コメ判別用PCR Kit II

Similar documents
Multiplex PCR Assay Kit

TaKaRa PCR Human Papillomavirus Detection Set

コメDNA 抽出キット(精米20 粒スケール)

TaKaRa PCR Human Papillomavirus Typing Set

Multiplex PCR Assay Kit Ver. 2

Bacterial 16S rDNA PCR Kit

TaKaRa PCR FLT3/ITD Mutation Detection Set

Gen とるくん™(酵母用)High Recovery

コメDNA 抽出キット(精米、玄米1 粒スケール)

16S (V3-V4) Metagenomic Library Construction Kit for NGS

Bacterial 16S rDNA PCR Kit

BKL Kit (Blunting Kination Ligation Kit)

<4D F736F F D2095C494D18EAF95CA837D836A B81698ADD8DAA A2E646F6378>

Western BLoT Immuno Booster

DNA/RNA調製法 実験ガイド

PrimeScript® II 1st strand cDNA Synthesis Kit

DNA Fragmentation Kit

■リアルタイムPCR実践編

MightyAmp™ DNA Polymerase Ver.3

O-157(ベロ毒素1 型、2 型遺伝子)One Shot PCR Typing Kit Ver.2

遺伝子検査の基礎知識

遺伝子検査の基礎知識

ISOSPIN Blood & Plasma DNA

TaKaRa DEXPAT™

O-157(ベロ毒素1 型、2 型遺伝子)PCR Typing Set Plus

培養細胞からの Total RNA 抽出の手順 接着細胞のプロトコル 1. プレート ( またはウエル ) より培地を除き PBSでの洗浄を行う 2. トリプシン処理を行い 全量を1.5ml 遠心チューブに移す スクレイパーを使って 細胞を掻き集める方法も有用です 3. 低速遠心 ( 例 300 g

Virus Test Kit (HIV, HTLV, HCV, HBV, ParvoB19) Ver.2

プロトコール集 ( 研究用試薬 ) < 目次 > 免疫組織染色手順 ( 前処理なし ) p2 免疫組織染色手順 ( マイクロウェーブ前処理 ) p3 免疫組織染色手順 ( オートクレーブ前処理 ) p4 免疫組織染色手順 ( トリプシン前処理 ) p5 免疫組織染色手順 ( ギ酸処理 ) p6 免疫

Microsoft Word - FMB_Text(PCR) _ver3.doc

ChIP Reagents マニュアル

PrimeScript RT reagent Kit (Perfect Real Time)

Oligotex ™-dT30 <Super> mRNA Purification Kit (From total RNA)

MEGALABEL™

Western BLoT Rapid Detect

組織からのゲノム DNA 抽出キット Tissue Genomic DNA Extraction Mini Kit 目次基本データ 3 キットの内容 3 重要事項 4 操作 4 サンプル別プロトコール 7 トラブルシューティング 9 * 本製品は研究用です *

実験操作方法

Pyrobest ® DNA Polymerase

Probe qPCR Mix

PowerPoint プレゼンテーション

ISOSPIN Plasmid

TaKaRa Bradford Protein Assay Kit

ノーウオ―クウイルスのPCR法

5’-Full RACE Core Set

PrimeSTAR® HS DNA Polymerase

PrimeScript®One Step RT-PCR Kit Ver. 2

Cytotoxicity LDH Assay Kit-WST


PrimeScript™ RT reagent Kit (Perfect Real Time)

Human Mitochondrial DNA (mtDNA) Monitoring Primer Set

cDNA cloning by PCR

DNA 抽出条件かき取った花粉 1~3 粒程度を 3 μl の抽出液 (10 mm Tris/HCl [ph8.0] 10 mm EDTA 0.01% SDS 0.2 mg/ml Proteinase K) に懸濁し 37 C 60 min そして 95 C 10 min の処理を行うことで DNA

MLPA 法 Q&A 集

3'-Full RACE Core Set

DNA Blunting Kit

無細胞タンパク質合成試薬キット Transdirect insect cell

炭疽菌PCR Detection Kit

in vitro Transcription T7 Kit (for siRNA Synthesis)

鳥インフルエンザA(H7N9)ウイルス検出マニュアル(第2版)公開用

EpiScope® ChIP Kit (anti-mouse IgG)

Microsoft Word - H30eqa麻疹風疹実施手順書(案)v13日付記載.docx

- 目 次 -

small RNA Cloning Kit

PrimeScript® One Step RT-PCR Kit Ver. 2 (Dye Plus)

DNA シークエンス解析受託サービスを効率よく利用して頂くために シークエンス解析は お持ち頂くサンプルの DNA テンプレートの精製度 量 性質によ って得られる結果が大きく左右されます サンプルを提出しても望み通りの結果が返っ てこない場合は 以下の点についてご検討下さい ( 基本編 ) 1.

