_lec

創薬インフォマティクス Department of PharmacoInformatics 奥野恭史 医薬品開発の成功確率 2-3 年 3-5 年 3-7 年 1-2 年計 9-17 年 基礎研究 非臨床試験 臨床試験 ( 治験 ) 承認申請承認取得 化合物数 499,915 197 97 62 32 移行確率 1/2,538 1/2.03 1/1.56 1/1.94 累積成功率 1/2,538 1/5,154

BLAST クイックスタート このミニコースでは 配列相同性検索プログラムである BLAST ファミリについて実用的な紹介をしていきます その課題は単純な探索から ある特別な目的の探索を BLAST の創造的な使い方で実現するといった幅の広いものになっています 課題.1 blastn の利用 課題.1-1 プライマーでの増幅領域の特定 下に示したプライマーを用いることで増幅できる GenBank に登録されているヒトゲノムの配列を

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

Microsoft PowerPoint - 4_河邊先生_改.ppt

組換え酵素を用いた配列部位 特異的逐次遺伝子導入方法 Accumulative gene integration system using recombinase 工学研究院化学工学部門河邉佳典 2009 年 2 月 27 日 < 研究背景 > 1 染色体上での遺伝子増幅の有用性 動物細胞での場合 新鮮培地 空気 + 炭酸ガス 使用済み培地 医薬品タンパク質を生産する遺伝子を導入 目的遺伝子の多重化

DDBJ Ei-ji Nakama nakama at com-one.com COM-ONE Ltd. DDBJ p. 1

DDBJ - 2007-06-18 - Ei-ji Nakama nakama at com-one.com COM-ONE Ltd. DDBJ p. 1 R XML R[6] XML XML[1]. R XML[1] libxml(http://xmlsoft.org/). R XML, libxml. XML-1.9.0 encoding. Omegahat a, CRAN. a http://www.omegahat.org/

P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P.10 P.12 P.13 P.14 P.14 P.15 P.17 P.18 P.20 P P P P P.25 P.27 P.28 Copyright 2016 JAPAN POST BA

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201628 3 2016 5 13 P. 2 P. 4 P. 5 P. 6 P. 7 P. 9 P.10 2016 P.11 P.14 P.15 P.16 P.16 P.17 P.19 P.20 P.22 P.23 10 P.24 11 P.26 12 P.27 13 P.28 14 P.28 15 P.29 16 P.30 17 P.31 P.33 P.34 Copyright 2016 JAPAN

取扱説明書

ER-LD530 STEP 1 STEP 2 STEP 3 STEP 4 STEP 5 1 5 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 1 2 3 22 23 1 2 24 25 26 27 1 2 3 28 29 30 31 32 33 34 1 2 3 35 1 2 3 36 37 1 2 3 4 38 39 1 2 3 4 40

塩基配列アーカイブのデータベース構築と統合への貢献 に関する成果報告 (H21 年度 ) 科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進センター事業研究開発課題 バイオ情報資源の高準化と共用化 平成 21 年度研究開発実施報告書から抜粋 3.4 DDBJ Read Archive(DRA) 研究計画書

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PAXgene Tissue DNA Kitプロトコールとトラブルシューティング(2301605 06/2009)

January 2009 PAXgene Tissue DNA Kit PAXgene Tissue Containers DNA PAXgene Tissue Container PAXgene DNA 3 PAXgene DNA 6 PAXgene DNA 9 13 2 PAXgene Tissue DNA Kit 01/2009 PAXgene DNA DNA PAXgene Tissue Containers

統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を，神経発達関連遺伝子のNDE1内に同定した

平成 26 年 10 月 27 日 統合失調症発症に強い影響を及ぼす遺伝子変異を 神経発達関連遺伝子の NDE1 内に同定した 名古屋大学大学院医学系研究科 ( 研究科長 髙橋雅英 ) 精神医学の尾崎紀夫 ( おざきのりお ) 教授らの研究グループは 同研究科神経情報薬理学の貝淵弘三 ( かいぶちこうぞう ) 教授らの研究グループとの共同研究により 統合失調症発症に関連していると考えられている染色体上

Microsoft PowerPoint - 資料6-1_高橋委員(公開用修正).pptx

第 1 回遺伝子治療等臨床研究に関する指針の見直しに関する専門委員会 平成 29 年 4 月 12 日 ( 水 ) 資料 6-1 ゲノム編集技術の概要と問題点 筑波大学生命科学動物資源センター筑波大学医学医療系解剖学発生学研究室 WPI-IIIS 筑波大学国際睡眠医科学研究機構筑波大学生命領域学際研究 (TARA) センター 高橋智 ゲノム編集技術の概要と問題点 ゲノム編集とは? なぜゲノム編集は遺伝子改変に有効?

