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こうじさだい
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1 見てわかるタンパク質ー生命科学における立体構造データの利用法 HOMCOSサーバを用いた複合体立体構造の検索とモデリング川端猛 ( 大阪大学蛋白質研究所 ) kawabata@protein.osaka-u.ac.jp 本サーバは創薬等支援技術プラットフォーム事業の支援を受けて開発されています年 10 月 1 日 ( 水 ) 東北大学青葉山東キャンパス工学研究科情報科学研究科棟 G01

2 複合体立体構造は単量体構造より機能情報が豊富 ADP Substrate Peptide PPA Cyclin A2 Cyclin-dependent protein kinase (CD2) 複合体立体構造から以下のことがわかる (1) 他の分子との結合部位変異体の解釈設計阻害剤の設計改変 (2) 結合反応のメカニズムの理解 3D Complex of CD2+ADP +Cyclin A2 + Peptide (PDBcode:3qhw)

3 ホモロジーモデリングによる複合体の予測既知の立体構造 V W E I E I N G V Q V F F A V F E I I Q G I E V F F A G 予測立体構造タンパク質 - タンパク質複合体 A Q A E V G W D A Q Q I G F D 化合物 - タンパク質複合体 V F E I I Q G V W E I E I N G タンパク質単量体 GWVEIEIN.. GWVEIEIN.. QVVFAF.. IVAWGDQAE.. 既知の立体構造予測立体構造既知の立体構造予測立体構造

4 HOMCOS : 複合体立体構造の検索モデリングサーバ HOMology modeling of COmplex Structure PDBに収納された複合体の立体構造データを活用するためのサーバアミノ酸配列化学構造を入力として複合体立体構造の検索結合部位の予測ホモロジーモデリングによる複合体の立体構造予測が可能配列相同性検索はBAS 化学構造類似性検索はCOMBUを使用サービス入力 1 入力 2 出力 PDB 内の結合分子の検索複合体立体構造のモデリングタンパク質に対する結合分子の検索化合物に対する結合分子の検索アミノ酸配列化合物構造入力に相同なタンパク質の結合分子の一覧入力に類似した化合物の結合タンパク質の一覧ホモ多量体のモデルアミノ酸配列ホモ多量体の3Dモデル構造ヘテロ多量体のモデル化合物ータンパク質複合体のモデルアミノ酸配列 A アミノ酸配列 B ヘテロ多量体の 3D モデル構造アミノ酸配列化合物構造化合物タンパク質複合体の3Dモデル構造

5 mmcif 形式の PDB をベースに作成従来の PDB 形式のファイルには記載されていなかった以下の情報を積極的に利用 (1) asym_id : 旧フォーマットの鎖識別子 (auth_asym_id) より一般化された分子単位の識別子 (2) Biological unit ( 生物学的単位 ) がより明確に記載それぞれの生物学的単位にはassembly_idが割り当てられている [assembly_id] 三つのコードの組合せで分子の座標が決まる [pdb_id] _ [asym_id] _ [oper_expression]

asym_id : 分子の ID. 一般化された鎖識別子鎖識別子従来の PDB フォーマット (1gbn) AOM 3827 OX PHE A 439 58.197 80.519 13.437 1.00 46.03 AOM 3828 H PHE A 439 61.385 78.646 13.698 1.00 0.

84 HEAM11497 N3 GAB A 440 56.512 49.442 15.108 1.00 25.04 HEAM11500 C2A PP A 441 55.267 48.237 20.196 1.00 14.28 HEAM11503 C4 PP A 441 55.563 47.531 16.488 1.00 17.15 HEAM11506 C6 PP A 441 55.078 45.

