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2017 / October No. 42 Science, Products, and Information NEXT Interview TR P. 04 Ion AmpliSeq On-Demand Panels P. 05 Oncomine Comprehensive Assay v3 P. 06 SeqStudio Genetic Analyzer P. 07 QuantStudio3D PCR TaqMan dpcr Liquid Biopsy Assays P. 08 ibright CL1000 Imaging System ibright FL1000 Imaging System P. 09 Alexa Fluor Plus Secondary Antibodies P. 11 StemFlex Medium P. 12 Lipofectamine Stem Transfection Reagent P. 13 LV-MAX Lentiviral Production System P. 15 Nunclon Sphera CellInsight CX7 High-Content Screening Platform

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? T Treg CD4+T 5% Treg CD4+T 20-50% Treg Treg FoxP3 T FoxP3 Treg T Treg Treg T CD8+T CD8+T Treg Treg CCR4CCR4 Treg Treg 2013 6 CCR4Treg I PD-1 CTLA-4 T neo-antigens T Treg T T T T T T Treg Memorial Sloan Kettering Cancer Center 1995 2002 03 Memorial Sloan Kettering Cancer Center, Research fellow 06 10 12 Department of Oncology, Roswell Park Cancer Institute, Adjunct Associate Professor 15 page 03

Ion AmpliSeq On-Demand Panels 遺伝性疾患研究を加速するオンデマンドパネル POINT NE W! Ion AmpliSeq On-Demand Panels は 常に変化を続ける遺伝性疾患研究 プロジェクトのニーズを満たすために 遺伝子パネルを容易にカスタム化できる実用 的で簡便なソリューションです バージョンアップした Ion AmpliSeq Designer ツールから 弊社の強力なコンテンツ選択エンジンにアクセスし 目的の疾患研究に 必要な遺伝子を容易に選択できます 強力なコンテンツ選択エンジンによる容易なパネル設定 ウェットラボで検証されたデータによる 高度に最適化された遺伝子カタログ パネル設計の時間を短縮し より多くの研究データを取得 プロジェクトサイズに合った 実用的な反応パッケージサイズを提供 初期コストを低減し 研究の進捗によるパネルの再設計に柔軟に対応 新しい Ion AmpliSeq Designer のコンテンツ選択エンジンで パネル設定を簡単に! Medical Subject Heading MeSH などの公式データベースから情報を得て設計された 疾患の関連度によって遺伝子を編成する便利なデータベース ウェットラボで検証された遺伝子均一性に関するデータを提供し 使用開始後すぐに性能を発 揮できるよう最適化された遺伝子リスト Ion S5 システムや Ion Chef システムと組み合わせ シンプルかつスケーラブルなワークフローを実現! 直感的なインターフェースとカートリッジ式の試薬による ユーザーフレンドリーなシステム操作が可能 Ion Chef システムにより ライブラリ調製 テンプレート調製を自動化 新たな Ion 510 Chip の登 場で 200 万リード Ion 510 Chip から最 大 8000 万リード Ion 540 Chip までのスケールに柔軟に対応 Ion Ampliseq Designer www.ampliseq.com にアクセス! 研究ニーズに合わせたパネルをチョイス! Ion AmpliSeq Designerにアクセスすれば 研究ニーズに合ったパネルを簡単に選択できます NEW! Ion AmpliSeq Ready-to-Use Panels Ion AmpliSeq On-Demand Panels Ion AmpliSeq Made-to-Order Panels 複数の研究分野用にあらかじめデザ ヒト疾患研究用に設定できるDNAパネル あらゆるゲノム用にカスタマイズでき インされたDNAまたはRNA パネル 生殖細胞分析用に最適化された遺伝子 生殖細胞または体細胞の分析 カタログ るDNAまたはRNA デザイン 生殖細胞または体細胞の分析 製品名 サイズ 製品番号 価格 8 反応 A33095 96,000 自動 Ion Chef システム対応 Ion AmpliSeq On-Demand Panel 1 to 50 genes Ion AmpliSeq On-Demand Panel 51 to 300 genes 8 反応 A33096 120,000 手動 Ion AmpliSeq On-Demand Panel 1 to 50 genes 24 反応 A33093 240,000 Ion AmpliSeq On-Demand Panel 51 to 300 genes 24 反応 A33094 312,000 8 反応 A34292 220,000 Ion 510 Chip Kit page 04