パナテスト ラットβ2マイクログロブリン

Taro-04-1(雌雄判別)

DNA Ligation Kit <Mighty Mix>

TaKaRa BCA Protein Assay Kit

Microsoft Word - ケミストリープロトコル_v5_2012_Final.doc

Human Cell-Free Protein Expression System

PrimeScript® RT-PCR Kit

ISOPLANT マニュアル第10版

手順 ) 1) プライマーの設計 発注変異導入部位がプライマーのほぼ中央になるようにする 可能であれば 制限酵素サイトができるようにすると確認が容易になる プライマーは 25-45mer で TM 値が 78 以上になるようにする Tm= (%GC)-675/N-%mismatch

Human Housekeeping Gene Primer Set, Mouse Housekeeping Gene Primer Set, Rat Housekeeping Gene Primer Set

IFN Response Watcher(for RNAi experiment)

はじめてのリアルタイムPCR

PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase

取扱説明書

LA PCR™i n vitro Cloning Kit

Protocol for CRISPR/Cas system in medaka ver Materials ベクター pcs2+hspcas9: Cas9 vector, Amp 耐性, [Addgene Plasmid 51815] pdr274: sgrna vector, K

<81798CF6955C817A95BD90AC E8E EED95CA8DEC95748FF38BB52E786C73>

Microsoft Word - NPK-801F取説(10-04) doc

[PDF] GST融合タンパク質バッチ精製プロトコール

_

酵素の性質を見るための最も簡単な実験です 1 酵素の基質特異性と反応特異性を調べるための実験 実験目的 様々な基質を用いて 未知の酵素の種類を調べる 酵素の基質特異性と反応特異性について理解を深める 実験準備 未知の酵素溶液 3 種類 酵素を緩衝液で約 10 倍に希釈してから使用すること 酵素溶液は

PrimeSTAR® Mutagenesis Basal Kit

Microsoft Word - タンパク質溶液内酵素消化 Thermo

Bacterial 16S rDNA Clone Library Construction Kit

食肉中のザルコシスチス暫定遺伝子検査法

目 次 Ⅰ. キットの構成 3 Ⅱ. その他必要な器具 装置 3 Ⅲ. 試薬の調製法 4 Ⅳ. 操作手順 ( ローレンジ法 ) 5 小麦タンパク質濃度の算出法 6 標準曲線の例 6 グルテン含量の算出法 7 Ⅴ. 操作手順 ( ハイレンジ法 ) 7 グルテン含量の算出法 8 Ⅵ. キットの保存条件と

プロトコル 細胞 増殖 / 毒性酸化ストレス分子生物学細胞内蛍光プローブ細胞染色ミトコンドリア関連試薬細菌研究用試薬膜タンパク質可溶化剤ラベル化剤二価性試薬イオン電極 その他 機能性有機材料 酵素 (POD,ALP) を標識したい 利用製品 < 少量抗体 (10μg) 標識用 > Ab-10 Rap

QCWS 参考プロトコル DNA 抽出 QCWS 参考プロトコル DNA 抽出 平成 29 年度版 作成者 日本組織適合性学会認定制度委員会 QCWS 部会 HLA タイピングワーキンググループ

TaKaRa RNA PCR Kit (AMV) Ver.3.0

14551 フェノール ( チアゾール誘導体法 ) 測定範囲 : 0.10~2.50 mg/l C 6H 5OH 結果は mmol/l 単位でも表示できます 1. 試料の ph が ph 2~11 であるかチェックします 必要な場合 水酸化ナトリウム水溶液または硫酸を 1 滴ずつ加えて ph を調整

NGS検査_SOP(案)v1

Tks Gflex™ DNA Polymerase

生物学に関する実験例 - 生化学 / 医療に関する実験例 ラジオアッセイ法によるホルモン測定 [ 目的 ] 本実習では, 放射免疫測定 (Radioimmunoassay,RIA) 法による血中インスリンとイムノラジオメトリックアッセイ ( 免疫放射定測定 Immunoradiometric ass

( 別添 ) ヒラメからの Kudoa septempunctata 検査法 ( 暫定 ) 1. 検体採取方法食後数時間程度で一過性の嘔吐や下痢を呈し, 軽症で終わる有症事例で, 既知の病因物質が不検出, あるいは検出した病因物質と症状が合致せず, 原因不明として処理された事例のヒラメを対象とする

