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1 > mm <- read.table("box1_r.txt", header=t) Box1_R.data mm > mm TRT DATA 1 DM DM DM DM DM DM DM DM DDT DDT DDT DDT AZO AZO AZO AZO DB DB DB DB DK DK DK DK Con Con Con Con 1077 > attach(mm) mm mm

2 > TRT <- factor(trt) mm TRT > bartlett.test(data ~ TRT) data: DATA by TRT Bartlett's K-squared = 5.559, df = 6, p-value = aov > fn <- oneway.test(data ~ TRT) > fn One-way analysis of means (not assuming equal variances) data: DATA and TRT F = , num df = 6.00, denom df = 9.23, p-value = > shapiro.test(data) Shapiro-Wilk normality test data: DATA W = 0.978, p-value = aov > fn <- kruskal.test(data ~ TRT) > fn Kruskal-Wallis rank sum test data: DATA by TRT Kruskal-Wallis chi-squared = , df = 6, p-value = > fm <- aov(data ~ TRT) DATA ~ TRT aov > summary(fm) aov TRT e-05 *** Residuals

3 > pairwise.t.test(data, TRT, p.adj="holm") data: DATA and TRT AZO Con DB DDT DK DM1 Con DB DDT DK DM DM e P value adjustment method: holm > pairwise.t.test(data, TRT, p.adj="bonferroni") data: DATA and TRT AZO Con DB DDT DK DM1 Con DB DDT DK DM DM e > interval <- TukeyHSD(fm, "TRT", ordered=f, conf.level=0.95) > interval Tukey multiple comparisons of means 95% family-wise confidence level Fit: aov(formula = DATA ~ TRT) $TRT diff lwr upr p adj Con-AZO DB-AZO

4 DDT-AZO DK-AZO DM1-AZO DM2-AZO DB-Con DDT-Con DK-Con DM1-Con DM2-Con DDT-DB DK-DB DM1-DB DM2-DB DK-DDT DM1-DDT DM2-DDT DM1-DK DM2-DK DM2-DM > plot(interval) > detach() detach > rm(list=ls()) DM2 DM1 DM1 DB DDT Con DB AZO 95% family wise confidence level Differences in mean levels of TRT > mm <- read.table("box2_r.txt", header=t) > mm REP TRT DATA 1 1 S S S S

5 5 1 S S S S S S S S S S S S S S S S S S S S > attach(mm) > REP <- factor(rep) > TRT <- factor(trt) > bartlett.test(data ~ REP) data: DATA by REP Bartlett's K-squared = , df = 3, p-value = > bartlett.test(data ~ TRT) data: DATA by TRT Bartlett's K-squared = , df = 5, p-value = > fm <- aov(data ~ REP + TRT) DATA~REP+TRT > summary(fm) REP ** TRT Residuals

6 TRT REP > pairwise.t.test(data, TRT, p.adj="bonferroni") data: DATA and TRT S100 S125 S150 S25 S50 S S S S S > pairwise.t.test(data, REP, p.adj="bonferroni") data: mm$data and mm$rep > detach() detach > rm(list=ls()) > mm <- read.table("box3_r.txt", header=t) > mm REP V N DATA 1 1 V1 N V1 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V2 N V2 N V3 N

7 12 1 V3 N V3 N V3 N V3 N V1 N V1 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V3 N V3 N V1 N V1 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V3 N V3 N V1 N V1 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V3 N V3 N > attach(mm) > REP <- factor(rep) > V <- factor(v) > N <- factor(n) > bartlett.test(data ~ REP)

8 data: DATA by REP Bartlett's K-squared = , df = 3, p-value = > bartlett.test(data ~ V) data: DATA by V Bartlett's K-squared = , df = 2, p-value = > bartlett.test(data ~ N) data: DATA by N Bartlett's K-squared = , df = 4, p-value = > fm <- aov(data ~ REP + V + N + V:N) REP V N V:N > summary(fm) REP ** V * N < 2.2e-16 *** V:N Residuals V*N V + N + V:N > fm <- aov(data ~ REP + V*N) > summary(fm) REP ** V * N < 2.2e-16 *** V:N Residuals > pairwise.t.test(data, REP, p.adj="bonferroni") data: DATA and REP

9 > pairwise.t.test(data, N, p.adj="bonferroni") data: DATA and N N0 N1 N2 N3 N1 1.6e N2 3.7e N3 5.3e N4 5.8e e > pairwise.t.test(data, V, p.adj="bonferroni") data: mm$data and mm$v V1 V2 V2 1 - V3 1 1 > detach() detach > rm(list=ls()) > mm <- read.table("box4_r.txt", header=t) > mm

10 > attach(mm) > REP <- factor(rep) > N <- factor(n) > V <- factor(v) > bartlett.test(data ~ REP)

11 data: DATA by REP Bartlett's K-squared = , df = 2, p-value = > bartlett.test(data ~ N) data: DATA by N Bartlett's K-squared = , df = 5, p-value = 2.665e-07 > bartlett.test(data ~ V) data: DATA by V Bartlett's K-squared = , df = 3, p-value = > fm <- aov(data ~ REP + N*N + Error(REP/N)) N Error(REP/N) N > summary(fm) Error: REP Residuals Error: REP:N N N e-06 *** Residuals Error: Within V N:N V < 2.2e-16 *** N:V e-10 *** Residuals > pairwise.t.test(data, REP, p.adj="bonferroni")

12 data: DATA and REP > pairwise.t.test(data, N, p.adj="bonferroni") data: DATA and N N0 N1 N2 N3 N4 N N N N N > pairwise.t.test(data, V, p.adj="bonferroni") data: DATA and V V1 V2 V3 V V V4 2.7e e > detach() detach > rm(list=ls()) > mm <- read.table("box5_r.txt", header=t) > mm REP V N DATA 1 1 V1 N1 2373

13 2 1 V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V4 N V4 N V4 N V5 N V5 N V5 N V6 N V6 N V6 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V4 N V4 N V4 N V5 N V5 N V5 N V6 N V6 N V6 N V1 N V1 N V1 N V2 N V2 N V2 N V3 N V3 N V3 N V4 N V4 N V4 N V5 N V5 N V5 N V6 N V6 N V6 N > attach(mm) > REP <- factor(rep) > V <- factor(v) > N <- factor(n) > bartlett.test(data~rep)

14 data: DATA by REP Bartlett's K-squared = , df = 2, p-value = > bartlett.test(data~v) data: DATA by V Bartlett's K-squared = , df = 5, p-value = > bartlett.test(data~n) data: DATA by N Bartlett's K-squared = , df = 2, p-value = > fm <- aov(data ~ REP + V*N + Error(REP/V)) > summary(fm) Error: REP Df Sum Sq Mean Sq REP Error: REP:V V ** Residuals Error: Within N e-09 *** V:N *** Residuals > fm <- aov(data ~ REP + V*N + Error(REP/N)) > summary(fm) Error: REP Df Sum Sq Mean Sq REP

15 Error: REP:N N ** Residuals Error: Within V e-07 *** V:N ** Residuals > fm <- aov(data ~ REP + V*N + Error(REP/N*V)) > summary(fm) Error: REP Df Sum Sq Mean Sq REP Error: V Df Sum Sq Mean Sq V Error: REP:N N ** Residuals Error: REP:V Residuals Error: REP:N:V V:N *** Residuals

16 Error: REP Df Sum Sq Mean Sq REP Error: REP:V V ** Residuals Error: REP:N N ** Residuals Error: REP:N:V V:N *** Residuals

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