Oncomine Comprehensive Assay v3 世界中のがん臨床研究と連動するターゲットシーケンスをサポート POINT Ion Torrent Oncomine Comprehensive Assays v3は 固形腫瘍における臨床がん研究に関連する161 遺伝子をターゲッ トに SNVs インデル CNVs および融合遺伝子を同時検出するためのアッセイセットです Ion S5 シーケンサとIon Chef シス テムを組み合わせ ライブラリ調製から解析までを自動化でき Oncomine Knowledgebase Reporter によるデータ解析で 分か りやすい分析レポートが提供されます 1 プールわずか 10ng のサンプル量 微量サンプルから数百カ所の遺伝子変異を一度に解析 ウルトラマルチプレックス 独自の Ion AmpliSeqテクノロジーで 数千を超えるプライマーペアを用いた PCRを実現 FFPE サンプルへの最適化 断片化が懸念されるサンプルでの利用を考慮したアッセイデザイン わずか 2 時間半でシーケンシング Ion S5 システムを使えば 200 塩基をランタイム 2.5 時間でシーケンス可能 NE W! ターゲットシーケンスのための卓越したアッセイデザイン このアッセイは 161 種類の遺伝子に対するターゲットシーケンスのためにデザインされています それらはがんに最も関連するドライバー変異やキナーゼ ドメインや DNA 修復に関する遺伝子を含んでいます バージョンアップしたv3では 以前の v1に含まれていたがんとは関連が低い遺伝子を除き 別の遺 伝子を追加しています Hotspot genes AKT1 ALK AR ARAF BRAF BTK CBL CDK4 CHEK2 CSF1R CTNNB1 DDR2 EGFR ERBB2 ERB83 ERBB4 ESR1 EZH2 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FLT3 FOXL2 GATA2 GNA11 GNAQ GNAS HNF1A HRAS IDH1 IDH2 JAK1 JAK2 JAK3 KDR KIT KNSTRN KRAS MAGOH MAP2K1 MAP2K2 MAPK1 MAX MED12 MET MTOR MYD88 NFE2L2 NRAS PDGFRA PIK3CA PPP2R1A PTPN11 RAC1 RAF1 RET RHEB RHOA SF3B1 SMO SPOP SRC STAT3 U2AF1 XPO1 Full-length genes AKT2 AKT3 AXL CCND1 CDK6 ERCC2 FGFR4 H3F3A HIST1H3B MAP2K4 MDM4 MYC MYCN NTRK1 NTRK2 PDGFRB PIK3CB ROS1 SMAD4 TERT TOP1 ATM BAP1 BRCA1 BRCA2 CDKN2A FBXW7 MSH2 NF1 NF2 NOTCH1 PIK3R1 PTCH1 PTEN RB1 SMARCB1 STK11 TP53 TSC1 TSC2 ARID1A ATR ATRX CDK12 CDKN1B CDKN2B CHEK1 CREBBP FANCA FANCD2 FANCI MLH1 MRE11A Copy number genes MSH6 NBN NOTCH2 NOTCH3 PALB2 PMS2 POLE RAD50 RAD51 RAD51B RAD51C RAD51D RNF43 SETD2 SLX4 SMARCA4 AKT1 AR CCND1 CCNE1 CDK4 CDK6 EGFR ERBB2 FGFR1 FGFR2 FGFR3 FGFR4 FLT3 IGF1R KIT KRAS MDM2 MDM4 MET MYC MYCL MYCN PDGFRA PIK3CA Gene fusions inter- and intragenic PPARG TERT AKT2 AKT3 ALK AXL BRAF CCND2 CCND3 CDK2 CDKN2A CDKN2B ESR1 FGF19 FGF3 NTRK1 NTRK2 NTRK3 PDGFRB PIK3CB RICTOR TSC1 TSC2 ALK AXL BRAF EGFR ERBB2 ERG ETV1 ETV4 ETV5 FGFR1 FGFR2 FGFR3 NTRK1 NTRK3 PDGFRA PPARG RAF1 RET ROS1 AKT2 AR BRCA1 BRCA2 CDKN2A ERB84 ESR1 FGR FLT3 JAK2 KRAS MDM4 MET MYB MYBL1 NF1 NOTCH1 NOTCH4 NRG1 NTRK2 NUTM1 PDGFRB PIK3CA PRKACA PRKACB PTEN RAD51B RB1 RELA RSPO2 RSPO3 TERT 図 1 Oncomine Cancer Comprehensive Assay v3 の遺伝子リスト 青字の遺伝子は v1から追加された遺伝子名を示しています 統合システムで効率的に解析 Ion S5 システムや専用の plug-and-play 消耗品を使用すれば Oncomine Assay のパワーが最大限に Oncomine Knowledgebase 発揮されます さらに ライブラリ調製に Ion Chef システムを使えば 自動化も簡単 1 プールあたりわずか 10 ng 合計 40 ng の出発材料から解析でき 全工程にかかる操作時間は 45 分未満 8 サンプルをランタ イム 2.5 時間で同時にシーケンスします また煩雑なデータ解析は Ion Reporter SoftwareとOncomine 33 9 17 67 遺伝子 ラベル 遺伝子 + 変異 遺伝子 Knowledgebase Reporterで行えば 解析やレポート作成を簡便化できます 得られた遺伝子変異に対する ガイドライン 関連性のあるラベル ガイドライン および国際臨床試験をリンクさせ 情報とカスタム化されたレポートをわか 750 64 遺伝子 国際共同治験 りやすく提供します ターゲットを絞ったアッセイパネル 固形腫瘍に関連する52 種類の遺伝子をターゲットにした Ion Torrent Oncomine Focus Assayも提供しています FFPE サンプルから ターゲットシーケンスで DNA および RNAを同時解析し 遺伝子ターゲットの SNVs インデル CNVs および融合遺伝子を効率的に検出します 製品名 サイズ 製品番号 Oncomine Comprehensive Assay v3 32 反応 お問い合わせ お問い合わせ Oncomine Focus Assay 48 反応 お問い合わせ お問い合わせ page 05 価格

