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NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント

リード・ゲノム・アノテーションインポート

リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です

nagasaki_GMT2015_key09

Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています

NGSデータ解析入門Webセミナー

NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing

次世代シークエンサーを用いたがんクリニカルシークエンス解析

次世代シークエンサーを用いた がんクリニカルシークエンス解析 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 がん遺伝子パネル がん関連遺伝子のターゲットシークエンス用のアッセイキット コストの低減や 研究プログラムの簡素化に有用 網羅的シークエンス解析の場合に比べて 1 遺伝子あたりのシークエンス量が増えるため より高感度な変異の検出が可能 2 変異データ解析パイプライン

V1 ゲノム R e s e q 変異解析 Copyright Amelieff Corporation All Rights Reserved.

V1 ゲノム R e s e q 変異解析 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーし て実行してください マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてくだ さい 2 本講義の内容 Reseq解析 RNA-seq解析 公開データ取得

130712AJACS40

1 2 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 3 4 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 2013 Licensed Under CC 2.1 5 6 2013 Licensed Under CC 2.1 LOCUS AB091058 2109 bp DNA

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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください /home/admin1409/amelieff/ngs/reseq_command.txt マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてください

GWB

NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench

シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会

シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life

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バイオインフォマティクス 講習会 V 事前準備 が完了されている方は コンテナの起動 ファイルのコピー (Windows) まで 進めておいてください メニュー 1. 環境構築の確認 2. 基本的なLinuxコマンド 3. ツールのインストール 4. NGSデータの基礎知識と前処理 5. トランスクリプトのアッセンブル 6. RNA-seqのリファレンスcDNAマッピングとFPKM 算出 7. RNA-seqのリファレンスゲノムマッピングとFPKM

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平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 Reseq 解析 2016 年 7 月 26 日 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください 実行が遅れてもあせらずに 課題や休憩の間に追い付いてください Amelieff Corporation All

講義内容 ファイル形式 データの可視化 データのクオリティチェック マッピング アセンブル 資料の見方 $ pwd 実際に入力するコマンドを黄色い四角の中に示します 2

N G S 解析基礎 講義内容 ファイル形式 データの可視化 データのクオリティチェック マッピング アセンブル 資料の見方 $ pwd 実際に入力するコマンドを黄色い四角の中に示します 2 ファイル形式 NGS 解析でよく使われるファイル形式 ファイル形式 fastq bam/sam vcf bed fasta サンプルデータの場所 /home/ ユーザ名 /Desktop/amelieff/1K_ERR038793_1.fastq

Microsoft PowerPoint - Ion Reporter?ソフトウェアを用いた変異解析4.6.pptx

Ion Reporter ソフトウェアデモンストレーション Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を用いたがん部および非がん部の体細胞変異比較解析 1 Ion Torrent システムを用いた実験例 Ion AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel を 2 サンプル実施 ランレポート ランレポート サンプル 1 サンプル 2 2

Sequence Read Archive 2013 年年 10 月 25 日 第 10 回シーケンサー利利 用技術講習会 ( 理理研横浜 ) 1

Sequence Read Archive 1 塩基配列列データベース アノテーション DDBJ アセンブリ DDBJ Center アライメント シークエンシングと サンプリング Sequence Read Archive 2 増 大する SRA データ 千兆塩基 目前 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/traces/sra/ 3 SRA は INSDC の 一員 INSDC:

AJACS18_ ppt

1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ

バイオインフォマティクスⅠ

バイオインフォマティクス ( 第 2 回 ) 慶應義塾大学生命情報学科 榊原康文 ( 朝日新聞 2003 年 4 月 15 日 ) ヒトゲノムの塩基配列 : 28 億 6 千万塩基 99% を解読精度は 99.99% 以上 ( 朝日新聞 2007 年 4 月 13 日 ) アカゲザルのゲノム配列 : 染色体 21 対 ( ヒト 23 対, チンプ 24 対 ) 遺伝子領域の違いヒトやチンパンジーと約

