シークエンシングワークフロー ライブラリー調製 サンプル 調製 末端修復 エンドポイントライブラリー増幅 A-TAILING アダプター ライゲーション サイズセレクション & サイズ確認 または リアルタイムライブラリー増幅 ライブラリー 定量 クラスター 増幅 KAPA RNA HyperPrep Kit illumina社用ライブラリー調製キット KAPA RNA HyperPrep Kit は高品質のRNA-seq ライブラリー調製を効率化するための ソリューションで 革新的なケミストリーにより複数の酵素反応ステップを統合し 反応物 の精製工程を最小化しています ストランド特異的 strand-specific なワークフローは 柔軟性があり 微量なサンプルや分解したサンプルからのライブラリー構築にも対応し mrna キャプチャーやリボゾームRNA 除去ステップも組み合わせることができます キットにはRNAの濃縮 必要な場合 とライブラリー調製に必要なすべての試薬が含まれま すが KAPA アダプターは別売りです 1 日でRNA のエンリッチを含むライブラリー構築が可能 微量サンプルや分解したサンプルでも高い成功率 サンプルの種類やインプット量が異なっても安定した性能を発揮 反応物の精製にKAPA Pure Beads を使用 シーク エンシング
RNA 4 1 mrna RNA RNA KAPA RNA HyperPrep1. 5 2 1 2
KAPA RNA HyperPrep Kit KAPA RiboErase (HMR) RNA mrna KAPA RiboErase (HMR) rrna RNA DNA rrna RNase H mrna RNA RNA mrna mrna mrna KAPA RNA HyperPrep RNARNA RNA A RNA mrna FFPE KAPA RNA HyperPrep RNA rrna KAPA RiboErase (HMR)mRNA 3 3
rrna PCR Duplicates rrna Duplicates KAPA RNA HyperPrepPCR DuplicatesrRNA ACNKAPA BDUniversal Human Reference (UHR) RNA25ngrRNA5ngmRNA 4 Illumina HiSeq 25v42x1bprRNA 14M 4
A B [ - 47] 1 1.6 42,684 kb 42,686 kb 42,688 kb 42,69 kb 19 kb 42,692 kb 42,694 kb 42,696 kb 42,698 kb 42,7 kb 42,72 kb 1.4 [ - 47] [ - 47] [ - 47] [ - 47] 1.2 rrna除去 正規化カバレッジ [ - 47] 1..8.6.4.2 YBX1. GCリッチ領域 2 4 6 8 1 転写産物に沿って正規化した位置 5 側から 3 側 GC含量 Ⅰ社 Stranded rrna除去 CV.69 KAPA HyperPrep RiboErase (HMR) CV.65 C N社 Ultra Directional rrna除去 CV.69 D 1.6 2 63,74, bp 3,641 bp 63,741, bp 63,742, bp 63,743, bp 1.4 正規化カバレッジ mrnaキャプチャー 1.2 1..8.6.4.2 SLC2A4RG GCリッチ領域 GC含量 遺伝子. 2 4 6 8 1 転写産物に沿って正規化した位置 5 側から 3 側 KAPA mrna HyperPrep CV.64 Ⅰ社 Stranded mrna CV.68 N社 Ultra Directional mrnaキャプチャー CV.69 カバレッジの均一性を向上 KAPA のワークフローを使用すると YBX1 遺伝子 A とSLC2 A4RG 遺伝子 C のGC リッチ領域 赤色で示す におけるカバレッジの増加が認められ ます 上位1 個の転写産物を 正規化カバレッジプロットとカバレッジ変動係数 CV の両方で評価した場合 KAPARNA HyperPrep ワークフロー では他社のワークフローと比較して転写長全体のカバレッジも増加しています BとD 高品質なUHR RNAを25 ng rrna 除去 と5 ng mrna キャ プチャー 用いてメーカーの推奨にできる限り従ったワークフローでライブラリーを作製しました 5
FFPE 25 ng RNA duplication raterrna [FU] 4 3 [FU] 4 3 2 2 1 1 25 2 5 1, 2, 4, [nt] 25 2 5 1, 2, 4, [nt] FFPE 2 RNA FFPE RIN2.2RNA 47%2 nt FFPE RIN2.5RNA 29% 2 nt Agilent RNA 6 Pico Kit 1 1 75 75 5 5 25 25 22, 19,7 17,2 22, 19,7 17,2 125, 125, 15, 85, 15, 85, 2 FFPE RNA KAPA RNA HyperPrep Kit RiboErase (HMR) PCR Duplicates rrna AB KAPA C D 25ng 1ng 2 6
FFPE FFPETPMtranscripts per million KAPA RNA HyperPrep Kit RiboErase (HMR) Stranded Total RNA Library PreprRNA N Ultra Directional Library PreparationrRNA FFPE RNA1 ng2 7
KAPA RNA HyperPrep Kit 1ng-1ng RNA RNA-Seq 4 KK8542 KK8543 KK8544 KK8545 KAPA RNA HyperPrep Kit with RiboErase (HMR) 25ng-1g RNA non-coding RNA rrna KK8481 KK8542 KK8546 KK8482 KK8544 KK81 KAPA mrna HyperPrep Kit 5ng-1g RNA mrna KK844 KK8542 KK8543 KK8441 KK8544 KK8545 KAPA Single-Indexed Adapter Kit Illumina Adapter Dilution Buffer KAPA RNA Hyper Prep Kits 5-1ng RNA 5ngRNARNAFFPERNA KAPA RNA Hyper+RiboErase HMR 5ng - 1g RNA 5ngRNARNAFFPERNA KAPA mrna Hyper Prep 5ng - 1g 1ng* KK871 KK872 KK8711 KK8712 Set A= 12Adapter 2, 4, 5, 6, 7, 12, 13, 14, 15, 16, 18, 19 Set B= 12Adapter 1, 3, 8, 9, 1, 11, 2, 21, 22, 23, 25, 27 2175 1PR175A5H