6 asym_id : 分子の ID. 一般化された鎖識別子鎖識別子従来の PDB フォーマット (1gbn) AOM 3827 OX PHE A AOM 3828 H PHE A ER 3829 PHE A 439 HEAM11488 C1' GAB A HEAM11491 C1 GAB A HEAM11494 C4 GAB A HEAM11497 N3 GAB A HEAM11500 C2A PP A HEAM11503 C4 PP A HEAM11506 C6 PP A HEAM11509 P PP A HEAM11512 O3P PP A HEAM11513 C1 GBC B mmcif フォーマット (1gbn) 残基番号 Chain A loop atom_site.group_pdb _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.pdbx_pdb_ins_code _atom_site.cartn_x _atom_site.cartn_y _atom_site.cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.b_iso_or_equiv _atom_site.cartn_x_esd _atom_site.cartn_y_esd _atom_site.cartn_z_esd _atom_site.occupancy_esd _atom_site.b_iso_or_equiv_esd _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.auth_atom_id _atom_site.pdbx_pdb_model_num AOM 3827 O OX. PHE A 1 402? ?????? 439 PHE A OX 1 AOM 3828 H H. PHE A 1 402? ?????? 439 PHE A H 1 HEAM C "C1'". GAB D 2.? ?????? 440 GAB A "C1'" 1 HEAM C C1. GAB D 2.? ?????? 440 GAB A C1 1 HEAM C C4. GAB D 2.? ?????? 440 GAB A C4 1 HEAM N N3. GAB D 2.? ?????? 440 GAB A N3 1 HEAM C C2A. PP D 2.? ?????? 441 PP A C2A 1 HEAM C C4. PP D 2.? ?????? 441 PP A C4 1 HEAM C C6. PP D 2.? ?????? 441 PP A C6 1 HEAM P P. PP D 2.? ?????? 441 PP A P 1 HEAM O O3P. PP D 2.? ?????? 441 PP A O3P 1 HEAM C C1. GBC E 3.? ?????? 440 GBC B C1 1 GAB Chain B PP Chain C

7 PDBcode:1a5k 非対称単位と生物学的単位 (Asymmetric Unit) (Biological Unit) Asymmetric Unit Biological Unit PDBcode:3gyr assembly_id=1 assembly_id=2 assembly_id=3 assembly_id=4 Asymmetric Unit assembly_id=5 assembly_id=6 assembly_id=7 assembly_id=8 Biological Unit

Biological Unit の記載例 mmcif フォーマット (1a5k) _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.

oper_expression 1,2,3 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,D,B,E,C,F # loop pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.

8 Biological Unit の記載例 mmcif フォーマット (1a5k) _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details PISA,PQS _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details nonameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 9 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1,2,3 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,D,B,E,C,F # loop pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 'crystal symmetry operation' 5_555 z,x,y 'crystal symmetry operation' 9_555 y,z,x oper_expression : 座標変換操作名従来の PDB フォーマット (1a5k) REMAR 300 BIOMOECUE: 1 REMAR 300 SEE REMAR 350 FOR HE AUHOR PROVIDED AND/OR PROGRAM REMAR 300 GENERAED ASSEMBY INFORMAION FOR HE SRUCURE IN REMAR 300 HIS ENRY. HE REMAR MAY ASO PROVIDE INFORMAION ON REMAR 300 BURIED SURFACE AREA. REMAR 350 mmcif format(1a5k) REMAR 350 COORDINAES FOR A COMPEE MUIMER REPRESENING HE NOWN REMAR 350 BIOOGICAY SIGNIFICAN OIGOMERIZAION SAE OF HE REMAR 350 MOECUE CAN BE GENERAED BY APPYING BIOM RANSFORMAIONS REMAR 350 GIVEN BEOW. BOH NON-CRYSAOGRAPHIC AND REMAR 350 CRYSAOGRAPHIC OPERAIONS ARE GIVEN. REMAR 350 REMAR 350 BIOMOECUE: 1 REMAR 350 AUHOR DEERMINED BIOOGICA UNI: NONAMERIC REMAR 350 APPY HE FOOWING O CHAINS: A, B, C REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM REMAR 350 BIOM 座標変換操作名 (oper_expression) とその変換を施す分子名 (asym_id) の組合せで biological unit が記述されている Asymmetric unit Biological unit (assembly_id=1)

loop pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.