The copyright of this material is retained by the Information Processing Society of Japan (IPSJ). The material has been made available on the website

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Ligases の 分類クラス下に階層構造として表 検索機能を持つ 公共データベースサイトへのリンクと構成タンパク質の LSKB 内リンクにより 当該タンパク質をターゲットとする化合物をさまざまな角度から ることができるほか タンパク質を構成するドメインや PDB 複合体リガンド 文献を参照できる

LSKB Version 4.3.0 リリースノート このリリースノートには LSKB -Life Science Knowledge Bank の新機能 問題点の修正などが記 載されています [ 新機能 ] 1. トップ画面の "Gene & Proteins" に以下のメニューの追加あるいは改良 Browser (Metabolizing) EC Classification GPCR SARfari

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

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Microsoft PowerPoint - T05_田畑先生【CC-BY】.pptx

H23 年度統合化推進プログラム進捗報告会 ゲノム情報に基づく植物データベースの統合 かずさ DNA 研究所植物ゲノム研究部田畑哲之平川英樹中村保一新潟大学 研究推進機構 超域学術院中谷明弘 背景 Crops Model plants 基礎研究 食料工業原材料創薬エネルギー 品種改良 http://www.genomesonline.org/ 日本の植物ゲノム研究 タバコ ゼニゴケ葉緑体 (1986

Microsoft PowerPoint - 遺伝統計学夏の学校2018_Webツール入門.pptx

2018 年 8 月 25-27 日遺伝統計学 夏の学校 @ 大阪大学講義実習資料 Web ツール入門 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学 http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/index.html 1 講義の概要 Web ツール入門 1 ゲノム 遺伝子情報のWebツール 2 遺伝子変異 SNP 情報のWebツール 3 疾患感受性遺伝子情報 解析結果のWebツール 4 エピゲノム情報のWebツール

研究成果報告書

様式 C-19 F-19 Z-19( 共通 ) 1. 研究開始当初の背景研究開始当初の平成 24 年の時点で HUGO (Human Genome Organisation) Gene Nomenculature Committee (http://www. genename.org) には ヒトの遺伝子記号が 32,000 登録されておりそのうちタンパク質をコードするものは約 19,000 であった

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生命情報実験 A 次世代シークエンサーのデータを用いたゲノム解析 慶應義塾大学理工学部 生命情報学科 榊原康文 佐藤健吾 ねらい これからの生命科学において要となるツールである次世代シークエンサー (NGS) が産生するデータを用いたゲノム解析を体験する 次世代シークエンサー 長所 : 高速かつ低コスト 短所 : 得られる一本一本の配列が短い (= ショートリード ) Illumina GAIIx

3. XML, DB, DB (AP). DB, DB, AP. RDB., XMLDB, XML,.,,.,, (XML / ), XML,,., AP. AP AP AP 検索キー //A=1 //A=2 //A=3 返却 XML 全体 XML 全体 XML 全体 XMLDB <root> <A

PostgreSQL XML 1 1 1 1 XML,,, /. XML.,,, PostgreSQL.. Implementation of Yet Another XML-type for PostgreSQL Toshifumi Enomoto, 1 Gengo Suzuki, 1 Nobuyuki Kobayashi 1 and Masashi Yamamuro 1 There are various

class Cpd MW = { 'C'=>12.011, 'H'=>1.00794, 'N'=>14.00674, 'O' => 15.9994, 'P' => 30.973762 } def initialize @comp = Hash.new attr_accessor :name, :definition, :formula # formula def composition @formula.scan(/([a-z]+)(\d+)/)

料理集

ABC Cooking Studio 1 2 3 ABC Cooking Studio ABC Cooking Studio Point Point ABC Cooking Studio Point ABC Cooking Studio ABC Cooking Studio Point

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E

MEGA 5 を用いた塩基配列解析法および分子系統樹作成法 Ver.1 Update: 2012.04.01 ウイルス 疫学研究領域井関博 < 内容 > 1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment Explorer の起動 2.2 シークエンスデータの入力 2.2.1 テキストファイルから読み込む場合 2.2.2 波形データから読み込む場合