UCSC ゲノムブラウザチュートリアル UCSC ゲノムブラウザはゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い その結果をデータベースとして公開している UCSC が進めているプロジェクトです NCBI MapViewer のようにゲノムベースでその上にアノテーションされている遺伝子などの情報を閲覧すると共に ホモロジー検索や必要なデータのダウンロードなどの機能を提供しています

7-1（DNA配列から遺伝子を探す）.ppt

DNA 配列の中から遺伝子を探す Blast 解析.6 Query DNA 塩基配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 データベース DNA 塩基配列アミノ酸配列アミノ酸配列 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 DNA 塩基配列をアミノ酸配列に変換 1. 2. 3. TATGGCTTA---- T G L TATGGCTTA----

GenBank クイックスタート GenBank は NLM/NCBI にて維持管理されている核酸配列データベースです また GenBank は EMBL, DDBJ と三極間で連携しながら国際核酸配列データベースを共同で構築しています これら三機関はデータを日々交換し続けており その規模は 160000 種にも及ぶ生物種の塩基配列から成り立つまでになっています この GenBank クイックスタートでは

Microsoft PowerPoint - 3. 資料２ がんゲノム情報管理センターの進捗状況

第 1 回がんゲノム医療推進コンソーシアム運営会議平成 30 年 8 月 1 日 資料 2 がんゲノム情報管理センターの進捗状況 間野博行がんゲノム情報管理センター長 1 がんゲノム情報管理センターの設置 厚生労働省の がんゲノム医療推進コンソーシアム懇談会報告書 ( 平成 29 年 6 月 27 日とりまとめ ) には がんゲノム医療実用化に向けた工程として がんゲノム医療 研究のマスターデータベースである

バクテリアゲノム解析

GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA

141025mishima

NGS (RNAseq) »NGS Now Generation Sequencer»NGS»» 4 NGS(Next Generation Sequencer) Now Generation Sequencer http://www.youtube.com/watch?v=womkfikwlxm http://www.youtube.com/watch?v=mxkya9xcvbq http://www.youtube.com/watch?v=nhcj8ptycfc

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2012.03.22 マッピングデータの基本フォーマットと基本ツール 次世代シーケンサーに良く用いられるファイル形式 Samtools Integrative Genomics Viewer(IGV) 基礎生物学研究所 生物機能解析センター 山口勝司 NIBB CORE RESEARCH FACILITIES FUNCTIONAL GENOMICS FACILITY NIBB CORE RESEARCH

アノテーション・フィルタリング用パイプラインとクリニカルレポートの作成

アノテーション フィルタリング用パイプラインと クリニカルレポートの作成 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 クリニカルシーケンス解析パイプライン 1. リファレンスゲノム配列へのアライメント / マッピング 2. 変異の検出 3. アノテーション付けとフィルタリング 4. レポートの作成 2 臨床現場で活用する場合は シンプルな操作性で 高度な専門知識がなくても使用できる

Microsoft PowerPoint - 社外資料_TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep.pptx

TruSeq Synthetic Long- Read DNA ライブラリー調製キット イルミナ株式会社マーケティング部 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadArray, BlueFish, BeadXpress, BlueFuse, cbot,

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CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq

1. はじめに 1. はじめに 1-1. KaPPA-Average とは KaPPA-Average は KaPPA-View( でマイクロアレイデータを解析する際に便利なデータ変換ソフトウェアです 一般のマイクロアレイでは 一つのプロー

KaPPA-Average 1.0 マニュアル 第 1.0 版 制作者 : かずさ DNA 研究所櫻井望 制作日 : 2010 年 1 月 12 日 目次 1. はじめに 2 1-1. KaPPA-Average とは 2 1-2. 動作環境 3 1-3. インストールと起動 3 2. 操作説明 4 2-1. メイン機能 - Calc. Average 4 2-1-1. データの準備 4 2-1-2.