SeqStudio Genetic Analyzer CRISPR-Cas9 NEW! Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer HPRT rela HEK293 Sanger Variant Analysis 1 TIDE Tracking of Indels by Decomposition 2 TOPO SeqStudio Genetic Analyzer 1 Sanger Variant Analysis HPRT Sanger Variant Analysis A % % HPRT B rela 50 = 81.3% 47.8 R 2 = 0.88 15 = 25.5% R 2 = 0.33 40 p < 0.001 p < 0.001 10 30 p 0.001 p 0.001 7.3 20 15 10 4.6 6.9 5 3.5 4 2.2 1.8 2.3 0 0 10 5 0 5 10 10 5 0 5 10 HPRT 40 30 20 10 0 17.2 = 80% 4.2 2.6 3.2 3 3.4 4.1 8.4 37 R 2 = 0.88 p < 0.001 p 0.001 % % rela 12 10 = 15% 8 6 4 2.1 2 1.6 1.2 R 2 = 0.19 p < 0.001 p 0.001 10 5 0 5 10 10 5 0 5 10 3.8 1 2 TIDE SeqStudio Genetic Analyzer2 TIDE HPRT 80% A rela 20% B SeqStudio Genetic Analyzer 1 SEQSTUDIO GENETIC ANALYZER 7,800,000 SeqStudio Cartridge 1 A33671 198,000 SeqStudio Desktop Computer 1 A34272 400,000 SeqStudioLaptop Computer 1 A34273 400,000 page 06

User's Voice DNA QuantStudio 3D PCR DNA cfdna CRPC Applied Biosystems QuantStudio 3D PCR CRPC cfdna ARCNV AR CRPC CPRC AR CRPC AR 2 AR AR CRPC 3-4 AR 2 cfdna PCR CNV AR AR X RNaseP 1 AR 0.5 2SD 0.8 80 CRPC 3 TaqMan AR cfdna PCR PCR CTC CTC cdna cfdna PCR QuantStudio 3D PCR CNV QuantStudio 3D PCR PCR CNV Applied Biosystems TaqMan Copy Number Assays 160 18 TaqMan dpcr Liquid Biopsy Assays! Applied Biosystems TaqMan dpcr Liquid Biopsy Assays EGFR, BRAF, KRAS, PIK3CA, JAK2, 0.1% QuantStudio 3D PCR ProFlex PCR 1 QS3D-PF 2 6,400,000 TaqMan Copy Number Assays, Small 360 20µL 4400291 50,700 TaqMan dpcr Liquid Biopsy Assays 450 A44177 88,000 TaqMan Assay www.thermofisher.com/jp-asge page 07

ibright CL1000 Imaging System ibright FL1000 Imaging System! POINT Invitrogen ibright Imaging Systems UV ibright CL1000 Imaging System ibright FL1000 Imaging System 2 NEW! 1,2 Invitrogen Smart Exposure 2 1 2x 1 10 1x 2x Invitrogen ibright Analysis Software 3 Analysis Software 3 ibright Analysis Software ibright CL1000 Imaging System 1 A32749 2,980,000 ibright FL1000 Imaging System 1 A32752 3,980,000 page 08

