141025mishima
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- ふじきみ ながだき
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1 NGS (RNAseq)
2 »NGS Now Generation Sequencer»NGS»» 4
3 NGS(Next Generation Sequencer) Now Generation Sequencer
4
5 MiSeq NextSeq 7
6 SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR DAAXX:5:1:123:563 length= DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR DAAXX:5:1:123:476 length= DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII 8
7 NGS RNA RNAseq(transcriptome sequencing) DNA ChIPseq( ) ChIP Chromatin immunoprecipitation Exome(exon ), Re-sequence 9
8 NGS (RNAseq)
9 RNAseq RNA cdna Whole transcriptome shutgun sequencing (WTSS) Transcriptome sequencing 11
10 SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 FASTQ 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR DAAXX:5:1:123:476 length= DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII RNAseq 1.fa 1.tophat (bowtie).bam 2.cufflinks.gtf 3.cummeRbund 12
11 1 FASTA.fa.fasta 2 FASTQ.fq.fastq 3 SRA/SRA-lite.sra.lite.sra 4 SAM/BAM.sam.bam 5 GTF(GFF).gtf.gff 6 BED.bed 7 VCF.vcf 13
12 1. FASTA FASTA :.fa.fasta 1 > 1 2 >gi gb AAD cytochrome b [Elephas maximus maximus] LCLYTHIGRNIYYGSYLYSETWNTGIMLLLITMATAFMGYVLPWGQMSFWGATVITNLFSAIPYIGTNLV EWIWGGFSVDKATLNRFFAFHFILPFTMVALAGVHLTFLHETGSNNPLGLTSDSDKIPFHPYYTIKDFLG LLILILLLLLLALLSPDMLGDPDNHMPADPLNTPLHIKPEWYFLFAYAILRSVPNKLGGVLALFLSIVIL GLMPFLHTSKHRSMMLRPLSQALFWTLTMDLLTLTWIGSQPVEYPYTIIGQMASILYFSIILAFLPIAGX IENY : 14
13 2. FASTQ NGS :.fq.fastq GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + ''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 : 15
14 3. SRA, SRA-lite FASTQ NGS :.sra.lite.sra SRA-toolkit FASTQ fastq-dump -A SRR SRR lite.sra 16
15 4. SAM/BAM SAM (ASCII) BAM (binary) 1:497:R: M17D24M M CGGGTCTGACCTGAGGAGAACTGTGCTCCGCCTTCAG 0;==-==9;>>>>>=>>>>>>>>>>>= 19:20389:F:275+18M2D19M M = TATGACTGCTAATAATACCTACACATGTTAGAACCAT >>>>>>>>>>>>>>>>>>>><<>>><<>>4: 19:20389:F:275+18M2D19M M2D19M = GTAGTACCAACTGTAAGTCCTTATCTTCATACTTTGT ;44999;499<8<8<<<8<<><<<<>< 9: M2I25M:R: M2I27M = CACCACATCACATATACCAAGCCTGGCTGTGTCTTCT <;9<<5><<<<><<<>><<><>><9> : 17
16 5. GTF(GFF) General Transfer Format. GFF(General Feature Format) version2 : X Ensembl Repeat hid=trf; hstart=1; hend=21 X Ensembl Repeat hid=alusx; hstart=1; hend=303 X Ensembl Repeat hid=dust; hstart= ; hend= X Ensembl Pred.trans genscan=genscan X Ensembl Variation X Ensembl Variation : 18
17 6. BED : track name=pairedreads description="clone Paired Reads" usescore=1 chr clonea ,488, 0,3512 chr cloneb ,399, 0,3601 : 19
18 7. VCF Variant Call Format ##fileformat=vcfv4.0 ##filedate= ##reference=1000genomespilot-ncbi37 ##phasing=partial ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of Samples With Data"> ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth"> ##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency"> ##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele"> ##INFO=<ID=DB,Number=0,Type=Flag,Description="dbSNP membership, build 129"> ##INFO=<ID=H2,Number=0,Type=Flag,Description="HapMap2 membership"> ##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10"> ##FILTER=<ID=s50,Description="Less than 50% of samples have data"> ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth"> ##FORMAT=<ID=HQ,Number=2,Type=Integer,Description="Haplotype Quality"> #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Sample1 Sample2 Sample rs6057 G A 29. NS=2;DP=13;AF=0.5;DB;H2 GT:GQ:DP:HQ 0 0:48:1:52,51 1 0:48:8:51,51 1/1:43:5:., T A 3 q10 NS=5;DP=12;AF=0.017 GT:GQ:DP:HQ 0 0:46:3:58,50 0 1:3:5:65,3 0/0:41: rs6055 A G,T 67 PASS NS=2;DP=10;AF=0.333,0.667;AA=T;DB GT:GQ:DP:HQ 1 2:21:6:23,27 2 1:2:0:18,2 2/2:35: T. 47. NS=2;DP=16;AA=T GT:GQ:DP:HQ 0 0:54:7:56,60 0 0:48:4:56,51 0/0:61: microsat1 GTCT G,GTACT 50 PASS NS=2;DP=9;AA=G GT:GQ:DP 0/1:35:4 0/2:17:2 1/1:40:3 : 20
19 NGS 2000 : (GEO) 21
20 oligoprobe Genespring 22
21 SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 FASTQ 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR DAAXX:5:1:123:476 length= DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII 1.tophat (bowtie) RNAseq.fa.bam 2.cufflinks.gtf 3.cummeRbund 23