遺伝子検査の基礎知識

1. 腸管出血性大腸菌 (EHEC) の系統解析 上村健人 1. はじめに近年 腸管出血性大腸菌 (EHEC) による食中毒事件が度々発生しており EHEC による食中毒はその症状の重篤さから大きな社会問題となっている EHEC による食中毒の主要な汚染源の一つとして指摘されているのが牛の糞便である

Transcription:

食品 環境分析用 コメ判別用 PCR Kit II 説明書 v201611da

本キットでは 4 種のプライマー対によるマルチプレックス PCR を行います コシヒカリ ( コシヒカリ BL は除く ) 以外の他の主要品種注 ) の場合 4 種類のプライマー対による 4 種類の増幅産物 (0.8 1.2 1.6 1.8 kb) のうち 少なくとも 1 種類は増幅産物が得られます 一方 コシヒカリ ( コシヒカリ BL は除く ) では いずれの増幅産物も得られません 本キットを用いることで 特にコシヒカリ ( コシヒカリ BL は除く ) について 遺伝子レベルでの種籾の管理や精米 米飯の選定が可能となります 注 ) コシヒカリ以外の 48 品種 ( 表 1) につき 4 種のプライマー対による 4 種の増幅産物のいずれかが得られることを確認しています なお 表 1 に記載のない品種については 確認しておりません 一方 全国 33 都道府県のコシヒカリ原種 ( コシヒカリ BL は除く ) について 4 種の増幅産物がいずれも得られないことを確認しています なお コシヒカリ BL については前記コシヒカリと異なる結果を示す場合があります 表 1. コシヒカリ以外の 48 品種 1 ひとめぼれ 2 ヒノヒカリ 3 あきたこまち 4 きらら 397 5 キヌヒカリ 6 ほしのゆめ 7 はえぬき 8 むつほまれ 9 日本晴 10 ササニシキ 11 つがるロマン 12 ハナエチゼン 13 夢つくし 14 朝の光 15 月の光 16 あいちのかおり 17 祭り晴 18 あきほ 19 ゆきまる 20 むつかおり 21 まなむすめ 22 かけはし 23 キヨニシキ 24 どまんなか 25 越路早生 26 ゆきの精 27 ほほほの穂 28 ゆめあかり 29 能登ひかり 30 アキツホ 31 アケボノ 32 朝日 33 ヤマホウシ 34 ヤマヒカリ 35 黄金錦 36 コガネマサリ 37 レイホウ 38 ミネアサヒ 39 ふさおとめ 40 かりの舞 41 どんとこい 42 アキニシキ 43 ながのほまれ 44 フクヒカリ 45 ゴロピカリ 46 初星 47 中生新千本 48 森のくまさん I. 内容 (100 反応分 ) 1.TaKaRa Taq (5 U/μl) 50 μl (250 U) 2.10 PCR Buffer (Mg 2+ free) 1 ml 3.MgCl2(25 mm) 1 ml 4.dNTP Mixture(2.5 mm each) 800 μl 5.Primer Mixture 240 μl 6.Loading Buffer 700 μl 7.DNA Marker Solution 100 μl II. 保存 20 2

III. キット以外に必要な試薬 機器 ( 主なもの ) 本キットを用いた判別には さらに次のような試薬 機器が必要です 試薬 1. アガロース Agarose L03 TAKARA ( 製品コード 5003/5003B) PrimeGel Agarose LE 1-20K( 製品コード 5800A) など 2. 電気泳動用 Buffer Tris-Acetate-EDTA Buffer (TAE) 50x Powder, ph8.3( 製品コード T9131) 3. DNA マーカー phy Marker( 製品コード 3404A/B) φx174 Hae III digest( 製品コード 3405A/B) 100 bp DNA Ladder( 製品コード 3407A/B) など 4. DNA 染色剤エチジウムブロマイド 5. DNA 抽出用試薬類 *1 機器 1. PCR 装置 *2 TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Touch( 製品コード TP350) TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Gradient( 製品コード TP600) 2. 卓上遠心機 3. 電気泳動装置 Mupid-2plus( 製品コード M-2P) など 4. UV トランスイルミネーター ( 波長 300 nm 前後のもの ) 5. 電気泳動用ゲル撮影用装置 その他 各種チューブ 各種ピペットなど * 1: PCR の結果は サンプル DNA 量 純度に影響されます * 2: PCR の結果は 使用する PCR 装置により影響を受けます 本キットは TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice により至適化されています 他機種をご使用の場合 結果が異なる場合があります IV. 操作上の注意 1. PCR 装置の取扱いは各装置の取扱説明書に従ってください 2. 反応液の調製から検出まで 次の 4 エリアを設定し 物理的に隔離することを推奨します (X. 補足 : エリア分けについてを参照 ) コンタミネーション発生の原因となりますので エリア 4 以外では増幅産物の入ったチューブの開閉は避けてください エリア 1:PCR 反応液の調製 分注を行います エリア 2: 検体の調製 (DNA 抽出等 ) を行います エリア 3:PCR 反応液へ鋳型 DNA の添加を行います エリア 4: 電気泳動等で PCR 増幅産物の解析を行います 3. 試薬汚染 ( コンタミネーション ) による誤った判定を防ぐために 使用するマイクロピペット用チップは 1 回毎に交換してください 4. エチジウムブロマイドなど DNA 染色剤を扱う場合 および DNA 染色剤で染色したゲルを取り扱う場合は 必ず手袋を着用し 直接液が触れないようご注意ください 3