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エピジェノミクス解析編 2016/08/10 Filgen ChIP-seq (Transfactor & Histone), Bisulfite webex seminar 株式会社キアゲンアプライドアドバンストゲノミクス宮本真理, PhD 1 アジェンダ ChIP-seq 解析 Transcription Factor ChIP-seq Histone ChIP-seq Bisulfite-seq

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V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合

ChIP-seq

ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため

IonTorrent RNA-Seq 解析概要 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science

IonTorrent RNA-Seq 解析概要 2017-03 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science 資料概要 この資料は IonTorrent シーケンサーで RNA-Seq (WholeTranscriptome mrna ampliseqrna mirna) 解析を実施されるユーザー様向けの内容となっています

プロジェクト概要 ー ヒト全遺伝子 データベース（H-InvDB）の概要と進展

個別要素技術 2 疾患との関連情報の抽出 予測のための 技術開発 平成 20 年 11 月 18 日産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チーム 今西規 1 個別要素技術 2 課題一覧 1 大量文献からの自動知識抽出と文献からの既知疾患原因遺伝子情報の網羅的収集 2 疾患遺伝子情報整備と新規疾患遺伝子候補の予測 3 遺伝子多型情報整備 1 大量文献からの自動知識抽出と

KEGG.ppt

1 2 3 4 KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html http://www.genome.jp/kegg/kegg_ja.html 5 KEGG PATHWAY 生体内(外)の分子間ネットワーク図 代謝系 12カテゴリ 中間代謝 二次代謝 薬の 代謝 全体像 制御系 20カテゴリ

1:.anchors Menubar Sequence Navigation order Plot & Color options Left sidebar ON/OFF Right sidebar ON/OFF History / Bookmark Apply sequence order / p

GMV 2009 2 1 GMV GMV 1.1 GMV Murasaki GMV (GTK+ based Murasaki Viewer) 1.1.1 GMV GMV Murasaki (http://murasaki.dna.bio.keio.ac.jp/gmv.html) 1.1.2 gmv Open Anchors File ( 1) murasaki 1.1.3 GMV 2 GMV on/off

Slide 1

MEGA5 と Perl を用いた 分子進化解析の基礎 野澤昌文 2012 年 1 月 16 日基礎生物学研究所 ハンズオンセミナー 1 分子進化研究における一般的手法 相同な配列の比較 塩基配列 配列名塩基配列 A A T G G T A C A C B A T G A T A C A C C A T G G T A C A T アミノ酸配列 配列名 アミノ酸配列 A Met Val His B

Maser - User Operation Manual

Maser 3 Cell Innovation User Operation Manual 2013.4.1 1 目次 1. はじめに... 3 1.1. 推奨動作環境... 3 2. データの登録... 4 2.1. プロジェクトの作成... 4 2.2. Projectへのデータのアップロード... 8 2.2.1. HTTPSでのアップロード... 8 2.2.2. SFTPでのアップロード...

国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日

生物情報工学 BioInforma*cs 3 遺伝子データベース 16/06/09 1 国際塩基配列データベース n DNA のデータベース GenBank ( アメリカ :Na,onal Center for Biotechnology Informa,on, NCBI が運営 ) EMBL ( ヨーロッパ : 欧州生命情報学研究所が運営 ) DDBJ ( 日本 : 国立遺伝研内の日本 DNA データバンクが運営

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2016 年 10 月 19 日 ( 水 ) バイオ情報解析演習 ウェブツールを活用した生物情報解析 (1) 配列と代謝経路の解析の基礎 有用物質生産菌を合理的に作ろう! 設計 試作 ベンチテスト 完成 プラスミド 効率的な代謝経路を設計する 文献調査代謝パスウェイの探索代謝シミュレーション 実際に微生物に組み込む データベースから有用遺伝子を探索する遺伝子組換え技術 培養をして問題点を突き止める

