Winmostarご説明資料

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Winmostar - LAMMPS Tutorial 4 界面ビルダ V5.012 株式会社クロスアビリティ 2015/6/18

目次 I. 孤立系 ( 気相 ) II. 単成分液体 III. 混合液体 1 希薄水溶液 2 任意の濃度の溶液 IV. タンパク質 1 リガンドなし 2 リガンドあり V. ポリマー VI. 固液界面補足 Acpypeによる電荷の割り当て補足 RESP 電荷の割り当て 2017/10/01 Copy

V9 ビギナーズガイド 2019 年 3 月 5 日 株式会社クロスアビリティ

本書について 本書では Winmostar を初めて使う人を対象に その導入手順と基本操作を紹介します 不明な点がある場合や本書の通りに動かない場合はまず 随時更新されている よくある質問 をご確認ください 2

概要 常温常圧のテトラヒドロフラン (THF) の液体について 系の作成と平衡化計算と本計算を実行し エネルギーとトラジェクトリの確認 比熱 圧縮率 動径分布関数 自己拡散係数の算出を行います 1-I. 平衡化計算エネルギー極小化 1-Il. 平衡化計算温度一定 MD 1-Ill. 平衡化計算温度

ポリマー界面系概要 本演習の流れは以下のとおりである 1 接合用セルを作製ポリマーツールを使って PE( ポリエチレン ) と PP( ポリプロピレン ) のポリマーセルを作成する 2 接合条件設定接合面 (ab 面 bc 面 ca 面 ) と接合方向を指定する 3 積層数指定と接合実施接合面の積み

概要 水中のエタノール分子の溶媒和自由エネルギーを エネルギー表示 (ER) 法を用いて計算します 溶質 + 溶媒 溶媒のみ 溶質のみ それぞれの MD 計算を実施した後 エネルギー分布関数と自由エネルギーを計算します 溶液の MD ( 溶媒 + 溶質 ) 溶媒の MD

修正履歴 2015/10/19 版 Version 6 対応版 2015/11/25 版 溶媒系 溶液系の分子数の制限に関する記述を追加 2016/1/15 版 溶質の計算を剛体近似して省略するよう変更 高圧での平衡化を省略 細かい文章表現を調整 2016/6/30 版 V6.016 対応 版 V6

修正履歴 205/7/23 版 ( スライド 2) 修正履歴を追加 ( スライド ) MDP Run parameters 画面の差し替え ( スライド 26) [Cumulative Number RDF ] を選択する に修正 205/0/06 版 ( スライド 2) 修正履歴を追加

Winmostar- Gromacs Tutorial 2 タンパク系 (pdb2gmx を使用 ) V6.005 株式会社クロスアビリティ 2016/1/15

講師取締役千田範夫シニアコンサルタント竹内宗孝 の事業内容 Winmostar の開発 販売 科学技術計算コードの並列化 高速化 およびカスタム開発 計算化学コンサル etc 2

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< E89BB A838A834C D E786C73>

Transcription:

Winmostar ご紹介 https://winmostar.com/ http://x-ability.co.jp/wm4u.pdf 株式会社クロスアビリティ X-Ability Co.,Ltd. question@winmostar.com

株式会社クロスアビリティ 2

Winmostar とは? Winmostar TM は 分子モデリングから量子化学計算 分子動力学計算 固体物理計算の実行 および計算結果の表示 可視化までを PC 上で実現するソフトウェアです Winmostar の機能モデリング 可視化等の基本機能に以下が加わっています ポリマービルダ ( モノマー登録 ポリマービルダ ポリマーセルビルダ ) 界面ビルダ 結晶ビルダ 表面切り出し スラブ作成 ( 真空層挿入 ) 点群解析 ( 対称化および非対称単位抽出 ) Balloon を活用した簡易配座探索 SMILES による分子構造入力 分子表面積 / 体積 アスペクト比算出 Sterimol パラメータ算出 #2017 年 4 月 12 日現在 自動車 電機 化学 素材 医薬品メーカー 国研 大学など 549 ユーザのシングルライセンス 39 機関での年間ライセンス契約 毎日無償版 / トライアル版が平均 20 ダウンロードされています 3

Winmostar とは? 初期座標作成 分子モデリング 結晶モデリング GUI 計算ソルバー 解析結果 分子構造 電子状態 エネルギー変化 バンド構造 他 MOPAC6 MOPAC7 CNDO/S UV-Vis 計算ソルバ内蔵 Gaussian GAMESS NWChem Gromacs LAMMPS Amber Quantum ESPRESSO OpenMX FDMNES(XAFSスペクトル ) とのインターフェイス 赤字は分子軌道法 (MO) ソルバ青字は分子動力学法 (MD) ソルバ緑字は固体物理計算ソルバ 4

実行できる計算の種類 量子化学計算 固体物理計算 分子動力学計算 電子密度 分子軌道 点電荷 静電ポテンシャル IR ラマン UV-Vis, NMR スペクトル 反応座標 (IRC) 解析 遷移モーメントなど 格子定数 電子密度 点電荷 静電ポテンシャル XAFS スペクトル 仕事関数 バンド図 DOS 計算 有効遮蔽媒質 (ESM) 法など モル体積 熱膨張係数 比熱 体積弾性率 エンタルピー 自己拡散係数 動径分布関数 散乱関数 溶解度パラメータ χ パラメータ 溶媒和自由エネルギーなど 5