9 loop pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_defined_assembly? hexameric 6 2 author_defined_assembly? hexameric 6 3 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 4 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 5 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 6 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 7 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 8 software_defined_assembly PISA,PQS dimeric 2 # loop pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list Biological Unit の記載例複数の Biological unit がある場合はそれぞれ別の assembly_id が振られている 1 1 A,M,N,O,P,Q,UB,B,R,S,,U,V,VB,C,W,X,Y,Z,AA,WB,D,BA,CA,DA,EA,FA,XB,E,GA,HA,IA,JA,A,YB,F,A,MA,NA,OA,PA,ZB 2 1 G,QA,RA,SA,A,UA,AC,H,VA,WA,XA,YA,ZA,BC,I,AB,BB,CB,DB,EB,CC,J,FB,GB,HB,IB,JB,DC,,B,B,MB,NB,OB,EC,,PB,QB,RB,SB,B,FC 3 1 F,A,MA,NA,OA,PA,ZB,J,FB,GB,HB,IB,JB,DC 4 1 E,GA,HA,IA,JA,A,YB,,B,B,MB,NB,OB,EC 5 1 A,M,N,O,P,Q,UB,I,AB,BB,CB,DB,EB,CC 6 1 B,R,S,,U,V,VB,H,VA,WA,XA,YA,ZA,BC 7 1 C,W,X,Y,Z,AA,WB,G,QA,RA,SA,A,UA,AC 8 1 D,BA,CA,DA,EA,FA,XB,,PB,QB,RB,SB,B,FC assembly_id=6 assembly_id=7 assembly_id=8 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z Asymmetric unit assembly_id=1 assembly_id=3 assembly_id=4 assembly_id=5 PDBcode:3gyr assembly_id=2

10 生物学的単位の記載法のまとめ PDBエントリには非対称単位(Asymmetric unit) が記載されている生物学的単位(Biological unit) は複数個記載されており assembly_idで区別される assembly_id=1 assembly_id=3 PDBcode:3gyr 生物学的単位 (Biological unit) を構成する分子の座標は [asym_id]_[oper_expression] の組み合わせで同定される PDBcode:1a5k A_1 B_1 C_1 A_2 B_2 C_2 A_3 B_3 C_3

11 HOMCOS : 複合体立体構造の検索モデリングサーバ HOMology modeling of COmplex Structure PDBに収納された複合体の立体構造データを活用するためのサーバアミノ酸配列化学構造を入力として複合体立体構造の検索結合部位の予測ホモロジーモデリングによる複合体の立体構造予測が可能配列相同性検索はBAS 化学構造類似性検索はCOMBUを使用サービス入力 1 入力 2 出力 PDB 内の結合分子の検索複合体立体構造のモデリングタンパク質に対する結合分子の検索化合物に対する結合分子の検索アミノ酸配列化合物構造入力に相同なタンパク質の結合分子の一覧入力に類似した化合物の結合タンパク質の一覧ホモ多量体のモデルアミノ酸配列ホモ多量体の3Dモデル構造ヘテロ多量体のモデル化合物ータンパク質複合体のモデルアミノ酸配列 A アミノ酸配列 B ヘテロ多量体の 3D モデル構造アミノ酸配列化合物構造化合物タンパク質複合体の3Dモデル構造

12 ヘテロ多量体のモデリング Cyclin-dependent kinase 3 (CD3_HUMAN ) と Cyclin-B1 (CCNB1_HUMAN) の複合体のモデリング