22 (= ) ( )Excel Excel
23 NGS(RNAseq)
24 : RPKM Reads Per Kilobase per Million mapped reads FPKM Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments Reference: Nat Methods, 5(7):
25
26 NGS WET&DRY 28
27 The cat way tophat -p 8 -r 100 -o output_dir/ips_01 bowtie2_indexes/mm9 ips_01_1.fastq cuffdiff -p 24 ensembl_gene.gtf -L ips_01,ips_02,hesc_01,hesc_02,fibroblast_01,fibroblast_02 -o results ips_01.bam,ips_2.bam hesc_1.bam,hesc_2.bam Fibroblast_01.bam,Fibroblast_02.bam Tuxedo suite bowtie,tophat,cufflinks R + Bioconductor 29
28 SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 FASTQ 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR DAAXX:5:1:123:476 length= DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII RNAseq 1.fa 1.tophat (bowtie).bam 2.cufflinks.gtf 3.cummeRbund 30
29 0. Illumina igenomes 31
30 Illumina igenomes (human UCSC hg19 ) ( ) Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/ % cp -r Bowtie2Index/ / ( ) Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/genes.gtf % cp genes.gtf / 32
31 1. fastq.fastq pass.sra fastq-dump fastq-dump homebrew sratoolkit % brew install sratoolkit -v tap % brew tap homebrew/science -v % fastq-dump *.sra.fastq 33
32 2. tophat(bowtie) tophat % brew install tophat -v bowtie2, samtools % tophat -p 8 -o tophat/cntl Bowtie2Index/ genome GSE50491/SRR fastq tophat bowtie 35
33 tophat2 % mkdir tophat % tophat -p 8 -o tophat/brd4 Bowtie2Index/ genome GSE50491/SRR fastq p: CPU r: ( ) 1fastq 1 (MacPro -p 12) 36
34 3. cufflinks cufflinks % brew install cufflinks -v % cufflinks -p 8 -o cufflinks_cntl tophat/ CNTL/accepted_hits.bam % cufflinks -p 8 -o cufflinks_brd4 tophat/ BRD4/accepted_hits.bam 1bam 1.5 (MacPro -p 12) 38
35 cuffmerge cuffmerge assembly merge % cuffmerge -p8 s hg19.fa assemblies.txt cuffcompare % cuffcompare -p8 s hg19.fa -r genes.gtf merged_asm/merged.gtf transcript slice variant cuffdiff 39
36 cuffdiff % cuffdiff -p 8 -L CNTL,BRD4 -o cuffdiff genes.gtf tophat/cntl/accepted_hits.bam tophat/brd4/accepted_hits.bam homebrew % ~/Downloads/cufflinks OSX_x86_64/ cuffdiff -p 8 -L CNTL,BRD4 -o cuffdiff genes.gtf tophat/cntl/accepted_hits.bam tophat/brd4/accepted_hits.bam 40
37 4. cummerbund R % R cummerbund > source(" > bioclite("cummerbund") in R Graphical Manual package=cummerbund&init=true > browsevignettes("cummerbund") 42
38 cummerbund( ) manual > library( cummerbund") > setwd("~/desktop/141025") > cuff.dir <- "cuffdiff" > cuff <- readcufflinks(dir=cuff.dir) > dens <- csdensity(genes(cuff)) > dens CSV FPKM > gene.matrix <- fpkmmatrix(genes(cuff)) > write.csv(gene.matrix, file="fpkm.csv") 43
39 4.
40 R R (R ) (R ) by from 45
41 CLC Genomics workbench Agilent Avadis NGS GeneSpring TIBCO Spotfire 46
42 SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC +SRR DAAXX:5:1:123:563 length=33 FASTQ 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33 TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG +SRR DAAXX:5:1:123:476 length= DAAXX:5:1:121:746 length=33 GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT +SRR DAAXX:5:1:121:746 length=33 IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII RNAseq 1.fa 1.tophat (bowtie).bam 2.cufflinks.gtf 3.cummeRbund 47
43 TV CLC Genomics Workbench 48
44 RNA-seq by Avadis NGS 49
45 ChIP-seq by Avadis NGS 50
46 GeneSpring 51
47 Spotfire cuffdiff % cuffdiff -p 8 Caenorhabditis_elegans.WBcel gtf -L N2,UV -o cuffdiff SRR bam SRR bam 52
GenomeJack Browser Appendix
GenomeJack Browser Appendix 3.1 MITSUBISHI SPACE SOFTWARE CO., LTD. 2014 09 18 Contents 1 1 1.1 BED....................................... 1 1.2 BED Graph.................................... 3 1.3 TSV
シーケンサー利用技術講習会 第10回 サンプルQC、RNAseqライブラリー作製/データ解析実習講習会
シーケンサー利用技術講習会 第 10 回サンプル QC RNAseq ライブ ラリー作製 / データ解析実習講習会 理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センターゲノムネットワーク解析支援施設田上道平 次世代シーケンサー Sequencer File Format Output(Max) Read length Illumina Hiseq2500 Fastq 600 Gb 100 bp Life
Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq
NGS Maser 2013/10/17 Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq Maser RNA-seq Genome Resequencing De novo Genome Sequencing Metagenome ChIP-seq CAGE BS-seq
2016_RNAseq解析_修正版
平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 RNA-seq 解析 2016 年 7 27 本講義にあたって n 代表的な解析の流れを紹介します 論 でよく使 されているツールを使 します n コマンドを沢 実 します タイプミスが 配な は コマンド例がありますのでコピーして実 してください 実 が遅れてもあせらずに 課題や休憩の間に追い付いてください Amelieff Corporation All
PowerPoint プレゼンテーション
バイオインフォマティクス 講習会 V 事前準備 が完了されている方は コンテナの起動 ファイルのコピー (Windows) まで 進めておいてください メニュー 1. 環境構築の確認 2. 基本的なLinuxコマンド 3. ツールのインストール 4. NGSデータの基礎知識と前処理 5. トランスクリプトのアッセンブル 6. RNA-seqのリファレンスcDNAマッピングとFPKM 算出 7. RNA-seqのリファレンスゲノムマッピングとFPKM
PowerPoint プレゼンテーション
V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義の内容 Reseq 解析 RNA-seq 解析 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 変異検出 公開データ取得 クオリティコントロール マッピング 発現定量 FPKM を算出します 2 R N A - s e q とは メッセンジャー RNA(mRNA) をキャプチャして次世代シーケンサーでシーケンシングする手法 リファレンスがある生物種の場合
Maeda140303
2014 NGS NIBB - - - - FASTA / FASTQ - BED GFF/GTF WIG - SAM / BAM - SAMtools Web HTML (PC/), OS (Windows/Mac), IE/Chrome/Safari NGS Wet - - NGS - FASTA, FASTQ, csfastq, FASTA/qual, SRA, - BED, GFF/GTF,
機能ゲノム学（第6回）
RNA-Seq データ解析リテラシー 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 2009 年ごろの私 次世代シーケンサー (NGS) 解析についての認識 単に短い塩基配列が沢山あるだけでしょ 得られる配列データって
AJACS18_ ppt
1, 1, 1, 1, 1, 1,2, 1,2, 1 1 DDBJ 2 AJACS3 2010 6 414:20-15:20 2231 DDBJ DDBJ DDBJ DDBJ NCBI (GenBank) DDBJ EBI (EMBL-Bank) GEO DDBJ Omics ARchive(DOR) ArrayExpress DTA (DDBJ Trace Archive) DRA (DDBJ
リード・ゲノム・アノテーションインポート
リード ゲノム アノテーションインポート 1 Location と Folder ロケーション フォルダ Genomics Workbenchではデータを以下のような階層構造で保存可能です フォルダの一番上位の階層を Location と呼び その下の階層を Folder と呼びます データの保存場所はロケーション毎に設定可能です たとえばあるデータは C ドライブに保存し あるデータは D ドライブに保存するといった事が可能です
IonTorrent RNA-Seq 解析概要 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science
IonTorrent RNA-Seq 解析概要 2017-03 サーモフィッシャーサイエンティフィックライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート The world leader in serving science 資料概要 この資料は IonTorrent シーケンサーで RNA-Seq (WholeTranscriptome mrna ampliseqrna mirna) 解析を実施されるユーザー様向けの内容となっています
講義内容 ファイル形式 データの可視化 データのクオリティチェック マッピング アセンブル 資料の見方 $ pwd 実際に入力するコマンドを黄色い四角の中に示します 2
N G S 解析基礎 講義内容 ファイル形式 データの可視化 データのクオリティチェック マッピング アセンブル 資料の見方 $ pwd 実際に入力するコマンドを黄色い四角の中に示します 2 ファイル形式 NGS 解析でよく使われるファイル形式 ファイル形式 fastq bam/sam vcf bed fasta サンプルデータの場所 /home/ ユーザ名 /Desktop/amelieff/1K_ERR038793_1.fastq
機能ゲノム学（第6回）
RNAseqによる 定 量 的 解 析 とqPCR マイクロアレイなど との 比 較 東 京 大 学 大 学 院 農 学 生 命 科 学 研 究 科 アグリバイオインフォマティクス 教 育 研 究 ユニット 門 田 幸 二 (かどた こうじ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 自 己 紹 介 1995
（タイトル未定）
次世代シーケンシングデータ解析の可能性を拡げる信頼性に優れた道具としての解析システム Takeru for Sequencer シリーズ 2013.10.29 生命医薬情報学連合大会 2013 Luncheon seminar 株式会社ナベンターナショナルセールスマーケテゖング部渡辺理恵 1 今日お話しすること データ解析ソフトウェゕ 使用にあたり発生する問題とそれらへの Takeru による対応
RNA-seq
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング RNA-seq 株式会社 CLCバイオジャパンシニアフィールドバイオインフォマティクスサイエンティスト宮本真理 Ph.D. mmiyamoto@clcbio.co.jp 1 support@clcbio.co.jp 2 アジェンダ Genomics Workbench 概要 今日のデータ RNA-seq 解析 データインポート QC
MiSeqのランのセットアップ時・開始時 に起こるトラブルの対処方法
イルミナソフトウェアを用いた NGS データの解析におけるヒント Dec 4, 2015 渡邊大イルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2015 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cbot, CSPro,
nagasaki_GMT2015_key09
Workflow Variant Calling 03 長崎は遺伝研 大量遺伝情報研究室の所属です 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 3F 2F 欧州EBIと米国NCBIと密接に協力しながら DDBJ/EMBL/GenBank国際塩基配列データ ベースを構築しています 私たちは 塩基配列登録を支援するシステムづくり 登録データを活用するシステムづくり 高速シーケンス配列の情報解析 を行なっています
PowerPoint プレゼンテーション
V1 次世代シークエンサ実習 II 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください /home/admin1409/amelieff/ngs/reseq_command.txt マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてください
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 遺伝子発現解析編 12 th Feb., 2016 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Feb., 2016_V2 1 遺伝子発現解析概要 本日のセミナーにおける解析の流れ及び使用するツール名 ( 図中赤枠部分 ) Case Control インポート インポート インポート
V1 ゲノム R e s e q 変異解析 Copyright Amelieff Corporation All Rights Reserved.