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生命情報実験 A バイオインフォマティクスの道具箱 比較ゲノム解析 慶應義塾大学生命情報学科 榊原康文, 佐藤健吾 比較ゲノム解析 u n n ゲノム配列情報の蓄積 決定済 : 真核生物 183 種, 原核生物 3956 種 進行中 : 真核生物 4628 種, 原核生物 15233 種 (2013 年 4 月現在,GOLD Genomes OnLine Database v4.0) u 比較ゲノム解析の手順

スライド 1

医学研究における 次世代シーケンサ技術の活用 大阪府立成人病センター研究所 久木田洋児 IBISW2011 医学研究における次世代シーケンサーの用途 個人ゲノム解読 (Personal Genomics) のための技術 human genome re-sequencer 研究 一般的な疾患の遺伝素因探索 全ゲノム相関解析の検出限界以下 ( 付近 ) の稀な疾患変異探索 単遺伝子疾患原因遺伝子探索 (>3000

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Introduction to key concepts in Illumina sequencing data analysis イルミナシーケンスデータ解析入門その前に 癸生川絵里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx,

VPN ユーザを管理し、RV016、RV042、RV042G および RV082 VPN ルータの速い VPN を設定して下さい

VPN ユーザを管理し RV016 RV042 RV042G および RV082 VPN ルータの速い VPN を設定して下さい 目標 バーチャルプライベートネットワーク (VPN) はインターネットのようなパブリックネットワークに異なるネットワークのエンドポイントを 接続する方法です VPN の有用なアプリケーションはそれらにインターネットにアクセスできる限り VPN クライアントソフトウェアのリモートユーザがプライベートネットワークのアクセス情報安全にできることことです

MiSeqのランのセットアップ時・開始時 に起こるトラブルの対処方法

イルミナソフトウェアを用いた NGS データの解析におけるヒント Dec 4, 2015 渡邊大イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,

我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標 ゲノム育種 ( グリーンサイエンス ): ブルーベリー オオムギ イネ

モンテカルロ法による分子進化の分岐図作成 のための最適化法 石井一夫 1 松田朋子 2 古崎利紀 1 後藤哲雄 2 1 東京農工大学 2 茨城大学 2013 9 9 2013 1 我々のビッグデータ処理の新しい産業応用 広告やゲーム レコメンだけではない 個別化医療 ( ライフサイエンス ): 精神神経系疾患 ( うつ病 総合失調症 ) の網羅的ゲノム診断法の開発 全人類のゲノム解析と個別化医療実現を目標

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編

CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 変異解析編 22 nd Dec., 2015 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Dec., 2015_V1 1 本日の内容 データのインポート 3 リファレンスデータの取得 10 データフォーマット 21 解析ワークフロー 22 変異のフィルタリング 77 変異データのエクスポート

Microsoft PowerPoint - 阿部貴志.ppt

微生物ゲノムの共通プロトコルによる 遺伝子配列情報の提供 国立遺伝学研究所生命情報 DDBJ 研究センター阿部貴志 http://gtps.ddbj.nig.ac.jp/ DNA Data Bank of Japan International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC) (DDBJ) Growth of the International

Microsoft Word - RefWorksコース（ _.doc

RefWorks ユーザー登録 RefWorks にアクセス 個人アカウントの作成 をクリック 0.0- RefWorks 情報基盤センター学術情報リテラシー係 文献リストをサクっと作成 ~RefWorks を使うには ~ ユーザ登録 学内 / 学外アクセス方法 この画面が出たら グループコードを入力 学外からの利用の流れ : SSL-VPN Gateway サービス (GACoS) SSL-VPN

Microsoft PowerPoint - SNGS_Ana講習会5月29日.pptx

NGS analyzer: 次世代シークエンス解析プログラム 独立行政法人理化学研究所情報基盤センター HPCI 計算生命科学推進プログラム須永泰弘 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 1 NGS analyzer とは? 次世代シークエンサー (NGS) からの塩基配列データを用いて マッピング PCR の除去 SNP タイピング 欠失挿入の検出を行う 一連の作業はパイプライン化してある