V. コメゲノム DNA の調製例 ( エリア 2 で実施 ) V-1.CTAB 法による精米粉からの DNA 抽出 (0.4 g) 注意 : 精製スタートから手袋を着用し 検体のクロスコンタミネーションを起こさないようにしてください すべての操作において ボルテックスミキサーでの攪拌はしないでください 1. コメ 20 粒をコーヒーミルで粉砕する ( 数秒ずつ様子を見ながら数回行う ) 2. ロックつき 2.0 ml チューブ ( エッペンドルフ社 ) に精米粉 0.4 g をとり あらかじめ混合し 65 に保温した 2 CTAB *1 0.6 ml 精製水 0.2 ml の混合液を加え混和する 3. 65 の湯浴中で 30 分間振とうする (10 分おきに転倒混和 ) 4. CIA *2 を 0.8 ml 加え 転倒混和する 5. ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間混和する 6. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 7. 液が 3 層に分離後 最上層を新しいロックつき 2.0 ml チューブに速やかに移す 8. 65 の 10% CTAB *3 を上清に対し 1/10 量加える 9. 等量の CIA を加え 転倒混和を行う 10. ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間混和する 11. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 12. 上層を新しいロックつき 2.0 ml チューブに速やかに移す 13. 65 に加温した沈殿用 Buffer *4 をチューブ目盛り 2 ml まで加え ( 前操作で得られた上層の 3 ~ 4 倍量 ) ゆっくり転倒混和する 14. 4 で 30 ~ 60 分間 (- 20 の場合 5 分 あるいは氷上で 10 分間程度 ) 放置する 15. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 20 分間 ) 16. 上清を除去し 1M NaCl/TE *5 を 200 μl 加え 沈殿物を溶解する 17. 等量のイソプロピルアルコール 200 μl を重層し ゆっくり転倒混和する 18. ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間混和する 19. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 20. 上清を除去し 冷却 70% エタノール *6 を 50 μl 加え 洗浄する 21. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 10 分間 ) 22. 上清を除去し エタノール臭が無くなるまで沈殿物を自然乾燥する 23. TE *7 を 200 μl 加え 沈殿物を溶解する ( 手で軽く叩く程度 ) 24. RNase A(10 mg/ml QIAGEN 社など ) を 1 μl 加え 55 で 30 ~ 60 分間放置する 25. 中性フェノール *8 を 200 μl 加え 転倒混和を行う 26. ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間混和する 27. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 28. 上層を新しいロックつき 2.0 ml チューブに移す 29. 等量の PCI *9 を加え 転倒混和を行う 30. ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間混和する 31. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 32. 上層を新しいロックつき 2.0 ml チューブに移し 氷中に入れる 33. 液量を量り 上清の 1/ 25 倍量 5M NaCl *10 を加え 2 ~ 2.5 倍量冷却エタノール *11 を静かに重層し ゆっくり転倒混和後 氷上に 30 分間静置する 34. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 15 分間 ) 35. 上清を除去し 冷却 70% エタノールを 50 μl 加え 洗浄する 36. 遠心分離を行う (15,000 rpm 4 5 分間 ) 37. 上清を除去し エタノール臭がしなくなるまで 30 分間 蓋を開けた状態で沈殿物を自然乾燥する 38. 沈殿に 1/10 TE *12 を 30 μl 加え 静置にて overnight で溶解後 静かにピペッティングを行い 均質化する 39. 得られた溶液を 50 ~ 100 倍に希釈して 吸光度計にて 260 nm および 280 nm における吸光度を測定する ( 可能なら 220 nm ~ 320 nm の吸収スペクトルを測定する ) 40. 4 で保存する 4