1:.anchors Menubar Sequence Navigation order Plot & Color options Left sidebar ON/OFF Right sidebar ON/OFF History / Bookmark Apply sequence order / p

GMV 2009 2 1 GMV GMV 1.1 GMV Murasaki GMV (GTK+ based Murasaki Viewer) 1.1.1 GMV GMV Murasaki (http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html) 1.1.2 gmv Open Anchors File ( 1) murasaki 1.1.3 GMV 2 GMV on/off

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

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表1-4.ai

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トランスクリプトーム解析 プロテオーム解析入門 産業技術総合研究所生命情報工学研究センター 油谷幸代 内容 背景 トランスクリプトーム解析 プロテオーム解析 背景 (1/6) - セントラルドグマとゲノム情報解析 - セントラルドグマ ゲノム情報解析 DNA Genome mrna Transcriptome Protein Proteome Genome とは? 背景 (2/6) - ゲノムとは?-

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

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5 Q Q Q Q ggg g f bbb -b b g b g g g a b f g r t y - 7 g bb f 6 E D f f f 2 2 2 2 2 f g f 2 f 2 f 2 g a g a b f a f g a a a - a f b a f b b b b bb bb E E E R Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q Q

PowerPoint プレゼンテーション

V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

AJACS_komachi.key

Tweet OK 統合データベース講習会 AJACSこまち 塩基配列解析のための データベース ウェブツールと CRISPRガイドRNA設計 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 内藤雄樹 自己紹介 内藤 雄樹 ないとう ゆうき @meso_cacase ライフサイエンス統合データベース センター DBCLS 特任助教 過去に RNAi メカニズム等の研究 sirna設計サイト:

物学的現象をはっきりと掌握することに成功した論文である との高い評価を得ています 2. 研究成果ブフネラゲノムの全塩基配列の決定に当たっては 全ゲノムショットガンシークエンス法 4 を用いました 今回ゲノム解析に成功したのは エンドウヒゲナガアブラムシ (Acyrthosiphon pisum) の

報道発表資料 2000 年 9 月 7 日 独立行政法人理化学研究所 東京大学 世界で初めて共生微生物 ブフネラ の全ゲノムを解析 東京大学大学院理学系研究科 細胞生理化学研究室 石川統教授の研究グループと 理化学研究所ゲノム科学総合研究センター (GSC) ゲノム構造情報研究グループ ( 榊佳之プロジェクトディレクター ) は共同で 世界で初めて共生微生物であるブフネラの全塩基配列を解読しました

Microsoft PowerPoint - 8_TS-0894（TaqMan_SNPGenotypingAssays_製品情報及び検索方法再修正.pptx

Applied Biosystems TaqMan SNP Genotyping Assays インターネット検索方法 2010/04/23 目次 TaqMan SNP Genotyping Assays の概要 --------------- 3 検索方法の流れ --------------- 4 TaqMan SNP Genotyping Assays 検索方法 ---------------

表1-表4宅建99.indd

表1-表4宅建98.indd

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表1-表4宅建いわて-表紙.indd

Microsoft PowerPoint - BI_okuno_

バイオインフォマティクス ( 配列検索 ) & ケモインフォマティクス ( 構造検索 ) 統合薬学教育開発分野 奥野恭史 創薬におけるインフォマティクス ゲノム情報 ゲノム基盤ターゲット研究探索 ターゲット バリデーション 創薬リード探索 創薬リード最適化 前臨床研究臨床研究 創薬 ゲノム情報 (~2 万 2 千遺伝子 ) 化合物ライブラリー (10^60 化合物 ) バイオインフォマティクス ケモインフォマティクス

A comparison of abdominal versus vaginal hysterectomy for leiomyoma and adenomyosis Kenji ARAHORI, Hisasi KATAYAMA, Suminori NIOKA Department of Obstetrics and Gnecology, National Maizuru Hospital,Kyoto,

B. 41 II: 2 ;; 4 B [ ] S 1 S 2 S 1 S O S 1 S P 2 3 P P : 2.13:

B. 41 II: ;; 4 B [] S 1 S S 1 S.1 O S 1 S 1.13 P 3 P 5 7 P.1:.13: 4 4.14 C d A B x l l d C B 1 l.14: AB A 1 B 0 AB 0 O OP = x P l AP BP AB AP BP 1 (.4)(.5) x l x sin = p l + x x l (.4)(.5) m d A x P O