13 ヘテロ蛋白質複合体のモデリング配列 A と相同なタンパク質のリスト問い合わせアミノ酸配列 A GWVEIEIN... PDB に登録された蛋白質のアミノ酸配列群 QVVFAF... 問い合わせアミノ酸配列 B BAS 検索 >1vwg_A >1vwg_B >2g9x_A >2g9x_B BAS 検索 1vwgA 2g9xA 8atcA 1fq5A : 1vwg_1 A1 B1 2g9x_1 A1 B1 1jsu_1 A1 B1 8atc_2 A1 B1 2fi5_1 E2 I1 : 結合している分子の表 1vwgB 2g9xB 2fi5I 2eufA : 配列 B と相同なタンパク質のリスト相同な複合体の一つを鋳型として取り出す E I I G F I Q 配列の置き換え 1vwg_1 A1 B1 G W I N E E V V E Q F F I V V A V A 予測立体構造 F F Sequence-replaced model G

14 HOMCOS サーバへのアクセス (1) にアクセスする (2) [Go to Japanese page] をクリック (3) ヘテロ多量体のモデルをクリック

15 ヘテロ多量体のモデリング [1] 問い合わせ蛋白質の配列 A と B を入力する (i) PDB_ID+ 鎖 (ii) Uniprot ID (iii) アミノ酸配列の三通り [3] 複合体のモデル構造が表示される UNIPRO_ID のタンパク質 A に CD3_HUMAN を UNIPRO_ID のタンパク質 B に CCNB1_HUMAN を入力 CD3_HUMAN: Cyclin-dependent proten kinase 3 CCNB1_HUMAN :G2/mitotic-specific cyclin B1 [2] 配列 A と配列 B について PDB に対して BAS 検索が実行される

16 モデル構造のページタンパク質 A の鋳型とのアラインメントタンパク質 B の鋳型とのアラインメント小文字の a,b で結合部位も表示される Sequence-replaced model を PDB 形式でダウンロード鋳型 (template) 構造を PDB 形式でダウンロード Sequence-replaced model: 大まかな残基レベルの予測モデル鋳型立体構造と座標データは全く同じでアミノ酸名とアミノ酸番号とだけを入れ替えてある Modeller のスクリプトファイルをダウンロードできる詳細な原子モデルのモデリングが直ちに可能

17 低分子 - タンパク質複合体のモデリング Cyclin-dependent kinase 3 (CD3_HUMAN ) と Iressa / Gefitinib (IRE) の複合体のモデリング

18 化合物ータンパク質複合体のモデリング問い合わせアミノ酸配列 VAWGDQ PDB に登録されたアミノ酸配列のデータベース BAS 検索 >1vwg_A >1vwg_B >2g9x_A 問い合わせ配列と相同なタンパク質のリスト 2g9xA 1jsuA 1fq5A 8atcA : 2g9x_1 A1 B1(SH) 1jsu_1 A1 B1(C39) 8atc_1 A1 B1(PP) 2fi5_2 E2 I2(AP) : 鋳型となる複合体構造の選択 SH G I F A D Q 2g9x_1 A1 B1 Q PDB に登録された化合物のデータベース問い合わせ化合物 SH C39 GBC COMBU 検索コンタクトしている分子の表 SH C39 GBC : 問い合わせ化合物と類似した化合物のリスト問い合わせ配列に置き換え fkcombuで問い合わせ化合物を重ね合わせる G V W A D Q A E Sequence-replaced model

HOMCOS サーバへのアクセス (1) http://homcos.pdbj.

19 HOMCOS サーバへのアクセス (1) にアクセスする (2) [Go to Japanese page] をクリック (3) 化合物 - タンパク質複合体のモデルをクリック

CD3_HUMAN Query : Iressa/Gefitinib (IRE) [1]PROEIN の UNIPRO_ID には CD3_HUMAN を

20 化合物ータンパク質複合体のモデリングタンパク質のアミノ酸配列 (i) PDB_ID+ 鎖 (ii) Uniprot ID (iii) 1 文字表記の配列. 化合物の構造 (i) PDB の 3 文字表記 (ii) SMIES (iii) ファイルのアップロード [3] 複合体のモデル構造が表示されるクエリタンパク質 CD3_HUMAN Query : Iressa/Gefitinib (IRE) [1]PROEIN の UNIPRO_ID には CD3_HUMAN を COMPOUND の PDB three letter ligand code には IRE を入力 [2] アミノ酸配列対 PDBのBAS 検索化合物対 PDBのCOMBU 検索が実行される