41. OD260 = 1 の場合を 50 μg/ml として 操作 39. で得られた測定値から DNA 濃度を計算する なお OD260/OD280 の値が 1.8 以上であれば タンパク質はほぼ除かれていると考えられる < 試薬調製 > * 1:2 CTAB 0.1 M Tris-HCl (ph8.0) 20 mm EDTA (ph8.0) 1.4 M NaCl 2% Cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) 調製法 :4 g の CTAB を精製水 100 ml で加温しながら溶解 1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 を 20 ml 添加 0.5 M EDTA (ph8.0) *14 を 8 ml 添加 5 M NaCl *10 を 56 ml 添加 精製水で 200 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 * 2:CIA クロロホルム / イソアミルアルコール (24/1, v/v) 調製法 : クロロホルム 288 ml イソアミルアルコール 12 ml よく混合 ( 遮光 4 保存 ) * 3:10% CTAB 0.7 M NaCl 10% Cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) 調製法 :2 g の CTAB を精製水 15 ml で加温しながら溶解 5 M NaCl *10 を 2.8 ml 添加 精製水で 20 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 * 4: 沈殿用 Buffer 50 mm Tris-HCl (ph8.0) 10 mm EDTA (ph8.0) 1% Cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) 調製法 :1 g の CTAB を精製水 70 ml で加温しながら溶解 1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 を 5 ml 添加 0.5 M EDTA (ph8.0) *14 を 2 ml 添加 精製水で 100 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 * 5:1 M NaCl/TE 10 mm Tris-HCl (ph8.0) 1 mm EDTA (ph8.0) 1 M NaCl 調製法 :1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 1 ml 0.5 M EDTA (ph8.0) *14 0.2 ml 5 M NaCl *10 20 ml 精製水で 100 ml に fill upし オートクレーブ後室温保存 5

* 6: 冷却 70% エタノール調製法 : エタノール (99.5 V% 特級) 70 ml 精製水にて 100 ml に fill up 後 20 フリーザー保存 * 7:TE 10 mm Tris-HCl (ph8.0) 1 mm EDTA (ph8.0) 調製法 :1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 10 ml 0.5 M EDTA (ph8.0) *14 2 ml 精製水で 1,000 ml に fill upし オートクレーブ後室温保存 * 8: 中性フェノール調製法 : 市販フェノール ( 特級 ) を 65 で融解 8- ヒドロキシキノリンを 0.05 ~ 0.1%(w/w) 程度の濃度になるよう添加後 等量の 1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 を加え激しく混合 水層 ( 上層 ) を除去し 水層の ph が 7.5 以上になるまでこの操作を繰り返す 等量の 0.1 M Tris-HCl (ph8.0) *13 を加え混合 2,000 rpm 5 分間遠心後冷暗所に保存し 酸化して赤みを帯びたものは使用しない * 9:PCI フェノール / クロロホルム / イソアミルアルコール (25/24/1, v/v/v) 調製法 : 中性フェノール 50 ml クロロホルム 48 ml イソアミルアルコール 2 ml 良く混合し 遮光 4 保存 ( 水層が分離するまで静置 ) * 10:5 M NaCl 調製法 : 29.22 g の NaCl を精製水にて溶解後 100 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 * 11: 冷却エタノール調製法 : エタノール (99.5 V% 特級 ) を 20 フリーザーにて保存 * 12:1/10 TE 1 mm Tris-HCl (ph8.0) 0.1 mm EDTA (ph8.0) * 7 の TE を精製水にて 10 倍希釈する * 13:1 M Tris-HCl (ph8.0) 調製法 : 121.14 g の Tris (hydroxymethyl) aminomethane を 500 ml の精製水にて溶解 25 において ph8.0 になるまで HCl を添加 精製水で 1,000 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 6