V1 ゲノム R e s e q 変異解析 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーし て実行してください マークのコマンドは実行してください 実行が遅れてもあせらずに 応用や課題の間に追い付いてくだ さい 2 本講義の内容 Reseq解析 RNA-seq解析 公開データ取得
<4D F736F F F696E74202D D D E C815B836A F B83582E >
2012.03.22 マッピングデータの基本フォーマットと基本ツール 次世代シーケンサーに良く用いられるファイル形式 Samtools Integrative Genomics Viewer(IGV) 基礎生物学研究所 生物機能解析センター 山口勝司 NIBB CORE RESEARCH FACILITIES FUNCTIONAL GENOMICS FACILITY NIBB CORE RESEARCH
Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC
Microarray Agilent Microarray Total Solution Agilent Microarray Total Solution 5 5 RNA-Seq 60 mer DNA in situ DNA 5 2 QC 4200 TapeStation 2100 / mirna CGHCGH+SNP ChIP-on-chip 2 mirna QC RNA / mirna total
プレゼンテーション2.ppt
ryamasi@hgc.jp BLAST Genome browser InterProScan PSORT DBTSS Seqlogo JASPAR Melina II Panther Babelomics +@ >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG
111031_Sure Selectカタログ_改訂_最終.indd
Integrated Biology Solutions 2009 1 Nature, Science, Am. J. Human Genet. 1 120 mer 2 DNA crna 120 mer crna DNA crna DNA 1 Publication Compendium p/n5990-7233en 2Nat Biotechnol. 2009 Feb;272:182-9. Epub2009
機能ゲノム学（第6回）
トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq? 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 Contents トランスクリプトーム解析の概要 各手法の長所 短所 マイクロアレイ
Microsoft PowerPoint _webinar_RNAExpress.erikibukawa_配布用.pptx
2014 年 10 月 17 日イルミナサポートウェビナー RNA Seq を始めよう! BaseSpace で行う かんたん NGS データ解析 < RNA Express > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2013 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure,
GWB_RNA-Seq_
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : RNA-Seq 編 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 Advanced RNA-Seq プラグイン CLC Genomics Workbench 9.0 / Biomedical Genomics Workbench 3.0 以降で使用可能な無償プラグイン RNA-Seq
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2015.08.04 AJACS 米 子 次 世 代 シークエンサーを 用 いた がん 細 胞 のオミクス 解 析 国 立 がん 研 究 センター 先 端 医 療 開 発 センター トランスレーショナルリサーチ 分 野 鈴 木 絢 子 本 日 の 予 定 Session 1 シークエンスタグのマッピングと 可 視 化 (RNA Seq) Session 2 データベースDBTSSの 紹 介 東 京
( 図 2). そ の FASTQ ファイルをもとに,データを 解 析 する 前 処 理 としてアダプター 配 列 やタグ 配 列 を 除 去 し 品 質 管 理 を 行 うが,その 目 的 には FASTQC というソフトウ ェ ア が よ く 用 い ら れ る (http://www.bioi
DOI: 10.7875/leading.author.4.e008 2015 年 5 月 18 日 公 開 次 世 代 シークエンサーにより 得 られたデータの 解 析 Sequence data analysis in life science utilizing next generation sequencers 坊 農 秀 雅 Hidemasa Bono ライフサイエンス 統 合 データベースセンター
NGSデータ解析入門Webセミナー
NGS データ解析入門 Web セミナー : RNA-Seq 解析編 1 RNA-Seq データ解析の手順 遺伝子発現量測定 シークエンス マッピング サンプル間比較 機能解析など 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータ メタデータのインポート NGS data import Import Metadata クオリティチェック Create Sequencing
免疫形式文法
遺伝子発現解析入門 中岡慎治 目次 はじめに 遺伝子発現 ( トランスクリプトーム ) 解析とはマイクロアレイ (MA) の原理と応用途次世代シーケンサー (NGS) の原理と応用途 [ 補足 ] 次世代シーケンサーの活用事例 [metagenome/chip-seq] etc 遺伝子発現解析の統計手法 正規化の必要性と手法 [MA/NGS] 発現変動解析 (Differential Expressed
スライド 1
バイオインフォマティクス講習会 S3-01 高速シークエンサ由来配列のアーカイブ DB と解析パイプライン 神沼英里, 望月孝子, 長崎英樹, 児玉悠一, 小笠原理, 大久保公策, 高木利久, 中村保一 国立遺伝学研究所生命情報 DDBJ 研究センター 総合研究大学院大学遺伝学専攻 2013 年 9 月 12 日 ( 木 )9:30-10:10 第 31 回日本植物細胞分子生物学会大会 シンポジウム
GWB
NGS データ解析入門 Web セミナー : De Novo シークエンス解析編 1 NGS 新規ゲノム配列解析の手順 シークエンス 遺伝子領域の検出 アセンブル データベース検索 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 前処理 コンティグ配列の作成 CLC Genomics Workbench 遺伝子領域の検出 Blast2GO PRO データベース検索
GWB
NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 解析ワークフローと使用ソフトウェア シークエンスデータのインポート クオリティチェック 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント 変異検出 CLC Genomics Workbench または Biomedical Genomics Workbench
特論I