QM パック 量子力学に基づき 真空中 溶媒存在下での分子の特性を予測できます 1. 計算対象 有機分子 超分子 金属錯体等 溶媒効果 2. 計算手法 Hartree-Fock 法 密度汎関数法 ガウス基底 3. 対応ソルバ GAMESS, Gaussian, NWChem 等 4. 可視化 結果解析 分子軌道表示 構造最適化のアニメーション表示 スペクトル (UV-Vis, IR, Raman, NMR) 化学反応解析 ( 遷移状態 IRC) 6

Solid パック 量子力学に基づき 周期性のある固体 ( 結晶 表面 ) の特性を予測できます 1. 計算対象 結晶 ( 有機 無機 ) 表面 ( スラブモデル ) 2. 計算手法 密度汎関数法 平面波基底 + 擬ポテンシャル法 3. 対応ソルバ Quantum ESPRESSO, FDMNES 等 4. 可視化 結果解析 構造最適化アニメーション表示 第一原理 MD アニメーション表示 バンド図 DOS フェルミ面表示 Phonon バンド表示 XAFS スペクトル表示 7

MD パック 古典力学に基づき 分子集合体 ポリマーの熱力学量の予測できます 1. 計算対象 有機系 ( ポリマー 溶液等 ) 無機系 ( セラミックス 金属 半導等 ) 2. 計算手法 古典力学 ( 力場 ) 3. 対応ソルバ Gromacs LAMMPS 4. 可視化 結果解析 トラジェクトリのアニメーション表示 温度 圧力 拡散定数 弾性率 熱膨張 熱伝導率等 溶媒和自由エネルギー (ER 法 ) 8

リモートジョブ投入機能 お手元の PC 上でリソースが足りなくなってきたら リモートサーバ上で計算を行うことができます 計算ジョブ投入 SSH 計算結果 対応サーバ (Linux クラスター ) FOCUS,TSUBAME, 京 *.. 等対応キューイングシステム LSF,PBS,SLURM,SGE,NQS,ShareTask 等 9

ライセンス別機能一覧 モデリング機能 ( 1) プレゼンテーション機能 ( 1) 分子形状解析 ( 1) 基本モデリング機能クリーン ( 簡易分子力場法による構造最適化 ) 配座探索 (Balloon) SMILES 入力 3Dプリンタ (OpenSCAD) レイトレーシング (POV-Ray) GIFアニメーション 特許出願資料用表示分子表面積 / 体積計算 / 卵形度アスペクト比 / 慣性半径計算 Sterimolパラメータ計算点群解析 ( 表示のみ ) 半経験的量子化学計算 ( 1) MOPAC 入力データ作成 / 起動 (MOPAC6 内蔵 ) エネルギー準位 / 分子軌道 / 電荷表示双極子 / 遷移モーメント表示反応座標解析 CNDO/S 計算機能 (UV/Visスペクトル表示) 量子化学計算 ( 2) UV/Vis スペクトル表示 Raman/IR, NMR スペクトル表示 GAMESS/Firefly 入力データ作成 / 起動 NWChem 入力データ作成 / 起動 Gaussian 入力データ作成 / 起動 PIO 入力データ作成 / 起動点群解析 ( 対称化および非対称単位抽出 ) 10

ライセンス別機能一覧 ( 続き ) ジョブ管理機能ジョブ投入インターフェース ( リモート ) ジョブマネージャ ( ローカル ) 分子動力学 (MD) ( 3) Gromacs 入力データ作成 / 起動 LAMMPS 入力データ作成 / 起動 Amber 入力データ作成 / 起動 CONFLEX 入力データ作成 / 起動 QM/MM MD 計算 Gromacs 各種解析ツール起動 (LAMMPSコンバータ付) ポリマービルダ界面ビルダ自由エネルギー計算 (ER 法, BAR 法 ) 散逸粒子動力学 (DPD) 法固体物理計算 ( 4) 結晶ビルダ表面切り出しスラブ作成 ( 真空層挿入 ) Quantum ESPRESSO 入力データ作成 / 起動 FDMNES (XAFSスペクトル) 入力データ作成 / 起動第一原理 MD 計算バンド図, DOS 表示仕事関数 ESM 法 ( 1) 無償版でも利用可能な共通機能 ( 2)QM パックで利用可能 ( 3)MD パックで利用可能 ( 4)Solid パックで利用可能 11

Winmostar ライセンス QMパック + MDパック + Solidパック シングルライセンス ( 永久使用権 +1 年保守 ) 民間企業 官公庁教育機関民間企業 官公庁教育機関教育機関教育機関民間企業 官公庁 サイトライセンス ( 年間使用権 + 保守 ) 360,000 QM/MD/Solidパックのいずれか2つだと 270,000 QM/MD/Solidパックのいずれか1つだと 150,000 120,000 QM/MD/Solidパックのいずれか2つだと 90,000 QM/MD/Solidパックのいずれか1つだと 50,000 1,440,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 2 つだと 1,080,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 1 つだと 600,000 キャンパスライセンス ( 年間使用権 + 保守 ) 学科 専攻ライセンス ( 年間使用権 + 保守 ) 研究室ライセンス ( 年間使用権 + 保守 ) コーポレートライセンス ( 年間使用権 + 保守 ) 960,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 2 つだと 720,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 1 つだと 400,000 480,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 2 つだと 360,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 1 つだと 200,000 270,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 2 つだと 180,000 QM/MD/Solid パックのいずれか 1 つだと 100,000 個別見積 全ての機能 同一メールで同一バージョンが一回利用可能 3 か月利用可能なトライアル版がございます 12

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