21 モデル構造のページモデル化合物構造 (IRE) 鋳型化合物構造 (DQ) タンパク質は Sequence-replaced model ( アミノ酸名だけを入れ替えたモデル ) 化合物は fkcombu によってフレキシブルに構造を変形させている標的化合物 (IRE) 鋳型化合物 (DQ)

22 タンパク質に対する結合分子の検索 CD3_HUMAN (Cyclin-dependent kinase 3) SPIC_HUMAN (ranscription factor Spi-C)

23 問い合わせ配列 GWVEIEIN PDB に登録されたアミノ酸配列のデータベース PDB に登録された化合物のデータベース問い合わせ化合物タンパク質に対する結合分子の検索 BAS 検索 C39 >1vwg_A >1jsu_B SH COMBU 検索 GBC 相同なタンパク質のリスト 2g9xA 1w98A 1fq1B : 1vwg_1 A1 B1 2g9x_1 A1 B1 : コンタクトしている分子の表 1vwg_1 A1 B1 2g9x_1 A1 B1 : コンタクトしている分子の表 SH C39 GBC : 類似した化合物のリスト問い合わせ配列とコンタクトする分子の予測リスト化合物に対する結合タンパク質の検索問い合わせ化合物とコンタクトする分子の予測リスト

24 HOMCOS サーバへのアクセス (1) にアクセスする (2) [Go to Japanese page] をクリック (3) タンパク質に対する検索をクリック

25 タンパク質に対する結合分子の検索 (CD3) [1] 問い合わせタンパク質の配列は以下の 3 通りで入力できる (i) PDB_ID+ 鎖 (ii) Uniprot ID (iii) アミノ酸配列 [2] アミノ酸配列 vspdb に対して BAS 検索が実行され相同なタンパク質と結合している分子の一覧が表示されるタンパク質の UNIPRO_ID に CD3_HUMAN を入力

26 タンパク質に対する結合分子検索の結果 (CD3) 単量体のモデル 3D 構造ヘテロ二量体のモデル 3D 構造化合物複合体のモデル 3D 構造鋳型とアラインメントされた領域と予測結合部位をバー表示を示す

27 DNA 二重鎖の場合の注意 (SPIC) SPIC_HUMAN (ranscription factor Spi-C) でタンパク質に対する検索を実行した場合 use all chain in the biological unit をクリック HOMCOS は DNA 二重鎖を二つの分子として別々に扱っているため片方の核酸分子しか表示されない Biological unit に含まれるすべての分子が表示される

28 タンパク質に対する結合分子の検索各アミノ酸部位ごとの変異体の解析を目指した解析 ARSA_HUMAN (Arylsulfatase A)

29 タンパク質に対する結合分子の検索 (ARSA) [1] 問い合わせタンパク質の配列は以下の 3 通りで入力できる (i) PDB_ID+ 鎖 (ii) Uniprot ID (iii) アミノ酸配列 [2] アミノ酸配列 vspdb に対して BAS 検索が実行され相同なタンパク質と結合している分子の一覧が表示されるタンパク質の UNIPRO_ID に ARSA_HUMAN を入力 [3] アミノ酸部位ごとの解析をまとめた Siteable が表示される