講義室後ろにある USB メモリ中の hoge フォルダをデスクトップにコピーしておいてください 農学生命情報科学特論 I 第 4 回 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 前回の課題と正答 アダプター配列除去前後の small RNA-seq データをカイコゲノムにマップし マップ率 ( マップされたリード数
Presentation Title Arial 28pt Bold Agilent Blue
Focus your next-gen sequencing on DNA that matters SOLiD 効率的活用の決め手 SureSelect によるターゲットシーケンスの紹介 次世代シーケンシングの問題点を解決 次世代シーケンサの欠点読みたい場所だけを選んでシーケンスできない SureSelect で解決読みたい場所だけを選んでシーケンスする 大量の不要データ 例えば DNA-Seq
section2
2016.09.12 AJACS 東女医大 次世代シーケンスデータを用いたオミクス解析 国立がん研究センター先端医療開発センターゲノムトランスレーショナルリサーチ分野鈴木絢子 本日の予定 Session 1 シークエンスデータのマッピングと可視化 およびツールの紹介 Session 2 データベース 新規技術の紹介 国立遺伝研究所スーパーコンピュータシステム https://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by Synthesis SBS HiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCAC OCAC PR
Infinium BeadChip COGS BeadChip 4 * iselect 3 SNP 25 1 SNP NGS Sequencing by SynthesisSBSHiSeq MiSeq WGS 1 RNA-Seq ChIP-Seq 1 1 * icogs BCACOCAC PRACTICALBRCA1/2 CIMBA www.illuminakk.co.jp DNA CE DNA DNA
初めての方でも大丈夫、クラウドを用いた簡単クリック情報解析
イルミナで AmpliSeq パネル解析をはじめよう 情報解析編 初めての方でも大丈夫 クラウドを用いた簡単クリック情報解析 寺倉伸治シニアフィールドアプリケーションサイエンティスト May/30/2018 2016 Illumina, Inc. All rights reserved. プレゼンテーションを始める前に 本資料で紹介しているイルミナ試薬の価格は 2018 年 4 月改定版の試薬消耗品価格表を参照しています
Microsoft PowerPoint - SNGS_Ana講習会5月29日.pptx
NGS analyzer: 次世代シークエンス解析プログラム 独立行政法人理化学研究所情報基盤センター HPCI 計算生命科学推進プログラム須永泰弘 2013/5/29 次世代シークエンス解析ソフト講習会 1 NGS analyzer とは? 次世代シークエンサー (NGS) からの塩基配列データを用いて マッピング PCR の除去 SNP タイピング 欠失挿入の検出を行う 一連の作業はパイプライン化してある
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < Enrichment アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサ
2015 年 5 月 15 日イルミナサポートウェビナー Nextera Rapid Capture Exome キットを用いたエクソームシーケンス - ドライ編 BaseSpace で行うかんたん NGS データ解析 < アプリ > イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) 2014 Illumina, Inc. All rights
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イルミナテクニカルセミナー session3 Illumina Experiment Manager の使い方 サービス サポート部テクニカルサポートサイエンティスト渡辺真子 2011 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, Eco, Genetic
PowerPoint プレゼンテーション
CLC Genomics Workbench ~ アプリケーションおよびバージョン 8 新機能の紹介 ~ フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 (biosupport@filgen.jp) 1 本日の内容 1. CLC Genomics Workbench 概要 2. 基本機能 3. 解析アプリケーション 4. バージョン 8 新機能 : デモンストレーション ( 一部 ) 5. その他機能 6.
Microsoft Word - CATNewsVol2No7Text.doc
COMPLEX ADAPTIVE TRAITS Newsletter 23 (3) The International Plant & Animal Genome XX Conference Vol. 2 No. 7 2011 DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DDBJ Linux BLAST R DDBJ Sequence Read Archive (DRA) DRA
農学生命情報科学特論I
2015.07.01 版 USB メモリ中の hoge フォルダをデスクトップにコピーしておいてください 前回 (6/23) の hoge フォルダがデスクトップに残っているかもしれないのでご注意ください 農学生命情報科学 特論 I 第 3 回 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp
特論I
講義室後ろにある USB メモリ中の hoge フォルダをデスクトップにコピーしておいてください 農学生命情報科学特論 I 第 2 回 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 講義予定 第 1 回 (2014 年 6 月 11 日 ) 西 :NSG 概論 現状や展望など 講義のみ 第 2 回 (2014
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平
第 10 回シーケンス講習会 RNA-seq library 調製法の特徴と選び方 理化学研究所 (RIKEN) ライフサイエンス技術基盤研究センター (CLST) 機能性ゲノム解析部門 (DGT) ゲノムネットワーク解析支援施設 (GeNAS) 野間将平 l シーケンスをする目的は? 概略 l よいシーケンスライブラリーとは? RNA-seq ライブラリーのムリ ムダ ムラ l いろいろな RNA-seq
ex1: TopHat キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster の RNA-seq を行った ライブラリは 2 種類 それぞれ single end( イン
http://133.48.62.157/wiki5/doku.php?id=git2014sopen:ex1 ex1: TopHat キイロショウジョウバエ Drosophila melanogaster の RNA-seq を行った ライブラリは 2 種類 それぞれ single end( インサートの片側だけ読む ) で 75bp シークエンスした 10 万リード得られた これらのリードを D.