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CAPEC, 2009 6 16 June 16, 2009 Page 1 CAPEC EMS 1. EMS USA EU 2. EMS 3. EMS 4. EMS 5. CAPEC 6. EMS June 16, 2009 Page 2 EMS EC 3 EMS EMS EMS EMS CAPEC EMS CAPEC EMS EMS June 16, 2009 Page 3 EU EU EC 1997/67/EC

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2010824 1 2 1031 5251020 101 3 0.04 % 2010.8.18 0.05 % 1 0.06 % 5 0.12 % 3 0.14 % 2010.8.16 5 0.42 % 2010.7.15 25 5 0.42 % 0.426% 2010.6.29 5 0.496 % 2010.8.12 4 0.85 % 2010.8.6 10 0.900 % 2010.8.18 2.340

Microsoft Word - 海岸紹介new.doc

生命科学分野の研究用 DB の歴史と動向 文献データは1960 年代より 研究データは1970 年代より 塩基配列データバンクは日米欧の3 極体制で タンパク質データバンクは日米欧の4センターで 他のオミックスデータにも共有の枠組みが拡大 トランスクリプトーム プロテオーム メタボローム フェノーム

2017 年 6 月 26 日研究データ利活用協議会公開シンポジウム データ共有の先行事例の紹介生命科学におけるデータ共有の歴史 現状 課題 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 科学技術振興機構 (JST) バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) 情報 システム研究機構 (ROIS) 国立遺伝学研究所 (NIG) DDBJ センター (DDBJ) 高木利久 生命科学分野の研究用 DB

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日

名古屋大学農学部 生物情報工学 II 11 月 29 日 生物情報工学 (Bioinfomatics) ってなに? > 生物が持っている物質 (DNA タンパク質 その他代謝産物など ) の情報を分析する学問分野 あるタンパク質 A があります アミノ酸配列コードする遺伝子の DNA 配列生体内でのタンパク質の量コードする遺伝子の転写産物の量 > 情報をもとにその物質の機能や構造を推定 > ただし

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19 10 24 9 1... 2 2... 2 2-1... 2 2-2... 3 2-3... 3 2-4... 6 3... 7 3-1... 7 3-2... 7 3-3... 8 3-3-1... 8 3-3-2... 9 1... 9 2... 11 3... 13 4... 17 5... 18 3-3-3... 20 1... 20 20... 22 30... 27... 28 3-3-40...

IPSJ SIG Technical Report Vol.2009-BIO-17 No /5/26 DNA 1 1 DNA DNA DNA DNA Correcting read errors on DNA sequences determined by Pyrosequencing

DNA 1 1 DNA DNA DNA DNA Correcting read errors on DNA sequences determined by Pyrosequencing Youhei Namiki 1 and Yutaka Akiyama 1 Pyrosequencing, one of the DNA sequencing technologies, allows us to determine

Microsoft Word - 【広報課確認】 _プレス原稿(最終版)_東大医科研 河岡先生_miClear

インフルエンザウイルスの遺伝の仕組みを解明 1. 発表者 : 河岡義裕 ( 東京大学医科学研究所感染 免疫部門ウイルス感染分野教授 ) 野田岳志 ( 京都大学ウイルス 再生医科学研究所微細構造ウイルス学教授 ) 2. 発表のポイント : インフルエンザウイルスが子孫ウイルスにゲノム ( 遺伝情報 ) を伝える仕組みを解明した 子孫ウイルスにゲノムを伝えるとき 8 本のウイルス RNAを 1+7 という特徴的な配置

別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目 1 ( ' ( 検索キー )''-- ( 検索キー ) and 'a'='a ( 検索キー ) and 1=1 は最低限 行うこと ) OS コマンドインジェクション 2 (../../../../../../../bin/sle

別添 1 ぜい弱性診断対象 Web アプリケーション 名称 画面遷移図 1 ヒト完全長 cdna データベース別添 3 みふぁっぷ 2 微生物遺伝子機能データベース ( MiFuP ) 別添 4 3 微生物有害性遺伝子機能データベース (MiFuP Safety) 別添 5 4 MiFuP Wiki 別添 6 5 ACM 別添 7 1 別添 2 SQL インジェクション ぜい弱性診断で最低限行うべき項目