30 予測二次構造や露出度部位ごとの解析をまとめた Siteable(ARSA) このサイトに結合する複合体の情報ホモログのアミノ酸頻度 UniProt のアノテーション UniProt の病因性変異の情報 288 番目の部位の情報をまとめたページホモログのアミノ酸頻度 : 頻度の低いアミノ酸への変異は病因性であることが多いことが経験的に知られている (SIF スコアなどの動作原理 )

eukodystrophy metachromatic という遺伝病に関係する 288 Arg

31 288 番目の部位 (Arg) の解析のまとめ (ARSA) UniProt のアノテーション UniProt の病因性変異の情報ホモログのアミノ酸頻度 Arg Cys Arg His は eukodystrophy metachromatic という遺伝病に関係する 288 Arg このサイトに結合する複合体の情報 288 番目の部位が結合部位となる複合体予測立体構造を表示 CSN

32 化合物に対する結合タンパク質の検索 Carazorol (CAU)

33 問い合わせ配列 GWVEIEIN PDB に登録されたアミノ酸配列のデータベース PDB に登録された化合物のデータベース問い合わせ化合物タンパク質に対する結合分子の検索 BAS 検索 C39 >1vwg_A >1jsu_B SH COMBU 検索 GBC 相同なタンパク質のリスト 2g9xA 1w98A 1fq1B : 1vwg_1 A1 B1 2g9x_1 A1 B1 : コンタクトしている分子の表 1vwg_1 A1 B1 2g9x_1 A1 B1 : コンタクトしている分子の表 SH C39 GBC : 類似した化合物のリスト問い合わせ配列とコンタクトする分子の予測リスト化合物に対する結合タンパク質の検索問い合わせ化合物とコンタクトする分子の予測リスト

34 HOMCOS サーバへのアクセス (1) にアクセスする (2) [Go to Japanese page] をクリック (3) 化合物に対する検索をクリック

35 化合物に対する結合分子の検索 (CAU) 化合物の構造は以下の 3 通りで入力できる (i) PDB の 3 文字表記 (ii) SMIES (iii) ファイルのアップロード [1]COMPOUND の PDB three letter ligand code に CAU を入力 [2] 上位 3 つの化合物をチェックする CAU:Carazolol カラゾロール Β2 アドレナリン受容体の部分逆アゴニスト薬

36 化合物に対する結合分子の検索 (CAU) BEA-1 ADRENERGIC RECEPOR(2ycw) + CAU EXEGUCANASE 1 (2y3i) + XX6 カラゾロール (CAU) も exoglucanase と結合できるかもしれない...

分子表示ソフトの使い方の入門書見てわかる構造生命科学生命科学研究へのタンパク質構造の利用中村春木編 B5 変 320 ページ化学同人税抜 5000 円すぐ, 手軽に, 構造データを利用したい. そんな読者のために, 構造データをどのように表示させどう読み解くかを具体的に示した.

37 分子表示ソフトの使い方の入門書見てわかる構造生命科学生命科学研究へのタンパク質構造の利用中村春木編 B5 変 320 ページ化学同人税抜 5000 円すぐ, 手軽に, 構造データを利用したい. そんな読者のために, 構造データをどのように表示させどう読み解くかを具体的に示した. 知りたい情報を自由に引き出すためのノウハウが満載第 1 部で RasMol, UCSF Chimera, PyMO の使い方を解説第 2 部では各章一つの蛋白質を取り上げより実践的に解説第 1 部構造生命科学入門編 Chapter-0 基本的な分子グラフィックソフトの操作法 (RasMol, UCSF Chimera, PyMO) 第 2 部構造生命科学実践編 Structure-1 カルモジュリン Structure-2 鉄 - 硫黄タンパク質 Structure-3 スライディングクランプ Structure-4 ヌクレオソーム Structure-5 Ras タンパク質 Structure-6 プロテインキナーゼ Structure-7 G タンパク質共役型受容体 (GPCR) Structure-8 カリウムチャネル Structure-9 抗体 Structure-10 主要組織適合抗原 (MHA) Structure-11 リボソーム Structure-12 シャペロニン Structure-13 プロテアソーム Structure-14 ミオシン Structure-15 ダイニン Structure-16 光化学系 Ⅱ

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