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平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 Reseq 解析 2016 年 7 月 26 日 本講義にあたって 代表的な解析の流れを紹介します 論文でよく使用されているツールを使用します コマンドを沢山実行します スペルミスが心配な方は コマンド例がありますのでコピーして実行してください 実行が遅れてもあせらずに 課題や休憩の間に追い付いてください Amelieff Corporation All
サンプルシート作成ツール： Illumina Experimental Manager（IEM）の使用方法 －最新バージョンIEMv1.15のご紹介－
サンプルシート作成ツール : Illumina Experimental Manager (IEM) の使用方法 - 最新バージョン v1.15.1 のご紹介 - 上利佳弘フィールドアプリケーションスーパーバイザー 25-Jul-2018 2017 Illumina, Inc. All rights reserved. For Research Use Only. Not for use in diagnostic
Partek Flow リリースノート バージョン : Partek Flow バージョン は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド
Partek Flow リリースノート バージョン : 5.0.16.0414 Partek Flow バージョン 5.0.16.0414 は高速化と使い勝手の改善のための新機能やパフォーマンス向上を含んでいます このバージョンへアップグレードするためには Partek Flow インストールガイド内のインストール手順を実行して下さい 改善点を以下に列挙します Partek Flow ホームページ
プレゼンテーション3
ryamasi@hgc.jp >cdna_test CCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCAC ACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTG AGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAG
ソフトウェアについて Rev 年 1 月 16 日 このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS
このマニュアルでは標準でインストールしているソフトウェアの入手元 インストール方法の概要 インストール場所 についてご案内致します ABySS http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/ abyss 1.3.4.tar.gz tar xvzf abyss 1.3.4.tar.gz cd abyss 1.3.4./configure prefix=/usr/local/abyss
機能ゲノム学（第6回）
RNA-Seqデータ解析における正規化法の選択 :RPKM 値でサンプル間比較は危険?! 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 よりよい正規化法とは? その正規化法によって得られたデータを用いて発現変動の度合いでランキングしたときに
bioinfo pptx
IT BIO バイオインフォマティクス第 9 回 藤博幸 本日の講義内容と目標 講義内容 ヒトゲノムの構成についておさらい 実習 目的 ヒトゲノムの特徴的な構造を理解し UCSC Genome Browserを利用して観察する ヒトゲノム 75% spacer 25% genes in which exons (=protein coding region)occupy about 1.5 % 98.5%
Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacteri
LOH/UPD Genome-Wide Genetic Analysis More flexibility. More content. CGH CGH CGH CGH Comparative Genomic Hybridization CGH2 DNA KaryotypingFISH CGH BACBacterial Artificial Chromosome acgh 60 mer 0.06 kb*
unix15-script2_09.key
UNIX講習会 シェルスクリプト2 31/July/2015 情報管理解析室 西出 浩世 SGE ~/unix15/sge $ cd ~/unix15/sge $ ls script* script2.sh script3.sh script4.sh ~/unix15/sge/results sam 12 $ ls results/*.sam $ rm -r results $ cp -r /usr/local/data/unix15/sge/results.
3rd-jikken-ngs
生命情報実験 A 次世代シークエンサーのデータを用いたゲノム解析 慶應義塾大学理工学部 生命情報学科 榊原康文 佐藤健吾 ねらい これからの生命科学において要となるツールである次世代シークエンサー (NGS) が産生するデータを用いたゲノム解析を体験する 次世代シークエンサー 長所 : 高速かつ低コスト 短所 : 得られる一本一本の配列が短い (= ショートリード ) Illumina GAIIx
特論I
2016.02.01 版 講義室後ろにある USB メモリ中の hoge フォルダをデスクトップにコピーしておいてください 農学生命情報科学特論 I 第 3 回 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Jun 25, 2014 1 講義予定 第 1 回 (2014 年 6 月 11 日 ) 西 :NSG
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平成 28 年度 NGS ハンズオン講習会 NGS 解析基礎 2016 年 7 月 25 日 最近のシーケンサ MiniSeq MiSeq NextSeq HiSeq HiSeqX IonPGM IonProton Sequel PacBio MinION Amelieff Corporation All Rights Reserved 2 目次 NGSデータ解析で主に使用するファイル形式 データの可視化
機能ゲノム学（第6回）
バイオインフォマティクス次世代シーケンサー (NGS) 編 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 バイオインフォマティクス人材育成講座 スタンダードコース 2 自己紹介 1995 年 3 月 高知工業高等専門学校
GWB
NGS データ解析入門 Web セミナー : 変異解析編 1 NGS 変異データ解析の手順 シークエンス 変異検出 マッピング データの精査 解釈 2 CLC Genomics Workbench 使用ツール シークエンスデータのインポート NGS data import クオリティチェック QC for Sequencing Reads Trim Reads 参照ゲノム配列へのマッピング 再アライメント
機能ゲノム学（第6回）
R でトランスクリプトーム解析 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 自己紹介 2002 年 3 月 東京大学 大学院農学生命科学研究科博士課程修了 学位論文 : cdna マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析手法の開発
RNA-seq
RNA-seq 1 RNA-seq 解析フロー RNA-seq インポート クオリティチェック RNA-seq 発現差解析 この資料では RNA-seq からの説明となりますが インポート クオリティチェックについては サポート資料のページより内容をご確認いただけます 2 データ 発現解析用デモデータは 以下よりダウンロードいただけます ES 細胞 (ESC) と神経前駆細胞 (NPC) の発現解析を小さなデモデータで行えます
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー: 変異解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー : 変異解析編 22 nd Dec., 2015 フィルジェン株式会社バイオサイエンス部 biosupport@filgen.jp Dec., 2015_V1 1 本日の内容 データのインポート 3 リファレンスデータの取得 10 データフォーマット 21 解析ワークフロー 22 変異のフィルタリング 77 変異データのエクスポート