User's Voice Alexa Fluor Plus Secondary Antibody Invitrogen Alexa Fluor Plus 488 Secondary Antibody S/N Alexa Fluor Plus 4 PECAM-1 NG2 Alexa Fluor Plus 488 NG2 Alexa Fluor merge PECAM-1 NG2 Alexa Fluor 488 J NG2 Alexa Fluor Plus 488 Invitrogen NG2 Alexa Fluor Alexa Fluor Plus 4NG2 Alexa Fluor 488 Alexa Fluor Plus 488 NG2 PECAM-11 Cy3 Alexa Fluor Plus 488 Alexa Fluor Plus Secondary Antibodies Alexa Fluor "PLUS" dye technology S/N Goat anti-rabbit IgG H+L Highly Cross-Adsorbed Secondary Antibody, Alexa Fluor Plus 488 1mg A32731 61,000 www.thermofisher.com/antibodies page 09

ES 2017 1 ES A xenogeneic-free system generating functional human gut organoids from pluripotent stem cells. JCI Insight. 2017 Jan12;2 1 :e86492? ES 1,500 ES 1-2 PCR 1-2cm page 10

3 Gibco Knockout DMEM Gibco CTS KnockOut SR XenoFree medium ES Gibco StemFlex Medium in vitro StemFlex Medium Gibco Geltrex Gibco Vitronectin StemFlex Medium 500 ml A3349401 32,000 Geltrex LDEV-Free, hesc-qualified, Reduced Growth Factor Basement Membrane Matrix 1 ml A1413301 5,200 Recombinant Human Laminin-521 rhlaminin-521 100 µg A29248 8,800 Vitronectin VTN-N Recombinant Human Protein, Truncated 1 ml A14700 6,000 TrypLE Select Enzyme 1X,no Phenol Red 100 ml 12563011 3,900 page 11

Lipofectamine Stem Transfection Reagent POINT Lipofectamine! Invitrogen Lipofectamine Stem Transfection Reagent PSC NSC 80% MSC 45% DNA 11kb RNA Cas9 NEW! ips ipsnsc ipscs, GFP :75% NSCs, GFP : 60% Experimental condition Recommendation Experimental condition Recommendation Delivery platform Lipofectamine Stem reagent, 1 µl/well Delivery platform Lipofectamine Stem reagent, 1 µl/well Plate format 24-well plate Plate format 24-well plate DNA GFP plasmid, 500 ng/well DNA GFP plasmid, 500 ng/well Medium Gibco Essential 8 Medium Medium Gibco StemPro NSC SFM Extracellular matrix Vitronectin Extracellular matrix Gibco Geltrex matrix Cell density 50,000 cells/well Cell density 75,000 cells/well ES H9 ESCs, GFP : 83% Adipose-derived MSCs, GFP : 47% Experimental condition Recommendation Experimental condition Recommendation Delivery platform Lipofectamine Stem reagent, 2 µl/well Delivery platform Lipofectamine Stem reagent, 1 µl/well Plate format 24-well plate Plate format 24-well plate DNA GFP plasmid, 500 ng/well DNA GFP plasmid, 500 ng/well Medium Essential 8 Medium Medium Gibco MesenPRO RS Medium Extracellular matrix Vitronectin Extracellular matrix Gibco CTS CELLstart Substrate Cell density 100,000 cells/well Cell density 25,000 cells/well Lipofectamine Stem Transfection Reagent 0.1 ml STEM00001 10,800 0.3 ml STEM00003 29,800 0.75 ml STEM00008 71,800 1.5 ml STEM00015 102,000 StemFlex Medium 500 ml A3349401 32,000 Essential 8 Flex Medium 500 ml A2858501 31,000 StemPro NSC SFM 1 kit A1050901 36,000 MesenPRO RS Medium 1 kit 12746012 32,400 page 12