Bioinformatics2

バイオインフォマティクス配列データ解析 2 藤 博幸 データベース検索 (1) ブラウザで NCBI を検索 (2)NCBI で配列データの取得 (3)NCBI で BLAST 検索 ブラウザで NCBI を検索 ブラウザで NCBI を検索 クリック ブラウザで NCBI を検索 NCBI トップページ National Center for Biotechnology Information 分

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CLC Genomics Workbench ~ アプリケーションおよびバージョン 8 新機能の紹介 ~ フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 本日の内容 1. CLC Genomics Workbench 概要 2. 基本機能 3. 解析アプリケーション 4. バージョン 8 新機能 : デモンストレーション ( 一部 ) 5. その他機能 6.

2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < Enrichment アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサ

2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2014 Illumina, Inc. All rights

Proselfの利用方法

Proself の利用方法 東海大学札幌校舎 第 1.1 版 目次 1. Proself を利用するには... 1 1.1. ウェブからの利用... 1 1.2. 閲覧用ソフトウェアをインストールして利用... 1 1.2.1. Windows の場合... 1 1.2.2. Android の場合... 2 1.2.3. ios の場合... 2 1.2.4. Proself Client と同期ツール...

成果 本研究の解析で着目したのは 25 の遺伝性疾患とそれらの 57 の原因遺伝子で これらは ACMG が推奨する 偶発的 二次的所見としての遺伝情報の結果の返却を推奨する遺伝子のセットのうち常染色体上のものに相当し 大部分が遺伝性腫瘍や遺伝性循環器疾患の原因遺伝子です 本研究では 当機構で作成し

背景 全ゲノム解析や全エクソーム解析により ヒトゲノムの多様性の大量データが得られる時代となりました 当機構でも 日本人の全ゲノム解読を大規模に行い 検出された一塩基変異のリファレンスパネルを構築し 疾患と遺伝要因との関係解明のための研究に活用できるよう 国内外での利用促進を行っています 一方で ゲノム全体をカバーする解析は 疾患の原因遺伝子の塩基配列の解読もされてしまうこともあって 偶発的所見 二次的所見についての扱いのポリシーが課題になっています

Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq

NGS Maser 2013/10/17 Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq

目次 ページ 1. 本マニュアルについて 3 2. 動作環境 4 3. ( 前準備 ) ライブラリの解凍と保存 5 4. モデルのインポート 6 5. インポートしたモデルのインピーダンス計算例 8 6. 補足 単シリーズ 単モデルのインポート お問い合わせ先 21 2

SIMetrix/SIMPLIS ライブラリ ユーザーマニュアル 2018 年 8 月 株式会社村田製作所 Ver1.0 1 22 August 2018 目次 ページ 1. 本マニュアルについて 3 2. 動作環境 4 3. ( 前準備 ) ライブラリの解凍と保存 5 4. モデルのインポート 6 5. インポートしたモデルのインピーダンス計算例 8 6. 補足 単シリーズ 単モデルのインポート

スケジューリングおよび通知フォーム のカスタマイズ

CHAPTER 6 この章では Outlook 予定表から会議をスケジュールまたは会議に参加するために [MeetingPlace] タブをクリックしたときに表示される項目の最も簡単なカスタマイズ方法について説明します 次の項を参照してください スケジューリングフォームと会議通知 (P.6-1) スケジューリングフォームおよび会議通知のカスタマイズ (P.6-2) MeetingPlace タブのフォームのデフォルト情報とオプション

Partek Flow リリースノート バージョン : Partek Flow バージョン は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド

Partek Flow リリースノート バージョン : 5.0.16.0414 Partek Flow バージョン 5.0.16.0414 は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド内のインストール手順を実行して下さい 改善点を以下に列挙します Partek Flow ホームページ