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RNA-Seq ~ 研究に合わせたアプリケーションの選び方 ~ June 12, 2015 山重りえイルミナ株式会社テクニカルアプリケーションサイエンティスト 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx, BaseSpace, BeadArray, BeadXpress, cbot, CSPro, DASL, DesignStudio,
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Introduction to key concepts in Illumina sequencing data analysis イルミナシーケンスデータ解析入門その前に 癸生川絵里 (Eri Kibukawa) Bioinformatics Support Scientist 2012 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, illuminadx,
Rでトランスクリプトーム解析
R でトランスクリプトーム解析 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 自己紹介 1995 年 3 月 高知工業高等専門学校 工業化学科卒業 1997 年 3 月 東京農工大学 工学部 物質生物工学科卒業
Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
R でゲノム トランスクリプトーム解析 東京大学大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット門田幸二 ( かどたこうじ ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp 1 自己紹介 1995 年 3 月 高知工業高等専門学校 工業化学科卒業 1997 年 3 月 東京農工大学 工学部 物質生物工学科卒業
Microsoft PowerPoint - 社外資料_TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep.pptx
TruSeq Synthetic Long- Read DNA ライブラリー調製キット イルミナ株式会社マーケティング部 2014 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, 24sure, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray, BeadArray, BlueFish, BeadXpress, BlueFuse, cbot,
dicutil1_5_2.book
Kabayaki for Windows Version 1.5.2 ...1...1 1...3...3 2...5...5...5...7...7 3...9...9...9...10...10...11...12 1 2 Kabayaki ( ) Kabayaki Kabayaki ( ) Kabayaki Kabayaki Kabayaki 1 2 1 Kabayaki ( ) ( ) CSV
... 3... 3... 3... 3... 4... 7... 10... 10... 11... 12... 12... 13... 14... 15... 18... 19... 20... 22... 22... 23 2
1 ... 3... 3... 3... 3... 4... 7... 10... 10... 11... 12... 12... 13... 14... 15... 18... 19... 20... 22... 22... 23 2 3 4 5 6 7 8 9 Excel2007 10 Excel2007 11 12 13 - 14 15 16 17 18 19 20 21 22 Excel2007
Design 1 – Title Slide
イルミナウェビナー NextSeq 500 シリーズ RNA Seq 時代到来 : NextSeq が実現する簡単 高速 安価なトランスクリプトーム解析 2014 年 9 月 16 日イルミナ株式会社シーケンシングスペシャリスト鈴木健介 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx, BaseSpace, BeadArray,
機能ゲノム学
08.05.08 版 講義資料 PDF が講義のページからダウンロード可能です 講義資料の印刷物はありません 課題用の A4 一枚はあります 第 回出席予定の持込み PC の方は 当日までに Java のインストールをしておいてください 機能ゲノム学第 回 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム 微生物科学イノベーション連携研究機構門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp
解 析 の 実 際 2 (Bismark) 1. Filtering poor quality reads, and reads with adapter sequences (TrimmomaWc) アダプターのトリミング コマンド 例 java - jar /root/bin/trimmomaw
解 析 の 実 際 (Bismark) インストールするソフトウェア(インストール 上 の 注 意 ) Bismark (v0.12.5) インストールはダウンロードして 解 凍 するだけです BowWe2 (v2.2.3) インストールはダウンロードして 解 凍 するだけです SAMTools (v0.1.9) Makefile の curses を ncursesに 書 き 換 えてmakeします
AmpliSeqDataAnalysis
Ion AmpliSeq TM データ解析基礎 ~ 次世代シーケンサによる変異検出 ~ ライフテクノロジーズジャパンテクニカルサポート Oct 2013 アジェンダ Ion Torrent データ解析概略 Torrent Variant Caller - 変異の検出 - 実行手順 -パラメータの設定 - 実行結果 リファレンスとターゲット領域の登録 Ion Reporter - 変異の絞り込みとアノテーション
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CLC Microbial Genomics Module 株式会社キアゲングローバルインフォマティクスソリューションズ & サポートアプライドアドバンストゲノミクス宮本真理 Ph.D. Filgen WebEx seminar, 2015/07/16 (2015/07/30) 1 Agenda メタゲノミクス解析 製品概要 機能紹介 デモ Filgen WebEx seminar, 2015/07/16
1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 -
2008-08-07 version 1.0-1 - 1. VarySysDB 1.1 VaryGene2 1.2 LD Search system 1.3 Genome Browser (GBrowse) 2. - 2 - 1-1 Home - 3 - VaryGene 2 1 VarySysDB Polymorphism Search Polymorphism Table Transcript
Partek 社の NGS データ解析ソリューションは次世代シーケンサーから出力されたファイルを読み込んで 参 照ゲノム配列へのアラインメント データの品質管理 統計解析 ゲノム統合解析 生物学的解釈 各種グラフ やゲノムビューアーでの表示など NGS のデータ解析をすべてサポートします ファイルの
NGS データ解析ソフトウェア アラインメントから生物学的解釈まですべての解析をサポートコマンド入力なしにNGSのデータ解析を実行可能 NGSデータを使った発現解析 (Single Cell RNA-seq RNA-seq mirna-seq) 変異解析(DNA-seq) エピゲノム解析 (ChIP-seq) メタゲノム解析(Metagenomics) に対応 データを選択するとデータの種類 (FASTQ