* 14:0.5 M EDTA (ph8.0) 調製法 : 372.2 g の Ethylenediaminetetraacetic acid disodium salt dehydrate を精製水 700 ml にて懸濁 25 において ph8.0 になるまで NaOH を添加 1,000 ml に fill up し オートクレーブ後室温保存 精米 20 粒からの DNA 調製にはコメ DNA 抽出キット ( 精米 20 粒スケール )( コメ判別用 PCR Kit 用 )( 製品コード 9103) もご使用いただけます V-2. コメ 1 粒からの DNA 調製方法 ( 酵素法 ) 注意 : すべての操作において ボルテックスミキサーでの攪拌はしないでください 操作 3. における処理時間は種々の条件で異なってきますので 予備実験により処理時間の目安をつけておいてください 1. 精米試料 1 粒を 1.5 ml 容量のプラスチックチューブに採り 精製水 50 μl を加え スタンドに立てて 室温で 1 時間浸漬する 2. チューブの蓋に注射針 23 G 1 にて中心に一点穴を開ける 3. 適当なラックにチューブを立て 電子レンジのあたためモードにて 6 ~ 12 分間加熱する ( まず 2 分 2 回加熱し その後軽く遠心して蓋に付着した水滴を一旦落とし更に 2 分加熱する 米粒に芯が残っていれば さらに 2 分ずつ加熱を続ける ) 4. 抽出 Buffer *1 を 300 μl 加え, 米飯をチップの先で細かく潰す 5. 15 mg/ml となるよう精製水で溶解した耐熱性 α - アミラーゼ (Bacillus licheniformis 由来 Sigma 社製 )10 μl を加え 80 で 1 時間放置する 6. 33 μl の 2% SDS *2 および 20 μl の Proteinase K( 製品コード 9034 など ) を加え 55 で 1 時間放置する 7. 遠心分離 (15,000 rpm 1 分間 ) を行う 8. 沈殿物を吸い上げないように上清を新しいロック付き 2 ml チューブ ( エッペンドルフ社製 ) に移し 2 ~ 2.5 倍量の冷却エタノール *3 を加えて手でゆっくり転倒混和し 氷上に 15 分間静置する 9. 遠心分離 (15,000 rpm 4 15 分間 ) し 沈殿を 300 μl の TE *4 で溶解する 10. 1 μl の RNase A(10 mg/ml, QIAGEN 社など ) を加え 55 で 1 時間放置する 11. PCI *5 を 300 μl 加え ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間攪拌する 12. 遠心分離 (15,000 rpm 4 15 分間 ) し 上清を新しいロック付き 2 ml チューブに移す 13. 等量の PCI *5 を加え ローテーター (15 回転 / 分 ) で 15 分間攪拌する 14. 遠心分離 (15,000 rpm 4 15 分間 ) し 上層を新しいロック付き 2 ml チューブに移しすぐに氷に漬ける 15. その後 上清に 2 ~ 2.5 倍の冷却エタノール *3 を加えて手でゆっくりと転倒混和し 氷上に 10 分間静置する 16. 遠心分離 (15,000 rpm 4 15 分間 ) し 沈殿を 50 μl の冷却 70% エタノール *6 で洗浄する ( このとき 沈殿を失わないように注意する ) 17. 遠心分離 (15,000 rpm 4 15 分間 ) を行う 18. 上清を除去しエタノール臭がなくなるまで自然乾燥する ( このとき 沈殿を失わないように注意する ) 19. 沈殿に 1/10 TE *7 を 30 μl 加え 静置にて overnight で溶解後 静かにピペッティングを行い 均質化する 20. 操作 19. で得られた溶液を 50 ~ 100 倍に希釈後 吸光度計にて 260 nm および 280 nm における吸光度を測定する ( 可能なら 220 nm ~ 320 nm の吸収スペクトルを測定する ) 21. 4 で保存する 7

22. OD260 = 1 の場合を 50 μg/ml として 操作 20. で得られた測定値から DNA 濃度を計算する なお OD260/OD280 の値が 1.8 以上であれば タンパク質はほぼ除かれていると考えられる 本方法は 炊飯米からでも DNA 抽出が可能です 炊飯米の場合は 試料検体 1 粒を 1.5 ml 容量のプラスチックチューブに採り 操作 4. から始めてください < 試薬調製 > * 1: 抽出 Buffer 100 mm Tris-HCl (ph8.0) 100 mm NaCl 調製法 : 1 M Tris-HCl (ph8.0) 10 ml 5 M NaCl 2 ml 精製水で 100 ml に fill upし オートクレーブ後室温保存 * 2:2% SDS (2% (W/V) Sodium Dodecyl Sulfate) 調製法 :Dodecyl sulfate sodium salt 2 g 精製水にて溶解し 100 ml に fill up 0.22 μmフィルターにて濾過滅菌後 室温保存 * 3: 冷却エタノール * 4:TE * 5:PCI * 6: 冷却 70% エタノール * 7:1/10 TE V-1 項 * 11 参照 V-1 項 * 7 参照 V-1 項 * 9 参照 V-1 項 * 6 参照 V-1 項 * 12 参照 未加熱の精米 1 粒からの DNA 調製には前記酵素法の他 コメ DNA 抽出キット ( 製品コード 9197) もご使用いただけます VI.PCR 反応 1. 以下の 2 Master Mixture を氷上で調製する ( エリア 1 で実施 ) 必要数 +α 分の 2 Master Mixture をまとめて調製し 各反応チューブに 10 μl ずつ分注し 軽くふたをする [ 2 Master Mixture(1 反応分 )] 試薬 10 PCR Buffer (Mg 2+ free) MgCl2(25 mm) dntp Mixture(2.5 mm each) Primer Mixture TaKaRa Taq(5 U/μl) 滅菌精製水 Total 使用量 2 μl 2 μl 2 μl 2.38 μl 0.15 μl * 1.47 μl * 10 μl *: 識別バンドが薄い場合 TaKaRa Taq(5 U/μl) を 0.2 μl に増やし 滅菌精製水を 1.42 μl にする 8