LV-MAX Lentiviral Production System POINT NEW! Gibco LV-MAX Lentiviral Production System LV-MAX 1 10 8 TU/mL 96 2L HEK293 LV Control cells More cells High-efficiency transfection LV boost More LV particles LV 20 2.00e+8 LV-MAX LV LV TU/mL 1.60e+8 1.20e+8 8.00e+7 LV TU/mL 1.50e+8 1.00e+8 5.00e+7 Gibco LV-MAX system 4.00e+7 0.00e+0 LV LV293 LV293 293F 293F 0.00e+0 LV-MAX LV-MAX LV-MAX PEI Shaker flask 96-deep well 125 ml 250 ml 500 ml 1 L 2L-Bioreactor LV Prod vol min. 1 ml 30 ml 60 ml 120 ml 240 ml 600 ml LV Prod vol max. 1.2 ml 50 ml 100 ml 200 ml 400 ml 2 L Shake speed 1250 rpm 3 mm 125 rpm 19 mm Bioreactor HEK293 LV-MAX LV-MAX 96 2L HT1080 GFP LV-MAX LV-MAX 30mL LV293 =LV-MAX Gibco HEK 293 293F = Gibco FreeStyle 293-F LV-MAX Lentiviral Production System 1 kit 0.3 L A35684 207,000 LV-MAX Production Medium 1 L A3583401 26,700 6 1 L A3583402 150,500 LV-MAX Transfection Kit 1 L A35348 156,000 Viral production cells 1 ml 1 10 7 cells/ml A35347 90,000 6 1 ml 1 10 7 cells/ml A35827 513,000 page 13

44 2017 7 10 3D cell-cell cell-matrix in vivo Scaffoldfree Scaffold U V F U V 96 1 HepG2 5000 cells/well 1 HepG2 Thermo Scientific Nunclon Sphera 1 5000 d1 d1 d2 d7 Hoechst33342 HeLa HepG2 Thermo Scientific ArrayScan Vti High Content Platform HeLa HepG2 Pl Pl / Cal-AM ATP 2 Nunclon Sphera U 96 HeLa ArrayScan PI Cal- AM 2 HeLa Nunclon Sphera 96 HeLa3 ArrayScan 28 http://www.ddi.u-tokyo.ac.jp/ page 14

Nunclon Sphera POINT Thermo Scientific Nunclon Sphera 96 V 3D in vitro EB 3 Nunclon Sphera 96 1 8 174925 12,300 Nunclon Sphera 96 V 1 8 81100657 15,200 Nunclon Sphera 96 1 8 174927 12,300 www.thermofisher.com/jp-nunclonsphera CellInsight CX7 High-Content Screening Platform POINT Thermo Scientific CellInsight CX7 High-Content Screening HCS Platform 1,536 7 CellInsight CX7 High Content Analysis Platform page 15

FCMD 2 FCMD 3 FCMD ips ips T ips T-iPS T TCR T-iPS T T T M1 /M2 SatM page 16

2012 NEXT FORUM 2017 5 ABI PRISM 310 Invitrogen in the www.thermofisher.com/jp-nf2017 Draxin Draxin CRISPR/Cas panel discussion 5 page 17

Tech for 100s of smiles Deliver cleanliness!! "Tech for 100s of smiles" NGO http://www.thermofisher.com/jp-100s 2017 10 10 2017 12 22 Smile!! 2017 8 25 5 3 DNA ips ips ips page 18

?? Title Number 24 Name DDS Purdue 7 2 DDS " " " " DDS 10 Purdue 1987 9 2010 12 1985 87 Purdue 2010 11 18 3 ERATO http://www.akiyoshi-lab.jp/ page 19

ラベルが消えた7 エタで(の名は? ちゃん)INFORMATION 2017 / October / No.42 in the vol. 5!! 100in the vol.5 作 しー君 7? NEXT 10? 5 QUO! www.surveymonkey.com/r/next42 photographs: matsuki kohei p.02-03, p.10-11, megumi yokoyama p.16-17 art direction & design: opportune design inc. science writing: momoyo matsuyama / editing: yuko hashimoto NEXT www.thermofisher.com/next 2017 10 " " www.thermofisher.com/jp-tc For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures. 2017 Thermo Fisher Scientific Inc. All rights reserved. All trademarks are the property of Thermo Fisher Scientific and its subsidiaries unless otherwise specified. TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems Inc., used under permission and license. Printed in Japan. LSG028-A1709HS 108-0023 4-2-8 TEL.03 6832 9300 FAX.03 6832 9580 www.thermofisher.com