2004/01/12 1 2004/01/23 2 I- - 10 2004/04/02 3-6 2004/04/03 4-1-5-1,-1-8-1,-2-2-1,-3-4-1,-3-5-1,-4-2-1, -5-4-2,-5-6-1,-6-2-1 4. _.doc 1
4 2004 4 3 2004/01/12 1 2004/01/23 2 I- - 10 2004/04/02 3-6 2004/04/03 4-1-5-1,-1-8-1,-2-2-1,-3-4-1,-3-5-1,-4-2-1, -5-4-2,-5-6-1,-6-2-1 4. _.doc 1 - - I. 4 I- 4 I- 4 I- 6 I- 6 I- 7 II. 8 II- 8 II- 8 II-
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解 析 の 実 践 (blast mapping assemble) 検 索 前 の 準 備 1. gw.ddbj.nig.ac.jpにログイン ssh [user name]@gw..ddbj.nig.ac.jp 2. 解 析 ノードにログイン qlogin 3. Pathの 設 定 emacs ~/.bashrc PATH= $PATH :/usr/local/bin:/usr/local/pkg/bowtie2/currentという
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生物学者のための マイクロアレイと次世代シークエンス データ解析の実際 2011 年 11 月 15 日帝京大学 東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部ゲノム構造制御田中裕二郎 chromatinstructure.wordpress.com なぜ次世代シークエンス (NGS) か 1. ヒストンメチル基転移酵素 ASH1 2. ストレス応答の転写制御因子ネットワーク マイクロアレイとNGSのデータ解析
Rでゲノム・トランスクリプトーム解析
06.08. 版 スライド 8 までは自習 当日はスライド 9 から始める予定 スライド 3-86 は当日省略予定 講習会後に各自で復習してください 第 3 部 :NGS 解析 ( 中 ~ 上級 ) ~ トランスクリプトームアセンブリ 発現量推定 ~ 東京大学 大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム門田幸二 ( かどたこうじ ) kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp
2 3
Sample 2 3 4 5 6 7 8 9 3 18 24 32 34 40 45 55 63 70 77 82 96 118 121 123 131 143 149 158 167 173 187 192 204 217 224 231 17 285 290 292 1 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38
IonTorrentPGM_appnote_0319.indd
Ion PGM Heterogeneity * 1 * 1 * 2 * 2 * 2 * 2 * 2 * 1 *1 * 2 DNA DNA DNA ArcturusXT LCM Laser Capture Microdissection LCM A Workflow for Cancer Profiling Applied Biosystems ViiA7 PCR qpcr QC Assay Ion
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響
サンプルのマルチプレックスおよび下流の解析におけるインデックスのミスアサインメントの影響 インデックスのミスアサインメントの原因と インデックスホッピングの影響を軽減するベストプラクティス はじめに 次世代シーケンス (NGS) 技術の改良により シーケンススピードが大幅に向上し データ出力が飛躍的に増加したことで 現在のシーケンスプラットフォームにおいて大規模なサンプルの解析が可能になりました 10
本日の内容 イントロダクション アダプタートリミング smallrna 例含 クオリティトリミングダウンサンプリングリードの結合手元のFASTQをトリミングするには 2
2015 年 9 月 4 日イルミナサポートウェビナー 解析に適したリード前処理を行うために イルミナ株式会社バイオインフォマティクスサポートサイエンティスト癸生川絵里 (Eri Kibukawa) BaseSpace アプリ : FASTQ toolkit /smallrna/ FASTQC 2013 Illumina, Inc. All rights reserved. Illumina, IlluminaDx,
計算機生命科学の基礎II_
Ⅱ 1.4 atsushi_doi@cell-innovator.com 812-8582 3-1-1 8 806 http://www.cell-innovator.com BioGPS Connectivity Map The Cancer Genome Atlas (TCGA); cbioportal GO DAVID, GSEA WCGNA BioGPS http://biogps.org/
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CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング変異解析編 株式会社キアゲングローバルイフォマティクスソリューション & サポートアプライドアドバンストゲノミクス 1 Genomics Workbench で可能な解析 新規生物種変異解析 ChIP-seq RNA-seq small RNA インポート インポート インポート インポート インポート Quality check
バクテリアゲノム解析
GCCGTAGCTACCTTTACAATA GCCGTAGCT AGCTACC GCTACCTTT CCTTTAC CTTTACAATA GCCG CCGT CGTA GTAG TAGC AGCT AGCT GCTA CTAC TACC GCTA CTAC TACC ACCT CCTT CTTT CCTT CTTT TTTA TTAC CTTT TTTA TTAC TACA ACAA CAAT AATA
CpG (Whole genome bisulfite sequencing; WGBS) MeDip-Seq 1 DNA CpG-rich 1. SureSelect Reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) DNA CpG PCR DN
Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 1 DNA Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 1 SureSelect DNA Agilent SureSelect XT Human Methyl-Seq 370 CpG Human Methyl- Seq CpG shore shelf CpG 4000 CpG 2kb CpG
UnixText2.pptx
Unix Unix! grep! sed! sort! cut! join! awk! (grep)! grep ' ' [...]! grep 'GO' 1433B_HUMAN.sprot!! 1433B_HUMAN.sprot GO grep '^FT' 1433B_HUMAN.sprot!! 1433B_HUMAN.sprot FT! grep -v! grep -i! grep -w!!!
AmpliSeq for Illumina
AmpliSeq for Illumina 迅速 シンプルかつ堅牢なターゲットリシーケンシングソリューション イルミナ株式会社セグメントマーケティング部 January, 2018 1 2018 Illumina, Inc.All rights reserved. QB# 5553 本日の内容 AmpliSeq for Illumina の概要 AmpliSeq for Illumina の利点と性能
ChIP-seq
ChIP-seq 1 ChIP-seq 解析原理 ChIP サンプルのフラグメントでは タンパク質結合部位付近にそれぞれ Forward と Reverse のリードがマップされることが予想される ChIP のサンプルでは Forward と Reverse のリードを 3 側へシフトさせ ChIP のピークを算出する コントロールサンプルでは ChIP のサンプルとは異なり 特定の場所に多くマップされないため