2. DNA 溶液を添加する ( エリア 3 で実施 ) 10 μl ずつ分注した 2 Master Mixture に DNA 溶液を添加後 最終反応液量を 20 μl とし しっかりふたをする 反応チューブを卓上遠心機で軽く遠心を行い サーマルサイクラーにセットする 試薬 2 Master Mixture DNA 溶液滅菌精製水 Total 使用量 10 μl X μl 20 μl 用いる DNA 溶液量は 純度などによって異なります V 項記載のプロトコールにより調製した DNA 溶液の場合 吸光度値を元に算出した DNA 量で約 100 ng ~ 400 ng 相当となる液量を目安にして用いてください コメ DNA 抽出キット ( 製品コード 9197 9103) により調製した DNA 溶液の場合 吸光度値を元に算出した DNA 量で約 10 ng 相当となる液量を目安にして用いてください 3. 以下の条件で反応を実施する [ PCR 条件 ] 96 2 分 94 1 分 62 1 分 35 サイクル 72 2 分 市販の加工米飯などから V-2. の酵素法で抽出精製した DNA を鋳型とする場合には 62 1 分 の工程を 58 ~ 60 1 分 にすることで増幅 DNA バンドが明瞭に出現することがあります VII. アガロースゲル電気泳動 ( エリア 4 で実施 ) 電気泳動用緩衝液には 1 TAE Buffer * を使用してください 1. アガロースゲルを作製する場合は 2%(W/V) になるよう Agarose を電気泳動用緩衝液で溶解し ゲルを作製する ( エチジウムブロマイド先染めの場合は ゲルを加熱溶解後 50 ~ 60 に冷却した時点で最終濃度 0.5 μg/ml になるようエチジウムブロマイド水溶液を加え 均一になるまで穏やかに攪拌する ) 2. ゲル調製に用いた緩衝液で満たした電気泳動槽に アガロースゲルを設置する 3. 各 PCR 反応液に 5 μl の Loading Buffer を添加し 1 ウェル当たり 10 μl 分の各 PCR 反応液を注入する 4. 3 ~ 5 V/cm の定電圧をかけ 色素がウェルから 3 ~ 5 cm に移動するまで電気泳動を行う *: 1 TAE Buffer:50 TAE Buffer を 50 倍希釈する [ 50 TAE Buffer 調製法 ] Tris-Acetate-EDTA Buffer (TAE) 50x Powder, ph8.3( 製品コード T9131) を用いて調製する VIII. PCR 増幅産物の確認 ( エリア 4 で実施 ) 1. 1 μg/ml のエチジウムブロマイド水溶液によりゲルを染色する ( エチジウムブロマイドによる先染めの場合 本工程は不要 ) 2. UV トランスイルミネーターにゲルをセットし 写真を撮影する 9