NGSハンズオン講習会

207.08.08 版 プラスアルファの内容です NGS 解析 ( 初 ~ 中級 ) ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料 ( プラスアルファ ) 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム寺田朋子 門田幸二 Aug 29-30 207 Contents Gepard でドットプロット 連載第 8 回 W5-3 で最も長い sequence 同士のドットプロットを実行できなかったが

Microsoft Word - RefWorksコース doc

論文リストをサクっと作成 ~RefWorks を使うには ~ ユーザ登録 学内 / 学外アクセス方法 RefWorks 学内から GACoS 定番データベース から http://www.refworks.com/refworks 学外から グループコードで利用 http://www.refworks.com/refworks 学外から SSL-VPN Gateway サービス ( 要 ECCS アカウント

Maeda140303

2014 NGS NIBB - - - - FASTA / FASTQ - BED GFF/GTF WIG - SAM / BAM - SAMtools Web HTML (PC/), OS (Windows/Mac), IE/Chrome/Safari NGS Wet - - NGS - FASTA, FASTQ, csfastq, FASTA/qual, SRA, - BED, GFF/GTF,

修士論文予稿集の雛型

2010 年度第 6 回情報処理学会東北支部研究会 ( 山形大学 ) 資料番号 10-6-A5-1 バクテリアの塩基配列における文字の含量を用いた解析山形大学大学院理工学研究科応用生命システム工学専攻小池公洋 木ノ内誠 1. はじめに近年多くの生物の全ゲノム配列が決定されている 2010 年 3 月現在 バクテリアでは 1400 種以上の全ゲノム配列が決定されている 決定された配列から生命現象を解明するために

1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 MEGA のホームページ (http://www.megasoftware.net/index.php) から MEGA 5 software をコンピュータにインストールする 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment E

MEGA 5 を用いた塩基配列解析法および分子系統樹作成法 Ver.1 Update: 2012.04.01 ウイルス 疫学研究領域井関博 < 内容 > 1. MEGA 5 をインストールする 1.1 ダウンロード手順 2. 塩基配列を決定する 2.1 Alignment Explorer の起動 2.2 シークエンスデータの入力 2.2.1 テキストファイルから読み込む場合 2.2.2 波形データから読み込む場合

計画研究 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシン

計画研究 2005 2009 年度 定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用 田平 知子 1) 久木田 洋児 2) 堀内 孝彦 3) 1) 九州大学生体防御医学研究所 林 健志 1) 2) 大阪府立成人病センター研究所 研究の目的と進め方 3) 九州大学病院 研究期間の成果 ポストシークエンシング時代のゲノム科学研究では 多因子性 遺伝性疾患の関連解析による原因遺伝子探索が最重要課題であ 1.

レポート 課 題 : 次 世 代 シークエンサーが 産 出 する 大 規 模 シークエンシ ングデータを 生 命 科 学 にどう 活 かすか? というお 題 で A4レポート 用 紙 1 枚 程 度 の 文 章 ( 講 義 の 感 想 自 分 で 調 べたこと などなど)を 書 いてください 提 出

2015 年 4 月 16 日 生 命 情 報 特 別 講 義 第 2 次 世 代 シークエンサーの インフォマティクス 佐 藤 健 吾 慶 應 義 塾 大 学 理 工 学 部 生 命 情 報 学 科 satoken@bio.keio.ac.jp レポート 課 題 : 次 世 代 シークエンサーが 産 出 する 大 規 模 シークエンシ ングデータを 生 命 科 学 にどう 活 かすか? というお

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Easy Sep

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スライド 1

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使いこなそう！CLC Genomics Workbench パート１ QCからトリミング

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Slide 1

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1 コーチ 802001677 宮崎 744500076 2 コーチ 802004883 宮崎 744500098 3 コーチ 802006099 宮城 740400015 4 コーチ 802009308 大阪 742700351 5 コーチ 802012742 沖縄 744700018 6 コーチ 802012867 静岡 742100061 7 コーチ 803001619 青森 740200007

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ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG

機能ゲノム学（第6回）

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