IX. 判別 検体がコシヒカリ ( コシヒカリ BL は除く ) の場合 約 0.8 kb 約 1.2 kb 約 1.6 kb 約 1.8 kb の大きさの PCR 増幅物がいずれも得られません しかし 鋳型 DNA が存在しない 或いは阻害物質等によって PCR 反応が進行しない場合にも PCR 増幅物が得られないという結果になるため コシヒカリと誤判定する恐れがあります したがって 確実な判定結果を得るには 必ず下記のようなコントロール実験を行ってください < コントロール実験例 ( 増幅物が得られなかった鋳型 DNA の検定 )> 本キットに用いたものと等量の検体鋳型 DNA を コメ判別用 PCR Kit I( 製品コード RR211A) を用いて検査します 電気泳動の結果 コシヒカリのパターンを示せば 鋳型 DNA は存在し 検体 DNA サンプル中に PCR 反応も阻害されていないことが証明されます < コントロール実験例 ( キット内容物の検定 )> 本キットで増幅物が得られる品種既知のサンプル ( 例 : あきたこまち きらら 397 など 表 1 参照 ) を Positive Control として 検体と同時に DNA 抽出処理を行い 本キットによる PCR で増幅産物が確認されれば 本キット内容物 ( 酵素 バッファー類 ) は正常に働いていると判断できます また 検体 DNA 溶解に用いた溶液を No Template Control として PCR を行い No Template Control では本キットによる PCR で増幅物が検出されなければ PCR 反応液にコンタミネーションがないことが確認できます 電気泳動パターンは図 1 をご参照ください M1 M2 1 2 3 4 5 6 M2 M3 約 1.8 kb 約 1.6 kb 約 1.2 kb 約 0.8 kb 図 1. アガロースゲル電気泳動例 (2% Agarose 1 TAE Buffer) M1: φ X174 Hae III digest(100 ng/lane) M2: DNA Marker Solution(10 μl/lane) M3: phy Marker(100 ng/lane) 1: No Template Control(1/10 TE) 2: コシヒカリ 3: 米検体 A 4: 米検体 B 5: 米検体 C 6: 米検体 D DNA Marker Solution を構成する 4 つのフラグメント DNA が 本キットに使用した 4 種のプライマー対で得られる増幅物の大きさを表します 図 1 では 約 1.6 kb と約 1.8 kb の増幅物を分離するために Loading Buffer の色素がウェルより約 5 cm 移動するまで泳動しています 10

X. 補足 : エリア分けについて エリア 1 試薬調製用 ( クリーンベンチ ) 専用白衣 エリア 3 鋳型添加用 ( クリーンベンチ ) エリア 2 通常の実験エリア 安全キャビネット 専用白衣 エリア 4 電気泳動室 エリア 1: 反応試薬のみを扱うエリア PCR 反応液の調製 分注を行う ( 鋳型となる DNA は一切持ち込まない ) エリア 2: 通常の実験エリア検体の取扱いや DNA 調製を行う 必要に応じて安全キャビネットを設置する エリア 3: 高濃度 DNA を扱うエリア分注済みの反応液への鋳型 DNA の添加を行う エリア 4:PCR 産物を取扱うエリア PCR 後の増幅産物を電気泳動する場合は エリア 1 2 3 とは異なる別室で行う XI. 関連製品 Agarose L03 TAKARA ( 製品コード 5003/5003B) PrimeGel Agarose LE 1-20K( 製品コード 5800A) Tris-Acetate-EDTA Buffer (TAE) 50x Powder, ph8.3( 製品コード T9131) phy Marker( 製品コード 3404A/B) φ X174 Hae III digest( 製品コード 3405A/B) 100 bp DNA Ladder( 製品コード 3407A/B) TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Touch( 製品コード TP350) TaKaRa PCR Thermal Cycler Dice Gradient( 製品コード TP600) Mupid-2plus( 製品コード M-2P) Proteinase K( 製品コード 9034) コメ DNA 抽出キット ( 精米 20 粒スケール )( コメ判別用 PCR Kit 用 )( 製品コード 9103) コメ DNA 抽出キット ( 製品コード 9197) コメ判別用 PCR Kit I( 製品コード RR211A) XII. 参考文献 米 PCR 品種判別におけるコシヒカリ用判別プライマーセットの開発 ( 大坪研一 中村澄子 今村太郎日本農芸化学会誌 (2002)Vol.76, No.4, 388-397) 11

XIII. 注意 1. 検査結果判定により発生する問題に関して タカラバイオ株式会社は一切の責任を負いません 2. コメ品種判別を行う場合には 本キットによる検定結果とともに 他法による検定結果をあわせて 総合的に判断されることをお勧めします 3. 本キットは 国立研究開発法人農業 食品産業技術総合研究機構食品総合研究所のライセンスを受けて ( 特許出願番号特願 2002-240084) タカラバイオ ( 株 ) が製造販売しています 4. 本製品は食品分析および環境分析用試薬です ヒト 動物への医療 臨床診断には使用しないようご注意ください また 食品 化粧品 家庭用品等として使用しないでください 5. タカラバイオの承認を得ずに製品の再販 譲渡 再販 譲渡のための改変 商用製品の製造に使用することは禁止されています 6. ライセンスに関する情報は弊社ウェブカタログをご覧ください 7. Thermal Cycler Dice はタカラバイオ株式会社の登録商標です TaKaRa Taq PrimeGel はタカラバイオ株式会社の商標です その他 本説明書に記載されている会社名および商品名などは 各社の商号 または登録済みもしくは未登録の商標であり これらは各所有者に帰属します v201611da